조심 2023서7720 (2024.06.04)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2000.6.20. 설립되어 종합유선방송프로그램 공급사업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2017.5.31. ㈜AAA, 2017.9.29. ㈜BBB와의 적격합병을 통해 피합병법인 ㈜AAA의 이월결손금 OOO원, 피합병법인 ㈜BBB의 이월결손금 OOO원 합계 OOO원의 이월결손금을 승계하였다. 나. 청구법인은 2016～2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 해당 사업연도 과세표준을 계산하면서 실제 공제한 이월결손금만 차감하여 신고·납부하였다가, 2021.12.1. 처분청에 2017～2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 ㈜AAA 및 ㈜BBB(이하 “피합병법인”이라 한다)로부터 승계한 결손금 중 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제하지 아니한 금액 전체를 차감(이월결손금 매년 재차 차감)하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 2022.1.10. 위 경정청구를 받아들여 법인세 OOO원을 환급하였다. 다. 한편, 청구법인은 2022.3.24. 2021사업연도 법인세를 신고하면서 피합병법인으로부터 승계한 결손금 중 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제하지 아니한 금액 전체를 차감(이월결손금 매년 재차 차감)하여 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다. 라. 처분청은 기획재정부 질의회신(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24., 이하 “쟁점유권해석”이라 한다) 이후 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도에 계속하여 재차 차감할 수 없다고 보아 재차 차감한 이월결손금(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 기업소득 계산 시 차감하지 아니하여 2023.2.7. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원 및 2021사업연도 법인세 OOO원(신고불성실 및 납부지연 가산세 합계 OOO원을 포함) 합계 OOO원을 경정·고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 미환류소득 계산 시 최초 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에도 재차 차감할 수 있다. (가) 「법인세법」은 각 사업연도 소득에서 공제하는 이월결손금을 “각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액”으로 하여 이월결손금의 재차 공제를 방지하는 명시적인 규정을 두고 있는 반면, 미환류소득 계산 방법을 규정하고 있는 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다)에서는 당기 사업연도 소득에서 해당 사업연도에 “공제할 수 있는 결손금”을 차감하여 미환류소득을 계산하도록 규정하고 있을 뿐 전기 미환류소득에서 차감한 결손금의 재차 차감을 배제하는 명시적인 규정을 두고 있지 않다. (나) 또한 과세표준 계산 시 공제되는 결손금( 「법인세법」제13조 제1항 제1호)과 미환류소득 금액 계산 시 차감 항목으로서의 결손금( 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호)은 서로 구분되는 것인바, 처분청 의견과 같이 「법인세법」상 결손금 공제 방법을 미환류소득 금액 계산 시 ‘차감’에도 준용할 수는 없다. 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목은 기업소득에서 차감할 항목의 하나로서 결손금을 나열하면서 「법인세법」 제13조 제1항 제1호를 참조하고 있는데, 「법인세법」 제13조 제1항 제1호는 ‘법 제14조 제3항의 이월결손금’이라 하여 공제대상 이월결손금을 규정하고 있을 뿐 결손금의 공제 방법이나 재차 차감 여부까지 규정하고 있지는 않다. 즉, 미환류소득 금액 계산 시 「법인세법」 제13조 제1항 제1호 외 부분 혹은 「법인세법」이 다른 조문에서 규정하고 있는 결손금의 공제 방법( 「법인세법」 제14조 제3항에서 각 사업연도의 소득 계산 시 공제되는 결손금을 ‘각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액’으로 규정) 등을 고려할 수 없는 것이다. (다) 「법인세법」제24조 에서 기부금 한도 계산 시 동일하게 기준소득금액에서 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따른 결손금을 차감하여 계산하도록 규정하고 있는데, 처분청 의견대로라면 전기까지 차감하여 계산한 공제 가능한 이월결손금은 재차 차감을 할 수 없게 되어 기부금 한도액이 증가하는 문제가 발생한다. (라) 또한 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었고, ‘개정세법 해설’에 따르면 이는 ‘기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고’를 위한 것인데, 처분청 또한 인정한 바와 같이 누적된 이월결손금이 남아있는 기업을 아직 환류여력이 없는 기업으로 본다면, 이에 대해 이월결손금의 재차 차감을 허용하지 않아 미환류세액을 발생시키는 것은 오히려 상기 개정취지에 어긋나는 것으로 볼 수 있다. (2) 쟁점유권해석을 소급하여 해당 유권해석 생성일 전의 과세기간에 적용할 수 없다. (가) 「국세기본법」은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는 것으로 규정하고 있고( 「국세기본법」제18조 제3항), 같은 법 기본통칙 18-0...2는 새로운 세법해석의 경우 해당 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다. (나) 청구법인이 경정청구를 제기하고 처분청에서 이를 인용하던 시점(2022년 1월)에 존재하던 조세법문, 집행기준 및 유권해석(기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19.)