조심 2022서5964 (2023.05.04)

OOO서장이 2022.1.4. 청구법인에게 한 법인세 2013사업연도분 OOO원 및 2014사업연도분 OOO원의 부과처분과 2022.3.16. 소득금액 변동통지(대표이사 AAA에 대한 상여로 2013년 귀속분 OOO원, 2014년 귀속분 OOO원) 처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2001.11.1. 설립되어 컴퓨터 주변기기 제조업을 영위하면서, 2012.11.30. 중소기업청(현, 중소벤처기업부)과 ‘스마트폰 활용 개인용 스킨케어기기 개발’ 협약(출연금 : OOO원, 이하 “이 사건 협약”이라 한다)을 체결하고, 협약기간(2012.10.1.∼2014.12.31.) 동안 총 12건, 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 그 매입세액을 공제하고, 매입액과 관련한 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다) 등을 손금에 산입하는 등으로 해당 과세기간 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다. 나. 감사원은 2015.3.16.부터 2015.4.17.까지 ‘중소기업 R＆D 지원실태’에 대한 감사를 실시하였고, 그 결과 2015.7.17. 중소기업기술정보진흥원장(이하 “진흥원”이라 한다)에게 아래 ＜표1＞과 같은 조치사항을 통보하였다. ＜표1＞ 감사원이 통보한 조치사항 ㅇㅇㅇ 다. OOO지방검찰청은 2016.11.21. 청구법인의 대표이사 AAA을 사기 혐의로 기소하였고, OOO지방법원은 2017.3.2. AAA이 진흥원으로부터 OOO원(이하 “쟁점출연금”이라 한다)을 편취하였다는 등의 이유로 사기죄를 유죄로 보아 징역 2년 6개월을 선고하였으나, 위 사건의 항소심인 OOO지방법원 제11형사부는 2017.5.11. AAA이 피해자인 진흥원에게 피해금액을 모두 변제하였다는 이유로 제1심 판결을 파기하고 AAA에게 징역 1년 6개월에, 집행유예 3년을 선고하였다. 라. 처분청은, 중소벤처기업부로부터 아래 ＜표2＞와 같이 이 사건 협약과 관련된 청구법인의 가공매입 관련 자료를 통보받고, 청구법인이 2013년부터 2014년까지 실물거래 없이 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취하고, 추가로 2013년부터 2014년까지 실제 근무하지 않은 BBB(대표이사 AAA의 동생) 등에게 지급한 쟁점인건비를 손금으로 계상한 사실을 확인하고, 2022.1.4. 청구법인에게 아래 ＜표3＞과 같이 부가가치세 합계 OOO원 및 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하는 한편, 2022.3.16. 청구법인에게 실질대표자였던 AAA을 소득자로 하여 아래 ＜표4＞와 같이 합계 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다. ＜표2＞ 청구법인 가공매입 내역 ㅇㅇㅇ ＜표3＞ 청구법인에 대한 부과처분 내역 ㅇㅇㅇ ＜표4＞ 소득금액변동통지 내역 ㅇㅇㅇ 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.1. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점출연금은 청구법인에 귀속된 금액이 아니라 대표이사인 AAA에게 귀속된 금액이고, 설령 쟁점출연금이 청구법인에게 귀속되었다 하더라도 청구법인은 위법소득인 쟁점출연금을 모두 반환하였으므로 청구법인의 과세대상 수입금액으로 볼 수 없는바, 이 건 처분 중 쟁점출연금과 관련된 수입금액(법인세 관련)이 조정되어야 한다. (가) AAA에 대한 OOO지방법원의 형사 판결서(아래 ＜표5＞, ＜표6＞ 참조)에 의하면, AAA이 쟁점출연금을 편취한 것으로 확인되므로, 쟁점출연금을 청구법인의 수입금액으로 볼 수 없다. ＜표5＞ 1심(OOO지방법원 2017.3.2. 선고 2016고단5485) 중 발췌 ㅇㅇㅇ ＜표6＞ 2심(OOO지방법원 2017.5.11. 선고 2017노550) 중 발췌 ㅇㅇㅇ 2) 특히 AAA은 횡령죄가 아닌 사기죄로 처벌되었는데, 만일 처분청의 의견과 같이 쟁점출연금이 청구법인에 귀속된 이후, AAA이 청구법인의 자금을 가공매입을 통해 사외로 유출한 것이라면, AAA은 사기죄가 아닌 횡령죄로 처벌되어야 한다. 그러나 AAA은 횡령죄로 기소되거나 처벌된 사실이 없다. 즉 검찰 및 법원은 청구법인을 도관으로 보고 처음부터 쟁점출연금이 AAA에게 귀속된 것으로 판단하였으며, 위 판결서 내용이 최종 확정되었으므로 판결서에 기재된 사실관계를 함부로 부인할 수 없다. 3) 따라서 쟁점출연금은 청구법인 수입금액이 아니라 AAA의 수입금액으로 보아야 하는바, 처분청은 이 건 처분을 하면서 이와 관련된 세액을 조정하였어야 한다. (나) 설령 쟁점출연금을 청구법인의 수입금액으로 보더라도, 청구법인은 쟁점출연금을 모두 반환하였으므로 이를 과세대상 수입금액으로 볼 수 없다. 1) 대법원은 위법소득의 지배·관리라는 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 그 후 몰수나 추징과 같은 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되는 후발적 사유가 발생하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 전제를 잃게 되었다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자는 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다. 