조심 2021지3194 (2022.08.22)

OOO시장이 2021.8.3. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2017.8.8. OOO일원(이하 “쟁점토지”라 한다)에 공동주택을 건설하는 사업을 진행중이던 AAA 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 OOO주를 취득하여 주식소유비율이 100%인 과점주주가 된 후, 2017.9.15. 쟁점법인이 소유한 취득세 과세대상물건의 장부가액을 과세표준으로 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고하였으나 이를 납부하지는 아니하였으며, 이에 따라 처분청은 2017.10.11. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과고지하였고, 청구법인은 2017.10.31. 이를 납부하였다. 나. 이후, 청구법인은 2021.8.2. 대법원 판례를 제시하며 쟁점법인이 주택건설을 위하여 취득한 쟁점토지 중 일부는 공공시설을 조성하기 위하여 취득한 토지로서 이러한 토지는 「지방세법」제9조 제2항에서 규정하고 있는 국가 등에 귀속 등을 목적으로 취득한 부동산으로서 취득세 비과세대상에 해당되고, 과점주주인 청구법인도 취득세 비과세대상에 해당된다 할 것이므로, 이에 해당하는 취득세 등은 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.8.3. 이를 거부하는 통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.1. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「주택법」제29조 제1항에서는 “사업계획승인을 받은 사업지구의 토지에 새로 공공시설을 설치하는 경우 그 공공시설의 귀속에 관하여는 「국토계획법」제65조 및 제99조를 준용하며, 이 경우 개발행위허가를 받은 자는 사업주체로, 개발행위허가는 사업계획승인으로 본다”고 규정하고 있고, 「국토계획법」제65조 제2항은 “개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속된다”고 규정하고 있다. 공유재산 및 물품관리조례에 따라 쌍방 의사의 합치와 같이 법률행위에 따라 물권변동의 효과가 발생하는 기부채납과는 달리 지구단위계획이 결정되고 지형도면의 고시로 위치와 면적이 특정된 후 사업계획승인을 받고 이후 취득하는 공공시설용 토지는 법령에 의해 물권변동이 예정된 무상귀속대상이므로, 설령 처분청에서 쟁점법인의 사업부지에 대한 인허가 등과 관련하여 “기부채납”의 용어를 사용하였다 하더라도 이는 물권변동의 효과를 혼동하여 잘못된 용어를 사용한 것으로서 준공 전 공사를 완료하여 무상으로 귀속시키는 데 지장이 없도록 해야 함을 재차 확인하는 선언적 의미에 불과할 뿐, 법령에 따른 강행규정 없이 「건축법」에 따라 건축허가를 득하면서 일부 확폭부지를 도로로 제공키로 하는 경우 등에 있어서의 판단요건인 기부채납의 협약성립 여부 등은 본 건 청구와 관련해서는 고려할 바가 아니다. (2) 도시관리계획으로 결정된 기반시설용 토지는 도시계획시설로서 해당 사업을 실시하기 위해서는 일정요건(토지수용 등과 관련한 자금확보계획, 구역내 포장 및 가로등과 벤치 등 세부설치에 대한 개요, 이행예치금 납부 등)에 대한 관계서류를 주택건설사업계획승인 신청 전에 미리 제출하여 관계부서와의 협의를 거친 경우라면 주택건설사업계획승인과 함께 실시계획인가를 의제처리하기도 하며, 이러한 절차가 선행되지 않으면 사업추진 중에 별도로 도시계획시설사업 실시계획인가를 득해야 한다. 이러한 이유는 도로 등의 수용문제가 있어 관련 절차를 강행규정에 따라 이행하여야 한다는 점과 반드시 귀속되어야 할 토지이므로 준공 전까지 이행을 강제하기 위한 제반요건을 사전에 갖추도록 확인하겠다는 점 등을 종합하면, 도시계획시설사업의 실시계획인가는 공사착수 시기에 대하여 적정요건의 구비를 먼저 살펴보겠다는 취지일 뿐, 도시계획시설사업 실시계획인가 전 이미 협의결정된 도시계획시설 용지는 주택건설사업계획의 승인과 함께 그 시점에 관계법률에 의해 관리청에 무상귀속이 운명적으로 결정된 토지이다. (3) 나아가, 쟁점토지 중 기반시설용 토지는 처분청의 주무부서인 도시디자인과 및 공원조성과의 사전 협의를 거쳐 쟁점법인이 주민제안방식으로 제출하여 도시관리계획 결정에 따라 기반시설로 결정된 공공시설용 토지이고, 공동주택을 건설하려는 예비시행자가 