조심 2016부1585 (2016.08.31)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은「국가균형발전 특별법」등에 의한 지방이전 공공기관으로 2014.12.1. OOO에서 OOO으로 본사를 이전하였고, 2013년 연차휴가 미사용에 따른 수당(이하 “쟁점연차수당”이라 한다)과 2014년 임금인상 소급분(2014년 임금인상 협상 12월에 타결, 이하 “쟁점급여”라 하고, 쟁점연차수당과 합하여 “쟁점급여 등”이라 한다)을 2014년 12월말에 지급하고 2014사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2에 따라 아래 <표1>과 같이 OOO원의 법인세 감면신청을 하였다. <표1> 청구법인 법인세 감면세액 신청내용 ㆍㆍㆍ 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점급여와 쟁점연차수당에는 청구법인이 본사를 지방으로 이전하기 전 근로를 제공함에 따라 발생한 금액이 포함되어 있는 것으로 보아 본사 이전 전·후의 근무일수별로 안분하여 이전 후의 근로제공기간에 대응하는 금액을 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액으로 보아 세액감면 비율을 재계산한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 조사청이 재계산한 과세자료에 따라 2015.12.21. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원OOO을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 국세청 예규인 OOO(2010.7.21., 이하 “종전예규”라 한다)가 법 개정 전의 해석이고, 본건과 사실관계가 달라 적용할 수 없다는 이유로 쟁점급여 등은 이전 전·후의 근무일수로 안분하여 감면대상을 계산하여야 한다는 의견이나, 이는 아래와 같은 이유로 수긍하기 어렵다. (가) 종전예규는 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목의 규정 개정 후에도 동일하게 적용되어야 한다. 1) 2011.12.31. 개정 전의 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목의 규정은「해당 과세연도의 이전 본사 근무 인원이 ‘이전 후에 받는 급여 총액’이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여총액에서 차지하는 비율」로 규정하고 있었는바, 여기서 ‘이전 후에 받는 급여총액’에 대해 국세청은 이전일 이후의 근로제공기간에 해당하는 급여액을 말하는 것으로 이전일 이후에 성과상여금이 확정되는 경우에는 성과상여금의 지급의무가 확정되는 날을 기준으로 이전비율을 계산하는 것으로 해석하였고, 2011.2.1. 조특법 기본통칙 OOO을 신설하여 ‘이전일 이후의 근로제공기간에 상당하는 급여총액’으로 한다고 규정하였다. 2) 그 후 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목 규정은 2011.12.31. 「해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 ‘이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여총액’이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간급여총액에서 차지하는 비율」로 개정되었고, 국세청 발간 2012 개정세법 해설책자에서는 개정이유에 대해 ‘이전 후에 받는 급여총액’을 근로제공기간을 기준으로 하지 않고 급여지급일로 잘못 적용할 소지가 있어 이를 명확화한 것이라고 설명하고 있다. 3) 즉, ‘이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여총액’은 개정 전 ‘이전 후에 받는 급여총액’의 의미가 이전일 이후의 근로제공기간에 해당하는 급여액을 말한다는 종전예규 및 조특법 기본통칙 OOO 규정을 명문화한 것이지 기존의 입장을 새롭게 한 것은 아니다. 4) 다만, 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목 규정을 적용함에 있어서 근로제공기간에 확정된 급여를 지급하는 경우에는 개정 전후 해석상 다툼의 여지가 없으나, 근로제공기간 중에 확정되지 않고 지급시점에 확정되는 성과상여금 등의 경우 근로제공기간에 따라 안분하는지 아니면 확정시기의 급여로 볼 것인지에 대해 쟁점이 되고 있다. 