조심 2018서2104 (2018.11.08)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 2003.4.15. 설립되어 정보통신서비스업 등을 영위하고 있고, 2012.4.30. 이사 OOO으로부터 자기주식 24,000주(1주당 액면가액 OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원)에 양수하였으며, OOO은 2012.8.31. 해당 주식에 대한 양도소득세를 신고하였다.

나.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2016.2.23.～2016.3.21. 기간 중 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 특수관계인인 OOO으로부터 쟁점주식을 시가인 OOO원[1주당 OOO원,「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법 적용]보다 높은 가액으로 취득하였다고 보아「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인규정에 따라 위 취득가액과 시가와의 차액인 OOO원을 OOO에 대한 상여로 소득처분하여 2016.5.12. 청구법인에게 관련된 소득금액변동통지를 하면서 처분청으로 하여금 근로소득 지급명세서 미제출가산세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 2018.1.10. 청구법인이 위 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액을 신고·납부하지 아니한데 대하여 2013년 2월 근로소득세(원천징수분) OOO원, 2012사업연도 법인세 OOO원을 각각 결(경)정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주식의 매매가액을 시가로 인정하여야 한다.

첫째, 청구법인은 쟁점주식을 합리적·경제적인 목적으로 매입하였다.

청구법인의 설립당시 발행주식 60,000주 중 대표이사인 OOO이 24,200주(지분율 : 40.3%), 이사 OOO이 24,000주(40%, 쟁점주식), OOO 주식회사(종전 상호는 ‘OOO’, 이하 “OOO”라 한다)가 나머지 11,800주(16.7%)를 보유하고 있었고, 청구법인은 시스템통합구축작업 등을 담당하는 등 OOO와 협력관계에 있으면서 OOO과 OOO이 각 보유지분의 차이가 적었으므로 청구법인의 의사결정에 OOO의 영향을 크게 받았는데, 2011년 말경 OOO로부터 투자목적이 상실되었다면서 그 보유지분에 대하여 OOO과 OOO(1대·2대 주주)을 대상으로 하는 일괄낙찰방식(전량인수)으로 매각하기 원한다는 통지(이메일)를 받게 되었다.

이러한 상황에서 OOO과 OOO이 OOO의 보유지분을 인수하게 될 경우 청구법인 발행주식의 과반수를 취득하여 사실상 경영권을 행사할 수 있게 되므로 이들 간에 서로 해당 지분을 낙찰받고자 하는 과정에서 갈등이 발생하였고, OOO가 이들에게 각 지분율에 비례하여 위 보유지분을 양도하겠다는 제안을 하였으나, OOO으로서는 그 제안으로도 자신이 최대주주가 될 수 없자, 결국 청구법인에게 자신이 보유한 쟁점주식도 양수하도록 요청하게 되었으며, 청구법인으로서도 OOO이 쟁점주식을 자신에게 양도하고 퇴사하는 것이 향후에 경영상 분쟁이 없는 등 이익이 될 것이므로 양자 간에 퇴직금을 포함한 모든 채권·채무관계를 정산하는 조건으로 OOO으로부터 쟁점주식을 양수하게 된 것이고, 이러한 사실은 OOO이 청구법인에게 퇴직금 등의 지급을 구하는 민사소송의 판결(OOO지방법원 2013.4.9. 선고 2012가단5097577 판결 등)을 통하여 입증된다.

둘째, 쟁점주식의 매매가액(1주당 OOO원)을 시가로 인정하여야 한다.

