조심 2021서5542 (2021.12.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.7.29. 경매로 취득(낙찰가 OOO원)한 아래 ＜표1＞의 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 토지 6필지(쟁점주택과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 하고, 토지 중 OOO 토지를 “쟁점토지”라 한다)를 2017.10.25. OOO에 거래가액 OOO원에 일괄 양도한 후, 관련 양도소득을 반영하여 2017사업연도 법인세를 신고하였으나, 「법인세법」제55조의2 에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 추가 납부하지 아니하였고, 쟁점주택 중 국민주택 규모를 초과하는 2개호 주택(이하 “초과주택”이라 한다)에 대하여 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였다. ＜표1＞ 쟁점부동산 내역 나. 처분청은 2021년 3월 OOO의 감사결과 처분지시(법인의 주택 등 양도소득에 대한 법인세 및 국민주택 규모를 초과하는 주택의 양도거래에 대한 부가가치세 신고 누락분에 대한 징수처분 요구)에 따라 2021.6.10. 청구법인에게 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도(양도소득 OOO원)에 대하여는 2017사업연도 법인세(토지등양도소득) OOO원을, 초과주택에 대하여는 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정·고지 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 쟁점부동산을 부동산매매업의 상품인 재고자산으로 장부에 계상하여 보유하였는바, 쟁점부동산 소재지에서 공동주택 건축ㆍ분양사업의 공동사업을 하고자 시장조사 및 사업성을 검토하던 중 쟁점부동산 취득일 후 설립된 지역주택조합과의 공동사업이 어렵고 지역주택조합 사업대상 부지내에서 독자적인 사업진행이 어려워짐에 따라 부득이 양도하게 된 것이므로 쟁점부동산을 비사업용 토지 등으로 보아 법인세를 과세하는 것은 타당하지 아니하다. (가) 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 「법인세법」제55조의2 제2항에서는 비사업용토지를 규정하면서, 농지는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 경우(제1호 가목)를, 임야는 임업을 주업으로 하지 아니하는 경우(제2호 나목)를, 목장용지는 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 경우(제3호 가목)를 비사업용토지로 규정하였고, 그 외 지목의 토지에 대하여 제7호에서 “법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지”를 규정하고 하였는데, 이 규정에서 위임하고 있는 “대통령령으로 정하는 토지”는 시행령에 규정하고 있지는 않지만 이 규정의 전제조건도 “법인의 업무와 직접 관련이 없다”는 것으로서 결국은 법인의 업무와의 관련성이 비사업용토지의 판단기준임을 나타내고 있다. (나) 법인의 업무와 관련이 없는 자산의 범위를 규정한 「법인세법시행령」제49조 제1항 나목은 “유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산”을 업무와 관련 없는 자산으로 규정하면서, 그 단서에서 “부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외”함으로써 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산은 법인의 업무와 관련이 있음을 인정하였고, 부동산매매업의 주업 판정과 관련하여 「법인세법 시행규칙」제26조 제7항은 “부동산매매업과 다른 사업을 겸영하는 경우에는 해당 사업연도와 그 직전 2사업연도의 부동산매매업 매출액의 합계액(괄호 생략)이 이들 3사업연도의 총수입금액의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우에 한하여 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 본다.”고 규정하고 있으므로 이와 같은 법인세법령의 규정은 소유 부동산의 업무 관련성 판단시 적용기준이 될 수 있다. (다) 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하는 법인에 해당한다. 청구법인은 쟁점부동산 양도 당시 운수업과 부동산매매업을 겸업하고 있었으나, 이처럼 부동산매매업과 다른 사업을 겸영하는 경우, 위에 언급한 「법인세법 시행규칙」제26조 제7항에서 해당사업연도와 그 직전 2사업연도의 부동산매매업 매출액의 합계액(괄호 생략)이 이들 3사업연도의 총수입금액의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우에 한하여 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 본다고 하고 있으므로, 청구법인의 경우 아래 ＜표2＞와 같이 해당 사업연도와 그 직전 2사업연도의 부동산매매업 매출액의 합계액이 3개 사업연도 총수입금액 합계액의 100분의 50을 초과하므로 부동산매매업이 주업인 것으로 보아야 한다. ＜표2＞ 각 사업연도 매출액 내역 (라) 청구법인은 쟁점부동산 취득시 쟁점부동산 취득가액을 2016사업연도의 장부상 재고자산인 상품계정에 계상하였고, 쟁점부동산 양도시 재고자산 상품가액에서 차감하여 매출액 중 부동산판매로 계상한 바와 같이 사업용 재고자산의 매출액으로 처리하였다. (마) 이처럼 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하고 있는 법인에 해당되고, 청구법인이 양도한 쟁점부동산은 실제 사업을 위하여 취득한 청구법인의 상품인 재고자산이므로 재고자산인 부동산을 판매하는 것은 사업용 부동산을 양도한 것임에도 이를 비사업용 부동산의 양도로 보아 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득에 대하여 법인세를 추가로 부과하는 것은 타당하지 않으므로 취소되어야 한다. (2) 쟁점주택 중 OOO의 양도에 따른 부가가치세는 초과주택의 매매시 부가가치세를 별도로 구분 표시하여 거래하지 않았으므로 재화의 공급대가 중 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에 해당되므로 매출가액과 매입가액의 110분의 10에 해당하는 금액을 부가가치세액으로 하여 매출세액으로 하고 매입세액으로 공제하여야 한다. (가) 청구법인은 초과주택이 포함된 쟁점부동산을 경락을 받아 2015.7.29. 