조심 2021서0842 (2023.03.07)

1. OOO서장이 2020.9.11. 청구법인 주식회사 AAA에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2017.4.7. 주식회사 BBB에게 OOO 토지 19,984㎡ 상의 공동주택신축사업권을 OOO원에 양도한 것에 대하여 「법인세법」상 부당행위계산부인규정을 적용하지 않는 것으로 하는 등 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. OOO서장이 2020.10.19. 청구인 AAA에게 한 2018.12.31. 증여분 증여세 OOO원의 부과처분은 위 “주문 1.”의 결과 등을 반영하여 재평가한 청구법인 발행주식의 가액 등에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인 주식회사 AAA(이하 “청구법인”이라 한다)은 1982.2.12. 설립되어 종합건설업을 영위하고 있는 비상장법인으로, 주택건설 및 분양공급업을 영위하고 있던 CCC 주식회사(이하 “CCC-주”라 한다)를 흡수합병(이하 “이 사건 합병”이라 한다)하기 위하여 2018.11.27. 이사회 결의 및 주주총회 승인을 거쳐 2018.11.28.

「상법」 제552조의2

제1항에 따라 자신 및 CCC-주의 재무제표를 각 공시한 후 2018.12.31. 합병등기를 경료하였는데, 이 사건 합병 직전 기준 청구인 AAA(이하 “청구인”이라 한다)가 CCC-주 발행주식 152,000주(총 발행주식의 40%)를, 청구인의 아버지 CCC가 CCC-주 발행주식 228,000주(총 발행주식의 60%) 및 청구법인 발행주식 1,720,000주(총 발행주식의 100%)를 각 보유하고 있었다.

나. 청구법인 및 CCC-주는 이 사건 합병을 위하여 평가기준일을 2018.6.30.로 하여

「상속세 및 증여세법」제63조

제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조 등에 따라 주식 1주당 가액을 각 OOO원 및 OOO원으로 각 평가(아래 ＜표1＞ 참조)하였고, 청구법인은 위 주식평가액의 비율(1 : 6.134)을 합병비율(이하 “이 사건 합병비율①”이라 한다)로 하여 2018.12.31. 청구인에게 합병신주 932,390주를 발행ㆍ교부(아래 ＜표2＞ 참조)하였다.

＜표1＞ 청구법인 및 CCC-주 발행주식의 가치 평가

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＜표2＞ 이 사건 합병 전ㆍ후 주주변동내역

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다. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.2.18.부터 2020.6.13.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를, 2020.6.15.부터 2020.9.2.까지 청구인에 대한 증여세조사를 각 실시한 결과, 청구법인 및 CCC-주가

「상속세 및 증여세법 시행령」제28조

제5항 제2호의 재무제표공시일(2018.11.28., 이하 “이 사건 평가일”이라 한다)이 아닌 다른 날을 기준으로 아래 (1) 및 (2) 등과 같이 CCC-주 발행주식을 과다평가, 청구법인 발생주식을 과소평가하였다고 보아 청구법인 및 CCC-주 발행주식의 1주당 가액을 이 사건 평가일을 기준으로 각 OOO원 및 OOO원으로 재평가(위 ＜표1＞ 참조)하고 위 재평가액들의 비율(1 : 4.765)을 정당한 합병비율(이하 “이 사건 합병비율②”라 한다)로 산정하였다.

(1) 이 사건 합병 당시 CCC-주는 주식회사 DDD(이하 “주-DDD”이라 한다)의 발행주식 48,000주(총 발행주식의 80%)를 보유하고 있었고, 주-DDD은 OOO(2) 택지개발지구 A-64블럭 54,999㎡에 「임대주택법」상 임대의무기간 10년의 공공건설임대주택 총 908세대(이하 “OOO아파트”라 한다)를 신축한 후 2017.9.30.부터 임대하면서 임차인들로부터 임대보증금(OOO원, 이하 “쟁점임대보증금”이라 한다) 및 매매예약합의금(OOO원, 이하 “쟁점매매예약합의금”이라 한다)을 수취하여 보관하고 있었다. CCC-주는 주-DDD 발행주식 48,000주의 가치평가를 위하여 주-DDD이 보유한 OOO아파트에 관한 자산 및 부채를 평가하였는데, 부채인 쟁점임대보증금 및 쟁점매매예약합의금의 합계 OOO원의 경우 반환기간이 5년을 초과한다고 보아

「상속세 및 증여세법 시행령」 제58조

제2항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호에 따라 현재가치로 할인하여 그 평가액을 OOO원으로 산정하였고, 자산인 OOO아파트의 경우

「상속세 및 증여세법」제61조

제5항 및 같은 법 시행령 제50조 제7항의 산식[=(1년간의 임대료 ÷ 기획재정부령으로 정하는 율) + 임대보증금, 이하 “임대료등환산가액산식”이라 한다]에서 ‘임대보증금’ 항목에 쟁점임대보증금만을 반영하여 그 평가액을 OOO원으로 산정하였다. 이에 대하여 조사청은 OOO아파트의 임차인들이 주-DDD과 임대의무기간의 1/2이 지나는 시점에 조기분양전환하기로 합의하였으므로 쟁점임대보증금 및 쟁점매매예약합의금의 반환기간이 5년을 초과하지 않는다고 보아 현재가치할인대상 부채가 아니라고 보았다.

(2) 청구법인은 2014.4.4. OOO가 시행하는 OOO 일원 토지 1,438,000㎡(이하 “이 사건 개발대상토지”라 한다)의 택지개발공사(이하 “이 사건 택지개발공사”라 한다)의 사업자로 선정됨에 따라 2014.4.14. OOO와 이 사건 택지개발공사에 관한 도급계약을 체결하는 한편, 이 사건 개발대상토지 중 C1-BL 20,219㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원(이하 “쟁점토지가액”이라 한다)에 매수하되 이 사건 택지개발공사의 도급금액과 쟁점토지가액을 상계처리하기로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였다. 청구법인은 2017.2.17. OOO으로부터 쟁점토지 상에 304세대의 임대아파트 신축사업계획을 승인받았다가, 위 임대아파트 관련 사업권(이하 “쟁점사업권”이라 한다) 및 쟁점토지를 특수관계법인인 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”이라 한다)에 양도하기로 하고 주식회사 EEE(이하 “주- EEE”이라 한다)으로부터 쟁점토지의 가액을 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)으로 평가받은 다음, 2017.4.7. 주-BBB에 쟁점토지를 쟁점토지가액(OOO원)에, 쟁점사업권을 OOO원(쟁점감정가액과 쟁점토지가액의 차액으로 이하 “쟁점사업권①가액”이라 한다)에 양도하기로 하는 계약을 각 체결하였고, 이에 따라 쟁점사업권①가액에서 선급비용 OOO원을 차감한 금액(OOO원)을 사업권처분이익으로 계상하여 2017사업연도 법인세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 이에 대하여 조사청은 주- EEE이 쟁점사업권에 대하여 별도로 감정평가한 사실이 없고 청구법인이 당초 쟁점사업권에서 발생하는 수익으로 이 사건 택지개발공사로 입게 될 손실액인 OOO원(이 사건 택지개발공사의 도급액 OOO원과 이 사건 택지개발공사의 총공사예정원가 OOO원의 차액, 이하 “쟁점사업권②가액”이라 한다)을 보전할 목적이었으므로 위 손실액이 곧 쟁점사업권의 시가(아래 ＜표3＞ 참조)라고 보았다.

＜표3＞ 청구법인과 처분청(OOO서장)의 쟁점사업권 시가산정내역

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라. OOO서장은 조사청으로부터 위와 같은 조사결과를 통보받고 청구법인이 주-BBB에 쟁점사업권을 저가양도한 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인규정에 따라 OOO원을 익금산입하는 등 하여 2020.9.11. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO

원을 경정ㆍ고지(이하 “이 사건 법인세부과처분”이라 한다)하였고, OOO서장 역시 위 조사결과를 통보받고 이 사건 합병비율②를 근거로 청구인이 OOO원(

「상속세 및 증여세법」제38조

제1항 및 같은 법 시행령 제3항 제1호에 따라 계산한 금액)의 이익을 얻었다고 보아 2020.10.19. 청구인에게 2018.12.31. 증여분 증여세 OOO원을 결정ㆍ고지(이하 “이 사건 증여세부과처분”이라 한다)하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여, 「상속세 및 증여세법」상 보충적평가방법에 따른 CCC-주의 ‘주식등의 가액 / 자산총액’의 비율이 80% 이상이므로

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

제4항 제5호(이하 “이 사건 주식비율규정”이라 한다)에 의하여 CCC-주 발행주식의 가액을 순자산가치로만 평가하여야 하고, 쟁점임대보증금과 실질이 동일한 쟁점매매예약합의금 역시 임대료등환산가액산식의 ‘임대보증금’ 항목에 가산하여 OOO아파트의 자산가치를 평가하여야 한다는 등의 주장을 하면서 2020.11.27. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견

가. 청구인들 주장

(1) 이 사건 주식비율규정은 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 80% 이상이면 당해 법인의 주식 가치는 순자산가치로 한다고 규정하고 있고, 기획재정부는 위 규정을 적용할 때 자산총액 및 주식등의 가액의 산정은

「상속세 및 증여세법」제60조

내지 제66조에 따른다(기획재정부 재산세제과-943, 2020.10.27.)고 하고 있는데, CCC-주는 이 사건 합병 당시 OOO에 신축 중이었던 총 692세대의 공공주택(이하 “OOO아파트”라 한다)에 관하여

「법인세법 시행령」제69조

에 따라 작업진행률을 기준으로 일부 토지 및 건물을 이미 분양원가로 회계처리하고 분양원가에 대응하는 이익을 자산으로 계상하였는바, 회계장부상 남은 자산만을

「상속세 및 증여세법」제60조

내지 제66조로 평가하는 것이 당연하고, 그 결과 CCC-주의 ‘주식등의 가액 / 자산총액’을 구하면 80% 이상이므로 이 사건 합병 당시 CCC-주의 1주당 가액은 당시 순자산가치인 OOO원이 되어야 한다.

