조심2011전2847 (2011.12.27)

1. OO세무서장이 2011.5.11. 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원의 경정거부 처분은 청구법인의 2005·2006 사업연도 중소기업 등에의 위탁연구개발비 OOO원이 「 조세특례제한법 시행령」 별표 6, 2. 가목에 의한 위탁훈련비에 해당하는지, 주식회사 OOO가 기업부설연구소 인정서를 받은 이후 발생된 위탁 연구개발비 해당금액 등을 재조사한 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정 한다. 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인(구 OOO 주식회사로서 2009.7.1. 주식회사 OOO, 2009.12.31. OOO소재 주식회사를 흡수 합병하였다)은 2008사업연도 생산성향상시설투자세액공제 OOO원(이하 “쟁점1세액”이라 한다), 2009사업연도 생산성향상시설투자세액공제 OOO원, 연구ㆍ인력개발비 세액공제 OOO원(이하 “쟁점2세액”이라 한다) 등을 신청누락하였음을 이유로 2011.3.11. 처분청에 쟁점1·2세액을 공제하여 달라는 경정청구를 제기하였다. 나. 처분청은 쟁점1세액이 중소기업특별세액감면과 중복되어 공제배제 대상이고, 2009사업연도 생산성시설투자세액공제는 인정되나 쟁점2세액은 대상금액 지출이 연구전담부서 미설치 법인에게 이루어졌고 당초부터 세액공제 적용 요건미비로 인해 추가납부세액이 발생된다 하여 2011.5.11. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.1. 심판청구를 제기 하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제144조 제1항에 공제할 세액 중 해당과세연도에 납부할 세액이 없거나, 제132조에 다른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음과세연도 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 법인세를 공제한다고 규정되어 있는바, 중복공제 배제는 조특법 제127조 제4항 및 제5항의 규정에서 동일한 과세연도에 중복하여 공제할 수 없다고 규정한 것이지 영구감면을 배제한다는 규정이 아니므로 쟁점1세액은 이월공제가 가능하다. (2) 청구법인이 위탁연구개발비로 지급한 2005 사업연도 OOO원, 2006 사업연도 OOO원은 조특법 시행규칙 별표 6, 2. 가목에 의한 위탁훈련비로서 2005, 2006사업연도 법인세 과세표준 신고시 기제출된 위탁연구개발비에 해당하며, 2009사업연도에 지급한 연구개발비는 청구법인 OOO만원, 주식회사 OOO원, 합계 OOO원이고, 매출액은 청구법인 OOO원, 주식회사 OOO의 1～7월 매출액 OOO원을 합한 OOO원으로 연구개발비 비율이 1.47%로 전기 1.40% 보다 높으며, 연구개발비도 더 많이 지출되었으므로 조특법 제10조 의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 요건을 갖추었고, 주식회사 OOO(이하 “수탁법인”이라 한다)는 2009.6.9. 연구전담부서 신고를 하였으며, 2009.6.25. 사단법인 OOO로부터 기업부설연구소인정서를 받았고, 청구법인은 2009.3.16. 수탁법인과 ERP시스템 구축계약을 체결하고 계약금과 작업진행도에 따라 중도금을 지급하면서 선급금으로 회계처리하고 2009.8.30. 검수완료하였으며, 2009.12.29. 무형자산으로 계상하였는바, ERP시스템은 시스템구축이 완료될 때 무형자산으로 투자가 완료되는 것이고, 하나의 프로젝트가 한 사업연도에 이루어지고 그 프로젝트 개발중에 전문연구기관으로 인정서를 교부받았으며, 인정서를 교부받은 이후에 지출된 금액이 OOO,OOO,OOO 원으로 전체지출액의 59%이상이므로 청구법인이 지급한 위탁연구개발비 OOO원은 전액 연구ㆍ인력개발비로 인정되어야 하는 것이고, 전담부서로 인정받기 전의 지출액을 인정할 수 없다면 인정서를 교부받은 이후 지출액 OOO,OOO,OOO 원은 위탁연구개발비 세액공제대상에 해당한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 당초 2008사업연도 법인세 신고시 조특법 제7조 의 규정에 의한 중소제조업특별세액감면(OOO원)을 받았음에도 이 건 경정청구시 조특법 제24조에 의한 생산성향상투자세액공제 신청을 누락하였다 하여 추가로 OOO원 신청하였는바, 중복지원 배제세액이 이월하여 공제하여 가능하다고 한다면 조특법 제127조 【중복공제의 배제】규정은 존재의 의미가 없는 것이며, 이월공제가 가능하려면 이를 계속 관리할 수 있도록 법인세 신고서상 계산근거가 있어야하나 법인세 신고서의 세액공제조정명세서(3)[별지 제8호 서식 부표 3]에는 당기공제대상세액 중 최저한세 적용에 따른 미공제세액을 이월공제세액으로 계산하고 있는바, 당초부터 선택 적용으로 공제배제된 세액은 