수원지방법원-2025-구단-10783 (2026.08.26)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 12. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 165,518,385원의 경정청구거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

1. 처분의 경과

가. 원고와 조AA 등(이하 ‘원고 등‘이라고만 한다)은 2001. 4. 26. 우BB 소유의 서울 ○○구 ○○동 산 ○○ 임야 4,950㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 중 일부 지분에 관하여 2001. 4. 8.자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2013. 9. 14.자 협의분할에 의한 상속을 원인으로 우BB의 남은 지분에 관하여 2014. 7. 4. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고 등은 2018. 9. 3. 이 사건 토지 중 1/2 지분을 김CC에게, 나머지 1/2 지분을 장DD에게 합계 162억 5,000만 원에 매도하기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였고, 김CC과 장DD은 2018. 12. 3. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2019. 1. 25. 이 사건 토지 중 원고의 지분 27994분의 660 및 209955분의 24034(이하 편의상 원고의 지분에 상당하는 면적의 토지 683.34㎡만을 ‘이 사건 토지 부분’이라 한다) 양도에 관하여 (양도가액을 ,457,480,000원, 취득가액을 313,497,974원으로 하여) 기본세율(42%)을 적용한 양도소득세 659,777,225원을 신고하였으나, 2019. 2. 26. 비사업용 토지의 중과세율(52%)을 적용한 양도소득세 825,295,610원을 납부하였다.

라. 원고가 2019. 4. 8. 이 사건 토지 부분에 관하여 양도소득세를 산출할 때 비사업용 토지에 대한 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하며 이에 따라 양도소득세가감액되어야 한다고 주장하면서 과다납부한 중과세율과 일반세율의 차액 상당 165,518,385원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다), 피고는 2019. 5. 20. 공부상 지목은 임야이나 사실상 나대지 상태인 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하여 중과세율을 적용하여 산정한 양도소득세액이 적법함을

전제로 하여 이 사건 경정청구를 거부하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2020. 5. 14. 원고의 청구를 기각하였고, 원고는 2024. 5. 14. 피고에 대하여 재차 이 사건 경정청구와 동일한 내용의 경정청구를 하였으나 피고는 2024. 7. 12. 이를 거부하였으며(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고가 다시 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원이 2025. 6. 12. 원고의 청구를 각하하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3, 6호증, 을 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 토지 부분은 공부상 지목과 현황이 임야이고, 소유자인 원고가 이 사건 토지 소재지에 거주하여 ‘재촌 요건’을 충족한다. 따라서 이 사건 토지 부분은 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 나목, 소득세법 시행령 제168조의6 제3호 나목, 제168조의9 제2항에 따라 비사업용 토지에서 제외된다. 또한, 원고는 이 사건 토지 부분을 증여받아 취득한 이래 2010년경부터 개발행위 등을 진행하는 등 이 사건 토지 부분을 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하여 공사를 계속하여 왔다. 따라서 이 사건 토지 부분은 소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지에서 제외된다.

2) 이 사건 토지 부분은 이 사건 양도 당시 ‘비사업용 토지’가 아니라 ‘임야’에 해당

한다. 원고는 이 사건 토지로부터 직선거리 30㎞ 이내에 있는 서울 중구에 주민등록이

되어 있고 실제로 거주하였으므로 양도소득세가 감면되어야 한다. 그럼에도 이 사건 처분은 이 사건 토지 부분을 비사업용토지로 보아 양도소득세를 중과하였으므로 위법

하다.

나. 관계법령

1) 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항은 ‘비사업용 토지란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 임야인 토지 등을 말한다.’고 규정하면서, ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야’를 비사업용 토지에서 제외하고 있다. ‘대통령령으로 정하는 기간’에 관하여, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호는 ‘토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지 소유기간의 40/100에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간’이라고 규정하고 있다. ‘임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야’에 관하여, 구 소득세법 시행령 제168조의9 제2항은 ‘임야의 소재지와 동일한 시․군․구(자치구), 그와 연접한 시․군․구(자치구) 또는 임야로부터 직선거리 30㎞ 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주하는 자가 소유하는 임야‘라고 규정하고 있다.

2) 구 소득세법 시행령 제168조의7은 ‘법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지․임야․목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.’라고 규정하고 있다. 한편 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제67조 및 구 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령(2020. 6. 9. 대통령령 제30775호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조 제5호는 ‘임야란 산림 및 원야(原野)를 이루고 있는 수림지(樹林地)․죽림지․암석지․자갈땅․모래땅․습지․황무지 등의 토지’라고 규정하고 있다.

3) 구 소득세법 시행령 제168조의9 제2항은 ‘소득세법 제104조의3 제1항 제2호 나목 본문에서 “소유자가 임야소재지에 거주하지 아니하는 임야”란 임야의 소재지와 동일한 시·군·구, 연접한 시·군·구 또는 임야로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 ’재촌‘이라 한다)하는 자가 소유하는 임야를 제외한 임야를 말한다’고 규정한다.

4) 비사업용 토지인지 여부에 관한 판단 기준

과세처분취소소송에 있어 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 양도소득세가 중과되는 비업무용 토지의 요건에 관하여도 과세관청인 피고에게 그 증명책임이 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 취지 참조). 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등 참조).

