조심 2011광0264 (2013.05.28)

OOO세무서장이 2010.10.1. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 1988.12.15. 설립되어 석유 및 정밀화학제품 제조업을 주업으로 OOO에 본사를 두고 OOO, OOO 등에 공장을 둔 외국인투자법인으로서(1998.12.31. OOO와 합병, 독일의 OOO가 100% 출자), 2008사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) 및

같은법 제121조의4

(증자의 조세감면)에 의거 외국인투자에 대한 감면세액(이하 "외투감면" 및 "외투감면세액"이라 한다)을 계산하면서 기존감면율과 증자분감면율을 가중평균한 단일감면율을 적용한 OOO원으로 하여 법인세 신고를 하였다.

나. 그 후 청구법인은 2008.3.31.「법인세법 시행규칙」별지 제8호의 부표4 공제감면세액계산서(4) 서식의 개정에 따라 ‘증자분 감면세액 계산방법’으로 계산한 OOO원을 감면세액으로 하여 달라는 경정청구를 제기하여 2010.2.3. 법인세 OOO원을 환급받고, 2009사업연도 법인세 신고시 경정청구내용과 같이 증자분 감면세액계산방법으로 계산한 OOO원을 감면세액으로 신고하였고, 또한 2007년에 조세감면결정을 받은 스팀제조사업 관련 투자금액 OOO원에 대하여 2008사업연도 OOO원 및 2009사업연도 OOO원의 임시투자세액공제를 적용하였다.

다. 처분청은 OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)의 국세청과세기준자문신청에 대한 회신을 근거로 청구법인이 외국인투자지역(FIZ)에 투자(증자)한 감면사업 중 TDI 및 CCD사업 등에 대하여는 증자분 감면세액계산방법을 적용하는 것이나, MDI사업에 대한 투자는 기존사업에 대한 증설투자이고 생산량을 기준으로 안분한 것은 「법인세법」상 구분경리에 해당하지 아니한다 하여 일반적인 감면세액계산방법으로 재계산하고, 또한 스팀제조시설사업은 기존의 감면사업인 MDI의 원재료로 사용되므로 2008 사업연도 및 2009사업연도의 감면

사업으로서 외투감면을 적용받은 것이므로

조특법 제127조

제3항(중복

적용 배제)에 의거 45.36%의 내국인투자비율을 적용한 금액을 임시투자세액공제대상으로 하면서 납부불성실가산세를 적용하여, 2010.10.1. 청구법인에게 2008 및 2009사업연도 법인세를 아래 표와 같이 경정·고지하였다.

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

외투감면과 관련된 세법규정에 증자분 감면세액 계산방법을 적용하기 위해서는 증자분 감면대상사업이 기존 사업과는 다른 별개의 사업에 해당하여야 한다는 요건을 규정하고 있지 않으며, 외국인 직접 투자 유치를 위한 외투감면 규정의 도입 취지와 기존 외투감면 관련 법 규정의 불합리한 면을 보완하기 위하여 개정된 서식의 취지를 고려하여 볼 때에도 증자분 감면대상사업이 반드시 기존 사업과는 다른 별개의 사업이어야 할 이유가 전혀 없으며, 처분청의 의견대로 증자분 감면대상사업이 기존 사업과는 구분되는 별개의 사업이어야 한다면, 별개의 사업에 해당되는지 여부를 판단함에 있어 과세관청의 자의적인 판단이 개입될 수 있으며, 감면대상이 되는 동일한 투자라 하더라도 각 투자자의 투자 형식이나 방법에 따라 감면의 효과가 달라지게 되어 과세형평을 저해하는 불합리한 결과를 초래하며, 외국인투자지역 입주기업에 대한 조세감면 규정은 일정 규모 이상의 새로운 시설의 설치를 요구하고 있는 것이므로 새로운 사업임을 전제하는 것으로 볼 수 있으며 이를 확인하기 위해 구 재정경제부의 승인이 있었고, 구 재정경제부로부터 승인을 득한 MDI사업은 명백히 새로이 시설을 설치한 경우에 해당하므로 새로운 사업에 해당하는 것으로 보아야 하며, 동일한 외국인투자지역에 대한 조세감면결정을 받았음에도 불구하고 MDI사업에 대해서만 유독 증자분 감면세액 계산방법을 적용할 수 없다고 해석하는 것은 처분청의 자의적인 해석으로서 조세법령 해석에 대한 일반원칙인 조세법률주의에 명백히 반하는 것이고,

