제주지방법원-2024-구합-6442 (2026.06.23)

제 주 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2024구합6442 양도소득세부과처분취소

원 고 조AA

피 고 JJ세무서장

변 론 종 결 2026. 5. 19.

판 결 선 고 2026. 6. 23.

주 문

주 문

1. 피고가 2024. 3. 27. 조AA에 대하여 한 양도소득세 57,865,490원(일반 무신고가산세 6,154,672원, 납부불성실 가산세 20,937,458원 포함) 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. YY조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 인천 중구 00동 대 35,104㎡ 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 공유자들이 위 토지 위에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하여 그 수익금을 배분하는 것을 목적으로 하는 단체이고, 조AA는 이 사건 조합의 조합원이었다.

나. 피고는 2024. 3. 26. 조AA에게 ‘현물출자한 토지에 대해 양도소득세 무신고’를 사유로 2016년 귀속 양도소득세 및 가산세(일반무신고가산세 및 납부불성실가산세)를 부과하겠다는 세무조사결과를 통지하고, 2024. 3. 27. 조AA에 대하여 다음과 같이 2016년 귀속 양도소득세 및 가산세 합계 57,865,490원(가산세 27,092,130원 포함)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

1) 이 사건 조합은 2009. 12. 21. GG세무서로부터 국세기본법 제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고,2017. 2. 20. 사업자등록증을 발급받았다. 이 사건 조합이 그 명칭에도 불구하고 ‘비법인사단’에 해당한다는 점에 대하여는 당사자들 사이 다툼이 없으나, 편의상 ‘이 사건 조합’으로, 그 구성원을 ‘조합원’으로 칭하기로 한다.

다. 조AA는 2026. 5. 12. 사망하였고, 조AA의 상속인들인 원고들이 2026.6. 10. 이 법원에 소송수계신청을 하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 19, 20, 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고들

조AA는 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 사업시행에 따른 수익 배분을 받을 수 있는 사원의 지위를 취득한 것으로, 이는 소득세법상 양도소득세 과세원인인 ‘양도’에 해당한다. 따라서 조AA가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 이 사건 토지에 관한 환지처분이 있던 2014. 1. 27. 또는 늦어도 이 사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.라 할 것이므로, 그 부과제척기간(7년)은 늦어도 2023. 5. 31. 만료되었는데, 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과한 2024. 3. 27. 이루어졌으므로 위법하다. 또한 이 사건 처분은 국세기본법에서 정한 과세예고통지 및 과세전적부심사 없이 이루어졌으므로 절차상 중대한 하자가 있다.

2) 피고

이 사건 조합의 실질은 비법인사단이고, 비법인사단의 구성원들은 총유재산에 대한 지분권이 인정되지 않으므로, ‘사원으로서의 지위’는 이 사건 토지 지분 양도에 대한 대가로 볼 수 없고, 조AA가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도함으로써 얻는 대가는 실제 이 사건 사업의 시행에 따라 지급받는 수익금이다. 따라서 이 사건 토지 지분의 양도일은 소득세법 제98조에 따른 원칙적 양도 시기인 대금청산일, 즉 수익금을 지급받는 날이라 할 것이지만, 그 전에 이 사건 토지 지분에 대한 신탁등기가 경료되었으므로, 대금청산일에 앞서 등기가 이루어진 경우에 해당하여 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 신탁등기가 경료된 2016. 3. 25.양도가 있었다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분일 현재 부과제척기간 7년이 도과하였다고 볼 수 없다. 세무조사결과통지는 과세예고통지와 같은 역할을 해 세무조사결과통지 외에 과세예고통지를 별도로 할 필요가 없다. 세무조사 결과 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 국세기본법 제81조의15 제3항에 따라 과세전적부심사 청구를 할 수 없다.

나. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 ① 2024. 4. 25. 이루어진 이 사건 처분이 부과제척기간(7년)을 도과한 것으로 위법한지 여부, ② 이 사건 처분이 국세기본법에서 정한 과세예고통지 및 과세전적부심사 없이 이루어진 것으로 절차상 중대한 하자가 있어 위법한 것인지 여부이다.

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 부과제척기간의 도과 판단

1) 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제2 내지 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 이 사건 사업 시행 경과 및 이 사건 조합의 설립 경위

(1) 재정경제부는 2003. 8. 11. 인천 등 일원에 대한 개발사업을 추진하고자 해당 일대를 인천경제자유구역으로 지정하고, 2006. 12. 5. 인천광역시도시개발공사와 한국토지공사의 인천경제자유구역 Y지구 개발사업 실시계획을 승인하였다.

