조심 2023서10081 (2023.12.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2017.6.1.) 현재 보유중인 종합부동산세 과세대상에 대하여 2017.2.1. 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 토지 재산세의 세액 변경이 있어 처분청은 2019.3.14. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 환급결정하였다.

＜표1＞ 처분청의 환급 내역

(단위: 원)

다. 청구법인은 「종합부동산세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 제1항 및 제2항에서 규정하는 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율](이하 “이 건 시행령 산식”이라 한다)은 이중과세의 문제 등이 있다며 2022.11.29. 처분청에 아래 ＜표2＞와 같이 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감액해야한다는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이 건 시행령 산식에 따라 계산하는 것이 타당하다고 보아, 2023.2.2. 위 경정청구를 거부(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

＜표2＞ 경정청구 내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.24. 이의신청을 거쳐, 2023.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

, 제5조의3은 공제되는 재산세액의 계산식을 다음과 같이 규정하고 있었다.

(2) 공제되는 재산세액의 계산식 중 분자부분인 “주택 등 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에 대하여 처분청은 「종합부동산세법 시행규칙」(2006.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 관련 [별지 제3호 서식] 부표(2) 중 작성요령에 근거하여 ‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석하였는데, 이에 대하여 대법원 2015.6.24. 선고 2012두7073 판결 등은 위 시행규칙의 계산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 위임의 범위를 벗어난 시행규칙에 근거한 것으로서 위법하며, 위 2009년 개정 시행령 규정에 의하여 공제되는 재산세액은 ‘과세기준초과금액 × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’의 산식에 따라 산정되어야 한다고 판결하였다.

(3) 그럼에도 불구하고 이 건 처분과 관련된 법령들은 이미 위법하다고 판단된 종전 시행규칙의 재산세액 공제 계산식을 시행령으로 상향하여 규정하여 계속 적용하고 있으므로 그 위법성이 여전히 해소되지 않고 있는 문제점이 있다.

즉 「종합부동산세법」(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 규정(제9조 제3항ㆍ제14조 제3항 및 제6항)하면서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고(제9조 제4항 및 제14조 제7항), 「종합부동산세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것) 제4조의2 및 제5조의3은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산식을 이 건 시행령 산식으로 규정하고 있다.

(4) 이 건 시행령 산식은 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준초과금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 수액상 상응하는 재산세액 부분만을 공제하도록 하고 있는바, 이중과세인지 여부는 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단해야 하는 것이지 과세표준을 기준으로 판단할 것은 아니므로, 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 발생한다(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결).

(5) 「종합부동산세법 시행령」은 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 「종합부동산세법」의 위임범위를 벗어난 것이며, 이중과세금지의 원칙과 비례원칙을 위반하여 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 규정으로서 위법·무효이다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 시행령 산식 등에 따르면, 종합부동산세액에서 공제되어야 할 재산세는 ‘과세대상 토지 등에 관하여 부과된 재산세 전액’이 아니라, 해당 토지의 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이라는 것이므로 공제대상 세액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 토지 등의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제함으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다.

(2)

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항은 종합부동산세 과세표준에 대하여만 안분비율에 따라 이중부과된 재산세액을 공제한 것으로 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적 조정 규정이며, 헌법상 인정되는 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다.

(3) 대한민국

헌법 제107조

제2항은 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위법임을 주장하는 규정들에 관하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 쟁점 시행령 조항은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정을 근거로 하여 이루어진 경정청구 거부 처분은 취소되어야 할 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 과세표준(과세기준금액 초과분 × 공정시장가액비율)에 부과된 재산세 상당액으로 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인이 과세기준일 2017.6.1. 현재 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상 물건 명세는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 과세대상 물건 명세

(단위: ㎡, 원)

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산과 관련된 규정의 개정경과는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다.

(나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래 ＜표4＞와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.