은 모두 미환류소득 금액 계산 시 ‘차감’되는 이월결손금과 관련하여 “각 사업연도 소득에서 기 공제되지 아니한 금액인지 여부”에 대해 규정 및 해석하고 있었을 뿐 “미환류소득에서 기 차감되지 아니한 금액인지 여부”에 대해서는 규정하고 있지 아니하였고, 기획재정부와 국세청은 2016년부터 미환류소득 금액 계산 시 차감하는 결손금에 대한 납세자의 질의에 대해 일관되게 “해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금”으로 해석하였는바, 납세자들은 미환류소득 금액 계산 시 차감하는 결손금을 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금으로 받아들일 수밖에 없었고, 미환류소득 계산 시 결손금 차감 여부를 별도로 관리해야 한다고 인지할 수 없었다. 또한 국세청 역시 청구법인 외 다수 법인의 미환류소득 결손금 차감에 따른 경정청구를 인용 결정해 온 점을 고려할 때 이는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후 이와 다른 새로운 유권해석이 나온 경우에 해당한다 할 것이다. (다) 따라서 쟁점유권해석은 해당 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립한 청구법인의 2022사업연도에 대한 미환류소득분부터 적용되는 것이며, 그 이전에 성립한 2016～2021사업연도에 대한 미환류소득에 대해서 납세자에게 불리하게 소급적용될 수 없다. (3) (예비적 주장) 해당 사업연도에 발생한 미환류소득 금액은 차기환류 적립을 통해 2년간 이월하여 다음 다음 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부할 수 있는바, 2021년도분 미환류소득 금액에 대한 고지세액은 취소되어야 한다. 처분청은 쟁점유권해석을 적용하여 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세를 재계산 및 고지하면서 2021년도 발생분으로 계산된 미환류소득 금액 OOO원에 대해서도 관련 법인세 및 가산세를 부과하였으나, 해당 사업연도에 발생한 미환류소득 금액의 경우 차기환류 적립금으로 적립하여 다음 2개 사업연도로 이월할 수 있는 규정( 조특법 제100조의32 제5항)이 존재하므로 해당 금액을 차기환류적립금으로 이월하여야 한다. (4) (예비적 주장) 청구법인이 2021년도분 미환류소득 금액에 대한 법인세액을 과소신고·납부한 것은 납세자가 의무를 이행하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는바, 관련 가산세 부과세액은 취소되어야 한다. 청구법인은 2016～2020사업연도의 미환류소득에 대한 법인세와 관련하여 2021년 중 경정청구를 제기하여 2022.1.12. 이를 인용 및 환급받았고, 쟁점유권해석은 2021년도 법인세 신고기한 이후 시점인 2022.8.24.에 생성되었는바, 청구법인은 2022.3.28.에 2021사업연도에 대한 법인세 신고를 하면서 2021년도 미환류소득에 대한 법인세 역시 위 감액경정에 따라 인정된 방식으로 동일하게 신고·납부하였다. 따라서 청구법인이 쟁점유권해석 생성 전에 법인세를 신고하면서 2021년도분 미환류소득 금액에 대한 법인세액을 과소신고·납부한 책임을 전적으로 청구법인에게 지우는 것은 과도하다. 나. 처분청 의견 (1) 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 계속하여 재차 차감할 수 없다. (가) 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 투자·상생협력촉진세제는 기업의 소득을 투자·임금 증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로서, 기업의 소득 중 투자, 임금증가액 등으로 활용하지 아니한 미환류소득이 있는 경우에 그에 대한 법인세를 납부하도록 하였다. 이때 미환류소득의 계산은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 산정하는 구조이며, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 미환류소득 계산 시 공제되는 이월결손금은 조특법 시행령 제100조의32 에 따라 ‘ 「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이고, 이에 따르면 해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금만을 미환류소득 계산 시 차감할 수 있는 것이므로 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 재차공제가 허용되지 않으므로 미환류소득 계산 시에도 이월결손금 재차공제는 허용되지 않는 것이다. 