조심 2021중0938 (2022.09.01)

OOO서장이 2020.5.6. 청구법인에게 한 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급청구 관련 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO에서 산업기계 제조업을 영위하고 있는 법인이다. 나. 처분청은 2019.12.17.부터 2020.3.20.까지 청구법인의 2017년 제2기～2019년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 조사를 실시하여, 청구법인이 주식회사 AAA OOO지사(이하 “쟁점매출처”라 한다)에 발급한 세금계산서 2매(공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)와 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다) 등 7개 업체(이하 “쟁점매입처들”이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 17매(공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 발급.수취한 가공세금계산서로 보아 관련 매출을 감액하고 매입세액을 불공제하는 내용으로 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2020.5.6. ＜별지＞와 같이 청구법인에게 2017년 제2기부터 2019년 제1기까지 부가가치세를 환급 및 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.31. 이의신청을 거쳐 2020.12.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점매출세금계산서는 청구법인이 쟁점매출처의 공장시설에 대한 대수선 보수공사와 관련하여 용역을 제공하고 쟁점매출처에 발급한 세금계산서이므로 처분청에서 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없이 발급한 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 쟁점매출처는 2017년 6월경 OOO시에 소재한 폐기물처리업 허가공장(이하 “OOO공장”이라 한다)을 경매로 인수한 후, 청구법인은 쟁점매출처와의 계약을 통해 OOO공장에 대한 건물(공장동 4개, 사무동 2개), 방치된 폐기계 및 공장시설에 대한 대수선 보수공사를 하고 폐타이어를 가공하여 철심과 고무를 분리하는 공장생산라인의 기계설치공사 등을 진행하였다. 처분청이 부인한 쟁점매출세금계산서 관련 공사가 공장생산라인의 기계설치공사와 관련된 것으로 보아 기계설치공사임에도 공사관련 자재의 매입이 확인되지 않는다는 이유로 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없이 발행한 가공세금계산서로 보았으나, 쟁점매출세금계산서는 기계설치공사가 아니라 그 전에 실시한 대수선 보수공사이고 이와 관련된 매입도 OOO원이 확인된다. (나) 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점매출처에 공급한 것으로 신고한 2017년 제2기 공급대가 OOO원과 관련하여 쟁점매출처에서 청구법인에 입금한 OOO원(이하 “쟁점입금액”이라 한다)을 청구법인은 직접 또는 CCCㆍDDD을 거쳐 쟁점매출처에 재입금한 사실을 확인하고 이를 거래대금의 반환으로 판단하여 쟁점매출세금계산서를 가공세금계산서로 확정하였으나, 청구법인이 쟁점매출처로부터 받은 대금 중 쟁점입금액을 CCC의 계좌 등을 통해 쟁점매출처로 다시 이체한 이유는 현재 쟁점매출처의 대표이사이나 2008년 당시 청구법인의 대표이사였던 CCC이 개인자금을 투입하여 청구법인의 OOO소재 공장(이하 “OOO공장”이라 한다) 등을 법인명의로 구입하였던바, 청구법인이 현 대표이사 DDD의 계좌 등을 경유하여 CCC의 가수금을 반제한 것이다. CCC은 동 가수금을 회수하여 OOO공장을 경매취득 후 대규모 공장기계 시설공사에 따른 자금경색으로 어려움을 겪고 있던 쟁점매출처에 자금을 대여한 것이다. (2) 청구법인은 세무조사 당시 쟁점매입처들과의 거래와 관련하여 하도급 계약서, 현장공사사진 등 필요한 서류를 제출하고 관련내용을 처분청에 설명하였으나 처분청은 단지 금융계좌 상에 대금결제가 확인되지 않는다는 하나의 이유만으로 쟁점매입세금계산서를 가공거래에 의한 사실과 다른 세금계산서로 확정하였다. 