조심 2024지0348 (2024.05.01)

경기도 화성시장이 2023.12.28. 청구법인에게 한 취득세OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원 및 2019년도분부터 2022년도분까지의 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소하고, 2023년도분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 경기도 화성시 OOO 토지 6,255.42㎡를 분리과세대상으로 구분하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2017.6.29. OOO일반산업단지에 소재한 경기도 화성시 OOO 공장용지 17,616.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득한 후,

「지방세특례제한법」제78조

제4항 제2호 가목·다목 및 「경기도 도세 감면 조례」제8조 제1호 규정에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세 등의 100분의 75를 경감받았고, 2018년∼2023년 재산세 등의 100분의 35를 경감받았다.

나. 이후, 처분청은 2023.10.23.∼11.11. 청구법인에 대한 세무조사 중 2023.10.31. 쟁점토지의 현장을 조사하고, 위성사진 등을 통해 확인한 결과 쟁점토지의 일부가 나대지(2019.4.4. 당시 11,267.05㎡, 2021.3.2. 당시 6,255.42㎡, 이하 “쟁점면적”이라 한다) 상태인 것을 확인하고, 청구법인이 쟁점면적을 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 및 재산세 등의 추징사유가 발생하였고, 재산세 과세대상구분도 종합합산과세대상으로 변경되어야 하는 것으로 보아, 2023.12.28. 청구법인에게

「지방세특례제한법」제78조

제5항 제1호에 따라 쟁점면적에 대하여 기 감면한 취득세 등을 아래의 ＜표1＞과 같이 부과·고지하고, 2019년∼2023년 재산세 등을 아래의 ＜표2＞와 같이 부과·고지하였다.

＜표1＞ 취득세 부과·고지 내역

○○○

＜표2＞ 재산세 부과·고지 내역

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「지방세특례제한법」 제78조

제5항에서 추징사유로 규정한 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’는 2필지를 분양받은 후 1필지에만 공장 등을 건축하고 나머지 1필지에는 아무것도 건축하지 않거나, 1필지를 분양받아 그 토지 위에 아무런 건축행위를 하지 않은 경우로 해석하는 것이 타당하다.

쟁점토지는 1필지로 이루어져 있고, 청구법인은 2017.6.26. 쟁점토지를 취득한 후, 2018.10.11. 공장용 건축물 신축을 위한 건축허가를 받아 2018.12.1. 착공하였으며, 2019.6.12. 쟁점토지 지상에 공장(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하였고, 사업규모의 확장으로 2021년에 공장을 추가 증축하여 지금까지 공장으로 사용중이다.

또한, 쟁점토지 필지를 분할하거나, 별도로 구획한 사실이 없고, 이 건 건축물의 건축물대장에도 쟁점토지 전체가 공장용 건축물의 부속토지로 기재되어 있으며, 공장 이외에 다른 용도로 사용하였거나, 제3자에게 임대한 사실도 없다.

(2)

「지방세법 시행령」제102조

는 ‘공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위의 토지’를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있다.

쟁점토지의 업종별기준공장면적률은 12%로,

「지방세법 시행규칙」 제50조

에 따라 계산하면 그 결과가 아래와 같으며, 따라서 쟁점토지 전부가 공장입지기준면적 내의 토지에 해당된다.

(3) 쟁점토지는 단일 필지의 공장용지로서 한 울타리 내 경계로 둘러싸여 있고, 하나의 출입문을 사용하고 있으며, 공장용 건축물의 부속 토지 외의 다른 용도로 사용할 수도 없으므로, 1구의 공장용 토지에 해당된다.

청구법인의 업종은 제조업으로, 쟁점토지를 야외 적치장, 주차장 등의 공장 운영의 부속용도로 이용해 왔으므로, 쟁점토지 전부가 공장제조시설 면적에 포함되는 것으로 해석해야 한다.

설령, 이러한 시설들은 일시적으로도 미사용하더라도, 별도의 시설 설치 없이 재사용할 수 있기 때문에, 항공사진으로 일부 면적이 나대지처럼 보인다는 이유로 쟁점면적이 공장의 운영과 전혀 관련 없다고 볼 수 없으며, 조세심판원 선결정례에서도 이와 유사한 경우에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단(조심 2021지2582, 2022.10.24.등 다수, 같은 뜻임)하였으므로, 이 건 취득세 등의 부과처분도 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서의 공장입지기준은 공장의 원활한 설립을 지원하기 위하여 규정한 것에 불과하므로, 위 규정에서 정한 기준공장면적률이 곧바로 공장의 부속토지로 사용되는지를 판단하는 근거로 사용될 수 없다(대법원 2014.5.29. 선고 2014두3389 판결, 같은 뜻임)고 할 것이다.