그리고 이러한 후발적 경정청구사유가 존재함에도 과세관청이 당초에 위법소득에 관한 납세의무가 성립하였던 적이 있음을 이유로 과세처분을 하였다면 이러한 과세처분은 위법하므로 납세자는 항고소송을 통해 취소를 구할 수 있다(대법원 2015.7.16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결)고 판시한 바 있다. 2) 조세심판원 또한 특정소득이 경제적 측면에서 현실적으로 지배ㆍ관리 및 향수되고 있어서 그 귀속자에게 담세력이 있는 것으로 판단되면 비록 그 소득이 범죄행위로 인한 위법소득이더라도 과세소득에 해당된다 할 것이나, 그 소득이 원귀속자에게 환원조치가 취해졌다면 소득이 실현되었다고 볼 수 없다 할 것이다(조심 2011서2662, 2011.11.4. 등)고 판단하였다. 3) OOO지방법원 항소심 판결에 따르면, AAA이 사기를 통해 편취한 금액 전부를 진흥원에 모두 변제한 사실이 확인된다. 만일 쟁점출연금이 청구법인에게 귀속된 것이라고 보더라도, 위 대법원 및 조세심판원 선결정례 취지에 따르면 위법소득인 쟁점출연금이 모두 피해자에게 반환된 이상 이는 더 이상 청구법인의 과세대상 소득이라고 볼 수 없다. 4) 따라서 처분청은 이 건 처분에 따른 세액 중 쟁점출연금이 청구법인의 소득임을 전제하고 이루어진 법인세 합계 OOO원과 소득금액변동통지 합계 OOO원은 취소되어야 한다. (2) 청구법인은 이 사건 협약을 진행하면서 OOO 등 매입처들(이하 “쟁점매입처”라 한다)에 외주 용역·가공을 의뢰하고 계약을 체결한 후 대금을 지급하였으며, 대금지급 내역은 청구법인의 계좌에 의해서 확인되므로, 이를 실물거래 없는 허위세금계산서라고 볼 수 없다. (가) 다만 일부 세금계산서의 경우 실제 쟁점매입처들에게 지급한 대금보다 과다하게 발급한 사실은 있으나, 이는 가공거래가 아닌 거래 금액을 달리 기재한 세금계산서에 불과하므로 청구법인의 매입세액을 전액 부인하여서는 안된다. (나) 쟁점인건비 중 실제 근무하지 않은 CCC에게 지급하였다고 하는 OOO원의 경우 청구법인은 당초 CCC에게 동 금액을 지급한 적이 없어 가공인건비가 성립할 수 없으며, AAA에게 지급한 것으로 처리된 인건비 OOO원은 실제 BBB(대표이사 AAA의 동생)을 고용하고 지급한 것으로 가공인건비가 아니다. (3) 청구법인은 실제 쟁점매입처들과 거래를 하고 비용을 지급하였고, AAA은 「조세범 처벌법」으로 처벌받은 사실도 없으므로 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 10년의 부과제척기간을 적용한 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 현재까지 제세 신고의무를 이행하고 있는 법적, 경제적 실질을 가지고 있는 정상적인 법인이므로 청구법인이 수령한 국고보조금을 청구인에게 귀속된 금원이라고 보기 어렵다. (가) 청구법인은 이 사건 계획서를 중소기업청에 제출하여 주관기관으로 선정되었고, 청구법인과 진흥원장은 협약을 체결하고 쟁점출연금을 청구법인에게 지급하였으며, 청구법인은 이를 받아서 기업회계기준에 따라 정상적으로 회계처리 하였다. (나) 그 이후 AAA은 청구법인의 자금을 횡령한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점출연금이 청구법인에게 귀속되지 않았다는 주장은 받아들일 수 없다. (다) AAA이 진흥원에 쟁점출연금을 반환한 사실은 확인되나, 쟁점출연금을 지급받은 사업연도에 환원하지 않았고, 환원한 자금의 원천 역시 알 수 없으므로, 쟁점출연금은 사외유출된 것으로 보아야 한다. (2) AAA에 대한 형사판결서에 의하면, AAA은 계획적으로 쟁점매입처로부터 가공세금계산서를 수취하는 방법으로 진흥원이 청구법인 계좌에 입금한 돈을 편취한 사실이 확인되므로, 쟁점세금계산서가 사실에 부합하는 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다. (가) 청구법인은 BBB에게 현금을 이체한 증빙을 근거로 가공인건비가 아니라고 주장하고 있으나, BBB이 실제 근무한 사실을 근로소득 원천징수 및 지급명세 내역 등으로 입증하지 못하고 있다. (3) 판결서 내용에서 확인되는 바와 같이 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당하고, 이와 같이 허위 거래임에도 정상거래의 외관을 형성하여 세금을 신고한 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다 할 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다. 