(가) 처분청(OOO서장)은 이 사건 주식비율규정 중 자산총액 산정시 아래 ＜표4＞의 과세관청해석(이하 “쟁점유권해석”이라 한다)이 규정한 방법에 따라야 한다는 의견이나, 위 해석은 이 사건 주식비율규정이 신설되기 이전에 생성된 것이고, 신축 중인 건물 및 부수토지를 보유한 기업의 순자산가치를 평가하기 위하여 방법론을 제시한 것일 뿐 여기서 제시하는 자산 및 부채의 개념은 「상속세 및 증여세법」상 자산 및 부채의 개념과 상이하며, 만일 쟁점유권해석에 따라 자산을 산정한다면 자산이 이중계상 되어 자산총액이 왜곡되는 문제가 발생할 뿐만 아니라, ‘주식등의 가액 / 자산총액’의 분자의 계산방식과 분모의 계산방식이 달라지는 문제가 생기는바, 쟁점유권해석에 따라 이 사건 주식비율규정의 자산총액을 산정하여서는 안된다.

＜표4＞ 기획재정부, 재재산46014-47, 2002.02.22. 외 다수

(나) 처분청(OOO서장)은 실질이 동일하면서 회계처리기준에 차이만 있는 기업의 경우 자산평가 및 ‘주식등의 가액 / 자산총액’ 또한 동일하여야 한다는 전제 하에서 이 사건 주식비율규정의 계산시 쟁점유권해석을 적용하는 것이 가능하다는 의견이나, 「법인세법」등에 규정된 작업진행률에 따라 회계처리하였다면 당연히 그 진행률에 따라 분양원가로 인식한 토지 및 건물은 자산평가대상으로 삼아서는 안되고(이미 분양이익의 형태로 자산으로 계상하였음), 분양원가로 인식하지 않은 토지 및 건물에 대해서는 분양가액을 이용하여 자산평가를 하면 되는바, 회계처리방식에 따라서 수익가치 및 자산가치가 달라지는 것이 당연하므로 처분청(OOO서장) 의견은 전제부터가 성립되지 않는다는 점에서도 부당하다.

(2)

「상속세 및 증여세법」제61조

제5항은 부동산을 평가할 때 사실상 임대차계약이 체결되거나 임차권이 등기된 재산의 경우에는 임대료 등을 기준으로 하여 임대료등환가액산식에 따라 산정한 가액을 당해 재산의 장부가액 및 공동주택가액과 비교하여 큰 금액을 그 재산의 가액으로 하도록 규정하고 있는바, OOO아파트의 임차인들이 분양전환을 할 경우 쟁점임대보증금 뿐만 아니라 쟁점매매예약합의금도 확정분양대금으로 대체되는 점, 임차인들이 매매예약합의를 해제하는 경우에도 쟁점매매예약합의금을 반환받을 수 있는 점, 주-DDD은 임차인으로부터 수령한 쟁점매매예약합의금을 쟁점임대보증금과 같이 장기임대보증금 계정으로 회계처리하고 있는 점 등을 보면 쟁점매매예약합의금은 OOO아파트의 임대차계약과 관련하여 임차인으로부터 일시금으로 받은 금전으로 쟁점임대보증금과 그 실질이 동일하므로 쟁점매매예약합의금을 임대료등환산가액산식의 임대보증금에 포함시켜 OOO아파트를 OOO원으로 평가하여야 한다.

(3) 쟁점감정가액에는 쟁점토지 뿐만 아니라 쟁점사업권에 대한 가치까지 포함되어 있고, 청구법인은 쟁점토지에 관하여 법률상 수취가능한 금액인 OOO원을 차감한 나머지 금액(OOO원)을 쟁점사업권의 대가로 수취한 것이므로 주-BBB에 대한 쟁점사업권 양도는 시가에 따른 거래로서 부당행위계산 부인 대상이 아니다.

(가) 「법인세법」상 부당행위계산부인이란 해당 법인이 특수관계인에게 부동산 등의 자산을 시가보다 낮은 금액에 양도한 경우에 시가에 미달하는 금액만큼의 이익을 분여한 것으로 보아 당해 법인의 소득금액을 재계산하여 과세하는 제도이고, 이때 여러 자산을 포괄적으로 양도한 것으로 인정되는 경우에는 그 자산들의 전체 거래가격과 시가를 비교하여 포괄적 거래 전체로서 고가양수 등에 해당하는지 여부를 판단(대법원 1997.2.14. 선고 95누13296 판결 등 참조)하여야 하고 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단(대법원 2006.5.11. 선고 2004두7993 판결 외 다수, 같은 뜻임)하여야 한다.

(나) 이에 비추어 보면, 쟁점토지와 같이 특수관계인과의 거래가격이 관련 법률에 의하여 강제적으로 정해져 있고 비특수관계인인 제3자에게도 동일하게 적용될 수밖에 없는 경우라면 그 거래가격이 시가와 비교하여 낮다고 하더라도 이를 부당행위로 볼 수 없으므로 쟁점토지를 쟁점토지가액(OOO원)에 거래한 것에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없는 것이고, 나아가 청구법인이 쟁점토지 및 쟁점사업권 일체를 감정평가받아 쟁점감정가액(OOO원)으로 양도한 거래도 시가 거래로서 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다고 봄이 타당하다.

(다) 처분청(OOO서장)은 쟁점토지와 별개로 쟁점사업권에 대한 평가를 하지 아니한 것을 문제삼고 있는데, 토지는 대지, 전, 답, 임야 등 지목 및 용도가 달라지면 그에 따른 평가가액도 차이가 나기 마련이고 쟁점토지 역시 주택건설용지로 지목 및 용도가 특정되어 개발ㆍ공급되는 택지로서 그 밖의 다른 목적이나 용도로 사용할 수 없는 바, 쟁점사업권을 배제하고 쟁점토지만을 평가하거나 쟁점토지와 분리되어서는 실체적 가치를 가지지 못하는 쟁점사업권만을 별도로 평가하는 것 자체가 제대로 된 평가가 아니라고 할 것이므로 쟁점감정가액에는 이미 쟁점사업권에 관한 평가가액도 포함되어 있다고 보아야 한다.

(라) 처분청(OOO서장)은 이 사건 택지개발공사에 따른 손실이 곧 쟁점사업권의 시가에 해당한다는 의견이나, 「법인세법」상 취득가액이란 해당 자산의 취득에 들어간 비용을 의미하고, 시가란 자산을 취득하기 위하여 들어간 비용과 무관하게 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액을 의미하는바, 이 사건 택지개발공사에 따른 손실을 쟁점토지의 취득가액에 포함시킬 수는 있어도 위 손실을 곧 쟁점사업권의 시가라고 보는 것은 논리적 비약이라고 밖에 볼 수 없고, 만일 처분청(OOO서장) 논리대로라면 이 사건 택지개발공사의 손익에 따라 쟁점사업권의 시가가 달라진다는 점에서도 타당하지 않은 주장이다.

나. 처분청들 의견

(1) CCC-주는 작업진행률 기준에 따라 원가로 인식한 OOO아파트의 토지 및 건물에 대해서는 별도로 자산평가를 하지 않은 채 ‘주식등의 가액 / 자산총액’을 산정하였는데, 만일 CCC-주가 인도일기준의 회계처리방법을 선택하였다면 이 사건 평가일까지 원가로 인식하는 토지 및 건물이 없으므로 자산총액 및 ‘주식등의 가액 / 자산총액’이 진행률기준을 따를 때와 달라질 것인바, 거래의 실질이 동일하다면 어떤 수익인식기준을 적용하는지와 상관없이 보유자산에 대한 평가액은 동일하여야 한다는 점에서 볼 때 CCC-주가 소유권을 여전히 가지고 있는 OOO아파트 중 일부만을 자산으로 보아 ‘주식등의 가액 / 자산총액’의 80% 초과 여부를 판단하는 것은 부당하다.

(가) 「법인세법」상 작업진행률은 주택을 지어서 판매하는 거래를 용역의 제공으로 보고 기간손익계산을 위하여 기인식한 공사수익에 대응하는 비용을 인식하기 위한 목적에서 부동산을 분양원가로 대체하는 것일 뿐 실제로 해당 자산이 판매가 되었기 때문에 원가로 인식하는 것이 아닌 반면, 「상속세 및 증여세법」은 자산별로 평가방법을 규정하고 있을 뿐 각 업종 및 회계처리방식에 따라 부동산의 평가방법을 달리한다고 규정하고 있지 않으므로 소유권이 이전되지 않은 부동산은 모두 평가대상으로 삼아야 한다. 쟁점유권해석은 이처럼 수익인식방법에 따라 자산평가의 문제가 달라지는 것을 해소하기 위하여 자산평가방법의 기준을 제시하고 있다고 보여지므로 ‘주식등의 가액 / 자산총액’은 당연히 쟁점유권해석에 따라 계산하는 것이 타당하다.