구 상증법(2015.12.15. 법률 제13557호로 일부개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제1호 다목, 같은 법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25195호로 일부개정되기 전의 것) 제54조 제1항에서 비상장주식의 평가는 발행법인의 순손익가치와 순자산가치를 3대 2의 비율로 가중평균한 가액으로 산정하도록 규정하고 있으나, 같은 영 제56조 제1항 단서에서 ‘최근 3년 간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등의 사유가 있을 경우에는 1주당 추정이익의 평균가액’을 순손익액으로 보도록 규정하고 있고, 같은 영 제54조 제4항 제3호에서 최근 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 발생할 경우에는 순자산가치로만 평가하도록 규정하고 있는 등 예외규정도 있는 점, 비상장주식은 그 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 실례를 시가로 보나, 해당 실례가 없는 경우에는 시장가치방식, 순자산가치방식, 수익가치방식 등 보편적으로 인정되는 여러 평가방법들을 고려하되 이러한 평가방법을 규정한 규정들이 각 그 목적에 따라 서로 다른 기준을 적용하고 있음을 감안할 때 상증법 제54조에 따른 것 등 어느 한 가지의 평가방법이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 거래당시 발행법인 및 거래당사자의 상황, 그 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 합리적으로 판단하여야 하는 것인 점(대법원 2005.4.29. 선고 2005도856 판결, 대법원 2011.5.16. 선고 2001마375 결정 등) 등을 종합하여 보면 상증법 제63조 제1항 및 같은 법 시행령 제54조 제1항에 따른 ‘비상장주식의 보충적 평가방법’은 과세표준의 계산, 합병비율의 결정 등 특정한 목적을 위한 규정으로 일반적인 거래에 반드시 적용할 이유는 없다 할 것이다.

이러한 법리와 더불어 쟁점주식의 매입당시 청구법인의 순자산이 OOO원, 현금보유액이 OOO원으로 자산상태가 좋았으나 직전 3개 사업연도 중 첫 2개 사업연도에서는 결손금(2009·2010사업연도에 각각 △OOO원, △OOO원), 마지막 1개 사업연도(2011사업연도)에만 순이익(OOO원)이 발생하는 등 최근의 영업실적이 좋지 않았던 점, OOO이 경영에서 물러나는 대신에 퇴직금 등의 채권·채무관계를 정리하면서 쟁점주식의 가치를 적정하게 인정하여 달라는 입장이었고 OOO도 청구법인에게 현금보유가 많다는 이유로 자신의 보유주식 가치를 순자산가치로만 평가하여 달라고 요청하는데, 이러한 상황에서 청구법인으로서는 OOO과 OOO 간의 분쟁을 조기에 종결하고 향후 OOO와의 영업관계를 감안하여 이들의 요구를 수용할 수밖에 없었던 점 등을 볼 때 청구법인이 순자산가치(최근 3년간 순자산가치의 평균 OOO원 ÷ 발행주식 60,000주)만으로 평가한 쟁점주식(OOO의 보유주식도 동일)의 매매가액(1주당 OOO원)이 시가에 해당된다 할 것임에도 처분청이 이러한 법리 및 사정을 감안하지 아니하고 단순히 위 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용(순손익가치 포함)하여 쟁점주식의 시가를 1주당 OOO원으로 평가한 것은 위법·부당하다. 참고로 조세심판원(조심 2017부463, 2017.9.12.)도 주식의 객관적인 교환가치를 산정하기 위하여 제반요소를 합리적으로 고려한 순자산가치의 평가가 적정하다고 보았다.

(2) 이 건 과세처분은 고지절차의 하자 등으로 위법하다.

첫째, 이 건 과세처분은 부적법한 소득금액변동통지를 근거로 하였다.

청구법인은 조사청의 2016년 2월 청구법인에 대한 주식변동조사 전인 2013년 8월 조사청에게 쟁점주식의 매입경위에 대한 소명을 하였고 위 주식변동조사가 종결되었음에도 아무런 처분을 받지 못하다가, 위 소명 후 3년 정도가 지난 시점에서 조사청으로부터 위 주식변동조사를 실시한다는 통지를 받은 후 다시 같은 취지로 소명하였으나 2016.5.12. 조사청으로 쟁점주식의 양수에 대하여 OOO에 대한 소득금액변동통지를 수취하였는데, 해당 통지서에 ‘결의서 작성이 완료되지 않았으므로 계산이 정확하지 않을 수 있다’는 문구가 기재되는 등 불명확한 예상고지세액이 기재되어 있었고, 전체 2쪽 중 1쪽만 통지되고 2쪽은 통지되지 않은 점, 결국 청구법인이 조사청 또는 처분청으로부터 위 결의내용에 대한 안내를 받지 못하다가 위 통지일부터 1년 6개월이 지난 2017.9.28. 관련된 과세예고통지를 받은 점 등을 감안할 때 이 건 과세처분은 청구법인에게 과세근거에 대한 충분한 설명없이 부적법한 소득금액통지를 근거로 이루어진 것이어서 그 절차상 위법하다 할 것이다.

