조심 2025서2437 (2025.09.24)

역삼세무서장이 2025.4.8. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 2022.2.14. 주식회사 A과 주식회사 B가 주식회사 C 발행주식을 매매할 당시 특수관계인 해당여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2019.7.30. OOO원(= OOO주 × OOO원)에 취득한 주식회사 C(이하 “발행법인”이라 한다)의 비상장주식 OOO주(총 발행주식의 30%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2022.3.31. 발행법인에게 OOO원(= OOO주 × OOO원, 이하 “쟁점거래가액”이라 한다)에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 2022.8.26. 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 화성세무서장은 2023년 8월 발행법인에 특수관계자 간 저가양도와 관련하여 해명자료 제출 및 수정신고를 안내하였고, 발행법인은 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 보충적평가액(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 시가로 하여 2023.9.8. 2022사업연도 법인세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였고, 이에 화성세무서장은 처분청에 청구인의 양도소득세 과세자료를 파생하였다.

다. 처분청은 상증세법상 보충적평가액(OOO원 = OOO주 × OOO원)을 쟁점주식의 시가로 보아 「소득세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2025.4.8. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점거래의 실질을 알지 못하였던 사정이 있다.

(가) 발행법인은 대표이사이자 주주인 D가 운영하는 회사로, 쟁점거래 전 발행법인의 주주는 D(지분율 40%), 청구인(지분율 30%), 주식회사 A(지분율 30%, 이하 “A”이라 한다)으로 구성되어 있었다.

(나) D는 2021년경부터 청구인과 A에게 더 이상 발행법인을 운영하기 어려운데, 마침 회사를 인수하려는 중국 회사가 있으니 각자 보유한 주식을 양도하자고 제안하였다. 청구인과 A은 D의 갑작스러운 제안을 만류하였으나, D의 의사가 워낙 완고하였고, 실질적 경영자인 D 없이는 발행법인의 운영이 불가능하다고 판단하여 부득이하게 D의 제안을 받아들였다.

(다) 이에 따라 청구인과 A은 발행법인 주식 각 OOO주를 양도하기로 결정하였고, D는 본인이 중국 회사와 협상하여 최종적으로 보통주 OOO주당 매매대금 OOO원을 제안받았다고 하였다. 청구인과 A은 D에게 매매대금이 다소 낮은 것 같다고 이의를 제기하였으나, D는 위 금액이 적정가치 내지 시가이므로, 더 이상 가격을 올리기 어렵다고 설명하였다.

(라) 청구인은 회사의 경영을 총괄하던 D의 말을 신뢰할 수밖에 없었고, D에게 주식양도에 관한 모든 권한을 위임하였으므로 청구인은 양수인이 중국의 어느 회사인지는 정확히 알지 못한 채, D가 주선하는 대로 계약이 진행되는 것으로 이해하였다. 청구인은 D의 요청에 따라 대리인(E)을 통해 주식양수도계약서에 날인하였는데, 이때에도 양수인이 발행법인이라는 사실을 전혀 알지 못하였다.

(마) 결국 청구인은 쟁점거래 당시 ① 양수인이 특수관계인이 아닌 중국 회사이고, ② 쟁점거래가액이 쟁점주식의 적정 시가라는 D의 말을 그대로 믿었던 것이다. 청구인은 쟁점거래가 특수관계인인 발행법인에 대한 저가 양도라는 사실을 전혀 인식하지 못하였고, 그럴 이유도 없었다.

(2) 쟁점거래는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래가 아니다.

(가) 대법원은 부당행위계산부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고(대법원 2018.7.20. 선고 2015두45298 판결), 경제적 합리성의 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다고 판시한바 있다(대법원 1992.1.21. 선고 91누7637 판결).

(나) 청구인으로서는 D 없이는 회사의 존속 자체가 불투명한 상황에서 그의 제안을 따르는 것이 합리적인 선택이었고, 청구인은 회사 내부 사정에 정통한 D의 말을 신뢰할 수밖에 없었다. 따라서, 청구인이 처한 상황과 그가 인지하고 있던 정보를 고려할 때, 쟁점거래는 충분히 경제적 합리성을 갖춘 것이다.

(다) 이 건 거래의 이면에는 D가 저가에 자기주식을 취득하여 지배력을 강화하려는 의도가 있었을 수 있다.

쟁점거래를 통해 청구인이 보유하고 있던 발행법인의 주식 OOO주가 발행법인의 자기주식이 됨에 따라, 발행법인의 의결권 있는 주식수는 OOO주에서 OOO주로 감소하였고, 그 결과 D의 실질적 지분율은 40%(= OOO주 ÷ OOO주)에서 57.1%(= OOO주 ÷ OOO주)로 증가하여 발행법인에 대한 지배력이 강화되었다. 이는 D의 기망행위에 따른 결과일 뿐, 청구인이 이러한 결과를 의도하거나 용인한 것이 아니므로, 그와 공모하여 조세 부담을 부당하게 감소시키려는 비정상적인 거래를 한 당사자가 아니다.

(3) 쟁점거래가액은 시가에 근접한 정상적인 거래가격이다.