세법에서 규정하는 구분경리의 개념은 장부 및 매출액 등의 물리적인 구분을 요구하고 있는 것이 아니라 특정 사업 또는 재산에서 발생한 소득이 합리적으로 구분 계산되어야 한다는 의미로 해석되어야 하며, 증설의 효과가 산출량의 증가와 밀접한 관련을 가지는 MDI 공정의 특성을 감안할 때 총생산능력은 소득구분을 위한 증설의 효과를 가장 잘 나타내는 합리적인 지표이며, 청구법인이 증자분 MDI사업에 대한 감면소득을 증자 전과 증자 후의 연간 총생산능력을 기준으로

안분하여 구분계산한 것은 조특법 및 「법인세법」에 의한 구분경리

에 해당한다.

(2) 특정사업에서 생산된 제품이 감면사업인 후속 공정의 원재료로 사용된다고 하여 해당 사업이 감면을 적용받고 있다고 보아 세액공제가 제한되어야 한다는 조특법상 규정은 없으며, 만일 감면 승인을 득한 사업에서 생산된 제품이 후속공정의 원재료로 사용되었으므로 해당 사업 투자금액에 대하여 100% 임시투자세액공제를 적용할 수 없다면, 외투감면을 신청하여 승인받지 않은 경우(즉, 100% 임시투자세액공제의 적용이 가능한 경우)에 비하여 세액효과 측면에서 더 불리해지는 모순이 발생하며, 2008사업연도에는 스팀생산을 위한 제조시설이 완공되지 않아 동 사업에 대하여 외투감면을 적용하지 아니한 사실이 명백하므로 스팀제조사업 투자금액 전액에 대하여 임시투자세액공제를 적용할 수 있고, 청구법인은 외투감면을 적용하지 않

았으므로 투자금액에 대하여 전액 임시투자세액공제를 적용하여야 한다.

(3) 세법상 가산세는 납세의무자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으며, 쟁점사항은 관련 법 규정에 의한 해석의 차이에 기인하는 것으로 처분청에서 청구법인의 경정청구를 인용함에 기초하여 법인세를 환급받은 후 동 인용결정에 기초하여 법인세 신고를 이행한 청구법인에게는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 존재한다.

나. 처분청 의견

(1)

감면세액 계산방법에 있어 기존 사업의 증설분은 일반적인 감면세액 계산방법으로 계산하여야 하나, 청구법인은 서식의 개정 취지를 잘못 이해하여 증자분 감면세액 계산방법으로 계산하여 외투감면금액을 공제하였을 뿐만 아니라 구분경리를 전제로 증자분 감면세액 계산방법에 따라 계산하여야 하나, 구분경리를 하지 않았으므로 MDI 사업의 증자분에 의한 증설분은 일반적인 감면세액 계산방법으로 계산하여야 한다.

(2) 스팀제조시설은 제조부문의 보조부문으로 기존의 감면대상사업과 무관한 감면대상사업에 해당하지 아니하고, 스팀공정에 대하여는 ERP상 관리하고 있을 뿐 별도로 세법상 자산, 부채 및 손익을 구분경리한다고 볼 수 없으므로, 임시투자세액공제액은 스팀제조시설에 투자한 금액에 내국인투자비율에 해당하는 금액을 공제하여야 한다.

(3) 청구법인은 MDI 사업의 외투감면세액의 계산은 일반적인 감면세액 계산방법에 의해 계산하여야 하여야 하고, 임시투자세액공제액은 내국인투자비율을 감안하여 공제하여야 함에도 불구하고 법령의 부지·착오 및 자의적인 해석에 의해 세법상 의무를 위반한 것으로 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(OOO고법2007누2478, 2008.6.26. 같은 뜻), 납부불성실가산세는 지연이자의 성격이 포함되어 있으므로, 설령 과세관청이 당초 결정시 신고내용의 오류를 발견하지 못한 귀책이 있다고 하더라도 신고내용의 추가 오류발견으로 인한 재경정시 납부불성실가산세를 부과함이 타당하다(심사양도 2007-0129, 2007.7.30, 조심2008중118, 2008.4.24, 심사양도 2010-0185, 2010.7.5, 같은 뜻).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인의 감면대상사업 중 MDI사업에 대한 외투감면을 기존감면율과 증자분감면율을 가중평균하여 신청하였다가, 2008.3.31.「법인세법 시행규칙」개정에 따라 ‘증자분 감면세액계산방법’으로 감면신청하면서 기존사업의 증설분을 증자분 감면대상사업에 포함한 것이 적법한지 여부

