조심 2018중3553 (2019.06.04)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1998년 이래로 OOO에서 유압척 가공기계부품 제조.판매업을 영위하는 법인으로, 2016.11.15. 직무발명 보상규정을 마련하고 2016.12.26. 대표이사 OOO이 법인의 직무와 관련하여 2002년～2015년 사이에 발명.고안한 36건의 특허권 및 실용신안권에 대하여 직무발명보상금 총 OOO원을 지급하였으며, 해당금액을 연구.인력개발비로 세액공제하였다. 나. OOO국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.1.22.～2018.3.7. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 대표이사 OOO에게 지급한 직무발명보상금 중 2007.1.1. 이전에 등록한 28건OOO에 대하여 지급한 직무발명보상금 총 OOO원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)은 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 규정하는 직무발명 보상금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 해당 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2018.5.9. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하는 한편 관련 금액을 대표자 상여처분하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 소멸시효의 기산점은 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행하는 것인바, 회사의 근무규칙 등에 직무발명보상금의 지급시기를 정하고 있는 경우에는 그 시기가 도래할 때까지 보상금청구권의 행사에 법률상 장애가 있는 것으로 근무규칙이 제정되어 보상금 청구권을 행사할 수 있게 된 시점이 직무발명 보상금청구권에 대한 소멸시효의 기산점이 된다. 청구법인은 2016.11.15. 직무발명 보상규정을 마련하였으므로 발명자인 대표이사의 청구법인에 대한 직무발명보상금 청구권은 2016.11.15.부터 소멸시효가 진행하는 것이므로, 2016.12.26. 당시 쟁점보상금에 대한 소멸시효는 완성되지 아니하였다. 처분청은 쟁점특허권 등의 특허등록시 대표이사 OOO으로부터 청구법인에게 쟁점특허권 등에 관한 권리의 묵시적 승계가 있었던 것으로 보아, 특허 등록시가 쟁점보상금 청구권의 소멸시효 기산점이라는 의견이다. 그러나 「특허법」 제33조 제1항은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하여 발명자주의를 취하고 있고, 2016년 한국발명진흥회에서 발간한 ‘직무발명 보상규정 표준모델 및 해설집’에 의하면, 종업원 등의 직무발명에 대한 권리를 사용자등에게 승계시키려면 일정한 조건과 절차가 필요하다고 해설하고 있다. 대법원 역시 종업원 등의 의사가 명시적으로 표시되거나 혹은 묵시적 의사를 추인할 수 있는 명백한 사정이 인정되는 경우 외에는 특허권 등이 적법하게 승계되었다고 볼 수 없다(대법원 2011.7.28. 선고 2010도12834 판결)고 판시하고 있는 것을 확인할 수 있다. 따라서 쟁점특허권 등의 특허등록시 대표이사 OOO으로부터 청구법인에게 쟁점특허권 등에 관한 권리의 묵시적 승계가 있었던 것으로 보아, 특허 등록시가 쟁점보상금 청구권의 소멸시효 기산점이라는 처분청의 의견은 부당하다. (2) 특히 실시보상금의 경우 사용자가 승계한 직무발명을 사용자가 직접 사업에 사용하여 사용자가 얻을 이익을 평가하여 결정하는데, 사용자가 얻을 이익은 사용자가 동 특허를 사용하여 제품을 제조하여 매출한 후 얻게 되는 이익금액을 말하는 것으로서 통상적으로 등록한 특허 등을 통해 수년간에 걸쳐 발생하는 매출에 독점권 기여도(매출기여도) 및 실시율(공헌이익율)을 적용하여 결정하므로, 실시보상금에 대한 청구권은 등록일로부터 수년이 경과하여야 청구할 수 있다. 