조심 2016전2235 (2016.09.09)

OOO세무서장이 2016.3.8. 청구법인에게 한 2013년 제1기 부가가치세 OOO원, 2013년 제2기 부가가치세 OOO원, 2014년 제1기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 의하여 설립된 OOO 산하의 산학협력단으로, 2013년 OOO와 ‘OOO 장기발전계획 수립을 위한 시민의식 설문조사’(이하 “OOO용역”이라 한다) 및 같은 도 OOO와 ‘OOO 기후변화 적응대책 세부시행계획 수립 연구용역’(이하 “OOO용역”이라 하고 OOO용역과 합하여 “쟁점용역”이라 한다) 계약을 체결하고 각 용역을 제공한 후 쟁점용역이 「부가가치세법」상 면세용역에 해당한다고 보아 2013년 제1기~2014년 제1기 부가가치세를 신고하였다. 나. 처분청은 2015년 11월 청구법인에 대한 부가가치세 현장확인 결과 쟁점용역이 과세용역에 해당한다고 보아 2016.3.8. 청구법인에게 부가가치세 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 2014년 제1기분 OOO원 합계 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.6.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대해서는 부가가치세가 면제된다고 해석하여야 한다. (1) 처분청은 부가가치세가 면제되는 학술연구용역과 기술연구용역을 “새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론.방법.공법 또는 공식 등에 관한 연구용역”으로 규정한 「부가가치세법」제26조 제1항 제15호, 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목 및 같은 법 시행규칙 제32조를 적용하여 쟁점용역의 면세여부를 판단하였으나, 쟁점용역 연구개시일(2013년)에 적용되는 「부가가치세법 시행령」(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제45조 제2호에 의한 청구법인의 면세 범위는 “학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것으로 한정한다)”으로 규정되어 있고, 「부가가치세법 시행령」부칙(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정된 것) 제9조에 의하면 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 2013년 12월 31일까지 연구용역 계약을 체결하여 연구용역을 개시한 분에 대해서는 제45조 제2호의 개정규정에도 불구하고 법 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역으로 본다.”라고 되어 있기 때문에 이 건 부가가치세 과세처분은 위법하다. 또한, 기획재정부 질의회신OOO 및 국세청 질의회신OOO에 의하면, 2006.2.9. 대통령령 제19330호에 의하여 개정된 「부가가치세법 시행령」제37조 제1호의2와 관련하여 산학협력단이 제공하는 연구용역의 면세범위는 “갑”설(산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세 면제)이 타당한 것으로, 처분청이 적용한 면세범위는 동 질의회신의 “을”설[산학협력단이 제공하는 「부가가치세법 시행규칙」제11조의3 제3항의 학술.기술연구용역(새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역)에 대하여만 부가가치세 면제]에 해당되므로 이에 따라 과세한 이 건 처분은 부당하다. (2) 청구법인은「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」OOO 제25조에 의하여 2004년에 설립되었고, 총장의 지도.감독을 받는 대학 산하 대학기구로서 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직으로, 대학의 연구관리 업무를 이관(총장⇒산학협력단장)받아 연구용역을 고유의 목적사업으로 제공하는 비영리법인(공익법인)으로, 산학협력단 회계처리규칙(2003년 11월 제정) ＜별표2＞ 운영계산서 계정과목 명세서상 산학협력단이 제공하는 용역은 연구.교육.산업자문.기술이전.설비자산사용료.기타 산학협력사업(학교기업) 수익에 해당되는 것으로, 교육.산업자문.기술이전.설비자산 사용료.기타 산학협력사업(학교기업) 수익을 제외하고 국가.지방자치단체 또는 산업체 등으로부터 연구.개발을 의뢰받아 이를 수행하고 받는 수익은 산학협력연구수익에 해당되는 것이다. 산학협력단 회계처리규칙 OOOOOO 방식을 적용하여 담당공무원을 대상으로 face-to-face interview를 진행하였고, OOO시민이 필요로 하는 OOO의 발전방향에 최대한 부합될 수 있도록 연구책임자(대학교수)의 지식 등을 활용하여 설문지의 설문항목을 연구하였고, 구조화된 설문지를 활용하여 연구결과를 도출한 연구용역에 해당되는 것이다. OOO용역과 관련하여, 처분청은 과업지시서 추정금액이 부가가치세가 포함된 것으로 확인되며, OOO가 요구한 과업의 범위.과업목적.과업내용.과업수행지침 등이 정해져 있고, 환경부 기후변화세부시행계획 수립 매뉴얼 및 OOO 기후변화적응대책 세부시행계획 수립 등을 활용하여 종합분석을 실시하라고 명기되어 있음이 확인된다는 이유로 연구용역이 아니라고 주장하나, OOO용역의 과업지시서상 추정금액에 부가가치세가 포함되어 있는 것은 비영리법인만을 대상으로 입찰공고를 내는 것이 아니고 불특정 다수 업체를 대상으로 하기 때문으로, 과업지시서상 부가가치세가 포함되어 있다고 하여 그 용역이 모두 과세를 적용받는 것은 아니고 용역계약 선정 업체(영리법인 또는 비영리법인)를 고려하여 실질에 따라 판단하여야 할 것이며, 환경부 매뉴얼과 OOO 시행계획 및 연구책임자(대학교수)의 지식 등을 활용하여 OOO 지역의 기후적 특성을 고려하여 기후변화에 적응할 수 있는 대책을 수립하는 연구용역으로, 연구결과 관련 논문이 OOO 논문집(2015)에 수록된 연구용역에 해당된다. 