조심 2021서2158 (2021.11.16)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(고가주택, 이하 “쟁점주택”이라고 한다)를 1995.12.18. 취득하여 2018.9.20. 양도하고(쟁점주택 양도 당시, 청구인 세대는 쟁점주택 외에 2002.11.5. 취득한 임대주택과 2016.1.18. 취득한 대체주택 등 3주택을 보유하고 있었으며, 동 주택은 모두 조정대상지역에 위치함),

「소득세법 시행령」 제155조

제1항(일시적 2주택 비과세) 및 제20항(임대사업자의 거주주택 비과세)에 해당한다고 보고, 양도가액 OOO원에 해당하는 양도차익은 비과세로, OOO원 초과분 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인은 처분청의 세무조사 결과에 따라 양도가액 OOO원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 과다공제하고 중과세율을 미적용한 사실을 인정하고 2020.4.30. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(신고 및 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 수정신고를 하였다가, 2020.10.20. 장기보유특별공제와 일반세율이 적용되어야 한다며 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 2020.12.3. 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 양도소득세 중과(장기보유특별공제 및 일반세율 배제) 대상으로 보고 경정청구를 거부한 처분은 일시적 2주택 특례규정의 취지에 부합하지 아니하고,

「국세기본법」 제18조

(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항에도 위배되므로 취소되어야 한다.

(가)

「소득세법 시행령」 제115조

제1항에 의하면 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있는바, 위와 같은 일시적 2주택 특례규정은 주거생활의 안전과 거주·이전의 자유를 보장하기 위해 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우, 다른 주택을 취득한 날로부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하면 1세대 1주택의 양도로 보아 양도소득세를 부과하지 않으려는 데에 그 취지가 있다.

(나) 청구인의 경우 외견상 1995년부터 1세대 1주택이었고, 2008년부터는 1세대 2주택이었으며, 2016년부터 2018년까지 일시적으로만 1세대 3주택이었다. 그런데 청구인의 배우자가 2008년 취득한 주택은 임대주택으로 청구인이 거주한 주택이 아니다. 청구인은 2008.12.29. 쟁점주택에서 거주하다가 이사 목적으로 2016.1.18. 신규주택을 취득하였고, 쟁점주택에서 2016.11.25. 신규주택으로 이사하여 현재까지 거주하고 있다. 즉 청구인 세대는 2016년부터 2018년 사이에 거주하는 주택과 임대주택만을 소유하였다고 볼 수밖에 없다.

(다) OOO은 2012년부터 2018년까지 장기임대주택과 일시적 1세대 2주택을 소유하고 있는 경우의 질의에 대하여, 일시적 2주택 특례가 적용된다고 회신하였고(서면-2018-부동산-2120, 2018.7.11. 등), 이러한 세법 해석은 일반적으로 납세자들에게 받아들여졌다. 그런데 2019.11.1. 고가주택 양도일 현재 3주택 이상인 경우 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 세법해석을 변경하였고, 이에 기초하여 처분청은 청구인에게 수정신고하도록 안내하였는데, 이는 납세의무 성립 이후에 새로운 해석으로 소급하여 과세하는 것이므로

「국세기본법」 제18조

제3항을 정면으로 위배된다.

(2) 대법원은 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결에서 “장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(대체주택)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다.”고 판단하였고, 동 판결이 유지되고 있는 상황에서 정부는 이른바 8.2 부동산대책(2017.8.2.)을 통하여 1세대 다주택자에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한다는 방침을 발표하고 「소득세법」을 개정하였는데, 청구인은 투기목적 없이 이사를 위하여 대체취득을 한 것이므로 대법원 판결에 따라 쟁점주택의 양도를 중과세 대상이 아닌 것으로 볼 여지가 충분하고, 설령 3주택자의 양도로 보아 중과세하는 것이 맞다고 하더라도, 이는 세법 해석상 의의(疑意)가 있는 경우로 볼 수 있으므로 가산세 부분에 대한 경정청구를 거분한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 다르므로 별개로 적용되어야 하는바,

「소득세법」 제89조

제1항 제3호는 양도가액 9억을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고, 이에 따라 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 하고 있다.