둘째, 이 건 과세처분은 OOO의 양도소득세와 이중으로 과세된 것에 해당한다.

OOO이 쟁점주식의 양도가액을 청구법인이 평가한 대로 1주당 OOO원으로 산정된 OOO원 상당으로 하여 양도소득세 신고를 하였으나, 처분청이 해당 주식의 1주당 평가액을 OOO원으로 한 결과 그 양도가액도 OOO원 상당으로 감액되어 결국 그 차익인 OOO원 상당만큼 근로소득세와 양도소득세가 이중과세된 점을 감안할 때 이 건 과세처분의 위법성이 뒷받침된다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점주식의 시가는 그 매매가액이 아니라 상증법상 비상장 주식의 보충적 평가방법을 적용한 금액(1주당 OOO원)이다.

「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산 부인규정의 적용시 비상장주식의 시가는 같은 법 시행령 제89조 제1항에 따른 유사매매사례가액을 적용하되, 해당 가액이 없고 상증법 시행령 제54조 제4항에 따른 특별한 사정(청산절차 중, 사업개시 후 3년 미만, 계속하여 3개 사업연도 동안 결손금의 발생 등)이 없는 한 같은 영 제54조 제1항 및 제56조 제1항 제1호에 따라 순자산가치와 더불어 평가기준일 전 3개 사업연도의 순손익을 가중평균한 순손익가치도 반영하여 평가하여야 하는 점, 조세행정은 다른 행정영역에서의 경우보다 그 명확성이 요구되는데 장래 주식가치의 변동위험을 세법에서 명문으로 규정하지 않은 사정도 고려하여야 한다면 과세관청 또는 납세의무자의 자의적인 판단이 개입될 여지가 있는 점 등을 볼 때 청구법인이 제시한 사정(최근 3개 사업연도 중 2개 사업연도는 결손, 나머지 1개 사업연도는 수익 발생)만으로는 쟁점주식의 양도일이 속한 사업연도의 직전 3개 사업연도의 손손익을 가중평균한 순손익가치를 전혀 반영하지 않는 것으로 인정할 수는 없으므로 결국 쟁점주식의 매매가액을 시가로 인정할 수도 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 상증법 시행령 제54조 제1항 및 제56조 제1항 제1호에 따라 청구법인 발행주식의 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3대 2로 가중평균한 OOO원을 적용하여 쟁점주식의 시가를 산정한 것은 적법하다.

(2) 이 건 과세처분의 절차는 적법하다.

첫째, 이 건 과세처분은 적법한 소득금액변동통지를 근거로 하였다.

조사청은 청구법인이 2016.3.21. 제출한 소명자료를 검토하여 같은 달 청구법인에게 ‘OOO으로부터 쟁점주식을 고가로 매입하였다’는 사실을 기재한 안내문을 송부한 점, 2016.5.12. 청구법인에게 발송한 소득금액변통지서의 하단에 2쪽 중 1쪽을 뜻하는 ‘1/2’로 기재된 것은 원천징수의무자인 법인에게 통지된 것을 의미하고 나머지 2쪽은 소득자인 OOO에게 통지되는 것인 점 등을 감안할 때 조사청의 청구법인에 대한 소득금액통지는 적법하므로 이를 근거로 한 이 건 과세처분도 적법하다.

둘째, 청구법인이 이 건 과세처분과 OOO의 양도소득세 간의 이중과세를 이유로 이 건 과세처분의 위법성을 다툴 수 없다.

「소득세법」제96조 제1항 제1호에서 특수관계인에게 양도한 경우로서 거주자의 상여 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는「법인세법」제52조의 부당행위계산 부인규정에 따른 시가로 보도록 규정하고 있는바, 쟁점주식 양도가액은 해당 시가인 OOO원 상당으로 보는 것이나 양도가액으로 신고한 해당 주식의 가액(OOO원 상당)이 그 다름을 다툴 수 있는 자격은 청구법인이 아니라 해당 양도소득세의 납세의무자인 OOO에게 있다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점주식을 특수관계인으로부터 고가 매입한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 처분의 당부