(2) 한국토지공사는 2006. 12. 13. 위 개발사업에 편입된 토지의 소유자들에게 수용방식 또는 환지방식의 보상을 시행할 예정이라고 공지하였고, 환지계획이 인가됨에 따라 2009. 1. 23. YY 환지예정지 지정을 예고하였다.

(3) 이 사건 조합은 2009. 11. 14. YY A15, A56, A66 구역의 환지처분 대상자를 조합원으로 하여 창립총회를 개최하여 설립되었고, 창립총회에서 이 사건 조합의 정관을 승인하는 결의를 체결하였다. 위 정관에서는 조합원이 소유한 토지를 이 사건 조합의 사업목적에 따라 공여하고, 이 사건 조합은 건설산업기본법에 의한 건설업 등록을 한 자와 공동으로 위 구역에 공동주택을 건설하여 제3자에게 분양하는 개발사업을 시행하며, 조합원들에게 출자한 비율에 따라 수익을 배분하기로 정하였다.

(4) 한국토지주택공사는 도시개발법 등 관련법령에 따라 환지방식의 보상을 받을 토지 소유자들에게 공동주택용지를 공유로 하여 환지를 지정하고, 2014. 1.27. YY A15구역의 환지처분 대상자 중 공동주택 건설에 동의하는 사람은 A15구역으로, 동의하지 않는 사람은 A56구역, A66구역으로 구분하도록 하는 최종 환지처분 공고를 하였다. 이에 따라 이 사건 조합의 사업대상 부지는 YY A15구역(이 사건 토지)으로, 이 사건 조합의 조합원의 자격은 이 사건 토지의 공유자로 확정되었고, 각 조합원별 이 사건 토지 지분도 확정되었다.

나) 이 사건 조합의 2015. 5. 6.자 제2차 총회 개최 및 결의

(1) 이 사건 조합은 2015. 5. 6. 아래와 같은 안건을 상정하는 제2차 총회(이하 ‘2차 총회’라 한다)를 개최하였다. 위 2차 총회자료에서 총회 상정안건에 대하여 안내하고 있는 내용 중 이 사건 처분과 관련된 주요 내용은 아래와 같다.

(2) 2차 총회의 제1호 안건 결의에 따라 개정된 이 사건 조합의 정관은 환지처분 공고를 반영하여 이 사건 토지만을 사업시행구역으로 정하고, 이 사건 사업의 시행방법을 신탁개발 방식으로 정하며, 조합원은 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁법에 의한 신탁등기를 이행할 의무가 있다는 등의 내용을 정하고 있다. 위 정관의 주요 내용은 아래와 같다.

제5조(시행방법)

① 조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁(부동산신탁회사로의 차입형 토지신탁 또는 관리형 토지신탁)하고, 조합은 주택법 제10조에 의거하여 건설산업기본법 제9조에 의한 건설업 등록을 한 자와 공동으로 사업을 시행하거나, 선정된 등록사업자(부동산신탁회사 포함)로 하여금 단독으로 사업을 시행하도록 하여, 주택법 제16조에 따라 사업계획승인을 받은 후 주택법 제38조에 의거하여 공동주택 및 부대복리시설을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분한다.

③ 조합은 사업시행을 위하여 필요한 경우 업무대행사, 시행대행사, 시공사, 부동산신탁회사 또는 금융기관 등으로부터 신용의 제공 및 자금을 대여받아 사업을 시행할 수 있다.

④ 조합은 인·허가 등 행정업무 지원, 사업성 검토, 설계자·시공자 등의 선정·계약에 관한 업무의 지원, 사업계획의 수립 및 분양업무 등을 지원하는 업무대행사 또는 시행대행사를 선정 또는 변경할 수 있다

⑤ 조합은 총회에서 등록사업자를 선정하여 공동으로 사업을 시행하거나 선정된 등록사업자(부동산신탁회사 포함)로 하여금 단독으로 사업을 시행하게 할 수 있다.

제11조(조합원의 자격)

① 본 조합의 조합원은 「YY 개발사업」의 공동주택용지 중 A-15블록의 토지를 소유한 자(환지주)로 한다.