청구법인이 2016.11.15. 제정한 청구법인의 직무발명보상규정상 실시보상금은 제15조 제6항에서 ‘발명의 실시를 통해 회사가 얻는 이익은 당해 발명이 창출하는 공헌이익을 기준으로 하고, 동 공헌이익에 회사의 과거 5개년 평균 공헌이익률을 적용하여 실시보상금을 계산한다. 이때 발명에 따른 회사의 매출액은 실시보상금을 사전에 지급하는 경우에는 합리적 매출 예측에 따라 추정하며, 사후 지급하는 경우에는 과거 10년 이내의 기간에 대한 실적 매출액을 집계하여 적용한다. 구체적인 매출 적용기간은 직무발명보상 심의위원회에서 의결하여 결정한다.’고 규정하고 있다. 또한, 같은 조 제7항은 ‘실시보상금은 특허 등을 등록하고 5년이 경과된 이후에 과거 5년간의 기여매출 및 공헌이익을 집계하여 보상금을 계산하고 지급한다. 실시보상금은 특허 등의 권리보상 기간 내에 단 1회 지급하는 것을 원칙으로 한다. 단, 발명자의 선택에 따라 10년이 경과된 후에 과거 10년간의 실적을 종합하여 실시보상금을 지급할 수 있다.’고 규정하고 있다. 따라서 쟁점보상금 중 실시보상금은 직무발명 보상규정상 최초등록일로부터 5년이 경과한 이후에 소멸시효가 진행된다 할 것인데, 쟁점특허권 등은 등록일이 모두 2002.3.18. 이후에 해당하여 소멸시효 기산점은 등록일로부터 5년이 경과한 2007.3.18.이고, 쟁점보상금을 지급한 2016.12.25.은 그로부터 10년 이내에 해당하므로 쟁점보상금 청구권에 대한 소멸시효가 완성된 것으로 볼 수 없다. 처분청은 실시보상금과 관련된 청구법인의 직무발명 보상규정이 특허청에서 배부한 직무발명 보상규정 표준모델과 차이가 있어 인정할 수 없다는 의견이나, 실시보상금에 관한 표준모델에 의하더라도 실시보상금은 사용자가 얻을 이익에 발명자의 공헌도를 곱하여 산정하고 있고, 사용자가 얻을 이익은 ‘매출액×독점권 기여도×실시료율’로 산출하도록 규정하고 있어, 어느 정도 매출이 발생하여야 보상금을 산정할 수 있도록 규정되어 있으므로, 본질적으로 청구법인의 직무발명 보상규정과 다르다고 볼 수 없다. (3) 설령, 쟁점보상금청구권에 대한 소멸시효가 완성되었다 하더라도 청구법인은 소멸시효가 완성된 후 시효이익을 포기할 수 있으므로, 시효완성 후 지급되었다는 이유만으로 쟁점보상금을 손금불산입하고 대표자 상여처분한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 직무발명 보상금 청구권의 소멸시효 기산점에 대하여 서울고등법원 2015나10563 판결은 발명자가 법인으로 하여금 발명을 출원하고 그 특허등록을 마치게 하였고, 그 후 별다른 이의를 제기하지 아니한 경우 발명의 출원 무렵 특허 등을 받을 수 있는 권리를 법인에게 묵시적으로 승계하였다고 봄이 타당하며, 그 때부터 소멸시효가 진행한다고 보아야 한다고 판시하고 있다. 이러한 판례의 태도에 따를 때, 발명자 OOO은 청구법인의 대표이사이자 2016년말 기준 청구법인 주식의 67.9%를 보유한 지배주주로 발명의 진행, 출원, 등록 등에 관한 모든 의사절차에 영향력을 가지고 있음에도, 쟁점특허권 등에 대하여 청구법인으로 하여금 발명을 출원하고 그 특허등록을 마치게 하였고 그 후 별다른 이의를 제기하지 아니한 것으로 확인되는바, 발명의 출원 무렵 쟁점특허권 등에 대한 권리를 청구법인에게 묵시적으로 승계한 것으로 볼 수 있고, 따라서 그때로부터 소멸시효가 진행되어 쟁점보상금을 지급한 2016.12.26.에는 쟁점보상금 청구권의 시효가 모두 완성된 것으로 보아야 한다. 청구법인은 직무발명 보상규정이 2016.11.15. 