② 이 건 과세처분이 세무조사 또는 고지절차의 위반 등으로 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 2012.4.30. 이사 OOO으로부터 자기주식인 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원)에 양수하였으나, 조사청은 청구법인이 특수관계인인 OOO으로부터 쟁점주식을 시가인 OOO원(1주당 OOO원, 상증법에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법 적용)보다 높은 가액으로 취득하였다고 보아 부당행위계산 부인규정에 따라 위 취득가액과 시가와의 차액인 OOO원을 OOO에 대한 상여로 소득처분하여 2016.5.12. 청구법인에게 관련된 소득금액변동통지를 하면서 처분청으로 하여금 근로소득 지급명세서 미제출가산세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청이 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 2012년 OOO 소유의 통신시설이 자동화되고 축소되면서 OOO(11,800주) 및 OOO(24,000주, 쟁점주식)으로부터 각 소유지분의 매각을 요청받아 쟁점주식 등을 배당가능이익의 범위 내에서 양수하여 기말 현재 35,800주(지분율 59.7%)의 자기주식을 보유하였고, 이후 해당 주식이 소각되지 아니하였으며, OOO은 쟁점주식의 양도당시 사용인(임원)으로서 청구법인의 특수관계인에 해당한다.

OOO

(나) 청구법인은 2012년 4월 OOO 및 OOO와 <표1> 기재와 같이 이들이 보유한 쟁점주식 등(기명식 보통주식)을 1주당 OOO원에 양수하는 계약을 각각 체결하고, 2012.4.30. OOO과 OOO 명의의 각 예금계좌로 OOO원, OOO원을 송금하였다.

(다) OOO은 2012.8.31. 양도가액을 OOO원(1주당 OOO원), 취득가액을 OOO원으로 하여 2003.4.15. 출자로 취득한 쟁점주식(24,000주)에 대한 양도소득세 신고를 하였다.

(라)조사청은 2016년 3월 청구법인에게 ‘청구법인이 2016.2.26. 조사청에게 제출한 주식변동에 관한 소명자료에 대한 거래사실을 검토한 결과 청구법인이 OOO 및 OOO으로부터 자기주식 35,800주(쟁점주식 포함)를 OOO원만큼 고가로 양수한 것으로 보아 같은 금액을 손금산입(△유보)하고 이 중 OOO원 상당액을 익금산입하면서 OOO에 대한 상여, OOO원 상당액을 익금산입하면서 OOO에 대한 기타사외유출로 소득처분’하였다는 안내문을 발송하였고, 같은 달 OOO에게 ‘OOO이 2012.4.30. 제출한 주식변동에 관한 거래사실을 검토한 결과 OOO이 청구법인에게 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 양도한 것을 부당행위계산 부인규정상 특수관계인 간의 고가양도로 보아 그 시가인 1주당 OOO원을 초과한 금액에 쟁점주식수를 적용하여 산출한 OOO원 상당액만큼 종합소득세 수정신고’를 하도록 하는 안내문을 발송하였다.

(마)조사청은 아래 <표2> 기재와 같이 상증법 제63조 제1항 제1호 다목, 같은 법 시행령 제54조 제1항에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용하여 평가한 전체 발행주식(60,000주)의 1주당 평가액 OOO원에 쟁점주식수 OOO원을 적용하여 산출한 OOO원을 쟁점주식의 시가로 보았는데, 쟁점주식의 양수일(2012.4.30.)이 속한 사업연도의 직전 3개 사업연도(2009～2010사업연도) 중 2011사업연도에는 OOO원의 순이익이 발생하였음을 감안하여 1주당 순손익가치 ‘OOO원’과 1주당 순자산가치 OOO원을 3과 2의 비율로 가중평균하여 위 1주당 평가액을 산정하였고, 2016.5.12. 청구법인에게 ‘OOO원(매매가액인 OOO원에서 위 시가를 초과하는 금액)을 OOO의 2012년 귀속 상여로 처분’한다는 내용으로 법인통지용 소득금액변동통지서를 발송하였으며, 해당 통지서의 하단에는 ‘2쪽 중 1쪽’이라는 의미의 ‘1/2’라는 쪽수가 기재되어 있다.

