조심 2016서3836 (2017.06.29)

OOO세무서장이 2016.9.6. 청구법인에게 한 법인세 2011사업연도분 OOO원의 부과처분은

1. 2010사업연도 중 청구법인이 연구.인력개발비 세액공제로 계상한 인건비는 청구법인의 개별 연구요원들이 겸직자에 해당하는지 여부 및 2010사업연도 중 연구.인력개발비로 미신청한 금액이 세액공제 대상인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 2011사업연도로 이월되는 연구.인력개발비 세액공제액을 확정하고, 2011사업연도 연구.인력개발비 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정하며,

2. 2011～2014사업연도 중 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제로 계상한 인건비는 청구법인의 개별 연구요원들이 겸직자에 해당하는지 여부 및 청구법인이 지출한 공동연구관련 비용 및 미신청한 자체연구 관련 비용은 동 금액이 세액공제 대상인지 여부를 재조사하고 그 결과에 따라 연구.인력개발비 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.7.5. 설립된 OOO 제조 및 도소매업을 영위하는 법인으로 2005년 7월 OOO를 설립하여 OOO를 위한 연구를 수행해오며 2011∼2014사업연도분 법인세 신고시 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액으로 2011년 OOO원을 신고하였다.

나. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2016.4.5.∼2016.5.14. 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인이 2011∼2014 사업연도분 법인세 신고시 연구개발을 전담하지 않은 직원의 인건비(이하 “쟁점인건비”라 한다)와 거래처 납품을 위해 생산과정에서 지출한 재료비를 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에 포함시킨 것으로 보아 이를 부인한 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2016.9.5. 청구법인에게 법인세 2011사업연도분 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인의 연구요원에 대한 인건비는 연구.인력개발비 세액공제 대상이다.

(가) 청구법인이 연구.인력개발비로 공제받은 연구요원들(이하 “쟁점직원”이라 한다) 중 겸직자는 3명 내외인데 처분청은 모든 연구원을 겸직자로 보아 인건비 전액을 부인한 처분은 부당하다.

처분청은 청구법인이 2005년 7월에 설립한 OOO를 형식적으로 개설하였고, 직원들이 20명 안팎으로 소수이다 보니 연구원들이 영업활동을 하여 부품의 공급계약을 체결한 후, 고객사의 완제품에 맞는 부품을 생산하기 위하여 단순설계하고, 위탁업체를 선정 및 납품하고 있으며 공급 이후 고객의 불만사항 등을 처리하는 등의 업무에 종사하고 있다고 판단하여 연구원 전체의 인건비에 대한 연구.인력개발비 세액공제를 부인하였으나, 다음과 같이 처분청의 의견은 사실과 다르다.

첫째, 청구법인은 위 사실관계에서와 같이 OOO를 설립한 후 비메모리반도체와 관련된 특허(국내 4건, 중국2건)를 취득하였고, 꾸준한 연구결과로 그 동안 수입에 의존하던 OOO를 국산화하였으며, 그 기술력을 인정받아 2016년 11월 글로벌반도체 유통회사인 OOO와 판매대행 계약을 하였으므로 형식적으로 OOO를 개설하였다는 처분청의 의견은 사실과 다르다.

둘째, 청구법인의 직원은 조직도와 같이 20명이 아닌, 2010년 30명, 2011년 32명 2012년 30명, 2013년 28명으로 청구법인의 연구소 설계팀이 점차적으로 OOO로 이전하는 관계로 인원이 감소하고 있을 뿐으로 겸직자 3명, 즉 영업겸직 OOO을 제외한 연구요원은 영업 등을 한 사실이 없으며, 특히 한국말도 못하는 외국인이 영업을 하였다는 내용은 사실과 다르며, 이들 겸직자 3명은 제품개발과정에서 생산, 품질, 영업팀과의 유기적관계를 갖고 있다. 즉, 생산과정에서 또는 양산된 제품에 문제가 발생시 문제된 제품은 폐기하여야 하고 새로 수정하여 처음부터 개발과정을 거쳐야 하므로 공업화의 중간과정까지 유기적인 관계를 유지할 수 밖에 없다.

셋째, 고객사 입장에서는 현재까지 국내업체의 기술력 한계로 국산화가 이루어지지 않아 고가로 수입품을 구매하여 사용하고 있는 경우에 원가절감을 위하여 청구법인의 개발능력과 기술력을 믿고 개발을 의뢰하게 되면 청구법인이 개발비를 부담하고 개발을 완료한 후에 청구법인의 브랜드로 청구법인이 판권을 보유하며, 개발의뢰사를 포함한 시장에 판매하며, 처분청처럼 아무리 단순하다고 생각되는 반도체라도 그 개발과정은 OOO개발과정과 같이 개발제품의 중요 특성치를 기반으로 그에 파생되는 모든 특성치들의 목표치를 설정하여 제품사양서를 만들고, 회로설계, 레이아웃설계(mask제작), 웨이퍼제작, Test프로그램개발, 어플리케이션 검증, 신뢰성 평가 등의 과정을 거쳐야 된다.