② 2007년에 외투감면결정을 받아 2009년 8월 완공한 스팀제조시설 투자에 대하여 감면을 적용받지 아니한 별개의 사업으로 보아 전액의 임시투자세액공제를 적용하여 신고한 것이 적법한지 여부

③ 2008사업연도 경정청구내용대로 환급하였다가 재경정하면서 납부불성실가산세를 적용한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 고도기술을 수반하는 MDI사업을 하기 위한 외국인투자기업으로 조세감면을 적용받아오다가 2002년 12월 감면기간이 종료되고 동 MDI 사업장소재지가 2000년 12월 외국인투자지역으로 지정받고 OOO원을 증자하여 새로이 공장시설을 설치하는 조건으로 구 재정경제부로부터

조특법 제121조의2

제1항 제2호에 따른 조세감면결정통보(경총41500-624, 2001.12.11.)를 받았으며, 이에 따라 TDI·DNT 공장시설, CCD 공장시설, Vitamin B2 공장시설은 새로이 공장시설을 설치하고, MDI 공장시설에 대하여는 기존시설에 추가로 공장시설을 증설하여 OOO원을 2004.1.1. 증자 등기하여 2004년～2010년은 100%, 2011년～2013년은 50%의 조세감면율을 적용하였다.

(2) 구 재정경제부가 2010.12.11. 청구법인에게 통보한 조세감면결정 의 주요내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인이

조특법 제121조의2

제1항 제2호의 규정에 의한 사업을 영위하기 위하여 같은 법 제121조의2 제6항의 규정에 의거 제출한 조세감면신청에 대하여 같은 법 제121조의2 제8항의 규정에 따라 붙임과 같이 조세감면결정을 하고 그 내용을 송부합니다.

(나) 조세감면 결정내용

1) 외국인투자 신고내용

외국인투자가인 독일 OOO가 영위하고자 하는 사업인 석유 및 정밀화학으로써 주식취득 내용은 1주당 액면가 OOO원의 보통주 2천

만주이며 액면가 OOO으로 총 취득가액 OOO

2) 조세감면 근거는 아래와 같다.

- 근거법률 :

조특법 제121조의2

제1항 제2호

- 외국인투자지역지정고시내용 : OOO 고시 제2000-5호, OOO 고시 제2001-3호

- 명칭 : OOO주식회사 외국인투자지역

- 위치 : OOO, OOO, OOO

(3) 청구법인은 MDI 제품의 생산량을 증대하기 위하여 별개의 생산시설을 설치하는 것보다 투자비가 적게 발생하도록 기존의 생산설비 중 필요한 부분만 개체하는 방법으로 10만톤에서 19만톤으로 증산하였고, 증자분 감면대상사업 과세표준금액은 MDI 공정의 증설 후 수입금액을 공통익금으로 보고 증설 전과 후의 생산량을 대비하여 19분의 10과 19분의 9의 비율로 모든 익금과 손금을 구분경리하여 안분계산한 금액으로 산출하였다.

(4) 청구법인이 2009.3.4. 국세청 국제세원담당관실에 ‘외국인투자에 대한 조세감면세액 산출방법에 대한 질의’에 대해 2009.5.6. 국세청의

국제세원담당관실은 ‘외국인투자법인이

조특법 제121조의2

에 따라

법

인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸업하고 있는 경우 일반적인

감면세액 계산방법은 기 질의회신사례(서이46017-10725, 2003.4.7.)를 참조하시기 바라며, 다만

조특법 제121조의4

에 따라 증자한 외국인투

자기업이 같은 법 제143조 제1항에 따라 증자분 관련사업과 기타사업을

구분경리하여 당해 증자분 사업에 대하여 외국인증자에 대한 법인세 등의 감면을 신고한 경우 이에 대한 감면세액은 증자분 감면대상사업만을 기준으로 같은 법 제121조의2 제2항에 규정된 외국인투자비율 등을 산출하여 계산할 수 있는 것’이라고 회신하였다.

(5) 조사청이 국세청 법규과에 ‘외국인투자기업이 증자를 통하여 기존의 감면대상사업을 증설하는 경우 감면세액 계산방법 등’에 대한 질의결과 회신문의 주요내용은 아래와 같다.

