조심 2019서1858 (2020.10.15)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 대지 2,631.1㎡ 및 그 지상 4층 건물 6,790.44㎡(이하 토지 및 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에서 OOO 이라는 상호로 임대업을 영위하다가 2013.7.2. 쟁점부동산을 자신이 대표이사이자 최대주주로 있는 OOO에 현물출자하고, 2013.6.26. 1차로 58,802주를 교부받은 것을 포함하여 2014.7.4.까지 총 7차에 걸쳐 OOO의 신주 3,446,087주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주당 발행가액 OOO에 취득하였다.

나. 청구인은 2013.9.30. 양도소득세 신고를 하면서 쟁점부동산에 대하여 자산평가액 OOO, 부채평가액을 OOO, 순자산가액 OOO, 신주취득가액 평가액을 OOO(쟁점주식 중 2013.6.26. 1차 발행한 58,802주×1주당 OOO)으로 각 산정하여, 신주취득가액이 소멸하는 사업장OOO의 순자산가액 이상에 해당한다고 보아 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제31조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호에 따라 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았다.

다. 처분청은 2019년 3월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 증권선물위원회에서 2017.9.25. OOO의 2010사업연도∼2013사업연도 재무제표에 대하여 조사·감리한 자료에 의하면, OOO가 매출과 매출원가 등을 허위로 계상한 사실이 확인되는바, 위 지적된 내용대로 OOO의 재무제표를 정정하여 쟁점주식의 가액을 재산정하면, 청구인이 중소기업 통합으로 인하여 취득한 쟁점주식의 가액이 소멸하는 OOO의 순자산가액에 미달하므로 이월과세 대상에 해당되지 아니한다고 보아 2019.3.14. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구)

조특법 시행령 제28조

제1항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 “주식 또는 지분의 가액”이란 당초 발행가액인 1주당 OOO을 의미하므로 쟁점주식의 가액이 OOO의 순자산가액 이상이어서 중소기업간 통합에 대한 이월과세 요건을 충족한다.

(가) 청구인은 2013.4.30. OOO와 청구인이 운영하는 개인기업인 OOO을 OOO에 통합한다는 내용의 중소기업 통합계약(2013.6.23. OOO의 순자산가액 등이 일부 변경되었고, 변경된 수정계약을 이하 “쟁점통합계약”이라 한다)을 체결하였는바, 청구인과 OOO는 OOO의 순자산가액을 OOO으로 보고, OOO가 청구인에게 발행할 신주를 3,410,474주(1주당 발행가액 OOO)으로, 통합일을 2013.6.20.로 하기로 약정하였으며, 당시 주당 발행가액은 OOO의 통합 후를 기준으로 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의해 산정되었다.

(나) 중소기업간 통합시 이전된 순자산가액의 유출을 막아 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 이전되도록 하기 위하여 순자산가액보다 발행되는 ‘주식 또는 지분의 가액’이 더 크도록 쟁점규정을 제정하였는바(대법원 2012.12.13. 선고 2012두17865 판결 참조), 쟁점규정의 ‘주식 또는 지분의 가액’을 시가로 본다면, 순자산가액과 동일한 시가의 신주를 발행하되 발행가액을 시가보다 낮게 책정한 경우 순자산가액과 신주 발행가액의 차액을 중소기업자에게 통합대가로 별도로 지급하여 이전된 순자산가액 중 대부분이 중소기업자에게 현금으로 추가지급된 경우에도 이월과세를 받을 수 있는 결과가 초래된다. 이처럼 통합에 따라 소멸하는 사업장의 순자산가액 중 대부분이 중소기업자에게 지급되어 소멸하는 사업장이 그대로 승계될 수 없는 것이 명백한 상황에도 이월과세 요건을 충족하는 것으로 해석하는 것은 쟁점규정의 입법취지에 정면으로 반하므로 ‘주식 또는 지분의 가액’은 시가가 아니라 발행가액으로 해석하여야 한다.

(다) 또한, 쟁점규정은 “통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.) 이상일 것”이라고 규정하고 있다.