(나) 청구인은 쟁점유권해석을 적용할 경우 자산의 이중계상 등의 문제가 발생한다고 하나, 쟁점유권해석은 아직 팔리지 않은 부동산에 대하여 수령한 금액을 부채로 계상하도록 하면서 당해 부동산의 원가로 인식한 금액 역시 취소(즉, 분양이익으로 인식한 회계처리를 취소)하도록 하여 자산의 이중계상문제가 발생하지 않도록 하고 있다. 또한, FFF 주식회사 및 GGG 주식회사 등이 2017.12.31.을 기점으로 진행률기준에서 인도일기준으로 회계처리기준을 변경하면서 분양원가로 대체한 부동산을 다시 자산으로 인식하였는데, 수익인식기준에 따라 자산평가가 달라지는 것이 당연하다는 청구인들의 주장에 따르면 위 회사들의 자산이 하루 차이로 엄청난 차이를 보이는 모순이 발생한다. 청구인들은 쟁점유권해석이

「상속세 및 증여세법 시행령」제55조

제1항의 순자산가액을 산정하는 방법에 관한 것이기 때문에 이 사건 주식비율규정의 자산총액을 산정하는데 적용될 수 없다고 주장하나, 순자산가액을 산정하기 위해서는 법인의 자산총액을 평가하는 것이 당연하고, 이 사건 주식비율규정을 산정하기 위해서도 자산총액을 산정하여야 하며, 그렇다면 두 자산총액의 평가가 별개의 개념이라고 할 수 없으므로 쟁점유권해석을 적용하여 이 사건 주식비율규정의 산식을 계산하는 것이 당연하다. 결국 회계기준 선택에 따라 자산총액 및 세부담이 달라지는 것은 실질과세원칙에 위배되는바, 쟁점유권해석에 따라 이 사건 주식비율규정의 총자산가액을 산정하는 것이 타당하다.

(2) 임대료등환산가액산식이 의미하는 바는 임대보증금과 임대료를 동시에 수령하는 경우 환산율(12%)을 적용하여 임대보증금만 받는다고 가정할 경우의 임대보증금을 계산하려는 것일 뿐 위 조항 어디에도 임대보증금과 동일하게 부채로서 실질을 가지는 금원 역시 위 산식의 임대보증금 항목에 포함시켜야한다고 해석할 수 있는 문구가 없으므로 쟁점매매예약합의금을 사실상 임대보증금으로 보아 임대료등환산가액산식에 포함해야 한다는 청구인의 주장은 조세법률주의에 반하는 주장이다. 뿐만 아니라 「임대주택법」이 국민의 주거생활을 안정시키기 위한 목적에서 기준에 따른 임대보증금 및 임대료 외 초과수령을 금지하고 있는 점을 감안하면 쟁점임대보증금 외 쟁점매매예약합의금을 추가로 받는 것 자체가 「임대주택법」의 입법취지에 반하고, 주-DDD과 OOO아파트 임차인들이 체결한 매매예약합의서에도 쟁점매매예약합의금의 경우 주택보증공사의 보증을 받지 못한다고 명시하고 있는 점 등을 보면 쟁점매매예약합의금은 쟁점임대보증금과 무관하게 미래에 전환될 분양대금 중 일부를 법률상 원인 없이 미리 수령한 것으로 쟁점임대보증금과 실질이 다르다.

(3) 쟁점감정가액은 쟁점사업권의 가치를 반영하지 않은 채 쟁점토지에 대하여만 이루어진 감정평가액으로 쟁점사업권①가액을 쟁점사업권의 시가라고 할 수 없고, 이 사건 택지개발공사로 발생하는 손실을 쟁점사업권 시행을 위한 필요불가결한 투입비용으로 쟁점사업권의 취득가액에 해당하므로

「상속세 및 증여세법」제64조

제1호에 따라 쟁점사업권의 시가는 이 사건 택지개발공사의 예상손실액인 쟁점사업권②가액으로 볼 수 있다.

(가) 일반적으로 부동산 개발사업의 경우 그 단계 중 부지확보 및 인허가 리스크 해결이 가장 중요한 부분인데, OOO로부터 공공택지를 낙찰받는 것은 이러한 문제를 해소함과 동시에 처음부터 주택공급 규모가 정해지고 기반시설 등을 모두 갖춘 우월한 입지를 낮은 가액에 확보하여 미래 개발수익을 보장해주는 것이므로 토지 외 사업권 자체의 가치가 분명히 존재한다.

(나) 청구법인은 쟁점감정가액이 쟁점사업권에 대한 가치까지 포함하고 있다고 주장하나, 주- EEE의 쟁점토지에 대한 감정평가서를 보면 ‘아파트 건축사업승인이 완료된 토지로서 택지개발이 완료된 상태를 상정하여 토지를 평가’한다고 명시되어 있고, 쟁점토지에 관하여 공시지가법과 거래사례비교법을 적용하여 평가한 사실은 확인되나 쟁점사업권에 관하여 수익환원법, 거래사례비교법 등을 적용하여 평가한 사실은 전혀 없다.

(다) 청구법인이 이 사건 택지개발공사로 인한 손실발생을 알면서도 저가에 수주한 것은 쟁점토지를 확보하여 아파트 신축ㆍ분양사업을 실시함에 따라 발생하는 막대한 수익창출로 그 손실을 보전하기 위함(청구법인은 공사현장의 복잡ㆍ특수성을 들어 이 사건 택지개발공사에서 항상 손실이 발생한다고 단정할 수 없다고 주장하나, 택지취득이 가능한 대행개발사업은 공사손실을 필수적으로 감수해야 한다는 것은 입찰에 참여하는 모든 업체가 인지하고 있는 사실이며 이 사건 조사 당시 청구법인도 그러한 점을 인정하였다)이고, 「택지개발촉진법」상 쟁점토지의 전매이익 발생이 불가능한 상황을 고려해보면 이 사건 택지개발공사에 입찰할 당시부터 쟁점사업권 시행에 따른 수익을 예상하고 있었음이 자명하다.

(라) 그런데, 무체재산권의 가액에 관하여

「상속세 및 증여세법」제64조

제1호는 재산의 취득가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비를 뺀 금액이라고 규정하고 있는바, 이 사건 택지개발공사로 발생하는 손실은 쟁점사업권 시행을 위한 필요불가결한 투입비용으로 자산화대상(청구법인은 아래 ＜표5＞와 같이 이 사건 택지개발공사의 경우 각 사업연도마다 발생한 공사손실을 당기비용으로 인식하였지만, 타 현장공사의 경우 공사손실을 토지의 취득가액으로 자본화하였음)이며, 따라서 쟁점사업권의 취득가액을 구성 한다.

＜표5＞ 타 현장의 공사에서 발생한 손실의 회계처리

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3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

제4항 제5호의 ‘주식등의 가액 / 자산총액’를 계산함에 있어서 진행률기준에 따라 분양원가로 인식한 건물 및 부수토지를 제외하고 자산총액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점매매예약합의금은 사실상 임대보증금이므로

「상속세 및 증여세법 시행령」 제50조

제7항의 산식에 따른 금액산정시 ‘임대보증금’ 항목에 가산하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 청구법인이 특수관계법인에게 쟁점사업권을 저가 양도하였는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점유권해석, CCC-주의 자산 및 부채평가 내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

1) 청구인들은 당초 CCC-주의 장부가액을 기준으로 할 때 ‘주식등의 가액 / 자산총액’이 80% 미만이므로 CCC-주 발행주식의 평가에 있어서 이 사건 주식비율규정이 적용되지 않는다고 보아 그 평가액을 아래 ＜표6＞과 같이 산정하였고, 조사청 역시 CCC-주의 장부가액을 기준으로 자산 및 부채가액을 재평가한 결과 ‘주식등의 가액 / 자산총액’이 80% 미만이라고 보아 이 사건 주식비율규정의 적용을 배제하고

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

제1항 단서에 따라 그 가액을 평가하였다.

＜표6＞ 청구인들 및 조사청의 당초 CCC-주 주식 평가내역

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2) 청구인들은 기획재정부의 2020.10.27.자 질의회신내용(기획재정부 재산세제과-943, 2020.10.27., 아래 ＜표7＞ 참조)을 제시하면서, “장부가액이 아닌 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법으로 CCC-주의 보유 자산 등을 평가하여야 하고, 이 경우 아래 ＜표8＞과 같이 ‘주식등의 가액 / 자산총액’이 80% 이상에 해당하므로 이 사건 평가일 당시 CCC-주 발행주식의 1주당 가치를 이 사건 주식비율규정에 따라 순자산가치의 100%로 평가하여야 한다”고 주장하고 있다.

＜표7＞ 이 사건 주식비율규정에 관한 기획재정부의 해석

＜표8＞ 청구인들의 CCC-주 자산 및 부채 평가내역

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3) 이에 대하여 처분청(OOO서장)은 ‘CCC-주가 이 사건 평가일 당시 OOO아파트의 공사를 진행 중이었고 분양률이 100%로 총 분양가액이 OOO원 이상이었으며 아직 주택이 수분양자에게 인도되지도 않았음에도 작업진행률에 따른 수익인식방법(이 사건 평가일 당시 작업진행율 : 62.86%)을 선택하였다하여 위 ＜표8＞과 같이 미완성건물을 OOO원, 건설용지를 OOO원에 불과한 것으로 평가하는 것은 타당하지 않다’고 하면서 신축ㆍ분양 중인 건물과 부수토지를 가지고 있는 기업의 자산 및 부채는 쟁점유권해석에 따라 평가하여야 한다고 주장한다.