(가) 외국인투자기업인 내국법인이 고도기술이 수반되는 사업을 영위하여 외국인투자에 대한 조세감면을 적용받아오다가 동 감면기간이 종료된 이후

조특법 제121조의2

제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제116조의2 제3항 제1호에 해당하여 조세감면결정을 받아 증자하여 기존의 감면대상사업의 설비를 증설한 경우 「법인세법 시행규칙」 별지 제8호 서식 부표4 공제감면계산서(4)가 2008.3.31. 개정된 이후 감면대상사업연도의 증자에 따른 외국인투자에 대한 법인세 감면세액은 해당 공제감면계산서(4)의 1-1. 일반적인 감면세액 계산에 따라 산출하는 것이다.

(나)

조특법 제121조의2

제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제121조의4에 따라 외국인투자에 대한 조세감면을 적용받는 외국인투자기업인 내국법인이 조세감면결정 통보를 받아 기존의 감면대상사업에 보조공정을 수행하는 시설을 새로이 설치하고 증자하여 동 시설을 설치하는 과세연도에 임시투자세액공제와 기존의 외국인투자에 대한 조세감면이 적용되는 경우 공제하는 임시투자세액은 같은 법 제127조 제3항(조세감면의 중복 적용배제)에 따라 공제할 세액에 내국인투자비율을 곱하여 계산하는 것이다.

(6) 조사청의 외국인투자법인에 대한 조세감면 적정여부 및 임시투자세액공제 변동분에 대한 적정여부 검토 보고서의 주요내용은 아래와 같다.

(가) 구분경리 및 감면율 등의 적정여부 검토

1) MDI제품과 관련하여 증자분 감면대상사업과 나머지 사업은 구분경리가 되어 있지 않고 청구법인은 생산량에 의해 구분한 것에 불과한 것으로 관련 법 조항에 의한 구분경리라 할 수 없고, 청구법인이 제출한 구분경리에 대한 입증서류를 보면 감면사업과 비감면사업에 대하여 「원가중심점(Cost Cent) 및 공장」을 이용하여 자산, 부채를 구분하고 「①회사조직 또는 부서, ②비용형태」별로 "원가중심점"을 부여하여 수익, 비용을 구분하고 있음. 그리고 개별손익, 공통손익에 대하여 「법인세법」기본통칙 113-156···[개별손익·공통손익 등의 계산]에 의해 소득을 구분한다고 기술하고 있다.

2) 청구법인은 소득구분을 계정과목별과 사업부별로 구분하고 있으며, 계정과목별로 구분시 매출액은 모든 재고자산에 대하여 ①품목번호 ②재고자산 사용공장 ③제품생산공장 ④제품그룹군으로 분류하여 입·출고에 의해 관리하고, 매출액은 ERP System내에서 개별품목번호를 기준으로 구분하여 감면사업과 비감면사업의 매출액을 구분하고 있고, 사업부별로 구분시에는 ①공장별 ②사업부별 ③감면사업과 비감면사업으로 구분하고 있다.

3) MDI제품은 「OOO공장」에서 생산하고 있으며, 「KUM, KUR, KUE, KUS제품그룹군」에 해당하고, 「ASK/KU 사업부」에 속한 제품으로 기존 MDI제품 및 OOO원 증자분에 의한 MDI제품을 구분하는 위 계정과목별 및 사업부별 어느 기준으로 구분하더라도 동일한 그룹(군)에 해당하므로 둘 간의 구분 기준은 없는 것으로 보여진다.

4) MDI제품과 관련하여 처분청에서 작성한 경정청구 검토조서(현지확인조사 실시)에는 총생산량 190,000톤 중 당초분 40,000톤과 60,000톤을 뺀 90,000톤을 증자분 생산량으로 구분하였고, MDI제품 총생산량 190,000톤은 동일한 공정에서 생산된 제품으로 원재료투입량을 당초분, 증설분, 증자분 시설별로 구분이 불가하고, 제조간접비 및 노무비 등으로도 구분이 불가하다고 기재되어 있다.

(나) 임시투자세액공제 변동분에 대한 적정여부 검토 보고서의 주요내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 스팀공장을 2008년 1월부터 2009년 8월까지 시설투자하여 2008년 OOO원 및 2009년 OOO원의 임시투자세액공제를 받았으며, 청구법인은 2008년 당초 신고시 내국인투자비율 45.36%에 대한 부분만 임시투자세액공제를 받았으나, 처분청에 경정청구를 하면서 스팀공장만 별개의 회계단위로 간주하여 스팀공장의 외국인투자세액 감면 및 증자의 조세감면을 2009년부터 공제하기 때문에 2008년에 임시투자세액공제 내국인투자비율 100%를 적용하였고, 스팀공장은 모법인이 OOO원을 증자하여 설립한 공장으로 스팀공장을 가동한 것은 2009년 9월이고 가동이전에는 외투감면을 적용하지 않았기 때문에

조특법 제127조

제3항 및 예규(국일 46017-391, 1995.6.24., 서이 46017-11547, 2003.8.25.)에 의해 중복지원대상에 해당하지 않는다.

