국심2000전2232 (2001.01.27)

서산세무서장이 2000.6.30 청구법인에게 한 부가가치세 1999년 제1기분 24,789,600원의 부과처분은 충청남도 아산시 신창면 OOO리 OOO, 같은리 OOO 및 OOO대지 5,796㎡와 건물 1,698㎡의 양도가액 380,000,000원중 건물분 양도가액을 182,427,223원으로 하고, 1999년 제2기분

28,943,430원의 부과처분은 OO광역시 서구 OOO동OOO 및 같은리 OOO 대지 861.8㎡와 건물 551.57㎡의 양도가액 350,000,000원중 건물분 양도가액을

116,430,271원으로 하여 각각 그 과세

표준과 세액을 경정한다.

1. 사 실

청구법인은 열처리제등을 제조·판매하는 법인으로 1999.5.15 충청남도 아산시 신창면 OOO리 OOO, 같은리 OOO 및 OOO 대지 5,796㎡와 건물 1,698㎡(이하 “OOO공장”이라 한다)를 청구외 주식회사 OOO(대표이사 OOO)에게 380,000,000원에, 1999.9.21 OO광역시 서구 OOO동 OOO 및 같은동 OOO 대지 861.8㎡와 건물 551.57㎡(이하 “OOO사무소”라 한다)를 청구외 OOO에게 350,000,000원에 각각 양도하였으나 매매계약서상에는 토지와 건물가액을 구분하지 아니하였고 위 부동산을 양도한 후 1999.6.14 OOO공장의 건물은 45,000,000원에, 1999.9.30 OOO사무소의 건물은 78,872,000원에 양도한 것으로 세금계산서를 발행하여 건물분에 대한 부가가치세를 신고납부하였다.

처분청은 OOO공장 및 OOO사무소(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 토지와 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도당시의 토지 및 건물의 장부가액(OOO공장 529,929,288원, OOO사무소 518,646,489원)으로 안분계산한 건물가액(OOO공장 213,407,653원, OOO사무소 288,607,048원)을 공급가액으로 하여 2000.6.30 청구법인에게 부가가치세 1999년 제1기분 24,789,600원과 1999년제2기분 28,943,430원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.8.31 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 매매계약서상 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다고 하여

부가가치세법시행령 제48조의2

제4항에 의거 장부가액으로 안분계산하였으나 당해 조항은 원칙적으로 실지거래가액에 의하되 과세표준계산상 불합리한 경우를 대비한 예외적인 조항이며 이 건과 같이 부가가치세법상 과세표준을 장부가액으로 안분계산하는 것은 실지거래가액이 불분명한 경우에 적용해야 하는 것인 바, 거래당사자간의 합의에 따라 세금계산서를 발행한 경우에는 적용해서는 아니될 것이고 단순히 매매계약서에 건물가액이 명시되지 아니하였다 하여 부인하는 것은 그 근거가 명백하지 아니하다.

쟁점부동산의 경우 매수인이 OOO공장은 주식회사 OOO이고 OOO사무소는 OOO주유소를 운영하는 개인사업자로서 이들은 건물가액을 높게 하면 매입세액공제와 감가상각상당액의 세부담을 줄일 수 있어 자신에게 유리하다는 것을 알고 있으면서도 세금계산서 발행시 건물가액에 대하여 이의를 제기하지 아니한 것은 계약상의 토지금액(공시지가 수준임)을 인정하였기 때문이다.

또한, 청구법인은 당시 IMF 상황하에서 매수자가 없고 채무상환을 해야 하는 등 부득이한 입장이어서 쟁점부동산을 원가이하로 낮게 매각한 것이므로 처분청의 처분은 부당하고, 따라서 쟁점부동산의 건물가액은 세금계산서에 표기된 금액대로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 매매계약서에 쟁점부동산의 매매금액을 토지와 건물로 구분표시하지 아니하고 건물양도부분이 과세대상임을 알고 난 후에 세금계산서를 발행하였다고 하나, 아래 <표1>과 같이 토지와 건물가액이 장부가액에 비해 현저히 높거나 낮게 신고되었으며

<표1> 장부가액과 신고가액

(단위 : 원, %)