당기공제대상세액에 해당하지 않는다. (2) 청구법인이 위탁연구개발비로 지출하였다는 2005년 OOO원, 2006년 OOO원은 연구개발전담인원에 대한 위탁교육훈련비 인지의 여부 및 수탁교육훈련 업체가 중소기업 등에 해당하는 지의 여부가 불분명하여 중소기업 등에의 위탁연구개발비로 볼 수 없으므로 연평균발생액을 기준으로한 증가발생금액 공제 방법을 적용할 수 없고, 청구법인의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 2008사업연도 1.40%에서 2009사업연도 1.22%로 전년보다 낮아졌고, 2009사업연도 연구ㆍ인력개발비도 2008사업연도보다 OOO원 낮아져 해당연도 총발생금액 공제의 규정에 따른 세액공제도 적용 불가능하므로 당초 법인세 신고시 적용한 세액공제OOO도 잘못된 것이고, 청구법인은 2009사업연도 중 ERP시스템 구축과 관련하여 수탁법인에 OOO을 지출하였으며, 수탁법인 연구전담부서 설치시점인 2009.6.25.까지 지출된 ERP시스템 실구축비는 OOO원, 이후 지출된 ERP시스템 실구축비는 OOO원으로 확인되고, 수탁법인은 2008.6.1. OOO ERP시스템 구축계약(계약금액 OOO원 VAT별도)을 체결하였으며, 2009.3.16. OOO 3사 통합 ERP시스템 구축계약’(계약금액 OOO원, VAT별도)을 체결하여 2009년 8월경 구축을 완료하였고, 2009.6.25. 이후에 일부 구축대금잔액 OOO원을 지급받은 것으로 확인되므로 이는 연구전담부서가 미설치된 중소기업 등에 위탁하여 발생한 비용으로 연구ㆍ인력개발비세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 중소기업특별세액감면과 중복으로 적용배제된 생산성향상투자세액공제금액의 이월공제가능 여부 ② 수탁법인의 연구개발전담부서가 기업부설연구소로 인정받기 이전에 발생한 위탁연구개발비가 “연구ㆍ인력개발비 세액공제”의 대상인지 여부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다. 제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】 ① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제127조 【중복지원의 배제】④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조 , 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9 제2항 및 제121조의17 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조 , 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제63조의3 제2항, 제94조, 제104조의14 및 제104조의15에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택 하여 이를 적용받을 수 있다. 제144조 【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분 에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 (2010.1.1. 법률9921호로 개정되기 이전의 것) ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법시행령 제9조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2010.2.18., 대통령령 제22037호로 개정되기 이전의 것) ③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비" 라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발ㆍ교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다. 3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ⑤ 제4항의 산식 중 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산함에 있어서 합병법인, 분할신설법인，분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령이 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인 등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령이 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병 등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인，분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인 등" 이라 한다)로부터 발생한 연구ㆍ인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. (이하 생략) 별표6 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】(2005.3.11., 재정경제부령 제421호로 개정된 것) ⑦ 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 3. 