조심 2020서8092 (2021.02.05)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인 OOO(이하 “청구인들”이라 한다)은 2005.10.18. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 각각 1/2씩 공유지분으로 취득 후 2019.10.28. 공유지분 전부를 OOO원에 양도하였고, 양도시점에 1세대 3주택을 보유 중이나 장기임대주택은 1세대 1주택 계산시 주택수에서 제외되므로 일시적 2주택 특례에 해당하는 것으로 보아 처분청에 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고시 9억원 초과분에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2020.5.11.부터 2020.5.30.까지 청구인들에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주택은 고가주택으로 양도차익 중 양도가액 9억 초과분에 대한 양도소득이 과세되고, 중과제외 주택에 해당하지 않는다고 보아 중과세율(20%) 적용 및 장기보유특별공제를 배제하여 2020.6.10. 청구인들에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2020.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점주택의 양도소득세 계산시 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용해야 한다.

(가) 1세대1주택 적용을 위한 주택수 판정시 임대주택의 주택수 제외 여부를 과세관청의 징수를 위하여 자의적으로 유리하게 해석하여 1개 주택을 9억원이라는 기준금액으로 정하여 9억원 미만의 주택은 주택수로 계산하지 아니하고, 9억원 초과분의 주택을 주택수로 계산하는 것은 너무 자의적이고 일방적인 과세편의적 세법해석이다.

(나) 1세대1주택 비과세 적용여부 판단시 임대주택을 주택수 계산에서 제외한다는 대원칙에 따라 일시적 2주택자(대체취득)는 중과하지 않고 비과세를 적용하고 있는데 단순히 임대주택이 1개 더 있다는 이유로 3주택자로 보아 20% 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 것은 납세자에게 예측할 수 없는 엄청난 과세로 불합리한 면이 존재한다.

(다) 따라서 1세대1주택 비과세 적용시 일시적 2주택자는 당연히 비과세를 적용하여야 하고 임대주택은 주택수 판정시 제외되므로 임대주택을 포함하여 3주택자라 할지라도 1세대1주택 비과세와 함께 고가주택인 경우 9억원 초과분은 일반세율 및 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

(2) 1세대1주택 비과세 적용을 위한 주택수 계산시 임대주택을 주택수에서 제외하는 것이 대원칙이어서 일반 납세자들은 당연히 임대주택을 주택수에서 제외되는 것으로 알고 있을 뿐만 아니라 대부분의 세무전문가들도 그렇게 알고 세법을 적용하고 있으므로 청구인들과 같이 일시적 2주택자가 임대주택을 보유하고 있을 경우 억울한 세금추징이 발생한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주택에 대해 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 주장에 대하여

(가)청구인들은 쟁점주택 양도 당시 장기임대주택을 보유하면서 일시적 2주택 요건을 충족하고 있어 쟁점주택의 양도차익 중 OOO원 초과분도 3주택의 양도차익이 아닌 1주택자의 양도차익에 해당하므로 기본세율 및 장기특별보유공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점주택은 고가주택으로 양도가액 9억원 초과분에 대한 양도소득이 과세되고,

「소득세법 시행령」제155조의 1

세대 1주택 비과세 특례 규정과 같은 법 시행령 제167조의3의 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법 취지가 달라 별개로 적용해야 하며, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 같은 조 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 청구인들이 보유한 쟁점주택은 포함하지 않고, 중과대상 주택수 계산 시 제외되지 않으며, 장기임대주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정은 없다.

(나)

「소득세법」제104조

제7항 제3호에서 조정대상지역내 1세대 3주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우 양도소득금액은 장기보유특별공제를 하지 아니하고, 양도소득세율은

「소득세법」제55조

에 의한 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 명시하고 있는 바, 쟁점주택은 양도일 현재 「소득세법」104조 제7항 제3호에 해당하는 주택에 해당하므로 처분청에서 1세대 3주택 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하다.

(2) 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장에 대해

국세청 유권해석(사전-2019-법령해석재산-488)에서

「소득세법 시행령」제155조

제20항의 장기임대주택 외 양도주택이 일시적 2주택에 해당하는 경우

「소득세법 시행령」제154조

제1항을 적용하고, 양도주택이 조정대상지역내에 소재하고 고가주택에 해당하는 경우에는 1세대 3주택 중과세율을 적용하며 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다고 일관된 해석을 하고 있으므로 대부분의 세무전문가가 해당 사실을 모른다는 청구주장은 자의적 판단으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택 양도에 따라 9억원 초과분 양도차익에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)소득세법

제89조[비과세양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및

주거환경정비법」 제74조

에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택

정비에 관한 특례법」 제29조

에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조[양도소득세의 세율] ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제155조[1세대1주택의 특례] ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고

「주민등록법」 제16조

에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

(20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는

「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조

제4항의 전환 규정을 준용한다.

제167조의3[1세대 3주택 이상에 해당하는 범위] ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들의 주택 취득내역은 OOO와 같다.

(2) OOO 2020.1.30. 발급한 임대사업자등록증OOO에 의하면, 청구인 OOO이 2017.4.13.부터 장기임대주택의 임대를 시작한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점주택에 대한 청구인들의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 OOO와 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주택이 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되는 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인들은 쟁점주택을 양도할 당시 장기임대주택 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는

「소득세법 시행령」 제167조의3

제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 OOO 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없어 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이다.

또한 청구인들은 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당하여 9억원 이하분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고 있는바, 9억원 초과분에 대해서도 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해야 한다는 취지로 주장하나, 비과세를 정하고 있는 규정(

「소득세법」제89조

및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 정하고 있는 규정(

「소득세법」제95조

·제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)이 동일하지 아니하고, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 외 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단된다.

따라서 처분청에서 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.