조심2011서2364 (2012.07.11)

OOO세무서장이 2011.4.1. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도 OOO, 2008사업연도 OOO, 2009사업연도 OOO의 부과처분은 1.사업용 소프트웨어 구입비 OOO에 대한 관련세액 OOO을 임시투자세액으로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 증권·선물 유관기관과 증권·선물회사 등을 주요 고객으로 하여 증권 파생상품 시장 전산화서비스, IT인프라서비스, 금융정보서비스, 증권 파생상품 업무 전산화서비스 등을 제공하는 컴퓨터프로그래밍·시스템 통합 및 관리업(구 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관리업)을 영위하고 있는 법인이다. 나.청구법인은 임시투자세액으로 2005사업연도 투자금액 OOO에 대하여 OOO, 2006사업연도 투자금액 OOO에 대하여 OOO, 2007사업연도 투자금액 OOO에 대하여 OOO, 2008사업연도 투자금액 OOO에 대하여 OOO, 2009사업연도 투자금액 OOO에 대하여 OOO을 세액공제하여 법인세를 신고하였다. 다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2010년 8월 ‘감면법인 개별분석 사후관리계획’에 따라 국세청 시달 임시투자세액 공제법인 중 사후관리 대상자로 선정된 청구법인에게 ‘법인세 감면신청에 대한 해명자료 제출 안내문’을 발송하고 청구법인이 제출한 소명자료를 검토한 결과, ① 청구법인이 2005～2009사업연도 소프트웨어 투자금액으로서 2007～2009사업연도에 임시투자세액 공제대상으로 신고한 ‘사업용 소프트웨어 구입비’ OOO(이하 “쟁점①금액”이라 한다)은 외부에서 단순 구입한 소프트웨어 구입비가 아니라 외부에 위탁하여 자체개발한 소프트웨어 개발비로서, 무형고정자산인 ‘개발비’로 계상하여 연구인력개발비 신청을 하여야 함에도 청구법인이 ‘기타의 무형자산’으로 계상하여 임시투자세액공제 신청을 한 것은 잘못이라 하여 관련세액OOO의 공제를 배제하였고, ② 청구법인이 2008사업연도에 전산실을 구축하면서 차세대시스템중개소 관련 전력설비비, UPS설치비, 항온항습기 설치비 등으로 지급한 OOO(이하 “쟁점②금액” 이라 한다)은 건축물의 부속설비를 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 회계처리하여 감가상각하는 경우 공제대상 사업용 자산이 아니라 하여 관련세액OOO의 공제를 배제하였으며, ③ 2008사업연도 투자완료분을 2009사업연도에 3% 과다공제한 세액 OOO 등을 적출하여 과세자료로 통보하였고, 처분청은 2011.4.1. 청구법인에게 법인세 2007사업연도 OOO, 2008사업연도 OOO, 2009사업연도 OOO을 각 경정·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점①금액에 대하여(소프트웨어 투자금액) (가) 청구법인은 쟁점①금액으로 취득한 자산(이하 “쟁점소프트웨어”라 한다)을 기업회계기준상 기타의 무형자산, 법인세법상 업종별 자산으로 계상하였고, 다수의 감사인들도 이에 대하여 적정의견을 표시하였는 바, 쟁점①금액이 기업회계기준 및 법인세법상 개발비 요건을 충족하였다고 볼 수 없는데도, 청구법인이 개발비로 계상하지도 아니한 쟁점①금액에 대하여 처분청이 이를 개발비에 해당된다 하여 이에 대한 임시투자세액 공제를 배제한 것이므로 부당하다. (나) 도급계약에 의한 소프트웨어의 공급은 공급대상 목적물인 소프트웨어를 가시적으로 확인할 수 있는 물리적 실체가 없다는 특성을 제외하고는 통상적인 도급계약 또는 제작물 인도계약 등과 동일한 것이므로 법인의 직접적인 수익창출을 위해 도급계약의 형태로 취득한 사업용 소프트웨어 투자액은 임시투자세액공제의 적용대상인대도, 처분청이 청구법인의 시스템투자계약서 또는 사업용 소프트웨어 투자계약서 중 일부 금액에 대하여 ‘개발용역’이라고 표현되었다는 이유만으로 이를 내부 개발에 준하는 ‘개발비’와 동일한 개념으로 오인한 결과, 처분청이 동일한 소프트웨어 투자금액 중 일부 금액에 대하여만 사업용 자산이 아니라고 보는 것은 쟁점소프트웨어 공급형태의 실질을 무시한 부당한 처분이다. (2)쟁점②금액에 대하여(건축물 부속설비 투자금액) 청구법인은 구 「법인세법 시행규칙」 별표 5의 단서 규정에 따라 쟁점②금액으로 취득한 자산(이하 “쟁점설비”라 한다)을 건물과 구분하여 업종별 자산으로 계상하였는바, 이는 건축물 부속설비가 사실상 기계장치의 성격 즉, 임시투자세액공제 적용대상 사업용 자산에 준하는 것임을 고려한 것이며, 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 적용한 건축물 부속설비를 임시투자세액공제 대상 사업용 자산에서 제외하도록 개정된 