공사관련 업무를 수행할 때에는 공사진행의 검수과정에서 불량이나 하자가 발생하며, 이러한 상호간 분쟁으로 인하여 대금지급이 지연ㆍ중지되거나 현금지급을 하는 경우가 발생하므로 처분청이 대금결제 내역을 확인하지 못하였다는 이유만으로 가공거래로 확정한 것은 실제 공사관련 업무의 현실을 파악하지 못하고 내린 잘못된 결정이다. (3) 처분청의 의견에 대하여 청구법인의 추가 항변은 다음과 같다. (가) 앞서 설명한바와 같이, 쟁점매출세금계산서는 쟁점공장의 시설설치공사가 아니고 그 전단계인 OOO공장의 공장건물, 사무동 6개동 및 폐기계ㆍ공장시설의 수선ㆍ보수공사에 대하여 발급한 것이며, 관련 매입자료는 2017년에 신고한 매입세금계산서합계표에 기재되어 있다. (나) 쟁점입금액과 관련하여, 쟁점입금액은 2008년 당시 청구법인의 대표였던 CCC이 청구법인 명의로 대신 구입한 OOO공장과 관련된 회계처리 및 CCC이 2016.3.21. 청구법인 명의로 취득한 OOO의 부동산과 관련된 회계처리를 반영하면서 토지ㆍ건물 자산계정을 증액하고 대표자 가수금 계정도 늘렸으므로 쟁점입금액에 대하여 필요한 회계처리를 하였다. 이는 OOO공장에 대한 시설공사 등으로 자금경색을 겪었던 쟁점매출처에 쟁점매출처의 대표이사 및 대주주로서 부득불 자금을 대여해준 CCC에게 해당 가수금을 반제하는 과정에서 쟁점매입처로부터 받은 대금을 현 대표이사 DDD의 계좌를 경유하여 상환한 것이다. (다) 처분청이 청구법인의 대표이사 DDD을 「조세범 처벌법」위반으로 고발한 사건도 2021.6.3. OOO경찰서에서 쟁점매출세금계산서와 관련된 거래는 정상거래로 판단하였고, 쟁점매출처에서 청구법인을 거쳐 쟁점매출처로 금전이 다시 돌아간 것은 특수관계자 사이의 금전대차거래로 판단하였다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 세무조사시 쟁점매출세금계산서 관련 공사가 공장생산라인 설치공사와 관련된 것으로 소명하였으나 관련 매입내역이 없었고, 쟁점입금액이 쟁점매출처에 반환되었으므로 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없이 발급한 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 적법하다. (가) 청구법인은 처분청의 세무조사시 쟁점매출세금계산서 관련 공사에 대하여 청구법인과 쟁점매출처가 체결한 기계설치공사계약(2017.8.16.)에 따라 공사를 진행하고 기성에 따라 대금을 지급받은 것으로 소명하며 관련 기계설치공사계약서 3부를 조사 기간 중 처분청에 제출하였다. 청구법인의 위 주장은 조사기간 중 제출받은 DDD의 문답서와 청구법인이 2020.7.31. 제기한 이의신청 청구서에서 확인되나, 청구법인은 이의신청 과정에서 추가 제출한 항변서와 이 건 심판청구를 통해 쟁점매출세금계산서와 관련된 공사가 쟁점매출처의 기계설치공사가 아니라 공장시설에 대한 대수선 보수공사라며 청구주장을 번복하면서 처분청 세무조사 및 이의신청 당시 제출하지 아니하였던 계약서 3건을 추가로 제출하였다. 그러나 이는 처분청이 쟁점매출세금계산서 관련 공사가 기계설치공사임에도 관련 공사에 필요한 자재의 매입 등이 확인되지 않아 부인한 점을 반박하고자 주장을 번복한 것에 지나지 않으므로, 대수선 보수공사와 관련한 계약서는 신뢰할 수 없다. 청구법인에 대한 조사종결보고서에 의하면, 2017년 제2기 과세기간 중 청구법인의 주요 매입은 OOO OOO원, BBB OOO원, OOO OOO원(당해 과세기간 총 매입 공급가액의 96%)으로 청구법인은 문답서를 통해 위 거래처들로부터의 매입은 쟁점매출세금계산서 관련 기계설치공사와는 연관이 없다고 답변하며 오히려 매출발생이 확인되지 않는 (동추출)스펙트럼 기계제작과 관련된 것임을 밝히고 있다. (나) 청구법인은 쟁점매출세금계산서와 관련하여 청구법인이 쟁점매출처에 재입금한 쟁점입금액에 대해 조사기간 중 명확하게 소명하지 못하였다. 처분청은 금융조사를 통해 청구법인이 쟁점매출처로부터 입금받은 금액 중 OOO원(2017년 제2기 중 OOO원 재입금)이 DDDㆍCCC의 계좌를 경유하거나 직접 쟁점매출처의 계좌로 다시 재입금되는 것을 확인하였다. 당초 세무조사시 청구법인은 청구법인의 계좌에서 인출된 자금의 대부분은 DDD에 대한 가수금 반제 또는 가지급금으로 DDD은 쟁점매출처의 자금난 등으로 특수관계자인 쟁점매출처의 대표이사 CCC에게 대여해 준 금액이라고 소명하였다. 