조심 2021서6890 (2022.11.30)

OOO서장이 2021.9.29. 청구법인에게 한 2016∼2019년 증여세 가산세 수정신고 시인통지는 ＜별지1＞ 청구법인 운용소득 및 사용내역(5년 평균) 기재와 같이 각 사업연도(전년도) 출연재산 운용소득의 범위 내에서 5년간의 평균사용금액을 기준으로 운용소득 미사용금액을 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)의 대주주 BBB이 한국 출판문화의 창조적 활동, 출판문화 인재양성 및 관련 학술 진흥 등을 목적으로 1993.12.20. 자신이 보유하던 AAA 발행 주식 150,000주(지분율 15.47%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 출연하여 설립한 재단법인으로,

(1) 2018사업연도까지는 미수배당금을 수익으로 인식하지 아니하고, 2019사업연도부터 미수배당금을 수입배당금으로 인식하여 각 사업연도 법인세 과세표준과 세액의 신고·납부를 하였다가, 2020.12.23. 처분청에 2015∼2018사업연도 미수배당금을 익금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 수정신고한 다음, 그 수정된 소득금액에 따라 2015∼2020사업연도의 전년도 출연재산 운용소득을 재계산하고 그 80%를 운용소득 사용기준금액으로 하여 그에 미달하여 사용한 금액에 대해 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제78조 제9항 제1호의 가산세를 적용하여 증여세 가산세를 신고·납부를 하였다.

＜표1＞ 청구법인의 미수배당금 내역

OOO

(2) 청구법인은 2021.8.27. 처분청에 ① 2015∼2020사업연도의 운용소득 사용기준금액을 전년도 출연재산 운용소득의 70%로 수정하여

상증법 제78조

제9항 제1호의 가산세(이하 “쟁점①가산세”라 한다)를 재계산하고, ② 2015∼2020사업연도 운용소득의 80%를 미달하여 사용함으로 인해 성실공익법인 요건을 충족하지 못하게 됨에 따라 내국법인의 주식 등을 그 보유기준(그 법인 발행주식총수 등의 100분의 5)을 초과하여 보유한 것에 대해

상증법 제78조

제4항의 가산세(이하 “쟁점②가산세”라 한다) 및 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 총 재산가액의 100분의 50을 초과하여 보유한 것에 대해 같은 조 제7항의 가산세(이하 “쟁점③가산세”라 한다)를 각 가산하여 2016∼2020년 증여세 가산세를 수정신고하였다.

＜표2＞ 운용소득 미달사용 가산세 신고 내역

OOO

＜표3＞ 증여세 가산세 수정신고.납부 내역

OOO

나. 처분청은 2021.9.29. 위 신고내용을 시인하는 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1993년 AAA의 대주주인 BBB 회장이 평생 출판업계에 몸담아 오던 중 사회 공헌 사업의 일환으로 본인이 주식과 현금을 출연하여 설립된 후, 현재까지 OOO과 공동주최한 “OOO창작동화대상”의 사업비 전액을 지원하여 왔다.

청구법인은 2018년 “공익법인회계기준”이 도입되기 전까지는 청구법인에 적용될 별다른 회계기준이 없었으므로 현금주의에 따라 수익과 비용을 인식하여 처리하여 왔으며(미수배당금을 수익으로 계상하지 아니함), 그 결과 청구법인의 운용소득(수익사업, 출연재산에서 발생한 소득금액 등-법인세, 이월결손금 등) 사용실적이 공익법인의 운용소득 사용기준(전년도 운용소득의 70% 이상 사용) 및 성실공익법인 기준(전년도 운용소득의 80% 이상 사용)을 충족하여 왔다.

그런데 2018년 상증법상 공익법인에 대해 발생주의를 적용하도록 한「공익법인회계기준」이 도입됨에 따라 청구법인의 2015∼2018년 미수배당금을 해당 사업연도의 수익으로 처리한 결과, 청구법인의 운용소득 사용기준액이 상향되어 운용소득 사용기준 및 성실공익법인 요건을 충족하지 못하게 되었고, 그에 대해 이 건 운용소득 미달사용액에 대한 가산세(쟁점①가산세), 성실공익법인임을 이유로 납부하지 아니하던 주식 등 보유기준 초과 보유(내국법인 발행주식총수의 100분의 5를 초과하여 주식 등 보유) 주식에 대한 가산세(쟁점②가산세), 특수관계법인 주식 보유에 대한 가산세(쟁점③가산세) 등을 납부하게 되었다.

