조심 2016부0292 (2017.01.31)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.

OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.7.7. 2015.

8.28. 기간 동안 청구법인에 대한 2011～2014사업연도의 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2008년 회생계획인가 결정에 의한 채무조정으로 장부가액과 현재가치의 차액인 2008년 OOO원을 채무면제익으로 계상하고 익금불산입한 후, 채무면제익에 대한 현재가치할인차금 상각액을 이자비용으로 계상하였으나, 각 사업연도 법인세 신고시 현재가치할인차금상각액을 손금불산입하지 아니하고 2012년에 OOO원 전액을 일시에 손금불산입한 사실을 발견하여,

아래와 같이 2009년부터 2011년까지 이자비용으로 계상한 현재가치할인차금상각액 2009년 OOO원을 손금불산입하고, 2012년 전액 손금불산입한 OOO을 손금산입하였다.

나. 조사청이 2009～2011사업연도에 대해 이자비용으로 계상한 현재가치할인차금상각액을 손금불산입함으로써 청구법인의 2009∼2011사업연도 결손금은 아래와 같이 변동되었고,

당초 청구법인이 2012사업연도에 채무면제이익으로 일시에 손금불산입한 OOO원 포함)을 손금산입하여 경정함으로써 청구법인의 2012∼2014사업연도 소득금액은 아래와 같이 변동되었다.

다. 처분청은 위의 법인세 조사에 따른 청구법인의 결손금 및 소득금액 변동에 따라 이월결손금을 공제한 결과, 2014사업연도의 소득금액이 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 한편, 처분청은 청구법인이 2012년 변경회생계획안에 따라 상거래채무를 면제받아 OOO원의 채무면제이익이 발생하였는바, 이를 이월결손금에 충당한 것으로 보아 익금불산입하고(청구법인의 내부사정으로 남아 있는 현재가치할인차금 잔액 OOO원은 익금산입), 2012사업연도에 현재가치할인차금을 이자비용으로 계상하지 아니한 금액 OOO원을 손금산입하여 2016.7.20. 청구법인의 2012사업연도 법인세를 경정(과세표준이 OOO원으로 경정)하였고, 2012사업연도의 채무면제이익 OOO원이 2007사업연도의 결손금에 충당됨에 따라 같은 날 2013, 2014사업연도 법인세도 경정하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「법인세법」(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제13조 제1호에서 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액은 각 사업연도 법인세 과세표준에서 공제한다고 규정하면서 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나,

「국세기본법」제45조

에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다고 규정하고 있고,

그 부칙(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제3조에서 제13조 제1호 및 제91조 제1항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용한다고 규정하였다가 부칙(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제4조에서 제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용하고 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다고 개정되었다.

따라서, 2009.12.31. 개정된 이월결손금 공제규정은 부칙 제4조에 의하여 이 법 시행후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정·결정하는 분에 적용한다고 되어 있으므로, 2009사업연도분으로서 최초로 과세표준을 신고하거나, 2010년에 최초로 과세표준을 경정하거나 결정하는 분부터 적용하는 것이고, 이는 종전 부칙 제3조에서 이월결손금 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용한다고 규정하고 있는 것과 비교하여 보아도 2008사업연도 이전에 발생한 결손금으로서 2010.1.1. 이후 과세표준을 경정·결정되는 경우에는 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 발생한 결손금이 공제되는 것으로 봄이 타당한바, 이 건의 경우도 처분청이 2015년에 2009사업연도 이후분 과세표준을 경정한 것이므로 10년 이내에 발생한 2007사업연도 결손금도 각 사업연도 과세표준에서 공제하여야 한다.

(2) 처분청이 부과제척기간(5년, 이월결손금에 충당한 경우는 1년 연장하여 6년)이 경과된 것으로 보아 손금불산입하지 아니한 청구법인의 2008사업연도 현재가치할인차금상각액(이자비용) OOO원은 2008사업연도에 익금산입(유보 추인)하는 세무조정을 한 것으로 보아 2012사업연도에 익금불산입(손금산입)한 채무면제이익 2009～2011사업연도분 OOO원에 동 금액을 추가하여 손금으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 2009.12.31. 「법인세법」개정시 그 공제대상 이월결손금을 ‘법 제60조에 따라 신고하거나 법 제66조에 따라 결정·경정되거나

「국세기본법」제45조

에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정’하는 것으로 추가 규정하였는바, 2009.12.31. 개정된 이월결손금 공제 규정은 종전의 규정에서 당초 확정되지 않은 것을 차후에 손금 누락을 반영하여 이월결손금을 증가시키는 것을 방지하기 위하여 이월결손금을 결손금이 발생한 사업연도에 신고 또는 경정으로 확정된 것으로 명확하게 규정한 것이다.