이후 청구법인은 이의신청 과정에서 청구법인 소유의 부동산(OOO 및 OOO 소재 단독주택)을 CCC의 개인자금으로 취득하였고, 이를 청구법인의 회계장부에 가수금으로 계상해 놓았다가 DDD의 계좌 또는 청구법인 계좌에서 직접 CCC의 계좌로 가수금 중 일부인 쟁점입금액을 반제하였다고 청구주장을 번복하였다. 그러나 청구법인은 CCC이 위 부동산을 개인자금으로 취득하였다는 사실을 증명할 수 있는 매매계약서, 금전대차계약서 및 CCC의 취득자금 관련 금융증빙 등 객관적인 근거서류를 제출하지 않았고, 실제 CCC의 가수금으로 위 부동산을 취득하였다고 하더라도 2008년부터 2016년까지 가수금 및 가지급금 내역에 대해서 확인할 자료도 제출하지 않았으므로, DDD 등을 통해 CCC에 대한 가수금 반제로 쟁점입금액의 반환이 이루어졌고 CCC이 다시 쟁점매출처에 대여했다는 청구주장을 인정할 수 없다. (2) 처분청은 2017년 제2기부터 2019년 제2기까지 과세기간 동안 청구법인이 쟁점매입처들에게 현금지급하였거나 미지급한 것으로 소명하여 지급여부가 확인되지 않는 OOO원을 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 수취한 것으로 판단하였다. (가) 청구법인은 쟁점매입처들 중 소액인 매입에 비하여 매출이 비정상적으로 고액인 OOO, OOO의 경우 청구법인이 이들 업체의 현장 인건비를 대신 현금으로 지급하였다고 주장하나, 청구법인은 실제 공사에 대한 공사일수, 일일작업내역, 작업자 명부 및 대금지급내역 등도 구체적으로 제시하지 못하였다. (나) 또한, 쟁점매입세금계산서 중 OOO로부터 2019년 제1기에 수취한 것에 대하여 청구법인은 2018.6.13.부터 약 OOO원을 지급하였다고 소명하면서 입금증 및 계좌이체내역을 제시하였으나, 처분청의 금융거래내역 조사결과 해당금액은 DDD의 계좌로 이체된 후 일부 가지급금으로 계상되는 등 사실과 다른 점을 확인하였다. (다) 청구법인은 쟁점매입처들 중 OOO, OOO, OOO과의 거래대금 중 미지급금 잔액에 대해서 납품자재의 불량ㆍ하자 등으로 인한 분쟁이 발생하여 지급되지 않았다고 주장하나, 실제 분쟁여부를 확인할 증빙이 제시되지 않았다. 특히, OOO의 경우에는 청구법인으로부터 입금받은 대금의 일부가 다시 CCC의 계좌에 입금된 것으로 확인되었음에도 청구법인은 이에 대한 정당한 사유를 소명하지 못하였다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 발급한 쟁점매출세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부 ② 청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다. 1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분 2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분 3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 (2) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 대표자 DDD의 사업이력 등은 다음과 같다. (가) 이의신청 결정서에 기재된 청구법인의 대표자 변경이력을 살펴보면 아래 ＜표1＞과 같이 나타난다. ＜표1＞ 청구법인 대표자 변경이력 OOO (나) 이의신청 결정서에 기재된 청구법인 대표인 DDD의 사업이력은 아래 ＜표2＞와 같이 나타난다. ＜표2＞ 청구법인 대표이사 DDD의 사업이력 OOO (다) 청구법인의 부가가치세 신고 및 처분청의 조사종결보고서에 따른 조사결과는 아래 ＜표3＞과 같고, 쟁점매출세금계산서와 관련된 부분은 2017년 제2기분에 한정되며, 2017년 제2기에는 쟁점매출세금계산서에 따른 매출세액의 감액경정에 따라 OOO원의 환급세액이 발생하였다. ＜표3＞ 청구법인의 부가가치세 신고 및 조사추징내역 OOO (2) 쟁점매출세금계산서와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청의 세무조사 당시 제출한 청구법인이 쟁점매출처와 체결한 계약서는 아래 ＜표4＞와 같고, 계약서의 제목은 “기계설치공사계약서”로 기재되어 있으며, 계약서에 첨부된 견적서에는 공사명을 “OOO공장 기계 설계, 제작, 설치, 시운전공사”로 기재하였고, 견적서 세무내용에는 “Steel Remover System 생산설비 cap: 3Ton/hr”과 같이 기계설비의 목록이 상당수 포함되어 있는 것으로 나타난다. ＜표4＞ 쟁점매출세금계산서 관련 공사계약서 내역 OOO (나) 청구법인은 쟁점매출세금계산서는 