4) 쟁점유권해석은 비상장법인의 주식평가를 위한 1주당 순자산가치의 산정방법을 규정한 것으로 그 내용을 정리하면 아래 ＜표9＞와 같고, 처분청(OOO서장)의 의견과 같이 쟁점유권해석에 따라 OOO아파트의 자산 및 부채를 평가할 경우 CCC-주의 ‘주식등의 가액 / 자산총액’은 80% 미만이 되는 것으로 나타난다(아래 ＜표10＞ 참조).

＜표9＞ 쟁점유권해석의 순자산가치 산정방법

＜표10＞ 청구인들 및 조사청의 CCC-주 자산 및 부채 평가내역

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5) OOO아파트에 관한 양측의 평가방법을 정리하면, 청구인들은 이 사건 평가일 당시 작업진행률(62.86%)에 따라 이미 수익으로 인식한 금액만큼을 차감하고 장부에 자산으로 계상되어 있는 부분만큼을 평가(건설용지의 경우 분양가액 OOO원에서 이 사건 평가일까지 토지 관련 분양수익누적액으로 익금산입한 금액 OOO원을 차감하여 OOO원으로 평가하였고, 건물의 경우 분양가액 OOO원에 작업진행률 62.86%를 곱한 금액을 전액 분양수익누적액으로 익금산입하였음을 이유로 OOO원으로 평가하였음)하였고, 처분청(OOO서장)의 경우 청구법인이 작업진행률에 따라 수익으로 인식한 것과 관계 없이 청구법인에 소유권이 있다고 볼 수 있는 모든 토지 및 건물을 평가(건설용지의 경우 분양가액 OOO원으로 평가하였고, 건물의 경우 분양가액 OOO원에 작업진행률 62.86%를 곱한 OOO원으로 평가하는 한편, 이 사건 평가일까지 건설용지 및 건물과 관련하여 익금산입한 OOO원을 부채에 가산하였음)하였다.

6) 한편, 기획재정부의 2016.12.28.자 ‘2016년 세법개정 후속 시행령 개정 보도자료’에 따르면, 이 사건 주식비율규정은 배당액 등 순손익가치 조정을 통한 주식평가액 조정을 방지하기 위하여 신설된 것으로 나타난다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1) 청구인들은

「법인세법 시행령」제69조

제1항에 따라 작업진행률을 기준으로 수익과 비용을 계산하여 이를 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 경우 그 주식가치를 평가하기 위하여 이 사건 주식비율규정의 적용여부를 판단하는데 있어서 이미 작업진행률에 따라 분양원가로 인식하여 회계장부에 계상되어 있지 않은 토지 및 건물을 평가대상으로 하여서는 아니된다고 주장한다.

2) 그러나 다음과 같은 사정을 종합하여 고려하면 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

가) 우선, 이 사건 주식비율규정은 법인의 자산총액 중 주식 등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 80% 이상인 법인의 주식의 경우 순자산가치로만 평가한다고 규정하고 있고 여기서 말하는 법인의 자산총액이란

「상속세 및 증여세법」제60조

내지 제66조에 따라 평가한 가액으로 하는 것이 타당해 보인다(기획재정부 재산세제과-943, 2020.10.27. 같은 뜻임).

나) 그런데, 작업진행률에 따라 회계처리하는 시행사에 대해서 이 사건 주식비율규정의 적용 여부를 판단할 때 ‘법인의 자산총액’을 어떻게 산정하여야 하는지에 관한 명문의 규정은 없으나,

「상속세 및 증여세법 시행령」제55조

제1항에 따른 비상장법인의 순자산가치 계산시 자산의 가치는 당해 법인이 채택한 수익인식 기준이 무엇인지 여부와는 별개로 「상속세 및 증여세법」에 따라 평가하는 것(조심 2020중1849, 2021.11.10. 같은 뜻임)으로 신축·분양 중인 건물과 부수토지의 분양가액이 시가에 해당하는 경우에는 건물에 대한 분양가액 중 평가기준일까지의 작업진행률에 따라 계산한 금액을 그 건물가액으로, 부수토지에 대한 분양가액을 토지가액으로 하는 것이 타당하다(조심 2021서5296, 2022.8.9. 같은 뜻임)고 할 것이고, 그렇다면「상속세 및 증여세법」상 ‘자산’의 의미를 각 규정별로 달리 규정하고 있지 않는 한, 이 사건 주식비율규정의 적용시 평가대상자산 및 평가방식을

「상속세 및 증여세법 시행령」제55조

제1항의 순자산가치를 계산하는 방법과 달리 볼 합리적인 이유를 찾기 어려워 보인다.

다) 또한, 이 사건 주식비율규정은 어떠한 법인이 손익조작을 통하여 주식가치를 왜곡평가하는 것을 방지하기 위하여 당해 법인의 자산 중 주식이 일정비율을 초과할 경우 해당 법인의 주식을 순자산가치로만 평가하겠다는 취지로 신설된 것인데, 도급공사 등과 같은 용역의 제공에서 발생하는 기간손익의 왜곡을 방지하기 위한 규정인

「법인세법 시행령」제69조

에 따라 신축ㆍ분양 중인 건물과 부수토지를 진행률에 비례하여 분양원가로 인식하였다고 하여 이를 법인의 자산이 아니라고 할 수는 없어 보인다.

라) 결국, 법인이 선택한 회계처리기준과 관계 없이 평가대상이 되어야 하는 분양자산과 이를 원인으로 하여 법인이 통제하고 있는 현금 등을 별개의 자산으로 각기 평가하였다고 하여 이를 자산의 이중계상이라고 할 수는 없어 보이고, 손익인식기준 등 각 법인이 채택한 회계처리방법에 따라 「상속세 및 증여세법」상 평가를 달리하여야 한다는 명문의 규정도 없으므로 이와 다른 전제에 선 청구인들의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) OOO아파트의 임차인들이 주-DDD과 체결한 임대차계약서 및 매매예약합의서, 「임대주택법」의 관련 규정, 청구인들의 OOO아파트의 가치산정내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

1) 주-DDD은 주택신축ㆍ분양을 주업으로 하는 시행사로서 OOO로부터 OOO 공공임대주택 용지를 낙찰 받아 OOO아파트를 신축ㆍ임대(2015.4.6. 화성시장으로부터

「주택법」제16조

에 따른 주택건설사업계획을 승인받았음)하였는데, 위 OOO아파트는 「임대주택법」에 따라 주거취약층에게 내집 마련의 기회를 부여하기 위하여 일정한 의무임대기간이 지난 후 저렴한 가격에 분양받을 수 있는 공공건설임대주택이다.

2) 주-DDD은 2015.5.20.부터 2015.10.16.까지 OOO아파트의 모든 임차인들과 전환임대조건(

「임대주택법 시행령」제21조

제1항에 따른 표준임대보증금 및 표준임대료에서 임대보증금을 높이고 월임차료를 낮추는 방식)으로 임대차계약을 체결하였는데, OOO아파트의 임차인 이AA가 주-DDD과 체결한 임대차계약서의 주요 내용은 아래 ＜표11＞과 같다.

＜표11＞ 주-DDD과 임차인 이AA가 체결한 임대차계약서

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3) 주-DDD은 OOO아파트의 임차인들과 위 ＜표11＞의 계약서를 작성하면서 동시에 별도의 매매예약합의서(아래 ＜표12＞ 참조, 이하 “쟁점매매예약합의서”라 한다)를 체결하였는데, 쟁점매매예약합의서에 따르면 계약의 목적은 임차인의 요청으로 분양전환에 대하여 분양전환금액을 확정하고 분양전환계약에 관한 상호합의를 위한 것이고, 임차인이 쟁점매매예약합의금 외 쟁점매매예약합의금 및 5년선납임대료를 납부할 것을 계약성립의 요건으로 하며, 쟁점매매예약합의금 및 5년선납임대료의 경우 쟁점임대보증금과 달리 「임대주택법」따른 보증의 대상이 되지 않는다는 등의 내용이 기재되어 있다.

＜표12＞ 쟁점매매예약합의서 주요 내용

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4) 청구인들은 이 사건 합병 당시 OOO아파트의 자산가치를 OOO원[= 세대수 × (쟁점임대보증금 + 연임대료 ÷ 0.12)]으로 평가하는 등 하여 CCC-주의 주식가치를 산정하였다가, 이 건 심판청구를 제기하면서 쟁점매매예약합의금 역시 그 실질이 임대보증금이므로 임대료등환산가액산식의 ‘임대보증금’ 항목에 포함시켜 OOO아파트의 가액을 OOO원[= 세대수 × (쟁점임대보증금 + 쟁점매매예약합의금 + 연임대료 ÷ 0.12), 아래 ＜표13＞ 참조]으로 평가하여야 한다고 주장하고 있다.