‘순자산가액’과 ‘통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’ 모두 특정한 가액을 의미하고 있다는 점에서 차이가 없음에도 불구하고 쟁점규정에서 소멸하는 사업장의 순자산가액에 대해서는 괄호 안에 “통합일 현재의 시가로 평가”한다고 되어 있는데 반해, 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액에 대해서는 언급하고 있지 않는 점을 고려하면, 입법자는 통합으로 인하여 취득하는 ‘주식 또는 지분의 가액’을 시가가 아닌 발행법인과 취득자 간의 거래금액으로 정한 발행가액으로 보았음이 분명하다. 분식회계가 있었던 사정은 발행 당시 그 주식의 시가에 영향을 미칠 수 있겠으나, 이미 확정된 발행가액 자체에는 영향을 미칠 수 없다.

(라) 한편, OOO는 2013.6.28. 쟁점부동산이

조특법 제120조

제1항 제2호에서 정한 ‘제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’에 해당한다고 보아 취득세 면제신고를 하였고, OOO구청장은 2015.1.20. 쟁점통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장OOO의 중소기업자(청구인)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 수가 OOO의 쟁점부동산 취득일(2013.7.2.)까지 OOO가 청구인에게 발행한 신주 58,802주(1차 발행분)라고 보고, 청구인이 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 가액 OOO)이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 OOO보다 낮아 쟁점부동산이

조특법 제120조

제1항 제2호, 제31조 제1항 제2항, 쟁점규정에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못하였다는 이유로 OOO에게 관련 취득세를 부과하였다.

OOO가 이에 대하여 제기한 행정소송에서 OOO행정법원(2016구합68786)은 2017.9.15. “OOO가 신주 1주당 가액을 OOO으로 정하여 쟁점통합계약을 체결하였고[OOO의 주장과 같이 신주 1주당 가액이 OOO(OOO가 평가하여 제시한 통합 당시 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가액)이라면, OOO가 쟁점통합계약에서 청구인에게 발행하여야 할 신주 또한 2,696,071주(=OOO의 순자산가액 OOO)에 불과하게 된다], 법원 또한 1주당 발행가액을OOO으로 정하여 각 신주발행인가결정을 한 점, OOO가 쟁점부동산 취득일 이후인 2014년에 청구인에게 신주를 발행하면서 1주당 가액을 OOO으로 산정하여 청구인에게 현금 합계 OOO을 지급하는 형식을 취하고 현금출자 유상증자 방식으로 신주 합계 3,351,672주를 발행한 점 등에 비추어 볼 때, OOO의 통합일(2013.6.30.경)을 기준으로 한 OOO의 신주 1주당 가액이 OOO이라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 신주 1주당 가액은 OOO이라고 보는 것이 타당하다”고 하면서 OOO의 청구를 인용하지 아니하였으나, 이후 대법원은 7차까지 발행된 주식을 모두 통합대가로 인정하고 통합의 대가가 OOO의 순자산가액보다 크다는 OOO의 주장을 받아들여 파기환송하였으며, 파기환송심(OOO고등법원 2018.12.5. 선고 2018누56260 판결, 이하 “취득세 관련 판결”이라 한다)에서 대법원과 같은 취지로 확정되었다.

즉, 이 건 통합에 따른 취득세 부과처분에 대한 행정소송에서 법원이 발행가액(1주당 OOO)을 기준으로 쟁점주식의 가액을 산정하여 쟁점규정의 이월과세 요건을 갖춘 것으로 판단하였으므로, 이 건 양도소득세 판단시에도 쟁점규정의 ‘주식 또는 지분의 가액’은 발행가액을 의미하는 것으로 보아야 한다.

(2) (예비적 청구) 설령 처분청의 의견대로 청구인이 통합으로 취득한 쟁점주식의 가액을 시가로 볼지라도, 분식회계 지적사항을 반영하여 쟁점주식의 가액을 재평가하면, 쟁점주식은 2012.12.31. 기준으로 1주당 OOO이므로 통합 당시 발행된 주식의 가액이 OOO의 순자산가액 이상인 경우에 해당하여 이월과세 요건을 충족한다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 증권선물위원회에서 2017.9.13. 지적한 OOO의 회계처리 기준 위반사항을 재무제표에 반영하여 청구인이 취득한 쟁점주식의 가치를 재계산하면, 쟁점주식의 가액은 1주당 OOO 미만이므로 쟁점규정의 이월과세 요건을 충족하지 아니한다.