따라서, 처분청의 고객사의 완제품에 맞는 부품을 생산하기 위하여 단순설계라는 표현은 반도체 개발과정을 잘못 이해한 표현이다.

(나) 청구법인에서 근무하는 외국인 인력은 OOO비자로 입국하였고, 국내에서 채용이 어려워 해외에서 도입한 해외 고급 전문인력으로 설계부서의 OOO로 나누워지며, 순수한 연구인력으로 사실상 연구개발 전담직원에 해당하지 않는다는 처분청 의견은 사실과 다르다.

(다) 처분청은 청구법인의 근로자는 특별한 기술이 없이 생산할 수 있는 범용제품의 단순설계(디자인)업무와 납품된 제품 문제점에 피드백업무를 하였으며, OOO의 설계업무의 경우에도 타사의 제품개발을 위하여 개발비를 받아 개발용역을 제공하고 있고, 청구법인은 반도체 관련 특허가 전혀 없으며, 범용제품의 부품은 완전경쟁시장에 가까운 시장으로 범용제품의 부품설계가 새로운 기술 및 과학적 진보를 위한 것 이라기보다는 건축설계와 마찬가지로 고객이 원하는 사양에 맞추어 단순히 부품의 생산 및 공급하는 과정으로 보았으나, 범용제품이란 사용처가 한정되지 않아 다양한 응용기기(application)에 사용되는 반도체를 말하며, OOO의 경우 동등한 성능을 가지면서 얼마나 chip size를 작게 설계하여 가격경쟁력을 가질 수 있는가가 기술력의 척도이며 이는 메모리반도체가 집적도를 향상시켜 신제품을 출시하는 것과 동일한 개념이다. 즉, 메모리반도체처럼 PC나 스마트폰등의 특정기기에만 한정되어 판매되지 않는다는 의미일 뿐이다.

또한, 청구법인은 반도체 제조와 관련하여 그 성과물로 국내에서 4건의 특허OOO를 보유하고 있는바, 처분청은 범용제품의 개념 및 사실관계에 대하여 잘못 이해하고 있다.

(2) 2010사업년도 연구.인력개발비 세액공제 이월액은 2011사업년도 법인세 공제대상세액에 해당된다.

처분청은 청구법인의 2010사업년도 연구개발세액공제에 대하여 연구전담요원의 인건비와 재료비에 대하여 부과제척기간이 도과되었다는 사유로 실지조사 없이 자의적인 판단으로 2010사업년도 연구개발세액공제액을 부인하고 2011사업년도에 이월된 OOO원을 연구.인력개발비 세액공제를 부인하는 처분을 하였다.

청구법인은 2005년 7월부터 2010년 9월까지 국내연구소에서 국내연구원 및 OOO의 전문인력을 채용하여 반도체 설계 등 연구를 하였으며, 2010년 10월부터 OOO”라 한다)설립하여 반도체 설계(회로, 마스크설계)를 점차적으로 OOO의 용역을 통해 이루어졌다.

처분청은 OOO의 인건비를 세액공제 대상에서 부인할 경우 이월공제액이 없는 것으로 판단하였으나, 청구법인이 수행한 업무는 조직도와 연구개발비 명세의 제품코드OOO에 나타나는 바와 같이 자체개발이고, 연구.인력개발비 세액공제를 받은 원구원 중 겸직자는 OOO 1명으로 부인대상액은 OOO원 뿐이며, 청구법인이 추가로 공제받을 수 있는 금액으로 2010.12.10. OOO에 지급한 설계용역비 OOO원과 시제품에 대한 신뢰성 평가비용 OOO원으로, 이월공제액이 없을 것으로 자의적으로 판단하고 연구.인력개발비 이월공제액을 부인한 처분은 부당하다.

(3) 청구법인이 2011～2014사업연도 중 지출한 공동연구개발에 따른 자체부담 연구비 등은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지 여부

(가) 공동개발계약에 따른 연구비 중 청구법인 부담분은 세액공제대상이다.

청구법인의 연구개발은 대부분 자체연구개발이며, 공동연구개발은 2010년 말부터 현재까지 OOO”이라 한다)와의 공동연구개발이 있었으며, 2010.10.21. OOO와 체결한 ‘개발 및 사업 협력 계약서’에 개발협력에 대한 사항, 개발비 및 부담(청구법인 OOO원), 소유권(공동소유) 등을 약정하고 있으며, 2011.4.14. OOO와 체결한 ‘공동개발계약서’에도 개발협력에 대한 사항과 개발비 및 부담(각 사 OOO원), 개발 결과물의 귀속(공동소유)등을 약정하고 있다.