또한 AAA이 조세범처벌법으로 처벌되지 않은 것은 고발대상 포탈세액을 초과하지 않았기 때문에 처분청이 고발하지 않았기 때문이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점출연금은 청구법인의 수입금액으로 볼 수 없으므로 법인세 부과처분 및 소득금액 변동통지 처분이 위법하다는 청구주장의 당부 ② 쟁점세금계산서는 실제 거래에 따라 발행된 세금계산서이고, 쟁점인건비도 실제 인건비로 보아야 한다는 청구주장의 당부 ③ 사기·기타 부정한 행위에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (3) 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 (4) 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 감사원 처분요구서의 주요 내용은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 감사원 처분요구서 내용 중 발췌 ㅇㅇㅇ (2) 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서 및 대금 지급 내역은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 쟁점세금계산서 및 대금 지급 내역 ㅇㅇㅇ (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 관하여 보건대, 처분청은 청구인이 쟁점출연금을 반환하였다 하더라도 쟁점출연금을 사외유출한 2013∼2014사업연도가 아닌 2017년에 반환하였으므로 이를 청구법인의 2017사업연도에 반영하는 것은 별론으로 하더라도 이미 성립한 2013∼2014사업연도 법인세 납세의무에는 아무런 영향이 없다는 의견이나, 위법소득의 지배·관리라는 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도, 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되는 후발적 사유가 발생하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 전제를 잃게 되었다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자는 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있고, 이러한 후발적 경정청구사유가 존재함에도 과세관청이 당초에 위법소득에 관한 납세의무가 성립하였던 적이 있음을 이유로 과세처분을 하였다면 이러한 과세처분은 위법하므로 납세자는 항고소송을 통해 취소를 구할 수 있다할 것인바(대법원 2015.7.16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결, 조심 2017서2498, 2018.5.3., 같은 뜻임), 청구법인은 대표이사의 기망행위를 통하여 피해자인 진흥원으로부터 위법소득인 쟁점출연금을 얻기는 하였으나, 위 ＜표6＞ OOO지방법원 2017.5.11. 선고 2017노550 판결서에 의하면 대표이사가 항소심 재판 진행과정 중 쟁점출연금을 피해자인 진흥원에게 모두 변제한 사실이 확인되는바, 이는 대표이사가 청구법인이 반환할 쟁점출연금을 대신 변제한 것이라 할 것(청구법인과 대표이사의 채권·채무는 서로 상계된다고 봄이 상당하다)이고, 이에 따라 청구법인의 쟁점출연금이라는 위법소득은 더 이상 실현되지 않는 것으로 확정되어 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다 할 것이므로, 쟁점출연금은 소급하여 청구법인의 수입금액에서 제외된다고 봄이 타당하고, 이와 같이 청구법인의 수입금액에서 제외되는 이상 위 금액이 청구법인 대표이사에게 귀속되었다 하더라도 이를 ‘청구법인’에서 사외유출된 금액이라고 보기도 어렵다 할 것이고, 또한, 청구법인의 수입금액에서 소급적으로 제외되는 쟁점출연금(OOO원)이 처분청이 이 건 처분을 하면서 손금불산입하거나 소득금액변동통지를 한 금액을 초과하므로, 결국 이 건 법인세 부과처분 및 소득금액 변동통지 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인은 쟁점매입처에 대금을 지급하고 용역결과물을 수령하였으므로 실물거래 없는 허위세금계산서라고 볼 수 없고, 인건비 역시 BBB(대표이사 AAA의 동생)을 고용하고 지급하였으므로 가공인건비가 아니라고 주장하나, 형사판결서 및 감사원 조사내용에 의하면 청구법인의 대표이사 AAA은 중소벤처기업부에 허위 내용의 계획서를 제출하고 쟁점매입처에 대금을 지급한 후 이를 돌려받는 방법으로 출연금을 편취한 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 관련 형사판결서에 기재된 사실관계를 함부로 부인할 수 없다고 주장하면서, 동시에 쟁점매입처들과 외주 용역·가공거래를 체결하고 대금을 지급하였으므로 허위 세금계산서가 아니라고 주장하는 등 모순된 주장을 반복하고 있는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 보건대, 청구법인은 실제 쟁점매입처들과 거래를 하고 비용을 지급하였으므로 사기 기타 부정한 행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 가공의 세금계산서를 수수한 행위는 가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 조작하여 실제 거래인 것처럼 위장하여 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 부정한 행위이고, 청구법인은 가공매입세금계산서상 부가가치세를 매입세액으로 공제받은 사실이 있는 점 등에 비추어 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.