(가) 쟁점규정은 “중소기업 간의 통합을 통해 생산 또는 경영 규모의 적정화를 유도하기 위해, 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 소멸기업의 순자산가액 이상의 통합 대가를 지급하고 소멸기업을 통합하도록 양도소득세 이월과세 및 취득세 면제 등을 통해 장려하기 위한 것(서울행정법원 2017.9.15. 선고 2016구합68786 판결 참조)으로, 존속기업이 위 조항을 근거로 양도소득세 이월과세를 적용받기 위해서는 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 지급하는 통합대가가 소멸기업의 순자산가액 이상이어야 하고, 이 때 통합으로 인하여 소멸하는 사업자의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 ‘취득 당시의 시가’를 의미하며(부동산거래관리과-479, 2010.3.26., 서일 460146-10525, 2003.4.25. 등 참조), 「상속세 및 증여세법」에 따르면 비상장주식의 경우 일정한 평가방법으로 평가한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있다.

즉, 양도소득세 이월과세를 적용받기 위해서는 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 지급하는 대가인 비상장주식의 평가가액 총합이 소멸기업의 순자산가액 이상이 되어야 한다.

(나) 이 건의 경우 청구인과 OOO는 당초 OOO의 자산가치과 수익가치의 비율을 2:3으로 가중평균하여 신주 1주당 가액을 OOO으로 계산하였으나, 증권선물위원회의 자료(2017.9.10.)에 의하면, OOO는 매출과 매출원가 등을 허위계상하고 자산 손상차손을 미계상한 사실이 확인되는바, 법인의 자산이 재무상태표와 다른 사정이 있다면 실제 사정에 따라 주식가치를 재평가하여야 하므로(대법원 1993.7.27. 선고 90누10384 판결, 조심 2012서1775, 2012.6.29. 등 참조) 증권선물위원회의 분식회계 지적사항을 반영하여 OOO의 쟁점주식을 재평가(OOO는 평가전 3년간 결손법인이므로 순자산가치로만 평가)하면, 쟁점주식의 실질적 가치는 1주당 OOO이므로 OOO의 순자산가액인 OOO에 미달한다.

(다) 청구인은 양도소득세 이월과세 요건과 동일한 요건을 갖추어야 하는 취득세 면제와 관련하여 OOO가 OOO구청장을 상대로 제기한 취득세 부과처분 취소소송에서 OOO의 주식가액을 1주당 OOO으로 인정하였다고 주장하며 취득세 관련 판결을 제시하였으나, 동 판결은 청구인이 중소기업 통합대가로 취득한 ‘주식 수’가 주요쟁점이 된 사안으로, OOO의 분식회계 사실이 변론과정이나 법원의 판단과정에서 언급된 사실이 없으며, 행정소송에 대한 취소판결은

「행정소송법」제30조

제1항에 따라 그 사건에 관한 당사자인 행정청과 그 밖의 관계 행정청을 기속하는데, 여기서 관계 행정청은 취소된 처분을 기초 또는 전제로 하여 그 건과 관련되는 처분 또는 부수되는 처분을 행하는 행정청을 의미하므로 OOO가 제기한 취득세 관련 판결은 양도소득세 과세권자인 처분청을 기속하지 아니한다.

(2) 청구인은 분식회계 지적사항을 반영하여 OOO 비상장주식을 평가하면 쟁점주식의 시가가 1주당 OOO이라고 주장하나, 재평가하면서 2017.9.25. 증권선물위원회 조치통보내용 중 일부(자산손상차손 미계상분 OOO)를 반영하지 아니하였는바, 이를 반영하여 쟁점주식의 가치를 재평가하면, 쟁점주식은 1주당 OOO인 것으로 평가되므로 OOO의 순자산가액 보다 낮아 이월과세 요건을 충족하였다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 쟁점부동산을 현물출자하면서 그 대가로 인수한 주식가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 보다 적다고 보아 중소기업간 통합에 대한 양도소득세 이월과세 적용을 배제한 처분의 당부

② 증권선물위원회의 분식회계 지적사항을 감안하여 OOO 주식을 재산정하더라도 그 가액이 OOO의 순자산가액 이상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는

「소득세법」 제94조

에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우

「지방세법」 제13조

제2항 본문 및 같은 조 제5항의 세율을 적용하지 아니한다.