따라서, OOO와 OOO과는 공동연구개발로서 타사 제품의 개발업무(위탁)가 아니므로, 아래 ‘공동개발비 중 청구법인 부담액’과 같이 청구법인이 부담한 개발비 OOO원)은

「조세특례제한법 시행령」제8조

제1항에 해당하는 연구.인력개발비로 공제대상이다.

(나) 자체개발 제품의 시제품 외주비, 샘플제작용 원재료 구입액 등도 연구.인력개발비 공제대상에 해당한다.

청구법인이 2011∼2014년도 중 지출한 자체개발 제품에 대한 경상연구비 중 세액공제 미신청금액은 다음과 같다.

청구법인은 연구원의 인건비와 Mask 제작비용(재료비)에 대하여만 연구.인력개발비 세액공제로 신청하고, 연구용으로 사용하는 샘플제작 원재료 등에 대하여는 세액공제 신청을 누락하였으며, “세액공제 미신청 경상연구비 세부내역”에 나타나는 바와 같이 자체개발 제품 샘플제작과 관련된 비용과 시제품 성능테스트 비용은 각 항목마다 청구법인의 “제품코드 체계 규정”에 의거 코드 번호가 부여 되어 있어 자체연구개발을 위한 지출임이 명확한바 연구.인력개발비 세액공제로 미공제된 샘플제작비 등은

「조세특례제한법 시행령」제8조

제1항에 해당하는 비용으로 연구ㆍ인력개발비 공제대상이므로 추가적으로 공제되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 청구법인의 연구 전담부서 직원 인건비에 대한 세액공제 대상 여부

「조세특례제한법」제10조

를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되며, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다고 할 것이다.

세액공제는 조세평등에 반하는 규정으로 그 법을 적용함에 있어 엄격하게 해석하여야 하며, 법령에 의한 세액공제 대상인 연구개발활동이란 과학적 기술적 진보를 위한 연구개발 활동으로 규정하고 있는데 그 범위를 명확히 하기 위하여

「조세특례제한법 시행령」제8조

에 의하여 예시적으로 연구개발 활동에서 제외되는 항목을 일반적인 관리 및 지원활동, 판촉활동, 품질시험, 위탁받아 수행하는 연구활동 등이 나열되어 있다.

하지만 청구법인은 2005년도에 OOO를 형식적으로 개설하였을 뿐, 직원이 대략 20명 안팎으로 소수이다 보니 세액공제대상 인건비를 지급받은 직원들은 영업을 통하여 부품의 공급계약을 체결한 후, 고객사의 완제품에 맞는 부품을 생산하기 위하여 단순설계하고 위탁업체를 선정 및 납품하고 있으며 공급 이후 고객의 불만사항 등을 처리하는 등의 업무에 종사하고 있으며, 각 부서별 업무내용을 살펴보면, 2013년도 조직도와 같이 사업총괄부분에 어플리케이션, 제품개발 부서와 품질보증 및 생산기술부분에 품질관리팀, 테스트기술팀으로 구성하여 운영하면서 고객 CS업무, 품질관리, 타사로부터 위탁받은 용역을 제공하는 업무 등을 유기적으로 연합하여 수행하고 있는 것으로 확인되었으며, 청구법인의 조직도상에서도 품질보증, 테스트 부서 등은 연구소에 포함되어 있지도 않아 연구소 직원이 누구인지도 명확하지 않고, 연구개발 세액공제 받은 직원들의 업무를 각 부문별로 상세히 살펴보면 생산, 영업(고객)지원, 품질관리 활동을 하고 있는 것으로 확인되고, 청구법인은 중소기업으로 직원 여건상 고객영업, 외주를 통한 생산과 고객관리를 주 업무로 수행하고 있으며 설계부서의 근로자들도 영업의 보조업무로 고객사양에 맞는 부품의 적용업무 및 고객의 불만사항에 대한 피드백 업무를 유기적으로 겸업하고 있으므로 설계부서의 외국인 근로자는 사실상 연구개발 전담직원에 해당하지 않는다.

또한, 청구법인이 주장하는 자체연구개발이 세법상 실제 자체연구개발 활동인지는 별론으로 하더라도 외국인 근로자는 특별한 기술이 없이 생산할 수 있는 범용제품의 단순 설계(디자인) 업무, 납품된 제품 문제점에 피드백업무도 하였으며, OOO의 설계업무의 경우에도 타사의 제품개발을 위하여 개발비를 받고 개발용역을 제공하고 있다.

