조심 2011서2344 (2011.11.18)

OOO세무서장이 2011.6.1. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 상장법인으로서, 1933.12.18. 주류의 제조 및 판매회사인 OOO 주식회사로 설립되어 수차례의 상호 변경을 거쳐 1998.9.1. 현재의 상호로 명칭을 변경하였고, OOO 주식회사 등 관계회사의 흡수합병 및 구조조정을 거쳐 2009.1.1.부터 전자 등의 사업을 영위하는 지주회사가 되었다. 나. 청구법인은 1979.6.7. 미국시장 수출입업무 전담회사로서 해외 자회사OOO라 한다)을 뉴욕에 설립하였고, 1992.7.7. 해외 자회사OOO”라 한다)를 설립(청구법인에 1998.9.1. 흡수합병된 OOO주식회사가 설립)하였으며, 다음 <표1> 및 <표2>와 같이 해외 자회사들이 설립 이후 실시한 유상증자(이하 “이 사건 유상증자”라 한다)에 참여하여 OOO의 합계액임)을 납입하였다. <표1> OOO 다. 청구법인은 이 사건 유상증자로 납입한 OOO을 기업회계상 해당 주식의 취득원가로 계상하면서 관련 투자주식을 지분법으로 평가하여 왔고, 2004년부터는 납입액 전부를 지분법평가손실로 계상(장부상 취득가액 0원)하면서 세무조정을 통해 OOO원을 손금불산입하였다. 라. 청구법인은 2009.3.2. 해외 자회사에 대한 보유주식 전부를 주식 회사 OOO”라 한다)에게 양도하였으나(청구 법인은OOO투자주식을 포함하여 주류사업부문을 총 OOO원에 양도하였고, OOO투자주식에 대한 양도대가는OOO원이다), 손금불산입한 지분법평가손실 누계액 OOO원을 손금산입하지 아니하고 2009사업연도 법인세를 신고하였다. 마. 청구법인은 해외 자회사 OOO투자주식을 모두 처분하였으므로, 이와 관련하여 손금불산입한 지분법평가손실 누계액 OOO원을 2009사업연도 법인세 소득금액 계산시 손금산입하여 2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 경정청구를 2011.4.14. 처분청에 하였고, 처분청은 2011.6.1. 경정청구를 거부하였다. 바. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 해외 자회사의 이 사건 유상증자에 참여한 거래는 경제적 합리성을 지닌 거래로서 부당행위계산부인 대상이 될 수 없다. (가) 해외 자회사OOO는 청구법인의 투자수익 창출 외에도 직접적인 청구법인의 매출수입 증대 목적으로 설립 및 운영되어 왔고, 유상증자를 통해 계속기업으로서 존속하게 함으로써 손익을 정상화하여 청구법인의 손실을 최소화하기 위한 것이므로 OOO에 대한 유상증자 참여는 경제적 합리성이 있다. 1)OOO는 청구법인이 제조한 주류의 미국시장 수출입업무 전담회사로서 청구법인이 1979년 미국에 설립한 해외 자회사이고, OOO를 통하여 청구법인의 제품 및 상품을 미국시장에 수출판매하고 청구법인이 필요로 하는 기계부품 또는 식료품 등을 수입하여 왔다. 2) OOO는 주된 영업이 청구법인 주류사업부의 대미 수출창구 기능위주로 재편됨에 따라 당초의 설립지인 뉴욕으로부터 미국 내 청구법인 주류매출 비중이 가장 큰 로스앤젤레스로 사업장을 이전할 필요성이 대두되어, 1998년 8월경 로스앤젤레스에 소재한 OOO와의 합병을 통해 로스앤젤레스로 이전하게 되었고, IMF를 전후로 한 1998년부터 2000년까지의 유상증자를 통하여 일시적인 자금난을 해소한 이후 2005년부터 2007년까지는 다음 <표3>과 같이 지속적으로 영업이익 및 당기순이익을 시현하였는바, 이처럼 유상증자를 통하여 계속기업으로서 존속하게 함으로써 종국에는 손익을 정상화하는 등, 청구법인의 손실을 최소화하기 위해 반드시 필요한 것이었으므로 유상증자에의 참여는 경제적 합리성을 지닌 거래이다. <표3> 청구법인 주류사업부문 처분 전 3개년간 OOO (나) 청구법인은 OOO통한 미국시장 진출 전략을 이행함에 있어 최소한의 투자로 최대의 이익을 실현하고자 직접투자금액을 최소화하고, OOO 영업자금의 대부분은 OOO가 직접 차입조달하도록 하였으며, 청구법인이 유상증자를 통해 해외 자회사로 하여금 보증채무를 해소하도록 한 것은 청구법인 스스로의 이익을 위하여 불가피한 것이었는바, 이는 경제적 합리성이 있는 거래에 해당한다. 1) 1992.7.7. 설립된 OOO는 설립초기 미화 3.6백만불을 투자하여 세계적인 패션업체인OOO.의 신발사업을 양수함과 동시에 10년간 OOO 운동화 브랜드에 대한 전세계 독점사용권 계약을 체결하였고, 이에 따라 OOO.