조심 2021서2240 (2021.06.24)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.10.2. 미래유망산업연구개발 등을 목적으로 설립된 비영리법인으로 2002.12.12. OOO임야 19,937㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO으로부터 증여받아 보유하다가 2013.2.20. 쟁점토지를 주식회사 OOO 외 1인에게 OOO원에게 양도하였으나, 2014.3.18. 원천징수분 이자소득에 대하여만

「법인세법」제62조

에 따른 ‘비영리내국법인의 이자소득에 대한 신고특례’ 규정을 적용하여 2013사업연도 법인세 신고(기 납부한 이자소득세 OOO원 환급받음)를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도차익에 대하여 신고를 하지 아니하였다고 하여 2017년 3월 과세자료 해명안내문으로 송부하였고, 청구법인은 2017.6.26. 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 신고.납부하였다.

한편 처분청은 2018.11.29. 쟁점토지 양도에 대한 법인세 과세자료에 대하여 해명자료 제출을 요구하였고, 청구법인이 기신고.납부한 자료를 제출하자 처분청은 별도의 과세없이 종결처리하였다.

다. OOO국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 고유목적에 사용하지 아니한 쟁점토지의 양도에 대하여 각 사업연도소득에 대한 법인세를 신고.납부하지 아니하였다고 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 7년의 부과제척기간을 적용하여 2020.12.7. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (쟁점① 관련) 쟁점토지는 고유목적에 직접 사용한 자산으로 법인세 각 사업연도 소득에서 제외되는 고정자산의 처분이다.

(가)

「법인세법」제3조

제3항에는 고정자산의 처분으로 인한 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제2조 제2항에는 제외되는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 대하여 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 규정하고 있다.

(나) 쟁점토지는 2002년 연구목적의 소를 사육하기 위해서 OOO 박사로부터 증여받아 청구법인 정관상 목적사업인 21세기 지식 정보화 사회를 주도할 지식기반산업인 정보통신산업, 생명공학산업, 디자인산업, 환경산업 등 신산업의 향후 발전 전략 및 이러한 산업간의 상호연계 전략을 연구하기 위하여 사용하였다. 다만 2006년부터 줄기세포 조작사건 등의 검찰수사가 이루어져 부득이하게 원활한 사용을 하지 못한 것일뿐, 이후에도 쟁점토지의 관리인인 OOO를 통하여 목적사업을 위하여 토지를 관리하였으므로 쟁점토지는 고유목적사업에 3년이상 사용한 것에 해당하므로 법인세 부과처분은 부당하다.

또한 청구법인은 부동산 투기목적이 아니라 고유목적사업을 위하여 쟁점토지를 취득하게 된 것이고, 취득 이후에도 고유목적사업에 사용한 것은 명백하다. 해당 사업의 갑작스런 검찰의 수사로 인하여 일부 기간동안 사업이 정상적으로 진행되지 못하였을 뿐이므로 2017년 납부한 토지등 양도소득에 대한 법인세도 불합리한 과세처분이다.

(2) (쟁점② 관련) 이 건 법인세 과세처분은 5년의 부과제척기간이 경과하여 위법하다.

(가)

「법인세법」제62조

에서는 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다라고 규정하고 있다. 이 경우 당해 원천징수로서 납세의무가 종결되어 추후에 신고납부방법으로 변경할 수 없으며 고유목적사업준비금을 설정하여 신고납부를 하는 경우와 비교하여 원천징수된 기납부세액을 환급받을 수 있는 기회가 상실된다.

한편 위와 다르게 비영리내국법인이 이자소득에 대하여 법인세 과세표준 등을 신고할 경우에는

「법인세법 시행규칙」제82조

에 따른 서식인 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세ㆍ농어촌특별세 과세표준(조정계산)및 세액신고서, 고유목적사업준비금조정명세서(갑)(을)를 제출하도록 하고 있다.

(나) 청구법인은 2013사업연도 법인세 과세표준 등의 신고를 함에 있어

「법인세법 시행규칙」제82조

제2항에 따른 서식을 제출하여 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 법인세 신고를 한 것이지,

「법인세법」제62조

에 따라 과세표준 신고를 하지 아니하고 분리과세에 의한 완납적 원천징수의 방법을 선택하여 과세표준에 포함시키지 않은 것은 아니다.