제정되었으므로 대표이사 OOO의 쟁점보상금 청구권 행사에 장애요인이 있었다고 주장하나, ‘권리를 행사할 수 없는 경우’란 그 권리행사에 법률상 장애사유, 예컨대 기간의 미도래나 조건불성취 등이 있는 경우를 말하는 것이고, 사실상 그 권리의 존부나 권리행사의 가능성을 알지 못하였거나 알지 못함에 과실이 없다고 하여도 이러한 사유는 법률상 장애사유에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2010.9.9.선고 2008다14865 판결 참조). 최근 법원은 ‘원고가 직무발명보상금 청구권의 행사가능성이나 방법을 알지 못하였다고 하더라도 이는 직무발명보상금 청구권의 소멸시효 진행의 법률상 장애사유에 해당한다고 할 수 없다. 피고 회사에 직무발명보상규정이 없었어도 원고는 직무발명보상금을 청구할 수 있고, 원고가 피고 회사에 재직 중이었다는 사정이 직무발명보상금 청구권 행사의 장애사유에 해당한다고 볼 수도 없다(서울중앙지방법원 2018.9.7. 선고 2018가합525915 판결).’고 판시하여 청구법인에 직무발명보상에 관한 규정이 없었다는 사정이 OOO의 청구법인에 대한 쟁점보상금 청구권 행사의 법률상 장애사유에 해당하지 아니함을 분명히 한 바 있다. 더욱이 「발명진흥법」에 종업원 등의 직무발명에 대한 권리를 사용자등에게 승계시키려면 일정한 조건과 절차가 필요한 것으로 규정한 것은 직무발명 보상에 관한 사용자의 의무를 강화한 것이지 종업원의 직무발명보상금 청구권 행사요건을 정한 것이 아니므로, 대표이사 OOO의 청구법인에 대한 쟁점보상금 청구권이 시효로 소멸되었는지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다. (2) 청구법인은 설령, 쟁점보상금 청구권이 시효로 소멸되었다 하더라도 청구법인이 시효이익을 포기한 것이므로, 이는 연구.인력개발비로 세액공제 대상에 해당한다고 주장한다. 그러나 청구법인은 대표이사 외에 다른 특수관계 없는 종업원에게 직무발명보상금을 지급한 이력이 없고, 쟁점특허권 등에 대한 양도계약서를 2016년 10월 작성하면서 작성일자를 2006.12.31.로 소급하여 작성하는 등 대표이사 및 지배주주인 OOO에게 부당한 특혜를 제공할 목적으로 소멸시효가 완성되었음에도 불구하고 쟁점보상금을 지급하였고, 이를 연구.인력개발비로 세액공제하여 법인세를 신고.납부함으로써 납부하여야 할 법인세를 부당하게 감소시킨 것이므로, 쟁점보상금을 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 규정하는 직무발명 보상금으로 인정할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 OOO에게 쟁점보상금을 지급한 2016.12.26. 쟁점보상금 청구권이 시효완성으로 소멸하였는지 여부 ② 청구법인이 대표이사에 대한 직무발명보상금 지급채무의 시효완성이익을 포기한 것이 부당행위계산부인 대상인지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2016.11.15. 직무발명 보상규정을 마련하여 2016.12.26. 대표이사가 법인의 직무와 관련하여 2002년～2015년 사이에 발명.고안한 36건의 특허권 및 실용신안권에 대하여 직무발명보상금 총 OOO원을 지급하고, 2016사업연도 법인세 신고시 해당금액을 연구.인력개발비로 세액공제하였다. 처분청은 ‘쟁점특허권 등이 OOO의 직무에 관한 것이고, 청구법인의 업무범위에 속하는 것이라는 점 및 쟁점보상금 액수가 「발명진흥법」에 따른 정당한 직무발명보상금에 해당한다는 점’에 대해서는 다투지 않고, 다만, 청구법인이 대표이사 OOO에게 지급한 직무발명보상금 중 쟁점특허권등에 대하여 지급한 쟁점보상금은 2016.12.26. 