조심 2021중3068 (2021.07.30)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인 AAA 및 BBB(청구인들은 부부관계이며, 이하 “청구인들”이라 한다)은 2012.10.5. 공동명의(AAA의 지분율은 3분의 1, BBB의 지분율은 3분의 2)로 취득한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2019.5.30. OOO원에 양도하고, 쟁점주택의 양도를 1세대 1주택 고가주택으로 보아 9억원 초과분에 대해 장기보유특별공제 및 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 청구인 AAA는 OOO원, 청구인 BBB은 OOO원으로 각각 신고·납부하였다. 나. 청구인 BBB은 쟁점주택을 보유하던 중 2015.3.25. OOO의 48채의 3분의 1 지분(이하 “임대주택들”이라 한다)을 취득하였고, 2016.11.28. OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 추가로 취득하여, 쟁점주택을 양도할 당시 아래 OOO과 같이 청구인들은 3주택 이상을 보유한 것으로 확인된다. 다. 처분청은 조정대상지역에 있는 쟁점주택의 양도일 현재 청구인들은 3주택 이상을 보유한 다주택자이므로 「소득세법」 제95조 및 제104조에 따라 쟁점주택의 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 20%를 추가한 세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용해야 한다고 보아, 2020.10.16. 청구인 AAA에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을, 2020.10.8. 청구인 BBB에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다. 라. 청구인들은 이에 불복하여 2020.12.30. 이의신청을 거쳐 2021.5.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 법원은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택뿐만 아니라 그 중 비과세 범위에서 제외되는 고가주택에 대해서 규정하고 있다고 판단(대법원 2016.1.28. 선고 2015두37235 판결)하고 있다. 즉 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 비과세 범위에서 제외되는 고가주택이란 비과세 범위에서는 제외되지만 여전히 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 요건을 충족시키는 주택인 것이다. 1세대 1주택 고가주택의 경우 「소득세법」 제95조 제3항 및 「소득세법 시행령」 제160조 에 따라 고가주택의 양도차익 중 9억원을 차감하여 계산하지만 그 외 비과세 요건을 갖추지 못한 고가주택에 대해서는 양도차익 중 9억원을 차감하지 않는다는 점을 통해서도 알 수 있다. 또한 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 고가주택에 대해서는 「소득세법 시행령」 제154조 제3항의 겸용주택 규정이 적용되지만, 그 외 1세대 1주택 요건을 갖추지 못한 고가주택은 겸용주택 규정이 적용되지 않는 것으로도 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 고가주택은 단순히 양도가액이 9억원을 초과하는 주택이 아니라 1세대 1주택의 요건을 갖춘 주택 중 양도가액이 9억원을 초과하는 주택임을 알 수 있다. (2) 「소득세법」 제155조 는 1세대 1주택 특례를 적용받는 주택에 대한 규정으로 이는 양도가액이 9억원을 초과하는 주택에 대한 별도의 적용기준이 아니며 주택 전체에 대해서 적용하는 것이지 하나의 주택을 금액별로 구분하여 적용한다는 규정이 아니다. (3) 다주택 주택수를 판정하는 세부기준인 「소득세법 시행령」 제167조의3 에서 고가주택에 대하여 일반주택과 다르게 주택수를 판단한다는 내용도 없다. 처분청이 고가주택에 대한 다주택 중과세 적용 기준금액으로 적용한 9억원은 「소득세법 시행령」 제156조 에 따른 고가주택 기준금액으로서 다주택 중과 제도와는 관련이 없는 기준이다. 고가주택의 9억원 초과부분을 별도로 분리 매각할 수 없는 것임에도 불구하고 고가주택의 일부분에 대하여 다주택 중과로 과세한다는 것은 다주택 중과제도의 취지인 주택실수요자 보호라는 입법취지에 맞지 아니하므로 쟁점주택에 적용된 1세대 3주택 중과세는 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인들은 「소득세법」제89조 제1항 제3호는 1세대 1주택 비과세 주택뿐만 아니라 비과세 범위를 벗어난 고가주택에 대해서도 규정하고 있다고 주장하나, 「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고, 이에 따라 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있다. 또한 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점(조심 2020서489, 2020.3.24., 같은 뜻임)등에 비추어 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있다. 따라서 비과세 범위를 벗어난 고가주택의 경우에는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 요건을 충족시키는 주택이라고 할 수 없다. (2) 청구인들은 「소득세법」 제155조 는 1세대 1주택 특례를 적용받는 주택에 대한 규정으로 양도가액이 9억원을 초과하는 주택에 대해 별도의 적용 내용이 없으므로 9억원 초과분에 대해서도 적용할 수 있다고 주장하나, 위 조항의 입법취지가 거주목적의 선의의 납세자를 보호하기 위함임을 고려할 때 9억원을 초과하는 주택에 대해서도 위 조항을 적용하는 것은 입법취지에 반한다. (3) 청구인들은 주택수를 판정하는 세부기준인 「소득세법 시행령」 제167조의3 에서 고가주택에 대해서 일반주택과 다르게 주택수를 판단하는 조문이 없어 9억원 초과분은 다주택 중과와 관련이 없다고 주장하나, 1세대 3주택 이상 중과에서 제외되는 주택을 열거하고 있는 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 각 호에서 쟁점주택(일시적 2주택)을 중과배제 주택에 열거하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 쟁점주택 9억원 초과분에 대하여 1세대 3주택자 중과세율을 적용한 처분은 적법하다(조심 2020서489, 2020.3.24., 같은 뜻임). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주택의 양도를 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들과 처분청 간 다음 사실에 대해서는 다툼이 없는 것으로 확인된다. (가) 쟁점주택 양도 당시 청구인들은 대체주택 및 임대주택들을 보유한 상태로 1세대 3주택 이상의 상황이었다. (나) 쟁점주택은 조정대상지역 내에 소재하며, 「소득세법」 제89조 [비과세 양도소득] 제1항 제3호 가목, 같은 법 시행령 제154조[1세대1주택의 범위] 제1항, 제155조[1세대1주택의 특례] 제1항(일시적 2주택) 및 제156조[고가주택의 범위] 제1항에 해당하는 1세대1주택(고가주택)이다. (2) 청구인들은 2019.5.30. 2년 이상 보유 및 거주한 쟁점주택을 양도하였는데, 양도 당시 청구인들 세대가 임대주택들과 대체주택을 같이 보유하였더라도 쟁점주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 대체주택을 취득하고 3년 이내에 쟁점주택을 양도한 일시적 2주택으로 보아 2019.7.31. 고가주택 9억원 초과분에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다. (3) 처분청은 쟁점주택 양도 당시 청구인들 세대는 장기임대주택과 대체주택을 같이 보유하여 1세대 3주택 이상을 보유한 것으로 판단하여 9억 초과분에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 아래 OOO와 같이 이 건 양도소득세를 부과하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고, 이에 따라 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점, 「소득세법」 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 중과세율을 적용하면서 같은 법 제95조 제2항에서 장기보유특별공제는 배제하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점주택의 양도당시 쟁점주택이 조정대상지역에 포함되어 있었고 청구인들 세대가 쟁점주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었던 점 등에 비추어 처분청이 「소득세법」 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020중2007, 2021.1.19., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별첨＞ 관련 법령 (1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략) ② 제1항에서 조정대상지역을 적용할 때 2017년 8월 3일부터 2017년 11월 9일까지의 기간에는 다음 표의 지역을 조정대상지역으로 한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략) (20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). (단서 생략) 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]