＜표4＞ 이 건 시행령 산식 개정 전·후 비교

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 점, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,

「종합부동산세법 시행령」제5조의3

제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는바, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017중884, 2017.4.24. 외 다수, 같은 뜻임).

또한 청구법인은 종합부동산세법령이 헌법상 비례원칙 등에 위반하여 위헌ㆍ위법이므로 이를 근거로 한 이 건 처분은 부당하다는 취지로 주장하나,

헌법 제107조

제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위헌ㆍ위법임을 주장하는 규정들에 관하여 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 처분시 적용된 종합부동산세법령은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 이 건 처분은 달리 잘못이 없다(조심 2021중1923, 2021.5.12. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 대한민국 헌법

제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.

제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.

제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

(2) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)

제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것)

제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(2) 공제되는 재산세액의 계산식 중 분자부분인 “주택 등 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에 대하여 처분청은 「종합부동산세법 시행규칙」(2006.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 관련 [별지 제3호 서식] 부표(2) 중 작성요령에 근거하여 ‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석하였는데, 이에 대하여 대법원 2015.6.24. 선고 2012두7073 판결 등은 위 시행규칙의 계산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 위임의 범위를 벗어난 시행규칙에 근거한 것으로서 위법하며, 위 2009년 개정 시행령 규정에 의하여 공제되는 재산세액은 ‘과세기준초과금액 × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’의 산식에 따라 산정되어야 한다고 판결하였다.

(3) 그럼에도 불구하고 이 건 처분과 관련된 법령들은 이미 위법하다고 판단된 종전 시행규칙의 재산세액 공제 계산식을 시행령으로 상향하여 규정하여 계속 적용하고 있으므로 그 위법성이 여전히 해소되지 않고 있는 문제점이 있다.

즉 「종합부동산세법」(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 규정(제9조 제3항ㆍ제14조 제3항 및 제6항)하면서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고(제9조 제4항 및 제14조 제7항), 「종합부동산세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것) 제4조의2 및 제5조의3은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산식을 이 건 시행령 산식으로 규정하고 있다.

(4) 이 건 시행령 산식은 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준초과금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 수액상 상응하는 재산세액 부분만을 공제하도록 하고 있는바, 이중과세인지 여부는 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단해야 하는 것이지 과세표준을 기준으로 판단할 것은 아니므로, 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 발생한다(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결).

(5) 「종합부동산세법 시행령」은 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 「종합부동산세법」의 위임범위를 벗어난 것이며, 이중과세금지의 원칙과 비례원칙을 위반하여 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 규정으로서 위법·무효이다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 시행령 산식 등에 따르면, 종합부동산세액에서 공제되어야 할 재산세는 ‘과세대상 토지 등에 관하여 부과된 재산세 전액’이 아니라, 해당 토지의 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이라는 것이므로 공제대상 세액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 토지 등의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제함으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다.

(2)

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항은 종합부동산세 과세표준에 대하여만 안분비율에 따라 이중부과된 재산세액을 공제한 것으로 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적 조정 규정이며, 헌법상 인정되는 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다.

(3) 대한민국

헌법 제107조

제2항은 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위법임을 주장하는 규정들에 관하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 쟁점 시행령 조항은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정을 근거로 하여 이루어진 경정청구 거부 처분은 취소되어야 할 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 과세표준(과세기준금액 초과분 × 공정시장가액비율)에 부과된 재산세 상당액으로 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인이 과세기준일 2017.6.1. 현재 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상 물건 명세는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 과세대상 물건 명세

(단위: ㎡, 원)

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산과 관련된 규정의 개정경과는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다.

(나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래 ＜표4＞와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.

＜표4＞ 이 건 시행령 산식 개정 전·후 비교

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 점, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,

「종합부동산세법 시행령」제5조의3

제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는바, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017중884, 2017.4.24. 외 다수, 같은 뜻임).