＜표13＞ 청구법인의 새로운 임대료등환산가액 산정내역

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(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구인들은 임대료등환산가액산식에 따라 공공건설임대주택인 OOO아파트의 가치를 평가함에 있어서 쟁점임대보증금과 실질이 동일한 쟁점매매예약합의금을 위 산식의 ‘임대보증금’ 항목에 가산하여야 한다고 주장하나,

「임대주택법 시행령」제21조

는 공공건설임대주택 중

「주택법」제16조

에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 임대주택의 경우 국토교퉁부장관이 정하여 고시하는 임대보증금 및 임대료를 초과할 수 없다고 규정하고 있는 점, 쟁점매매예약합의서(제8조 제4항)에도 쟁점매매예약합의금의 경우 쟁점임대보증금과 달리 대한주택보증공사의 보증대상이 아니라고 기재되어 있는 점 등에 비추어 「임대주택법」상 정해진 임대보증금을 초과한 쟁점매매예약합의금을 쟁점임대보증금과 동일하다고 보기 어려운바,

「상속세 및 증여세법」제61조

제5항 및 같은 법 시행령 제50조 제7항이 임대료등환산가액산식의 ‘임대보증금’ 항목에 가산할 보증금에 대해서 달리 규정하고 있지 않는 한 OOO아파트의 자산가치를 평가함에 있어 쟁점임대보증금을 위 항목에 가산하는 것은 조세법률주의의 엄격해석원칙에 반한다고 할 것이므로 이와 다른 전제에 서 있는 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 주- EEE의 쟁점토지에 관한 감정평가서, 쟁점토지의 매매계약서, 쟁점사업권의 양도ㆍ양수계약서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

1) OOO는 2014.3.12. 이 사건 택지개발공사의 사업자선정을 위한 입찰공고(305세대의 임대아파트를 신축ㆍ분양하는데 사용되는 것으로 용도가 정해진 쟁점토지를 매입하고, 도급공사비 중 일부를 위 토지 매입대금과 상계처리하는데 동의한 사업자를 입찰순위 1순위로 한다고 기재되어 있음)를 하였고, 청구법인은 2014.4.4. 도급액 OOO원(부가가치세 제외)에 최저가로 투찰하여 1순위 사업자로 선정되었다.

2) 청구법인과 OOO는 2014.4.4. 이 사건 택지개발공사의 사업비 분담 등에 관한 실시협약을 체결하면서 이와 별도로 쟁점토지에 관한 매매계약서(아래 ＜표14＞ 참조)를 체결하였는데, 매매계약서 상 매매대금은 OOO원이고, 청구법인이 쟁점토지를 정해진 용도에 따라 사용하여야 한다고 기재되어 있다.

＜표14＞ 청구법인과 OOO의 쟁점토지에 관한 매매계약서

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3) 청구법인은 2017.2.17. OOO으로부터 쟁점토지 상에 304세대의 공동주택 건설사업계획(아래 ＜표15＞ 참조)을 승인받았다.

＜표15＞ OOO의 사업계획승인내역

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4) 청구법인은 2017.4.7. 주- EEE에 쟁점토지에 관한 감정평가를 의뢰하였고, 주- EEE은 2017.4.10.을 기준으로 감정평가액이 OOO원이라고 평가하였는데, 그 주요내용은 아래 ＜표16＞와 같다.

＜표16＞ 주- EEE의 쟁점토지 감정평가서의 주요내용

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5) 2017년 3월 경 작성된 청구법인의 내부자료에 따르면 청구법인은 쟁점토지에 직접 아파트를 신축ㆍ분양할 경우 차입금 증가 등으로 부채비율이 급격히 상승하여 관공사 수주에 악영향을 받을 수 있다고 판단하여 쟁점토지의 매각을 검토한 것으로 나타난다(위 검토서에는 쟁점토지의 매각이 특수관계자간 거래이므로 세법상 불이익을 받지 않도록 감정평가 등을 통하여 시가로 거래해야 한다는 내용이 기재되어 있음). 청구법인은 위 검토내용에 따라 OOO의 동의를 받아 주-BBB에 쟁점토지의 매수인 지위를 쟁점토지가액과 동일한 가액(OOO원)에 양도하기로 하고 주-BBB과 쟁점토지 매수인 지위 승계계약서를, OOO 및 주-BBB과 권리의무승계계약서를 각 작성하였고, 이와 별도로 주-BBB에 쟁점토지 상 공동주택 사업권(쟁점사업권)을 양도하기로 하는 내용의 쟁점사업권 양도ㆍ양수계약서(계약서 작성일이 2017.4.7.로 되어 있음, 아래 ＜표17＞ 참조)를 체결하였는데, 위 쟁점사업권 양도ㆍ양수계약서에는 쟁점사업권의 양도가액이 OOO원(쟁점감정가액 OOO원에서 쟁점토지 양도가액 OOO원을 차감한 금액)이라고 되어 있다.

＜표17＞ 쟁점사업권의 양도ㆍ양수계약서

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6) 청구법인은 주-BBB에게 쟁점사업권을 쟁점사업권①금액(OOO원)에 양도한 후 여기서 선급비용(OOO원)을 차감한 나머지 금액(OOO원)을 손익계산서상 사업권처분이익으로 계상하여 2017사업연도의 당기순이익을 산정하고 이에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하였고, 조사청은 ‘이 사건 택지개발공사 총예정원가와 이 사건 택지개발공사 도급액의 차액’에 해당하는 OOO원이 쟁점사업권의 시가라고 보아 청구법인이 주-BBB에게 쟁점사업권을 OOO원(=OOO원-OOO원)만큼 저가에 양도한 것으로 판단하였다.

7) 한편, 청구법인은 OOO와의 2014.4.4.자 계약에 따라 주-BBB에게 쟁점토지 및 쟁점사업권을 양도한 후에도 2019년 1월경까지 이 사건 택지개발공사를 진행ㆍ완료하였으며, 위 공사로 OOO원의 손실이 발생하였다. 주-BBB은 쟁점토지 및 쟁점사업권을 양수한 후 2017.5.25. 쟁점토지 상에 304세대 공동주택(임대의무기간 10년의 공공임대주택)의 분양공고를 하였는데, 위 분양공고문에는 입주자 모집 공고 당시의 주택가격이 아래 ＜표18＞과 같이 기재되어 있다.

＜표18＞ 입주자 모집공고 당시 주택가격

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(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1) 처분청(OOO서장)은 주- EEE이 쟁점사업권만을 별도로 평가한 사실이 없으므로 청구법인이 쟁점사업권의 시가를 쟁점사업권①가액으로 본 것은 정당하지 않고, 이 사건 택지개발공사로 청구법인이 입게 되는 손실이 쟁점사업권 시행을 위한 필요불가결한 투입비용으로 자산화대상임을 감안할 때

「상속세 및 증여세법」제64조

제1호에 따라 그 손실액인 쟁점사업권②가액이 곧 쟁점사업권의 취득가액으로서 시가에 해당한다는 의견이다.

2) 그러나, 처분청(OOO서장)은 공동주택사업용 토지를 수주하기 위하여 저가입찰하는 관행에 따라 택지개발공사로 손실이 발생할 것이고, 공동주택시행사들은 위와 같은 손실을 주택신축ㆍ판매사업권의 시행으로 발생하는 수익으로 보전할 것이라는 가정적 상황에 근거하고 있는 점, 설령 택지개발공사로 손실이 발생한다고 하더라도 그 손실 상당액을 조성원가로 해당 택지의 취득가액으로 볼 여지는 있을 수 있어도 손실액이 곧 주택신축ㆍ판매사업권의 시가에 해당한다고 해석할 수 있는 관련 규정이 없어 보이는 점,

「상속세 및 증여세법」제64조

가 무체재산권의 가액을 ‘재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비를 뺀 금액’(제1호)과 ‘장래의 경제적 이익 등을 고려하여 평가한 금액’(제2호) 중 큰 금액으로 한다고 규정하고 있음에도 처분청(OOO서장)이 위 제2호에 따라 금액을 평가하여 제1호의 금액과 비교한 사실도 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점사업권②가액을 쟁점사업권의 시가라고 할 수는 없다고 판단된다.

3) 따라서, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 관한 주장ㆍ입증책임은 부당행위계산 부인을 적용하는 과세관청에 있는 점(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등 참조)을 감안할 때, 비록 쟁점사업권만의 독자적인 가치가 있고, 주- EEE의 쟁점토지에 대한 감정평가액에 쟁점사업권의 가치가 포함되어 있는지 여부가 불분명하다고 하더라도 처분청(OOO서장)이 쟁점사업권②가액을 쟁점사업권의 시가라고 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인규정을 적용하여 한 이 사건 법인세부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제80조의2

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법

제38조(합병에 따른 이익의 증여) ① 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인 간의 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인의 대통령령으로 정하는 대주주등(이하 이 조 및 제39조의2에서 “대주주등”이라 한다)이 합병으로 인하여 이익을 얻은 경우에는 그 합병등기일을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 대주주등의 증여재산가액으로 한다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다.

② 제1항의 경우에 합병으로 인한 이익을 증여한 자가 대주주등이 아닌 주주등으로서 2명 이상인 경우에는 주주등 1명으로부터 이익을 얻은 것으로 본다.