2. 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.5.10. 대통령령 제24534호로 개정된 것)

제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(

「국세기본법」 제39조

제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

(3) 상속세 및 증여세법(2013.1.1. 법률 제11609호로 개정된 것)

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

2. 제1호 외에 국채(國債)·공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령(2013.6.11. 대통령령 제24576호로 개정된 것)

제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(

「소득세법 시행령」 제158조

제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

(5) 행정소송법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정된 것)

제30조(취소판결등의 기속력) ① 처분등을 취소하는 확정판결은 그 사건에 관하여 당사자인 행정청과 그 밖의 관계행정청을 기속한다.

② 판결에 의하여 취소되는 처분이 당사자의 신청을 거부하는 것을 내용으로 하는 경우에는 그 처분을 행한 행정청은 판결의 취지에 따라 다시 이전의 신청에 대한 처분을 하여야 한다.

③ 제2항의 규정은 신청에 따른 처분이 절차의 위법을 이유로 취소되는 경우에 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 우선, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다.

1) 청구인은 2013.4.30. OOO와 청구인이 운영하는 개인기업인 OOO을 OOO와 통합한다는 내용의 중소기업통합계약을 체결하면서 OOO의 순자산가액을 OOO으로 보고, OOO가 쟁점부동산을 비롯한 OOO의 자산 및 영업일체를 인수하는 대가로 청구인에게 신주 3,511,463주(1주당 발행가액 OOO)를 발행·교부(3,511,463주 OOO)하되, 통합일은 2013.6.1.로 하기로 약정하였다가, OOO의 순자산가액을 OOO, OOO가 청구인에게 발행할 신주를 3,410,474주(액면가 OOO, 1주당 발행가액 OOO), 통합일을 2013.6.20.로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점통합계약을 수정한 다음, 2013.6.5. 서울북부지방법원에 신주발행 조사보고서 인가신청을 하였다.

OOO

2) OOO지방법원(2013비합10)은 2013.6.24. OOO가 보통주식 58,802주(쟁점부동산 감정평가액 OOO1주당 발행가액 OOO)을 발행하는 것을 인가하는 결정을 하였고, OOO는 2013.6.26. 청구인에게 보통주식 58,802주를 발행하고 2013.7.2. 쟁점부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

OOO는 2013.6.30. OOO을 통합하였고, 통합일을 기준으로 한 OOO의 순자산가액은 OOO(= 수정된 쟁점통합계약에서 OOO의 순자산가액으로 본 OOO + 쟁점통합계약상 승계대상 외에 추가로 승계한 구축물 및 전력설비의 가액 OOO + 쟁점통합계약상 부채 산정일과 실제 통합일 사이에 발생한 통합대상 부채 감소액 OOO)이다.

3) 이후 OOO는 2014.1.6.부터 2014.2.21.까지 청구인에게 수정된 통합계약서에 따른 3,410,474주를 발행기준으로 하여 나머지 3,351,672주를 1주당 OOO으로 발행하고, 2014.7.4. 35,613주를 1주당 액면가액인 OOO에 발행하였는바, OOO가 청구인에게 7차에 걸쳐 교부한 쟁점주식은 아래 ＜표2＞와 같다.

OOO

4) 처분청이 제출한 OOO 관할 세무서장인 OOO세무서장의 경정청구 검토보고서(2015년 3월)에 의하면, OOO는 2010사업연도～2013사업연도 기간동안 대출을 용이하게 하기 위하여 부당하게 제품매출액을 과다신고한 것이 금융위원회에 적출되어 분식회계정정 공시를 하였으므로 법인세 과세표준을 재계산하여 2010사업연도～2013사업연도 법인세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, OOO세무세무서장은 OOO에 대한 정정감사보고서가 금융감독원 전자공시시스템에 공시된 점, 금융감독원으로부터 주의.경고 조치를 받은 것이 「감사보고서에 대한 감리결과 조치통보」(감리 제2015-02698호, 2015.3.16.)로 확인되는 점 등을 고려하여, 법인세 2011사업연도분 OOO, 2012사업연도분 OOO에 대한 경정청구를 인용(2010사업연도분은 경정청구기간 도과)한 후 수시부과세액의 징수유예 건에 충당한 것으로 나타난다.