OOO

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

(가) 청구법인이 2013.8.30. 조사청에 제출한 것으로 보이는 ‘자사주 매입사유서’라는 제목의 소명서를 보면 청구법인은 조사청에게 2003년 OOO의 통신거점을 관리하는 위탁업무를 수행할 목적으로 OOO가 19.7%, OOO이 40.3%, OOO이 40% 상당의 지분을 투자하여 설립하였는데, 2012년 위 통신거점이 대부분 자동화되고 통신사업도 크게 축소되어 청구법인에 대한 투자목적이 상실되어 OOO로부터 위 19.7% 상당의 지분을 매각하도록 요청받았으며, 이러한 요청에는 OOO가 2012.4.15.「상법」개정으로 비상장법인의 자사주매입이 허용됨에 따라 부실투자사를 정리하려는 정책적인 판단도 있었던 것으로 보이고, 위 요청에 따라 청구법인이 위 19.7% 상당의 지분을 취득하려고 하자 그 동안 경영에 참여하던 OOO이 의사결정시 ’캐스팅보트‘ 역할을 하던 OOO의 투자회수로 더 이상 경영에 참여할 의미가 없다고 판단하여 쟁점주식을 매각하고 퇴직할 것을 제안하였는바, 청구법인으로서도 새로운 출발을 해야하는 정황에 따라 해당 제안을 수용하였다고 소명한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인의 등기부등본을 보면 OOO이 설립일(2003.4.15.)부터 2015.4.30.까지 대표이사, 설립일부터 현재까지 사내이사로 재직 중이거나 재직하였고, OOO은 설립일부터 2012.4.29.까지 이사로 재직하였던 것으로 나타난다.

(다)2011.12.1. OOO가 청구법인에게 보낸 이메일을 보면 OOO의 소속 직원(대리 OOO)은 같은 날 청구법인의 소속 직원(OOO)에게 ‘투자대상으로서의 목적이 상실되어 OOO가 보유한 청구법인 지분(11,800주, 발행주식 중 19.7%)을 청구법인의 1대·2대 주주를 대상으로 하는 입찰방식(고가 제시자 선정)으로 매각하지만 사업상 협력관계를 단절하는 것이 아니라’는 내용의 이메일을 보낸 것으로 나타난다.

(라) 청구법인의 2012.4.26. 임시주주총회 소집통지서를 보면 청구법인은 같은 날 주주들에게 2012.4.30.～2012.5.30. 기간 중 ‘자기주식 취득 요청’ 및 ‘관련된 매매계약 체결’하는 것으로 하여 자기주식 35,800주(쟁점주식이 포함된 것으로 보임)를 1주당 OOO원에 취득하는 안건을 상정하기 위한 임시주주총회(개최일 : 2012.4.27.)를 소집하는 통지를 한 것으로 기재되어 있다.

(마)2013년 OOO이 청구법인을 상대로 제기한 민사소송의 판결문[OOO지방법원 2013.4.9. 선고 2012가단5097577 판결(1심), 같은 법원 2013.9.26. 선고 2013나23579 판결(2심)]을 보면 법원은 OOO이 청구법인에게 퇴직금 및 업무상 지출한 금전의 지급을 구하는 소를 제기하였으나, 2012.4.30. 퇴사당시 청구법인에게 ‘쟁점주식을 청구법인에게 양도하면서 퇴직하고, 해당 주식의 매매계약으로 청구법인과의 모든 금전적인 채권·채무관계를 정산함으로써 청구법인에 대한 채권이 존재하지 않음을 확인하며 향후 청구법인을 상대로 민·형사상·행정상의 소송을 제기하지 않기로 한다’는 내용의 서약서를 작성하였으며, 이는 최OOO의 청구법인에 대한 ‘부제소 특약’에 해당하므로 해당 특약에 반하는 위 소송은 권리보호의 이익이 없다고 판시한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인의 재무제표에 의하면 2011사업연도말 현재 당좌자산 중 보통예금은 OOO원, 순자산(자본총액)은 OOO원이고, 청구법인은 해당 순자산가액을 발행주식수(60,000주)로 나눈 OOO원을 해당 주식의 시가로 보았다.