「조세특례제한법 시행규칙」 별표1은 2009사업연도 이후에 적용되는 것임을 고려할 때, 처분청이 구 「조세특례제한법 시행규칙」 제14호에 명문화된 사업용 자산의 범위 규정을 무시하고, 청구법인이 2008사업연도에 업종별 자산으로 구분하여 계상한 쟁점설비에 대하여 임시투자세액 공제를 배제한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점①금액에 대하여 (가) 외부에서 단순 구입한 소프트웨어의 경우 유형자산에 해당하며 직접 수익창출에 사용되는 경우 업종별 자산으로서 임시투자세액공제가 가능하지만, 외부용역 등의 방법으로 자체 개발한 소프트웨어의 경우 직접 수익창출에 사용되는 경우에는 무형자산인 개발비에 해당하고, 그 외의 경우에는 유형자산인 기구 및 비품에 해당하며, 자산 인식조건을 미충족한 경우에는 당기 손금으로 처리하는 것이므로 자체 개발 소프트웨어의 경우에는 임시투자세액공제를 적용 받을 수 없는 것이며, 쟁점소프트웨어는 외부용역에 의하여 자체 개발한 소프트웨어에 해당되므로 임시투자세액 공제대상 소프트웨어가 아니다. (나) 개발비에 해당하는 금액을 감가상각자산으로 계상하지 아니한 경우에는 당해 금액의 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하는 것이지만, 감가상각자산으로 계상한 개발비의 경우 상각범위액의 범위안에서 당해 사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하여, 개발비의 감가상각 규정을 준용하는 것이므로, 비록 청구법인이 ‘개발비’를 ‘기타의 무형자산’으로 계상하여 상각하였다 할지라도 임시투자세액 공제를 받을 수는 없다. (2)쟁점②금액에 대하여 「법인세법 시행규칙」 별표5 제2호 단서의 규정에 따라 건축물의 부속설비를 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 회계처리 하고, 같은 법 시행규칙 별표6의 업종별 자산 기준내용연수에 따라 감가상각하는 경우, 당해 부속설비는 「조세특례제한법 시행규칙」제14조 각 호 외의 부분 본문에서 규정하는 사업용 자산에 해당하지 아니하는 것(법인-4071, 2008.12.8. 참조)이므로 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점①금액과 쟁점②금액을 임시투자세액 공제대상 지급액으로 볼 수 있는지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점 ①금액에 대하여, 조사청의 해명사항 검토조서 등에 의하면 청구법인이 구입한 서버, 통신장비, 사업용 S/W 등은 대부분 사업용 자산으로 공제대상 자산에 해당되지만, 퇴직연금시스템 구축시 시스템 개발비 등으로 ‘기타의 무형자산’으로 계상한 금액, 즉 자체개발 소프트웨어에 해당되어 직접 수익창출에 사용되는 개발비인 무형자산으로 임시투자세액 공제가 불가능한 부당 공제분에 해당된다며 임시투자세액공제 부인한 명세와 판단 근거는 다음과 같다. OOO (2) 청구법인이 제출한 쟁점②금액에 대한 ‘ KRX 차세대 시스템 중계소(부산) 구축공사’ 계약서에 의하면 계약명 krx 부산 데이터중계소 구축공사 계약, 계약내역 전기공사 외(세부내역 별첨), 계약금액 OOO 등이 기재되어 있다. (3) 조세특례제한법 제26조 와 같은 법 시행령 제23조에서 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 컴퓨터프로그래밍ㆍ시스템통합 및 관리업 등을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2010년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에 대한 투자만 해당한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제하고, 같은 법 시행규칙 제14조와 제3조에서 기획재정부령이 정하는 사업용자산이라 함은 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산으로 되어 있으며, 법인세법 제23조 및 같은 법 시행령 제24조에서 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하며, 여기에서 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등으로 유형고정자산으로 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물, 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품 등이며, 무형고정자산으로 개발비(상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것) 등으로 되어 있으며, 같은 법 기본통칙 23-23...9에서 영 제26조 