조심2013서0876 (2015.04.28)

OOO세무서장이 2012.10.22. 청구법인에게 한 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 1. 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 및 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도의 OOO원이 「조세특례제한법」 제10조 제1항의 세액공제대상이 되는 연구·인력개발비에 해당하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 금융보험업을 영위하는 법인으로 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 및 2009.4.1.～2010.3.31사업연도에 위탁개발비 및 인력개발비를 아래 <표1>과 같이 지출하였으나, 법인세 신고시 이에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 것으로 보아 2012.7.2. 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 및 2009.4.1.～2010.3.31사업연도 법인세 OOO원을 각 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였다. OOO 나. 처분청은 2012.10.22. 청구법인이 지출한 위탁개발비(이하 “쟁점위탁개발비”라 한다)는 「조세특례제한법」 제10조 에서 규정한 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상으로 볼 수 없고, 인력개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당하나 추가 공제세액이 발생하지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 청구법인이 지출한 쟁점위탁개발비 중 OOO원(이하 “제1쟁점위탁개발비”라 한다)은 연구개발활동이라고 보기 어려워 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 포함되지 않는다고 보았으나, 이는 해당 전산개발비에 대한 성격을 잘못 파악한 것이고 형평성에 어긋나는 처분이다. 청구법인이 지출한 대부분의 전산개발비는 청구법인의 경영 및 영업활동에 필요한 제반업무를 전산화하는 신기술 기반의 시스템개발과 관련된 것이고, 이것은 기존 조세심판원 결정(조심 2012서3056, 2012.9.24.)에서 인정한 은행의 코어뱅킹시스템과 그 본질이 크게 다르지 않다. 또한, 이러한 전산개발비는 보험시스템의 기술적인 진전을 이루기 위해 수탁업체와 긴밀한 협력을 통해 이뤄낸 것으로서 해당 지출액이 「조세특례제한법 시행령」 제8조 제2항 제1호(2009.2.4. 이후 개시하는 과세연도부터 적용)의 일반적인 관리 및 지원활동으로 보아 연구개발활동 성격이 아니라고 보는 것은 연구ㆍ인력개발비를 지나치게 좁게 해석하는 것이다. 「조세특례제한법」 제9조 제5항에서 연구개발이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’으로 정의하고 있으나, 기존에 구 「기술개발촉진법」 제2조 의 기술개발의 정의를 준용하다가 2008.12.26. 「조세특례제한법」 개정으로 이를 신설하면서 그 개정이유를 연구개발의 정의 및 연구·인력개발비 세액공제가 적용되는 연구개발활동의 범위를 국제적인(OECD의 R&D 개념)에 맞게 정비하기 위함으로 설명하고 있고, OECD 기준에 따르면 연구개발활동의 개념을 기초연구, 응용연구, 실험개발로 구성되고 이중 실험개발은 새로운 물질, 제품, 장치를 생산하거나 새로운 공정, 시스템, 서비스를 설치하기 위한 목적 혹은 기존의 것들을 개선하기 위한 목적으로 앞선 연구와 경험을 통해 확보된 지식을 이용한 조직적인 연구로 정의하고 있다. 2010.2.18. 「조세특례제한법 시행령」 별표6의 개정시 전사적 기업자원 관리설비 등의 시스템 개발을 위한 위탁비용을 제외한다고 하였으나, 개정 이전에는 별도로 이를 구분하지 않았고, 이를 반영하여 기존 다수의 유권해석 및 조세심판원 결정에서 금융기관의 전산시스템 개발을 포괄적으로 연구개발활동으로 보아 세액공제대상으로 하였으므로 2010년 이후 개시하는 사업연도부터는 전사적 기업자원 관리설비 등의 시스템 개발을 위한 위탁비용에 한하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상으로 보지 않는 것이 타당하다. 청구법인이 전산개발비는 보험시스템의 기술적 진전을 위해 개발된 것으로서 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하지 아니하고, 더욱이 경정청구대상 사업연도는 위 시행령의 시행 전이므로 2010.2.18. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 별표 6이 적용될 여지가 없다. 따라서, 청구법인이 지출한 전산개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상으로 인정되어야 하고, 기존 다수의 유권해석 및 조세심판원 결정에도 불구하고 청구법인이 지출한 전산개발비만을 세액공제 대상으로 보지 않는 것은 「국세기본법」 제18조 및 제19조의 과세 형평의 원칙에 반하여 부당하다. (2) 처분청은 쟁점위탁개발비 OOO원(이하 “제2쟁점위탁개발비”라 한다)은 수탁기관의 연구개발 전담부서가 직접 수행하지 않은 지출액으로 연구ㆍ인력개발비에 세액공제대상에 포함되지 않는다고 하였으나, 이는 조문을 단순 문리해석한 것으로 현실에 적용되기 어려운 법해석일 뿐 아니라, 기존 과세관청의 해석 및 조세심판원 결정에 부합하지 않는다. 「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따르면 전담부서의 직원들은 해당기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없고, 수탁업체들도 전담부서의 직원들이 연구에만 전념하도록 규정하고 있어 사실상 전담부서는 위탁업무를 수행할 수 없다. 