수원고등법원-2024-누-15851 (2026.07.10)

사 건

2024누15851 양도세경정처분취소

원 고

AAA

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 8.

판 결 선 고

2026. 7. 10.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. XX. XX. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 XX,XXX,XXX원의 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 사건에 관하여 이 법원이 적을 이유는, 아래와 같이 일부 수정하고 원고가 이 법원에서 강조하거나 새롭게 한 주장에 대하여 아래 제2항에서 추가로 판단하는 것 외에는 제1심판결 이유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결문 제3면 아래에서 제7행 중 “구 소득세법”을 “구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다)”으로 고친다.

○ 제1심 판결문 제3면 아래에서 제3행 중 “(구 소득세법 시행령 제168조의8 제1항, 제168조의7)”을 “[구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제168조의8 제1항, 제168조의7]”로 고친다.

○ 제1심 판결문 제4면 제10행 중 “구 도시개발법”을 “구 도시개발법(2017. 4. 18. 법률 제14795호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시개발법’이라 한다)”으로, “같은 법 시행령”을 “구 도시개발법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것)”으로 고친다.

○ 제1심 판결문 별지 제10면 제7행부터 마지막 행까지를 다음과 같이 고친다.

『■ 구 문화재보호법(2005. 12. 23. 법률 제7734호로 개정되기 전의 것)

제74조의2 (문화재 지표조사)

① 대통령령이 정하는 건설공사의 시행자는 그 건설공사의 사업계획 수립시 당해 공사지역에 대한 유적의 매장 및 분포여부를 확인하기 위하여 문화재 지표조사(이하 “地表調査”라 한다)를 실시하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 지표조사는 당해 건설공사시행자의 요청에 의하여 문화관광부령이 정하는 기준에 따라 문화재청장이 정하여 고시하는 문화재관련 전문기관이 수행하며, 건설공사의 시행자는 지표조사를 완료한 경우에는 그 조사보고서를 당해 사업지역을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장을 거쳐 시ㆍ도지사와 문화재청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 시ㆍ도지사는 이에 관한 의견을 제출할 수 있다.

④ 제2항의 규정에 의한 지표조사보고서를 제출받은 문화재청장은 문화재위원회의 심의를 거쳐 적절한 문화재보존대책을 수립하고, 문화재보존에 필요한 조치를 명할 수 있다.

⑤ 문화재청장은 제4항의 규정에 의한 문화재보존대책(文化財保存에 필요한 措置內容을 포함한다)을 시ㆍ도지사와 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 동시에 통보하여야 하며, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 당해 건설공사의 시행자에게 통보하여야 한다.

⑥ 제5항의 규정에 의한 통보를 받은 건설공사의 시행자는 문화재보존에 필요한 조치를 하고, 그 결과를 시장ㆍ군수ㆍ구청장을 거쳐 시ㆍ도지사와 문화재청장에게 보고하여야 한다.

⑦ 건설공사의 시행자는 제4항의 규정에 의한 문화재보존대책에 포함된 조치내용을 성실하게 이행하여야 하며, 당해 시ㆍ도지사는 그 이행여부를 확인하여야 한다.

■ 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률(2019. 11. 26. 법률 제16592호로 개정되기 전의

것)

제4조(매장문화재 유존지역의 보호)

대통령령으로 정하는 바에 따라 매장문화재가 존재하는 것으로 인정되는 지역(이하 “매장문화재 유존지역”이라 한다)은 원형이 훼손되지 아니하도록 보호되어야 하며, 누구든지 이 법에서 정하는 바에 따르지 아니하고는 매장문화재 유존지역을 조사ㆍ발굴하여서는 아니 된다.

제8조(지표조사 결과에 따른 협의)

① 누구든지 지표조사 결과 매장문화재 유존지역에서 대통령령으로 정하는 개발사업을 하려면 미리 문화재청장과 협의하여야 한다.

제9조(문화재 보존 조치의 지시 등)

① 제7조제2항에 따라 지표조사 보고서를 받은 문화재청장은 문화재 보존 조치가 필요한 경우에는 해당 건설공사의 시행자에게 문화재 보존에 필요한 조치를 명하고, 해당 건설공사의 허가기관의 장에게도 이를 통보하여야 한다.

② 제1항에 따른 통보를 받은 건설공사의 시행자는 문화재 보존에 필요한 조치를 하고, 그 결과를 해당 건설공사의 허가기관의 장과 문화재청장에게 보고하여야 한다.

제14조(발굴된 매장문화재의 보존조치)

① 문화재청장은 발굴된 매장문화재가 역사적ㆍ예술적 또는 학술적으로 가치가 큰 경우 「문화재보호법」 제8조에 따른 문화재위원회의 심의를 거쳐 제11조에 따라 발굴허가를 받은 자에게 그 발굴된 매장문화재에 대하여 다음 각 호의 보존조치를 지시할 수 있다.