에게 순매출액의 OOO%를 브랜드 로열티로 지급하되 일정한 수준의 최소로열티를 보장하며, 약정된 매출액을 달성하지 못하는 경우에는 브랜드 독점사용권 계약이 자동 해지되는 내용으로 약정하였으나, 1997년까지 약정 매출액을 달성하지 못하여 사업에 중대한 어려움을 겪었고, 영업적자와 결손 누적으로 인하여 미화 3천만불이 넘는 누적 결손금을 기록하였으며, 이에 따라 사업을 영위하는 것이 어려운 상황이었고, 청구법인은 국내은행 해외지점 등으로부터 차입한 OOO의 부채에 대하여 지급보증을 제공하던 중, 1998년 IMF 사태를 겪으면서 은행들이 OOO에 대한 보증채무 해소를 요구함에 따라 불가피하게 OOO에 몇 차례 증자를 하여 OOO로 하여금 동 증자대금을 재원으로 다음 <표4>와 같이 채무를 상환하도록 한 후, 1998.8.27. OOO에 흡수합병시킨 결과 피합병법인 OOO는 소멸되었다. OOO 2) 청구법인은 2010.12.31. 의류 관련 영업을 중단하기 전까지 패션산업에 종사한 바 있고, 1992.8.12. 국산 신발의 최대 수출시장인 미국 현지에 신발 판매법인을 설립하여 후발 개도국의 추격에 대응하며, 국내 신발업계의 대미지역 수출경쟁력을 제고하는 등 궁극적으로는 미국 현지에 국내생산 신발제품 유통기반을 구축함으로써 수출을 안정화할 계획으로 미국 캘리포니아에 자회사 OOO를 설립하였다. 3) 청구법인은 유수의 운동화 산업에서 중역으로 활동하던OOO를 영입하여OOO의 대표이사로 선임하였고, 청구법인과 OOO가 각각 99:1의 비율로 출자하여OOO를 설립함과 동시에 OOO.의 스포츠웨어 사업부OOO을 자산양수도 방식으로OOO백만달러에 인수하면서 10년간 OOO운동화 브랜드에 대한 독점 사용권 계약을 체결함으로써 청구법인의 미국시장 진출전략 실현을 위한 초석을 마련하였다. 4) OOO를 통한 청구법인의 이 같은 미국시장 진출전략의 핵심은, 청구법인이OOO 위하여 판매용 신발의 구매를 대행하고 OOO로부터 총 구매금액의 5% 가량을 수수료로 수취함으로써 OOO주식가치 제고를 통한 투자수익 달성 이외에도 청구법인의 직접적인 수수료수입을 창출하는 데 있었고, 아울러 청구법인은 국내산 신발을 OOO에 공급함으로써 국내 신발제조업계의 미국시장 개척에 기여함으로써 업계 전반의 수출증대를 꾀하였다. 5) 청구법인은 1992.8.12.OOO설립 당시 미화OOO을 투자하여 설립하면서 OOO차입금 등을 제공한 사실이 없고, OOO 설립초기인 1992년에 OOO달러에 양수하면서 시험용 금형 및 기타 비품 등 취득에 OOO를 사용하였으며, 판매용 신발제품 매입에OOO를 투입하는 등 대규모의 영업자금을 지출하였다. 6) OOO는 정상적인 영업활동을 위한 기본적인 준비과정에만 하더라도 상당한 영업자금이 소요된 반면, 청구법인의 투자금액으로는 이를 충당하기에 턱없이 부족한 상황이었으므로 대규모의 차입금 조달이 불가피하였고, 이에 따라 1992년말 기준OOO 은행차입금 규모는 미화 OOO에 달하였다. 7) 청구법인은 직접적인 투자금액을 최소화하면서OOOI로부터 수취할 청구법인의 수수료 수입을 극대화하기 위해서는OOO의 차입금에 대한 지급보증을 제공할 수밖에 없었고OOO는 신설법인으로서 차입에 대한 담보로 제공할만한 자산을 보유하지 못한 상황이었기에 청구법인의 지급보증 없이는 필요한 자금을 조달할 수 없었다. 8) OOO사업초기부터 공격적인 판매전략을 구사한 결과 미국시장 진출 2년만인 1994년에는 미화 OOO백만 달러 규모의 매출을 달성하였으나, 무리한 확장정책의 부작용으로 매출액 대비 과도한 재고보유가 문제가 되기 시작하였고, 유행변동에 민감한 패션업계 특성상 과도한 재고부담은 곧 재고자산의 진부화로 인한 손실 누적을 초래하였으며, OOO 다음 <표6>과 같이 1995년에 진부화 재고자산에 대하여 거액의 회계상 평가손실을 인식하였고, 이에 따라 진부화 재고율(즉, 총 재고자산 대비 재고자산 평가충당금 비율)이 30%를 초과하였으며, 이와 같은 사정은 1996년까지 계속되었다. <표6> OOO 9) 특히, 1996년부터는 OOO와의 상표사용계약 상의 약정 매출액을 달성하지 못하게 되었고, 이에 따라 1996.7.15.에는 1995.10.1.부터 1996.9.30.까지의 기간 동안OOO의 약정 매출액 미달성에 대해OOO.가 이를 양해하여 즉각 계약을 해지하지는 않는다는 내용으로 계약을 수정하였으며, 1996년 12월경에는 여기에 더하여 약정 매출액 및 최소 로열티 금액을 인하하는 내용으로 계약 내용을 변경하였으나, 2차례에 걸친 계약의 변경에도 불구하고, OOO는 1997년까지 약정 매출액을 달성하지 못하여 계속 사업에 중대한 어려움을 겪었으며, 계속 영업적자와 결손 누적으로 인하여 미화OOO이 넘는 결손금을 기록하였다. 