나. 처분청 의견 쟁점용역은 부가가치세 면제대상 연구용역에 해당하지 않는다. (1) 청구법인은 OOO용역은 설문항목이 정해진 과업지시서에 의해 단순히 설문만 조사하는 용역이 아니고, OOOOOO 방식을 적용하여 연구책임자(대학교수)의 지식 등을 활용하여 설문지의 설문항목을 연구하였고, 구조화된 설문지를 활용하여 연구결과를 도출한 연구용역에 해당된다고 주장하나, OOO와 작성한 과업지시서에서 따르면 조사대상, 조사방법, 설문내용 등이 미리 정해져 있으며, 설문 항목이나 문구 변경시 OOO와 협의하여 정하도록 되어 있고, 과업지시서에 규정되지 아니한 사항은 OOO의 관련규정과 법령에 따라 감독공무원과 협의하여 수행하여야 하는 등 계약자의 요구에 따라 진행하는 용역으로 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호의 면세용역에 해당하지 않는다. (2) 청구법인은 OOO용역이 환경부 매뉴얼과 OOO 시행계획 및 연구책임자(대학교수)의 지식 등을 활용하여 OOO 지역의 기후적 특성을 고려하여 기후변화에 적응할 수 있는 대책을 수립하는 연구용역이라고 주장하나, OOO 기후변화 적응대책 세부 시행계획 수립 용역의 경우 「저탄소 녹색 성장기본법」제48조 제4항 및 같은 법 시행령 제38조 제2항에 의하여 의무적으로 수립해야 하는 법정 계획으로 과업지시서를 보면 환경부에서 작성한 ‘기후변화 세부 시행계획 수립 매뉴얼’에 기초하여 OOO가 요구한 과업의 범위, 과업목적, 과업내용, 과업수행지침 등이 정해져 있으며, 특히, 과업 수행 중 중앙정부 또는 발주자의 기본방침이나 전략차원의 불가피한 사유로 과업변경이 필요한 경우에는 변경방침 내용을 즉각 수용하여 과업을 수행하여야 한다고 정해져 있는 등 계약자의 요구에 의하여 미리 정해진 매뉴얼에 따라 진행하는 용역으로 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호의 면세용역에 해당하지 않는다. (3) 청구법인은 쟁점용역이 2013년에 산업협력단에서 제공한 연구용역이므로, 「부가가치세법 시행령」제45조 제2호 및 부칙OOO 제9조 규정에 따라 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호를 적용받는 면세용역이라 주장하고 있으나, 해당 규정의 면세용역은 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역이므로 쟁점용역과 같이 계약자의 요구나 매뉴얼에 따라 진행하는 용역은 이에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인지 여부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정된 것) 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 15. 저술가·작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부 개정된 것) 제42조(저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제15호에 따른 인적(人的) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다. 1. 개인이 기획재정부령으로 정하는 물적 시설 없이 근로자를 고용하지 아니하고 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역 가. 저술·서화·도안·조각·작곡·음악·무용·만화·삽화·만담·배우·성우·가수 또는 이와 유사한 용역 나. 연예에 관한 감독·각색·연출·촬영·녹음·장치·조명 또는 이와 유사한 용역 다. ～ 파. (생략) 2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역 나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다. 2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것으로 한정한다) (2) 부가가치세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 일부 개정된 것) 제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다. 2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역 부칙(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 일부 개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제9조(산학협력단이 제공하는 연구용역에 관한 특례) 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 2013년 12월 31일까지 연구용역 계약을 체결하여 연구용역을 개시한 분에 대해서는 제45조 제2호의 개정규정에도 불구하고 법 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역으로 본다. (3) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 전부 개정된 것) 제32조(학술연구용역과 기술연구용역의 범위) 영 제42조 제2호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. (4) 부가가치세법 시행규칙(2006.7.11. 