공장용 건축물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 건축물대장 등에 공장용 건축물의 부속 토지로 등재되어 있는지 여부에 관계없이 그 사실상의 현황이 공장용 건축물의 부속토지에 해당하여야 하는 점, 분리과세는 중·경과세의 필요가 있는 토지에 대해 종합합산 또는 별도합산과세에서 오는 불리함을 보완하고자 그 대상을 한정적으로 규정하고 있는 것(대법원 2013. 7.26. 선고 2011두19963 판결 등, 같은 뜻임)이고, 1필지의 토지라도 그 일부가 산업용 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있지 않은 경우 그 부분은 산업용 건축물의 부속토지라고 볼 수 없어 ‘해당 용도로 직접 사용’되고 있다고 볼 수 없으며(대전고등법원 2022.4.21. 선고 2021누12464 판결, 같은 뜻임), 특정 토지가 분리과세 대상에 해당되는지 여부에 대하여는 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세 형평의 원칙에 부합하는 점 등을 고려하면, 공장입지기준면적 범위 내에 해당된다 하더라도 그 전부가 공장용 건축물의 부속토지로 실제 사용되지 않고 있는 이상 쟁점면적을 포함한 쟁점토지 전체를 분리과세대상으로 구분할 수 없다고 할것인바(조심 2022지0034, 2023.1.26. 같은 뜻임), 쟁점면적이 공장입지기준면적기준을 충족하는지 여부에 관계없이 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는지 여부로 판단하여야 한다.

(2) 이에 대하여 대법원에서는 “쟁점토지는 포장도 되어 있지 않은 나대지 상태인데다 이 사건 공장시설물에 이르는 통로로 실제로 사용되고 있다고 보기도 어려운 점 등을 미루어 볼 때, 쟁점토지 중 C 토지에 출입구가 설치되어 있다는 사정만으로 쟁점토지가 이 사건 공장시설물에 부속하는 토지라거나, 이 사건 공장시설물을 위해 반드시 필요한 토지라고 인정하기 어렵다”(대법원 2020.9.10. 2020두39860 판결, 같은 뜻임)고 판결한바 있다.

또한, 대전고등법원은 쟁점토지에 객관적으로 야적 등을 위한 시설물이나 장비가 없고, 적재 등을 위한 장소로 실제로 사용되지도 아니한 이상 해당 토지가 해당 용도로 사용되고 있다고 볼 수 없다(대전고등법원 2022.4.21. 2021누12464 판결, 같은 뜻임)고 판결하였다.

쟁점토지의 경우 최초 공장이 신축된 2019년 이후부터 2021년까지의 위성사진 등을 보면 11,267.05㎡는 포장되지 않은 나대지 상태이고, 신축건물 배치도에서도 경계석을 설치하여 공장용 건축물의 부속토지와 나대지를 구분하려던 사실이 확인되며, 2022년 증축한 이후의 위성사진 등을 보면 6,255.42㎡는 계속 나대지 상태이고, 2023.10.31. 현장확인 당시에도 평탄화작업을 하는 중으로 야적이나 주차장 용도로는 사용할 수 없는 상태였으며, 청구법인은 야적이나 주차장 용도로 사용했다고 주장할뿐 그 사실을 증명할 수 있는 입증서류를 제출한 사실도 없다.

따라서, 쟁점면적은 나대지 상태로 흙이 쌓여있거나 2023.10.31. 현재까지도 평탄화 작업을 하고 있는 것이 확인되어, 비록 쟁점면적이 기준공장면적 범위 이내라고 하더라도, 실제 이용현황이 이 건 건축물에 부속하는 토지라거나, 이 건 건축물을 위해 반드시 필요한 토지라고 인정하기 어려우므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 공장입지기준면적 이내인 쟁점면적을 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 경기도 OOO을 본점으로 하고, 유리 및 판유리 가공품 제조업 등을 목적으로 2014.4.9. 설립된 사실이 확인된다.

(나) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2017.7.13. 쟁점토지를 매매를 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기를 한 사실이 확인된다.

(다) 일반건축물대장(갑)에 의하면, 이 건 건축물은 당초 연면적 1939.66㎡의 지상 2층 공장으로 2018.12.1. 착공하여 2019.6.12. 사용승인되었고, 공장증축을 위해 2021년 3월 착공하여 2022.2.8. 지상1층과 지상2층에 연면적 4,112.11㎡가 추가로 사용승인되어, 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.)현재 전체 연면적은 6,051.77㎡인 사실이 확인된다.

(라) 처분청이 제출한 OOO건축사무소가 2018년 8월 작성한 쟁점토지 지상 공장 신축설계도면에는 설계개요가 아래와 같이 기재되어 있다.

○○○

(마) 공장등록증 및 공장입지 기준고시(2018.9.17. 산업통상자원부고시 제2018-162호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 청구법인은 트레일러 및 세미트레일러 제조업외 1종(분류번호 30203, 26299)을 영위하는 법인으로 위 업종에 대한 매출액이 가장 많은 업종의 기준공장면적율은 10%이다. 이에따라,

「지방세법 시행규칙」제50조

에 따른 공장입지기준 면적을 산정하면 증축 이전은 19,366.6㎡ 증축 이후는 60,517.7㎡인 것으로 나타난다.