(4) 청구법인은 2018.9.20. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 청구이유와 같은 취지의 진술과 더불어 청구법인이 대표이사 OOO과 이사 OOO 간의 경영권 다툼으로 쟁점주식을 양수하였음을 입증할 증빙자료로 OOO이 2011.12.5. OOO에게 보낸 ‘OOO의 청구법인 발행주식 보유지분(11,800주, 지분율 : 19.7%) 입찰매각과 관련하여’라는 제목의 문서, 청구법인의 2010.3.25.자 주주총회 의사록, 2010.6.30.자 임시주주총회 의사록, 2011.3.29.자 주주총회 의사록 등을 제출하면서, OOO가 청구법인에게 위 자산의 지분을 입찰방식으로 매입하여 줄 것을 요청하였으나 그 당시에는 청구법인의 지분 40.3%를 보유한 OOO과 40.0%를 보유한 OOO 간에 경영권 다툼을 하고 있었기 때문에 위 입찰방식을 선택할 경우 매입가격이 시가보다 높아질 것임을 충분히 예측할 수 있었으므로 청구법인과 대표이사인 OOO입장에서는 OOO의 요구를 받아들일 수는 없었다고 주장하였고, 이외에 청구법인이 쟁점주식을 취득한 2012.4.30.이 속한 사업연도의 직전 3개 연도인 2009～2011사업연도의 소득으로 순손익가치를 산정하는 경우 2010사업연도까지는 결손이 발생한 반면에 2011사업연도의 4분기에서야 소액(OOO원)의 수익이 발생하였는데, 이러한 소액의 수익이 반영됨으로써 청구법인에게 OOO원 이상의 세부담을 지우는 것은 불합리하며, 청구법인이 OOO으로부터 쟁점주식의 양수를 요청받은 2011년 11월에는 2011년 6월말 현재의 대차대조표를 기준으로 해당 주식의 양도가액을 결정하였는데, 그 당시에는 청구법인에게 수익이 발생하지 않았고 향후에도 수익이 발생하리라 예측할 수 없었으므로 쟁점주식의 평가를 순자산가치로만 할 수밖에 없었고, 특히 주주총회에 제출된 2011사업연도 법인세 신고서 상의 소득금액이 음수(△OOO원)였음에도 실제 신고한 신고서 상에 그 소득금액이 양수(OOO원)였던 것은 청구법인의 사업과 무관한 비용(단체퇴직보험)이 손금으로 인정받지 못한데 기인하며, 청구법인이 동 거래로 조세를 회피할 목적이 전혀 없었음에도 처분청이 조사청의 세무조사 후 2년에 이르는 기간 동안 청구법인에게 소명할 기회도 없이 법인세를 부과한 이 건 처분은 세무조사 또는 고지절차상으로 위법하다고 주장하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 사업상 협력관계에 있었던 OOO가 그 협력관계를 청산하면서 청구법인의 각 1대·2대 주주이던 대표이사 OOO(발행주식의 40.3% 상당 보유)과 이사 OOO(40.0% 상당인 쟁점주식 보유)에게 OOO가 보유하던 지분(발행주식 중 19.7% 상당)을 공개입찰방식으로 매수하여 줄 것을 요청하였으나 그러할 경우 그 매입가액이 시가보다 높을 것임이 예상되었고, 자신이 최대주주가 되지 못할 것을 예상한 OOO이 청구법인에게 쟁점주식의 매입을 요청한 2011년 11월에는 청구법인의 수익이 발생하지 아니하고 향후에도 그러할 것으로 예상되었다는 이유 등으로 순자산가치만으로 쟁점주식을 평가하여 OOO으로부터 양수한 점을 감안할 때 쟁점주식의 매매가액(1주당 OOO원)을 시가로 인정하여야 한다고 주장하나,