제1항 제6호 및 제4항 제4호의 규정은 법인이 무형고정자산인 개발비로 계상한 경우에 한하여 적용하는 것이므로, 법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하며, 무형고정자산으로 계상한 개발비는 법 제23조 제1항의 규정에 의하여 법인이 각사업연도에 손금으로 계상한 경우에 한하여 상각범위액의 범위안에서 당해 사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입한다고 되어 있으며, 한편 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산은 같은 법 시행규칙 별표 2의 시험연구용 자산, 별표 3의 무형고정자산 및 별표 5의 건축물 등을 제외한 모든 자산에 대하여 적용하는 것이며, 동 별표 6에서 업종별 자산이란 한국표준산업분류상 해당 업종에 사용되는 자산인지 여부로 판단하는 바, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업에 사용되는 자산에 대하여는 기준내용연수 5년을 적용하여 감가상각 하도록 별표 6에서 규정하고 있다. (4) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, (가) 쟁점①금액에 대하여, 조사청은 외부에서 단순 구입한 소프트웨어의 경우 유형자산에 해당하며 직접 수익창출에 사용되는 경우 업종별 자산으로서 임시투자세액공제가 가능하지만, 외부용역 등의 방법으로 자체 개발한 소프트웨어의 경우 직접 수익창출에 사용되는 경우에는 무형자산인 개발비에 해당하며, 쟁점소프트웨어는 외부용역에 의하여 자체 개발한 소프트웨어에 해당되므로 임시투자세액 공제대상 소프트웨어가 아니며, 감가상각자산으로 계상한 개발비의 경우 상각범위액의 범위안에서 당해 사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하며, 비록 청구법인이 개발비를 기타의 무형자산으로 계상하여 상각하였다 할지라도 임시투자세액 공제를 받을 수는 없다는 취지의 주장을 하고 있으나, 법인세법상 무형자산인 개발비라 함은 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 자산계상한 것을 말하며, 임시투자세액공제를 적용받기 위해서는 구 조특법 시행령 제23조 제1항에서 열거하고 있는 업종을 영위함과 동시에 구 조특법 시행규칙 제14호에서 규정하고 있는 사업용 자산에 투자하여야 하는 바, 처분청은 쟁점소프트웨어를 청구법인이 자체개발했다고 주장하나 처분청의 임시투자세액 공제부인 명세를 보면 상당한 수의 거래처가 나타나는데 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 각 거래처마다 적용하여 자체개발했다고 보기에는 어려운 점 등으로 보아, 쟁점 소프트웨어는 청구법인의 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업에 직접 사용되는 자산으로서 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산에 해당하므로 임시투자세액공제의 적용대상이 되는 사업용 자산에 해당된다 할 것이다(국세청 질의회신 법인세과-2526, 2008.9.19. 외 다수 참조). (나) 쟁점②에 대하여, 청구법인은 구 「법인세법 시행규칙」 별표 5의 단서 규정에 따라 쟁점②금액으로 취득한 자산(이하 “쟁점설비”라 한다)을 건물과 구분하여 업종별 자산으로 계상하였는바, 이는 건축물 부속설비가 사실상 기계장치의 성격 즉, 임시투자세액공제 적용대상 사업용 자산에 준하는 것임을 고려한 것이며, 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 적용한 건축물 부속설비를 임시투자세액공제 대상 사업용 자산에서 제외하도록 개정된 「조세특례제한법 시행규칙」 별표1은 2009사업연도 이후에 적용되는 것임을 고려할 때, 처분청이 구 「조세특례제한법 시행규칙」 제14호에 명문화된 사업용 자산의 범위 규정을 무시하고, 청구법인이 2008사업연도에 업종별 자산으로 구분하여 계상한 쟁점설비에 대하여 임시투자세액 공제를 배제한 것은 부당하다는 취지의 주장을 하고 있으나, 법인이「법인세법 시행규칙」별표5 제2호 단서의 규정에 따라 건축물의 부속설비를 건축물과 구분하여 업종별자산으로 회계처리하여 같은 법 시행규칙 별표6의 업종별자산 기준내용연수에 따라 감가상각하는 경우 당해 부속설비는 「조세특례제한법 시행규칙」제14조 각 호 외의 부분 본문에서 규정하는 사업용자산에 해당하지 아니하는 것이며, 청구법인의 쟁점설비는 조세특례제한법 시행규칙」제14조 각 호 외의 부분 본문에서 규정하는 사업용자산에 해당하지 아니하는 것으로 처분청의 부과처분은 잘못이 없다 하겠다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.