조심 2022서7018 (2022.11.10)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은「건설산업기본법」에 따라 조합원에게 필요한 보증과 자금의 융자 및 공제사업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 종합합산과세대상 토지 5건과 별도합산과세대상 토지 47건(이하 “쟁점토지”라 한다)을 보유하고 있다.

나. 처분청은 청구법인의 2021년 귀속 종합부동산세 산출시「종합부동산세법 시행령」(이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 공제할 재산세액을 OOO원으로 산정한 후, 2021.11.25. 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.11. 이의신청을 거쳐 2022.7.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

종합부동산세 산출시 공제되는 재산세액 계산 시 종합부동산세와 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하면 공제할 재산세액이 실제보다 적게 되어 이중과세 문제를 야기할 뿐만 아니라 해당 시행령 규정은 종부세법의 위임범위를 벗어난 것으로 부당하다.

(1) 이 건 종합부동산세 부과처분은 위헌적 법령에 근거한 것이므로 부당하다.

행정청이 어느 법률에 근거하여 행정처분을 한 후에 헌법재판소가 그 법률을 위헌으로 결정한다면, 결과적으로 그 행정처분은 법률의 근거 없이 행하여진 것과 마찬가지가 되어 하자 있는 것이 된다.

나아가 대법원은 헌법재판소의 위헌 결정이 있기 전이라 해도 행정처분이 위헌인 법률에 근거했다면 이는 적어도 행정처분의 취소사유가 될 수 있다는 입장을 밝힌 바 있는데(대법원 1994.10.28. 선고 92누9463 판결), 헌법재판소 역시 마찬가지 입장이었으며, 행정처분의 집행이 이미 종료되었고 쟁송기간이 지난 경우까지도 헌법재판소의 위헌 선고로 근거법규의 위헌성이 확인되었다면 당연무효 사유를 인정하기까지 하였다(헌법재판소 1994.6.30. 선고 92헌가18 결정 참조).

이처럼 근거법령이 위헌이라면 처분의 효력을 그대로 유지할 수 없다는 것이 대법원과 헌법재판소의 확고한 입장인바, 특히 쟁점규정과 같은 시행령 규정에 대해서는 대법원을 정점으로 하는 법원이 직접 위헌ㆍ위법 심사를 할 수 있다(

헌법 제107조

제2항).

(2) 쟁점규정은 이중과세금지원칙에 반하여 납세자의 재산권을 부당히 침해하므로 위법하다.

종합부동산세와 재산세는 모두 보유세로서 동일한 시점에, 동일한 납세의무자에게, 동일한 과세물건(부동산)에 대하여 부과되므로 이는 이중과세의 문제를 야기한다.

쟁점규정은 종합부동산세와 재산세가 중복하여 부과되는 이중과세 부분을 계산하기 위한 규정으로 이를 계산하기 위해서는 “(공시가격-공제금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은비율 × 재산세율”로 계산해야 하고, 만일 이 사건 쟁점규정의 문언 그대로 적용하여, 처분청 의견과 같이 “(공시가격-공제금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세율”의 산식으로 계산하면 공정시장가액비율이 이중으로 곱하여지기 때문에 공제되어야 할 위 부분이 적절하게 공제되지 않고 실제보다 적게 공제되어 이중으로 과세되는 부분이 늘어나게 됨은 계산상 분명하다.

이처럼 쟁점규정을 문언 그대로 적용하면 도저히 헌법적으로 용인될 수 없는 이중과세를 방치하게 되어, 조세법률주의상 실질과세원칙에 반하는 것은 물론이고, 납세자의 재산권을 침해하게 되는 위헌적 결과에 이르게 된다(헌법재판소 1994.7.29. 선고 92헌바49 결정, 헌법재판소 2006.6.29. 선고 2004헌바76 결정, 헌법재판소 2009.3.26. 선고 2006헌바102 결정, 대법원 2013.9.26. 선고 2011두25142 판결 등 참조).

(3) 국세청은 쟁점규정과 관련하여 시행규칙에 규정했던 계산식을 시행령에 반영함으로써 형식적인 문제만을 탈피하려고 했으나, 이러한 개정만으로는 대법원이 명확히 지적했던 이중과세의 위헌성을 전혀 제거할 수 없다.

