조심 2023서9817 (2024.01.16)

용산세무서장이 2023.6.13. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “A”라 한다)는 2020.9.10. 코스닥증권시장에 상장되었고, 청구인은 포괄적 주식교환.주식매수선택권 행사로 발행주식 196,500주를 보유하고 있었으며, 2020년 및 2021년에 187,832주를 양도하였고, 세부 취득내역은 다음과 같다.

＜표1＞ 청구인 A 주식 취득내역

(단위 : 주, 원)

* 2017년에 취득한 주식 71,500주는 2018년 액면분할(1대 50)과 무상증자(1주당 9주 배정)를 거친 후의 주식수를 표기한 것임

(1) 청구인은 2017.1.20. 주식매수선택권을 행사하여 A 주식 94주(액면분할 및 무상증자 후 47,000주)를 취득하였다.

(2) 청구인은 2017.12.22. ㈜D 주식을 포괄적 주식교환에 의하여 A에 양도하고 그 대가로 A 주식 49주(액면분할 및 무상증자 후 24,500주)를 취득하였으며, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제38조에 따라 그 주식의 처분시까지 주식양도차익에 상당하는 양도소득세의 과세이연(주식의 포괄적교환에 대한 과세특례)을 적용받았고, 청구인은 2017년에 취득한 A 주식 71,500주를 B증권 계좌에 위탁ㆍ관리하고 있었다.

(3) 한편, 청구인은 주식매수선택권을 행사하여 2020.11.4. 40,000주를, 2020.12.4. 85,000주를 취득하여 동 A 발행주식을 C증권 계좌에 위탁ㆍ관리하고 있었다.

나. 청구인은 A가 코스닥시장에 상장된 2020.9.10. 이후 보유주식 196,500주 중 187,832주를 2020년과 2021년에 순차적으로 장내거래를 통해 양도하였다.

＜표2＞ 청구인 주식양도 내역

(단위 : 주, 원)

다. 청구인은 과세이연의 특례가 적용되는 2017.12.22. 취득한 A 24,500주(이하 “쟁점특례주식”이라 한다)가 먼저 양도(2020년)된 것이고 이에 따라 양도주식의 취득시기가 불분명한 경우에 해당한다 하여 선입선출법에 의하여 양도주식의 취득원가를 산정하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다(2020년 양도분은 비과세).

* 2019년 말 코스닥 상장주식 대주주요건(지분율 1% 및 시가총액 OOO원) 미달에 따라 2020년 양도분 125,000주는 양도소득세를 신고하지 않았고, 2020년 말 보유주식 71,500주의 시가총액이 OOO원을 초과하여 코스닥 상장주식 대주주요건을 충족하여 2021년 양도분 62,832주는 양도소득세 신고

라. 처분청은 주식별 위탁계좌 및 양도시기에 의하여 연도별 양도주식 및 그 취득원가가 개별적으로 확인된다고 보아 ＜표3＞과 같이 개별법에 의하여 양도주식을 식별(쟁점특례주식은 2021년에 양도)하여 2023.6.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 과소신고 OOO원 및 납부지연 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

＜표3＞ 처분청의 연도별 양도주식 및 그 취득원가 산정(개별법)

(단위 : 주, 천원)

＜표4＞ 청구인의 연도별 양도주식 및 그 취득원가 산정(선입선출법)

(단위 : 주, 천원)

※ 과세이연이 적용되는 쟁점특례주식 양도시 상장법인 소액주주에 해당하는 경우에는 양도소득세가 비과세됨(사전 2017법령해석재산-35, 2018.10.8.)

＜표5＞ 2020년 양도주식 125,000주의 구분 내역 비교

마. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 시행령 제35조의2

제4항 후단에서 “이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다”고 규정하고 있어 쟁점특례주식 24,500주를 2020년에 양도된 것으로 보아야 하고 이후 양도되는 주식의 경우 적용해야 하는 취득단가의 정확한 산정이 불가능하여 선입선출법을 적용하여야 하므로 과세처분을 취소하여야 한다.

(1)

조특법 시행령 제35조의2

제4항에 따라 쟁점특례주식이 2020년에 먼저 양도한 것으로 보아야 한다.