이와 같은 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제의 취지, 법인세 과세표준의 이월결손금 공제 시에도 한 번 공제한 이월결손금은 이후 사업연도에 계속하여 재차 공제하고 있지 아니하는 점, 기획재정부에서도 질의회신을 통하여 ‘합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다’(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)고 회신한 점 등에 비추어, 미환류소득 세제에서도 이월결손금 공제 시 누적된 결손금을 재차 차감할 수 있다고 볼 수는 없다. (나) 청구법인은 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 조특법 시행령 제100조의32 에서 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금을 ‘공제할 수 있는 결손금’으로 규정한 것을 들어 이월결손금 재차 공제가 허용된다고 주장하나, 위 조특법 시행령은 2022.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용되므로 2020～2021사업연도에 대한 이 사건에 적용할 수 없고, 개정내용을 살펴보더라도 ① ‘공제한 결손금’ 문구가 ‘공제할 수 있는 결손금’으로 개정되고 ② 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 60% 공제한도 및 ③ 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금에 대한 공제한도 규정이 적용되지 않음이 명문화된 것으로서, 위 개정내용의 취지는 과세표준 계산 시에는 이월결손금 60% 공제한도를 적용하지만 미환류소득 계산 시에는 이월결손금 공제한도를 적용하지 않는다는 것이지(간추린 개정세법의 개정내용, 같은 뜻임), 이월결손금의 재차공제를 규정한 것이 아니다. (2) 이 건 과세는 소급과세금지 원칙에 위배되지 않는다. 청구법인은 「국세기본법」제18조 제3항 및 같은 법 기본통칙 18-0...2를 근거로 쟁점유권해석이 해당 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립한 2022사업연도에 대한 미환류소득분부터 적용되는 것이므로 이미 납세의무가 성립한 2016～2021사업연도까지 미환류소득분에 대하여는 적용될 수 없다고 주장하나, 「국세기본법」제18조 제3항 및 같은 법 기본통칙 18-0...2는 세법의 해석이 소급하여 적용되지 않기 위해서는 기존 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후이거나, 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우이어야 하나, 기존에 미환류소득 세제 이월결손금 공제에 대하여 존재하던 유권해석은 미환류소득 계산 시 차감되는 이월결손금은 ‘ 「법인세법」제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이라고 규정되어 있을 뿐이어서, ‘각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액’을 기준으로 미환류소득세제를 적용하라는 의미인 것이지 재차공제를 허용하고 있는 취지라고 볼 수는 없는바, 쟁점유권해석은 이월결손금 재차 차감 가능 여부에 관한 최초의 해석에 해당하고, 따라서 종전의 해석, 기존 국세행정의 관행 등이 존재한다고 볼 수 없다. (3) (예비적 주장에 대한 답변) 경정으로 인하여 증액된 2021사업연도 미환류소득을 소급하여 차기환류적립금으로 적립함은 타당하지 않다. 청구법인은 해당 사업연도에 발생한 미환류소득 금액은 차기환류 적립을 통해 다음 2개 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부할 수 있는바, 2021년도분 미환류소득 금액에 대한 고지세액이 취소되어야 한다고 주장하나, 조특법 제100조의32 제5항에서 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(차기환류적립금)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있도록 규정하고 있고, ‘해당 사업연도의 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위하여 적립’한다 함은 ‘해당 사업연도의 미환류소득 발생 시 차기환류를 위해 적립할 수 있다는 것’을 의미하는 것이지 다음 사업연도(2022사업연도)에서 이전 사업연도(2021사업연도)로 돌아가 이전 사업연도의 미환류소득을 차기환류적립금으로 적립하는 것을 의미하는 것이 아니다. 따라서 청구법인이 이전 사업연도(2021사업연도)의 미환류소득을 차기환류적립금으로 적립하기 위해서는 다음 사업연도(2022·2023사업연도)에 초과환류가 발생한 경우 그 한도 내에서 경정청구를 통해 가능한 것인데, 2022사업연도에는 초과환류액이 발생하지 않았고, 2023사업연도에도 초과환류액이 발생할지 여부가 불분명하므로 2021사업연도의 차기환류적립금으로 적립할 수 없다. 또한 국세청 유권해석은 경정 등으로 인하여 해당 사업연도의 당초 미환류소득이 증가된 경우에는 그 증가된 미환류소득을 ‘다음 사업연도의 초과환류액 한도 내’에서 차기환류적립금으로 적립하기 위하여 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 할 수 있다고 회신(국세청 법령해석과-2242, 2021.6.28.)하고 있고, 조세심판원에서도 같은 취지로 판단하고 있다(조심 2021서5928, 2022.5.26.). (4) (예비적 주장에 대한 의견) 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 청구법인은 2021사업연도 미환류소득 금액에 대한 법인세액을 과소신고·납부한 것은 납세자가 의무를 이행하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는바, 관련 가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 처분청은 2020·2021사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 경정·고지하면서 당초 경정청구 환급하였던 2020사업연도에 대하여는 가산세를 부과하지 아니하였고, 2021사업연도는 납세자가 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 재차 차감하여 신고한 잘못이 있어 가산세를 부과하였다. 