수원지방법원-2024-구단-10540 (2024.10.15)

사 건

수원지방법원 2024구단10540 양도세경정처분취소

원 고

AAA

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2024.9.6.

판 결 선 고

2024.10.15.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 6. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 62,062,310원의 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 7. 19. ○○시 ○○동 277-1 답 992㎡(이하 ‘277-1 토지’라 한다)를, 2006. 1. 27. ○○시 ○○동 278-30 전 827㎡(이하 ‘278-30 토지’라 하고, 277-1 토지와 일괄하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 각 취득하였다가 2016. 4. 29. 주식회사 CCC에 1,050,522,000원에 양도하였다. 원고는 2001. 2. 12.부터 2023. 6. 21.까지 이 사건 각 토지로부터 30㎞가 넘는 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 246-7에서 거주하였다.

나. 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 각 토지 일원이 ○○ ○○지구 도시개발사업(이하‘이 사건 도시개발사업’이라 한다) 구역으로 지정된 2008. 1. 14.부터 이 사건 각 토지가 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당한다고 보아 장기보유특별공제와 일반세율 35%를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 28,042,760원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 2022. 3. 16. 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율 48%를 적용하여 원고에 대하여 2016년 귀속 양도소득세 62,062,310원(무신고가산세 3,720,428원, 납부불성실가산세 21,137,610원 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 11. 10. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 7. 31. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 각 토지는 이 사건 도시개발사업구역의 지정 및 고시가 있었던 2008. 1. 14.부터는 도시개발법 제9조 제5항 및 제9항, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제58조 제1항 제3호에 의해 사용이 제한되었고, 그렇지 않더라도 이 사건 각 토지를 포함한 ○○ ○○지구 도시개발사업 구역 내 유적 지역에 대하여 2015. 12.경 문화재청장에 의하여 매장문화재 보존대책이 발하여진 때로부터 2017. 8.경 최종적인 보존조치가 발하여진 때까지는 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따라 사용이 제한되었으므로, 이 사건 각 토지는 소득세법 제104조의3 제2항, 동법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호에서 농지라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하고, 구 소득세법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어 농지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하되, 사실상의 현황이 분명하지 않은 경우에는 공부상의 등재 현황에 의하는바(구 소득세법 시행령 제168조의8 제1항, 제168조의7), 이 사건 각 토지의 사실상의 현황이 공부상 지목과 다르다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 각 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항의 예외조항에 해당하지 않는 한 같은 조 제1항 제1호 가목, 나목에 의하여 원칙적으로 비사업용 토지에 해당할 수 있다.

2) 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것이고, 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조), 구 도시개발법 제9조 제6항 제2호, 같은 법 시행령 제16조 제3항에서는 허가를 받지 않고도 할 수 있는 행위들을 규정하면서 그 제2호에서 ‘경작을 위한 토지의 형질변경’을 두고 있어 경작을 위한 형질변경과 경작행위 자체가 금지되거나 제한되는 것은 아니므로, 구 도시개발법 제9조 제5항으로 인해 이 사건 각 토지가 농지 본래의 용도로서 사용이 금지 또는 제한된다고 볼 수 없다. 다만 구 도시개발법 제36조 제1항에 의하여 환지 예정지가 지정되면 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없으므로, 을 제2호증의 기재에 의하여 알 수 있는 이 사건 도시개발사업의 환지예정지 지정 효력발생일인 2014. 6. 27.부터는 이 사건 각 토지의 사용이 법령상 제한된다고 보아야 한다.

3) 갑 제7 내지 11호증의 각 기재에 의하면 이 사건 도시개발사업 부지에 대한 지표조사 결과 2005. 12. 문화재청장이 매장문화재 보존대책통보를 한 뒤 278-30 토지가 포함된 1지점에 대하여 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지 문화재 시굴조사가 실시된 사실, 2017. 8. 사업구역 중 17,188㎡에 대하여 현지보존 조치가 이루어진 사실, 매장문화재 시굴 및 발굴조사가 진행되는 동안에는 매장문화재 조사에 영향을 미칠 수 있기 때문에 토지소유자의 경작 행위도 사실상 불가능한 사실은 이를 각 인정할 수 있으나, 갑 제7호증의 기재에 의하더라도 이 사건 각 토지는 현지보존 조치 대상에 포함되지 않았음을 알 수 있고, 위 증거들만으로는 277-1 토지에 대하여 문화재 시굴 및 발굴조사가 이루어졌다거나, 278-30 토지에 대하여 2009. 9. 30. 이후로도 문화재 발굴조사가 이루어진 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이 사건 각 토지에 대하여 추가로 사용이 제한된 사실을 인정할 증거가 없다.

4) 결국 이 사건 각 토지의 사용이 법령상 제한되지 않은 기간이 양도일 직전 5년 중 2011. 4. 29. ~ 2014. 6. 26.까지로 2년을 초과하고, 직전 3년 중 2013. 4. 29.부터 2014. 6. 26.까지로 1년을 초과하며, 소유기간 약 10년 3개월 내지 9개월 중 8년 이상으로 40%를 초과하는 것이 계산상 분명하므로, 이 사건 각 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호의 기간기준을 충족하여 비사업용 토지에 해당하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.