(1) (쟁점①) 주식 등 초과보유 가산세는 유예기한의 종료일부터 10년 치 가산세의 부과제척기간이 한꺼번에 진행하는 것으로, 유예기간 종료일로부터 10년이 도과하였기 때문에 쟁점②가산세에 대한 부과제척기간이 도과되었다.

상증법 제8조의2

제1항에서 1990.12.31. 이전에는 공익법인의 주식출연 및 취득에 대한 규제를 두고 있지 아니하다가, 1994.1.1. 이후부터는 내국법인 발행주식총수의 100분의 5 이내(이하 “주식 등 보유기준”이라 한다)로 공익법인에 대한 주식 출연 및 취득을 제한하면서 1993.12.31. 이전에 주식 등 보유기준을 초과하여 취득한 분에 대하여 취득에 따른 증여세를 면제하였고, 1996.12.31.

상증법 제49조

가 신설되어 공익법인으로 하여금 위 주식 등 보유기준을 초과하여 내국법인의 주식 등을 보유하지 않도록 하면서 성실공익법인은 보유제한 대상에서 제외하였으며, 같은 법 제78조 제4항도 신설되어 주식 등 보유기준을 초과하여 보유한 경우에는 초과주식가액의 20% 상당액을 가산세로 납부하도록 규정하였다.

그 후 1999.12.28. 다시

상증법 제78조

제4항과 그 부칙이 개정되어 주식 등 보유기준을 초과한 주식에 대해 1999.12.31. 또는 2001.12.31.까지 처분유예기한을 두고 그때까지 처분하지 아니한 주식에 대하여는 초과주식가액의 5% 상당액의 가산세를 부과하되, 가산세 부과기간은 10년을 초과하지 못하도록 규정하였다.

청구법인은 재단 설립일부터 위 처분유예기한까지 성실공익법인 요건을 충족하였으므로 주식 미처분에 대한 가산세 대상에 해당하지 아니하였으며, 위 1999.12.28. 개정 법률의 가산세 부과기간까지 성실공익법인의 요건을 충족하였으므로 유예기한 종료일부터 10년이 도과한 이후에는 주식 등 보유기준을 초과한 주식에 대한 가산세 부과대상에 해당하지 아니한다.

(2) (쟁점②) 2018.1.1. 전 운용소득은 현금주의에 따라 계산되어야 한다.

공익법인은 「민법」 및 개별법에 근거하여 설립되어 각 유형별 회계기준을 적용하여 왔고, 「문화예술진흥법」 등에 근거하여 설립된 청구법인은 2018.1.1. 「공익법인회계기준」이 시행되기 전에는 적용할 별다른 회계기준이 없어 현금주의에 따라 수익과 비용을 인식하고 처리하여 왔는바, 2018.1.1. 시행된 「공익법인회계기준」에서는 공익법인에게 발생주의에 따라 수익과 비용을 인식하도록 하면서 해당 기준에 따른 회계방식은 2018.1.1.부터 개시하는 사업연도부터 적용하고 이를 소급해서 적용하거나 전진적으로 처리할 수도 있다고 정하고 있으므로 2018년 이전 미수배당금에 대하여는 청구법인이 설립당시부터 적용하여 온 방법에 따라 현금주의로 수익을 인식하여 운용소득을 계산함이 타당하다.

(3) (쟁점③) 운용소득 미달사용액은 해당 사업연도 사용액과 5년 평균사용액 중 미달사용액이 적은 금액을 기준으로 재계산되어야 한다.

청구법인은 이 건 수정신고시 해당 사업연도의 운용소득 사용실적만을 기준으로 미달사용액을 계산하였으나,

상증법 시행령 제38조

제6항에서 운용소득 사용실적은 해당 사업연도와 직전 4사업연도의 5년간 평균금액을 기준으로 계산할 수 있도록 정하고 있으므로 5년간의 평균사용실적을 기준으로 계산하면 2016·2017사업연도 사용실적이 사용기준금액의 80%를 상회하므로 해당 연도 가산세는 모두 취소되어야 한다.