청구법인이 쟁점유권해석이 생성되기 전에 미환류소득에 대한 이월결손금을 중복차감할 수 없다는 사실을 알지 못하여 신고·납부의무를 이행하지 못하였다는 점은 단순한 법령의 부지 내지 착오에 불과한 것으로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려우며, 법인세는 납세의무자가 스스로 자신의 책임하에 신고·납부함으로써 확정되는 조세이므로 납세의무자로서 신고·납부의무를 이행하지 아니한 이상 이 건 가산세 부과처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 미환류소득 계산 시 최초 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에도 재차 차감할 수 있는지 여부 ② 기획재정부 질의회신을 근거로 과세한 것이 소급과세 금지원칙에 반하는지 여부 ③ 경정으로 인하여 증가된 2021사업연도 미환류소득을 차기환류적립금으로 적립할 수 있는지 여부 ④ 2021사업연도 법인세와 관련하여 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 대통령령으로 정하는 중소기업 나. 대통령령으로 정하는 비영리법인 다. 제104조의31 제1항 및 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( 「법인세법」 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액 1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우 가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우 : 상시근로자 임금증가금액 나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 : 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액 2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 "청년정규직근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우 : 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액 3) 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 "정규직 전환 근로자"라 한다)가 있는 경우 : 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액 다. 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 ③ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 경우 해당 사업연도의 개시일부터 대통령령으로 정하는 기간까지는 그 선택한 방법을 계속 적용하여야 한다. ④ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항에 따라 신고를 하지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 것으로 보고 제3항을 적용한다. ⑤ 제1항 각 호에 따른 내국법인(제4항이 적용되는 법인은 제외한다)은 제2항에 따른 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(이하 이 조에서 "차기환류적립금"이라 한다)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있다. ⑥ 직전 사업연도에 제5항에 따라 차기환류적립금을 적립한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액(음수인 경우 영으로 본다)을 해당 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (차기환류적립금 - 제2항에 따라 계산한 해당 사업연도의 초과환류액) × 100분의 20 ⑦ 해당 사업연도에 초과환류액(제6항에 따라 초과환류액으로 차기환류적립금을 공제한 경우에는 그 공제 후 남은 초과환류액을 말한다)이 있는 경우에는 그 초과환류액을 그 다음 2개 사업연도까지 이월하여 그 다음 2개 사업연도 동안 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑧ 제1항에 따른 내국법인이 제2항 제1호 가목에 따른 자산을 처분한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항 제1호에 따라 그 자산에 대한 투자금액의 공제로 인하여 납부하지 아니한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산하여 납부하여야 한다. ⑨ 직전 사업연도에 종전의 「법인세법」(법률 제15222호로 개정된 것을 말한다) 제56조 제7항에 따라 발생한 초과환류액이 있는 경우에는 제2항에 따른 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 법 제100조의32 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 「법인세법」 제2조 제2호에 따른 비영리내국법인을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. (중략) 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 「법인세법」 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 법인세액( 「법인세법」 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액 나. 