③ 제1항을 적용할 때 합병으로 인한 이익의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제61조(부동산 등의 평가) ⑤ 사실상 임대차계약이 체결되거나 임차권이 등기된 재산의 경우에는 임대료 등을 기준으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

제64조(무체재산권의 가액) 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 「법인세법」상의 감가상각비를 뺀 금액

2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액

제66조(저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권, 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산

2. 양도담보재산

3. 전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산을 포함한다)

(2) 상속세 및 증여세법 시행령

제28조(합병에 따른 이익의 계산방법 등) ② 법 제38조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대주주등”이란 해당 주주등의 지분 및 그의 특수관계인의 지분을 포함하여 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 1 이상을 소유하고 있거나 소유하고 있는 주식등의 액면가액이 3억원 이상인 주주등(이하 이 조 및 제29조의2에서 “대주주등”이라 한다)을 말한다.

③ 법 제38조 제1항에 따른 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 합병대가를 주식등으로 교부받은 경우 : 가목의 가액에서 나목의 가액을 차감한 가액에 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수를 곱한 금액

가. 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액

나. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액 × (주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병전 주식등의 수 ÷ 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수)

⑤ 제3항 제1호 가목을 적용할 때 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액은 합병 후 신설 또는 존속하는 법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 그 주권이 같은 법에 따른 증권시장에서 거래되는 법인(이하 “주권상장법인등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 호의 가액 중 적은 가액으로 하며, 그외의 법인인 경우에는 제2호의 가액으로 한다.

1. 법 제63조 제1항 제1호 가목에 따라 평가한 가액

2. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액을 합한 가액을 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수로 나눈 가액. 이 경우 합병직전 주식등의 가액의 평가기준일은

「상법」 제522조의2

에 따른 대차대조표 공시일 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제119조 및 같은 법 시행령 제129조에 따라 합병의 증권신고서를 제출한 날 중 빠른 날(주권상장법인등에 해당하지 아니하는 법인인 경우에는

「상법」 제522조의2

에 따른 대차대조표 공시일)로 한다.

⑥ 제3항 제1호 나목에 따른 1주당 평가가액과 제5항에 따른 합병직전 주식등의 가액은 법 제60조 및 제63조에 따라 평가한 가액에 따른다. 다만, 주권상장법인등의 경우 법 제60조 및 제63조 제1항 제1호 나목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액(제3항 제1호의 계산식에 따라 계산한 차액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 법 제60조 및 제63조 제1항 제1호 가목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액보다 적게 되는 때에는 법 제60조 및 제63조 제1항 제1호 나목의 방법에 따라 평가한다.

제50조(부동산의 평가) ⑦ 법 제61조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액”이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “임대료 등의 환산가액”이라 한다)을 말한다.

(1년간의 임대료 ÷ 기획재정부령으로 정하는 율) + 임대보증금

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(

「소득세법」 제94조

제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

＜표10＞ 청구인들 및 조사청의 CCC-주 자산 및 부채 평가내역

ㅇㅇㅇ

5) OOO아파트에 관한 양측의 평가방법을 정리하면, 청구인들은 이 사건 평가일 당시 작업진행률(62.86%)에 따라 이미 수익으로 인식한 금액만큼을 차감하고 장부에 자산으로 계상되어 있는 부분만큼을 평가(건설용지의 경우 분양가액 OOO원에서 이 사건 평가일까지 토지 관련 분양수익누적액으로 익금산입한 금액 OOO원을 차감하여 OOO원으로 평가하였고, 건물의 경우 분양가액 OOO원에 작업진행률 62.86%를 곱한 금액을 전액 분양수익누적액으로 익금산입하였음을 이유로 OOO원으로 평가하였음)하였고, 처분청(OOO서장)의 경우 청구법인이 작업진행률에 따라 수익으로 인식한 것과 관계 없이 청구법인에 소유권이 있다고 볼 수 있는 모든 토지 및 건물을 평가(건설용지의 경우 분양가액 OOO원으로 평가하였고, 건물의 경우 분양가액 OOO원에 작업진행률 62.86%를 곱한 OOO원으로 평가하는 한편, 이 사건 평가일까지 건설용지 및 건물과 관련하여 익금산입한 OOO원을 부채에 가산하였음)하였다.

6) 한편, 기획재정부의 2016.12.28.자 ‘2016년 세법개정 후속 시행령 개정 보도자료’에 따르면, 이 사건 주식비율규정은 배당액 등 순손익가치 조정을 통한 주식평가액 조정을 방지하기 위하여 신설된 것으로 나타난다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1) 청구인들은

「법인세법 시행령」제69조

제1항에 따라 작업진행률을 기준으로 수익과 비용을 계산하여 이를 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 경우 그 주식가치를 평가하기 위하여 이 사건 주식비율규정의 적용여부를 판단하는데 있어서 이미 작업진행률에 따라 분양원가로 인식하여 회계장부에 계상되어 있지 않은 토지 및 건물을 평가대상으로 하여서는 아니된다고 주장한다.

2) 그러나 다음과 같은 사정을 종합하여 고려하면 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

가) 우선, 이 사건 주식비율규정은 법인의 자산총액 중 주식 등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 80% 이상인 법인의 주식의 경우 순자산가치로만 평가한다고 규정하고 있고 여기서 말하는 법인의 자산총액이란

「상속세 및 증여세법」제60조

내지 제66조에 따라 평가한 가액으로 하는 것이 타당해 보인다(기획재정부 재산세제과-943, 2020.10.27. 같은 뜻임).

나) 그런데, 작업진행률에 따라 회계처리하는 시행사에 대해서 이 사건 주식비율규정의 적용 여부를 판단할 때 ‘법인의 자산총액’을 어떻게 산정하여야 하는지에 관한 명문의 규정은 없으나,

「상속세 및 증여세법 시행령」제55조

제1항에 따른 비상장법인의 순자산가치 계산시 자산의 가치는 당해 법인이 채택한 수익인식 기준이 무엇인지 여부와는 별개로 「상속세 및 증여세법」에 따라 평가하는 것(조심 2020중1849, 2021.11.10. 같은 뜻임)으로 신축·분양 중인 건물과 부수토지의 분양가액이 시가에 해당하는 경우에는 건물에 대한 분양가액 중 평가기준일까지의 작업진행률에 따라 계산한 금액을 그 건물가액으로, 부수토지에 대한 분양가액을 토지가액으로 하는 것이 타당하다(조심 2021서5296, 2022.8.9. 같은 뜻임)고 할 것이고, 그렇다면「상속세 및 증여세법」상 ‘자산’의 의미를 각 규정별로 달리 규정하고 있지 않는 한, 이 사건 주식비율규정의 적용시 평가대상자산 및 평가방식을

「상속세 및 증여세법 시행령」제55조

제1항의 순자산가치를 계산하는 방법과 달리 볼 합리적인 이유를 찾기 어려워 보인다.

다) 또한, 이 사건 주식비율규정은 어떠한 법인이 손익조작을 통하여 주식가치를 왜곡평가하는 것을 방지하기 위하여 당해 법인의 자산 중 주식이 일정비율을 초과할 경우 해당 법인의 주식을 순자산가치로만 평가하겠다는 취지로 신설된 것인데, 도급공사 등과 같은 용역의 제공에서 발생하는 기간손익의 왜곡을 방지하기 위한 규정인

「법인세법 시행령」제69조

에 따라 신축ㆍ분양 중인 건물과 부수토지를 진행률에 비례하여 분양원가로 인식하였다고 하여 이를 법인의 자산이 아니라고 할 수는 없어 보인다.

라) 결국, 법인이 선택한 회계처리기준과 관계 없이 평가대상이 되어야 하는 분양자산과 이를 원인으로 하여 법인이 통제하고 있는 현금 등을 별개의 자산으로 각기 평가하였다고 하여 이를 자산의 이중계상이라고 할 수는 없어 보이고, 손익인식기준 등 각 법인이 채택한 회계처리방법에 따라 「상속세 및 증여세법」상 평가를 달리하여야 한다는 명문의 규정도 없으므로 이와 다른 전제에 선 청구인들의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) OOO아파트의 임차인들이 주-DDD과 체결한 임대차계약서 및 매매예약합의서, 「임대주택법」의 관련 규정, 청구인들의 OOO아파트의 가치산정내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

1) 주-DDD은 주택신축ㆍ분양을 주업으로 하는 시행사로서 OOO로부터 OOO 공공임대주택 용지를 낙찰 받아 OOO아파트를 신축ㆍ임대(2015.4.6. 화성시장으로부터

「주택법」제16조

에 따른 주택건설사업계획을 승인받았음)하였는데, 위 OOO아파트는 「임대주택법」에 따라 주거취약층에게 내집 마련의 기회를 부여하기 위하여 일정한 의무임대기간이 지난 후 저렴한 가격에 분양받을 수 있는 공공건설임대주택이다.

2) 주-DDD은 2015.5.20.부터 2015.10.16.까지 OOO아파트의 모든 임차인들과 전환임대조건(

「임대주택법 시행령」제21조

제1항에 따른 표준임대보증금 및 표준임대료에서 임대보증금을 높이고 월임차료를 낮추는 방식)으로 임대차계약을 체결하였는데, OOO아파트의 임차인 이AA가 주-DDD과 체결한 임대차계약서의 주요 내용은 아래 ＜표11＞과 같다.