따라서 청구법인은 2013사업연도 법인세에 대하여는 정상적인 신고를 하였으므로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

(3) (쟁점③ 관련) 청구법인은 검찰에 의하여 증빙서류를 압수당하고, 처분청의 각 사업연도소득에 대한 법인세 과세대상이 아닌 것으로 확인하였으므로 가산세 부과처분은 부당하다.

(가)

「국세기본법」제48조

제1항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제6호에는 ‘권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다’고 하고 있고, 국세청 또한 권한 있는 기관에 장부 또는 서류가 압수 또는 영치되어 세법에서 정한 신고, 신청, 청구, 그 밖의 서류의 제출 등의 의무를 이행하지 못하는 경우에는

「국세기본법」제48조

의 규정에 의한 가산세 감면 사유에 해당(국세청 징세과-225, 2011.3.14.)된다고 해석하고 있다.

(나) 청구법인은 2017년 3월경 처분청으로부터 쟁점토지의 양도에 대한 법인세 신고누락에 대한 안내를 받고 과세요건을 검토하기 위하여 2017.3.9. OOO검찰청 형사증거과 수사관에게 압수물 환부 등에 대하여 문의하였지만 관련 자료를 확인하기 어렵다는 답변을 받았고, 2021년 2월 현재까지도 검찰청에서 당시 압수물에 대한 서류를 확인하지 못하여 반환받지 못하였다.

또한 처분청으로부터 2017년 쟁점토지의 양도에 대하여 토지등 양도차익에 대한 법인세 무신고 내역을 안내받고 청구법인은 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 위해 청구법인의 감독부서인 기획재정부의 자문을 받는 등 노력하였고, 당초 신고시 처분청의 담당공무원의 확인을 받고 신고서를 제출하고 법인세를 납부하였다. 그럼에도 처분청은 2018년 12월 쟁점토지의 양도로 인한 추가 해명자료를 제출할 것에 대한 공문을 발송하였으며, 청구법인은 2017년 처리한 법인세 신고서 등을 제출하여 신고내용에 이상 없음을 확인하였다.

청구법인은 2017년 신고부터 2018년 해명자료 제출에 대한 처리까지 2년여에 걸쳐 처분청의 처리가 일관되게 계속되고 있으므로 청구법인에게 귀책사유가 있다고 보기는 어렵다.

(다) 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것인바(대법원 1992.10.23. 선고 92누2936, 2943 판결, 1995.4.28. 선고 94누3582 판결 등 참조), 청구법인은 위와 같이

「국세기본법」제48조

제1항 제1호에 따라 쟁점토지 관련 서류가 검찰에 압수되어 돌려받지 못하였고, 수차례 세무서에 확인을 하여 신고하는 등 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다.

(라) 처분청은 세무신고 과정에서 담당공무원이 청구법인에게 안내 또는 확인한 사항이 잘못되었더라도 그 행위는 신고를 보조하는데 그치므로 거기에 따랐다 할지라도 청구법인이 신고에 따른 책임을 면할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 답변한바, 이에 대한 항변내용은 다음과 같다.

1) 처분청의 확인은 단순한 안내 또는 확인과는 다르다.

수익사업을 영위하고 있지 않은 비영리법인인 청구법인은 2017년 무신고 안내를 받고 당시 처분청 담당조사관에게 신고내용에 대한 확인을 받고 2017년 6월 기한 후 신고 및 납부를 하였으며, 처분청은 이를 인정하고 달리 과세처분을 하지 않았다. 또한 2018.11.29. 처분청으로부터 무신고 사유 및 증빙서류에 대한 해명자료 제출안내를 재차 받았고, 2018.12.6. 당초 제출한 신고서 및 신고내용을 제출하였으며 이에 대하여도 처분청은 당초신고와 다른 과세처분을 한 적이 없다.

이처럼 처분청은 기한후신고에 대한 단순한 사전 안내 및 신고서 검토 뿐 아니라 신고서에 대한 과세표준과 세액을 결정을 한 것이며 이를 2회에 걸쳐서 확인하였다.

2) 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

청구법인은 당초 무신고 안내를 받고 쟁점토지 양도에 대한 누락에 대하여 성실하게 처리하고자 수차례 담당공무원의 확인을 통해 신고서를 작성하여 제출하였고, 처분청의 결정(수차례의 담당공무원의 신고내용에 대한 확인)을 신뢰하여 이에 따라 성실하게 납부하였다.