「상법」 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) (3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 법 제100조의32 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 「법인세법」 제2조 제2호에 따른 비영리내국법인을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 「법인세법」 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 기획재정부령으로 정하는 법인세액( 「법인세법」 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 기획재정부령으로 정하는 법인지방소득세액 나. 「상법」 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (4) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 일부개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조(각 사업연도의 소득) ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다. ② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다. ② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. ⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다. 1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우 : 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액 2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우 : 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2017.5.31. ㈜AAA, 2017.9.29. ㈜BBB와의 적격합병을 통해 피합병법인 ㈜AAA의 이월결손금 OOO원, 피합병법인 ㈜BBB의 이월결손금 OOO원을 각각 승계하였다. (나) 청구법인은 당초 2016～2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 아래 ＜표1＞과 같이 해당 사업연도에 실제 공제한 이월결손금만 차감하여 신고·납부하였다. ＜표1＞ 당초 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 이월결손금 공제내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 이후 2021.12.1. 처분청에 2017～2020사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금 중 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제하지 아니한 금액 전체를 차감(이월결손금 매년 재차 차감)하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 받아들여 2022.1.10. 청구법인에게 2017～2020사업연도 법인세 OOO원을 환급하였다. ＜표2＞ 청구법인이 경정청구한 결손금 공제액 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 2022.3.24. 2021사업연도 법인세를 신고하면서 아래 ＜표3＞과 같이 피합병법인으로부터 승계한 결손금 중 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제하지 아니한 금액 전체를 차감(이월결손금 매년 재차 차감)하여 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다. ＜표3＞ 미환류소득에 대한 법이네 산정을 위한 기업소득 계산 시 이월결손금 공제내역 : 2021사업연도 ㅇㅇㅇ (마) 처분청은 이후 쟁점유권해석에 따라 쟁점이월결손금을 기업소득 계산 시 차감하지 아니하여 2023.2.7. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원* 및 2021사업연도 법인세 OOO원(신고불성실 및 납부지연 가산세 합계 OOO원을 포함) 합계 OOO원을 경정·고지하였다. * 2016～2019사업연도 중복차감을 하지 않아도 부담세액이 같아 과세가 발생하지 아니하였으나, 2020사업연도부터는 이월결손금 중복 차감을 인정하지 않을 경우 세액이 발생하였음 ＜표4＞ 처분청이 경정한 결손금 공제내역 ㅇㅇㅇ (바) 이 건과 관련한 기획재정부 질의회신 등은 아래와 같다. 1) 쟁점유권해석[기획재정부 법인세제과-333(2022.8.24.)]에 따르면 아래와 같이 미환류소득에서 차감하는 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지와 관련하여, 매 사업연도마다 이월결손금을 재차 차감할 수 없다고 회신하였다. ＜기획재정부 법인세제과-333(2022.8.24.)＞

2) 기획재정부의 2016년 질의회신[기획재정부 법인세제과-312(2016.3.30.)] 및 2021년 질의회신[기획재정부 법인세제과-374(2021.8.19.)]에 따르면 아래와 같이 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금을 ‘각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 회신하였다. ＜기획재정부 법인세제과-312(2016.3.30.)＞

＜기획재정부 법인세제과-374(2021.8.19.)＞

