국심2005서4161 (2006.06.08)

OOO세무서장이 2005.7.7. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년

제1기 91,112,840원, 2003년 제2기 123,021,350원, 2004년 제1기 126,262,670원

및

2004년 제2기 233,408,630원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구법인은 문화재청장의 허가를 받아 매장문화재 발굴을 전문으로 조사하는 재단법인으로 2003년 및 2004년도에 대단위 건설현장 또는 매장문화재 부존지역에 대하여 매장문화재 발굴을 위한 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사 용역을 제공하고 이를 부가가치세가 면세되는 학술단체 등이 공급하는 용역으로 보아 부가가치세 신고를 하였다.

OOO

처분청은 청구법인이 제공하는 매장문화재 발굴용역중 발굴조사 용역만 면세로 보고, 지표조사 및 시굴조사 용역은 과세로 보아 2005.7.7. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제1기 91,112,840원, 2003년 제2기 123,021,350원, 2004년 제1기 126,262,670원, 2004년 제2기 233,408,630원을 각각 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.10.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 종전에 국가(문화재청)에서 수행하던 문화재의 보호, 관리, 조사, 발굴 등 업무를 대행하기 위하여 문화재청장의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로 매장문화재 발굴용역은 대단위 개발사업 건설현장 또는 매장문화재 부존지역 등에서 문화재청장의 허가를 받아 제공하는 일시적인 학술연구용역에 해당하며, 지표조사, 시굴조사, 발굴조사는

매장문화재 발굴에 있어서 서로

구분할 수 없는 일련의 필수적인 발굴과정으로 지표조사 및 시굴조사는 발굴조사를 위한 필수적인 전단계 과정인 부수 용역에 해당할 뿐만 아니라 시굴조사는 사실상 발굴조사에 포함되며, 처분청에서도 면세사업자로 사업자등록증을 교부하여 면세로 보아왔음에도 불구하고 발굴조사 용역만 면세로 보고, 지표조사 및 시굴조사 용역을 과세로 보아 소급하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

매장문화재 발굴제도중 지표조사는 대규모 개발사업 건설현장 등에 매장문화재의 보호를 위하여 건설공사의 사업시행자와 문화재청장이 지정·고시한 청구법인과 같은 지표조사기관과의 계약에 의하여 이루어지고, 시굴조사 역시 지표조사 실시 후 다음 단계로 시행하는 필수적인 절차이지만 이는 매장문화재의 사실관계를 확인하는 절차에 불과하므로 지표조사, 시굴조사, 발굴조사 용역중 국세청예규에서 학술연구용역으로 보아 면세로 보고 있는 발굴조사 용역을 제외한 지표조사와 시굴조사 용역에 대해서는 과세로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 수행한 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사 등 일련의 매장문화재 발굴조사 용역중 지표조사 및 시굴조사를 발굴조사에서 분리하여 이를 비학술연구용역으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

1)

부가가치세법(2004.12.31. 법률 제7318호로 개정되기 전의 것)

제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. ～ 15. (생 략)

16. 종교 자선 학술 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

17. ～ 18. (생 략)

② (생 략)

③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

④ 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제11호 제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다.

⑤ 제1항과 제2항에서 규정하는 재화 또는 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2) 부가가치세법시행령(대통령령 제18626호로 개정되기 전의 것)

제37조 【종교 자선 학술 구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】

법 제12조 제1항 제16호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서

상속세 및 증여세법시행령 제12조

각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

2. ～ 4. (생 략)

3) 부가가치세법시행규칙(2005.3.11. 재정경제부령 제422호로 개정되기 전)

제11조의 5 【종교 자선 학술 구호단체 등의 범위】

① 영 제37조 제1호에서 재정경제부령이 정하는 사업 이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교 자선 학술 구호 사회복지 교육 문화 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

② ～ ③ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2003년 및 2004년 부가가치세 과세표준 신고시 신고한 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사 용역료에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인의 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사의 매장문화재 발굴사업은 문화재청장의 허가를 받아 수행하는 사업으로 지표조사, 시굴조사, 발굴조사는 서로 매장문화재 발굴사업의 일련의 과정으로 이해된다. 처분청에서는 청구법인에 대하여 면세사업자로 사업자등록증을 교부하여 일련의 발굴과정 모두를 면세로 보아오다가 발굴조사 용역만 학술연구용역으로 보아 면세대상으로 취급하고, 지표조사 및 시굴조사 용역은 비학술 연구용역으로 보아 과세대상으로 이 건 부가가치세를 과세하였다. 청구법인이 제출한 문화재청 법인설립허가증 및 사업자등록증 사본, 정관, 매장문화재 발굴 계약서, 지표조사 용역료 현황을 살펴보면,

청구법인은 문화재 보호, 조사, 발굴 및 그 활용과 전문학술연구자료 발간을 통한 문화재 전승·보존을 목적으로 2000.10.21.