처분청 또한 청구법인이 제출한 신고서를 인정하고 2년에 걸쳐 2회(2017년 최초신고시, 2018년 추가 자료생성시)나 신고내용에 문제가 없음을 결정하여 이에 대해 달리 과세처분을 아니하였다가 3년이 넘게 지난 후 감사관실의 감사처분지시에 따라 과세처분이 이루어 진 것이다.

3) 이로 인하여 처분청은 당초 담당공무원의 신고내용 확인사실은 인정하면서도 신고불성실가산세 OOO원과 연 9.1%(2019년2월11일까지는 연 10.95%)가 넘는 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원을 고지하여 청구법인은 현재 정상적인 법인운영이 불가능한 상황에 처해 있다.

청구법인이 2017년 가산세를 포함한 추가 세부담을 하면서 한 신고에 대해 처분청이 이를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 이후 3년이 경과한 시점에 이르러서야 감사관실의 감사처분지시에 의해 과세처분이 이루어졌고, 청구법인은 당초 신고 이후 일관되게 신고ㆍ납부한 점 등을 종합하면, 청구법인에게 의무해태를 탓하기 어려워 보이므로 처분청이 부과한 가산세는 취소되어야 한다(조심 2014서937, 2014.5.19. 참조).

나. 처분청 의견

(1) (쟁점① 관련) 비영리법인인 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 쟁점토지의 처분수입은 ‘각 사업연도 소득에 대한 법인세’ 과세대상이다.

(가)

「법인세법」제3조

제3항 제5호에서는 비영리내국법인이 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 소득은 각 사업연도의 소득에 포함하되 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 제외하도록 하고 있고, 청구법인의 정관 제4조에서 확인되는 목적사업은 다음과 같다.

OOO

(나) 청구법인은 쟁점토지를 증여받아 고유목적사업에 사용하였다고 주장하나, 이를 증명할 수 있는 증빙서류를 제출한 바 없고, 인터넷 네이버 또는 카카오지도에서 확인되는 쟁점토지의 로드뷰를 보면 2009년 8월부터 2013년 9월까지는 나대지로 확인되며, 청구법인이 2013년 2월 쟁점토지를 양도한 이후에는 매수인이 사옥을 신축하여 사용하고 있으므로 청구법인이 쟁점토지를 고유목적에 사용한 사실은 확인할 수 없다.

(2) (쟁점② 관련) 청구법인은 이자소득만 있는 비영리법인의 신고용 서식으로 법인세 신고를 하였으므로 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 무신고로 보아 7년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.

(가) 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전

「법인세법」제3조

제3항에 따른 수익사업소득이 있는 비영리법인은 원칙적으로 법인세 신고시 같은 법 제60조 제1항에 따른 법인세 과세표준 및 세액신고서([별지] 제1호 서식)를 제출하여야 하나, 이자소득이 있는 비영리내국법인의 경우에는 이자소득을 지급하는 자가 원천징수의무를 이행하고 지급조서를 제출함으로써 과세소득 파악이 용이하므로 같은 법 제62조에 따라 비영리법인의 선택에 의하여 이자소득에 대하여는 과세표준 신고를 하지 아니하고 분리과세방법에 의하여 원천징수로써 과세절차를 종결할 수 있다.

한편 이자소득만 있는 비영리법인이 법인세 신고를 할 경우에는 ‘법인세 과세표준 및 세액신고서([별지] 제1호 서식)’가 아닌 ‘법인세.농어촌특별세 과세표준(조정계산) 및 세액신고서(이자소득만 있는 비영리법인 신고용)([별지] 제56호 서식)’를 제출할 수 있도록 되어 있다.

(나)

「법인세법 시행규칙」제82조

제2항에는 이자소득만 있는 비영리내국법인의 과세표준신고는 [별지] 제56호 서식에 의하여 이행할 수 있는 것으로 규정하고 있으므로 문리해석의 원칙상 [별지] 제56호 서식 제출대상은 이자소득만 있는 비영리내국법인으로 한정하여야 한다. 즉 비영리법인의 과세소득 중 이자소득 외에 다른 과세소득은 원천징수 대상이 아니므로 과세표준 신고를 하지 아니할 경우에는 정확한 과세소득 파악이 어려움에 비추어 볼 때, 이자소득 외 다른 과세소득이 있는 비영리법인은 반드시

「법인세법」제60조

제1항에 따라 ‘법인세 과세표준 및 세액신고서([별지] 제1호 서식)’를 제출하여야 한다.