＜표4＞ 청구법인 운용소득 및 사용내역(5개년 평균 기준, 청구법인 주장)

OOO

나. 처분청 의견

(1) 주식 등 초과보유 가산세는 주식 등 초과 보유 제한을 위반한 과세기간부터 10년간 부과할 수 있다.

주식 등 초과보유

가산세에 관한 상속세및증여세법제78조

제4항은 당초

상증법 제49조

제1항의 주식 등 보유기준을 위반한 공익법인에게 해당 사업연도 1회에 한하여 주식 액면가액의 20% 상당의 가산세를 부과하도록 규정하다가, 1999.12.28. 공익법인을 통한 계열회사 지배를 억제하도록 하기 위해 주식 등 보유기준을 위반한 공익법인에게 매년 말 현재 초과보유 주식 시가의 5% 상당의 가산세를 10년간 부과하는 것으로 개정되었다.

이러한 개정취지에 따라 국세청은 공익법인이

상증법 제49조

제1항의 주식 등 보유기준을 위반한 경우

상증법 제78조

제4항의 가산세를 10회(10년)까지 누적하여 부과하여 오고 있다.

청구주장과 같이

상증법 제49조

제1항 각 호가 정한 유예기간 종료일인 1999.12.31. 또는 2001.12.31.부터 10년이 되는 날까지만

상증법 제78조

제4항에 따른 가산세를 부과할 수 있는 것이라면, 2001.12.31.부터 10년 이상이 경과한 현재에는 동 조항이 존재할 이유가 없다.

따라서

상증법 제78조

제4항은 공익법인이

상증법 제49조

제1항 각 호의 초과 보유 주식 등 처분 유예기간 종료일 현재에는 성실공익법인이었다가 유예기간 도과 후 그 요건을 충족하지 못하게 되는 경우는 성실공익법인에 해당하지 아니하게 된 사업연도 종료일 현재 그 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과하되, 그 부과기간이 10년을 초과하지 못하는 것이라고 해석함이 타당하다.

청구법인의 경우 2016년부터 성실공익법인의 요건을 충족하지 못하여

상증법 제78조

제4항에 따른 가산세를 납부하게 되었으므로 처분청으로서는 그 때부터 향후 해당 10년간 가산세를 부과할 수 있다.

(2) 공익법인의 운용소득은 「법인세법」에 따른 각 사업연도 소득금액을 토대로 계산되므로 미수배당금을 각 그 배당결의일이 속하는 사업연도의 소득금액에 가산함이 타당하다.

상증법 시행령 제38조

제5항에서 규정한 운용소득 기준금액의 계산방법에 의하면 운용소득은 “당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액” 등에서 ‘당해 소득에 대한 법인세 등과 이월결손금’을 차감한 금액으로 하도록 규정하고 있으므로 여기서 ‘당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’이란

「법인세법」 제14조

에 따른 각 사업연도 소득금액 계산방법에 따라 계산한 금액으로 해석함이 타당하고, 상증법 시행규칙 [별지] 제31호 서식 부표5 “운용소득사용명세서” 서식의 작성방법에도 해당 사업연도 운용소득 계산의 기초가 되는 “수익사업 등의 소득금액”란은 “출연재산을 수익사업이나 예금 등 수익의 원천으로 사용함으로써 생긴 소득금액(

「법인세법」제14조

에 따른 각 사업연도 소득금액 계산방법에 따라 계산한 금액을 말한다)”이라고 명시되어 있다.

「법인세법」에서는 잉여금 처분에 의한 배당소득의 수입시기를 “당해 법인의 잉여금 처분결의일”로 규정하고 있으므로 이 건 미수배당금도 각 처분결의일이 속하는 사업연도인 2015∼2018사업연도의 출연재산 운용소득에 가산하여 운용소득 미사용액을 계산함이 타당하다.