처분청의 유관부서들과 협의를 거치지 않고 임의대로 기반시설용 토지의 배치와 규모를 정하고 처분청이 그 제출된 안으로 결정하는 경우는 현실적으로 존재하지 않으며, 그 협의에 있어서도 기반시설규모에 대하여 무리하게 설정하려는 처분청과 최소화하려는 예비시행자 간에 견해차가 있어 이를 조율하는 데 상당한 기간 동안 첨예한 조정이 이루어지므로 그러한 과정을 거쳐 도시관리계획의 결정 및 고시가 이루어졌다는 것은 늦어도 그 결정 및 고시시점에는 구체적인 협의 및 위치와 면적의 특정이 있었다 할 것이다. (4) 「지방세특례제한법」제73조의2 의 규정은 종래 「지방세법」 제9조 비과세 범위에서 사업구역 내 용도폐지되어 시행자에게 무상양여할 토지가 있는 경우에는 이를 대가성으로 보아 그 해당부분(무상귀속-무상양여)은 비과세 대상이 아님을 천명하되, 갑작스런 시행은 개발사업자들에게 신뢰보호의 문제 등 사업의 원활한 추진을 위한 세제지원차원에서도 바람직하지 않으므로 2015.12.29. 「지방세법」제9조 의 개정과 동시에 「지방세특례제한법」제73조의2 를 신설하여 종래와 같이 면제혜택을 부여하되 이를 한시적으로 탄력성 있게 운용하기 위해 신설된 조항이다. (5) 대법원 판례에서는 과점주주 간주취득도 「지방세법」 기타 법령의 규정에 의하여 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하게 되면 취득세가 당연히 비과세 또는 감면되며, 그러한 법리는 2005.12.31. 「지방세법」의 개정으로 구 「지방세법」(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항 단서 중 “과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.”는 부분이 삭제되었다고 하여 달라지지 아니하며, 「지방세법」제106조 제2항은 “국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있는 바, 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득하여 취득세가 비과세 된 부동산을 보유한 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 취득한 것으로 간주되는 경우에는 그 과점주주가 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없는 이상 그 간주취득 역시 「지방세법」제106조 제2항 소정의 국가 등에 기부채납 등을 조건을 취득한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다고 판결하였다. (6) 2015.12.10. 지구단위계획변경결정에 따른 기반시설조성용 토지의 면적은 2017.8.9. 과점주주 취득일 현재와 동일하나, 이후 실제 공사 후 2020년 10월 확정측량한 면적과는 극히 미미한 정도의 변경이 있을 뿐이므로 이를 근거로 귀속될 기반시설용 토지면적이 확정되지 아니하였다고 볼 수는 없다 하겠다. (7) 골프장 후문에 별도의 진입로 개설을 위해 도시계획시설사업을 하기 위하여 득하는 실시계획인가는 그 시점에 비로소 귀속이 확정되었다 할 것이고, 도시관리계획의 결정으로 귀속이 예정된 토지 일대에서 본 사업인 주택건설사업승인을 득한 경우에는 향후 언제 귀속용 토지에 대한 공사를 착수 하느냐를 떠나 이미 본 사업 승인 당시에 법률규정상 귀속조건이 성취되었다 할 것이므로, 쟁점토지 중 기반시설용 토지의 취득가액은 「지방세특레제한법」제73조의2 규정에 의한 취득세 감면대상에 해당하므로, 이에 해당하는 취득가액에 상당하는 취득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원은 취소되어야 마땅하다. 나. 처분청 의견 (1) 「지방세법」(2016.12.27. 법률 제14475호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 보고, 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」제44조 를 준용한다고 규정하고 있다. 