또한 청구법인은 종합부동산세법령이 헌법상 비례원칙 등에 위반하여 위헌ㆍ위법이므로 이를 근거로 한 이 건 처분은 부당하다는 취지로 주장하나,

헌법 제107조

제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위헌ㆍ위법임을 주장하는 규정들에 관하여 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 처분시 적용된 종합부동산세법령은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 이 건 처분은 달리 잘못이 없다(조심 2021중1923, 2021.5.12. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 대한민국 헌법

제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.

제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.

제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

(2) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)

제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것)

제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(2) 공제되는 재산세액의 계산식 중 분자부분인 “주택 등 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에 대하여 처분청은 「종합부동산세법 시행규칙」(2006.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 관련 [별지 제3호 서식] 부표(2) 중 작성요령에 근거하여 ‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석하였는데, 이에 대하여 대법원 2015.6.24. 선고 2012두7073 판결 등은 위 시행규칙의 계산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 위임의 범위를 벗어난 시행규칙에 근거한 것으로서 위법하며, 위 2009년 개정 시행령 규정에 의하여 공제되는 재산세액은 ‘과세기준초과금액 × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’의 산식에 따라 산정되어야 한다고 판결하였다.

(3) 그럼에도 불구하고 이 건 처분과 관련된 법령들은 이미 위법하다고 판단된 종전 시행규칙의 재산세액 공제 계산식을 시행령으로 상향하여 규정하여 계속 적용하고 있으므로 그 위법성이 여전히 해소되지 않고 있는 문제점이 있다.

즉 「종합부동산세법」(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 규정(제9조 제3항ㆍ제14조 제3항 및 제6항)하면서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고(제9조 제4항 및 제14조 제7항), 「종합부동산세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것) 제4조의2 및 제5조의3은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산식을 이 건 시행령 산식으로 규정하고 있다.

(4) 이 건 시행령 산식은 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준초과금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 수액상 상응하는 재산세액 부분만을 공제하도록 하고 있는바, 이중과세인지 여부는 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단해야 하는 것이지 과세표준을 기준으로 판단할 것은 아니므로, 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 발생한다(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결).

(5) 「종합부동산세법 시행령」은 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 「종합부동산세법」의 위임범위를 벗어난 것이며, 이중과세금지의 원칙과 비례원칙을 위반하여 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 규정으로서 위법·무효이다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 시행령 산식 등에 따르면, 종합부동산세액에서 공제되어야 할 재산세는 ‘과세대상 토지 등에 관하여 부과된 재산세 전액’이 아니라, 해당 토지의 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이라는 것이므로 공제대상 세액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 토지 등의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제함으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다.

(2)

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항은 종합부동산세 과세표준에 대하여만 안분비율에 따라 이중부과된 재산세액을 공제한 것으로 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적 조정 규정이며, 헌법상 인정되는 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다.

(3) 대한민국

헌법 제107조

제2항은 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위법임을 주장하는 규정들에 관하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 쟁점 시행령 조항은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정을 근거로 하여 이루어진 경정청구 거부 처분은 취소되어야 할 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 과세표준(과세기준금액 초과분 × 공정시장가액비율)에 부과된 재산세 상당액으로 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인이 과세기준일 2017.6.1. 현재 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상 물건 명세는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 과세대상 물건 명세

(단위: ㎡, 원)

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산과 관련된 규정의 개정경과는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다.

(나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래 ＜표4＞와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.

＜표4＞ 이 건 시행령 산식 개정 전·후 비교

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 점, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,

「종합부동산세법 시행령」제5조의3

제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는바, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017중884, 2017.4.24. 외 다수, 같은 뜻임).

또한 청구법인은 종합부동산세법령이 헌법상 비례원칙 등에 위반하여 위헌ㆍ위법이므로 이를 근거로 한 이 건 처분은 부당하다는 취지로 주장하나,

헌법 제107조

제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위헌ㆍ위법임을 주장하는 규정들에 관하여 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 처분시 적용된 종합부동산세법령은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 이 건 처분은 달리 잘못이 없다(조심 2021중1923, 2021.5.12. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 대한민국 헌법

제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.