(3) 운용소득 미달사용액 계산방법이 적정한지 여부

(가) 청구법인이 제출한 5년 평균액을 적용한 운용소득 미달사용액 계산내역상 운용소득 사용실적은 전년도 출연재산 운용소득을 초과하므로 그 초과액을 운용소득 사용실적으로 삼기 어렵다.

상증법 제48조

제2항 제5호 및 제78조 제9항에서 공익법인이 출연재산을 운용한 소득 중 사용기준금액을 미달하게 사용한 경우 그 미달사용한 금액의 100분의 10 상당액에 대해 가산세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제38조 제6항에서 운용소득의 사용은 “그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적에 사용한 실적(당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)”을 말하고, 운용소득 사용실적은 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도의 5년간 평균액을 기준으로 계산할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서 여기서 말하는 운용소득 사용실적은

상증법 제48조

제2항 제5호에 따른 전년도 출연재산 운용소득을 재원으로 1년 내 사용한 실적으로 해석함이 타당하고, 그 사용실적은 전년도 출연재산 운용소득금액을 초과하여 사용할 수 없다.

하지만 청구법인이 이 건 심판청구시 제출한 5년 평균기준에 따른 운용소득 사용명세서를 보면, 2015년 이전 각 사업연도의 운용소득 사용실적이 전년도 출연재산 운용소득금액을 상회하는 것으로 작성되어 있어 그 계산내역을 받아들이기 어렵다.

＜표5＞ 청구법인 운용소득 및 사용실적(1년 내)

OOO

(나) 전년도 출연재산 운용소득의 범위 내에서 5년간의 평균사용금액을 기준으로 운용소득 미사용금액을 재계산하여 경정할 수는 있을 것으로 보인다.

다만,

상증법 시행령 제38조

제6항은 “운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다”고 규정하고 있고, 청구법인은 수정신고 당시 1년 내 사용실적을 기준으로 운용소득 미사용금액을 계산하였던 것으로 확인되므로, 전년도 출연재산 운용소득의 범위 내에서 5년간의 평균사용금액을 기준으로 운용소득 미사용금액을 재계산하여 경정할 수는 있을 것으로 보인다.

＜표6＞ 청구법인 운용소득, 사용실적(5년 평균) 및 그에 따른 운용소득 미달사용 가산세 산정내역

OOO

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 공익법인의 5% 초과 보유 주식의 처분유예기간으로부터 10년이 경과하여 초과보유가산세의 부과제척기간이 도과되었다는 청구주장의 당부

② 공익법인의 운용소득 계산시 공익법인회계기준(발생주의)을 도입(2018.1.1.)하기 전 발생한 미수배당금은 현금주의에 따라 운용소득에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 운용소득 미달사용액 계산방법이 적정한지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 AAA의 대주주 BBB이 1993.12.20. 자신이 보유하던 쟁점주식을 출연하여 설립한 재단법인으로, 2018사업연도까지는 미수배당금을 수익으로 인식하지 아니하였고, 2019사업연도부터 미수배당금을 수입배당금으로 인식하여 각 사업연도 법인세 과세표준과 세액의 신고·납부를 하였다가, 2020.12.23. 처분청에 2015∼2018사업연도 미수배당금을 익금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 수정신고한 다음, 그 수정된 소득금액에 따라 2015∼2020사업연도의 전년도 출연재산 운용소득을 재계산하고 그 80%를 운용소득 사용기준금액으로 하여 그에 미달하여 사용한 금액에 대해

상증법 제78조

제9항 제1호의 가산세를 적용하여 증여세 가산세를 신고·납부를 하였다.

(2) 청구법인은 2021.8.27. 처분청에 ① 2015∼2020사업연도의 운용소득 사용기준금액을 전년도 출연재산 운용소득의 70%로 수정하여 쟁점①가산세를 재계산하고, ② 2015∼2020사업연도 운용소득의 80%를 미달하여 사용함으로 인해 성실공익법인 요건을 충족하지 못하게 되었으므로 내국법인의 주식 등을 그 보유기준(그 법인 발행주식총수 등의 100분의 5)을 초과하여 보유한 것에 대해 쟁점②가산세 및 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 총 재산가액의 100분의 50을 초과하여 보유한 것에 대해 쟁점③가산세를 각 가산하여 2016∼2020년 증여세 가산세를 수정신고하였다.