(가) 처분청은 2020년 주식양도시 B증권이 아닌 C증권 계좌를 사용함에 따라 2017년 포괄적 주식교환에 따른 과세이연을 적용받은 쟁점특례주식의 양도가 발생하지 않아

조특법 시행령 제35조의2

제4항을 적용할 수 없고, 쟁점특례주식이 위탁된 B증권 계좌에서 최초로 양도가 발생한 2021년에 당해 조항을 적용하여 사실상 ‘개별법’으로 취득원가를 산정하였으나, 다음과 같이

조특법 시행령 제35조의2

제4항은 ‘증권계좌’가 아닌 ‘청구인’을 기준으로 적용하여야 하므로 청구인이 최초로 A 주식을 양도한 2020년에 2017년 포괄적 주식교환으로 취득한 쟁점특례주식을 먼저 양도한 것으로 보아야 한다.

1) 처분청의 주장과 같이 포괄적 주식교환에 따른 과세이연이 중단되는 시점을 ‘청구인’이 아닌 ‘증권계좌’를 기준으로 판단할 경우 납세자는 과세이연을 적용받는 주식이 위탁된 계좌 이외의 계좌에서 주식을 양도하는 방식으로 과세이연 효과의 중단 시기를 임의로 조정할 수 있는바,

조특법 시행령 제35조의2

제4항은 납세자가 보유한 모든 주식에 우선하여 과세특례를 적용받는 주식을 먼저 양도하는 것으로 해석함이 타당하다.

2) 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례는 기업 구조조정 지원을 위해 부여한 일종의 혜택으로 과세관청은 납세자가 과세특례의 사후관리요건을 충족하지 못할 경우 과세이연 받은 세액을 조기에 확보할 필요성이 존재하고,

조특법 시행령 제35조의2

제4항 규정은 과세특례를 적용받은 주식이 처분되었을 때 과세이연이 중단되는 시점을 명확히 하여 과세이연 받은 세액을 조기 확보하는데 그 입법 취지가 있으며, ‘증권계좌’가 아닌 ‘청구인’을 기준으로 과세이연이 중단되는 주식의 처분 시점을 판단하는 것이 과세이연 받은 세액을 가장 빠르고 일관성 있게 확보할 수 있다는 점에서 당해 법령의 입법 취지에 부합하는 해석이다.

3) 청구인은

조특법 시행령 제35조의2

제4항의 명확한 법 규정에 따라 ‘선입선출법’을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 증권계좌 구분에 따른 ‘개별법’ 적용에 대해서 명확한 과세근거를 제시하지 못하고 있고, 이는 법령에 따라 성실하게 납세의무를 부담한 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 저해하는 부당한 처분이다.

(나) 이 건과 동일한 과세체계인

조특법 제38조의2

지주회사 설립에 대한 과세특례와 관련한 유권해석(부동산거래관리과-99, 2012.2.13.)에서 과세관청은 과세특례 적용 주식을 청구인이 보유한 모든 주식에 우선하여 먼저 양도한 것으로 보아야 한다고 해석하고 있다.

유권해석의 사례를 보면, 과세이연을 적용받은 주식이 위탁된 ⓑ증권계좌가 아닌 ⓐ증권계좌에 위탁된 주식을 양도하였을지라도 양도소득세 과세시 ⓑ증권계좌에 위탁된 과세특례를 적용받은 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 과세이연이 중단되는 주식의 처분 시점을 ‘증권계좌’가 아닌 ‘청구인’을 기준으로 판단하였음을 확인할 수 있다.

＜표6＞ 조특법 시행령 규정 비교

(2) 쟁점특례주식이 먼저 양도된 것으로 보아야 하므로, 이에 따라 청구인이 양도한 다른 주식은 그 취득시기를 특정할 수 없게 되었는바,

「소득세법 시행령」제162조

제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것(선입선출법)으로 보아야 한다.

(가) 처분청은 청구인의 증권계좌별로 양도주식의 취득시기를 확인할 수 있는 것으로 보아 “개별법”을 사용하여 취득원가를 산정하였으나, 오히려 다음과 같이 각각의 양도시점에 청구인의 증권계좌별로 양도된 주식의 취득시기를 확인하는 것으로 불가능하다는 것을 확인할 수 있다.