② 양도‧상속‧증여 및 판결 등으로 조합원의 권리가 이전된 때에는 조합원의 권리를 취득한자로 조합원이 변경된 것으로 보며, 권리를 양수받은 자는 조합원의 권리와 의무 및 종전의 권리가 행하였거나 조합이 종전의 권리자에게 행한 처분, 청산시 권리‧의무에 관한범위 등을 승계한다.

제12조(조합원의 권리 의무 등)

① 조합원은 다음 각 호의 권리를 갖는다.

1. 사업이익의 출자비율에 따른 이익배당권

2. 총회의 출석권, 발언권 및 의결권

3. 임원의 선임권 및 피선거권

4. 총회에서 의결된 사항

5. 기타 관계법령 및 이 정관에서 규정한 사항

제13조(조합원 자격의 상실)

① 조합원이 본인 소유의 토지를 양도(금전청산을 포함한다)하여 잔금을 수령하고 이전등기가 완료된 때에는 조합원 자격은 자동 상실된다.

② 관계법령 및 이 정관에서 정하는 바에 따라 조합원의 자격에 해당하지 않게 된 자의 조합원 자격은 자동 상실된다.

④ 제명된 조합원의 토지는 제명 시점의 토지를 감정평가하여 조합이 매수하는 것을 원칙으로 한다.

⑤ 위 제3항 및 제4항에 의거하여 토지대를 지급할 시 조합의 손해에 대한 보상액을 공제한 후 지급하여도 조합에 이의를 제기할 수 없으며, 토지대의 수령을 거절할 시 조합은 공탁할 수 있다.

⑥ 조합원은 임의로 조합원의 탈퇴할 수 없다. 다만 부득이한 사유가 발생한 경우 총회의 의결에 따라 탈퇴할 수 있다. 탈퇴한 조합원의 토지는 위 제4항, 제5항을 준용한다.

제40조(신탁등기 등)

① 본 사업의 원활한 추진을 위하여 필요한 경우 조합원은 조합이 정한 기간 내에 조합원의 소유로 되어 있는 사업시행 지구안의 토지에 대하여 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁법에 의한 필요한 제 신탁등기를 이행하여야 하며, 기간 내에 신탁등기를 이행하지 않을 경우 조합은 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있다.

② 선정된 부동산신탁회사가 단독명의로 사업승인을 득할 경우 조합원은 개별적으로 또는 조합이 선정된 부동산신탁회사와 차입형토지신탁 또는 관리형토지신탁계약을 체결한 후 신탁법에 의거한 필요한 제 신탁등기를 이행하여야 한다.

③ 조합 또는 선정된 부동산신탁회사는 신탁된 조합원의 재산권을 본 사업의 시행 목적에 맞게 적합하게 운용 및 관리·처분하여야 하며 권리이전 등 필요한 경우에는 조합장은 직권으로 신탁을 해지하여 신탁 재산을 당해 조합원에게 반환하여 주어야 한다.

제42조(개발이익의 분배)

① 조합은 공동주택 및 부대복리시설 등 본 사업을 통해 발생된 이익금에서 제36조의 사업비를 제외한 개발이익을 조합원에게 권리금액의 비율대로 분배한다.

② 개발이익의 취득에 의한 제세공과금은 조합원 본인이 부담한다.

(3) 또한 2차 총회의 제2호 안건 결의에 따라 이 사건 조합의 조합원들에게 이 사건 조합에 아래와 같은 ‘사업결의 및 신탁결의서’(이하 ‘이 사건 신탁결의서’라 한다)를 제출하도록 하였고, 조AA 역시 이 사건 조합에 이 사건 신탁결의서를 제출하였다.

사업결의 및 신탁결의서

YY A15블럭의 “YY 환지공동주택조합(이하 ‘본 조합’)은 2012. 9. 18.자 신탁계약증서에 의거한 본 조합의 위탁자 및 사업시행자겸 수탁자 모두 2015. 5. 6.자 총회의 결의에 따라 본 조합 및 본 조합의 조합원 전원의 동의로써 아래 결의사항을 결의한다.

- 결의사항-

1. 본 조합은 YY A15블록의 공동주택 등의 신축 및 개발사업 등을 위하여 주택법과 신탁법 및 관계법 등에 의거하여 「관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁」으로 사업을 시행한다.

2. 본 결의서 위 1항에서 언급한 사업의 시행을 위하여 본 조합은 위탁자로서 본 조합(2012년 월 일자 신탁계약서상의 사업시행자겸 수탁자)이 정하는 부동산 신탁회사를 수탁자로하는 「관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁」을 신탁법에 의거하여 부통산신탁회사와 체결함에 조합원 전원이 동의한다.