(가) 쟁점①가산세와 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 2015∼2018년 미수배당금을 수익으로 처리하지 아니하고 운용소득 사용실적을 계산하여 신고하였다가, 2021년경 미수배당금을 익금에 산입하여 운용소득 및 사용기준액을 재계산한 후, 운용소득을 미달사용한 것으로 이 건 수정신고를 하였다.

2) 처분청은 청구법인이 전년도 출연재산 운용소득을 초과하는 사용실적을 신고하였으나, 전년도 운용소득을 초과하는 사용실적은 인정하기 어렵고, 따라서 2011∼2014사업연도 운용소득을 초과하는 사용실적을 부인하면 5개년 평균 사용액에 관한 청구주장도 받아들이기 어렵다는 의견이다.

＜표7＞ 운용소득 미달사용액 및 가산세 수정신고 내역(1년내 사용실적 기준)

OOO

(나) 쟁점②·③가산세와 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인이 2015∼2018사업연도 미수배당금을 익금에 산입함으로 인해 청구법인의 각 사업연도 수익사업에서 발생한 소득금액이 증액되어 각 사업연도 운용소득이 증액되었고, 2016사업연도 이후 운용소득 사용실적이 성실공익법인의 요건(전년도 운용소득의 100분의 80 이상 사용)을 충족하지 아니하는 것으로 확인된다.

2) 청구법인은 AAA 발행 주식 150,000주(지분율 15%)를 보유하고 있고, 그 주식이 총재산가액의 50%를 초과하므로 성실공익법인에게 면제되는 주식 등 초과보유에 대한 가산세, 특수관계법인 주식 초과보유에 대한 가산세 등의 대상인 것으로 나타난다.

＜표8＞ 주식 등 초과보유에 대한 가산세

OOO

＜표9＞ 특수관계법인 주식 50% 초과보유에 대한 가산세

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1990.12.31. 법률 제4283호로 개정되어 1991.1.1. 시행된 구

상증법 제8조의2

제1항 제1호는 공익사업을 영위하는 자에게 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하여 주식 또는 출자지분을 출연하는 경우 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 초과부분을 과세가액 불산입 대상에서 제외한다고 규정하였고, 1993.12.31. 법률 제4662호로 개정되어 1994.1.1. 시행된 구

상증법 제8조의2

제1항 제1호는 위 초과주식 또는 출자지분 기준을 100분의 5로 변경하였다.

1996.12.30. 법률 제5193호로 전부개정되어 1997.1.1. 시행된 구

상증법 제49조

제1항 제2호는 공익법인이 1996.12.31. 현재 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하여 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 2001.12.31.까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하지 못하도록 규정하였고, 같은 법 제78조 제4항은 유예기한 경과 후에도 보유기준을 초과한 경우에는 초과주식 등의 액면가액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 공익법인이 납부할 세액에 가산하여 부과한다고 규정하였으며, 1999.12.28. 법률 제6048호로 개정되어 2000.1.1. 시행된

상증법 제78조

제4항은 위 가산세에 관하여 “매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액”을 대통령령이 정하는 바에 따라 부과하되, 부과기간은 10년을 초과하지 못한다고 규정하였다.

청구법인은 쟁점①가산세는 유예기한의 종료일부터 10년 치 가산세의 부과제척기간이 한꺼번에 진행하는 것으로, 쟁점①가산세에 대한 부과제척기간이 도과되었으므로 가산세를 부과할 수 없다고 주장한다.

그러나 쟁점①가산세는 보유기준 초과주식 등에 대하여 매년 말을 기준으로 최대 10년 간 부과되는 것이므로, 유예기한의 종료일부터 10년 치 가산세의 부과제척기간이 한꺼번에 진행하는 것이 아니라 매년 말을 기준으로 해당연도 가산세의 부과제척기간이 진행되는 것(조심 2018서43, 2018.6.7., 서울행정법원 2019.5.24. 선고 2018구합76996 판결, 같은 뜻임)이고, 청구법인은 2016년부터 성실공익법인의 요건에 미달하게 된 것으로 확인되므로 이때부터 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 초과보유가산세를 적용(2016∼2020사업연도)한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 공익법인의 운용소득 계산시 2018.1.1. 공익법인회계기준(발생주의)을 도입하기 전의 미수배당금은 청구법인이 2018.1.1. 이전 채택했던 회계기준인 현금주의에 따라 운용소득에서 제외하여야 한다고 주장한다.