이는 부과제척기간이 경과한 사업연도의 과세표준은 경정할 수 없고 따라서 그 사업연도에 귀속되는 결손금은 경정에 포함된 결손금이 아니므로 그 이후의 경정대상 사업연도의 과세표준에서 공제할 수 없다는 취지이다.

또한, 2009.12.31. 개정된 이월결손금 공제 규정은 2010.1.1. 이후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용하도록 하였으며, 개정일 이전 사항까지 소급적용(경정 결정하는 분도 적용)되는 문제점 방지를 위하여 부칙 제4조 단서에서 2009.12.31. 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정을 따르도록 한 것인바, 2010.1.1. 이후 과세표준을 경정하는 경우에 존속기간 10년이 되는 이월결손금은, 2008사업연도 이전에 발생한 결손금에 대하여 그 사업연도를 경정한 경우에 적용하는 것이다. 처분청은 2007, 2008사업연도 법인세에 대하여 부과제척기간 경과로 경정사실이 없고, 2009사업연도부터 법인세 과세표준을 경정·확정하였다.

따라서, 법인세 과세표준에서 공제가능한 이월결손금에 대해 존속기간 10년을 적용하는 것은 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 발생한 결손금이고, 2007사업연도를 경정하지 않아 이월결손금의 변동이 없는데도 2007사업연도에 발생한 이월결손금에 대해 공제가능 기간 10년을 적용할 수 없다.

(2) 이 건 과세처분(2016.7.20.) 당시 청구법인의 2008년 이자비용계상액(현재가치할인차금 상각액) OOO원은 6년의 부과제척기간을 경과하여 2008사업연도에 손금불산입하지 아니하였는바, 청구법인의 주장과 같이 2008사업연도에 익금산입(유보 추인)하는 세무조정을 한 것으로 볼 수 없으며, 2008사업연도에 익금산입하지 아니한 이상 동 금액을 2012사업연도에 익금불산입할 채무면제이익이나 손금으로 인정할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 2009사업연도 이후분 법인세 과세표준을 경정하면서

2007사업연도 결손금을 이월결손금으로 공제할 수 있는지 여부

② 부과제척기간 경과로 손금불산입하지 아니한 2008년 이자비용 계상액(현재가치할인차금상각액)에 대해 당해 사업연도에 익금산입(유보 추인)하는 세무조정을 한 것으로 보아 2012사업연도에 채무면제이익 등으로 익금불산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)

제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것)

제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

부칙 제3조(이월결손금 공제에 관한 적용례) 제13조 제1호 및 제91조 제1항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용한다.

(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)

제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나,

「국세기본법」제45조

에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.

부칙 제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

(4) 국세기본법

제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에

「소득세법」 제45조

제3항,

「법인세법」 제13조

제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

부칙 제2조(국세부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간에 발생하는 결손금부터 적용한다.

(5) 법인세법

제18조【평가이익 등의 익금불산입】다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자산의 평가이익. 다만, 제42조 제1항 각 호에 따른 평가로 인하여 발생하는 평가이익은 제외한다.

2. 이월익금(移越益金)

3. 제21조 제1호에 따라 손금에 산입하지 아니한 법인세 또는 법인지방소득세를 환급받았거나 환급받을 금액을 다른 세액에 충당한 금액

4. 국세 또는 지방세의 과오납금(過誤納金)의 환급금에 대한 이자

5. 부가가치세의 매출세액

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액(이하 생략)

(6) 법인세법 시행령

제10조【결손금공제】① 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의

공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다

.

② 법 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 결손금은 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제된 것으로 본다.