이에 대해 국세청은 종전예규에서 “이전 일 이후의 근로제공기간에 해당하는 급여액을 말하는 것으로 이전일 이후에 성과상여금이 확정되는 경우에는 성과상여금의 지급의무가 확정되는 날을 기준으로 이전비율을 계산하는 것”으로 해석하면서 그 이유에 대해서는 언급은 없으나 정책적·실무적 차원을 고려한 해석으로 판단된다. 5) 위와 같이 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목의 개정은 법 개정 전에 대한 종전예규 및 조특법 기본통칙의 내용을 그대로 옮긴 것에 불과함에도 개정 전 규정에 대한 해석이어서 이를 개정규정에는 적용할 수 없다는 처분청 의견은 설득력이 없다. (나) 본건은 종전예규의 사례와 동일하게 적용하여야 한다. 1) 처분청은 종전예규의 성과상여금은 일정한 성과지표나 목표를 달성한 경우에만 지급되는 특성을 띠고 있기 때문에 특정 기간(월·주·일 등) 또는 특정 사건(횟수별 등)단위로 균등하게 배분할 수 없는 성격의 임금에 해당하지만, 쟁점급여는 본사가 이전(2014.12.1.)하기 이전의 기간인 2014.1.1.～2014.11.30. 기간동안 각각의 월별 급여 소급인상액이 합계되어진 것으로서 특정 기간인 월단위로 기간 단위로 배분되는 성격의 임금이고, 쟁점연차수당은 비록 일정한 조건(근로기준법에 따라 1년간 8할 이상 출근한 근로자에게 제공)을 충족하여야만 지급된다는 특성이 있지만 특정한 기준인 ‘연차 미사용 횟수’에 따라 비례하여 지급되는 성격이므로, 근무기간 별로 상응하여 합리적으로 배분할 수 있는 성격의 임금이라는 점에서 그 성격이 달라 종전예규를 적용할 수 없다고 주장하고 있다. 2) 그러나 종전예규에서 5월과 11월에 지급하는 성과상여금은 각각 직전연도 11월부터 당해연도 4월까지에 대한 정기상여금과 당해연도 5월부터 10월까지에 대한 상여금으로 근무제공기간이 정해져 있음에도 지급의무가 확정되는 날을 기준으로 이전비율을 계산하도록 한 것은 특정기간(월, 주, 일 등) 또는 특정 사건(횟수별 등) 단위로 균등하게 배분할 수 없는 성격이기 때문이라기보다는 근로제공기간 중에는 근로제공에 따른 대가를 알 수 없기 때문에 정책적·실무적 차원에서 확정되는 때를 기준으로 감면대상을 판단한다는 취지로 보아야 할 것이다. 3) 위와 같이 노사 간 임금협상이 타결되기 전까지는 그 인상률을 전혀 예측할 수 없었던 쟁점급여와 연말이 되기 전까지는 그 미사용일수를 전혀 예측할 수 없었던 쟁점연차수당에 대해 종전예규의 성과상여금의 경우와 달리 볼 것이 아니므로 확정되는 때를 기준으로 감면대상을 판단하여야 할 것이다. (다) 지방이전에 관한 세액감면의 입법취지는 수도권과밀화를 억제하고 지역균형발전을 촉진함으로써 국토의 균형 있는 발전을 도모하기 위해 제정된 조세 특례이다. 지방이전 후 청구법인의 임직원들에게 지급된 급여 및 수당은 당해지역에서 소비지출로 연결되고, 이러한 소비지출은 당해지역의 영세상인과 소상공인의 생계안정은 물론, 지역경제활성화에 직ㆍ간접적으로 크게 기여를 하고 있다. 이러한 점에서 근로제공기간에 확정될 수 없는 급여 등이 본사 이전 후에 확정되는 때에는 확정된 때를 기준으로 판단하는 것이 지역 간 균형발전이라는 입법취지에 부합한다. (2) 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 해당하는지에 대하여 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다OOO. (나) 조세심판원은 국세청장의 종전해석이 「부가가치세법」규정에 위반되는 해석이라 하더라도 종전해석을 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 관련 부가가치세를 신고ㆍ납부하기를 기대하기는 어려워 보이므로 종전해석이 있은 후부터 새로운 해석이 있기 전까지 납세자가 대납한 위약금 등에 대한 부가가치세를 과세하면서 신고·납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 결정하였다OOO (다) 쟁점급여 등을 처분청 의견처럼 본사이전 전ㆍ후 일수에 따라 안분하는 것이 정당하다고 하더라도, 청구법인은 종전예규에 따라 감면세액을 계산한 것이므로 그 과소신고·납부책임을 탓할 수는 없다고 할 것이므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 종전예규에 따라 지급의무가 확정된 날을 기준으로 감면비율 계산하였는바, 당초 신고가 적정하다는 주장에 대하여 (가) 청구법인은 종전예규에서 성과상여금에 대해 지급의무가 확정되는 날을 기준으로 감면비율을 계산하도록 한 것은 근로제공기간에는 그 대가를 알 수 없기 때문에 확정되는 때를 기준으로 감면대상을 판단한다는 취지로서, 입금협상이 타결되기 전까지는 지급액을 예상할 수 없었던 쟁점급여와 쟁점연차수당을 같은 맥락으로 보아 확정되는 날을 기준으로 감면비율을 계산함이 적정하다고 주장하나, 청구법인이 참고한 종전예규는 2010.7.21. 