같은 법 제9조 제2항에서는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하되, 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우나, 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. (2) 청구법인은 공유재산 및 물품관리조례에 따라 쌍방 의사의 합치와 같이 법률행위에 따라 물권변동의 효과가 발생하는 기부채납과는 달리 지구단위계획이 결정되고 지형도면의 고시로 위치와 면적이 특정된 후 사업계획승인을 받고 이후 취득하는 공공시설용 토지는 법령에 의해 물권변동이 예정된 무상귀속대상이므로 법령에 따른 강행규정 없이 「건축법」에 따라 건축허가를 득하면서 일부 확폭부지를 도로로 제공키로 하는 경우 등에 있어서의 판단요건인 기부채납의 협약이 성립하였는지 여부 등은 고려대상이 아니며, 대법원 판례을 인용하며 과점주주 간주취득도 「지방세법」기타 법령의 규정에 의하여 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하게 되면 취득세가 당연히 비과세 또는 감면된다는 취지로 주장하고 있으나, 기부채납은 기부자가 그의 소유재산을 국가 등의 공유재산으로 증여하는 의사표시를 하고, 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약으로서, 「지방세법」제9조 제2항의 입법 취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 토지를 취득하는 것은 당해 토지를 국가 등에 귀속시키거나 기부채납하기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 취득세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 할 것이다. (3) 청구법인이 제출한 자료에 따르면 토지의 취득시기가 구체적으로 나와 있지는 않으나 2017.9.13.과 2020.10.22. 지번이 일부 분할, 정정되고 면적이 일부 증감이 있는 것으로 확인되며, 해당 도시계획시설은 각각 2018.6.7., 2020.3.5. 실시계획인가를 받기 전까지는 계속하여 변동되었으며, 심지어는 2020.10.22. 분할로 인하여서도 택지와 기부채납 기반시설로 나누어진 바 있으며, 해당 도시계획시설 실시계획인가를 받고 나서야 그 지번이나 면적이 구체적으로 확정된 것으로 나타난다. (4) 청구법인이 인용한 대법원 판례에서는 청구법인이 취득한 쟁점법인의 취득 부동산이 「지방세법」제9조 제2항에 따라 비과세대상임을 전제하였고, 국가·지방자치단체·지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득한 법인의 과점주주가 되어 그 부동산을 취득한 것으로 간주되더라도 과점주주로 된 자가 그 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없을 것을 말하고 있고, 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되고, 구체적으로 공공시설용지로 편입될 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 그 사업승인결정 이후에 취득하는 토지만이 「지방세법」제106조 제2항 및 제126조 제2항 소정의 국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다고 할 것이므로, 과점주주 취득세가 비과세되려면 첫째, 쟁점법인이 취득한 부동산 등이 「지방세법」제9조 제2항에 따라 비과세대상이여야 하며, 둘째, 해당 부동산을 간주취득한 과점주주가 기부채납등이 이미 확정되어 과점주주가 해당 부동산을 취득하여 기부채납의 효력을 부인할 수 없어야 하는 것인 바, 청구법인의 경우는 이와 다르게 쟁점법인은 기부채납 대상으로 면제신청을 하지 아니한 채 일반 취득세를 신고납부하였던 점, 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 할 당시 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야만 취득세 비과세 대상이 된다고 할 것인 점 등에 비추어, 이러한 토지에 대하여 과점주주인 청구법인에게 취득세를 비과세할 수는 없다 할 것이므로, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 과점주주가 된 법인의 소유재산에 국가 등에 도시계획시설로 귀속될 예정인 부동산이 포함되어 있으므로 이에 해당하는 취득세는 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 (1) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기 개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다9. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 1. 무한책임사원 2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) (2) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 일부 개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」제44조 를 준용한다. 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우 2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 (3) 지방세법 시행령(2016.12.30. 대통령령 제27710호로 일부개정된 것) 제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2017.8.8. ㈜BBB과 주식 및 채권양수도계약을 체결 쟁점법인의 발행주식 100%를 인수하여 과점주주가 된 사실에는 당사자간 다툼이 없다. (나) 쟁점법인의 주택건설사업 추진한 개요는 다음과 같다. 1) 쟁점법인은 OOO일대에서 공동주택건설사업을 추진하기 위해 도시관리계획 결정(안)을 주민제안 방식으로 처분청에 제출하였고, 처분청은 2010.9.3. OOO지구 도시관리계획의 결정 및 지형도면 고시를 하였다. OOO 2) 처분청은 2010.11.30. 소공원 및 수변공원의 면적 감소에 따른 도시관리계획 변경결정 및 지형도면의 고시를 하였다. OOO 3) 처분청은 2010.12.7. 쟁점법인에게 주택건설사업계획승인을 하였으며, 그 관련 내용은 아래와 같다. OOO 4) 쟁점법인은 주택건설사업계획 승인을 받은 이후인 2011.2.25. 쟁점토지를 취득한 것으로 등기부등본 등에서 확인된다. 5) 처분청은 2015.12.10. 주택건설사업계획 변경승인를 하였으며, 그 주요 내용은 다음과 같다. OOO 6) 2016년 7월 및 2017.8.22. 주택건설사업계획 변경승인이 다시 이루어졌고, 2017년 10월 경에 건설공사에 착공하였다. 7) 2018.6.7. 도시계획시설사업(도로) 실시계획인가가 이루어졌고, 2020.3.5. 도시계획시설사업(공원 및 녹지) 실시계획인가가 이루어졌다. 8) 2020년 6월 동별 사용승인처리 통보가 이루어졌고, 2020년 10월 택지와 기반시설 분할을 위한 확정측량을 실시하였다. (다) 청구법인은 2020.10.22. 기반시설의 귀속 등을 위하여 주택과 기반시설 토지의 면적을 분할하였다. (라) 위의 기반시설 귀속 등과 관련하여 청구법인이 경정청구를 한 내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 경정청구 내역 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 「지방세법」제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 쟁점법인이 주택건설사업을 위하여 2011.2.25. 취득한 쟁점토지의 경우 그 중에는 도로 및 공원 등 도시계획시설부지가 포함되어 있고, 쟁점법인이 2018.6.7.과 2020.3.5. 도시계획시설로서 도로와 공원 및 녹지에 대한 실시계획인가를 받았지만 쟁점법인이 이러한 실시계획인가를 받기 이전에 이미 이러한 도시계획시설이 주택건설사업과 연계하여 조성될 목적으로 2010.9.3. 최초로 도시계획구역 결정 및 지형도면고시가 이루어졌고, 2010.12.7. 이러한 도시계획시설을 조성하여 기부채납하여야 한다고 조건으로 주택건설사업계획 승인을 받은 점에 비추어 보면, 쟁점법인이 주택건설사업을 위하여 2011.2.25. 취득한 쟁점토지 중 위 ＜표＞의 공원 및 도로부지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납할 목적으로 취득한 토지에 해당된다고 할 것이다. (다) 이와 같이 쟁점법인이 취득한 쟁점토지 중 도로 등으로 국가에 귀속 또는 기부채납될 토지의 경우 쟁점법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 청구법인의 간주취득에 대하여 취득세를 부과함에 있어서 과세대상에서 제외되어야 할 것이므로, 처분청에서 쟁점토지 중 도로 등 도시계획시설 부지에 대하여 취득 이후에 귀속 또는 기부채납이 확정된 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.