OOO공장의 기계설비 설치공사가 아니라 OOO공장의 대수선공사에 대한 세금계산서로 주장하며 아래 ＜표5＞와 같이 심판청구하면서 심리자료로 계약서를 제출하였고, 계약서에 첨부하여 견적서 및 공사현장 사진도 같이 제출하였다. ＜표5＞ 청구법인이 심리자료로 제출한 계약서 내역 OOO (다) 처분청은 2017년 제2기 과세기간 동안 청구법인이 쟁점매출처로부터 쟁점매출세금계산서와 관련한 공사대금으로 지급받은 쟁점입금액을 직접 또는 CCCㆍDDD을 거쳐 다시 쟁점매출처로 반환한 사실을 확인하였고 그 대금의 흐름은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 쟁점입금액 관련 금융거래내역 OOO (라) 청구법인은 쟁점입금액에 대하여 OOO공장과 OOO 부동산을 전 대표자 CCC의 자금으로 취득하여 CCC에 대한 가수금으로 계정별원장에 아래 ＜표7＞과 같이 계상한 금액을 상환한 것이라고 주장한다. ＜표7＞ 쟁점입금액 관련 계정별원장 내용 OOO (마) 청구법인이 전 대표 CCC이 대신 구입자금을 부담했다고 주장하는 OOO공장과 OOO 부동산의 거래내역으로 처분청에서 제출한 자료는 아래 ＜표8＞와 같다. ＜표8＞ OOO공장, OOO 부동산에 대한 거래내역 OOO (3) 쟁점매입세금계산서와 관련하여, 이의신청 결정문에 기재된 처분청이 가공거래로 확정한 사유와 이에 대한 청구법인의 정상거래 주장은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 처분청의 가공거래 확정사유 및 청구법인 주장 OOO (4) 처분청은 청구법인의 대표 DDD을 쟁점매출.매입세금계산서를 허위로 발급한 혐의로 고발하였고 OOO경찰서는 2021.6.3. 「조세범 처벌법」위반에 대한 DDD의 조사 결과 아래 ＜표10＞과 같이 “혐의없음”으로 불송치 결정을 하였으나, 검찰에서 보완수사를 지시하였다. ＜표10＞ OOO경찰서의 불송치 결정서 OOO (5) 청구법인의 체납내역을 살펴보면, 2022.6.2. 기준으로 청구법인은 2017년 제2기분을 포함하여 신고납부하는 부가가치세액에 대한 체납은 없고, 처분청이 조사에 따라 부과고지한 세액에 대한 체납만 있다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 다음과 같이 살펴본다. (가) 쟁점①과 관련하여, 감액경정처분이 행하여진 경우에는 새로이 잔액에 대하여 구체적인 조세채무를 확정시키는 것이 아니라, 당초 처분의 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과한 것으로서 납세의무자에게 이익이 되는 처분이고, 그에 의하여 감소된 세액 부분에 관하여만 법적효과를 미치는 것으로 이는 당초 처분과 별개 독립된 것이 아니고 실질적으로 당초 처분의 변경에 불과하고(대법원 2001다9137, 2003.4.11. 같은 뜻임), 나아가 납세의무자에게 불이익한 행정행위로 보기도 어려워 동 조항에 따른 불복대상 처분에 해당하지 아니한다 할 것(조심 2012중1914, 2012.6.13. 외 다수, 같은 뜻임)인바, 처분청이 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없이 발급한 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 2017년 제2기 부가가치세 과세표준 및 세액을 감액경정한 점에 비추어 쟁점매출세금계산서와 관련된 이 건 심판청구는 부적법한 청구로 판단된다. (나) 쟁점②와 관련하여, 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 금융거래 내역으로 확인되지 않는 거래가 있으나, 이는 공사과정에서 발생하는 하자 등에 대비하여 대금지급이 지연되거나 현금지급 되는 경우로 정상거래에 해당한다고 주장하나, 처분청이 금융거래내역을 확인한바 2017년 제2기부터 2019년 제1기까지 매입분 세금계산서 수취액 OOO원 중 50%가 넘는 OOO원의 지급여부가 불확실함에 반하여, 청구법인은 실제 공사에 대한 작업내역 등 기초적인 사실관계를 증명할 자료를 제출하지 못한 점, OOO로부터 받은 매입세금계산서는 청구법인과 발급된 IP주소가 같은 전자세금계산서로 사실과 다른 것으로 판단되는 점 등에 비추어 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 판단하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 청구법인에 대한 부가가치세 환급 및 부과처분 내역 OOO