당시 시효로 소멸한 권리에 대하여 지급한 것이므로 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 규정하는 직무발명 보상금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 연구.인력개발비 세액공제 배제 및 대표자 상여처분하였다. 청구법인이 대표이사 OOO에게 지급한 전체 직무발명보상금 내역 및 쟁점보상금의 구체적 내역은 다음 ＜표1＞ 및 ＜표2＞ 기재와 같다. (2) 특허정보검색서비스(www.kipris.or.kr)에 의하면, 청구법인이 대표이사 OOO에게 지급한 직무발명 보상금의 대상이 되는 특허권 및 실용신안권의 발명자는 OOO, 출원자 및 권리자는 모두 청구법인이고, 쟁점보상금 지급대상이 되는 쟁점특허권 등은 11건의 특허권과 17건의 실용신안권으로 구성되어 있는데, 그 중 17건의 실용신안권은 ＜표1＞ 기재와 같이 쟁점보상금을 지급한 2016.12.26. 당시 모두 소멸등록 되었던 것으로 확인된다. 소멸등록된 실용신안권에 지급된 직무발명 보상금 금액은 OOO원이다. (3) 청구법인은 2016.11.15. 직무발명 보상규정 및 직무발명보상금 산정기준세칙을 마련한 것으로 확인되는바, 구체적 내용은 다음과 같다.

(4) 청구법인이 OOO에게 쟁점보상금을 지급한 2016.12.26. 쟁점보상금 청구권이 시효로 소멸하였는지 여부와 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 쟁점보상금 청구권의 소멸시효 기산점을 청구법인이 직무발명보상규정을 마련한 2016.11.15.이라고 주장하는바, 이에 의하면 ＜표2＞ 1번～11번 기재 특허권의 직무발명보상금 청구권은 2027.11.15. 시효완성되는 것으로, 쟁점보상금 지급 당시인 2016.12.26. 모두 시효가 완성되지 아니하였다. 설령, 쟁점보상금 청구권의 소멸시효 기산점을 각 특허권 등록일로 본다 하더라도, 실시보상금의 경우 직무발명 보상규정 제15조 제7항에서 ‘실시보상금의 지급시기를 특허 등을 등록하고 5년이 경과된 이후 과거 5년간의 기여매출 및 공헌이익을 집계하여 보상금을 계산하고 지급한다.’고 규정하고 있고, 부칙 제3조에서 ‘이 규정 제정 이전에 회사가 권리 승계하여 사용한 특허 등에 대해서는 이 규정 시행일 이후 2개월 이내에 소급하여 직무발명 보상금을 평가하고 이를 각 직무발명자에게 일괄 지급한다.’고 규정하고 있으므로, ‘특허권 등록일로부터 5년이 경과한 시점’을 실시보상금 청구권의 소멸시효 기산일로보아야 한다. 실시보상금 청구권의 소멸시효 기산일을 ‘특허권 등록일로부터 5년이 경과한 시점’으로 볼 경우, ＜표2＞ 1번～11번 기재 특허권의 직무발명보상금 청구권은 쟁점보상금 지급 당시인 2016.12.26. 모두 시효가 완성되지 아니하였다고 주장한다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 2016.11.15. 제정한 직무발명 보상규정은 쟁점특허권 등에 대한 시효가 완성된 이후 제정된 것이고, 특허청이 제시하고 있는 ‘직무발명보상규정 표준모델’과도 차이가 있어 이를 인정하기 어렵다는 의견이다. (나) 청구법인 및 처분청이 주장하는 쟁점보상금 청구권의 시효완성일은 다음 ＜표3＞ 기재와 같다. (다) 특허청과 한국발명진흥원이 함께 발간한 ‘직무발명보상규정 표준모델 및 해설집(2016)’에 의하면 직무발명보상규정 표준모델은 실시보상금에 대하여 다음과 같이 규정하고 있