참고로 청구법인은 반도체 관련 특허가 전혀 없으며 범용제품의 부품은 완전시장경제에 가까운 시장으로 범용제품의 부품설계가 새로운 기술 및 과학적 전보를 위한 것이라기보다는 건축 설계와 마찬가지로 고객이 원하는 사양에 맞추어 단순히 부품의 생산 및 공급하는 과정으로 보아야 할 것이며, 현재는 OOO도 마찬가지로 범용제품과 OOO의 설계용역을 제공하고 있음이 OOO의 진술서에 의하여 확인된다.

따라서, 위와 같이 연구인력개발비 세액공제를 적용받은 직원들은 실질적으로 연구개발 업무만을 전담하지 아니하고 법령에 의하여 연구개발 활동에 포함되지 아니하고 있는 품질관리, CS업무, 생산지원업무, 타사 위탁에 따른 용역제공 업무를 겸하고 있는 것으로 각 부서의 직원 진술서 및 증빙서류에 의하여 확인되므로 쟁점인건비는 세액공제 대상에서 제외하여야 한다.

(2) 2010사업년도 연구.인력개발비 세액공제 이월액은 2011사업년도 법인세 공제대상세액에 해당되는지 여부

「국세기본법」제26조의2

(국세부과의 제척기간)의 규정취지는 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리.의무관계를 조속히 종결시킴으로서 조세채무에 관한 법적안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있다고 할 것이고, 개별 세법에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산 방법 및 범위에 제한을 두는 것은 아니며, 원인행위가 언제 이루어졌는지 보다는 언제의 과세표준 및 세액에 영향을 미치는가가 국세부과제척기간의 기간계산에 있어 기준이 되므로 세법상 정당한 손익시기에 맞추어 해당기간의 각 사업연도의 소득금액 계산을 하는 것이 세법상 취지로 보아 합리적이다.

따라서, 청구법인은 2010사업연도 당시 2011.1.10. 조직도상 품질경영 및 연구소(응용기술팀 개발팀) 직원의 인건비를 세액공제 대상에 포함하였고 2011사업연도에 이월공제를 하였으나, 그 금액을 부인할 경우 이월공제액이 없는 것으로 판단되는바, 당초 세법상 정상적으로 신고하였다면 제척기간 내인 2011사업연도 공제대상에 해당되지 아니하므로 2011사업연도의 산출세액을 정상적으로 계산하여 경정하는 것이 타당하며, 다만 2010사업연도에 대해서는 제척기간 경과로 증액경정처분을 못하는 것일 뿐이므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 지출한 연구개발비가 세액공제 대상인지 여부

(가) 청구법인은 OOO과 공동개발계약을 체결하고 지출한 청구법인 부담 개발비는 공제대상이라고 주장하나, 청구법인은 공동기술개발계약에 의해 자체적으로 부담한 지출이라고 주장하는 OOO과의 계약서상 개발기간은 각각 2012.4.14., 2012.5.8.까지이며 기술개발에 따른 위험과 효익을 공유하는 공동개발이라면 당초 계약서상의 개발비 외에 추가적으로 지출된 비용에 대하여 원가부담 약정 등에 의해 부담하는 것이 합리적이나 이에 대한 약정 없이 청구법인이 부담을 하였고, 자체부담 개발비가 해당 계약들에 의하여 지출된 비용인지도 확인되지 않으므로 연구.인력개발비 공제대상으로 볼 수 없다.

(나) 자체개발 제품의 시제품 외주비, 샘플제작용 원재료 구입액 등도 자체연구개발 활동을 위하여 지출된 비용으로 연구.인력개발비 공제대상이라고 주장하나,

「조세특례제한법」제8조

1항에 의하여 연구용 시설에 적용되는 것으로 그 범위가 연구용으로 사용하는 견본품 등과 기기류 및 업종별 감가상각자산으로 한정하고 있으나, 청구법인이 제출한 세부 명세는 연구용으로 사용되기 위한 비용이라기보다는 고객의 영업이나 납품 요구에 의하여 판매할 목적으로 생산 공급 및 품질검사를 위하여 지출된 금액으로 판단된다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 연구.인력개발비로 공제받은 연구요원의 인건비가 전담연구원이 아닌 겸직자에 대한 인건비라 하여 연구 및 인력개발비인건비 전액을 부인한 처분의 당부

② 2010사업연도에서 이월된 연구 및 인력개발비 세액공제액을 부인한 처분의 당부

③ 2011～2014사업연도 중 발생한 공동연구개발에 따른 청구법인 부담 연구비 및 미계상한 자체연구개발 관련 비용 등이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나.관련 법령 등 : ＜별지＞에 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2011∼2014사업연도 중에 연구 및 인력개발비 세액공제를 신고한 내역과 처분청이 청구법인에 대한 세무조사 결과 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 내역은 ＜표1＞과 같다.