이와 관련한 증권선물위원회의 보도자료(2017.9.13.), 금융위원회가 OOO에 송부한 ‘감사보고서에 대한 감리결과 조치 통보’ 공문(공정시장과-1417, 2017.9.25.)에 의하면, OOO는 2010사업연도～2013사업연도 기간동안 아래와 같이 회계처리 기준을 위반하여 재무제표를 작성.공시함에 따라 증권발행제한 10개월, 대표이사 해임권고 및 검찰 고발 등의 조치를 받은 것으로 나타난다.

OOO

5) 처분청은 2019년 3월 위 증권선물위원회의 분식회계 지적사항을 반영하여 OOO 주식을 재평가(평가전 3년간 결손법인이므로 순자산가치로만 평가)하면, OOO의 주식은 1주당 OOO 미만이므로 쟁점규정의 이월과세요건을 충족하지 아니한다고 보아 2019.3.14. 청구인에게 이 건 처분을 하였다.

6) 한편, OOO는 2013.6.28. 쟁점부동산이 ‘존속기업이 소멸기업으로부터 취득하는 사업용 재산’에 해당한다고 보아 취득세 면제신고를 하였고, OOO구청장은 쟁점통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(OOO)의 중소기업자(청구인)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 수가 OOO의 쟁점부동산 취득일(2013.7.2.)까지 OOO가 청구인에게 발행한 58,802주라고 보고, 쟁점통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 가액 OOO이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 OOO보다 낮아 쟁점규정에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못하였다는 이유로 2015.1.20. OOO에게 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 부과하였다.

OOO는 이에 불복하여 행정소송을 제기하였고, 이에 대하여 OOO행정법원(2017.9.15. 선고 2016구합68786 판결)과 OOO고등법원(2018.3.30. 선고 2017누73305 판결)은 청구인이 통합으로 인하여 취득한 주식은 1차부터 6차까지 교부된 3,410,474주이고, 그렇다면 주식의 가액 OOO이 통합으로 인하여 소멸한 사업장OOO의 순자산가액 OOO보다 낮다는 이유로 취득세 부과처분이 적법하다고 아래 ＜표4＞와 같이 판단하였으나,

대법원(2018.7.20. 선고 2018두410188 판결)은 1차부터 6차까지 교부된 3,410,474주 뿐만 아니라 2014.7.4.자 액면가액 OOO으로 발행(7차)된 35,613주도 OOO과의 통합의 대가로 보아야 한다고 판단하며 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하였고, 파기환송심인 OOO고등법원(2018누56260)은 2018.12.5. 대법원과 같은 취지로 7차 발행분도 통합의 대가로 취득한 주식이라고 보고, 그렇다면, OOO의 순자산가액 OOO보다 7회에 걸쳐 청구인이 취득한 OOO의 주식의 가액OOO이 높다고 보아 취득세 부과처분을 취소하도록 아래 ＜표5＞와 같이 판결하였으며, OOO구청장이 재상고를 하지 아니하여 그대로 확정되었다.

OOO

(나) 청구인의 세부 주장과 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.

1) 대법원 판례(2012.12.13. 선고 2012두17865 판결)에 의하면, “

조특법 제119조

제4항, 제120조 제5항이 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여 등록세와 취득세를 면제하는 취지는 개인이 권리, 의무가 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리, 의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직 형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하여 재산 이전에 따르는 등록세, 취득세 등을 부과할 필요가 적다는 데에 있다. 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 한다. 사업양도인의 출자에 따른 신설법인의 “자본금”이 그 순자산가액에 미달하면 신설 법인으로서는 사업양수도 대가를 지급할 재원이 부족하여 그 순자산가액의 일부가 사업양수도 대가 지급을 위해 유출될 수밖에 없어 신설 법인이 사업양수도 대상의 순자산가액을 그대로 승계할 수 없게 되는 점 등을 고려해 보면, 기존 사업장의 자산과 부채 중 일부가 사업양수도 대상에서 제외되는 경우에 구 조특법 시행령(2009.6.19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것) 제29조 제4항의 ‘법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액’이란 기존 사업장의 순자산가액이 아니라 같은 조 제2항에 의한 사업양수도 대상에 포함된 것의 순자산가액을 의미한다고 해석함이 타당하다.”고 기재되어 있는바, 쟁점규정의 도입취지도 중소기업간 통합시 이전된 순자산가액의 유출을 막아 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 이전되도록 하기 위함이다.