10) 게다가, 1997년 10월경 시작된 IMF 금융위기로 인하여 국내 경제환경은 대기업의 연이은 부도사태, 환율급등, 주가폭락 등으로 급속히 악화되었고, 국내은행들이 외화자금조달에 극심한 어려움을 겪고 있었으며, OOO에 차입금을 제공한 국내은행 해외지점들 역시 신규대출을 중단하고, 만기도래 대출은 기간연장 없이 전액을 회수하며, 금리를 인상함과 동시에 대출기간을 단기로 전환하는 등 사실상 OOO에 대하여 차입금의 일시 상환을 요구하였다. 11) 청구법인이 이 같은 국내은행의 요구에 응하지 않을 경우, 국내은행들 사이에서 청구법인에 대한 신인도 및 평판이 심각하게 훼손되어 IMF 금융위기 상황 하에서 청구법인 스스로가 더욱 심각한 자금난에 처하게 될 수 있음은 물론이거니와 국내은행의 외화자금경색을 더욱 악화시킬 가능성이 있어, 유사 이래 최대의 위기를 맞고 있던 우리나라 국민경제에도 엄청난 파장을 일으킬 우려가 있었다. 12) 결국 위와 같은 제반 사정을 고려하여 청구법인은OOO의 보증채무 해소에 필요한 자금을 유상증자를 통하여 추가로 투입하기로 결정하고, 1996.4.19.부터 1998.6.30.까지OOO의 총 5차례 유상증자에 참여하였으며, OOO는 그 유상증자대금을 사용하여 청구법인이 지급보증을 제공한 차입금을 전부 상환하였다. 13) 이상의 이 사건 유상증자 참여의 제반 상황을 고려하면, 청구법인은OOO에 대하여 유상증자를 통해 보증채무를 해소하지 아니하였더라면 OOO는 파산을 면할 길이 없었고, 이 경우 청구법인은 심각한 타격을 입게 될 것이 명백한 상황이었다. (다) 청구법인이 해외 자회사들을 위하여 지급보증을 제공한 내역과 해외 자회사들이 청구법인이 납입한 유상증자 대금으로 지급보증 제공받은 차입금의 상환에 사용한 내역 등은, 해외 자회사의 감사보고서를 비롯한 위 관련 사실에 대한 증거자료 등을 통하여 명백하게 확인됨에도, 처분청이 관련내역이 불분명하다면서 이 사건 유상증자 참여의 경제적 합리성을 부인하는 것은 부당하다. (라) 이 사건 유상증자 참여에 대하여 처분청의 상급기관인 국세청은 부당행위계산부인 규정 적용대상이 아니라고 판단하였으므로, 처분청의 경정거부 처분은 상급기관의 판단에 배치되는 부당한 처분이다. 1) 청구법인은 2010.11.25. 이 사건 유상증자 참여가 부당행위계산부인 대상인지에 관하여 직접적으로 국세청에 유권해석을 신청하였고, 국세청은 국내 상장법인이 해외 현지법인의 영업부진 등에 따른 누적결손으로 운전자금, 재무구조 개선 등을 위해 해외 현지법인의 유상증자에 참여하여 신주를 고가 인수하여 교부받은 주식을 상당기간 보유 후 처분함으로 인해 손실이 발생한 경우 당해 사실만으로는 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는 것이며, 당해 유상증자가 해외현지법인이 사업폐지 또는 청산이 예정된 상태에서 본래의 유상증자 목적보다는 내국법인의 해외현지법인에 대한 채무보증액 대위변제를 위한 것으로서 조세의 부담을 부당히 감소시키는 등 경제적 합리성이 결여된 것으로 인정되는 경우에는 주식처분손실에 대하여 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것이나, 채무보증이 1997.12.31. 이전에 이루어진 것으로서 경제적 합리성이 결여되어 있지 않고 이를 대위변제함에 따라 발생하는 구상채권이 「법인세법」상 대손처리가 가능한 경우에는 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는 것이라고 회신(국세청 법인세과-21, 2011.1.6.)하였다. 2) 국세청의 이 같은 유권해석은 결국, 해외현지법인에 대한 유상증자가 해외 자회사의 운전자금 확충 및 재무구조의 개선 등 일반적인 증자목적에서 이루어진 것이 아니라, 내국법인이 유상증자라는 법률적 형식을 빙자하여 사실상 해외현지법인에 대한 보증채무를 대위변제함으로써 내국법인의 조세를 부당히 감소시키는 것으로 인정될 때 당해 유상증자 참여행위를 부당행위계산의 부인 규정 적용 대상으로 판단하여야 한다는 것으로서, “사실상의 보증채무 대위변제”로 조세를 부당히 감소시키는 것인지의 여부를 핵심적인 판단기준으로 보아야 한다는 입장을 명시한 것으로 이해된다. 3) 한편, 채무보증에 의한 과다한 차입을 억제하기 위하여 1997.12.13. 법률 제5418호로 개정된 「법인세법」제14조 제1항은 주권상장법인, 협회등록법인 및 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 대규모기업집단에 속하는 법인이 보증채무를 대위변제함으로써 발생하는 구상채권을 손비가 인정되는 대손충당금 설정대상 채권의 범위에서 제외하고, 구상채권의 대손상각도 손금으로 인정하지 아니하도록 하면서, 동 개정 규정은 개정법률 시행(1998.1.1.) 이후 최초로 채무보증하는 분부터 적용하도록 하였는바, 국세청은 위 유권해석을 통하여 1997.12.31. 