조심2013중4186 (2014.04.18)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 2009사업연도 법인세

신고시

「조세특례제한법」제10조

에

따

라 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하면서,

연구원

의 인건비에 당초 신고시 누락한

퇴직급여충당금 전입액

을 포함시켜 세액공제액을 재계산하여 2013.3.29. 2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구서를 제출하였다.

나. 처분청은 퇴직급여충당금은 세액공제 대상 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아 2013.7.5. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대법원 판례(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결)에 따른다면, 청구법인의 퇴직급

여충당금도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 포함되는 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

퇴직급여는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되지 않는 것으로 일관되게 해석하여 왔고, 2012.2.2.「조세특례제한법 시행령」 별표 6을 같은 취지로 명확하게 개정하였으므로, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

퇴직급여충당금을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)

조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지

연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)

에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당 과세연도에 발생한

대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)

가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3의 비율 ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(

2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】①

법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비" 라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발ㆍ교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다.

※ 참조 : 2012.2.2. 개정된 내용

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 연구원들에 대한 퇴직급여충당금 전입액을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비로 본 판결서(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결) 및 주식매수선택권 행사차익에 대한 부당행위계산 부인 취소 판결서(대법원 2010.5.27. 선고 2010두1484 판결), 간주외국납부세액공제 관련 국세청 예규(법규-1646, 2011.12.14.) 등을 근거로 2013.3.29. 2009사업연도 법인세에 대하여 경정청구를 하였는데, 주요 내용은 다음 <표1>과 같다.

〈표1〉경정청구 신고 내용

OOO

(2) 청구법인의 2009사업연도 석박사 대상 퇴직급여충당금 전입액 관련 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라고 하여 경정청구한 내역은 다음 <표2>와 같다.

〈표2〉퇴직급여충당금 관련 연구 및 인력개발비 세액공제 내역

OOO

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 퇴직급여충당금도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 포함되는 것이라고 주장하나,「법인세법」은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것이 그 목적이나,「조세특례제한법」은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이「법인세법」과「조세특례제한법」은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다 할 것이고, 처분청이 제시한「조세특례제한법」기본통칙 9-8…1은 구「조세감면규제법」기본통칙 2-5-12…16을「조세특례제한법」에 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 장기간 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된 같은 법 시행령(대통령령 제23590호) 별표 6에서도 연구·인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에서 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점,「조세특례제한법」상의 연구·인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구·인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등을 종합할 때, 처분청이 퇴직급여충당금을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011부1401, 2012.2.16., 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.