낙찰가액을 납부 후 취득하였고, 이후 2017.10.25. 쟁점부동산을 지역주택조합에 양도하였는데, 쟁점부동산 매입 및 매도시에 부가가치세를 계산하여 별도로 수수하지 않았고, 이를 포함한 가액으로 매입 및 매도를 하였다. (나) 이처럼 재화의 거래 대가에 부가가치세 포함 여부가 불분명한 경우와 관련하여 「부가가치세법」제29조 제7항에서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 관련 예규(국세청 재소비46015-82, 2001.3.31.)에서는 사업자의 사업용 자산이 경매에 의하여 공급되는 경우 부가가치세 과세표준은 경락대금에 공급가액과 부가가치세가 별도로 구분 표시되어 있지 않거나 부가가치세의 포함 여부가 불분명한 경우에는 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보는 것”이라고 하였으며, 다른 유권해석(국세청 부가가치세과-1004, 2014.12.24.)에서도 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다고 하였고, “부가가치세법 기본통칙” 29-61-1(세액이 별도 표시되지 아니한 경우의 과세표준)에서도 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 공급가액이 된다고 하였다. (다) 이 건의 경우 청구법인이 쟁점부동산을 매매함에 있어 공급가액과 부가가치세를 구분하여 대금을 수수하지 않았으므로 쟁점부동산의 거래가액에는 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에 해당되고, 따라서 매입 및 매도시 거래가액의 110분의 10을 매입세액 및 매출세액으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 부동산매매업 영위법인의 상품인 재고자산의 양도차익에 대해 처분청이 비사업용토지 등으로 보아 법인세를 추가 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 이 건 법인세 부과처분은 청구법인의 주장과 달리 쟁점부동산 매매계약서에서 확인된 쟁점주택과 쟁점토지 매각에 따른 양도소득에 대하여 「법인세법」제55조의2 의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 근거로 이루어졌다. (가) 먼저 쟁점주택에 대하여 보면, 「법인세법」제55조의2 제1항 제2호는 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물을 과세대상으로 규정하면서, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다고 규정하며 민간임대주택, 부동산투자회사법에 따른 미분양주택 등을 열거하고 있는데, 쟁점주택은 ‘대통령령으로 정하는 주택’에서 제외되는 민간임대주택 등에 해당하지 아니하므로 토지 등 양도소득 과세대상인 ‘주택’에 해당하고, 또한 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호 과세대상인 ‘비사업용토지’에 대하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 토지 등 양도소득 과세대상에서 제외되는 예외규정(제7호)을 두고 있는 것과 달리, 주택에 대해서는 과세대상의 업무관련성을 예외규정으로 두고 있지 않으므로, 쟁점주택의 양도소득에 대하여 「법인세법」제55조의2 를 준용하여 과세한 이 건 처분은 적법하다. (나) 쟁점토지에 대하여 보면, 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 법인의 비사업용토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있고, 「법인세법」제55조의2 제2항 제2호가 농지나 목장용지 등의 경우와 달리, 임야에 관하여는 원칙적으로 비사업용 토지에 포함되는 것으로 보고 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지를 그 취득주체인 법인의 성격이나 토지의 용도 등에 비추어 투기 목적이 없는 사업용임이 명백한 사례에 한정하여 구체적으로 열거하는 규정방식을 취한 것은, 임야의 경우 부동산 투기에 이용될 우려가 더욱 크다고 보고 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화하여 법인이 사업을 빙자하여 과다한 임야를 취득하는 것을 방지하려는데 그 목적이 있다 할 것이다(OOO 참조). 청구법인은 부동산매매업 법인으로서 임업을 주업으로 하는 법인이 아니므로 청구법인이 보유한 임야는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당되고, 쟁점토지 보유 기간(2015.7.29.∼2017.10.25.)