이전에 이루어진 채무보증과 관련하여 사실상 보증채무의 대위변제와 다를 바 없는 이 사건 유상증자 참여에 대하여는 부당행위계산부인 대상이 아니라는 결론을 내리고 있다. 4) 위와 같은 국세청의 유권해석은 구(舊) 「법인세법」제14조 제1항의 개정내용과 취지에 따라 1997.12.31. 이전에 이루어진 채무보증에 관련된 보증채무에 대하여는 그 대위변제로 발생하는 구상채권을 손비로 인정하여야 하므로, 주권상장법인 등이 보증채무를 직접 대위변제하는 대신 채무법인의 유상증자에 참여하여 그 유상증자대금을 재원으로 채무법인이 관련 채무를 상환하도록 함으로써 보증채무를 해소하는 경우 당해 주권상장법인 등이 취득한 유상증자신주에 대한 투자손실 또한 손비로 인정할 수밖에 없고, 그렇게 하더라도 당해 주권상장법인 등의 조세가 부당히 감소되지는 아니한다는 점을 신중하게 고려하여 도출된 것임을 알 수 있다. 5) 그렇다면, 이 사건OOO의 차입금은 각각 1998년 6월과 11월에 만기가 도래하는 1년 만기 조건으로 미화 OOO달러의 여신한도를 적용하여 청구법인이 지급보증을 제공함으로써 모두 1997.12.31. 이전에 지급보증이 제공되었는바, 설령 이 사건 유상증자 참여가 해외 자회사OOO의 보증채무를 대위변제하기 위하여 OOO의 유상증자에 참여한 것이라고 하더라도, 이는 1997.12.31. 이전에 제공된 지급보증과 관련된 것으로서 당연히 부당행위계산부인 대상에서 제외되어야 한다. (2) 이 사건 유상증자 참여는 해외 자회사와의 자본거래이고, 이와 같은 신주인수는 부당행위계산 유형 중 거래 상대방에 대한 이익분여를 전제로 한 자산의 고가매입에 해당하지 아니한다. (가) 부당행위계산부인 유형 중 ‘자산의 고가매입’은 손익거래만이 해당되고 신주인수와 같은 자본거래는 이에 해당하지 아니하는바, 「법인세법」은 자본 또는 출자의 납입을 익금에서 제외(제15조)하고, 자본 또는 출자의 환급을 손금에서 제외(제17조)하고 있으므로, 「법인세법」상 자본거래는 증자법인의 손익에 영향을 미치지 아니한다. 따라서 신주인수로 인하여 증자법인에게 이익분여가 된다고 상정하기 어렵다. (나) 즉, 자산의 고가매입으로 인한 이익분여의 상대방은 거래 상대방인 반면, 자본거래(신주인수)로 인한 이익분여의 상대방은 “증자법인”이 아니라 “주주 등 이해관계자”로 보아야 하는 것으로, 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 「법인세법 시행령」은 제88조 제1항 제8호의 불균등자본거래에 의한 이익의 무상이전 유형을 신설하여 이 점을 명확히 하고 있다. (다) 과세관청도 이미 1976.1.17. 유권해석을 통해, 법인이 출자하고 있는 타법인에 대하여 「상법」상 타당한 증자절차를 밟아 다시 출자하는 경우에는 당해 출자에 대하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하지 아니하는 것이라 해석(직세 1234-75, 1976.1.17.)하고, 최근에도 신주인수(자본거래)는 기본적으로 증자법인을 상대방으로 한 부당행위계산부인의 대상이 아니며, 다만 그 실질이 신주인수가 아닌 자금의 무상제공과 같은 성질로 볼 수 있는 경우에 한하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다는 입장을 표명(법인-750, 2009.2.23.)하는 등 신주인수는 기본적으로 부당행위계산부인 대상이 아님을 확인할 수 있다. (3) 청구법인과 해외 자회사는 특수관계자에 해당하지 아니하므로 특수관계자임을 전제로 부당행위로 보아 경정청구를 거부함은 위법하다. (가) 처분청은 청구법인이 해외 자회사의 주주이므로 「법인세법 시행령」에 규정된 특수관계자의 범위를 쌍방관계설의 입장에서 판단하여 청구법인과 해외 자회사 사이에 특수관계가 있다고 판단하였다. (나) 이러한 「법인세법」상 특수관계의 해석과 관련하여 과거에는 쌍방관계설의 입장에 있었으나, 최근 대법원 2011.7.21. 선고 2008두150 전원합의체 판결에 의하여 일방관계설의 입장으로 변경되었고, 변경된 대법원 전원합의체 판결에 의하면 일방관계설의 입장에서 이익분여의 상대방이 부당행위계산 대상 법인의 주주인 경우에만 「법인세법」상 특수관계가 인정될 수 있으며, 이 사건과 같이 부당행위계산부인 대상 법인이 이익분여의 상대방의 주주인 경우에는 특수관계가 인정될 수 없다. 나. 