그러나 공익법인회계기준에서 발생주의를 채택(2018.1.1.)하기 전에도

「법인세법」 제40조

제1항 및 같은 법 시행령 제70조 제2항,

「소득세법 시행령」 제36조

제1항 등은 배당금의 귀속시기를 법인의 잉여금 처분결의일로 규정하고 있었으므로, 청구법인이 2018.1.1. 이전 회계기준으로 현금주의를 채택하고 있었다 하더라도 세무조정시에는 관련 법령에 따라 미수배당금을 잉여금 처분결의일이 속하는 사업연도의 운용소득에 포함시켰어야 하는 것으로 판단되고, 미수배당금을 각 그 배당결의일이 속하는 사업연도의 소득금액에 가산한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 운용소득 미달사용액은 해당 사업연도 사용액과 5년 평균사용액 중 미달사용액이 적은 금액을 기준으로 재계산되어야 한다고 주장하며 이 건 심판청구시 2010～2014사업연도 운용소득의 사용금액을 제출하였다.

1) 그러나 청구법인이 이 건 심판청구시 제시한 2010～2014사업연도 운용소득의 사용금액은 당초 신고 및 수정신고 당시 기재한 운용소득 사용금액과 상이한데(2015～2019사업연도는 동일함), 운용소득의 사용금액이 직전사업연도 운용소득금액보다 더 많은 것으로 확인되어 신뢰하기 어렵다.

이에 대하여 청구법인은 운용소득의 사용금액이 직전사업연도 운용소득금액보다 더 많은 이유로 해당 재원에 무형자산상각금액 등이 포함되었기 때문이라고 주장하나,

상증법 시행령 제38조

제5항에 의하면 출연재산 운용소득은 “해당 과세기간의 수익사업에서 발생한 소득금액 + 고유목적사업준비금 - 법인세- 이월결손금”으로 계산하는 것으로 규정하고 있으므로, 관계법령상 무형자산상각금액 등을 운용소득에 포함하여 계산할 수 없는 것으로 판단된다.

2) 다만,

상증법 시행령 제38조

제6항은 “운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다.”고 규정하고 있고, 청구법인은 수정신고 당시 1년 내 사용실적을 기준으로 운용소득 미사용금액을 계산하였던 것으로 확인되므로, ＜별지1＞ 기재와 같이 전년도 출연재산 운용소득의 범위 내에서 5년간의 평균사용금액을 기준으로 운용소득 미사용금액을 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 청구법인 운용소득 및 사용내역(5년 평균)

OOO

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법

(가) 2015.12.15. 법률 제13557호로 일부개정되기 전의 것

제16조(공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입) ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교·자선·학술 또는 그 밖의 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다) 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항을 적용할 때 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조제4항·제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성·비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등(공익법인등이 설립된 날부터 3개월 이내에 주식등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인등이 되는 경우를 포함한다)이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 매각[주식등의 출연자 또는 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)에게 매각하는 경우는 제외한다]하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적에 사용한 실적과 그 밖에 그 공익법인등의 공익 기여도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년 12월 31일까지

2. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지

② 제1항을 적용할 때 주식등의 보유기준의 계산방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제78조(가산세 등) ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

⑨ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제2항 제5호에 해당하는 경우에는 운용소득이나 매각대금 중 사용하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

(나) 2016.12.20. 법률 제14388호로 일부개정된 것

제50조의4(공익법인등에 적용되는 회계기준) ① 공익법인등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다)은 제50조 제3항에 따른 회계감사의무 및 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시의무를 이행할 때에는 대통령령으로 정하는 회계기준을 따라야 한다.

② 제1항에 따른 회계기준의 제·개정 등 회계제도의 운영과 절차 등 에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 상속세 및 증여세법 시행령

제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것

3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것

4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 아니할 것

④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조 제6항을 준용한다.