(바) 처분청 세무공무원이 쟁점토지의 현장을 확인하고 작성한 문서OOO에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

(사) 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 연도별 위성사진 및 로드뷰 등에 의하면, 쟁점면적은 증축공사로 2021년 3월 착공된 부분 외에는 계속 풀이 자라있는 나대지이고, 쟁점면적외 부분은 이 건 건축물 준공시점 이후부터 계속 아스콘 포장된 사실이 나타나며, 청구법인이 이 건 건축물을 제3자에게 임대한 사실이 없다는 사실과 쟁점 토지가 공장입지 기준 면적 이내의 토지라는 점에 대해서는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조 제4항은 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호 가목에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 그 제2호 다목에서 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제5항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

또한,

「지방세법 시행령」 제102조

제1항 제1호에서 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지 등을 분리과세 대상으로 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점면적에 대한 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분이 정당하다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 2017.6.29. 쟁점토지를 취득하고 그로부터 3년 이내인 2018.2.1. 건축물의 신축공사를 착공하여 2019.6.12. 공장용 건축물 1,939.66㎡의 사용승인을 받았으며, 2021년 3월에 건축물 증축공사에 착공하여 2022.2.8. 공장용 건축물 4,112.11㎡의 사용승인을 받은 후 위 건축물 등을 공장으로 사용한 사실이 나타나는 점,

공장등록증명서에 의하면, 쟁점토지 지상의 건축물 1,939.66㎡는 2021.3.5. 공장으로 등록되었고, 쟁점토지 전체가 그 부속토지로 등재되어 있으며, 쟁점토지는 하나의 울타리 내에 소재하고, 하나의 출입문을 사용하며 청구법인이 쟁점토지를 공장용 건축물의 부속토지 등으로 사용한 것 외에 다른 용도 등을 사용한 사실은 나타나지 아니하는 점,

「지방세법 시행규칙」 제50조

에 따라 공장입지기준면적을 산정하면 청구법인은 공장용 건축물 1,939.66㎡를 신축하였고, 여기에 기준공장면적률 10%를 적용하면 공장입지기준면적은 19,396.6㎡이므로 쟁점토지 17,616.6㎡ 전체가 공장입지기준면적 이내의 토지에 해당하는 점,

「지방세법 시행령」 제102조

제1항 제1호에서 산업단지 등의 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지를 분리과세대상으로 구분하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 전체가 공장입지기준면적 범위의 토지에 해당하여 분리과세대상에 해당하므로 쟁점면적도 공장용 건축물의 부속토지로서 분리과세대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하고, 재산세 등을 과세하면서는 쟁점면적도 공장용 건축물의 부속토지로서 분리과세대상으로 구분하고, 취득세 감면을 판단하면서는 쟁점면적을 공장용 건축물의 부속토지가 아닌 것으로 보는 것은 상호간에 모순된 판단으로 타당성이 없어 보이는 점 등에 비추어,

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 공장용 건축물을 신축하여 공장 등으로 사용하였는바, 쟁점토지 전체를 유예기간 내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하여 취득세 등의 추징대상이 된 것으로 보기 어렵고, 쟁점면적도 공장입지기준면적 범위의 토지에 해당하여 재산세 분리과세대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」 제96조

제6항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(

「건축법」 제2조

제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(

「건축법」 제2조

제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 「경기도 도세 감면 조례」 (2017.5.4. 조례 제5583호로 개정된 것)

제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제78조제4항제2호가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25

2. 법 제78조제4항제2호나목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 15

(3) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

(4) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지 : 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 「건축법」등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제8조(공장입지의 기준) 산업통상자원부장관은 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각 호의 사항에 관한 공장입지의 기준(이하 “입지기준”이라 한다)을 정하여 고시하여야 한다. 이를 변경한 경우에도 또한 같다.

1.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」등 대통령령으로 정하는 법령에서 용도지역별로 허용 또는 제한되는 공장의 업종ㆍ규모 및 범위 등에 관한 사항

2. 제조업종별 공장부지면적에 대한 대통령령으로 정하는 공장건축물등(이하 “공장건축물등”이라 한다)의 면적의 비율(이하 “기준공장면적률”이라 한다)과 그 적용 대상

3. 제조업종별 환경오염 방지에 관한 사항

4. 환경오염을 일으킬 수 있는 공장의 입지 제한에 관한 사항

제20조(공장의 신설 등의 제한) ① 「수도권정비계획법」상 과밀억제권역ㆍ성장관리권역 및 자연보전권역에서는 공장건축면적 500제곱미터 이상의 공장(지식산업센터를 포함한다. 이하 이 장에서 같다)을 신설(제14조의3에 따른 제조시설설치를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ증설 또는 이전하거나 업종을 변경하는 행위를 하여서는 아니 된다. 다만, 국민경제의 발전과 지역주민의 생활환경 조성 등을 위하여 부득이하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 단서에 따라 공장을 신설ㆍ증설 또는 이전하거나 업종을 변경하려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아야 한다. 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다.

③ 삭제

④ 제2항에 따른 승인에 관하여는 제13조제3항ㆍ제4항, 제13조의2 및 제13조의3을 준용한다

(6) 공장입지 기준고시(2016.3.8. 산업통상자원부고시 제2016-45호로 개정된 것)

[별표 1] 업종변경의 대상이 되는 업종분류 및 기준공장면적률