조심 2020서8277 (2020.12.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 국내외 건축, 토목, 플랜트, 주택 등 건설부문, 상사부문, 패션부문, 리조트부문, 바이오의약품 위탁생산사업 및 바이오시밀러 사업 등을 주요 사업으로 영위하고 있고, 매년 6.1. 현재 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상물건에 대해 종합부동산세에서 공제되는 재산세액 계산시 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제2항(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 방법으로 산출하여 2016～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고.납부하였다. 나. 이후 청구법인은 2019.10.21. 당초 종합부동산세 계산시 공제할 재산세액 산정에 오류가 있어 2016～2018년 귀속 종합부동산세 합계OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.12.11. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.9. 이의신청을 거쳐 2020.9.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 종합부동산세를 과세하는 경우 동일한 과세대상에 이미 재산세가 부과되었으므로 이중과세를 조정하기 위해서는 실제로 부담한 재산세의 ‘일부’가 아닌 ‘전부’를 공제하여야 한다. (가) 이중과세란 ‘동일한 담세력의 원천인 하나의 과세물건에 대해 양립할 수 없는 두 개 이상의 조세채무를 부과함으로써 헌법상 보장된 기본권과 기본 원리를 침해하여 조정되지 아니하는 한 법률로 규정하여도 허용될 수 없는 것’을 의미하므로 이중과세를 해결하기 위해서는 이미 납부한 세금을 비용으로 인정하거나 세액에서 공제하여야 한다. (나) 우리나라의 보유세제는 ‘재산세’와 ‘종합부동산세’로 이원화되어 있으며, 두 조세는 ‘과세대상 재산의 보유’라는 동일한 담세력을 바탕으로 부과하는 조세에 해당되므로, 두 조세를 동시에 부과할 경우 ‘동일한 담세력에 대하여 이중으로 과세하는 경우’에 해당하여 납세자의 재산권을 침해하고 종합부동산세를 부담하지 않는 다른 납세자와의 형평을 저해하는 문제가 발생한다. (다) 청구법인은 쟁점규정에서 규정하고 있는 아래 ＜표1＞의 계산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)에 따라 산출된 재산세상당액을 종합부동산세 산출세액에서 공제하여 종합부동산세 등을 신고하였다. ＜표1＞ 쟁점시행령 조항에 따른 쟁점산식

(라) 쟁점산식의 경우 공정시장가액비율을 곱함에 따라 실제 납부한 재산세액의 일부만 반영되어 이중과세가 발생하며, 대법원에서는 기 판결OOO을 통해 ‘종합부동산세와 중복하여 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본취지’에 비추어 “아래 ＜표2＞의 계산식에 따라 산출된 재산세상당액을 종합부동산세 산출세액에서 공제해야한다”고 판시하였다. ＜표2＞ 대법원OOO 판결에 따른 산식