3) 기획재정부는 2016.4.1. 보도자료를 통해 기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 “해당 사업연도에 공제한 결손금”의 의미를 각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액을 기준으로 하고, 당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우에는 기업소득환류세제가 적용되지 아니한다고 설명하였다. ＜기획재정부 보도자료(2016.4.1.)의 주요내용＞

(사) 기획재정부 발간 ‘2021 간추린 개정세법’ 등에 따르면 2022.2.15. 조특법 시행령 개정을 통해 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고를 위하여 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 기업소득에서 차감하는 이월결손금을 당초 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’에서 ‘해당 사업연도에 공제 가능한 결손금’으로 개정하였고, 「법인세법」 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도 즉, 각 사업연도 소득의 100분의 60( 「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 공제의 한도로 한다는 부분이 적용되지 않는 것으로 명시하였다. (아) 청구법인은 이 건 경정으로 인하여 2021사업연도 미환류소득이 증가됨에 따라 그 증가된 미환류소득을 ‘다음 사업연도의 초과환류액 한도 내’에서 차기환류적립금으로 적립하기 위하여 2024.3.8. 처분청에 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 제기하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①·②에 관하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득 계산 시 최초 차감한 이월결손금을 이후 사업연도에도 재차 차감할 수 있고, 쟁점유권해석을 근거로 과세한 것이 소급과세금지원칙에 반한다고 주장하나, 조특법 시행령 제100조의32 제4항 본문 및 제2호 라목에 따르면 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 ‘ 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’ 등을 빼도록 규정하고 있고, 쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세 과세표준 계산 시 해당 사업연도의 소득에서 공제되지 아니한 결손금에 해당하며, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금은 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이 존재하지 아니하는 점, 2022.2.15. 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 기업소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것에 불과하지 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이는 점, 「국세기본법」제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는 것으로 규정하고 있으나, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 쟁점유권해석 이전에 이월결손금을 재차 차감(공제)할 수 있다는 명시적인 해석례가 존재하지 아니하고, 이와 다른 세무상 관행이 존재한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 경정으로 인하여 증가된 2021사업연도 미환류소득을 차기환류적립금으로 적립할 수 있다고 주장하나, 조특법 제100조의32 제5항에서 내국법인은 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 차기환류적립금으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있도록 규정하고 있으나, 해당 사업연도의 미환류소득이 발생하였다 하여 해당 미환류소득이 차기환류적립금으로 당연히 적립되는 것이 아니라 내국법인이 본인의 선택에 따라 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위하여 차기환류적립금으로 적립할 수 있는 것이므로, 청구법인이 이전 사업연도(2021사업연도)의 미환류소득을 차기환류적립금으로 적립하여 공제하기 위해서는 다음 사업연도(2022·2023사업연도)에 초과환류가 발생한 경우에 그 한도 내에서 경정청구를 제기해야 할 것으로 보이는 점, 이 건 과세처분으로 인하여 2021사업연도에 증액된 미환류소득이 2022사업연도 또는 2023사업연도에 투자, 임금 등으로 초과환류된 사실이 확인되지 아니는 점 등에 비추어 증액된 쟁점이월결손금을 소급하여 차기환류적립금으로 적립(설정)하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점④에 관하여 살피건대, 청구법인은 2021사업연도 법인세와 관련하여 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인은 앞서 본 바와 같이 2021사업연도분 미환류소득 금액에 대한 법인세액을 과소하게 신고·납부하였고, 청구법인이 쟁점유권해석이 생성되기 전에 미환류소득 산정과 관련하여 이월결손금을 재차 차감할 수 없다는 사실을 알지 못하여 신고·납부의무를 이행하지 못하였다는 사유는 단순한 법령의 부지 내지 착오에 불과하므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.