생성되었고, 이후 2011.2.1. 조특법 기본통칙 OOO이 신설되고, 2011.12.31. 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목 규정이 개정되었는바, 구 법률에 기초한 질의회신을 그대로 적용하는 것은 곤란하다. (나) 성과상여금은 비정액형태로 지급되는 것으로서, 각각의 월별 급여 소급인상액이 합쳐진 쟁점급여 및 근무기간 중 ‘연차 미사용 횟수’에 따라 비례하여 지급되는 쟁점연차수당과는 그 성격을 달리한다. 또한, 성과상여금은 일정한 성과지표나 목표를 달성한 경우만 비정액형태로 지급되는 것으로 특정기간 단위로 균등하게 배분할 수 없는 성격의 임금에 해당하지만, 쟁점급여는 2014년 연간급여의 임금인상분을 소급하여 일시에 지급한 것으로 본사이전 전 기간(2014.1.1.～2014.11.30.) 근로제공에 대한 대가와 이전 후 기간(2014.12.1.～2014.12.31.) 근로제공에 대한 대가가 함께 포함되어 있으므로, 그 확정·지급이 본사이전 후라 할지라도 각각의 월별 소급인상액이 합쳐진 쟁점급여 전체를 본사이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여로 볼 수 없다. (다) 쟁점연차수당은 「근로기준법」에 따라 1년간 8할 이상 출근한 근로자에게 제공되는 법정연차휴가를 근로자가 미사용하여 발생한 수당으로, 1년간의 근로에 대한 대가로 지급되어지는 성격이므로OOO, 그 확정·지급이 본사이전 후라 할지라도 지급액 전체를 본사이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여로 볼 수 없는 것이다. (2) 청구법인은 지방이전 세액감면 특례규정은 “수도권 과밀화를 억제하고 지역균형발전을 촉진함으로써 국토의 균형 있는 발전을 도모”하기 위해 제정된 것으로, 지방이전 후 청구법인의 임직원들에게 지급된 급여 및 수당은 당해지역에서 소비지출로 연결되고, 이는 당해지역의 지역경제 활성화에 기여하는바, 이전 후에 확정된 소득은 조세감면에 포함되는 것이 입법취지에 부합된다고 주장하나, 세액감면 특례규정은 지역 간의 균형발전을 위한 조세로서, ‘본사의 지방이전’ 이라는 결과가 없었다면 감면이 적용될 여지가 없어진다는 것은 당연하고, 이러한 관점에서 본다면 쟁점급여와 쟁점연차수당 중 본사가 지방으로 이전하기 전 근로제공기간에 상당하는 급여분은 ‘지방이전’ 이라는 행위이전에 제공된 근로제공의 대가로서 이전행위와는 상응 관계가 없이 지급되어진 급여로서 ‘지방이전’이 없었더라도 지급되어질 급여이므로 지방이전을 위해 만들어진 조세감면의 혜택을 부여할 아무런 입법적 이유가 없다고 판단되며, 본사 이전 전 기간에 해당하는 수당 및 급여를 이전 후에 확정·지급하는 방법으로 감면소득 을 임의로 조절하는 편법적인 행위를 허용하는 결과를 초래하게 된다. (3) 종전예규의 성과상여금과 달리 월단위로 배부된 금액의 합계액인 쟁점급여 및 특정한 기간 중 ‘연차 미사용 횟수’에 따라 비례하여 지급되는 성격의 쟁점연차수당은 기간별로 합리적으로 배분할 수 있는 성격의 임금이므로 그 성격이 같지 않고, 종전예규 생성 이후 관련 통칙 및 법령이 개정되어 종전예규를 그대로 적용하는 것이 무리가 있다고 판단되는바, 납세자가 그 의무를 이행하지 못한 데 대하여 정당한 이유가 있다고 보기 어려우므로 이 건 가산세 부과처분 또한 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 지방이전법인의 감면대상소득금액 계산시 쟁점급여 및 쟁점연차수당에 대하여 근로제공기간 해당분을 안분·재계산하여 법인세를 과세한 처분의 당부 ② 이 건이 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 해당하는지 여부 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다) ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액 나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율 다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율 3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. (2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율 (3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 법인등기부에 의하면, 청구법인은 2014.12.1. 