(2) 청구법인이 2011∼2014사업연도분 법인세 신고시 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 신청한 인건비는 ＜표2＞와 같고, 처분청은 동 인건비에 대해 해당부서의 직원들은 연구전담인력이 아니라고 보아 모두 부인하였다.

(3) 청구법인의 2010년 전담연구원 현황 및 인건비 세부내역

(4) 청구법인은 OOO를 설립하고 2005.7.29.「기술개발촉진법」에 의거 한국산업기술진흥협회로부터 OOO에 대한 인정을 받았음이 OOO인정서에 의해 확인된다.

(5) 청구법인에 근무하고 있는 OOO의 진술서의 주요 내용은 다음과 같다.

(6) 청구법인이 OOO와 체결한 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(7) 청구법인이 제출한 소명 및 증빙자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 현황

청구법인은 2005년 7월 OOO를 설립하여 비메모리 반도체를 위한 연구를 수행하고 있고, 연구성과로 반도체 제조와 관련하여 국내에서 4건, 중국에서 2건의 특허를 보유하고 있으며, 현재 청구법인은 그 동안 대부분 수입에 의존하던 자동차 전장용 반도체를 2009년부터 연구한 결과, OOO에 들어가는 반도체를 국산화에 성공하고 기술력을 인정받아 OOO와 세계 50개국 169개 지점에 공급하는 판매대행 계약을 체결하였다.

(나) 범용반도체의 개념과 청구법인의 범용반도체 개발

1) 범용반도체의 개념

OOO를 분류하는 방식은 여러 방법이 있으나 크게 OOO로 분류할 수 있고, OOO이라고 명명되며 사용자가 특정용도의 반도체를 주문하면 반도체업체가 이에 맞춰 설계와 제작을 하여 공급하는 반도체를 의미하므로 특정용도 이외에는 OOO의 사용처가 제한되어 대량의 판매는 어렵지만 확실한 수요처가 보장되며 OOO보다는 수익률이 높은 판가를 유지할 수 있는 특징이 있고, 범용OOO의 사용처가 한정되지 않아, 다양한 응용기기(application)에 사용되어 많은 판매가 가능하지만 그만큼 시장경쟁이 치열하여 주문형 OOO대비 수익률이 낮은 것이 특징이 있다.

비메모리OOO의 경우 동등한 성능을 가지면서 얼마나 chip size를 작게 설계하여 가격경쟁력을 가질 수 있는가가 기술력의 척도이며, 이는 메모리반도체가 집적도를 향상시켜 신제품을 출시하는 것과 동일한 개념이고, OOO는 메모리반도체처럼 PC나 스마트폰등의 특정기기에만 한정되어 판매되지 않는다는 의미일 뿐이다.

처분청은 OOO를 “특별한 기술이 필요하지 아니하고 정형화 되어 누구나 생산할 수 있는 제품으로 주로 가전제품에 사용된다”고 이해하고 있으나 그러한 관점에서 보면 OOO의 메모리 반도체도 OOO가 되며, 미국의 시장조사기관인 IC인사이트(Insights)에서 발표한 2015년 세계 반도체업체 순위를 보면 20위안에 국내업체는 OOO 2개 업체 뿐이며, 나머지 18개 해외 업체 중에서 메모리반도체만을 생산하거나 CPU 전문회사가 아닌 모든 업체들은 범용IC를 설계.생산하고 있고, 대표적인 업체가 OOO 등으로써 청구법인과 범용OOO의 국내.해외시장에서 치열하게 경쟁하고 있는 업체들이다.

2) 청구법인의 OOO개발

가) 고객사 입장에서 기술력의 한계로 국산화가 이루어지지 않아 고가로 수입품을 구매하여 사용하고 있는 경우 원가절감을 위하여 청구법인의 개발능력과 기술력을 믿고 개발을 의뢰하게 되며, 이러한 경우 공동개발비는 50%정도 청구법인이 부담하되 개발완료 후 청구법인 브랜드로 청구법인이 판권을 보유하며 100% 개발의뢰사를 포함한 시장에 판매하게 되며, OOO와 판매대행 계약한 제품 또한 공동개발OOO한 제품이다.

나) 고객의 요구가 없어도 개발 난이도가 어려워 국산화되지 못하여 고가로 수입되어 국내시장에서 판매되고 있는 제품에 대하여 시장성을 분석하고 자체 판단에 의하여 개발하여 자체 브랜드로 판매하게 되며, 청구법인의 개발사례로는 OOO이지만 개발 난이도가 높아 전량 수입 구매하던 OOO로써 청구법인의 개발로 국산화 및 원가 절감을 하였으며 현재도 개발 중에 있다.