처분청 의견 (1) 국내 상장법인이 100% 출자하고 있는 해외 자회사의 영업부진 등에 따른 누적결손으로 운전자금 조달·재무구조 개선 등을 위해 해외 자회사의 유상증자에 참여하여 신주 전체를 시가보다 고가로 인수하고 교부받은 주식을 상당기간 보유한 다음 처분함으로 인하여 손실이 발생한 경우, 이러한 사실만으로는 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것이나, 당해 유상증자가 해외 자회사의 사업폐지 또는 청산이 예정된 상태에서 본래의 유상증자 목적보다는 내국 법인주주의 해외 자회사에 대한 채무보증액을 대위변제하기 위한 것으로서 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 등 경제적 합리성이 결여된 경우에는 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것이므로 청구법인의 주장은 이유없다. (가) 한편, 당해 채무보증이 1997.12.31. 이전의 것으로서 경제적 합리성이 결여되어 있지 아니하고, 이를 대위변제함에 따라 발생하는 구상채권을 「법인세법」상 대손처리가 가능한 경우에는 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것으로, 해외 자회사에의 증자참여가 경제적 합리성이 있는지 여부를 판단하기 위해서는 증자대금의 최종 사용내역이 명확하게 밝혀져야 할 것인바, 이와 관련하여OOO증자대금의 대부분을 차지하는OOO의 증자대금 사용내역이 위 <표3>과 같이 전액 차입금 상환용도로 사용한 것으로 나타나고, 이에 대한 사실관계를 확인하기 위하여 차입금 상환과 관련한 증빙자료 및 청구법인의 채무보증 내역 일체를 요구하였으나, 청구법인은 발생연도가 오래 되어 구체적인 증빙자료가 없으며, 해당연도 감사보고서에 의해 관련사실을 확인할 수 있다고 소명하였으나, 이는 구체적인 증빙이 없는 단순한 결산서 상의 자료에 불과하고, 사실관계를 명확하게 확인하기 위해서는 객관적인 입증자료가 당연히 수반되어야 할 것이며, 사용내역을 전혀 밝히지 못한 사용처가 불분명한 자금과 관련된 청구법인의 증자행위는 경제적 합리성이 결여된 거래에 해당한다. (나) 청구법인은 경제적 합리성을 갖춘 유상증자의 사유인 지급보증의 해소 및 차입금 상환에 대한 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있고, 청구법인의 해외 자회사에 대한 지급보증행위가 청구법인의 이익에 어떠한 기여를 하였는지 및 누적 결손법인인 해외 자회사의 존속이 청구법인의 손실을 어떻게 최소화하였는지에 대한 구체적인 입증없이 가치가 전혀 없는 해외 자회사의 주식을 인수한 거래행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 것이므로 「법인세법」 제52조 의 규정에 따라 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. (2) 청구법인은OOO에 흡수합병되기 전까지의OOO달러였으나, <표5>와 같이 합병 당시 장부가액OOO의 합병신주를 교부받았는바, 이를 원화로 환산하면 청구법인의 OOO에 흡수합병된 1998.8.27. 손실이 실현된 것이다. 그럼에도 청구법인은 위 출자액 약OOO에 대하여 손금 귀속시기를 2009사업연도로 보아 경정청구를 하였으므로 이는 청구기간이 경과한 것이어서 거부처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인의 이 사건 유상증자에의 참여가 경제적 합리성이 있고, 조세부담이 부당하게 감소되지 아니하였으므로 부당행위계산부인 대상으로 보아 경정청구를 거부함은 부당하다는 청구주장의 당부 ② 청구법인의 OOO에 흡수합병된 1998.8.27.이 속하는 1998사업연도에 손금산입하여야 하는지 여부(이 부분 경정청구의 기간경과 여부) ③ 신주인수는 자본거래이므로 부당행위계산부인의 대상이 되는 거래가 아니라는 청구주장의 당부 ④ 청구법인과OOO가 특수관계에 해당하지 아니하므로 부당행위계산부인 대상이 아니라는 청구주장의 당부 나. 관련법령 (1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인 5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인 6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인 7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병(분할합병을 포함한다)·분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다. 9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자 간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략) ③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. (3) 법인세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것) 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】② 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 4. 