1. 법 제17조 제2항의 규정에 따라 충당된 결손금

2. 법 제18조 제6호에 따라 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금

3. 법 제72조 제1항의 규정에 따라 공제받은 결손금

제18조【이월결손금】① 법 제18조 제6호에서 "대통령령으로 정하

는 이월결손금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의3 제2항 및 제46조의3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

2. 법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 아니하였으나 다음 각 목의 1에 해당하는 결손금중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것

가.「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것

나. 삭제 <2006.2.9.>

다.「기업구조조정 촉진법」에 의한 경영정상화계획의 이행을 위한 약정이 체결된 법인으로서 채권금융기관협의회가 의결한 결손금

② 제10조 제1항 및 제2항의 규정은 제1항의 규정에 의한 이월결손금의 계산에 관하여 이를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 기획재정부에서 발간한 “2009 간추린 개정세법”에 의하면, 각 사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금을 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 공제되지 아니한 금액으로 규정하고 있다가,

「법인세법」제60조

에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나

「국세기본법」제45조

에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금으로서 공제되지 아니한 금액에 한정하도록 2009.12.31. 「법인세법」 개정시 제13조 제1호 후문을 신설한 것으로 되어 있고, 개정이유는 법적 안정성 등을 감안하여 공제가 가능한 이월결손금을 신고ㆍ경정 등을 통해 확정된 결손금으로 명확하게 하기 위함으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된

「법인세법」제13조

제1호에서 “각 사업연도의 개시일 전 10년(개정 전 5년) 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”을 각 사업연도의 소득금액에서 공제할 이월결손금으로 규정하면서 그 부칙 제3조에서 “이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용”하는 것으로 규정하고 있다가 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된

「법인세법」제13조

제1호 후문에 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나

「국세기본법」 제45조

에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다”는 내용의 후문을 신설하였고, 그 부칙 제4조는 “제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한

결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거

나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있는바,

2009.12.31. 개정된

「법인세법」제13조

제1호 후문규정은 과세표준과 세액의 확정절차(신고ㆍ수정신고ㆍ결정ㆍ경정)를 통하여 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도의 손금 총액이 그 사업연도의 익금 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액을 세무상 결손금으로 보아 그 후 사업연도의

소득에서 이월결손금으로 공제할 수 있도록 하던 것을 확정절차

를 통하여 확정된 결손금만을 이월결손금으로 공제하도록 함으로써 이월

공제할 수 있는 결손금의 범위를 축소시킨 규정에 해당한다 하겠다.

청구법인의 2007사업연도 결손금은 신고 등을 통해 확정된 결손금으로서

2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된「법인세법」부칙 제4조의 단서에는 적용되지 아니하고, 그 본문의 “이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 ‘경정ㆍ결정’하는 분”에 해당한다 할 것인바, 여기에서 ‘경정·결정’하는 분이라 함은 2008.12.26. 개정된 「법인세법」부칙 제3조에서 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 2009.12.31. 개정된 「법인세법」에서 공제할 수 있는 이월결손금의 범위를 축소한 것으로 보이는 점 등에 비추어 ‘결손금이 발생한 당해 사업연도의 과세표준을 경정·결정’하는 경우를 의미한다 할 것이므로,

청구법인의

2007사업연도의 결손금은 부과제척기간의 경과로 인해 과세표준을 경정할 수 없는 경우로서 그 후 사업연도의 소득

에서 이월결손금으로 공제할 수 없다고 봄이 타당하다고 판단된

다(조심 2012서2914, 2014.8.11. 참조).

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 법인세 경정결의서 등 심리자료에 의하면 이 건 과세처분(2016.7.20.) 당시 청구법인의 2008사업연도 이자비용계상액(현재가치할인차금상각액) OOO원은 처분청이 부과제척기간 경과로 인하여 손금불산입하지 아니하였는바, 청구법인의 주장과 같이 2008사업연도에 익금산입(유보 추인)하는 세무조정을 한 것으로 보기는 어려운 점, 이자비용을 계상한 2008사업연도에 손금불산입하지 아니한 이상 동 금액을 2012사업연도에 이월결손금의 보전에 충당한 채무면제이익 등으로 보아 익금불산입하거나 손금으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 2008사업연도 이자비용 OOO원 상당액을 2012사업연도에 익금불산입(손금산입)하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법

」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.