제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.

제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

(2) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)

제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것)

제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(2) 공제되는 재산세액의 계산식 중 분자부분인 “주택 등 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에 대하여 처분청은 「종합부동산세법 시행규칙」(2006.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 관련 [별지 제3호 서식] 부표(2) 중 작성요령에 근거하여 ‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석하였는데, 이에 대하여 대법원 2015.6.24. 선고 2012두7073 판결 등은 위 시행규칙의 계산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 위임의 범위를 벗어난 시행규칙에 근거한 것으로서 위법하며, 위 2009년 개정 시행령 규정에 의하여 공제되는 재산세액은 ‘과세기준초과금액 × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’의 산식에 따라 산정되어야 한다고 판결하였다.

(3) 그럼에도 불구하고 이 건 처분과 관련된 법령들은 이미 위법하다고 판단된 종전 시행규칙의 재산세액 공제 계산식을 시행령으로 상향하여 규정하여 계속 적용하고 있으므로 그 위법성이 여전히 해소되지 않고 있는 문제점이 있다.

즉 「종합부동산세법」(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 규정(제9조 제3항ㆍ제14조 제3항 및 제6항)하면서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고(제9조 제4항 및 제14조 제7항), 「종합부동산세법 시행령」(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것) 제4조의2 및 제5조의3은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산식을 이 건 시행령 산식으로 규정하고 있다.

(4) 이 건 시행령 산식은 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준초과금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 수액상 상응하는 재산세액 부분만을 공제하도록 하고 있는바, 이중과세인지 여부는 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단해야 하는 것이지 과세표준을 기준으로 판단할 것은 아니므로, 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 발생한다(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결).

(5) 「종합부동산세법 시행령」은 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 「종합부동산세법」의 위임범위를 벗어난 것이며, 이중과세금지의 원칙과 비례원칙을 위반하여 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 규정으로서 위법·무효이다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 시행령 산식 등에 따르면, 종합부동산세액에서 공제되어야 할 재산세는 ‘과세대상 토지 등에 관하여 부과된 재산세 전액’이 아니라, 해당 토지의 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이라는 것이므로 공제대상 세액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 토지 등의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제함으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다.

(2)

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항은 종합부동산세 과세표준에 대하여만 안분비율에 따라 이중부과된 재산세액을 공제한 것으로 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적 조정 규정이며, 헌법상 인정되는 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다.

(3) 대한민국

헌법 제107조

제2항은 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위법임을 주장하는 규정들에 관하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 쟁점 시행령 조항은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정을 근거로 하여 이루어진 경정청구 거부 처분은 취소되어야 할 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 과세표준(과세기준금액 초과분 × 공정시장가액비율)에 부과된 재산세 상당액으로 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인이 과세기준일 2017.6.1. 현재 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상 물건 명세는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 과세대상 물건 명세

(단위: ㎡, 원)

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산과 관련된 규정의 개정경과는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다.

(나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래 ＜표4＞와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.

＜표4＞ 이 건 시행령 산식 개정 전·후 비교

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 점, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,

「종합부동산세법 시행령」제5조의3

제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는바, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017중884, 2017.4.24. 외 다수, 같은 뜻임).

또한 청구법인은 종합부동산세법령이 헌법상 비례원칙 등에 위반하여 위헌ㆍ위법이므로 이를 근거로 한 이 건 처분은 부당하다는 취지로 주장하나,

헌법 제107조

제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위헌ㆍ위법임을 주장하는 규정들에 관하여 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 처분시 적용된 종합부동산세법령은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 이 건 처분은 달리 잘못이 없다(조심 2021중1923, 2021.5.12. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 대한민국 헌법

제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.

제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.

제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

(2) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것)

제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28645호로 개정되기 전의 것)

제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.