출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때 9. 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때 (4) 법인세법(1997.12.13. 법률 제5418호로 개정된 것, 시행일 1998.1.1.) 제14조【대손충당금의 손금산입】① 외상매출금·대여금·기타 이에 준하는 채권(제18조의3 제3항 각호의 1에 해당하는 내국법인의 경우에는 대통령령이 정하는 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권을 제외한다)이 있는 내국법인이 각 사업연도에 계상한 대손충당금은 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액의 범위 내에서 이를 손금에 산입한다. 제18조의3【지급이자의 손금불산입】③ 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인으로서 대통령령이 정하는 자기자본(아하 이 조에서 “자기자본”이라 한다)의 5배를 초과하는 차입금(이하 이 조에서 “기준초과차 입금”이라 한다)을 보유하고 있는 법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 주권상장법인 또는 협회등록법인 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 대규모기업집단에 속하는 내국법인(괄호 생략) (5) 법인세법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정된 것) 제19조【대손충당금의 범위】④ 법 제14조 제1항에서 “대통령령이 정하는 채무보증”이라 함은 다음 각호의 채무보증 외의 채무보증을 말한다. 1. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각호의 1에 해당하는 채무보증 2. 제3항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등과 제23조의3 제1항 제1호 및 제2호의 법인이 행한 채무보증 3. 「중소기업의 사업영역보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」에 의한 위탁기업체가 수탁기업체협의회의 구성원인 수탁기업체에 대하여 행한 채무보증 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 이 사건 유상증자에의 참여가 경제적 합리성이 있고, 조세부담이 부당하게 감소되지 아니하였으므로 부당행위계산부인 대상으로 볼 수 없다고 주장한다. (나) 처분청이 청구법인에게 보낸 경정청구 처리결과 통보서(재산법인세과-2991, 2011.5.31.)에는, “청구법인이 이 사건 유상증자 사용내역인 차입금 상환내역을 전혀 밝히지 못하고, 모회사의 채무보증내역이 불분명하기에 이는 경제적 합리성이 결여된 증자참여로 「법인세법 시행령」제88조 제1항의 신주 고가인수의 부당행위계산부인이 적용되므로 경정하여야 할 이유가 없다”라고 되어 있다. (다) 처분청이 경정청구와 관련하여 청구법인에게 제출을 요구한 서류의 내역은 다음 <표7>과 같다. <표7> 처분청 요구자료 내역 OOO (라) 청구법인이 제출한 증빙의 주요내용은 다음과 같다. 1) 미국 현지 회계법인이 작성한OOO에 대한 외부감사보고서에 의한 재무현황은 다음 <표8>과 같고, 이에 의하면OOO는 사업에 필요한 자금을 대부분 은행에서 차입하거나 증자를 통해 조달하였고, 계속하여 적자를 시현하여 결손이 누적되어 온 것으로 나타난다. <표8> OOO 2) OOO의 1992회계연도 감사보고서에는,OOO운동화에 대한 전 세계적·배타적 라이센스를 보유하고 있고,OOO 사업부문의 순자산을OOO에 취득하였으며, 사업 취득의 일부로OOO와 배타적인 라이센스 계약(분기별로 순매출의 5%를 로열티로 지급하되, 최소 수준의 순매출액을 달성하여야 하고, 제품의 가격인하·할인 등이 제한)을 체결하였다는 내용이 나타나고, 감사보고서에 첨부된 주석 중 은행에 대한 지급어음(Notes Payable to Banks) 항목에는, 은행에 대한 지급어음은 1년 이내 만기로서 OOO의 신용공여(Credit Line)와 관련된 것이고, OOO에 대한 지급어음은 모두 청구법인이 보증하였으며, 총 한도는 OOO이며, 재고자산 구매 및 운전자금으로 사용되었고, 실제 사용한 금액은OOO달러라고 되어 있다. 3) 청구법인이 제시한OOO의 로열티 지급내역은 다음 <표9>와 같고, 1998.8.27.OOO에 흡수합병되기 전까지 OOO달러의 로열티를 지급한 것으로 나타난다. <표9> OOO 4) OOO는 1992.6.11. 