따라서, 수탁업체의 전담부서 인원들이 청구법인의 연구개발활동을 지원하는 것은 「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 반하는 것이고, 처분청과 같이 문리해석할 경우 「조세특례제한법」상 연구·인력개발비 세액공제를 받을 여지가 없어 사실상 연구·인력개발비 세액공제가 사문화되는 모순이 발생하고, 연구·인력개발비 지출액 중 수탁기관의 연구개발 전담부서 인원이 직접 수행하지 않은 지출액은 연구·인력개발비 세액공제대상에 포함되지 않는다는 주장은 기존 조세심판원 결정(조심 2009서3678, 2010.9.1. 및 조심 2012서3056, 2012.9.24.)에 반하는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 제1쟁점위탁개발비는 VOC 개발, 민원관리시스템개발, 녹취시스템 구축, 증명서 출력시스템 개편, 재무회계시스템 구축, e-mail시스템 업그레이드, ARS만족도 기능 구축 등 회사전반의 관리ㆍ영업활동 목적으로 전산시스템을 구축한 것으로, 「조세특례제한법 시행령」 제8조 에서 규정하고 있는 과학적ㆍ기술적 진전을 이루기 위한 연구ㆍ인력개발비와 무관한 비용이다. (2) 제2쟁점위탁개발비는 청구법인의 차세대전산시스템 개발 관련 인건비 지출액으로, 청구법인은 차세대전산시스템 위탁개발 관련 인건비에 대해 단지 OOO 등 수탁업체가 연구전담부서를 보유하고 있다는 이유만으로 「조세특례제한법」 제10조 에서 규정한 인구ㆍ인력개발비 세액공제대상 비용으로 보았으나, 실제 수탁업체가 연구개발활동을 하였는지, 수탁업체의 연구전담부서에서 용역을 수행하였는지에 대한 아무런 입증이 없고, 청구법인 또한 위탁개발이 수탁업체의 연구전담요원에 의해 수행되었는지는 알 수 없다는 확인서를 제출하였으며, 청구법인의 품의서 등을 보면 수탁업체 연구전담부서 외의 인력이 용역을 수행한 사실도 확인된다. 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상이 되는 연구개발비는 자체연구개발이든 위탁연구개발이든 간에 원칙적으로 「조세특례제한법」 제7조 에 따른 전담부서에서 지출한 비용에 대해 인정되는 것이므로 자체연구개발비에 있어서 전담부서 외의 부서에서 지출하는 비용을 인정하지 않으면서 위탁연구개발비에 대해서만 수탁업체가 연구전담부서를 보유하고 있다는 이유만으로 실제 용역의 수행 부서가 전담부서인지 전담부서 외의 부서인지에 대한 검토없이 무조건 세액공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점위탁개발비가 「조세특례제한법」 제10조 에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 및 2009.4.1.～2010.3.31사업연도에 위탁개발비 및 인력개발비를 지출하고 이에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 누락한 것으로 보아 아래 <표2>와 같이 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 및 2009.4.1.～2010.3.31사업연도의 연구·인력개발비 세액공제액을 각 OOO원 및 OOO원으로 산정하여 2012.7.2. 이에 대한 경정청구를 하였다. OOO (나) 쟁점위탁개발비 중 처분청이 연구ㆍ인력개발비와 무관한 비용으로 본 제1쟁점위탁개발비는 아래 <표3>과 같다. OOO (다) 청구법인은 제1쟁점위탁개발비가 청구법인의 경영 및 영업활동에 필요한 제반업무를 전산화하는 신기술 기반의 시스템개발과 관련된 것으로 연구·인력개발비에 해당한다고 주장하면서 각 연구개발 건에 대하여 아래와 같이 설명하고 있다. OOO (라) 청구법인은 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 및 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도에 제2쟁점위탁개발비와 관련하여 지급한 인건비는 아래 <표4>와 같고, 처분청은 심판관회의에 참석하여 아래의 수탁업체에 연구기관 또는 전담부서가 있는 것을 확인하였다고 진술하였다. OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 연구기관 또는 전담부서가 있는 수탁업체에 개발활동을 위탁하였다 하더라도 수탁업체의 연구기관 또는 전담부서에서 직접 개발활동을 수행하였는지 여부가 확인되지 아니한다는 이유로 제2쟁점위탁개발비(OOO원)를 「조세특례제한법」 제10조 의 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되는 연구·인력개발비에서 제외하였으나, 「조세특례제한법」 제10조 의 규정을 적용함에 있어서 금융보험업을 영위하는 법인이 연구개발활동을 위하여 연구기관 또는 전담부서를 보유한 법인에게 전산시스템 개발을 위탁하고, 당해 개발비용을 지출하는 경우에는 「조세특례제한법」 제10조 의 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되는 연구·인력개발비로 보는 것(조심 2012서3056, 2012.9.24., 같은 뜻임)이고, 처분청은 조세심판관회의에 출석하여 제2쟁점위탁개발비에 대한 개발활동을 수행한 수탁기관에 연구기관 또는 전담부서가 있는 것을 확인하였다고 진술하였는바, 제2쟁점위탁개발비는 「조세특례제한법」 제10조 의 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되는 연구·인력개발비에 해당한다 할 것이다. 다만, 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말한다고 할 것인바, 제1쟁점위탁개발비(OOO원)는 대부분 새로운 시스템의 개발이라기보다는 기존 시스템에 일부 기능을 추가하거나 개선하기 위한 활동으로 보이는 점, 일부는 청구법인의 통상적인 영업활동과 관련된 시스템으로서 일반적인 관리 및 지원활동에 해당한다고 보이는 점 등에 비추어 제1쟁점위탁개발비는 「조세특례제한법」 제10조 의 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되는 연구·인력개발비로 보기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.