(가) 발행법인의 또 다른 주주였던 A은 쟁점주식의 매매계약일(2022.2.14.)과 같은 날 특수관계가 없는 제3자인 주식회사 B(이하 “B”라 한다)에게 발행법인 주식 OOO주를 OOO원(= OOO주 × OOO원)에 양도하는 내용의 매매계약을 체결하여 발행법인 주식 OOO주를 양도하였다.

(나) 쟁점거래가액(1주당 OOO원)은 특수관계 없는 제3자 간에 이루어진 거래가격(1주당 OOO원)과 거의 동일한 수준이다. 이처럼 제3자 간의 정상적인 거래에서 형성된 객관적인 교환가치가 존재하고, 쟁점거래가액이 그와 실질적인 차이가 없다면, 청구인이 시가보다 현저히 낮은 가액으로 자산을 양도하였다고 볼 수 없다.

(다) 따라서, 쟁점거래는 부당행위계산부인의 대상이 되는 ‘자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우’에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

쟁점거래가액은 합리적이고 정상적인 거래의 시가로 볼 수 없으므로, 쟁점주식 양도에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다.

(1) 발행법인은 쟁점거래를 특수관계인 간의 저가 양수도거래로 인정하여 시가와 대가의 차이를 익금산입하고 법인세를 수정신고하였다.

(2) 발행법인의 대표자이자 최대주주인 D가 쟁점거래를 주도하여 양도가액을 결정하고, 발행법인, D 및 B가 발행법인 주식을 각 OOO주, OOO주, OOO주 취득하였는바, 이는 D가 저가로 주식을 취득하기 위해 거래를 주도한 것으로 보이므로, 쟁점거래가액은 합리적이고 정상적인 거래의 시가로 볼 수 없다.

(3) 법원도 소득세에 관한 부당행위계산부인의 규정은 거주자의 행위 또는 계산이 객관적인 사실에 합치되고 법률상 유효ㆍ적법한 것이라 하더라도 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 특수관계자 사이의 거래유형에 해당되는 경우에는 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 실질과세의 원칙을 보충하여 공평과세를 실현하고자 하는 것이므로, 부당행위계산은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때, 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 족한 것이지 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니라고 판결한 바 있다(대법원 2002.1.11. 선고 2000두1799 판결 등).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 양도에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 발행법인의 2022.1.1.∼2022.12.31. 기간 동안 주주현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 발행법인 주주현황

○○○

(나) 청구인은 2019.7.25. A과 아래 ＜표2＞의 주식 양수도 계약을 체결하고, 2019.7.30. 쟁점주식을 OOO원에 취득하였다.

＜표2＞ 주식 양수도 계약서(2019.7.25.)

○○○

(다) 2022.2.14. 작성된 아래 ＜표3＞의 주식 양수도 계약서에는 양도인을 청구인으로, 양수인을 발행법인으로 하여 양도가액 OOO원에 쟁점주식을 양도하는 내용이 기재되어 있다.

＜표3＞ 주식 양수도 계약서(2022.2.14.)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

상증법 시행령 제54조에서 규정하고 있는 비상장주식의 시가라 함은 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 말하는 것으로서 비상장주식이더라도 위와 같은 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 거래가격을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고, 어떠한 거래가 그 거래대상의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하는 일반적이고 정상적인 거래인지 여부는 거래당사자들이 각기 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 거래를 둘러싼 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정하여야 하므로 특수관계에 있는 자와의 거래라 하더라도 위와 같은 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가격을 시가로 보아야 할 것이다(대법원 2007.1.11. 선고 2006두17055 판결, 같은 뜻임).

처분청은 청구인과 발행법인이 특수관계인에 해당하므로, 상증세법상 보충적평가방법에 따른 평가액을 쟁점주식의 시가로 하여 청구인이 발행법인에게 쟁점주식을 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용한 이 건 처분이 타당하다는 의견이나, 청구인이 조세 부담을 감소시킬 목적으로 쟁점주식의 실제 양도가액(OOO원)과 상증법상 보충적평가방법에 따른 평가액(OOO원)의 차액을 포기하였다고 보기에는 무리가 있어 보이고, 청구인은 발행법인의 보유지분 전부를 매각함으로써 발행법인과는 특수관계가 소멸되므로 굳이 발행법인이나 기존 주주들에게 이익을 분여할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점주식의 매매계약일과 같은 날(2022.2.14.) 발행법인의 다른 주주인 A은 B에게 발행법인 주식 OOO주를 쟁점거래가액(1주당 OOO원)과 유사한 가액(1주당 OOO원)에 양도하는 계약을 체결하여 발행법인 주식 OOO주를 양도한 점 등에 비추어, 쟁점거래가액은 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하여 형성된 합리적인 가격으로 인정되므로 이를 시가로 보는 것이 타당한 측면이 있는 것으로 보인다.

다만, A과 B의 특수관계인 해당여부 등 법인 간 발행법인 주식을 양도한 거래가 합리적인 가액인지 여부를 제대로 확인하지 못한 것으로 보이는 등 이 건 거래 당사자들 간의 관계에 대한 처분청의 조사가 부족해 보이므로, 이에 대한 재조사를 실시하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법

제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간”으로 본다.