체결한 라이센스 계약과 관련하여 OOO.에게 최소 수준 매출액 및 로열티 지급액의 감액을 요청하였고, 이에 대하여OOO는 1996.12.31. 다음 <표10>과 같은 조건으로 감액하기로 동의한 사실이 관련 공문 사본에 나타난다. <표10> OOO지점장이 OOO에 보낸 공문(1997.11.17.)의 주요내용은 다음 <표11>과 같다. OOO 6) 청구법인이 이 사건과 관련하여 국세청에 질의하여 회신받은 예규(법인세과-21, 2011.1.6.)의 내용은 다음 <표12>와 같다. <표12> 질의회신 내용 OOO 7) OOO의 2007회계연도에 대한 감사보고서 주석3에 기재된 은행에 대한 지급어음(Notes Payable to Banks)의 내역을 보면, 은행에 대한 지급어음은 1년 이내 만기로서 OOO의 갱신되는 신용공여(revolving credit line arrangements)와 관련된 것이고, 재고자산 구매 및 운전자금으로 사용되었으며, 실제로 사용 잔액은OOO이고, 신용공여 2건의 최소한도는OOO달러의 만기는 각 1997.12.31. 및 1998년 11월로 되어 있는바, 1997년 당시 청구법인이 OOO에게 제공한 지급보증은 1년 만기로 갱신되는 것이었고, OOO가 1998.8.27. 흡수합병 되기 전에 부채를 전액 상환한 사실을 고려하면 청구법인의OOO에 대한 지급보증 시점은 모두 1997.12.31. 이전임을 인정할 수 있다. (마) 「 법인세법」상 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 사람과 거래를 하면서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 정상적인 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에, 과세권자가 이를 부인하여 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 인정되는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이며, 이 경우 경제적 합리성의 유무에 관한 판단은 그 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계자가 아닌 사람과의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 하는 것(대법원 2009두12822, 2010.1.14., 대법원 2004두7993, 2006.5.11. 등 참고)이다. (바) 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 사건 유상증자 사용내역인 차입금 상환내역을 전혀 밝히지 못하고 있다면서 채무보증 내역이 불분명하므로, 청구법인의 이 사건 유상증자에의 참여가 경제적 합리성이 결여되어 부당행위계산부인 대상이라는 의견이나, 법인의 유상증자는 사업자금의 추가적인 조달을 위한 수단으로서, 유상증자 실시여부·증자규모·시점 등은 전적으로 법인을 운영하는 이사회 등의 사업과 관련한 경영적 판단에 의하게 되고, 또한 기존주주의 유상증자 참여여부도 일반적으로 경제적 합리성을 바탕으로 증자 당시의 제반 여건을 고려하여 이루어지게 되므로, 적법하게 실시된 유상증자에의 참여에 대하여 경제적 합리성을 부인하려면 증자의 목적이 당초부터 사업과 무관하거나 유상증자로 납입된 대금이 변칙적으로 사용되는 등의 특별한 사정이 입증되어야 할 것이며, 단순히 결손법인이 실시한 유상증자라는 사유만으로는 곧바로 부당행위계산부인 대상으로 볼 수는 없다 할 것인바, 청구법인이 해외에 설립한OOO는 사업 초기에는 자금운용의 효율을 고려하여 최소 자본으로 현지법인을 설립한 다음, 추가적인 자금은 청구법인이 지급보증을 제공하여 사업을 진행하였으나, 사업부진으로 손실이 누적되자 이를 해소하기 위해 유상증자를 통해 사업자금을 제공한 것으로 볼 수 있는 점,OOO는 청구법인이 제조한 주류의 미국 시장 진출창구,OOO는 전 세계적 패션운동화 사업에 대한 신규 진입의 목적으로 설립되어 청구법인과의 사업관련성이 없다고 단정하기 어려운 점, OOO는 1996년에 과중한 로열티 지급부담을 감액하는 등 수익성 확보 및 적자 감축을 위해 노력하였고, 이 사건 유상증자로 조달된 자금을 대부분 은행 차입금(이 은행차입금은 모두OOO가 재고자산 구매 및 운전자금에 사용한 