기술훈련비란 나목 ⑤에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 전담부서에 근무하거나 생산업무에 직접 종사하는 직원의 과학기술분야훈련을 목적으로 지출하는 다음 각호의 비용을 말한다. 1. 국내외기업(국내기업의 경우에는 전담부서를 보유한 기업에 한한다)에의 위탁훈련비 2. 「산업발전법」에 의하여 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비 제7조 【연구ㆍ인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 법인 등기부등본, 감사보고서 등을 보면, 청구법인은 1982.3.19. 설립되어 합성세제 원료 등을 생산하는 법인으로, 1998.9.2. OOO 주식회사로 상호를 변경하였으며, 주식회사 OOO(합성수지 및 도료의 제조 및 판매 등)와 OOO소재 주식회사(산업용 소재, 세제용 촉매 OOO 등의 제조 및 판매 등)를 2009.7.1., 2009.12.31. 기준으로 합병하였고, 2009.7.1.자로 OOO 주식회사로 상호를 변경한 것으로 나타난다. (2) 청구법인은 2008사업연도 및 2009사업연도에 대한 법인세 신고시 쟁점1세액과 쟁점2세액 등을 신청누락하였음을 이유로 처분청에 경정청구를 제기하였는바, 그 내용은 아래와 같다. (가) 2008사업연도에 대하여, 당초 조특법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면 OOO원 등이 있는 것으로 신고하였으나, 조특법 제24조 의 생산성향상 시설투자세액공제 OOO원을 추가하여 경정청구하였다. (나) 2009사업연도에 대하여, 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑), 세액공제조정명세서 등을 보면, 청구법인은 당초 총발생금액 공제방식을 적용하여 공제세액을 OOO원으로 하여 법인세신고를 하였으며, 2011.3.11. 공제세액을 OOO원으로 하여 경정청구를 하였는바, 당초 법인세 신고시 제출된 연구ㆍ인력개발비 명세서에 의하면, 연구ㆍ인력개발비 대상금액 OOO원에 대하여 해당연도 총발생금액 공제방식을 적용한 공제세액을 OOO원으로 하여 세액공제조정명세서 등과 일치하나, 경정청구 이후 제출된 연구ㆍ인력개발비 명세서에 의하면, 연구ㆍ인력개발비 대상금액은 당초 제출된 OOO원에 수탁법인에 위탁한 ERP시스템 개발비용 OOOOO원을 더한 O,OOOOO원, 공제받을 세액은 증가발생금액 공제방식을 적용한 OOO원으로 세액공제조정명세서 등에 의해 확인되는 세액공제액 OOO원과 차이가 있고, 이 건 심판청구시 제출된 연구ㆍ인력개발비 명세서는 아래 <표1>과 같이 당초 법인세 신고 및 경정청구시 제출된 내용과 상이하며, 증가발생금액 공제대상세액OOO원 중 중소기업 등에의 위탁비용에 대해 계산한 OOO원을 공제하여 줄 것을 주장하는 등 계산근거 및 실제 발생여부가 명확하지 않는 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOOOOOO OOO OOOO (OO : OOO) O OOOOOOO OOOO OOO OOOO(OOOOO OOO OOOOOO OOOO) OOO,OOO,OOOOO OO OOO OO OO OOOOO O,OOOOOOO OOOOOO, OOOO OOO OOOOO OOO,OOO,OOOOOO OOO (3) 제출된 심리자료에 의하면, 2005, 2006사업연도 중소기업 등에의 위탁비용과 관련하여 2005사업연도는 세미나 참석, 고분자교육, 연구소 워크샵비용, 어학교육 등에OOO원이, 2006사업연도는 어학교육, 학회참석, 세미나 참석 등에 OOO원이 지출된 것으로 되어있으나, 동 지출액이 「 근로자직업훈련촉진법」에 의한 직업훈련기관에 대한 위탁비용인지 여부 등 조특법 시행령 별표6 2. 가에 해당하는 비용여부가 명확하지 아니하며, 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율과 관련하여 연구ㆍ인력개발비 명세서 및 손익계산서 등에 의하면, 처분청의 비율계산시 누락된 주식회사 OOO의 수입금액 및 연구ㆍ인력개발비를 포함하여 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율을 계산한 결과, 청구법인은 아래 <표2>과 같이 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 2008사업연도 1.40%, 2009사업연도 1.47%로 전년보다 높아졌고, 연구·인력개발비도 직전연도보다 296백만원 높아진 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO : OOOOOO OOOOOOOOO OOOO OO (OO : OOO) O OOOO(O)O OOOOOOOOOOOO OOOO OOOOOO OOO(OOOOOOOO OOO OOOOO) (4) 청구법인의 2009사업연도에 ERP시스템 구축관련 위탁개발비 지급과 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 사단법인 OOO이 발행한 기업부설연구소 인정서를 보면, 수탁법인은 2009.6.9. 