3. 본 결의서 제1항과 2항에 의거하여 YY A15블록에 공동주택 등의 신축 및 개발사업을 위하여 본 조합은 PM 용역대행사와의 적절한 절차를 거쳐 본 조합의 요청에 근거 부동산 신탁회사 단독의 명의로 사업승인(건축허가) 등을 신청할 수 있으며, 이를 위하여 부동산신탁회사가 관리신탁 또는 처분신탁 또는 담보신탁계약 체결 등을 본 조합에 요청할 경우 본 조합과 본 조항의 조합원 전원은 동의하고 아울러 사업승인의 진행과 결과에 대하여 부동산 신탁회사에 이의를 제기하지 아니한다.

위 결의사항 등의 동의 및 결의사실을 증명하기 위하여 각 조합원의 서명과 인감을 날인하고 인감증명서를 첨부하다.

2015. 5. YY 환지공동주택조합

조합원: 조AA

다) 신탁계약의 체결 및 신탁등기의 경료 등

(1) 이 사건 조합은 2015. 8. 27. 신탁사인 주식회사 HH자산신탁(이하 ‘HH자산신탁’이라 하고, 이하 법인명에서 ‘주식회사’ 기재는 생략한다), 시공사 DD산업, 시행업무대행사 MM홀딩스와 이 사건 사업 시행을 위한 사업협약을 체결하였다. HH자산신탁은 2015. 10. 13. 인천광역시경제자유구역청에 이 사건 사업 시행을 위한 주택건설사업계획 승인신청서 및 토지사용승낙서를 제출하였고, 2015. 12. 21. 인천광역시경제자유구역청장으로부터 위 주택건설사업계획을 승인받았다.

(2) 한편 이 사건 조합은 2015. 11. 20. 제3차 총회에서 시공사의 선정, 환지등기 및 신탁등기 실행의 건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로의 신탁등기, 신탁사 명의로의 신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용) 등을 결의하였다.

(3) 그런데 신탁사인 HH자산신탁이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하고 2016. 2.경 재심의 후 결정하겠다고 통보하자, 이 사건 조합은 2016. 1. 21. 임시총회를 개최하여 신탁사를 ZZ신탁으로 변경하고, 담보신탁을 통한 경비조달 등

을 결의하였고, 위 결의에 따라 이 사건 조합은 2016. 3. 22. ZZ신탁과 신탁계약을 체결하였다.

(4) 이후 한국토지주택공사의 환지촉탁에 따라 2016. 3. 25. 이 사건 조합의 조합원들이 도시개발사업에 따른 환지처분으로 인하여 종전 토지 대신에 이 사건 토지의 공유 지분을 취득하는 것으로 하는 소유권 변경등기가 이루어졌고, 같은 날 그 지분에 관하여 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기, ZZ신탁을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기(이하 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁등기와 ZZ신탁을 수탁자로 하는 신탁등기를 통틀어 ‘이사건 신탁등기’라 한다)가 이루어졌다.

라) 이 사건 사업의 완료

ZZ신탁에 의하여 이 사건 사업이 진행되어 2018. 8. 20. 이 사건 토지 위에 공동주택이 준공되었고, 이 사건 조합은 일반분양에 따른 분양수익금을 2019. 6.경부터 2023년경까지 각 조합원들의 지분비율대로 정산하여 지급하였다.

2) 관련법리

소득세법은 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 정함으로써(제88조 제1호), 양도인이 자산의 유상 이전으로 양도소득을 얻는 경우에 그 자산의 이전에 관하여 등기 또는 등록 절차를 마쳤는지 여부를 불문하고 양도소득에 관하여 납세의무를 진다는 점을 명시하고 있다.

한편 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때(대법원 1985.11. 12. 선고 85누339 판결, 대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 참조)라는 것이 확립된 판례이다.

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 위 법리에 비추어 보면, 조AA가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.로, 2015년 과세기간중이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분이 이루어진 2024. 3.27.에는 부과제척기간 7년이 도과하였음이 역수상 명백하므로, 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다.