만약 이자소득 외의 다른 과세소득이 있는 비영리법인의 별지 제56호 서식에 의한 법인세 신고를

「법인세법」제60조

에 따른 법인세 과세표준 신고로 인정할 경우, 이자소득만이 있는 비영리법인의 법인세 신고편의를 위하여 별도로 신설한

「법인세법 시행규칙」제82조

제2항의 조문이 형해화될 우려가 있고,「법인세법」에 따른 정확한 서식을 작성하여 성실히 법인세 신고의무를 이행하는 다른 비영리법인과 형평성에 어긋나게 되므로 이자소득과 쟁점토지 양도소득이 있는 비영리법인인 청구법인이 [별지] 제1호 서식에 의한 법인세 신고를 하지 아니하였으므로 각 사업연도 소득에 대하여 무신고한 것으로 보아 7년의 부과제척기간이 적용된다.

(3) (쟁점③ 관련) 청구법인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(나) 청구법인은 검찰에 증빙서류가 압수되었다 하여 가산세 감면사유가 있다고 주장하나, 청구법인의 서류는 2006.4.6. 압수되었고 쟁점토지의 양도일은 2013.2.20.로서 압수 이후로, 청구법인이 쟁점토지의 ‘각 사업연도 소득에 대한 법인세’를 무신고한 것을 검찰의 압수수색으로 탓하기는 어렵고, 압수된 이후에도 매년 정상적으로 법인세 일반정기확정신고 또는 이자소득만 있는 비영리법인 법인세 신고를 이행하였으며 2017년 3월 쟁점토지에 대한 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’도 신고납부하였다. 그런데도 본 건 부과처분에 대하여만 검찰의 압수수색을 사유로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하는 것은 이치에 맞지 않는다.

또한 청구법인은 2017년 6월 쟁점토지에 대한 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’ 신고시 담당 세무공무원의 확인을 받고 신고서를 제출하였고 이후 세무서가 일관되게 처리하였으므로 청구법인에 귀책사유가 없다고 주장하나, 현행 세법은 법인세의 경우 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여 조세채무를 확정짓는 신고납세방식을 채택하고 있고, 신고납세방식에서 신고하는 과세표준과 세액 등의 적정 여부에 대한 최종 책임은 납세자에게 있다. 신고과정에서 담당 공무원이 청구법인에게 안내 또는 확인한 사항이 잘못되었더라도 그 행위는 청구법인의 법인세 과세표준과 세액 신고를 보조하는데 그치므로 거기에 따랐다 할지라도 청구법인이 신고에 따른 책임을 면할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부

② 법인세를 신고하지 아니하였다고 보아 7년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

③ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정된 것)

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림,

「산림보호법」 제7조

에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.

⑤ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하면 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

제62조(비영리내국법인의 과세표준 신고 특례) ① 비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(

「소득세법」 제16조

제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 일부 개정된 것)

제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」, 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 “산출세액등”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(

「소득세법」 제70조

및 제124조 또는

「법인세법」 제60조

, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가

「소득세법」 제160조

제3항에 따른 복식부기의무자(이하 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 제1호 또는 제2호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제18조제1항, 제19조제1항 및 제27조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 “영세율과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 제4호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

2. 법인세 : 「법인세법」에 따른 산출세액(같은 법 제84조 및 제85조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 같은 법 제83조에 따른 법인세액을 말한다)

제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만,

「인지세법」 제8조

제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(3) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 일부 개정된 것)

제6조(천재 등으로 인한 기한의 연장) 관할 세무서장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출 또는 통지를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(4) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 일부 개정된 것)

제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제97조(과세표준의 신고) ① 법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다. 이 경우 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따른 외부감사 대상 법인이

「국세기본법」 제2조

제19호에 따른 전자신고를 통하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 그 신고서에 대표자가 서명날인하여 서면으로 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

제99조(비영리내국법인의 과세표준신고의 특례) ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(5) 국세기본법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30400호로 일부 개정된 것)

제2조(기한연장 및 담보제공) ① 법 제6조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우

3. 납세자가 그 사업에서 심각한 손해를 입거나, 그 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우만 해당한다)

4. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우

5. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무, 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우

6. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우

7. 납세자의 형편, 경제적 사정 등을 고려하여 기한의 연장이 필요하다고 인정되는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우(납부의 경우만 해당한다)

8.