사실이 인정되고, 사업과 무관한 용도는 확인되지 아니한다)을 상환하는데 사용한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 OOO에 대한 유상증자가 IMF 사태 이후에 집중된 것과 관련하여 해외 자회사에 대한 청구법인의 투자는 모두 영업의 연장선에서 이루어진 것으로서, IMF 당시 자회사가 파산하게 되면 청구법인의 대위변제가 불가피할 뿐만 아니라, 청구법인의 신인도 하락까지 우려되었기에 자회사의 유상증자에 참여하게 되었다는 청구법인의 소명에 수긍이 가는 점 등을 종합하여 보면 청구법인의 이 사건 유상증자에의 참여가 경제적 합리성이 결여된 것으로는 보이지 아니하는 점, 또한, 부당행위계산 부인은 법인이 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감하면서 그 거래의 상대방인 특수관계에 있는 자에게 이익을 분여하는 것을 전제로 하고 있고, 부당행위계산의 유형 중 유상증자를 통해 신주의 고가인수의 경우 유상증자 실시법인의 다른 주주들에게 이익이 분여되는 경우로 한정(자본거래에 관련한 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제8호를 보면 유상증자를 실시한 법인이 이러한 자본거래로 인하여 이익을 분여받을 것으로는 상정되어 있지 아니하다)된다 할 것인바, 유상증자를 실시한 자회사가 발행한 주식의 거의 100%를 가지고 있던 청구법인이 참여한 이 사건 유상증자의 경우, 설령 신주의 고가매입으로 볼 경우에도 청구법인 이외의 다른 주주가 없어 청구법인의 이익이 다른 주주에게 분여될 수 없고, 나아가 처분청의 주장대로 이 사건 유상증자에의 참여가 오로지 지급보증에 따른 대위변제에 그 목적이 있었다고 하더라도 그러한 거래로 인한 이익은 모두 청구법인에게 다시 귀속되므로 다른 특수관계자에게 이익이 분여되었다고 보기도 어려워 부당행위계산의 부인대상으로 보기는 어려운 점, 위에서 살펴 본 바와 같이 청구법인이 OOO에게 제공한 지급보증은 모두 1997.12.31. 이전에 이루어진 것으로 인정되는바, 청구법인이 OOO가 실시한 유상증자에 참여하지 아니하여 자금부족 등을 겪고 있던 OOO에 부도가 발생하는 등의 경우에는 지급보증에 따라 OOO의 채무를 대위변제하게 될 것이나, 당시 법령에서는 이러한 구상채권에 대해서도 대손상각에 의한 손금을 인정하고 있었으므로, 청구법인의 입장에서는 OOO가 실시한 유상증자에 참여하는 경우와 그러하지 아니한 경우에 있어서의 조세부담이 차이가 나지 아니하여 조세부담이 부당하게 회피되거나 경감된 것으로도 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면 처분청이 이 사건 유상증자에의 참여를 부당행위계산의 부인대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구법인의 OOO에 대한 출자액 OOO억원 중 약 OOO억원은 OOO가 OOO에 흡수합병된 1998.8.27.이 속하는 1998사업연도에 실현되었으므로, 손금산입 시기인 1998사업연도가 아닌 2009사업연도를 기준으로 한 이 부분 경정청구는 청구기간이 경과한 것이라는 의견이다. (나) 살피건대, 피합병회사의 주주인 법인이 회사 합병으로 피합병회사의 주식(이하 “합병구주”라고 한다)에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식(이하 “합병신주”라고 한다)을 취득하는 경우에, 그러한 합병구주와 합병신주의 교체는 당해 법인이 자신의 의사에 따라 합병구주를 처분하고 합병신주를 취득하는 것이 아니라, 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 당해 법인이 보유하던 자산인 합병구주가 합병신주로 대체되는 것에 불과하다고 할 것이므로, 합병신주의 시가가 합병구주의 취득가액에 미치지 못한다고 하더라도 그 차액은 자산의 평가차손에 불과하여 당해 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 이를 손금에 산입할 수 없는 것(대법원 2008두2330, 2011.2.10. 참고)인바, 청구법인의 OOO에 대한 투자액은 OOO가 OOO에 흡수합병된 1998사업연도가 아니라 관련 주식이 실제로 매각되어 손실이 확정된 2009사업연도에 손금산입하는 것이 타당하므로 관련 처분청 의견은 받아들일 수 없다고 판단된다. (3) 위 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로, 청구인이 제기한 쟁점③ 및 쟁점④는 그 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.