쟁점규정에서 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율이란 종부세법상 과세표준을 결정하기 위해 규정된 비율이고,

「지방세법 시행령」제109조

제2항에 따른 공정시장가액비율이란「지방세법」상 토지, 건축물, 주택에 대한 재산세 과세표준을 결정하기 위해 규정된 비율인바, 대법원은 분명히 두 비율 중 적은 비율을 곱해야 한다고 판시했는데, 쟁점규정은 여전히 두 비율을 중복해서 곱하는 방식으로 규정되어 있어 대법원 판례에 명백히 반하는 방식을 채택한 것이므로 처분청이 쟁점규정의 문언대로 해석하여 적용한 것은 위헌적 해석이고, 종부세법 개정의 경위 및 취지에도 명백히 반하는 것이다.

(4) 쟁점규정은 모법인 종부세법이 위임범위를 일탈하였으므로 위법하다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.1.17. 선고 2007두11139 판결 등).

쟁점규정의 모법인 종부세법의 개정 경과를 살펴보면, 2008.12.26. 법률 제9273호 개정으로 세액 조정기능을 하는 ‘연도별 적용비율’이 사실상 동일한 ‘공정시장가액비율’로 대체되었을 뿐, 그 외에 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하고자 하는 취지의 개정은 이루어지지 않았는바, 그렇다면 쟁점규정과 같이 종전보다 재산세액 공제액을 축소하는 것은 입법자의 의사에 반한다고 할 것이고, 실제 법원도 이 사건 부과처분과 동일한 쟁점이 문제된 사안에서 종부세법 개정으로 과세표준이 축소되었더라도 그 개정 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하는 것이라 볼 수 없다고 하면서, 종전보다 공제액을 축소하는 쟁점규정이 법률에 의한 위임범위를 넘어 규정된 것으로 위법하여 효력이 없다고 판단한 바 있으므로(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결), 따라서 쟁점규정은 법률에 의한 위임범위를 넘어 규정된 것으로 위법하여 효력이 없다 할 것이고, 이에 근거한 이 사건 부과처분도 위법하다 할 것이다.

(5) 결국, 종합부동산세 산출세액에서 처분청이 실제 공제한 재산세액을 공제하면, 처분청의 청구인에 대한 부과처분 세액이 될 것이고, 청구주장과 같이 적법·정당한 쟁점규정 해석에 따라 종합부동산세 산출세액에서 공제되어야 할 재산세액을 공제하면, 정당하게 부과되어야 할 세액은 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원이 되므로 이를 초과하는 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

종부세법에서는 동일 재산에 대한 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세 상당액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 세액을 산출함으로써 이중과세를 방지하고 있는바,

종부세법 제8조

제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격(공시가격-종합부동산세 과세기준금액)에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 아래 ＜표1＞과 같이 산정하고 있다.

＜표1＞ 종합부동산세 과세표준

종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 종합부동산세 과세표준에 부과된 재산세액이고,

「지방세법」제110조

제1항에 의하면, 같은 법 시행령 제109조의 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 재산세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 2015.11.30. 개정

종부세법 시행령 제4조의2

및 제5조의3에 의하여 종합부동산세에서 공제되는 재산세의 계산을 명확히 한 바 있다.

대법원 판결(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)에서는 “종전 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.”고 판단하였는바, 이에 따라 2015.11.30. 대통령령 제26670호로

종부세법 시행령 제4조의2

를 아래 ＜표2＞와 같이 개정함으로써 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’역시 축소되어야 한다는 것을 분명히 하였다.

＜표2＞ 종합부동산세에 대한 재산세 공제액 산식 명확화

종합부동산세는 공제액(구 과세기준금액)을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금으로 과세표준 산정시 공시가격 합계액(1세대 1주택은 3억원을 공제한 금액)에서 공제액(주택 6억원, 종합합산토지 5억원, 별도합산토지 80억원)을 공제한 금액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정하므로, 과세표준에서 제외되는 공제액[(공시가격 합계액-6억원 공제액 등) × (1­공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세가 부과되지 않으므로 이중과세의 문제가 발생하지 아니하는바, 공제액을 초과하는 공시가격 중 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여는 종합부동산세가 부과되므로 종합부동산세 과세표준에 부과된 재산세를 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고 있는 것이다.