기업부설연구소 신고를 하였고, 2009.6.25. 인정서를 받은 것으로 나타난다. (나) 처분청이 제출한 세금계산서 사본 및 청구법인이 제출한 2009년 ERP구축비용 명세서 등에 의하면, 청구법인은 2009사업연도 중 ERP시스템 구축과 관련하여 수탁법인에게 OOO원(구축비 등 OOO원, 식비, 숙박비, 숙소임대료, 출장비 등 실비 OOO원)을 지출한 것으로 나타나며, 상세내역은 아래 <표3>과 같다. OOOOOOOOOO : OOOOOO OOOO OO OOOO (OO : O) (다) 청구법인은 2009.6.25. 이후 ERP 구축관련 비용과 관련하여, 2009.6.11. 신용카드 사용액 OOO원, 2009.5.29. 이전 세금계산서 수취분 OOO원 중 OOO원(부가가치세 별도)이 2009.6.25. 결제되었다하여, 동 금액에 2009.6.26. 이후 지급되었다는 금액을 합한OOO원이 2009.6.25. 이후 ERP 구축관련 비용이라 주장하며 무통장입금증, 미지급금계정 전표 등을 제시하나, OOO원의 실제 발생일자나 구체적인 발생내역 등을 확인하기 부족해 보인다. (라) 수탁법인과 체결한 업무위탁계약서(2009.3.16.)를 보면, 계약명은 ‘OOO사 통합 ERP 시스템 구축을 위한 계약서’로 프로젝트 금액은 OOO원(부가가치세 별도)이고, 계약기간은 2009.3.16.부터 2009.8.14.이며, 용역수행장소가 지방일 경우 청구법인이 수탁법인 컨설턴트 및 개발인원의 숙식을 제공하고, 프로젝트수행에 필요한 업무출장일 경우 출장비를 지급하는 내용 등으로 되어있는바, 처 분청은 실비 OOO원은 복리후생비 명목으로 공제대상 금액에 해당하지 아니하고, 청구법인이 제출한 연구전담부서 설치시점인 2009.6.25.까지 지출된 ERP시스템 실 구축비는 OOO원, 그 이후의 지출된 ERP시스템 실 구축비는 OOO원인데, 당초부터 연구전담부서가 미설치된 업체와 위탁계약을 체결하여 연구개발비를 지급한 것이어서 감면요건을 충족하지 못하였다는 의견이며, 청구법인은 ERP시스템 구축과 관련하여 수탁법인에게 2009사업연도에 지급한 OOO,OOO,OOO원 이 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 금액이고, 전담부서로 인정받기 전의 지급액을 인정할 수 없다면 인정서를 교부받은 이후 실제 지출액인 OOO,OOO,OOO 원이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다는 주장이다. (5) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 중복공제 배제는 조특법 제127조 제4항 및 제5항의 규정에서 동일한 과세연도에 중복하여 공제할 수 없다고 규정한 것이지 영구감면을 배제한다는 규정이 아니므로 쟁점1세액은 이월공제가 가능하다는 주장이다. (나) 살피건대, 조특법 제127조 제4항은 동일한 과세연도에 제7조,제24조에 따라 법인세 공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있고, 같은 법 제144조 제1항은 제24조의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 이월하여 공제하는 것으로 규정하고 있는바, 조특법 제144조에 규정된 세액공제액의 이월공제는 적법하게 공제 가능한 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 같은 법 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액에 대하여 이월공제를 허용하는 것으로, 동일 과세연도에 같은 법 제7조에 따른 법인세 감면과 같은 법 제24조에 따른 법인세 공제가 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받는 것이므로 쟁점1세액에 대한 이월공제가 가능하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (6) 다음으로 , 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 하나의 프로젝트가 한 사업연도에 이루어지고 그 프로젝트 개발중에 전문연구기관으로 인정서를 교부받았으며, 인정서를 교부받은 이후에 지출된 금액이 OOO,OOO,OOO 원으로 전체지출액의 59%이상이므로 청구법인이 지급한 위탁연구개발비 OOO원은 전액 연구ㆍ인력개발비로 인정되어야 하는 것이고, 전담부서로 