재정경제부령 제513호로 일부 개정된 것) 제11조의3(인적용역의 범위) ③ 영 제35조 제2호 라목에서 "재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. (5) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제24조(산학연협력계약) ① 산업교육기관의 장은 국가, 지방자치단체, 연구기관 및 산업체등과 산학연협력에 관한 계약(이하 "산학연협력계약"이라 한다)을 체결할 수 있다. ② 제25조에 따라 산학협력단이 설립된 경우에는 제1항에도 불구하고 산학협력단의 단장이 산학연협력계약을 체결할 수 있다. 이 경우 산학협력단의 단장은 산업교육기관의 장의 산학연협력계약에 관한 권한을 위임받은 것으로 본다. 제25조(산학협력단의 설립.운영) ① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 "산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다. ② 산학협력단은 법인으로 한다. ③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. ④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다. 제27조(산학협력단의 업무) ① 산학협력단은 다음 각 호의 업무를 수행한다. 1. 산학연협력계약의 체결 및 이행 2. 산학연협력사업과 관련한 회계의 관리 3. 지식재산권의 취득 및 관리에 관한 업무 4. 대학의 시설 및 운영의 지원 5. 기술의 이전과 사업화 촉진에 관한 업무 6. 직무발명과 관련된 기술을 제공하는 자 및 이와 관련된 연구를 수행하는 자에 대한 보상 7. 산업교육기관의 교원과 학생의 창업지원 및 기업가정신 함양 촉진 등에 관한 업무 8. 그 밖에 산학연협력과 관련한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실 등이 나타난다. (가) 처분청은 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호에 의하여 면세되는 용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역으로 보았는바, 쟁점용역은 지방자치단체가 요구한 과업지시서에 의하여 조사대상, 조사방법, 설문내용 등이 정해져 있으며 설문항목이나 문구 변경시에는 지방자치단체와 협의하게 되어있는 등 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 연구용역이 아니라 지방자치단체의 요구에 의하여 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정.고지하였다. (나) 청구법인은 OOO 산하 특수법인으로「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 의하여 2004년에 설립되었고, 대학의 연구관리 업무를 이관(총장⇒산학협력단장)받아 연구용역을 고유의 목적사업으로 제공하는 비영리법인(공익법인)이다. (다) OOO용역의 주요내용은 아래와 같다. ㆍㆍㆍ (라) OOO용역의 주요내용은 아래와 같다. ㆍㆍㆍ (마) 청구법인의 직원 OOO는 2016.8.10. 개최된 조세심판관회의에 참석하여, 처분청은 OOO용역이 단순히 미리 정해진 설문내용을 통하여 조사.분석한 것이라는 등의 이유로 부가가치세 면제대상 연구용역이 아니라는 의견이나, 각 설문 항목들은 청구법인의 연구교수들이 관계자들과의 인터뷰를 통해 도출한 것이고, OOO의 장기발전계획에 도움이 되는 설문 항목을 찾기 위해 오랜 시간동안 연구한 것으로 독자적인 Know-How로 볼 수 있다고 진술하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점용역이 미리 정해진 조사방법이나 매뉴얼을 기초로 계약자의 요구에 따라 진행하는 용역으로 「부가가치세법 시행규칙」제32조 의 “새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역”이 아니므로 부가가치세 면제대상이 아니라고 보았으나, 동 규정은 「부가가치세법」제26조 제1항 제15호 및 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목에 따라 개인, 법인 등이 독립된 자격으로 공급하는 학술연구용역과 기술연구용역에 대하여 적용하는 규정으로, 청구법인과 같은 산학협력단이 2013.12.31. 이전에 계약을 체결하고 공급하는 연구용역에 대해서는 「부가가치세법 시행령」제45조 제2호에 별도 규정이 있으므로 이를 적용하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 산학협력단이 제공하는 연구용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 규정은 산학협력단을 정책적으로 지원하기 위해 2006년 신설된 것으로 수차례의 법령개정을 통해 그 일몰기한을 2013.12.31. 계약체결분까지 연장하였는바, 그 취지를 감안해야 할 것으로 보이는 점, 청구법인의 직원 OOO가 2016.8.10. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 진술한 바와 같이, OOO용역의 경우에도 단순히 미리 정해진 설문에 따라 조사, 분석 등을 한 것이 아니고 해당 설문항목을 만들기 위하여 연구책임자(대학교수) 등이 상당한 연구노력을 기울인 것으로 보이는 등 쟁점용역의 과업지시서 등으로 보아 쟁점용역이 기존 연구결과를 단순히 응용 또는 이용한 용역이라고 하기 어렵다고 보이는 점, 과세관청 등OOO도 산학협력단이 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 해석하고 있는 점 등에 비추어 쟁점용역을 부가가치세 면제 대상이 아니라고 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.