(나) 청구인 보유주식은 코스닥시장 상장주식으로 증권계좌에서 장내거래로 양도하는 경우 실제 계좌에서 양도되는 주식을 주권발행번호, 거래명세서 등을 통해 특정할 수 없었고, 상장 이전에 취득한 일부 주식의 경우 2018년 통일주권을 발행하는 과정에서 이미 주식이 혼합되어 그 특성을 상실하였다고 볼 수 있어 양도주식의 취득시기 등을 확인하는 것이 사실상 불가능하였다.

(다) 쟁점특례주식은 포괄적 주식교환에 따른 과세특례를 적용받은 주식으로

조특법 시행령 제35조의2

제4항에 따라 당해 주식을 먼저 양도한 것으로 간주하고, 실제 양도가 발생한 C증권 계좌가 아닌 B증권 계좌에 위탁된 주식을 기준으로 취득가액을 산정하여야 하는바, 청구인의 보유한 주식을 증권계좌별 구분하는 것 자체가 무의미해지고, 실제 양도한 주식과 관련 법령에 따라 양도한 것으로 보는 주식의 차이로 인해 각각의 양도시점마다 양도주식의 취득시기를 개별적으로 확인하는 것이 사실상으로 불가능하다.

(라) 예를 들어, 이 건에서 청구인은 2020년에 C증권 계좌에 위탁된 보유주식 125,000주를 모두 양도하였으나, 관련 법령에 따라 포괄적 주식교환에 따른 과세특례를 적용받은 쟁점특례주식 24,500주를 먼저 양도한 것으로 간주하면 24,500주를 제외한 나머지 쟁점주식 100,500주는 어떤 주식을 양도한 것으로 보아야 할지에 대해서 관련 법령상 명확한 규정이 존재하지 않는다.

(마) 또한, 2021년 주식 양도의 경우도 청구인은 B증권 계좌에서 쟁점주식 62,832주를 양도하였으나, 과세특례 규정의 적용으로 인해 B증권 계좌에 위탁된 쟁점주식 중 24,500주는 이미 2020년에 양도한 것으로 간주되었는바, 당해 쟁점주식 24,500주를 제외한 나머지 양도주식 38,332주의 개별 취득시기는 특정할 수 없다.

(바) 위와 같이 청구인의 양도한 주식의 취득시기를 판단할 때 양도주식의 주권발행번호, 장부 및 거래명세서, 별도의 계좌 등을 통해 개별적으로 그 취득시기를 확인할 수 없다고 볼 수 있으며,

「소득세법 시행령」제162조

제5항의 규정에 의하여 취득원가 산정시 선입선출법을 적용하는 것이 타당하다.

(3) 이 건 처분은 처분청과 청구인의 세법 해석상 견해 차이로 인해 발생한 것으로 청구인에게 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는 바, 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

(가)

「국세기본법」제48조

제1항 제2호에서는 납세자가 의무를 이행하지 아니하는데 정당한 사유가 존재하는 경우 가산세를 부여하지 아니한다고 규정하고 있으며, 대법원(2002.8.23.선고 2002두66 판결)은 “세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다.”고 판시한 바 있다.

(나)

「조세특례제한법」제38조

는 “쟁점특례주식을 먼저 처분한 것으로 본다”고만 규정하고 있을 뿐 취득원인 등이 서로 다른 주식이 혼재되어있는 경우 취득원가 산정방식에 대한 법 문구는 존재하지 않으며, 관련 유권해석 및 선결정례 또한 존재하지 않은 상황에서 청구인은 소득세법을 준용하여 양도소득세 납세의무를 부담할 수밖에 없는 상황이었을 뿐 납세의무를 부담하는 과정에서 청구인의 과실 또는 법령의 오해는 존재하지 않는다.