2) 예를 들어, 기업자가 순자산 가액 OOO의 개인 사업을 법인에 통합하면서 취득하는 주식의 시가가 1원, 발행가액이 OOO인 경우, 발행가액이 순자산가액과 같아 통합의 대가로 기업자에게 현금을 추가 지급할 필요가 없으므로 순자산의 사외유출이 일어나지 아니하여 위 대법원이 설시한 이월과세의 입법취지에 부합하는 사례에 해당하는데, 쟁점규정의 ‘주식 또는 지분의 가액’을 발행가액이라고 보면 이월과세 요건을 충족하고, 시가라고 보면 이월과세 요건을 충족하지 아니하는 것으로 평가된다.

반대로 기업자가 순자산 가액 OOO의 개인 사업을 법인에 통합하면서 취득하는 주식의 시가가 OOO, 발행가액이 OOO인 경우, 발행가액이 순자산가액보다 낮으므로 신주 외 별도의 통합대가가 지급되어야 하므로 순자산 유출이 일어나 위 대법원 판례의 취지에 따르면 이월과세의 입법취지에 부합하지 아니하는 사례에 해당하는데, 쟁점규정의 ‘주식 또는 지분의 가액’을 발행가액으로 보면 이월과세 요건이 충족되지 아니하나, 시가라고 보면 이월과세 요건이 충족된다.

위 두 사례를 고려하면, 처분청의 의견대로 ‘주식 또는 지분의 가액’을 시가로 보면 사외유출이 발생되는 경우에 이월과세 요건을 충족하는 것으로, 사외유출이 없는 경우에 이월과세 요건을 충족하지 못한 것으로 평가되는 경우가 생기므로 이러한 해석은 기존사업장과 동일하게 사업을 승계하기 위해 쟁점규정을 도입했다고 설시한 위 대법원 판례의 입장에 배치된다.

3) 청구인은 OOO를 운영하면서 실적을 부풀린 재무제표를 공시하였다는 이유로 진행 중인 형사재판에서 혐의 일체를 인정하며 반성하고 있다. 쟁점통합계약 당시 추가적인 비용을 들이지 않더라도 주식을 추가 발행하였다면 쟁점규정의 요건을 충족시킬 수 있었을 것이고, OOO가 분식회계를 통해 실적을 과다하게 보고하여 오히려 더 많은 법인세를 납부했었던 점 등을 고려하면, 청구인은 조세를 탈루하기 위해 분식회계를 한 것이 아니다. 따라서, 앞서 설명한 청구주장과 같이 쟁점규정의 입법취지, 법문의 내용, 관련 취득세 판결 등을 종합적으로 고려하여, 쟁점규정의 ‘주식 또는 지분의 가액’은 발행가액을 의미하는 것으로 해석함이 타당하다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정에서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 “주식 또는 지분의 가액”이란 당초 발행가액(1주당 OOO)을 의미하므로 쟁점주식의 가액이 OOO의 순자산가액 이상이어서 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세 요건을 충족한다고 주장하나, 다음의 사정 및 사실들에 비추어 처분청이 쟁점주식의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액에 미치지 아니하므로 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

1)

조특법 제31조

및 쟁점규정은 중소기업 간의 통합을 통해 생산 또는 경영 규모의 적정화를 유도하기 위해, 존속기업이 소멸기업의 중소기업자에게 소멸기업의 순자산가액 이상의 통합대가를 지급하고 소멸기업을 통합하는 것을 양도소득세 이월과세 등을 통하여 장려하기 위한 규정인 점, 동 규정은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 ‘주식 또는 지분의 가액’이 통합으로 인하여 ‘소멸하는 사업장의 순자산가액’ 이상인 경우에 적용된다고 규정하면서, 여기서 ‘소멸하는 사업장의 순자산가액’은 통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다고 규정되어 있는바, 중소기업자가 이전하는 소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합일 현재의 시가로 평가된다면, 그 대가로 지급받는 ‘주식 또는 지분의 가액’ 또한 그 당시의 ‘시가’로 보는 것이 위 입법취지 및 규정 체계에 부합하는 해석인 것으로 보이는 점, 청구인도 OOO와 통합 당시 쟁점주식을

「상속세 및 증여세법」 제63조

및 같은 법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법으로 OOO의 주식가치를 평가하여 쟁점주식의 발행가액을 정한 점 등에 비추어 쟁점규정상 ‘통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’이란 쟁점주식의 실질가치, 즉 그 취득 당시의 시가를 의미하는 것으로 봄이 타당하다.