2) 스팀공장은 OOO공장에서 생산되는 MDI, TDI, CCD제품을 제조하기 위한 보조부문으로 2008년∼2009년 기간 중에는 스팀자체를 제품으로 판매하지 않고 내부적으로만 사용하였고 추후에 스팀자체를 제품으로 판매한다하더라도 임시투자세액공제의 내국인투자비율을 외투감면과 같이 증자분 감면대상사업만을 별도로 계산하는 방식은 법조항 및 예규의 규정이 없으므로 청구법인의 2008사업연도에 대하여 경정청구하기 전의 당초 신고분대로 경정함이 타당하므로 차액 OOO원을 추가 징수하고 2009사업연도에 대해서도 내국인투자비율을 100%를 적용하여 공제하였으므로 내국인투자비율을 45.36%로 적용하여 차액분을 추징한다.

3) 설령 임시투자세액공제를 외투감면처럼 증자분 감면대상사업만을 별도로 계산한다고 하더라도 스팀공장은 MDI, TDI, CCD제품을 제조하기 위한 보조부문으로서 MDI제품은 증자분 감면대상사업과 나머지 사업부분이 구분경리되어 있지 않으므로, 스팀공장이 MDI제품에 기여하는 부분에 상당하는 시설투자금액은 MDI제품의 내국인투자비율 45.36%를 적용하는 것이 타당하다.

(7) 처분청은 ‘청구법인이 MDI사업을 증설하기 위해 증자한 OOO원 관련 청구법인의 조세감면 신청에 대한 구 재정경제부의 조세감면결정문(경총 41500-624, 2001.12.11.)은 외국인투자 신고내용, 조세감면근거 및 감면내용, 공장입지 등에 대한 내용만 있을 뿐 MDI사업의 증자분에 의한 증설분이 새로이 시설을 설치한 것에 해당한다는 승인내용은 아니라는 의견이나, 청구법인은 전력과 같이 화학제품을 생산하는 제조부문에 필수적인 보조부문인 스팀을 생산하는 Coal-based Steam boiler Plant를 2007년부터 시설투자하여 2009년 8월에 완공하였으며 이러한 시설투자에 대한 임시투자세액 공제내역은 아래〈표1〉와 같으며 내국인 투자비율의 산출근거는〈표2〉와 같으며, 스팀시설은 2007년 중에 구 재정경제부에 의해 조세감면결정을 받고 2009.5.21. OOO원 증자하였으나 2009사업연도까지는

「조특법」제121조의4

에 따른 증자의 조세감면을 적용받지 아니하였다.

OOO

(8) 2008.3.31.「법인세법 시행규칙」별지 제8호의 부표4 공제감면세액계산서(4) 서식의 개정내용에 의한 외투기업의 감면 서식 적용(기재)요령을 살펴보면, 개정이유는 외투기업의 감면세액 계산에 있어서 증자분 감면대상사업을 구분경리한 경우 당해 증자분 감면대상사업을 기준으로 과세표준 및 외국인 투자비율을 기재하여 신고할 수 있도록 명확히 함으로써 과다(과소)한 감면세액이 산출되지 않도록 함이며(국제조세과-617,‘07.10.29 질의회신 참조), 감면대상사업 과세표준은 모든 감면대상사업(감면종료사업 포함)에서 발생한 것을 합산하여 기재하고 외국인투자비율은 총자본금을 기준으로 기재하고 다만, 증자분 감면대상사업과 기타 사업을 구분경리한 경우에는 당해 증자분 감면대상사업의 과세표준만 과세표준금액란에 기재하고, 외국인투자비율도 당해 증자분 감면대상사업을 기준으로 기재할 수 있는 것으로 나타난다.