공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 불가피한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다, 대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두28950 판결 참조). 즉 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 입법취지는 토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 것을 방지하기 위함에 있으므로, 어느 토지를 취득하여 이를 재산증식 수단이 아닌 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우라면 ’생산적인 용도로 사용되고 있는 경우‘에 해당하는 것으로 보아 비사업용 예외로 인정하는 것이다.

다. 판단

이 법원에 현저한 사실(2025구단○○○ 원고의 출국명령처분취소 청구사건), 앞서 든 증거와 갑 제5~12호증, 을 제4~11호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지 부분에 양도일(2018. 12. 3.) 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 이 사건 토지 부분의 소유기간 중 40% 이상에 해당하는 기간 모두를 충족하는 비사업용 토지 기준기간 동안 재촌하였다고 인정하기 어렵고, 이 사건 토지 부분이 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 볼 수 없으므로, 이와 전제가 같은 이 사건 처분은 위법하지 아니하다.

1) 공부상 지목이 임야인 이 사건 토지의 현황은 이 사건 경정청구 이전까지 소량의 수목만이 식재된 상태였는데, 1966. 1. 13.부터 도시지역으로 편입되어 2005년부터 양도 시까지 종합합산 과세대상으로 재산세가 부과되고 제2종 일반주거지역이던 이 사건 토지에 관하여 원고의 부친인 우BB이 2010. 4. 13. 건물을 건축할 목적으로 토지의 형질변경에 대한 개발행위허가 신청을 하였고 구로구청장이 2010. 4. 28. 개발행위허가를 하였으며 이후 원고가 2018. 11.경 공공임대주택을 건축할 목적으로 개발행위허가 변경 신청을 하기에 이르렀는바, 이 사건 토지 부분은 늦어도 2010년 이후에는 그 사실상 현황이 임야{산림(산과 숲, 수목의 집단)이나 원야(개척하지 아니하여 인가가 없는 벌판) 일부를 이루는 자갈땅․모래땅․습지․황무지 등 토지}에서 대지로 변경되었다고 보는 것이 타당하다.

2) 원고의 부친과 원고로서는 대로인 경인로와 인접 ○○공학연구원과 아파트들 사이에 위치한 건축이 가능한 빈 토지를 개발하거나 서울특별시와 서울주택도시공사에 매입하는 서민형 임대주택 신축공사 부지 조성을 위한 토공사 등 시행을 계획하고도 착공하지 않고 있다가 원고가 이 사건 토지 부분을 양도하였을 뿐이어서 원고 부자가 이 사건 토지를 임야로 복원할 의사를 가지고 위와 같은 개발행위허가 또는 변경 신청을 하였다고 볼 증거도 없고, 실제로도 이 사건 토지는 그 이후 임야로 복원되지 않았으며 그 지상에 도시형 생활주택이 건축되었다. 그렇다면 이 사건 토지 부분이 임야인 기간은 원고 토지 소유기간의 40/100에 미치지 못한다. 따라서 이 사건 토지 부분이 임야임을 전제로 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 나목에 정한 비사업용 토지에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 원고는 타이완 국적의 화교인 외국인으로서 2014. 2. 3.에는 서울 ○○구 ○○로○○를, 2015. 9. 7., 2020. 2. 11., 2022. 8. 23.에는 안산시 ○○구 ○○ (이하 ’이 사건 주소‘라 한다)를, 2020. 2. 6., 2022. 7. 27.에는 서울 ○○구 ○○로 46, B동 ○○호를 체류지로 각 변경등록하였는바, 원고가 2014년경부터 2025년경까지 이 사건 주소와 같은 층 건물에서 ’ FF의원‘이라는 병원명으로 의료업을 계속 영위하여 수입이 발생한 기간 동안 이 사건 주소에서 일부 거주한 사실이 있다 하더라도, 원고가 2005. 5. 10.에는 서울 ○○구 ○○가 ○○ 지상 목조기와지붕 2층 주택 중 1/2 지분에 관하여, 2011. 7. 5.에는 서울 ○○구 ○○가 ○○ 24층 B-2402호에 관하여, 2014. 4. 4.에는 안산시 ○○구 ○○로 ○○, 302-3호, 303호, 304호에 관하여, 2014. 6. 17.에는 서울 ○○구 ○○가 ○○ 지상 경량철골구조 평지붕 3층 제1종 근린생활시설 중 1/2 지분에 관하여 각 소유권을 취득한 점, 원고는 대한민국 국민인 배우자와 사이에 2017년 출생한 자녀가 있는 점에 비추어 비사업용 토지의 기간기준 동안 원고가 홀로 이 사건 주소에 상시 거주하지는 않았다고 보는 것이 합리적이다.

4) 비사업용 토지에 대하여 중과하도록 한 규정의 입법 취지는 개인이 토지를 실수요에 따라 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 사용하는 경우 양도소득세

를 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 철저히 회수할 목적으로, 부재지주의 농지·임야·목장용지 및 비사업용 나대지·잡종지의 양도차익에 대하여 일반 양도소득세율이 아닌 중과세율을 적용하도록 하는 데 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 참조). 앞서 본 원고의 주거지, 병의원 운영현황, 이 사건 토지 부분 취득 이후 매각 시까지의 이용 현황 등의 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 토지 부분을 비사업용 토지인 나대지로 보아 원고에 대하여 비사업용 토지에 대한 중과세율을 적용하는 것이 법의 취지에 어긋난다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.