가) 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 토지에 관한 2014. 1. 27. 환지처분 및 2015. 5. 6. 2차 총회 결의를 통해 이 사건 조합은 이 사건 토지를 사업시행구역으로 정하면서, 이 사건 사업을 신탁 방식으로 시행하고 사업시행에 따른 수익금을 조합원들에게 출자 비율에 따라 배분한다는 점, 이 사건 조합의 조합원은 그 소유로 되어 있는 이 사건 토지 지분에 대하여 이 사건 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기를 이행할 의무가 있다는 점 등을 결의하였다. 또한 위 2차 총회 결의에 따라 조AA를 비롯한 조합원들은 ‘이 사건 사업을 신탁 개발방식으로 진행하기 위하여 이 사건 조합을 위탁자로, 부동산 신탁회사를 수탁자로 하는 신탁계약을 체결함에 동의한다’는 취지의 이 사건 신탁계약서를 제출하였는바, 이는 곧 이 사건 사업 시행을 위하여 자신의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 출자하고, 이 사건 조합이 이를 부동산신탁회사에 신탁함을 동의한 것이다. 따라서 위 2차 총회 결의와 이 사건 신탁결의서의 제출로 조AA의 이 사건 토지 지분에 대한 소유권은 그 등기 여부와 상관없이 조AA로부터 이 사건 조합에 사실상 이전되었다고 봄이 타당하다. 즉 이와 같이 2차 총회 결의를 통하여 원고를 포함한 이 사건 조합의 조합원들 사이에 현물출자하는 재산의 종류와 수량, 가격 및 대가로 부여받을 권리가 특정되고, 조AA의 이 사건 토지에 대한 소유권이 사실상 이 사건 조합에 이전된 이상, 위 결의 당시를 자산의 양도시기인 현물출자가 이루어 진 때로 봄이 상당하다. 비록 2차 총회 결의 이후에 신탁사가 변경되고 이 사건 신탁등기가 이루어지기는 하였으나, 이러한 사정만으로 이 사건 신탁등기가 이루어진 때를 자산의 양도시기로 볼 수는 없다.

나) 피고는 조합에 대한 현물출자의 경우 그 대가로 ’조합원의 지위‘를 취득하므로 이는 자산의 유상이전이라고 볼 수 있지만, 비법인사단의 경우 그 소유형태는 총유이고, 구성원 개인의 총유재산에 대한 지분권이 인정되지 않으므로, 비법인사단에 현물출자를 하여 ’사원의 지위‘를 취득한다고 하여 아무런 소득이 발생하는 것이 아니어서 이를 자산의 유상이전이라고 볼 수 없다고 주장한다.

민법상의 조합과 비법인사단은 일반적으로 그 단체성의 강약을 기준으로 구분되는 것으로, 조합은 어느 정도 단체성에서 오는 제약을 받기는 하나 조합원의 개인성이 강하게 드러나는 인적 결합체인 데 비하여, 비법인사단은 조합원의 개인성과는 별개로 권리·의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 단체적 조직을 가진다는 점에서 차이가 있기는 하다. 그러나 조합에 대한 현물출자를 하는 경우 ’조합원의 지위‘를 얻는 것과 마찬가지로, 비법인사단에 대한 현물출자를 하는 경우 관계법령, 정관 등의 정함에 따라 사업수행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 권리 등을 포함하는 ’사원의 지위‘를 얻을 수 있는바, 비법인사단에 대한 현물출자 역시 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당한다고 보지 않을 수 없다. 2차 총회에서 결의된 이 사건 조합의 정관을 보더라도 사업시행의 방법에 관하여 정하면서 ’공동주택 및 부대복리시설을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분한다‘고 정하고 있는 바(정관 제5조 제1항), 조AA는 이 사건 조합의 조합원으로써 이 사건 조합에 자신의 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 위와 같이 사업시행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 지위를 얻게 된 것으로, 이는 자산의 유상이전에 해당한다. 따라서 조합과 비법인사단이 그 단체성의 강약에 차이가 난다는 이유로 조합에 대한 현물출자와 비법인사단에 대한 현물출자가 소득세법상 ’양도‘에 해당하는지 여부를 달리 판단하여야 한다고 볼 근거가 없다.