청구법인이 제시한 한국감정원(OOO지부장 및 OOO지점장)의 건물에 대한 감정평가액은 OOO공장이 310,398.000원이고 OOO사무소는 170,643,300원이며, 세금계산서상의 금액은 OOO공장이 45,000,000원이고 OOO사무소는 78,872,000원으로 크게 차이가 있어 정상적인 거래에 비추어 합당한 거래로 볼 수 없으므로 장부가액으로 비례하여 과세표준을 계산한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

토지와 건물을 함께 공급한 경우에 그 공급가액중 건물가액을 얼마로 하여야 하는지 여부

나. 관련법령

부가가치세법시행령 제48조의2

【과세표준의 안분계산】제4항은「사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.」고 규정하고,

제5항은 「제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. (생 략)

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액」으로 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 청구법인이 신고한 세금계산서상의 건물가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

부가가치세법시행령 제48조의2

제3항은 일반적으로 매매계약서상의 금액이 실지거래가액임이 확인되고 당해 계약서에 토지와 건물의 가액이 구분표시되어 있으며 그 가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액으로 보아야 하고, 그 계약서에 기재된 금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물별 가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 않다고 판단되는 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액이 있거나 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우에는 감정가액 또는 장부상금액으로 안분계산하고 그렇지 않은 경우에는 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하도록 한 것인 바, 청구법인은 매매계약서를 체결한 후 세금계산서를 발행하여 토지와 건물가액을 구분하였다고 하나, 청구법인이 주장하는 건물가액이 아래 <표2>와 같이 한국감정원의 감정가액이나 지방세시가표준액 및 건물장부가액(의제상각액을 차감하기 전의 금액)과 현저한 차이가 있어 IMF등 특수여건을 감안한다 하더라도 세금계산서상의 금액을 실지건물가액으로 보기는 어렵다고 판단된다.

<표2> 부동산가액의 비교

<OOO공장>

(단위 : 원, %)

* ( )는 토지와 건물가액의 합계액에 대한 비율임

<OOO사무소>

(단위 : 원, %)

* ( )는 토지와 건물가액의 합계액에 대한 비율임

(2) 위

부가가치세법시행령 제48조의2

제5항 제2호 및 제3호에서 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우 건물가액은 장부가액과 감정평가액의 순으로 하여 안분계산하도록 되어 있는 바,

이 건의 경우 처분청은 청구법인이 1999사업연도분에 대한 법인세 과세표준신고시 제출한 재무제표(대차대조표 및 유형자산명세서)상 건물취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 금액을 장부가액으로 하여 건물분에 대한 금액을 안분계산한 것으로 처분청은 취득한지 4년～9년이 경과한 건물의 상각의제액(OOO공장 172,964,715원, OOO사무소 271,477,074원)을 반영하지 아니하여 당해 장부가액이 현실화된 것으로 보기는 어려우므로 장부가액을 적용하여 계산한 처분청의 처분은 적정하지 않다고 판단된다.

반면, 처분청이 제출한 감정평가서는 OOO공장의 경우 1999.6.2 일반거래(시가참고용)를 목적으로 한국감정원 OOO지부장이 646,566,000원(대지 336,168,000원, 건물 310,398,000원)으로 평가하였으며 그 시점이 1999.5.15 OOO공장을 양도하고 1999.8.31 매수자인 주식회사 OOO에서 당해 공장을 증축하기 전이고, OOO사무소의 경우 청구법인이 당해 사무소를 매도하기 전에 1999.1.25 일반거래(시가참고용)를 목적으로 한국감정원 OOO지점장이 512,969,300원(대지 310,248,000원, 건물 170,643,300원, 기계기구 32,078,000원)으로 평가한 것으로, 이 건의 경우처럼 공인된 감정평가기관에서 토지와 건물을 감정한 가액이 있는 경우에는 부적정한 장부가액에 의하여 안분계산할 것이 아니라 감정가액에 의하여 안분계산한 건물가액을 건물분 실지거래가액으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 쟁점부동산은 <표2>에서 한국감정원이 평가한 토지와 건물가액을 기준으로 안분계산하여 산정된 건물가액을 실지거래가액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하여야 한다고 판단된다(

국심1999부0003

호, 1999.8.27 같은 뜻임).

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과

국세기본법 제81조

및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.