제38조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리) ⑤ 법 제48조 제2항 제5호에서 운용소득과 관련된 “대통령령으로 정하는 기준금액”이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 “운용소득”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “사용기준금액”이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 및 법 제48조 제2항 제4호에 따른 출연재산 매각금액을 제외하고,

「법인세법」 제29조

제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

⑥ 법 제48조 제2항 제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다.

⑫ 법 제48조 제9항 본문 및 제10항 본문에서 “특수관계에 있는 내국법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 해당 기업(해당 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(해당 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 또는 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자

가. 기업집단 소속의 다른 기업

나. 기업집단을 사실상 지배하는 자

다. 나목의 자와 제12조의2 제1항 제1호의 관계에 있는 자

2. 제1호 각 목 외의 부분에 따른 소속 기업 또는 같은 호 가목에 따른 기업의 임원이 이사장인 비영리법인

3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

(3) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법인세법 시행령(2010.3.18. 대통령령 제22035호로 일부개정된 것)

제70조(이자소득 등의 귀속사업연도) ② 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법인이 수입하는 배당금은

「소득세법 시행령」 제46조

에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다. (단서 생략)

(5) 소득세법

제46조(배당소득의 수입시기) 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

2. 잉여금의 처분에 의한 배당

당해 법인의 잉여금 처분결의일

(6) 공익법인회계기준(2017.12.7. 기획재정부 고시 제2017-35호로 제정된 것)

제1조(목적) 공익법인회계기준(이하 ‘이 기준’이라 한다)은

「상속세 및 증여세법」 제50조의4

및 같은 법 시행령 제43조의4에 따라 같은 법 제16조 제1항에 따른 공익법인등(이하 ‘공익법인’이라 한다)의 회계처리 및 재무제표를 작성하는 데 적용되는 기준을 제시하는 것을 목적으로 한다.

제2조(적용) 이 기준은 공익법인이

「상속세 및 증여세법」 제50조

제3항에 따라 회계감사를 받는 경우 및 같은 법 제50조의3에 따라 결산서류 등을 공시하는 경우 등에 적용한다.

제4조(복식부기와 발생주의) ① 이 기준에 따라 회계처리 및 재무제표를 작성할 때는 발생주의 회계원칙에 따라 복식부기 방식으로 하여야 한다.

② ‘복식부기’란 공익법인의 자산, 부채, 순자산의 증감 및 변화과정과 그 결과를 계정과목을 통하여 대변과 차변으로 구분하여 이중기록·계산이 되도록 하는 부기형식을 말한다.

③ ‘발생주의’란 현금의 수수와는 관계없이 수익은 실현되었을 때 인식하고 비용은 발생되었을 때 인식하는 개념으로서 기간손익을 계산할 때 경제가치량의 증가나 감소의 사실이 발생한 때를 기준으로 수익과 비용을 인식하는 것을 말한다.

제7조(회계정책, 회계추정의 변경 및 오류수정) ① 재무제표를 작성할 때 채택한 회계정책이나 회계추정은 비슷한 종류의 사건 또는 거래의 회계처리에도 동일하게 적용한다.

② ‘회계정책의 변경’이란 재무제표의 작성에 적용하던 회계정책을 다른 회계정책으로 바꾸는 것을 말한다.

③ 이 기준에서 변경을 요구하거나, 회계정책의 변경을 반영한 재무제표가 신뢰성 있고 더 목적적합한 정보를 제공하는 경우에만 회계정책을 변경할 수 있다.

⑤ 변경된 회계정책은 소급하여 적용하며 소급적용에 따른 수정사항을 반영하여 비교재무제표를 재작성한다.

부칙

제1조(시행일) 이 기준은 2018년 1월 1일부터 시행한다

제2조(일반적 적용례) 이 기준은 이 기준 시행 이후 개시하는 회계연도부터 적용한다.

제3조(재무제표 작성 적용례) 이 기준이 최초 적용되는 재무제표에 대하여는 제9조에 따른 비교재무제표를 작성하지 아니할 수 있다.

제4조(재무제표 작성 경과규정) 이 기준은 공익법인이 원하는 경우 이 기준 시행 이전에 개시하는 회계연도에 적용할 수 있다.