(다) 처분청 또한 답변서에서 “청구인의 주장대로 쟁점주식 24,500주가 양도되지 않았음에도 귀속시기와 관계없이 먼저 양도한 것으로 보아 양도차익을 산출하면, 이후 양도하는 주식의 양도차익 산정은 언제 취득한 주식을 먼저 양도한 것인지 취득가액이 불분명하게 된다”고 명시하여 취득원가 산정시 선입선출법을 사용할 수밖에 없음을 인정하고 있는바, 청구인에게 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 보유하던 쟁점특례주식 등 2017년에 취득한 주식은 다음과 같이 개별법 등에 의하여 2021년에 양도된 것으로 보아야 하므로 청구주장은 이유 없고 과세처분은 정당하다.

(1) 청구인 보유주식 양도는 위탁계좌별로 구분되므로 개별법에 의하여 그 취득시기가 분명하게 확인된다. 따라서 비과세가 적용되는 2020년에 양도된 125,000주는 2020년에 주식매수선택권 행사로 취득한 주식임이 명백하다.

(가) 양도소득세 집행기준 98-162-20에서는 양도주식의 취득시기를 판정할 때 양도한 주식의 주권발행번호, 별도의 계좌 등으로 취득시기를 확인할 수 있는 경우 ‘그 확인되는 날’이 취득시기가 되는 것이며, 양도주식의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 “먼저 취득한 주식을 먼저 양도(선입선출법)한 것으로 본다”고 규정하고 있다.

(나) 청구인이 2017년 코스닥 상장 전 주식의 포괄적 교환을 통해 취득한 쟁점특례주식을 포함한 71,500주는 청구인의 B증권 계좌에 입고되었다가 보호예수가 종료된 2021.3.10. 이후 2021년 양도된 사실이 청구인의 제출자료 등을 통해 확인되고,

2020년 코스닥 상장 및 청구인의 등기임원 퇴임 후 행사한 주식매수선택권으로 취득한 125,000주는 대금납입 후 C증권 계좌에 입고되었다가 타 계좌로의 대체입출고 없이 2020년 중 전량 양도하였음이 확인되는바,

동일종목의 주식을 취득원인에 따라 별도의 금융회사 및 계좌를 통해 관리한 사실이 확인되므로 양도주식의 취득시기를 확인할 수 있어 양도주식의 계좌별로 각 귀속연도에 해당하는 양도차익을 계산하는 것이 타당하다.

(2) 과세이연된 쟁점특례주식의 과세이연 중단시기는 조특법 및 관련 시행령에 따라 청구인이 쟁점특례주식을 처분한 때로 보아야 한다.

(가)

조특법 제38조

제1항 및 같은 법 시행령 제35조의2 제4항은 주식의 포괄적 교환등을 통해 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 명확히 규정하고 있는바,

청구인이 2017년 취득한 쟁점특례주식 등은 2018년 B증권계좌로 입고된 이후 2021.3.10.까지 보호예수상태로 그 기간 중 처분은 불가능하였고 이는 과세이연이 계속 진행중이었음을 알 수 있다.

(나) 청구인은

조특법 시행령 제35조의2

제4항 후단 “이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다”는 규정을 들어 쟁점특례주식 24,500주를 2020년에 양도된 것으로 보고 이후 양도되는 주식의 경우 적용해야 하는 취득단가의 정확한 산정이 불가능하므로 선입선출법을 통해 2020년 및 2021년 귀속 주식의 양도차익을 구해야 한다고 주장하나,

청구인의 주장대로 쟁점주식 24,500주가 양도되지 않았음에도 귀속시기와 관계없이 먼저 양도한 것으로 보아 양도차익을 산출하면, 이후 양도하는 주식의 양도차익 산정은 언제 취득한 주식을 먼저 양도한 것인지 취득가액이 불분명하게 되어 양도차익 산정이 불분명하게 되는바, 이는 법의 일부만을 확장?유추해석하여 적용한 불완전한 신고가 되는 것이다.

(다)

조특법 제35조의2

제4항 전단의 “거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다”내용의 규정은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식이 양도될 때 과세이연의 중단사유가 발생하는 것을 의미하는 것이고,

청구인이 2020년에 C증권계좌를 통해 양도한 주식의 취득원인을 검토하면 주식매수선택권으로 취득한 주식일 뿐 과세이연된 쟁점특례주식은 포함되어있지 않고, 2021년에 B증권계좌에서 보호예수종료(2021.3.10.) 후 양도한 주식은 쟁점특례주식이 포함되어 있어 비로소 관련법에 따른 과세이연이 중단된 것을 확인할 수 있다.