민법 제32조

및 문화관광부및문화재청소관비영리법인의설립및감독에관한규칙 제5조의 규정에 의하여 문화재청장으로부터 재단법인설립허가를 받았으며, 2001.3.26. 사업개시일로 되어 있는 사업자등록증에는 업종을 서비스, 문화재학술연구조사 및 매장문화재발굴로 하여 면세법인사업자로 등록되어 있고, 청구법인의 정관상 사업내용에는 매장문화재 관련사업의 시행, 매장문화재에 대한 지표, 발굴조사 및 과학적인 보존관리, 학술사업과 연구서 발간, 매장문화재 발굴 관련기관과의 협력 및

지원, 국가 및 지방자치단체로부터 위탁받은 사업 등이 포함되어 있다.

매장문화재 발굴용역중 지표조사 용역 현황을 살펴보면, 2003년 및 2004년도에 180건에 해당하는 지표조사를 하고 1,161,262,717원의 용역료를 받았으며, 이중 매장문화재 징후가 있어 시굴조사 및 발굴조사로 연결된 지표조사는 108건에 841,724,397원, 매장문화재 징후가 없어 지표조사로만 끝난 지표조사는 72건에 319,538,320원으로 각각 확인된다.

(3) 또한, 청구법인이 수행하는 매장문화재 발굴과정인 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사(시굴조사와 발굴조사는 같은 조사방법으로 문화재청에서 2005년부터는 시굴조사를 없애고 지표조사 및 발굴조사의 2단계로 발굴제도 개선)는

문화재보호법 제44조

및 제74조의 2에 의하여 사업면적 3만㎡ 이상의 건설공사 등 대규모 개발사업을 시행하는 사업시행자의 경우 문화재청장이 문화재 지표조사기관으로 지정·고시한 청구법인 등과 지표조사 계약을 체결한 후 시·도지사를 거쳐 문화재청장의 승인을 얻은 후 지표조사를 시행하도록 하며, 지표조사 결과 매장문화재의 부존 가능성이 있는 경우에는 다시 사업시행자가 청구법인과 같은 문화재청장이 지정·고시한 발굴기관과 시굴 및 발굴조사 계약을 체결하여 문화재청장의 승인을 얻어 시굴 및 발굴조사를 하고, 발굴조사가 완료된 경우에는 발굴조사보고서를 작성하여 문화재청장에게 제출하도록 규정하고 있다.

(4) 한편, 면세관련 법령인

부가가치세법 제12조

및 같은 법 시행령 제37조를 살펴보면, 종교 자선 학술 구호단체 등 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역은 면세하며, 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함한다고 규정하고 있다.

(5) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인은 매장문화재 발굴을 위하여

민법 제32조

및 문화관광부및문화재청소관비영리법인의설립및감독에관한규칙 제5조의 규정에 의하여 문화재청장의 허가를 받아 설립된 비영리내국법인에 해당하나, 지표조사·시굴조사 및 발굴조사의 일련의 매장문화재 발굴조사과정중 지표조사는 사업면적 3만㎡ 이상의 건설공사 등 대규모 개발사업에는 의무적으로 수행하도록 규정되어 있을 뿐만 아니라 조사용역료도 개발사업자가 부담하도록 문화재보호법에 규정되어 있어 고유목적사업을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역으로 보기는 어려우며,

청구법인이 학술연구단체에 해당하는지를 살펴보면, 청구법인의 정관상 사업내용에 학술사업과 연구보고서 발간이 포함되어 있으나 주된 사업내용은 매장문화재 발굴조사로서 이를 학술연구단체로 보기는 어려우므로(OOO) 청구법인이 비록 비영리내국법인이기는 하나 매장문화재 발굴용역을 면세로 보기는 어려운 것으로 보인다. 따라서, 청구법인이 제공하는 발굴용역은 부가가치세법상 과세대상이 되는 용역의 공급으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

다만, 청구법인의 사업자등록 신청에 대하여 처분청은 매장문화재 발굴용역을 면세대상 용역으로 보아 면세법인사업자등록증을 교부함에 따라 청구법인도 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하지 아니하였고, 국세청의 유권해석(제도 46015-10768, 2001.4.24)도 매장문화재 발굴용역중 발굴조사 용역이 면세에 해당한다고 해석함에 따라 매장문화재 발굴용역 모두를 면세대상 용역으로 알고 부가가치세 신고를 한 것으로 보여지므로 신의성실의 원칙에 따라 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 아니하고 면세로 신고한 분에 대해서는 소급하여 부가가치세를 과세하지 아니하되, 이 후 청구법인이 제공하는 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사 용역에 대해서는 앞으로 신고하는 분부터 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 타당한 것으로 보여진다.

따라서, 청구법인이 면세대상 용역으로 신고한 2003년 제1기분부터 2004년 제2기분까지의 지표조사 및 시굴조사 용역을 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.