(2) 종합부동산세 산출세액에서 공제할 재산세액을 쟁점산식에 따른 재산세액으로 규정한 것은 이중과세금지원칙을 위배하고 법률의 위임범위를 넘은 것이므로 이를 적용한 종합부동산세 과세방법은 부당하다. (가) 상기 대법원 판결 이전 쟁점산식은「종합부동산세법 시행규칙」별지 서식의 부표 중 ‘종합부동산세 과세표준 계산명세서’의 작성방법란에만 기재되어 있을 뿐 법령상 근거가 존재하지 않았으나, 판결 이후 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 쟁점규정에 각각 규정하였다. (나) OOO고등법원은 최근 판결OOO에서 “같은 과세대상에 대하여 일부 재산세만을 공제하여 준다면 이중과세 문제가 해소되지 않으며, 쟁점규정은 공제대상 전부를 공제하되 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 위임한 것은 아니라고 보아야하며, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본취지에는 변화가 없다”라고 판시하였다. (다) 쟁점규정의 경우 위임입법의 한계를 일탈하여 그 효력이 없는 바, 무효인 쟁점산식을 적용하여 산출한 재산세 상당액만을 과소하게 공제하는 것은 위법하므로 대법원 판결에 따른 산식을 적용하여 실제로 부담한 재산세액을 전부 공제하는 것이 타당하다. (3) 결론적으로 종합부동산세를 과세하는 경우 동일한 과세대상에 이미 재산세가 부과되어 이중과세문제가 존재하는 점, 이중과세문제를 조정하기 위해 실제로 부담한 재산세 ‘전부’가 공제되어야 하는 점, 쟁점산식에 따른 재산세액은 이중과세금지원칙 및 법률의 위임범위를 넘은 규정인 점, 이러한 사실이 법원 판결문 등으로 확인되는 점 등으로 볼 때 쟁점산식을 적용하여 종합부동산세 등을 과다하게 신고·납부한 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 이중과세금지원칙은 그 자체가 선험적 법원리도 헌법상 원칙도 아니므로 입법자에게 완벽한 이중과세 조정에 대한 헌법적 소명이 있다고 볼 수 없다. (가) 이중과세는 헌법상 비례원칙, 평등원칙 위반 등의 가능성이 있으므로 조세법령의 입법시 이를 지양하는 방향으로 노력할 필요가 있지만, 정책적인 이유로 조세실무에서는 이중과세가 이루어지는 영역이 빈번하게 존재한다. (나) 헌법재판소는 이중과세가 발생하였다고 하여 일률적으로 위헌이라고 보지 않고, 입법목적, 법익의 균형성, 이중과세 조정 여부, 다른 납세자와의 차별여부 등 다양한 관점을 고려하여 이중과세와 관련된 위헌성 여부를 판단하고 있다. OOO (다) 헌법재판소는 이중과세 그 자체로 위헌이 아니고 우리 헌법의 명문이나 해석상 완벽하게 이중과세를 조정해야 한다는 헌법적 의무도 도출할 수 없다는 취지로 판시하였다. OOO (라) 헌법재판소는 이중과세 조정의 수준은 물론이고 나아가 이중과세를 조정할 규정을 둘 것인지 여부도 입법재량으로 보고 있다. OOO (2)「종합부동산세법」및 그 시행령에서 정한 이중과세의 조정수준은 헌법상 인정되는 입법재량의 한계를 벗어나지 않았다. (가) 종합부동산세와 재산세는 과세대상이 동일하고, 과세표준을 산출함에 있어 공시가격에 공정시장가액비율을 곱하여 산출하고 있으나, 구체적인 과세표준과 세액의 계산은 각 법률에 따라 달리 규정하고 있다. (나) 이중과세 조정방법은 개괄적·추상적인 개념인 과세대상이 아닌 계량적(수리적) 개념인 과세표준을 중심으로 이해하여야 한다. (다) 대법원은 공제되는 재산세액을 아래 판결산식으로 판시OOO하였고, 판결산식의 공정시장가액비율은 공시가격이라는 수량에 종합부동산세 또는 재산세가 부과되는 수량의 비(比)를 의미하는 것으로 단순히 단방향(초과 또는 이하)으로 이해할 수 있는 개념이 아니다.

(라) 종합부동산세액에서 재산세액을 공제하는 부분은 종합부동산세 과세표준에 산입된 금액 중 재산세가 과세된 부분을 의미한다고 할 것이며, 종합부동산세 과세표준에 포함되지 않고, 재산세가 과세된 부분이 있다면 그 부분은 공제대상이 아니라고 할 것이다. (3) 쟁점규정은 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적인 조정모형이므로, 동 규정의 위법함을 전제로 이루어진 청구법인 주장은 받아들일 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 당초 신고.납부한 2016～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세, 경정청구시 정당 세액 등 내역은 다음과 같다. OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하여야 하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」 개정.시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 종합부동산세법(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조【세율 및 세액】③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. 제11조【과세방법】토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조【납세의무자】① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자 2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. ⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【결정과 경정】④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제2조의4【공정시장가액비율】① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. ② 법 제13조제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2【주택분 종합부동산에의 재산세 공제】① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제9조【결정ㆍ경정】③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다. (3) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것) 제110조【과세표준】① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 제107조【납세의무자】① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다. 1. 공유재산인 경우 : 그 지분에 해당하는 부분(지분의 표시가 없는 경우에는 지분이 균등한 것으로 본다)에 대해서는 그 지분권자 2. 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우 : 그 주택에 대한 산출세액을 제4조제1항 및 제2항에 따른 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산(按分計算)한 부분에 대해서는 그 소유자 3. 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기·등록된 신탁재산의 경우 : 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다. (4) 지방세법 시행령(2016.4.26. 대통령령 제27102호로 개정된 것) 제109조【공정시장가액비율】법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60 (5) 종합부동산세법(2005.12.31. 법률 제7836호로 개정된 것) 제14조【세율 및 세액】③ 토지분 종합합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조 제3항의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑥ 토지분 별도합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제188조 제3항의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (6) 종합부동산세법 시행령(2011.3.31. 대통령령 제22813호로 개정된 것) 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

②법 제14조제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(7) 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것) 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

②법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.