조심2013중4994 (2014.03.24)

심판청구를 기각한다.

1.

처분개요

가. 청구인은 1999.10.18. 취득한 OOO 소재 대지 102㎡ 및 주택 100.76㎡(이하 “종전주택”이라 한다)가 재개발사업구역에 포함됨에 따라 그 관리처분계획 등에 따라 분양받은 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)에 관하여 2003.6.5. 사용승인을 받아 2004.12.15. 소유권보존등기를 하였으며, 2007.12.28. 신축주택을 OOO원에 양도한 후

「조세특례제한법」제99조의3

에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하여 2008.2.28. 종전주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 산출세액 OOO원을 전액 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 2013년 2월경 국세청의 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 점검지시에 따라 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일(사용승인일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 않는 것으로 보아 위 감면세액을 OOO원으로 감액경정하고 2013.4.17. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.16. 이의신청을 거쳐 2013.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3

에 따르면 신축주택 취득 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도시를 구분하여 감면대상 여부를 판정하고 있는바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득을 구분하여 감면대상 양도소득에서 제외하는 것은 아래와 같은 이유로 잘못이다.

(1) 「소득세법」상 신축주택은 건물만을 의미하는 반면(같은 법 제94조 제1항 제1호에서 ‘토지 또는 건물의 양도’, 제89조 제1항 제3호에서 ‘1세대 1주택과 그 부수토지’ 등), 「조세특례제한법」상 신축주택은 건물과 부수토지를 포함한 개념으로 그 의미가 다르고, 신축주택의 취득시기에 관하여도 「소득세법」은 원조합원의 경우 환지전 주택의 취득일로 보는 반면, 「조세특례제한법」은 사용승인일 등에 취득한 것으로 보고 있으므로 「조세특례제한법」에서는 「소득세법」과 달리 종전주택이라는 개념 및 신축주택 취득 전의 양도소득은 존재할 수 없는 것이다. 즉, 「조세특례제한법」상 조합원의 신축주택 취득시 양도소득 발생기간은 사용승인일 등의 날로부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 보아야 한다.

(2) 대법원 판례(대법원 2008.5.29. 선고 2007두146 판결)에서도 ‘

「조세특례제한법」 제99조의3

제1항 소정의 취득일은 양도소득금액계산의 기준이 되는 취득시기를 의미하는 것’이라고 하여 자기가 건설하는 건축물의 취득시기는 ‘그 사용승인 등을 받은 날’로 보고 있는바, 「조세특례제한법」상 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득은 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득일인 사용승인 등의 날로부터 양도일까지 발생한 동 법상 신축주택의 양도소득 전체를 말한다.

(3)

「조세특례제한법 시행령」 제40조

제1항에서 규정하는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 감면대상 양도소득금액 계산산식[양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가-취득당시 기준시가)]에서 분모와 분자의 ‘취득당시 기준시가’는 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득당시 기준시가 되어야 하는 것으로 양자를 달리 볼 이유가 없고, 동 계산산식은 「소득세법」상 양도소득 중 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득일부터 5년 이내 발생한 소득과 5년을 경과하여 발생한 소득으로 구분하기 위한 것이지 「소득세법」상 양도소득을 「소득세법」상 발생기간에 배분한 후 「조세특례제한법」상 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득을 계산하기 위한 것이 아니다. 이는 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제37호 서식의 세액감면신청서 및 그 작성요령을 보더라도 그 기재 ‘⑦ 양도소득금액’에는 「소득세법」상 양도소득 전체를 기재하도록 되어 있고, 동 금액을 ‘⑪ 5년 이내 발생한 양도소득금액’에 기재하도록 되어 있는 점 등을 보더라도 「소득세법」상 양도소득 전체가 「조세특례제한법」상 감면대상 양도소득이 됨을 알 수 있다.

나. 처분청 의견

(1)

「조세특례제한법」제99조의3

규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않는다.

(2) 종전주택의 취득일부터 양도일까지의 전체기간에 대하여 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은

「조세특례제한법」제99조의3

및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식[양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가-취득당시 기준시가)]을 적용하는데, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 기준시가를 적용하는 것이 감면대상소득을 구하는 적법한 방법이므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는다.

(3) 청구인은 「소득세법」상 신축주택과 「조세특례제한법」상 신축주택이 다른 개념이므로 이 건 과세처분은 법령을 오인하여 위법하다고 주장하나, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우

「조세특례제한법」제99조의3

제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도일까지의 전기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없으므로 관련 법령과 판례에 따라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지 발생한 양도소득에 대하여 감면을 부인한 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정인

「조세특례제한법」제99조의3

적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법

제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은

「소득세법」제95조

제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는

「법인세법」제99조

제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{

양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시

의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

④ 법 제99조 3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제61조 [서식 등] ① 세액감면신청 등에 관한 서식은 다음 각 호에 의한다.

38. 영 제40조 제2항 및 영 제99조 제4항의 규정에 의한 세액감면신청서 : 별지 제37호 서식

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본, 사용검사필증 등 제출된 심리자료에 의하면, 청구인은 1999.10.18. 종전주택을 취득하였는데, 2000.6.21. 종전주택이 속한 OOO 재개발사업의 관리처분인가, 2003.6.5. 신축주택의 사용승인 및 2007.12.28. 신축주택의 양도가 있었던 것으로 확인된다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여

「조세특례제한법」제99조

3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)을 적용하여 종전주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 청구인이 신고한 양도소득금액 OOO원 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득 OOO원을 제외한 OOO원을 감면대상 양도소득금액으로 보고 산정한 양도소득세 OOO원을 경정·고지하면서 농어촌특별세 과다납부액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 차감하였다.

(4) 살피건대, 「

조세특례제한법」제99조의3

의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있다 할 것이고, 같은 조 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 보기 어려우므로 양도소득세 과세특례대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생한 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 한다

(조심 2013중3591, 2013.10.21., 조심 2013서2670, 2013.9.6. 같은 뜻임)

.

따라서, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례인

「조세특례제한법」제99조의3

적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득을 감면대상 양도소득금액에서 제외하는 것이 잘못이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.