1. 현지보존: 문화재의 전부 또는 일부를 발굴 전 상태로 복토(覆土)하여 보존하거나 외부에 노출시켜 보존하는 것. 끝.』

2. 추가 판단

가. 원고 주장의 요지

이 사건 도시개발사업 부지 조성에 따른 유적문화재 발굴조사와 관련하여, XXX-XX 토지가 포함된 1지점에 대하여 최초 부분 완료 신고가 2014. XX. XX. 마쳐졌으므로, 위 토지에 관하여 매장문화재 보존대책 통보일인 2005. XX.경부터 2014. XX. XX.까지는 문화재 시굴․발굴조사가 진행되어 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따른 법령상 사용 제한이 있었던 것으로 보아야 한다. 결국 XXX-XX 토지는 ① 양도일 직전 5년 중 3년을 초과하는 기간(4년 10개월 4일) 및 ② 양도일 직전 3년 중 2년을 초과하는 기간(2년 10개월 2일) 동안 그 사용이 법령상 제한되었던 것이므로, 위 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법리

구 소득세법 제104조의3 제1항은 농지, 임야, 목장용지, 기타 토지 등 각 용도별로 구분하여 비사업용 토지의 범위를 규정하고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제168조의6은 보유기간별 사용실태에 따른 비사업용 토지의 기간기준을 규정하고 있다. 같은 법 제104조 제1항 제8호는 비사업용 토지에 대한 양도소득세의 세율에 관하여 과세표준에 따라 기본세율에 10%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는데, 이러한 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법 목적이 있다. 도시지역 안의 농지의 경우에도 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (나)목 본문에서 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 도시지역 안의 농지는 농지법상 규제 완화와 도시지역의 특성 등으로 인하여 투기적 거래의 대상이 되거나 지가 상승이 초래될 가능성이 높은데, 이러한 지가 상승은 개인의 노력과는 관계없는 불로소득이므로 이에 대하여 고율의 양도소득세를 부과하는 것은 토지에 대한 투기 수요를 억제하고, 지가상승분 중 일부를 환수하여 과세형평과 부동산 시장의 안정을 도모하며, 나아가 국토의 균형 있는 이용⋅개발과 보전을 실현하기 위한 데 그 입법 목적이 있다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두17281 판결, 헌법재판소 2015. 7. 30. 선고 2013헌바207 결정 등 참조).

그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 구 소득세법 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두28950 판결 등 참조). 이러한 관련 규정의 입법취지와 문언 내용 및 체계 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 제104조의3 제1항, 같은 법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것인데, 그와 같은 제외사유에 해당하는지는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도의 입법취지에 비추어 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것인바, 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 참조).

2) 구체적인 판단

앞서 본 사실, 앞서 든 증거들 및 갑 제14, 15호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 을 제3 내지 6호증의 각 기재 내지 영상, 이 법원의 재단법인 CCCCCC에 대한 사실조회결과(이하 ‘이 사건 사실조회결과’라 한다)에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로 XXX-XX 토지에 관하여 1지점 전체 면적에 관한 시굴조사가 종료된 2009. XX. XX. 이후 별도로 정밀발굴조사가 이루어졌다거나 그 밖에 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따른 보존조치 등으로 인하여 경작행위 등 토지의 본래 용도에 따른 사용이 제한되었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

가) 이 사건 도시개발사업구역 중 XX-XX 토지가 포함된 1지점에 대한 문화재 발굴조사는 아래 표 기재와 같이 진행된 사실이 인정된다.

나) 위 1지점 일부(22,723㎡)에 관하여 2010. XX. XX.부터 2014. XX. XX.까지 진행된 발굴조사는 1지점 중 1-4지점(4,335㎡)을 제외한 나머지 1-1지점(12,273㎡), 1-2지점(8,746㎡), 1-3지점(1,704㎡) 구역에 한정하여 진행되었고, 그 구체적인 위치는 아래 지도 표시 파란색 부분과 같다.

다) 지적편집도(갑 제15호증의 1)상 XXX-XX 토지의 위치를 위 발굴조사보고서상 지도의 영상과 대조하여 보면, 위 토지는 정밀 발굴조사가 진행된 구역 중 어느 곳에도 포함되지 않은 것으로 보인다.

라) 원고는 ‘XXX-XX 토지에 관한 법령상 제한의 효력이 매장문화재 보존대책이 통보된 2005. XX.경으로부터 발생하였다거나 문화재 시굴(발굴)조사 구역으로 지정된 이상 농지로서의 사용이 제한되었다’는 취지로도 주장하나, ① 위 보존대책의 구체적인 내용을 확인할 자료가 없고, 구 문화재보호법 제74조의2 제5항에 따른 문화재청장의 위 매장문화재 보존대책 통보만으로 곧바로 XXX-XX 토지에 대하여 그 본래 용도인 경작용 농지로서의 사용까지 금지 또는 제한된다고 볼 근거가 없는 점, ② 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률의 규정 내용 및 취지에 비추어 보더라도, 문화재 시굴(발굴)조사 구역 내에서 실제 발굴조사가 이루어지지 않는 농지에서의 경작행위까지 전면적으로 제한된다고 볼 근거도 없는 점, ③ 이 사건 사실조회결과5)에 의하더라도, 시굴 및 발굴조사가 실제로 실시되지 않는 기간 동안에 경작행위 등이 전면 금지된다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

마) 원고가 시굴조사가 완료된 2009. XX. XX. 이후 XXX-XX 토지에서 경작행위를 시도하였다거나 그와 관련하여 담담 행정관청에 이를 확인하는 등의 조치를 취하였다고 볼 자료도 없다.

3. 결론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.