또한 쟁점특례주식이 양도되는 2021.3.11.~2021.12.31. 기간 중 주식의 포괄적 교환 외의 방법으로 취득한 47,000주의 일부 또한 양도되었으므로, 이 때에 동 규정 후단을 적용하여 쟁점주식 24,500주가 먼저 양도된 것으로 보아 2021년 주식의 양도차익을 계산하는 것이 타당하므로 청구인의 주장은 기각되어야 한다.

(3) A는 2017년 다수의 법인과 주식의 포괄적 교환을 통해 완전모회사주식을 주주에게 교환?교부한 사실이 있고, 이 시기에 A 주식을 취득한 다른 주주는 청구인과 동일하게 상장 전에 포괄적 교환으로 취득한 주식과 상장 후 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 별도계좌로 관리하고 각 계좌별로 양도시기 및 양도차익을 계산하여 신고하였으며, 특히 2021년 주식 양도소득세 신고시 과세이연이 중단된 포괄적 교환으로 취득한 주식의 과세이연된 양도차익을 합산하여 양도소득세를 신고 및 납부한 사실이 있다.

(4) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결)인바

법령의 일부를 확장해석하여 양도한 주식의 취득시기를 임의로 조정하여 양도차익을 과소하게 산정함으로써 신고의 정확성을 저해하는 청구인의 주장은 이유 없다.

(5) 청구인은 이 건 과세처분이 처분청과 청구인의 세법 해석상 견해 차이로 인해 발생한 것으로, 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 해당하여 가산세 부과처분을 취소하여야 한다고 주장하나 다음과 같이 이유 없다.

(가) 처분청의 이 건 양도소득세 과세처분은 청구인이 관련 법령을 자의적으로 해석하여 과소하게 신고하고 과세이연 받은 사항에 대한 신고를 하지 않아 적법한 절차에 따라 그 과소신고 내용을 바로잡고 경정고지한 것이다.

(나) 청구인은 세법규정을 통해 양도소득세 신고를 적정하게 할 수 있었음에도 이를 이행하지 않았고, 이 건의 경우는 그동안 납세자에게 세법해석의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었다고 볼 수 없으므로, 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 가산세 감면의 정당한 사유가 없다.

(다) 한편 청구인은 처분청의 답변 일부를 인용하여 ‘청구인이 취득원가 산정시 선입선출법을 사용할 수밖에 없음’을 인정하였다고 주장하면서 가산세 감면 대상이라고 주장하나, 처분청은 청구인의 선입선출법 사용을 인정하는 것이 아니고, 관련법에 의거 양도주식의 취득시기, 취득원가 산정을 할 수 있음에도 법의 일부를 확장ㆍ유추해석함으로 인해 귀속시기별 양도차익 산정이 불분명하게 되는바, 개별법을 통해 양도주식의 귀속시기별 취득원가 및 양도차익 산정을 명확히 하기 위한 것이므로, 이 사실이 가산세 감면의 정당한 사유가 될 수 없다.

(라) 대법원에서도 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이고(대법원 1999.9.17. 선고 1998두16705 판결),

단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는 것이지만, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2020.1.28. 선고 2020두44725 판결)고 판시하고 있다.

(마) 따라서 이 건 처분은 청구인의 주장과 같이 세법해석상의 의의로 인한 견해의 차이 등으로 과세된 것이 아니라 청구인의 자의적 세법해석에 따른 2021년 귀속 양도소득세 과소신고분 경정고지처분인 바 가산세 부과는 정당하므로, 청구인의 주장은 기각되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 과세이연이 적용되는 포괄적 교환으로 취득한 쟁점특례주식과 다른 방법으로 취득한 같은 회사 주식을 함께 보유하다가 그 회사 발행주식을 양도한 경우, 쟁점특례주식을 먼저 양도한 것으로 볼 수 있는지 여부 및 쟁점특례주식이 먼저 양도된 것으로 볼 경우 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 아니하게 되어 선입선출법을 적용할 수 있는지 여부