본사를 OOO에서 OOO으로 이전한 것으로 나타난다. (2) 청구법인의 보수규정 및 쟁점급여와 관련하여 직원들에게 공고한 지급안내문의 내용은 아래와 같다. ㆍㆍㆍ (3) 청구법인의 보수규정 제19조(연차휴가보상금) 지급규정은 아래와 같다. ㆍㆍㆍ (4) 종전예규와 새로운 예규는 다음과 같다. ㆍㆍㆍ (5) 기획재정부가 발간한 「2011간추린개정세법」의 내용은 다음과 같다. ㆍㆍㆍ (6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 조특법 개정 전 ‘이전 후에 받는 급여총액’의 의미가 이전일 이후의 근로제공기간에 해당하는 급여액을 말한다는 종전예규를 명문화한 것이지 기존의 입장을 새롭게 한 것은 아니므로 당시 적용되는 종전예규에 따라 지급의무가 확정된 날을 기준으로 감면비율을 계산하는 것이 타당하다고 주장한다. (나) 대법원은 2014.3.13. 선고 OOO 판결에서 연차휴가수당의 지급여부에 관해 「근로기준법」제60조 제1항은 연차유급휴가에 관하여 사용자는 1년간 8할 이상 출근한 근로자에게 15일의 유급휴가를 주어야 한다고 규정하고 있는데, 이는 근로자에게 일정기간 근로의무를 면제함으로써 정신적·육체적 휴양의 기회를 제공하고 문화생활의 향상을 기하려는데 그 취지가 있고OOO, 이러한 연차유급휴가는 근로자가 사용자에게 근로를 제공하는 관계에 있다는 사정만으로 당연히 보장받을 수 있는 것이 아니라, 1년간 8할 이상 출근하였을 때 비로소 부여받을 수 있는 것이므로 다른 특별한 사정이 없는 한 이는 1년간의 근로에 대한 대가라고 볼 수 있고, 따라서 근로자가 연차유급휴가를 사용하지 못하게 됨에 따라 사용자에게 청구할 수 있는 연차휴가수당은 임금에 해당한다고 판결하였다. (다) 이 건이 적용되는 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목은 “해당 과세연도의 이전 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 급여총액에서 차지하는 비율”이라고 명시된 점, 위 판례OOO에 비추어 쟁점급여 및 쟁점연차수당은 지급시점에 확정되는 임금이라고 보기 어렵고 1년간의 근로에 대한 대가라고 보이는 점, 2011.12.31. 조특법 개정 전의 성과상여금에 관한 종전예규를 조특법 개정 이후의 쟁점급여 및 쟁점연차수당에 대해 동일하게 적용하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 종전예규에 따라 감면세액을 계산한 것이므로 신고·납부책임을 탓할 수는 없다고 할 것이므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다고 주장한다. (나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다OOO. (다) 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 대해, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것이다OOO. (라) 위 (6)에서 살펴본 바와 같이 이 건에 적용되는 조특법 제63조의2 제2항 제2호 나목이 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되었고, 종전예규는 법 개정 전 예규이고 성과상여금에 관한 것으로 이를 연차수당과 임금인상분에 관한 이 건에 그대로 적용하는 것은 무리가 있다고 보이는 점, 청구법인이 신고ㆍ납부의무를 해태한 것이 종전예규에 따른 것이라 하더라도 그것이 관계법령의 해석상 명백히 부합하지 아니한 경우에는 가산세 면책사유인 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 가산세 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.