「법인세법 시행령」제89조에 의하면 해당 거래와 유사한 상황에서 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보고 해당 가격이 없는 등 시가가 불분명한 경우에는 상증법 제63조에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있으며, 상증법 제68조 및 상증법 시행령 제54조 제1항에서 1주당 최근 3년 간의 순손익액의 가중평균액으로 산정한 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액을 비상장주식의 가액으로 보되, 같은 영 제54조 제4항에서 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인의 주식 등 일정한 요건을 갖춘 경우에만 순자산가치로 비상장주식을 평가하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 처분청에게 제출한 2011사업연도 법인세신고서 상의 소득금액이 OOO원으로 해당 사업연도에 결손금이 발생하지 아니하였고 쟁점주식의 매매당시 해당 사업연도의 이익이 발생할 것으로 예상하지 못하였다는 사정이 비상장주식을 순자산가치로만 평가하도록 한 상증법 시행령 제54조 제4항의 요건에 해당되지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 상증법 제63조에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용함에 있어서 순손익가치를 제외하고 순자산가치만으로 쟁점주식을 평가한 것은 부적법하다고 보이고, 그렇게 평가한 가액이 객관적인 교환가치를 반영하였음을 입증할 객관적인 증빙자료도 제시되지 아니하였으므로 해당 평가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 조사청의 세무조사기간 전인 2013년 8월 조사청에게 쟁점주식의 매입경위를 소명한 후 3년 정도가 지난 시점에 조사청의 세무조사가 실시되었고, 조사청으로 통지받은 소득금액변동통지서의 일부가 누락된 것으로 보였음에도 그 통지 후 1년 6개월 정도가 지난 시점에서 처분청이 청구법인에게 충분한 소명의 기회를 주지 아니한 채로 과세예고통지를 하였음을 감안하면 이 건 과세처분은 세무조사 또는 고지절차상 위법하고, OOO이 신고·납부한 쟁점주식에 대한 양도소득세와 이중으로 과세된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 제시한 정황만으로는 조사청 또는 처분청이 세무조사사전통지 등조사절차를 누락하거나 납세고지서에 기재하여야 할 처분근거를 누락하는 등의 경우와 같이 세무조사 및 과세처분의 각 절차를 규정한「국세기본법」등 법령을 위반하였다고 보기 어려운 점, 이 건 과세처분에 따라 쟁점주식의 매매가액이 감액되는 경우 그 매매가액에 대한 양도소득세는 청구법인이 아니라 납세의무자인 OOO이 관할 세무서장에게 경정청구 등의 방법으로 감액을 구할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때 위 청구법인의 주장도 받아들이기는 어렵다 하겠다.

(다)따라서 처분청에서 청구법인이 특수관계인인 OOO으로부터 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 손손익가치와 손자산가치를 가중평균한 시가(1주당 OOO원)보다 높은 가액으로 쟁점주식을 매입하였다고 보고 부당행위계산 부인규정을 적용하여 그 매입가액과 시가 간의 차액만큼 OOO에 대한 상여로 소득처분한 조사청의 소득금액변동통지서에 기하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법[2013.6.7. 법률 제11873호로 일부개정되기 전의 것]

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조[소득 처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

제76조[가산세] ⑦ 납세지 관할 세무서장은 제120조, 제120조의2 또는「소득세법」제164조, 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 그 제출기한까지 제출하지 아니하였거나 같은 조에 따라 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분(分)의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

(2)법인세법 시행령(2015.12.15. 법률 제13557호로 일부개정되기 전의 것)

제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액 (후단 생략)

제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것 (단서 생략)

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 상속세 및 증여세법(2013.5.28. 법률 제11845호로 일부개정되기 전의 것)

제63조[유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다.나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(4)상속세 및 증여세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25195호로 일부개정되기 전의 것)

제54조[비상장주식의 평가] ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. (단서 생략)

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1.법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2.사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3.평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

4.「소득세법 시행령」제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식등

제56조[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법] ① 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 해당 법인이 일시우발적 사건으로 해당 법인의 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 제1호의 가액으로 하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령으로 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다.

1. 다음의 산식에 의하여 계산한 가액

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 = {(평가기준일 이전 1년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액 × 3) + (평가기준일 이전 2년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액 × 2) + (평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 1)} × 1/6

2.기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관,「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는「세무사법」에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, 회계법인 또는 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액

(5)소득세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 일부개정되기 전의 것)

제127조[원천징수의무] ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득 (단서 생략)

제131조[이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례] ② 「법인세법」제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

1.법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 : 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날

제135조[근로소득 원천징수시기에 대한 특례] ④「법인세법」제67조에 따라 처분되는 상여에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조 제2항을 준용한다. <개정 2010. 12. 27.>

제164조[지급명세서의 제출] ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는「법인세법」제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와「부가가치세법」제4조에 따른 사업자단위과세사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. (단서 생략)

4. 근로소득 또는 퇴직소득