(2) 세법해석상 의의(疑意)로 인해 납세자에게 정당한 사유가 있는 경우로 보아 가산세를 감면할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)

소득세법 제98조

【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(2)

소득세법 시행령 제162조

【양도 또는 취득의 시기】⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(3) 조세특례제한법

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “과세이연”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 조에서 “과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

제38조【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어

「상법」 제360조의2

에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “주식의 포괄적 교환등”이라 한다) 에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. (각 호 생략)

(4)

조세특례제한법 시행령 제35조의2

【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. (2017.2.7. 개정)

(5)

국세기본법 제48조

【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 계산한 연도별 주식양도차익의 세부내역은 다음 ＜표6＞ 및 ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 처분청이 계산한 연도별 주식양도차익 세부내역

(단위 : 주, 천원)

＜표7＞ 청구인이 계산한 연도별 주식양도차익 세부내역

(단위 : 주, 천원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대,

조특법 시행령 제35조의2

제4항은 “거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.”고 규정하고 있는바,

처분청은 이를 좁은 의미로 해석하여, 위 규정의 특례주식과 다른 방법으로 취득한 주식이 함께 양도되고 이 때 주식이 서로 혼재되는 등의 사유로 양도의 선후관계가 불명확할 경우에만 특례주식이 먼저 양도된 것으로 보아야 하고, 따라서 본 건에서 청구인이 쟁점특례주식과 그 밖의 주식을 구별하여 위탁계좌별에 나누어 관리하였고 특히 쟁점특례주식의 경우 보호예수기간이 경과된 2021년에 양도된 것이 분명하므로, 2021년에 한정하여 쟁점특례주식과 그 밖의 주식 중 쟁점특례주식이 먼저 양도되었다는 의견이나,

주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례는 기업 구조조정 지원을 위한 세법상 혜택으로, 주식을 처분하는 등의 사유가 있으면 과세특례를 조기에 중단할 필요가 있고, 이러한 점을 고려하여

조특법 시행령 제35조의2

제4항에서 과세이연이 중단되는 시점을 세부적으로 규정한 것으로 보이므로, 동일한 회사가 발행한 특례주식과 그 밖의 주식을 함께 보유하다가 그 회사의 주식을 양도하면 특례주식을 먼저 양도한 것으로 해석하는 것이, 특례주식의 장기보유를 촉진하고 주식 양도시 과세이연을 조기중단하려는 취지에 부합하고, 이와 달리 다른 방법으로 취득한 주식을 처분하였음에도 단지 특례주식을 보유하였다는 이유만으로 과세이연의 혜택은 계속 누리게 하는 것은 불합리해 보이는 점,

이 건과 조문체계가 유사한 지주회사(현물출자) 특례주식의 사안에서, 특례주식과 그 밖의 주식이 서로 다른 증권계좌에서 관리되어 특례주식이 실제로 양도되지 아니하였음에도 다른 주식의 양도시점에서 특례주식이 먼저 양도된 것으로 본 유권해석(부동산거래관리과-99, 2012.2.13.)도 있는 점 등을 종합하면 쟁점특례주식은 실제 양도시기(2021년)와 무관하게 다른 방법으로 취득한 주식이 양도된 2020년에 먼저 양도된 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

또한,

소득세법 시행령 제162조

제5항은 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다(선입선출법)고 규정하고 있는바, 위에서 본바와 같이 2020년에 다른 방법으로 취득한 주식이 C증권에서 양도되었음에도 B증권에 위탁된 쟁점특례주식(2017년에 취득하여 2021년에 양도)이 먼저 양도된 것으로 보아야 하고, 이에 따라 양도주식의 실제흐름과 법령상 적용되는 내용이 다르게 되어 청구인이 양도한 주식 중 쟁점특례주식을 제외한 나머지 주식은 위탁 증권계좌별로도 그 취득시기가 분명하지 아니하게 되었으므로 청구주장대로 선입선출법에 의하여 취득시기를 구별하는 것이 타당해 보인다.

따라서 처분청이 쟁점특례주식의 양도시기를 2021년으로 하여 개별법 등에 의하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.