＜표11＞ 주-DDD과 임차인 이AA가 체결한 임대차계약서

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3) 주-DDD은 OOO아파트의 임차인들과 위 ＜표11＞의 계약서를 작성하면서 동시에 별도의 매매예약합의서(아래 ＜표12＞ 참조, 이하 “쟁점매매예약합의서”라 한다)를 체결하였는데, 쟁점매매예약합의서에 따르면 계약의 목적은 임차인의 요청으로 분양전환에 대하여 분양전환금액을 확정하고 분양전환계약에 관한 상호합의를 위한 것이고, 임차인이 쟁점매매예약합의금 외 쟁점매매예약합의금 및 5년선납임대료를 납부할 것을 계약성립의 요건으로 하며, 쟁점매매예약합의금 및 5년선납임대료의 경우 쟁점임대보증금과 달리 「임대주택법」따른 보증의 대상이 되지 않는다는 등의 내용이 기재되어 있다.

＜표12＞ 쟁점매매예약합의서 주요 내용

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4) 청구인들은 이 사건 합병 당시 OOO아파트의 자산가치를 OOO원[= 세대수 × (쟁점임대보증금 + 연임대료 ÷ 0.12)]으로 평가하는 등 하여 CCC-주의 주식가치를 산정하였다가, 이 건 심판청구를 제기하면서 쟁점매매예약합의금 역시 그 실질이 임대보증금이므로 임대료등환산가액산식의 ‘임대보증금’ 항목에 포함시켜 OOO아파트의 가액을 OOO원[= 세대수 × (쟁점임대보증금 + 쟁점매매예약합의금 + 연임대료 ÷ 0.12), 아래 ＜표13＞ 참조]으로 평가하여야 한다고 주장하고 있다.

＜표13＞ 청구법인의 새로운 임대료등환산가액 산정내역

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(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구인들은 임대료등환산가액산식에 따라 공공건설임대주택인 OOO아파트의 가치를 평가함에 있어서 쟁점임대보증금과 실질이 동일한 쟁점매매예약합의금을 위 산식의 ‘임대보증금’ 항목에 가산하여야 한다고 주장하나,

「임대주택법 시행령」제21조

는 공공건설임대주택 중

「주택법」제16조

에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 임대주택의 경우 국토교퉁부장관이 정하여 고시하는 임대보증금 및 임대료를 초과할 수 없다고 규정하고 있는 점, 쟁점매매예약합의서(제8조 제4항)에도 쟁점매매예약합의금의 경우 쟁점임대보증금과 달리 대한주택보증공사의 보증대상이 아니라고 기재되어 있는 점 등에 비추어 「임대주택법」상 정해진 임대보증금을 초과한 쟁점매매예약합의금을 쟁점임대보증금과 동일하다고 보기 어려운바,

「상속세 및 증여세법」제61조

제5항 및 같은 법 시행령 제50조 제7항이 임대료등환산가액산식의 ‘임대보증금’ 항목에 가산할 보증금에 대해서 달리 규정하고 있지 않는 한 OOO아파트의 자산가치를 평가함에 있어 쟁점임대보증금을 위 항목에 가산하는 것은 조세법률주의의 엄격해석원칙에 반한다고 할 것이므로 이와 다른 전제에 서 있는 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 주- EEE의 쟁점토지에 관한 감정평가서, 쟁점토지의 매매계약서, 쟁점사업권의 양도ㆍ양수계약서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

1) OOO는 2014.3.12. 이 사건 택지개발공사의 사업자선정을 위한 입찰공고(305세대의 임대아파트를 신축ㆍ분양하는데 사용되는 것으로 용도가 정해진 쟁점토지를 매입하고, 도급공사비 중 일부를 위 토지 매입대금과 상계처리하는데 동의한 사업자를 입찰순위 1순위로 한다고 기재되어 있음)를 하였고, 청구법인은 2014.4.4. 도급액 OOO원(부가가치세 제외)에 최저가로 투찰하여 1순위 사업자로 선정되었다.

2) 청구법인과 OOO는 2014.4.4. 이 사건 택지개발공사의 사업비 분담 등에 관한 실시협약을 체결하면서 이와 별도로 쟁점토지에 관한 매매계약서(아래 ＜표14＞ 참조)를 체결하였는데, 매매계약서 상 매매대금은 OOO원이고, 청구법인이 쟁점토지를 정해진 용도에 따라 사용하여야 한다고 기재되어 있다.

＜표14＞ 청구법인과 OOO의 쟁점토지에 관한 매매계약서

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3) 청구법인은 2017.2.17. OOO으로부터 쟁점토지 상에 304세대의 공동주택 건설사업계획(아래 ＜표15＞ 참조)을 승인받았다.

＜표15＞ OOO의 사업계획승인내역

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4) 청구법인은 2017.4.7. 주- EEE에 쟁점토지에 관한 감정평가를 의뢰하였고, 주- EEE은 2017.4.10.을 기준으로 감정평가액이 OOO원이라고 평가하였는데, 그 주요내용은 아래 ＜표16＞와 같다.

＜표16＞ 주- EEE의 쟁점토지 감정평가서의 주요내용

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5) 2017년 3월 경 작성된 청구법인의 내부자료에 따르면 청구법인은 쟁점토지에 직접 아파트를 신축ㆍ분양할 경우 차입금 증가 등으로 부채비율이 급격히 상승하여 관공사 수주에 악영향을 받을 수 있다고 판단하여 쟁점토지의 매각을 검토한 것으로 나타난다(위 검토서에는 쟁점토지의 매각이 특수관계자간 거래이므로 세법상 불이익을 받지 않도록 감정평가 등을 통하여 시가로 거래해야 한다는 내용이 기재되어 있음). 청구법인은 위 검토내용에 따라 OOO의 동의를 받아 주-BBB에 쟁점토지의 매수인 지위를 쟁점토지가액과 동일한 가액(OOO원)에 양도하기로 하고 주-BBB과 쟁점토지 매수인 지위 승계계약서를, OOO 및 주-BBB과 권리의무승계계약서를 각 작성하였고, 이와 별도로 주-BBB에 쟁점토지 상 공동주택 사업권(쟁점사업권)을 양도하기로 하는 내용의 쟁점사업권 양도ㆍ양수계약서(계약서 작성일이 2017.4.7.로 되어 있음, 아래 ＜표17＞ 참조)를 체결하였는데, 위 쟁점사업권 양도ㆍ양수계약서에는 쟁점사업권의 양도가액이 OOO원(쟁점감정가액 OOO원에서 쟁점토지 양도가액 OOO원을 차감한 금액)이라고 되어 있다.

＜표17＞ 쟁점사업권의 양도ㆍ양수계약서

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6) 청구법인은 주-BBB에게 쟁점사업권을 쟁점사업권①금액(OOO원)에 양도한 후 여기서 선급비용(OOO원)을 차감한 나머지 금액(OOO원)을 손익계산서상 사업권처분이익으로 계상하여 2017사업연도의 당기순이익을 산정하고 이에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하였고, 조사청은 ‘이 사건 택지개발공사 총예정원가와 이 사건 택지개발공사 도급액의 차액’에 해당하는 OOO원이 쟁점사업권의 시가라고 보아 청구법인이 주-BBB에게 쟁점사업권을 OOO원(=OOO원-OOO원)만큼 저가에 양도한 것으로 판단하였다.

7) 한편, 청구법인은 OOO와의 2014.4.4.자 계약에 따라 주-BBB에게 쟁점토지 및 쟁점사업권을 양도한 후에도 2019년 1월경까지 이 사건 택지개발공사를 진행ㆍ완료하였으며, 위 공사로 OOO원의 손실이 발생하였다. 주-BBB은 쟁점토지 및 쟁점사업권을 양수한 후 2017.5.25. 쟁점토지 상에 304세대 공동주택(임대의무기간 10년의 공공임대주택)의 분양공고를 하였는데, 위 분양공고문에는 입주자 모집 공고 당시의 주택가격이 아래 ＜표18＞과 같이 기재되어 있다.

＜표18＞ 입주자 모집공고 당시 주택가격

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(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1) 처분청(OOO서장)은 주- EEE이 쟁점사업권만을 별도로 평가한 사실이 없으므로 청구법인이 쟁점사업권의 시가를 쟁점사업권①가액으로 본 것은 정당하지 않고, 이 사건 택지개발공사로 청구법인이 입게 되는 손실이 쟁점사업권 시행을 위한 필요불가결한 투입비용으로 자산화대상임을 감안할 때

「상속세 및 증여세법」제64조

제1호에 따라 그 손실액인 쟁점사업권②가액이 곧 쟁점사업권의 취득가액으로서 시가에 해당한다는 의견이다.

2) 그러나, 처분청(OOO서장)은 공동주택사업용 토지를 수주하기 위하여 저가입찰하는 관행에 따라 택지개발공사로 손실이 발생할 것이고, 공동주택시행사들은 위와 같은 손실을 주택신축ㆍ판매사업권의 시행으로 발생하는 수익으로 보전할 것이라는 가정적 상황에 근거하고 있는 점, 설령 택지개발공사로 손실이 발생한다고 하더라도 그 손실 상당액을 조성원가로 해당 택지의 취득가액으로 볼 여지는 있을 수 있어도 손실액이 곧 주택신축ㆍ판매사업권의 시가에 해당한다고 해석할 수 있는 관련 규정이 없어 보이는 점,

「상속세 및 증여세법」제64조

가 무체재산권의 가액을 ‘재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비를 뺀 금액’(제1호)과 ‘장래의 경제적 이익 등을 고려하여 평가한 금액’(제2호) 중 큰 금액으로 한다고 규정하고 있음에도 처분청(OOO서장)이 위 제2호에 따라 금액을 평가하여 제1호의 금액과 비교한 사실도 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점사업권②가액을 쟁점사업권의 시가라고 할 수는 없다고 판단된다.

