조심 2017중0183 (2017.06.27)

OOO세무서장이 2016.10.5. 청구종중에게 한 2012사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구종중은 법인으로 보는 단체로서 2012.9.21. 청구법인 소유의 경기도 OOO 임야 14,839㎡ 외 11개 필지 합계 41,461㎡를 양도(수용)하고, 양도로 발생한 수입을 모두 과세소득으로 보아 2013.3.31. 법인세 확정신고를 하였다가

위 양도토지 중 경기도 OOO 외 3개 필지 합계 23,996㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 3년 이상 종중의 고유목적 사업으로 사용한 고정자산으로 이의 처분으로 인한 수입은 과세소득에서 제외하여야 한다며 2014.6.24. 처분청에 2012사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구(이하 “당초 경정청구”라 한다)를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지 중 수용기관에서 확인한 분묘조서에 의하여 실제 묘지관리에 공한 것으로 확인되는 3,426㎡의 처분으로 인한 수입을 과세소득에서 제외하여 2014.7.25. 청구종중에게 2012사업연도 법인세 OOO원만을 환급하였고, 청구종중은 이에 대하여 불복청구를 제기하지 아니하였다.

다. 청구종중은 수용된 전체 토지에서 위토부분 6,572㎡와 쟁점토지 중 당초 경정청구에서 인정된 3,426㎡ 외에 나머지 20,570㎡도 고유목적에 사용하여 이의 처분으로 인한 수입을 과세소득에서 제외하여야 한다며 2016.4.1. 처분청에 2012사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였으나,

처분청은 2016.10.5. 위토부분에 대하여는 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 인용 결정(OOO원을 감액경정 환급)하였으며, 쟁점토지의 20,570㎡에 대하여는 2014년 7월 거부처분된 건으로서 경정청구대상이 아니라고 보아 거부통지를 하였다.

라. 청구종중은 이에 불복하여 2016.12.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1)청구종중은 납세의무자로서 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였고, 그 후 이루어진 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없는 것이므로 이 건 심판청구는 적법한 청구이다.

(2) 쟁점토지는(23,996㎡)는 2012.9.21. 산업단지 시행사에 수용된 청주종중의 분묘를 포함하고 있는 선산으로 종중규약, 항공사진, 개장신고허가증, 지장물(분묘)수용조서 등에서 위토와 함께 처분일(2012.9.12.) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하였고, 쟁점토지에 분묘가 다수 존재하였음이 확인됨에도 처분청이 위토 및 분묘 면적만을 고유목적사업에 사용한 것

으로 보아 쟁점토지의 분묘면적 외 나머지 20,570㎡의 처분소득을 과세소득으로 보아 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구중중은 2013.3.31. 법인세를 신고한 후 2014.6.24. 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인의 경정청구를 검토하여 2014.7.25. 일부 금액을 감액한 경정처분을 하였으며, 청구인은 감액경정처분에 대하여 불복청구기간인 90일 이내에 불복하지 아니하고 있다가 90일이 경과된 후에 2016.4.1. 이 건 경정청구를 하고 그 거부처분에 불복하여 심판청구를 하였는바, 처분청이 2016.10.5. 회신한 이 건 경정청구에 대한 거부통지는 단순한 사실의 통지에 불과하여 불복대상인 처분으로 인정하기 어렵다 할 것이어서 이 건 심판청구는 처분청의 감액경정처분일로부터 불복청구기간인 90일을 경과하여 부적합한 청구에 해당된다.

(2) 설령, 청구법인의 이 건 경정청구를 적법한 것으로 보더라도 쟁점토지의 협의매수(수용) 물건별 보상내용을 보면, 쟁점토지(23,996㎡)에서 OOO 임야 14,839㎡ 중 분묘면적은 1,803㎡, OOO 임야 1,977㎡ 중 분묘면적은 728㎡, OOO 임야 4,354㎡ 중 분묘면적은 725㎡, OOO 임야 2,826㎡중 분묘면적은 170㎡ 합계 3,426㎡인바, 청구종중의 고유목적사업인 묘지관리에 직접 공한 것으로 판단되는 분묘면적만을

「법인세법」제3조

제3항 제5호의 괄호에 의하여 과세소득에서 제외함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구종중의 이 건 경정청구가 적법한지 여부

②

쟁점토지가 청구종중의 고유목적사

업에 사용한 자산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

<쟁점①관련>

(1) 국세기본법

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

제68조【청구기간】① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분

의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

<쟁점②관련>

(1) 법인세법

제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된

「국세기본법」제45조

의 제1항을 보면, 개정전에 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다”라고 규정되어 있던 것을 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다”라고 개정한 것으로 나타난다.