(다) 청구법인의 조직도 및 부서별 업무내용

1) 청구법인의 조직도

2) 부서별 업무내용(연구개발부서)

OOO 연구개발 활동은 2010년 9월까지는 청구법인의 연구소에서 수행하였으며, 2010년 10월부터는 점차적으로 OOO의 용역을 통해 이루어지지만 나머지 연구개발 활동은 청구법인의 연구 인력에 의해 수행되었다.

가) 제품개발부

나) 테스트기술팀(테스트 엔지니어)

테스트 진행에 필요한 테스트 프로그램, 테스트보드 개발 및 제작된 시제품이 계획한 목표대로 제대로 동작하는지 정밀 테스트 진행 및 결과도출

다) 응용기술(어플리케이션 엔지니어)

개발된 시제품이 최종 적용되어야 할 어플리케이션에 장착하여 동작특성 평가 및 결과도출과 시제품이 최적의 상태로 동작 가능하도록 어플리케이션 회로도 개발

라) 품질관리

시제품이 최적의 상태로 동작할 수 있는 OOO, 신뢰성평가를 위한 회로도 및 테스트보드 개발, 신뢰성 평가를 통해 국제반도체공학표준협의(JEDEC) 및 자동차전자협의회(AEC Q-100)에서 요구하는 신뢰성 수준 만족여부 평가

(라) OOO 개발과정 및 상세설명

처분청은 청구법인의 반도체 개발과정에 대하여 단순한 설계 또는 특별한 기술개발과 관계없이 생산되는 범용제품 등으로 연구개발로 보기 어렵다는 의견은 반도체회사의 연구개발활동에 대한 이해가 부족하기 때문이다.

1) 개발제품 사양서 작성

어떤 사양의 제품을 개발할지를 결정하는 과정으로써 OOO의 경우는 수요처가 정해주는 중요 특성치를 기반으로 그에 파생되는 모든 특성치들의 목표치를 설정하여 제품사양서를 만들고, OOO의 경우는 OOO하거나 이를 기반으로 비교우위를 점할 수 있는 특성치의 목표를 설정하여 제품사양서를 만듦

2) 회로설계

제품사양서를 만족시킬 수 있는 전자회로를 설계하는 과정으로 건축을 예를 들어 설명하면 동일한 30층 건물이라도 얼마나 효율적인 설계를 하는가에 따라 건물의 가치와 성능이 달라지는 것과 마찬가지로 동일한 제품사양서를 목표로 설계하더라도 완성된 전자회로는 설계 기술력에 따라 많은 차이를 나타낼 수 밖에 없다. 즉, 제품의 내구성 측면에서 회로설계는 매우 중요한 기술력으로 회로도가 완성되면 시뮬레이션 검증을 거쳐 목표한 제품사양서의 특성을 만족하는지 평가를 진행함으로써 회로설계 과정이 완료됨

3) Mask 설계(레이아웃설계)

완성된 전자회로를 OOO위에 패턴으로 새겨 넣기 위한 설계과정으로 수 천 개의 OOO들을 미세 패턴화해서 웨이퍼 위에 새겨 넣고 이들을 메탈배선으로 연결시켜야 OOO이 완성되며, 소자들을 얼마나 효율적으로 작게 그릴 수 있는지 이러한 소자들을 어떻게 효율적으로 배치하는가가 레이아웃설계의 핵심기술로서 미세 패턴이 관건이기 때문에 보통 2.5배에서 5배정도로 크게 설계를 하여 마스크 공정을 통해 원래 크기로 실리콘 기판에 새겨지며, 이렇게 완성된 레이아웃은 한 번에 실리콘 기판에 새겨질 수 없고 제품의 난이도에 따라 가장 간단한 회로의 경우라도 최소 7개의 마스크로 나뉘어 설계되며 청구법인의 제품들은 보통 25개에서 35개사이의 Mask 설계를 수행해야 제품설계가 완료되며, 설계된 마스크들을 모두 중첩시켜야 소자가 완성되므로 25∼35개의 마스크공정이 완료되기 전까지는 실리콘기판 위에 한 개의 소자도 완성되지 않으나 마지막 마스크 공정이 완료되는 순간 수 천 개의 소자들이 동시에 형성되므로 개발과정 중에 한 개의 소자라도 추가된다면 모든 마스크를 다시 설계하여 제작하여야만 하며, 마스크 설계는 25∼35개의 개별 마스크들에 대하여 각각 그리고 모든 마스크들을 중첩시켜 design rule 검증을 거쳐 이상이 없음이 검증되면 완료되는바, 설계공정에서 가장 중요한 것이 마스크이기 때문에 개발과정에서 지출되는 비용도 가장 클 수밖에 없어 이러한 마스크 설계를 거쳐서 최종 시제품(prototype)이 완성되어 Test공정을 거쳐 평가가 완료될 수 밖에 없기 때문에 마스크는 제품개발 과정의 가장 중요한 산출물이 됨