는 것으로 확인된다. (5) 청구법인이 대표이사에 대한 직무발명보상금 지급채무의 시효완성이익을 포기한 것이 부당행위계산부인 대상인지 여부와 관련하여 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 부당행위계산부인 규정은 사실관계를 인정하되 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 소득금액을 계산한다는 것인바, 청구법인의 경우 발명자가 오직 대표이사뿐이었기 때문에 대표이사에 대하여 쟁점보상금을 지급한 것이고, 다른 종업원이 해당 요건을 충족하여 특허권 등록 등을 하였다면 해당 종업원에게도 동일하게 직무발명보상금을 지급하였을 것이라고 주장한다. 더욱이 청구법인이 OOO에게 지급한 직무발명보상금은 곧바로 자본금 증자대금(OOO 지분 증가)으로 다시 청구법인에 입금되었고, OOO이 개인적으로 사용하지 아니하였다고 소명하였다. (나) 처분청은 다음과 같은 사정에 의해, 청구법인이 대표이사에 대한 직무발명보상금 지급채무의 시효완성이익을 포기한 것이 부당행위계산부인 대상에 해당한다는 의견이다. ① 직무발명보상금의 비과세 혜택을 악용하는 사례를 없애기 위하여 2017.1.1. 이후 지급되는 직무발명보상금의 비과세 범위를 연간 300만 원으로 한도를 적용하기로 하는 것으로 「소득세법」이 개정된 점, ② 청구법인은 직무발명 보상금 지급에 대한 종합 세무검토용역에 의하여 2016.11.15 직무관련보상금 산정 및 지급에 관한 근무규칙을 제정하고, 대표이사이자 특수관계자인 OOO에게 시효가 완성되어 지급의무 없는 OOO원을 직무발명보상금명목으로 지급한 점, ③ 시효완성이익을 포기한 것을 넘어 적극적으로 시효가 완성된 직무발명보상금을 지급하기 위하여 대표자와 사이에 2016년 10월경 2006.12.31.을 작성일자로 계약서를 소급하여 작성한 점, ④ 지배주주 OOO은 청구법인으로부터 다른 임원에 비해 높은 수준의 급여를 지급받았던 점, ⑤ 조사당시 직무발명보상금 36건 모두 대표이사 OOO이 발명자로 등록되어 보상금이 지급되었으며 직원 명의로 출원된 발명은 단 한건도 존재하지 않는 점, ⑥ 「조세특례제한법」상 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 손금으로 산입된 직무발명보상금에 대해 세액공제 및 소득세 비과세를 인정한 것으로서 명백한 특례규정에 해당하며, 직무발명보상 제도를 통해 특수관계자에게 편법적으로 법인의 자금을 부당하게 유출하고 손금 및 세액공제, 비과세라는 혜택을 통해 조세부담을 부당하게 감소시키는 탈세의 수단으로 악용될 우려가 있어 엄격해석이 필요한 점 등을 비추어 볼 때, 청구법인의 대표이사 OOO에게 소멸시효가 완성되어 지급하지 않아도 될 OOO원을 지급한 행위는 통상적으로 적용하지 않는 사항으로 지급하지 않아도 될 금액을 법인 입장에서 거액의 자금이 유출되는 불이익을 감수하고 대표이사 및 지배주주인 특수관계인이라는 이유로 경제적 합리성이 결여된 부당한 특혜를 제공하여 청구법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이므로, 이는 「법인세법」 제52조 에서 규정하는 부당행위 계산부인 대상에 해당한다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점보상금에 대한 소멸시효 기산일은 근무규칙이 제정되어 보상금 청구권을 행사할 수 있게 된 시점인 2016.11.15.이라고 주장한다. 그러나 직무발명보상금 청구권의 소멸시효 기산일은 원칙적으로 사용자가 직무발명에 대한 특허를 받을 권리를 종업원으로부터 승계한 시점(대법원 2011.7.28. 선고 2009다75178 판결)이고, 발명자가 사용자로 하여금 발명을 출원하고 그 특허등록을 마치게 하였으며 이에 관하여 별다른 이의를 제기하지 않은 경우 발명의 출원 무렵 특허 등을 받을 수 있는 권리를 사용자에게 묵시적으로 승계하였다고 봄이 타당(서울고등법원 2015.11.5. 선고 2015나10563 판결)한바, 이 건의 경우, OOO은 청구법인의 대표이사이자 2016년말 기준 청구법인 주식의 67.9%를 보유한 지배주주로 발명의 진행.출원.등록 등에 관한 모든 의사절차에 영향력을 가지고 있었던 점, 2003년부터 2015년까지 사이에 쟁점특허권 등에 대하여 발명자를 OOO 본인으로 하고 청구법인을 출원인 및 권리자로 하는 특허권 등의 등록절차를 마쳤음에도 그 후 이에 대한 직무발명보상금을 지급받은 2016.12.26.