(나) 기획재정부에서 2011년 6월 발간한 2010 간추린 개정세법을 보면, 개정전에 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 3년으로 하고, 결정·경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구·심판청구 기간(90일) 내에 경정청구 하도록 하던 것을 납세자의 절차적 권리강화를 위해 결정·경정이 있는 경우에도 결정 등에 따른 증가분에 한해 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초·수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년임을 명확히 하여 개정한 것으로 되어 있다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된

「국세기본법」제45조의2

제1항도 과세관청의 결정 또는 경정이 있는 경우에 그로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 90일 내에 경정청구를 하여야 하나, 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여는 3년(5년)의 경정청구기간을 허용하고 있는 점,

경정청구제도는 납세자가 과다신고된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이며 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제의 길이 있게 되는바, 이 건 경정청구는 당초 경정청구한 쟁점토지 부분 외에 새로이 위토부분에 대한 수입을 과세소득에서 제외하여 달라고 경정청구하였고, 이에 대해 처분청도 위토부분에 대하여는 과세소득에서 제외하여 감액경정을 한 이상 쟁점토지에 대하여는 거부통지를 하였다 하여 하나의 경정청구에서 쟁점토지 부분만을 별건으로 보아 경정청구 대상이 아니라고 보기 어려우므로 이 건 경정청구에 대한 거부통지가 단순 사실의 통지가 아닌 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구종중의 이 건 경정청구는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 관한 것으로 법정신고기한이 지난 후 5년(2015.1.1.이후 경정청구분부터 3년에서 5년으로 개정)이내에 한 적법한 경정청구로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 2014년 7월 당초 경정청구에 대한 조사복명서에는 쟁점토지 23,996㎡ 중 묘지 및 묘역 면적 3,426㎡에 대하여만 종중의 고유목적 사업에 직접 사용하던 부동산 처분소득으로 과세소득에서 제외하여 익금불산입하고, 법인세를 환급하는 것으로 되어 있다.

(나) 처분청의 2016년 6월 경정청구 종결보고서를 보면, 청구종중은 2012.1.31. 법인으로 보는 단체로 사업자 등록하였고, 위토와 쟁점토지

는 「사업입지 및 개발에 관한 법률」제7조, 제7조의4 및 OOO(2)

일반산업단지 지정승인 고시(경기도 고시 제2008-128, 2008.5.2.)에 의해 사업시행자인 OOO 주식회사에 2012.9.21. 수용되었으며,

경기도 OOO 답 3,418㎡ 외 3필지 6,572㎡는 위토로서 항공사진 등에서 실제 전 및 답으로 사용하였음이 확인되고, 관리인 OOO의 확인서 및 종중의 정기총회 회의자료 등에서 청구종중의 고유목적사업에 사용되었음이 확인되어 과세소득에서 제외하였으며,

쟁점토지 23,996㎡는 2014.6.24. 당초 경정청구에서 일부 인용된 것으로, 중복청구 가능여부에 대하여는 국세청 과세기준자문위원회의 자문결과에 따라 처리하는 것으로 되어 있다.

(다) 청구종중의 규약 제18조에서 청구종중은 선영수호 및 선조 제향에 관한 사항, 종회재산 보전관리에 관한 사항, 회원의 복지증진에 관한 사항, 후손의 장학에 관한 사항 등을 사업으로 정하고 있고, 제19조에 위토와 쟁점토지 등을 기본재산으로 구성하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 쟁점토지의 항공사진 및 지장물(분묘)수용조서, 개장신고서 등에서 처분일(2012.9.21.) 현재 쟁점토지는 임야로서 다수의 분묘를 포함하고 있으며, 일부 분묘는 2012.5.15. 개장신고를 한 것으로 나타난다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구종중의 규약에서 청구종중은 제례봉향을 사업목적으로 하고 있고 쟁점토지를 기본재산으로 정하고 있는 점, 쟁점토지의 항공사진 및 지장물(분묘)수용조서, 개장신고서 등에서 처분일(2012.9.21.) 현재 쟁점토지는 연접한 임야로서 종중원 등 19기의 분묘를 포함하고 있고 분묘를 포함한 전체 토지가 수용된 점, 청구종중이 수용된 전체 토지 중 잡종지 등을 제외하고, 위토와 선산인 쟁점토지에 대하여 경정청구를 하였음에도 처분청이 위토 및 분묘부분에 대하여만 고유목적사업에 사용한 것으로 인정한 점 등에 비추어 쟁점토지는 선산으로서 비영리법인이 청구종중이 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 것으로 봄이 타당하다 하겠다(조심 2015전901, 2015.6.30. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 쟁점토지 중 분묘부분만을 청구종중의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용된 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법

」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.