2) 증권선물위원회의 보도자료(2017.9.13.), 금융위원회가 OOO에 송부한 ‘감사보고서에 대한 감리결과 조치 통보’ 공문(공정시장과-1417, 2017.9.25.) 등에 의하면, OOO가 2010사업연도～2013사업연도에 분식회계한 사실이 외부감독기관에 의하여 확인된 것으로 나타나고, OOO도 이러한 분식회계 사실을 인정하고 재무제표를 정정공시하면서 경정청구를 통해 과다납부한 법인세를 환급받은 사실이 있으며, 위 증권선물위원회의 분식회계 지적사항을 반영하여 OOO 주식을 재평가(평가 전 3년간 결손법인이므로 순자산가치로만 평가)하면, OOO의 쟁점주식은 1주당 OOO에 미치지 못하는바, 청구인이 쟁점부동산의 현물출자 대가로 취득한 주식가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이 아니어서 이월과세요건을 충족하지 아니한 것으로 보인다.

3) 청구인은 취득세 관련 판결에서 대법원(2018.7.20. 선고 2018두410188 판결) 및 파기환송심인 OOO고등법원(2018.12.5. 선고 2018누56260 판결)은 쟁점주식의 가액을 1주당OOO이라는 전제 하에 청구인이 통합으로 인해 취득한 주식의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액보다 낮지 아니하여 쟁점규정의 이월과세 요건을 갖춘 것으로 판단하였으므로 이 건 양도소득세 이월과세 요건의 충족여부를 판단함에 있어서도 쟁점주식의 가액을 1주당 OOO인 것으로 계산하여야 한다고 주장하나, 동 판결은 존속법인이 발행하여 소멸기업의 중소기업자가 수 차례에 걸쳐 취득한 주식을 모두 ‘통합의 대가로 취득하는 주식’에 해당된다고 볼 수 있는지에 대하여 판단한 것으로, 변론과정 전반에 걸쳐 쟁점주식의 가치 평가에 영향을 미치는 분식회계사실을 다룬 사실이 없으므로 사안이 다른 동 판결을 이 사건에 원용하는 것은 적절하지 아니하다고 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점통합계약으로 인해 발행된 주식의 가액을 시가로 보더라도 세무법인을 통해 재평가한 결과, OOO는 3년 연속 결손법인이므로

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

제4항 제3호에 따라 순자산가액으로만 주식을 평가하여야 하고, 분식회계 지적사항을 반영하여 쟁점주식을 재평가하면, 아래 ＜표6＞과 같이 1주당 OOO으로 평가되므로 이월과세요건을 충족한다고 주장하며, 세무법인 OOO의 “「상속세 및 증여세법」에 따른 비상장주식 가치평가보고서(2012.12.31. 현재)”를 제출하였다.

OOO (나) 처분청은 청구인이 제출한 쟁점주식 평가자료를 보면, 증권선물위원회가 지적한 자산손상차손 미계상분 OOO이 자산조정항목에 반영되어 있지 아니하므로 이를 반영하여 OOO 주식을 재평가하면, 아래 ＜표7＞과 같이 1주당 OOO이므로 이월과세 요건을 충족하지 아니한다는 의견을 제시하였다.

OOO (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정의 “주식 또는 지분의 가액”을 시가로 보더라도 분식회계내용을 감안하여 쟁점주식을 재산정하면, 1주당 가액은 OOO이므로 쟁점주식의 가액은 OOO의 순자산가액 이상이어서 이월과세 요건을 충족한다고 주장하나, 청구인이 제출한 ‘「상속세 및 증여세법」에 따른 비상장주식 가치평가보고서’에 의하면, 증권선물위원회가 지적한 자산손상차손 미계상분 OOO이 자산조정항목에 반영되어 있지 아니한 것으로 나타나고, 이 부분을 반영하여 쟁점주식을 재계산하면, 쟁점주식은 1주당 OOO이 되는바, 청구인이 이 사건 통합으로 인하여 취득한 쟁점주식의 가액은 OOO이 되므로 통합으로 인하여 소멸하는 OOO의 순자산가액 OOO에 미치지 못함은 계산상 명백하다.

따라서, 청구인이 쟁점부동산의 현물출자 대가로 취득한 주식가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이 아니어서 이월과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.