4) OOO

전자회로를 OOO을 완성하는 과정으로 OOO를 이용한 포토공정, 식각공정, 확산공정 등의 수많은 제조공정을 거쳐 웨이퍼가 완료되어 성능 Test를 할 수 있는 OOO이 완료됨

5) Test 프로그램 개발

완성된 OOO상태에서 성능 검증을 할 수 있는 Test 프로그램을 개발하고 OOO을 패키지 한 상태에서 성능 검증을 할 수 있는 Test 프로그램을 개발하는 과정으로써 OOO의 수많은 제조과정에서 발생할 수 있는 모든 불량품을 선별할 수 있는 프로그램 개발은 매우 중요한 개발과정으로, 청구법인의 경우는 이러한 난이도 높은 개발업무를 수행할 수 있는 국내인력의 채용이 어렵기 때문에 OOO를 가지고 있는 석사, 학사 학위소지자로써 동종 개발업무를 20년 이상 수행해온 외국인 엔지니어를 채용하여 해당 개발업무를 수행함

6) 어플리케이션 검증

웨이퍼 상태와 패키지 상태의 시제품들을 Test 프로그램을 이용하여 성능검토가 완료 되더라도 실제 고객의 어플리케이션(ex. 냉장고, 또는 자동차 발전기, 자동차사이드미러 등)에서 아무런 문제가 없이 동작하는지의 성능 Test가 중요하므로 고객의 실제 어플리케이션을 모두 가져다가 검증하기는 불가능하기 때문에 실제 어플리케이션과 동일한 환경을 구성하는 개발과정이 필요하므로, 고객사 어플리케이션을 분석하여 동등한 성능 Test가 가능한 Test Board를 설계하고 실제 그러한 어플리케이션이 동작할 때와 마찬가지의 Test 항목을 개발하는과정으로서 이 과정에서 OOO를 사용한 software 개발 또한 필수적이며 이렇게 개발된 어플리케이션 Test Board와 software를 이용한 성능검증이 이상 없으면 해당 개발과정이 완료됨

7) 신뢰성평가

개발과정의 시제품 성능평가의 마지막 단계로써 개발된 OOO가 10년 이상 사용되어도 문제가 없음을 검증하기 위하여 가혹한 Test 조건(온도, 전압, 압력, 습도 등)으로 제품의 수명을 보증하는 개발과정으로 청구법인의 품질 엔지니어들은 국제규격 OOO 규격을 기준으로 신뢰성평가를 진행하고 불량이 발생시에 원인분석 및 설계를 개선할 부분까지를 찾아내는 연구개발과정을 수행하고 있으며 신뢰성 평가 결과 불량이 발생되면 회로설계부터 전 과정이 다시 수행되며, 신뢰성 평가 결과가 이상 없음이 검증되면 OOO 개발과정이 완료됨

(마) 공동연구개발과 관련한 소명

청구법인의 연구개발은 대부분 자체연구개발이며, 2010년 말부터 현재까지 자동차 전장용 반도체 개발과 관련하여 OOO와의 공동연구개발 2건이 있으며, 위탁연구 개발은 2011.8.21. OOO와의 2건이나, 처분청은 청구법인의 연구개발업무 대부분을 수탁연구로 잘못 이해하고 있다.

2010.10.21. OOO와 체결한 ‘개발 및 사업협력계약서’의 내용은 개발협력에 대한 사항, 개발비 및 부담(청구법인 OOO원), 소유권(공동소유)등을 약정하고 있으며, 2011.4.14. OOO와 체결한 ‘공동개발계약서’의 내용도 개발협력에 대한 사항과 개발비 및 부담(각사 OOO), 개발 결과물의 귀속(공동소유)등을 약정하고 있으며, 청구법인의 OOO 개발은 수요처의 요청에 의하여 공동개발되는 OOO이지만 개발과정에서 발생되는 지적재산권(IP)및 제품의 판매권리는 청구법인에 있으며 주문자 상표 부착생산 (OEM)과는 전혀 무관하고 청구법인의 브랜드 이름으로 개발.판매되고 있다.

(바) 청구법인은 2011～2014사업연도 공동연구개발비 지출현황서 및 지출 증빙 등을 제출하였으며, 그 내역을 보면 Mask 제작비, 실험용 자재 구입비, 테스트 비용 등으로 지출되었음이 전표, 거래처원장, 세금계산서, 입금확인증 등에 나타난다.