다) 한편, 피고는 2015. 5. 6.자 2차 총회 결의에서 개정된 정관에 현물출자에 대한 직접적인 규정을 찾아볼 수 없고, 조합원들이 신탁등기 이행의무, 현물출자 이행의무를 지고 있다는 사실만이 확인되는 점, 이 사건 신탁결의 세부내용에 현물출자에 대한 내용이 전무한 점, 이 사건 총회 이후 토지 공유자 7명이 이 사건 사업에 동의하지 아니하고 이 사건 조합에서 탈퇴한 점 등을 종합하면 조AA를 포함한 이 사건 조합원 115명이 이 사건 신탁계약을 체결함으로써 비로소 자신의 공유지분 출자의무 이행에 착수한 것이며 이 사건 토지의 신탁등기를 경료함으로써 이 사건 조합에 실질적인 소유권을 귀속시켜 그 출자의무의 이행을 완료하였다고 보는 것이 타당하다고 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 2차 총회에서 이루어진 정관 변경 및 이 사건 신탁 결의서의 제출로써 2015. 5. 6. 당시 이 사건 사업시행의 범위 및 방식, 조합원의 범위, 조합원이 각 현물출자하는 재산의 종류 및 수량, 현물출자의 대가로 사업시행의 수익을 배분받을 것이라는 점, 이 사건 조합이 정한 바에 따라 이 사건 토지 지분을 신탁등기하여야 한다는 점 등이 확정되었다. 이 사건 조합 정관에서 정한 바에 따라 조합원은 조합이 정한 기간 내에 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기를 하여야 하고, 기간 내에 신탁등기를 이행하지 않으면 조합은 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있다. 이처럼 조AA를 비롯한 조합원들은 2차 총회 결의를 통해 자신의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 출자하여 더 이상 각자 소유한 자신의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합의 사업 시행 외 목적으로는 사용할 수 없게 됨으로써 그 소유권을 사실상 이 사건 조합에 양도하는 대신 이 사건 사업을 통해 얻을 수익금을 배분받을 지위를 얻었다고 보아야 한다.

또한 위 2차 총회 결의에 따라 이 사건 조합은 신탁사 등과 사업협약서를 체결하였고, 2015. 11. 20.자 3차 총회에서 이 사건 토지 지분의 신탁등기 절차 등을 결의하였으며, 이후 신탁사가 변경되기는 하였으나 위와 같은 방식으로 이 사건 토지 지분에 대한 신탁등기가 경료되어 사업이 진행되었다. 따라서 이러한 사정에 비추어 보면, 신탁등기의 경료 여부와 상관없이 2015년에는 이 사건 조합원으로서의 권리·의무가 구체적으로 확정되었다고 인정할 수 있다.

아울러 이 사건 조합의 정관에 의하더라도 조합원이 본인 소유의 토지를 양도하면 조합원 자격을 상실하도록 하고 있고(제13조 제1항), 조합원의 권리가 이전된 경우에는 권리를 양수받은 자로 조합원이 변경된 것으로 보아 조합원 지위의 승계를 인정하고 있으며(제11조 제1항), 조합원은 조합에서 임의로 탈퇴할 수 없지만 부득이한 경우 총회 의결에 따라 탈퇴할 수 있고 이 경우 조합원 제명의 경우에 준하여 토지를 감정평가하여 조합이 매수하는 것을 원칙으로 하는바(제13조 제6항), 조AA를 비롯한 조합원들이 현물출자로서 이 사건 토지의 지분을 이 사건 조합에 사실상 이전한 이후이더라도 토지에 관한 권리를 양도하는 방식으로 조합원 지위를 제3자에게 양도하는 것은 가능하고, 조합원이 이 사건 조합에서 탈퇴하기로 하고 이 사건 조합에 토지지분을 매도하는 것도 가능하다. 따라서 2015. 5. 6. 제2차 총회 이후에도 일부 조합원들이 제3자에게 토지를 양도하거나 이 사건 조합에 토지지분을 매도하였다는 사정만으로는 앞서 본 바와 같은 판단에 방해가 되지 않는다.

마. 소결

따라서 조AA가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자한 것이 확정된 시기는 총유물인 이 사건 토지에 대한 관리 및 처분행위가 있었던 2차 총회일(2015. 5.6.)로 봄이 상당하다. 2015년 귀속 양도소득세 신고기한은 2016. 5. 31.이고, 2024. 5.1.자 이 사건 처분은 부과제척기간 7년이 도과하였음이 역수상 명백하므로, 원고들의 나머지 주장에 관하여 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다.

한편, 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효라 할 것이지만(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 참조), 원고들은 이 사건 처분의 취소를 구하고 있고 원고들의 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미에서 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다 할 것이므로, 원고들의 청구에 따라 이 사건 처분을 취소한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.