위와 같이 종부세법 시행령 개정을 통해 종합부동산세 계산 시 기납부한 재산세액의 공제 산식을 명확히 하여 법집행의 안정성과 예측가능성을 통한 납세자의 재산권 침해의 소지를 제거하였는바, 종부세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 종합부동산세에서 기납부 재산세액으로 공제함으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것이므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세 산출시 공제되는 재산세액 계산 시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하도록 한 종부세법 시행령 규정이 상위 법령에 위배되므로 이 건 종합부동산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 이 건 종합부동산세 과세표준 및 세액결정(경정)결의서의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같은바, 종합합산과세대상 토지 5필지와 별도합산대상토지 47필지에 대하여 감면후 공시가격(각 OOO원 및 OOO원)에서 공제금액(각 5억원 및 80억원)을 제외한 금액에 공정시장가액비율 95%를 적용하여 종합부동산세 과세표준 OOO원과 OOO원을 각 계산하였고, 여기에 각 세율(3% 및 0.7%)을 곱하여 종합부동산세액을 산출한 후, 공제할 재산세액 OOO원과 OOO원(쟁점규정에 따라 각 계산식의 분자를 “과세기준 초과분 공시가격×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세 표준세율”로 적용)을 각 공제하여 각 산출세액(결정세액) OOO원과 OOO원을 산정한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 세액결정결의서 주요 내용

(단위 : 원)

OOO

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 관련규정의 개정경과는 다음과 같다.

(가) 구 종부세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액×종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷전체 재산세 표준세액’(이하 “종전시행령산식”이라 함)으로 규정하였고, 종전시행령산식의 분자부분 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 종부세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항[별지 제3호 서식] 부표(2)중 작성요령에 근거하여 ‘(공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율’의 산식(이하 “종전시행규칙산식”이라 한다)에 따라 계산하였다.

(나) 그런데, 종전시행령산식의 분자부분 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 종전시행규칙산식에 따라 계산하는데 대하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’ 로 산정하여야 할 것으로 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였고, 이후 기획재정부는 2015.11.30. 종전시행령산식을 위 청구주장 ＜표2＞와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “종합부동산세액을 계산할 때 과세기준금액을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 과세표준금액을 계산하고, 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 지방세법에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에 명확히 하려는 것”이라 하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 산출시 공제되는 재산세액 계산 시 종합부동산세와 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하면 공제할 재산세액이 실제보다 적게 되어 이중과세 문제를 야기할 뿐만 아니라 해당 시행령 규정은 종부세법의 위임범위를 벗어난 것으로 부당하다고 주장하나, 종부세법상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인데, 이를 위하여 종부세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 쟁점규정의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는 점,

종부세법 제13조

및 제14조에서 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 삼아 그에 대하여 부과된 재산세액만을 공제하도록 규정함으로써 납세자가 종합부동산세 부과대상인 과세물건에 관하여 납부한 재산세액 중 일부 공제되지 않는 부분이 남게 된다고 하더라도, 재산세와 종합부동산세의 과세대상 및 세율, 공정시장가액비율 등이 서로 달라 재산세와 종합부동산세가 중복되는 부분의 세액을 언제나 정확히 가려낼 수 있는지 의문이 있고, 과세를 배제하거나 완화하는 구체적인 규정의 입법은 제반 상황을 고려하여 정확한 자료를 기초로 하는 정책적, 기술적 판단에 맡길 수밖에 없는 점 등을 종합하면, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 쟁점규정에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2022서5084, 2022.6.22. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1)

종합부동산세법 제11조

(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여

「지방세법」 제106조

제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 종합합산세액”이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)

종합부동산세법 시행령 제2조의4

(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년: 100분의 85

2. 2020년: 100분의 90

3. 2021년: 100분의 95

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년: 100분의 85

2. 2020년: 100분의 90

3. 2021년: 100분의 95

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3)

지방세법 제110조

(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

(4)

지방세법 시행령 제109조

(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60