(2) 또한

「소득세법」 제95조

제2항은 같은 법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에서 보유주택 수 계산시 장기임대주택을 산입하지 아니한다는 규정이 없으며,

「소득세법」 제104조

제7항 제3호에서 조정대상지역내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 기본세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면에 취득 당시 투기목적이 없었다거나 일시적으로 3주택에 해당하는 등의 사유로 위 규정의 적용을 배제하라는 명문규정은 없다.

(3) 따라서 청구인은 쟁점주택 양도 당시 조정대상지역 안에 있는 쟁점주택을 포함하여 3주택을 보유하고 있었으므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 대체주택 취득과정에서 일시적으로 3주택을 보유하였으므로 양도소득세 중과(장기보유특별공제 및 일반세율 배제) 대상으로 보고 경정청구를 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및

주거환경정비법」 제74조

에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택

정비에 관한 특례법」 제29조

에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에

「주택법」 제63조의2

제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1.

「수도권정비계획법」 제2조

제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군,

「지방자치법」 제3조

제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치

등에 관한 특별법」 제6조

제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

(3) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 세대는 1995.12.18. 쟁점주택을 취득하여 거주하다가 2016.1.18. 대체주택을 취득하고, 2018.9.20. 쟁점주택을 양도하였으며, 쟁점주택 양도 당시의 주택 보유현황은 다음과 같다.

OOO

(2) 청구인은 처분청의 세무조사 결과에 따라 쟁점주택의 양도차익 중 OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제와 일반세율의 적용을 배제하여 양도소득세를 수정신고하였다가, 장기보유특별공제와 일반세율이 적용되어야 한다며 경정청구를 하였고, 처분청은 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①·②에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구인은 대체주택 취득과정에서 일시적으로 3주택을 보유하게 되었으므로 OOO원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제와 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되어 2018.1.1.부터 시행된

「소득세법」 제95조

제2항 및 제104조 제7항은 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 점, 1세대 3주택의 범위에 관하여 규정한 같은 법 시행령 제167조의3 제1항은 제1호(지역기준)에 해당하는 주택만을 주택수에서 제외하도록 규정하고 있으므로 쟁점주택은 이에 해당하지 않는 점, 현행 「소득세법」은 일시적 2주택자가 대체주택 취득일부터 3년 내에 종전 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택으로 비과세하도록 하고 있으나 임대사업자의 거주주택 등 1세대 1주택 비과세 특례대상 주택이 대체주택으로 일시적으로 3주택자가 된 경우 중과대상에서 제외한다는 별도의 규정을 두고 있지 않으며 「소득세법」상 1세대 1주택 비과세 특례규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 그 입법취지가 다른 점 등을 감안하면, 청구인의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 또한, 청구인은 과세관청이 세법 해석에 관하여 신고 당시에 적용하던 견해를 그 이후에 변경한 경우

「국세기본법」 제18조

(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항에도 위배된다고 주장하나, 과세관청의 행정해석이 있었다는 사정만으로 그와 같은 내용의 비과세 관행이 있었다고 볼 수는 없고, 처분청이 청구인의 양도소득세 신고 내용을 적법한 것으로 인정한 사실도 없으므로 이 주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로, 청구인은 OOO의 기존 행정해석에 따라 양도소득세를 신고하였고, 임대주택과 거주주택 및 대체주택 등 3주택을 보유한 자가 거주주택을 양도하는 경우 양도소득세 중과대상에 해당하는지 여부는 세법 해석상 의의(疑意)가 있으므로 가산세 부분에 대한 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 조정대상지역에 있는 3주택을 보유한 경우에는 개정 「소득세법」 규정에 따라 OOO원 초과분 양도차익에 대하여는 양도소득세를 중과세(장기보유특별공제 및 일반세율 배제)하도록 되어 있고, OOO의 기존해석은 조정지역에 있는 3주택자에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용한다는 취지는 아닌 점 등을 감안하면, 청구인의 이 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2020서2295, 2020.11.23. 등, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.