「세무사법」 제2조

제3호에 따라 납세자의 장부 작성을 대행하는 세무사(같은 법 제16조의4에 따라 등록한 세무법인을 포함한다) 또는 같은 법 제20조의2에 따른 공인회계사(

「공인회계사법」 제24조

에 따라 등록한 회계법인을 포함한다)가 화재, 전화, 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

9. 제1호, 제2호 또는 제6호에 준하는 사유가 있는 경우

(6) 법인세법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제325호로 일부 개정된 것)

제82조(서식) ① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조 제5항 제1호에 따른 세무조정계산서 부속서류는 제4호부터 제56호까지 및 제60호의 서류 중 해당 법인과 관련된 서류로 한다.

1. 영 제97조 제2항의 규정에 의한 별지 제1호서식의 법인세 과세표준 및 세액신고서

② 법 제62조제1항의 규정에 의한 이자소득만 있는 비영리내국법인의 과세표준신고는 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 서식에 의한다.

1. 별지 제56호 서식의 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세ㆍ농어촌특별세 과세표준(조정계산)및 세액신고서

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은「법인세법 시행규칙」[별지] 제56호 서식에 따른 이자소득만 있는 비영리법인 신고용으로 2014.3.18. 아래 ＜표1＞과 같이 2013사업연도 법인세를 신고하였다.

OOO

(2) 청구법인은 처분청이 쟁점토지에 양도에 대한 과세자료 해명안내문을 송부하자, 2017.6.30. 아래 ＜표2＞와 같이「법인세법 시행규칙」[별지] 제1호 서식에 따라 2013사업연도 법인세 기한후 신고를 하였다.

OOO

(3) 처분청이 제시한 청구법인의 정관은 아래와 같고, 쟁점토지의 연도별 사진 등에는 나대지 상태인 것으로 나타난다.

OOO

(4) 처분청은 OOO국세청장으로부터 감사지적을 받고, 아래 ＜표3＞과 같이 청구법인에게 2013사업연도 법인세를 경정.고지하였다.

OOO

(5) 청구법인이 제시한 증거서류는 다음과 같다.

(가) OOO 외 5인에 대한 OOO검찰청의 압수증명원에는 ‘2006형제51350호 사건 압수물 증제1～271호를 압수하여 2006.4.6.자로 수리하였음을 증명한다’는 내용이 나타난다.

(나) 이외에도 처분청이 청구법인에게 발송한 법인세 해명자료 제출 안내문(2018.11.29.), 청구법인의 연구리스트 및 OOO에 대한 법원 판결문(대법원 2014.2.27. 선고 2011도48 판결) 등을 제시하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,

「법인세법 시행령」제2조

제2항에서 과세대상 소득에서 제외되는 수익사업의 범위에 대해 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입”으로 규정하고 있는데, 법인세 과세대상 소득에서 제외되는 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법문상 양도일로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산과 관련한 것으로 해석하여야 할 것인바, 청구법인의 정관 및 쟁점토지의 연도별 사진 등으로 볼 때 쟁점토지 양도일로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 법인세 익금에 산입하여 각 사업연도 소득에 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인은

「법인세법」제60조

에 따른 과세표준 등의 신고를 한 것이 아니라 원천징수된 이자소득만 있다고 보아 같은 법 제62조에 따른 과세표준 신고 특례규정을 적용하여 2013사업연도 법인세 과세표준 신고를 하지 아니하였는바,

「국세기본법」제26조의2

제2항 제1호에 따라 7년의 국세부과제척기간의 적용대상으로 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 검찰에 증빙서류가 압수되어 2013사업연도 법인세를 신고할 수 없었거나 과세관청이 청구법인의 법인세 신고에 대하여 정당한 것으로 확인하였으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 쟁점토지는 청구법인의 서류가 압수당한 2006.4.6. 이후인 2013.2.20.에 양도되어 검찰의 서류압수로 인하여 법인세를 신고하지 못하였다고 보기 어려운 점, 설령 과세관청이 이 건 부과처분을 늦게 하였더라도 법인세는 신고납세방식의 세목으로 법인세를 정당하게 신고하지 아니한 책임은 청구법인에 있으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.