(사) 청구법인은 2011～2014사업연도 연구.인력개발비 세액공제 미신청 경상연구비 내역 및 지출 증빙 등을 제출하였으며, 그 내역을 보면 시제품(Sample) 외주비용.재료비용 및 테스트 관련 비용 등으로 지출되었음이 전표, 거래처원장, 세금계산서, 입금확인증 등에 나타난다.

(아) 청구법인은 2010년도 중 연구.인력개발비 세액공제 미신청한 금액으로 2010.12.10. OOO에 지급한 설계용역비 OOO원과 시제품에 대한 OOO 등에 지급한 신뢰성 평가비용 OOO원에 대한 증빙으로 송금영수증 및 지출증빙을 제출하였다.

(자) 청구법인은 OOO 외 5건의 특허증을 제출하였다.

(차) 2016.11.8. 전자신문 기사 “OOO : “청구법인, 기술력 인정받아 OOO와 판매대행 계약 체결, OOO 제작 세계 50개국 169개 지점에 공급” 사본을 제출하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점인건비가 연구개발 업무만을 전담하지 않고 연구개발 활동에 포함되지 않는 업무를 겸하고 있는 직원들의 인건비이므로 세액공제 대상이 아니라고 보았으나, 청구법인은 반도체의 설계부터 생산까지 전 과정을 책임지는 종합 반도체 회사OOO가 아닌 반도체 설계 및 개발을 전문으로 하는 OOO인 점, 쟁점직원들은 설계팀, TEST기술팀, 품질관리팀, Application팀 등에 소속된 직원들로서 연구업무에 종사하는 연구요원들인 점, 반도체 개발은 회로설계, 레이아웃(mask) 설계, 웨이퍼 패브리케이션, 테스트 프로그램 개발, 어플리케이션 검증, 신뢰성 평가 등의 업무가 상호 유기적으로 결합되어 업무가 수행되는바, 연구개발 활동에 포함되지 않는 부서와도 피드백하는 과정이 일부 있었을 수 있으나, 쟁점직원들이 연구개발활동에 포함되지 않는 업무를 겸하여 수행하였다고 볼 만큼의 구체적인 정황 등이 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점직원들이 연구개발활동에 전담하지 않았다고 보기는 어렵다 할 것이다.

다만, 청구법인이 쟁점직원 중 2～3명은 겸직한 것으로 인정하고 있으므로 청구법인의 팀별.개인별 업무 성격 및 내용 등을 감안하여쟁점직원들이 겸직자에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(9) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 2011사업연도로 이월된 2010사업연도분 연구 및 인력개발비 세액공제액에는 겸직자에 해당하는 직원의 인건비가 포함되었으므로 당초부터 세액공제 대상이 아닌 금액이 이월되었다 하여 이를 부인하였으나, 쟁점①과 같은 이유로 쟁점직원들이 전부를 겸직자에 해당한다고 보기 어렵고, 2010년도 중 연구.인력개발비 세액공제를 미신청한 금액으로 OOO에 지급한 설계용역비 등 OOO원에 대한 증빙을 제시하고 있으므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(10) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대,

「조세특례제한법 시행령」제8조

제1항 및 [별표6]에서 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 자체연구개발, 위탁 및 공동연구개발과 관련한 인건비, 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료 등의 구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)로 규정하고 있는 점, 청구법인은 반도체를 개발하는 업체로서 반도체 개발과정은 최초 회로설계부터 최종적으로 신뢰성 평가에 의한 제품생산까지 샘플제작 등의 비용이 필수적으로 소요되는 점, 청구법인이 제출한 증빙에 의하면 청구법인이 2011～2014사업연도 중 지출한 공동연구개발과 관련한 비용 및 미신청한 자체개발 연구개발비용은 실제 Mask 제작비, 실험용 자재 구입비, 시제품(Sample) 외주비용, 테스트 관련 비용 등으로 지출되었음이 전표, 거래처원장, 세금계산서, 입금확인증 등에 나타나는 점 등에 비추어 공동연구개발 관련 비용 및 미신청한 자체연구 관련 비용은 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보인다.

다만, 청구법인이 제출한 공동연구개발 및 미신청한 자체연구개발 관련 비용 전부가 연구개발과 직접 관련된 비용인지 여부를 관련 증빙에 따라 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제9조(연구.인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

(2) 조세특례제한법 시행령

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

조세특례제한법 [별표6]

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원

특별법」제18조

제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 OOO 또는 연구개발전담부서

2.

「문화산업진흥 기본법」 제17조의3

제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

(4) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1(연구 및 인력개발비의 용어정의 등)

① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각 호와 같다.

1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,

「소득세법」제22조

의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.

2. 자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 ¨연구¨라 함은

「기술개발촉진법」제2조

제1호의 ¨기술개발¨을 말한다.

3. 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다.