(9) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해 보면, 처분청은 MDI사업에 대한 투자는 기존사업에 대한 증설투자이며, 생산량을 기준으로 안분한 것은 구분경리로 볼 수 없으므로 MDI사업의 증자분에 의한 증설분은 일반적인 감면세액 계산방법으로 계산한 당초 처분은 정당하다는 의견이나,

조특법 제121조의4

및 같은 법 시행령 제116조의6에 의하면 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 같은 법 제121조의2의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 이 때 증자의 개념에는 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 것을 포함하며, 같은 법 제121조의2 및 같은 법 시행령 제116조의2 제3항 1호에서 법인세를 감면하는 외국인투자는

「외국인투자촉진법」제18조

의 규정에 의한 외국인투자지역안에서 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 제조업을 영위하기 위하여 새로이 공장시설을 설치하는 경우에 적용하는 것으로 규정하고 있어 기존사업에 대한 증설투자도 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면규정을 적용받을 수 있는 것으로 보이며,

또한 청구법인이 구 재정경제부로부터 MDI사업의 증설(증자)투자에 대한 조세감면결정통보를 받은 바 있어 특별한 사정이 없는 한 이를 새로이 시설을 설치하는 감면사업으로 보는 것이 합리적이라 할 것이고,

증자분 감면세액 계산방식을 적용하기 위한 전제

조건에 관한 조세특례제한법제143조

제1항, 같은 법 시행령 제136조 제1항 및

「법인세법」제113조

및 같은 법 시행령 제156조, 같은 법 시행규칙 제75조 제2항의 규정에 의하면

법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 하며, 같은 법 시행규칙 제76조 제6항에서 ‘수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다’고 규정하고 있는 바,

청구법인의 MDI제품 공정은 모든 주원료의 공급이 Pipeline(배관)을 통하여 연속적으로 투입이 되고, 투입된 원료는 중간제품공정에서 제품을 합성하여 최종제품 생산공정으로 연속적으로 투입되어 최종제품이 생산되는 연속공정 형태이며, 생산량과 매출액은 비례관계가 있으므로 청구법인의 생산량에 의한 구분경리는「법인세

법 시행규칙」제76조 제6항의 구분경리에 해당하는 것으로 보이고,

국세청(국제세원담당관실)의 ‘외국인투자에 대한 조세감면세액 산출방법에 대한 질의’에 대한 회신에서도 ‘외국인투자기업이 같은 법 제143조 제1항에 따라 증자분 관련사업과 기타사업을 구분경리하여 당해 증자분 사업에 대하여 외국인증자에 대한 법인세 등의 감면을 신고한 경우 이에 대한 감면세액은 증자분 감면대상사업만을 기준으로 같은 법 제121조의2 제2항에 규정된 외국인투자비율 등을 산출하여 계산할 수 있다’는 내용이며, 2008.3.31. 개정된 「법인세법 시행규칙」별지 제8호의 부표4 공제감면세액계산서(4) 서식의 개정취지도 청구법인이 한 증자분 감면세액 계산방법으로 감면세액을 계산할 수 있다고 하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구법인의 위 계정서식에 따른 ‘증자분 감면세액방법’으로 계산한 감면세액의 적용을 배제하고 ‘일반적인 감면세액계산방법’으로 재계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(10) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴보면,

조특법 제127조

제3항에서

내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제26조(임시투자세액 공제, 2010.12.30. 고용창출투자세액공제로 제목 개정)를 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다고 규정하고 있는 바, 처분청은

스팀제조시설은 제조부분의 보조부문으로 기존의 감면사업인 MDI의 원재료로 사용되고 스팀공장시설은 ERP상 관리하고 있을 뿐 세법상의 자산, 부채 및 손익을 구분경리한 것으로 볼 수 없고, 2008사업연도 및 2009사업연도의 감면사업으로서 외투감면을 적용받은 것이므로

조특법 제127조

제3항(중복적용 배제)에 의거 내국인투자비율(45.36%)을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인의 스팀공장시설은 2008년 1월부터 2009년 8월까지의 기간은 시설투자만 이루어지고, 그 이후 시점부터 자체생산이 개시되었으므로 사업영위로 발생한 소득에 한해 감면이 되어야 하는 외국인투자 및 증자의 조세감면 적용여지가 없다 할 것이어서 동일 과세연도에 대한 임시투자세액공제를 중복 적용하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인의 스팀공장시설의 투자는 전액 외국인투자(증자)에 기인된 것인데도, 처분청이 청구법인의 스팀공장시설투자금액(OOO원)에 대한

임시투자세액공제액 중

조특법 제127조

의 규정에 의거 내국인투자비율(45.36%)을 적용한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

(11) 나머지 쟁점③에 대해서는 쟁점①·②에 대한 청구주장이 받아들여져 심리실익이 없으므로 이 부분 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.