까지 이에 관하여 별다른 이의를 제기하지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, OOO은 쟁점특허권등의 출원 무렵 특허 등을 받을 수 있는 권리를 청구법인에게 묵시적으로 승계하였다고 봄이 타당하고, 그때로부터 10년이 경과하여 지급된 쟁점보상금은 직무보상금청구권의 소멸시효가 완성된 이후 지급된 것으로 판단된다. 한편, 청구법인은 회사의 근무규칙 등에 직무발명보상금 지급시기를 정하고 있는 경우에는 그 시기가 도래할 때까지 보상금청구권의 행사에 법률상 장애가 있으므로 근무규칙 등에 정하여진 지급시기가 소멸시효의 기산점이 된다고 주장하며 대법원 2017.1.25. 선고 2014다220347 판결을 들고 있으나, 위 판결은 특허 등록 무렵 이미 직무발명 보상규정에 실시보상금의 지급시기가 규정되어 있었던 경우 소멸시효 기산일을 회사의 근무규칙 등에서 정한 직무발명보상금 지급시기로 본다는 것인데, 이 사건의 경우 청구법인이 직무발명 보상규정을 마련한 2016.11.16. 당시 이미 사용자가 직무발명에 대한 특허를 받을 권리를 종업원으로부터 승계한 시점으로부터 10년이 경과하여 쟁점보상금 청구권에 대한 시효가 모두 완성된 이후에 해당하여 사실관계가 서로 다르므로, 이러한 경우에도 이미 시효로 소멸한 쟁점보상금 청구권에 대한 소멸시효 기산일을 회사의 근무규칙 등에서 정한 직무발명보상금 지급시기로 보기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점특허권 등의 발명자가 오직 대표이사뿐이었기 때문에 대표이사에 대하여 쟁점보상금을 지급한 것이고, 다른 종업원이 해당 요건을 충족하여 특허권 등록 등을 하였다면 해당 종업원에게도 동일하게 시효완성이익을 포기하고 직무발명보상금을 지급하였을 것이므로, 이는 부당행위 계산부인 규정의 적용 대상에 해당하지 아니한다고 주장한다. 그러나 모회사가 지급할 필요가 없는 자회사의 보증수수료를 대신 납부한 경우 또는 지급의무 없는 특수관계인의 채무를 변제한 경우, 이를 부당행위계산부인하여 손금불산입한 처분은 정당하다(대법원 2005두12251 판결, 조심 2009중4071 결정 등 다수)고 판시하고 있는바, ① 직무발명보상금의 비과세 혜택을 악용하는 사례를 없애기 위하여 2017.1.1. 이후 지급되는 직무발명보상금의 비과세 범위를 연간 300만 원으로 한도를 적용하기로 하는 것으로 「소득세법」이 개정되자, 청구법인은 개정법 시행 직전 종합 세무검토용역에 따라 2016.11.15 직무관련보상금 산정 및 지급에 관한 근무규칙을 제정하고, 대표이사이자 특수관계자인 OOO에게 시효가 완성되어 지급의무 없는 OOO원을 직무발명보상금명목으로 지급한 점, ② 시효완성이익을 포기한 것을 넘어 적극적으로 시효가 완성된 직무발명보상금을 지급하기 위하여 대표자와 사이에 2016년 10월경 2006.12.31.을 작성일자로 계약서를 소급하여 작성한 점, ③ 쟁점특허권 등은 모두 대표이사 OOO이 발명자로 등록되어 보상금이 지급되었으며, 공동대표이사 OOO을 발명자로 하여 출원된 5건을 제외하고 일반 직원 명의로 출원된 발명은 한건도 존재하지 않는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 대표이사 OOO에게 소멸시효가 완성되어 지급하지 않아도 될 쟁점보상금을 지급한 행위는 대표이사이자 지배주주인 OOO에게 경제적 합리성이 결여된 부당한 특혜를 제공하여 청구법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이므로, 「법인세법」 제52조 에서 규정하는 부당행위계산의 부인대상에 해당하는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.