3) 따라서, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 관한 주장ㆍ입증책임은 부당행위계산 부인을 적용하는 과세관청에 있는 점(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등 참조)을 감안할 때, 비록 쟁점사업권만의 독자적인 가치가 있고, 주- EEE의 쟁점토지에 대한 감정평가액에 쟁점사업권의 가치가 포함되어 있는지 여부가 불분명하다고 하더라도 처분청(OOO서장)이 쟁점사업권②가액을 쟁점사업권의 시가라고 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인규정을 적용하여 한 이 사건 법인세부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제80조의2

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법

제38조(합병에 따른 이익의 증여) ① 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인 간의 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인의 대통령령으로 정하는 대주주등(이하 이 조 및 제39조의2에서 “대주주등”이라 한다)이 합병으로 인하여 이익을 얻은 경우에는 그 합병등기일을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 대주주등의 증여재산가액으로 한다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다.

② 제1항의 경우에 합병으로 인한 이익을 증여한 자가 대주주등이 아닌 주주등으로서 2명 이상인 경우에는 주주등 1명으로부터 이익을 얻은 것으로 본다.

③ 제1항을 적용할 때 합병으로 인한 이익의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제61조(부동산 등의 평가) ⑤ 사실상 임대차계약이 체결되거나 임차권이 등기된 재산의 경우에는 임대료 등을 기준으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

제64조(무체재산권의 가액) 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 「법인세법」상의 감가상각비를 뺀 금액

2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액

제66조(저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권, 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산

2. 양도담보재산

3. 전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산을 포함한다)

(2) 상속세 및 증여세법 시행령

제28조(합병에 따른 이익의 계산방법 등) ② 법 제38조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대주주등”이란 해당 주주등의 지분 및 그의 특수관계인의 지분을 포함하여 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 1 이상을 소유하고 있거나 소유하고 있는 주식등의 액면가액이 3억원 이상인 주주등(이하 이 조 및 제29조의2에서 “대주주등”이라 한다)을 말한다.

③ 법 제38조 제1항에 따른 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 합병대가를 주식등으로 교부받은 경우 : 가목의 가액에서 나목의 가액을 차감한 가액에 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수를 곱한 금액

가. 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액

나. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액 × (주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병전 주식등의 수 ÷ 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수)

⑤ 제3항 제1호 가목을 적용할 때 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액은 합병 후 신설 또는 존속하는 법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 그 주권이 같은 법에 따른 증권시장에서 거래되는 법인(이하 “주권상장법인등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 호의 가액 중 적은 가액으로 하며, 그외의 법인인 경우에는 제2호의 가액으로 한다.

1. 법 제63조 제1항 제1호 가목에 따라 평가한 가액

2. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액을 합한 가액을 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수로 나눈 가액. 이 경우 합병직전 주식등의 가액의 평가기준일은

「상법」 제522조의2

에 따른 대차대조표 공시일 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제119조 및 같은 법 시행령 제129조에 따라 합병의 증권신고서를 제출한 날 중 빠른 날(주권상장법인등에 해당하지 아니하는 법인인 경우에는

「상법」 제522조의2

에 따른 대차대조표 공시일)로 한다.

⑥ 제3항 제1호 나목에 따른 1주당 평가가액과 제5항에 따른 합병직전 주식등의 가액은 법 제60조 및 제63조에 따라 평가한 가액에 따른다. 다만, 주권상장법인등의 경우 법 제60조 및 제63조 제1항 제1호 나목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액(제3항 제1호의 계산식에 따라 계산한 차액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 법 제60조 및 제63조 제1항 제1호 가목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액보다 적게 되는 때에는 법 제60조 및 제63조 제1항 제1호 나목의 방법에 따라 평가한다.

제50조(부동산의 평가) ⑦ 법 제61조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액”이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “임대료 등의 환산가액”이라 한다)을 말한다.

(1년간의 임대료 ÷ 기획재정부령으로 정하는 율) + 임대보증금

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(

「소득세법」 제94조

제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조 제1항 제1호 나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고

「법인세법 시행령」 제74조

제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

3. 법인의 자산총액 중

「소득세법」 제94조

제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

제55조(순자산가액의 계산방법) ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

(3) 상속세 및 증여세법 시행규칙

제15조의2(임대가액의 계산) 영 제50조 제7항에서 “기획재정부령으로 정하는 율”이란 100분의 12를 말한다.

(4) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」 제38조

ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및

「조세특례제한법」 제101조

를 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」 제63조

제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,

「상속세 및 증여세법」 제63조

제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(6) 임대주택법

제20조(임대주택의 임대 조건 등) ① 임대주택의 임차인의 자격, 선정 방법, 임대보증금, 임대료 등 임대 조건에 관한 기준은 대통령령으로 정한다.

② 임대주택의 임대사업자가 임대보증금 또는 임대료의 증액을 청구하는 경우(갱신 및 신규계약을 포함한다)에는

「주택임대차보호법」 제7조

로 정한 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 전세가격 변동률 등을 고려하여야 한다.

④ 임대사업자가 임대보증금과 임대료를 상호전환하고자 하는 경우에는 해당 주택의 건설을 위한 국민주택기금 융자금 및 저당권 등 담보물권 설정금액 등 대통령령으로 정하는 사항을 임차인에게 알려주어야 한다.

⑦ 제4항에 따른 정보제공의 방법 및 제5항에 따른 분할납부를 위한 이율과 분할회수, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 임대주택법 시행령

제21조(임대주택의 임대보증금 및 임대료) ① 공공건설임대주택 중

「주택법」 제16조

에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 임대주택의 최초의 임대보증금 및 임대료는 국토교통부장관이 정하여 고시하는 표준임대보증금 및 표준임대료를 초과할 수 없다. 다만, 제13조 제5항제1호ㆍ제3호 및 제22조 제3항에 따른 공공건설임대주택의 임대료와 장기전세주택으로 공급하는 공공건설임대주택의 최초의 임대보증금에는 이를 적용하지 아니한다.

② 국토교통부장관은 제1항에 따른 표준임대보증금 및 표준임대료를 산정할 때에는 임대주택과 그 부대시설에 대한 건설원가, 재정 및 주택도시기금 지원비율, 해당 임대주택 주변지역의 임대보증금 및 임대료 수준, 임대보증금의 보증수수료(임차인 부담분만 해당한다), 감가상각비, 수선유지비, 화재보험료, 주택도시기금의 융자금에 대한 지급이자, 대손충당금 및 제세공과금 등을 고려하여야 한다. 이 경우 임대주택의 건설원가는 국토교통부령으로 정하는 산정기준에 따라 산출한 가격을 말한다.

③ 제1항에 따른 공공건설임대주택의 최초 임대보증금과 임대료는 같은 항에도 불구하고 임차인의 동의가 있는 경우에는 임대차계약에 따라 상호전환할 수 있다. 이 경우 최초의 임대보증금은 해당 임대주택과 그 부대시설에 대한 건설원가(제2항 후단에 따른 건설원가를 말한다)에서 주택도시기금의 융자금을 뺀 금액을 초과할 수 없다.

④ 제22조 제3항에 따른 임대주택의 임대료는 임차인이 미리 납부한 분양전환가격에 해당하는 금액(이하 “분양전환금”이라 한다) 등을 고려하여 국토교통부장관이 따로 정하여 고시하는 표준임대료를 초과할 수 없다.

(8) 택지개발촉진법

제19조의2(택지의 전매행위 제한 등) ① 이 법에 따라 조성된 택지를 공급받은 자는 소유권 이전등기를 하기 전까지는 그 택지를 공급받은 용도대로 사용하지 아니한 채 그대로 전매(轉賣)(명의변경, 매매 또는 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되, 상속의 경우는 제외한다. 이하 같다)할 수 없다. 다만, 이주대책용으로 공급하는 주택건설용지 등 대통령령으로 정하는 경우에는 본문을 적용하지 아니할 수 있다.

② 택지를 공급받은 자가 제1항을 위반하여 택지를 전매한 경우 해당 법률행위는 무효로 하며, 택지개발사업의 시행자(당초의 택지공급자를 말한다)는 택지 공급 당시의 가액(價額) 및 「은행법」에 따른 은행의 1년 만기 정기예금 평균이자율을 합산한 금액을 지급하고 해당 택지를 환매할 수 있다.

(9) 택지개발촉진법 시행령

제13조의3(택지의 전매행위 제한의 특례) 법 제19조의2 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당되어 시행자의 동의를 받은 경우를 말한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제7호의 경우에는 시행자로부터 최초로 택지를 공급받은 자의 경우에만 해당한다.

9. 택지를 공급받은 자가 시행자로부터 공급받은 가격 이하로 전매하는 경우. 다만, 추첨의 방법으로 공동주택 건설용지를 공급받은 자가 잔금을 납부하기 전(잔금 납부일이 공동주택 건설용지의 공급계약일부터 2년을 초과하는 경우에는 2년이 지나기 전을 말한다)에 해당 공동주택 건설용지를 전매하는 경우(부실징후기업이거나 부도 또는 그 밖에 이와 유사한 사유로 주택건설사업 추진이 어려워 전매하는 경우는 제외한다)는 제외한다.