인정받기 전의 지출액을 인정할 수 없다면 인정서를 교부받은 이후 지출액 OOO,OOO,OOO 원은 위탁연구개발비 세액공제대상에 해당한다는 주장이며, 처분청은 연구전담부서가 미설치된 중소기업 등에 위탁하여 발생한 비용으로 연구ㆍ인력개발비세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다는 의견이다. (나) 살피건대, 조특법 제10조 제1항 제2호의 규정은 중소기업외의 법인은 가목(중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비가 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우)과 나목(중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우)에 해당하는 금액을 합한 금액을 공제세액으로 하되, 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목(해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 일정산식에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액)에 해당하는 금액중에서 선택할 수 있도록 규정하고 있으며, 연구ㆍ인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 할 수 있는바(조심 2010중1898, 2011.2.16. 같은 뜻), 청구법인이 제출한 중소기업 등에의 위탁비용 명세서를 보면, 중소기업 등에의 위탁비용이 발생한 것으로 보이고, 당초 신고시 제출된 연구ㆍ인력개발비 명세서 등에 의하면, 청구법인의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 2008사업연도 1.40%, 2009사업연도 1.47%로 전년보다 높아졌고, 연구·인력개발비도 직전연도보다 OOO원 높아졌으므로 조특법 제10조 제1항 제2호의 규정에 의한 공제요건을 갖춘 것으로 보이며, 조특법 시행령 제9조 제2항에 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조에 동 시행령 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 시행규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서로 규정하고 있으며, 수탁법인은 2009.6.9. 연구전담부서 신고를 하였고, 2009.6.25. 기업부설연구소 인정서를 받았는바, 인정서를 받은 이후 지출된 비용은 세액공제대상에 해당되는 것 (조심 2010서2689, 2010.11.22. 참조)이므로, 처분청이 연구전담부서가 미설치된 중소기업 등에의 위탁비용으로 연구ㆍ인력개발비세액공제 적용대상에 해당하지 아니하는 등의 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만, 청구법인이 제출한 중소기업 등에의 위탁비용 명세서를 보면, 중소기업 등에의 위탁연구개발비OOO은 어학교육, 학회참석, 워크숍, 세미나 참석 등으로만 되어 있을 뿐, 「 근로자직업훈련촉진법」에 의한 직업훈련기관에 대한 위탁비용인지 여부 등 「조세특례제한법 시행령」 별표6 2. 가에 해당하는 비용여부가 명확하지 아니하며, 2009년 발생된 ERP구축비용은 청구법인 이 심판청구시 제출한 2009년 ERP구축비용 명세서상 OOO원, 2009사업연도 연구ㆍ인력개발비 명세서상 OOO원, 업무위탁계약서상 OOO,OOO,OOO원으로 상이하고, 기업부설연구소 인정일인 2006.6.25.이후 발생된 ERP구축비용과 관련하여 2009.8.25. 청구법인 명의로 수탁법인으로부터 세금계산서를 수취한 금액은 OOO,OOO,OOO원이며, ERP팀 숙박비, 식대, 임대료 등 신용카드 실비지출액 OOO원은 업무위탁계약서상 계약명이OOO사 통합 ERP 시스템 구축을 위한 계약으로써 청구법인 또는 OO소재주식회사의 비용인지 명확하지 않은데 반해, 청구법인은 인정서를 교부받은 이후 발생한 금액은 OOO,OOO,OOO 원이라 주장하나 근거가 명확하지 않은 점, 경정청구 이후 제출된 연구ㆍ인력개발비 명세서를 보면, 연구ㆍ인력개발비 대상금액은 당초 제출된 OOO원에 수탁법인에 위탁한 ERP시스템 개발비용 OOOOO원을 더한 O,OOOOO원, 공제받을 세액은 증가발생금액 공제방식으로 산출한 OOO원으로 세액공제조정명세서 등에 의해 확인되는 세액공제액 OOO원과 차이가 있어 계산근거가 불분명한 것으로 나타나므로, 청구법인이 제출한 중소기업 등에의 위탁연구개발비 OOO원이 조특법 시행령 별표6, 2. 가목에 의한 위탁훈련비에 해당하는지 여부, 기업부설연구소 인정서를 받은 이후 발생된 비용 등에 대하여 처분청이 이를 재조사하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구의 심리결과 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.