의 60% 이상을 사업용으로 사용하여야 하나, 보유기간 동안 토지이용내역의 변동사항 혹은 구체적으로 사업용으로 사용한 정황은 확인되지 아니하며, 또한, 「법인세법 시행령」제92조의11 제1항 및 같은 법 시행규칙 제46조의2에서 규정하고 있는 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지”에 해당하는 사유가 없고, 쟁점토지를 취득한 후 청구법인의 업무에 직접 사용한 사실이 없으며, 단지 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라고 하여 비사업용 토지의 요건을 달리 적용하는 것은 아니므로(OOO 외 다수 같은 뜻임), 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 추가 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. (2) 처분청은 청구법인의 주장과 달리 이미 2015.7.29. 경락받은 초과주택에 대하여 「부가가치세법」제29조 및 같은 법 시행령 제64조에 의거 ‘기준시가에 따라 계산한 가액’에 비례하여 일괄양도 금액을 안분 계산 후 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 과세하였다. 관련 국세청 유권해석(재소비 46015-56, 2003.3.3.)에서는 ‘당해 사업자의 사업용 자산이 법원의 경매에 의하여 공급되는 경우로서 당해 자산을 감정평가가액에 의하여 경매하고 부가가치세에 대하여 별도의 언급이 없는 경우 경락가액에 부가가치세는 포함되지 아니한 것으로 보는 것이며, 이 경우 경매자산의 소유자인 사업자가 당해 재화의 경락가액을 공급대가 또는 공급가액으로 보아 세금계산서를 교부한 때에 이를 교부받은 경락자는 자기의 매출세액에서 매입세액으로 공제받을 수 없는 것’이라고 하였고, 「부가가치세법 시행령」제18조 제3항 제2호에「민사집행법」에 따른 경매(같은 법에 따른 강제경매, 담보권 실행을 위한 경매와「민법」·「상법」등 그 밖의 법률에 따른 경매를 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것을 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 초과주택 취득 당시 경매자산의 소유자였던 사업자가 세금계산서를 교부한 사실이 없다. 따라서, 부가가치세 과세대상인 초과주택의 취득은 재화의 공급에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 설령 재화의 공급에 해당된다 하더라도 부가가치세 매입세액공제는 양도시점이 아닌 매입(취득) 당시의 과세기간에 공제하는 것이므로 2017년 제2기 부가가치세 과세기간의 공제대상에 해당하지 아니한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도가 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 대상인지 여부 ② 쟁점주택 중 부가가치세 과세대상 주택에 대하여 매출가액과 매입가액의 10/110 해당금액을 매출세액과 매입세액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지 기재＞ 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 쟁점부동산의 취득 및 양도경위, 초과주택에 대한 부가가치세 부과처분 및 쟁점주택과 쟁점토지에 대한 법인세 신고, 부과처분 내역 등은 다음과 같다. (가) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구법인은 2014.7.28. 개업하여 부동산컨설팅·부동산투자업(주업종), 부동산매매업·분양업·기업경영자문 컨설팅업(부업종)을 영위한 것으로 나타나는바, 업종정정이력에 부동산매매업이 주업종에 포함된 사실은 없다. (나) 청구법인은 2015.7.29. OOO 소재 쟁점부동산을 경매로 취득(경락가액 OOO원)한 후, 2017.10.25. OOO에 거래가액 OOO원에 일괄 양도하였다. (다) 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고시 쟁점부동산에 대한 양도소득을 각 사업연도 소득금액에 포함하여 법인세를 신고하였으나, 쟁점부동산 중 쟁점주택에 대하여 「법인세법」제55조의2 규정에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 추가로 납부하지 아니하였고, 쟁점주택 중 국민주택 규모를 초과하는 주택 2개호(초과주택)의 양도거래에 대하여 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였다. (라) 처분청은 2021년 3월 OOO의 감사결과 처분지시(법인의 주택 등 양도소득에 대한 법인세 및 국민주택 규모를 초과하는 주택의 양도거래에 대한 부가가치세 신고 누락분에 대한 징수처분 요구)에 따라 아래 ＜표3＞과 같이 「부가가치세법」제29조 및 같은 법 시행령 제64조에 의거 ‘기준시가에 따라 계산한 가액’에 비례하여 일괄양도금액(OOO원)을 안분계산 한 후, 쟁점부동산 중 쟁점주택과 임야인 쟁점토지의 양도(양도소득 OOO원)에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을, 쟁점주택 중 초과주택에 대하여는 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지 하였다. ＜표3＞ 법인세 과세대상인 쟁점주택 및 쟁점토지의 과세표준 산정내역 ※ 쟁점주택 중 초과주택의 부가가치세 과세표준 산정내역 (2) 청구인이 제시한 심리자료에 나타난 쟁점부동산 양도 경위를 보면, 쟁점부동산을 경매로 취득한 후 2015년 8월경 친분이 있었던 시행사 대표와 공동주택사업을 진행하기로 타진하였으나, 사업대상지역에 지역주택조합추진위원회가 구성되어 활동(사업자등록상 2015.11.1. 개업)을 하였고, 지역주택조합과의 공동사업은 동 추진위원회 조합원의 승인을 받아야 할 사항이어서 지역주택조합에 공동사업으로 참여할 수 없었으며, 이후 2016년까지 주변여건상 단독사업으로 추진하기도 어려운 상황이었는데, 2017년에 이르러 사업대상지역에서 공동주택 신축·분양사업을 추진하고 있는 OOO으로부터 2017.2.8. 부동산매수의향서를 받음에 따라 수차례 협의를 거쳐 부득이하게 쟁점부동산을 일괄하여 OOO원에 양도하고 2017.10.25. 소유권이전등기를 마쳤다고 하고 있다. (3) 쟁점부동산의 경락 취득과 관련하여 OOO이 2015.7.29. 확인한 쟁점부동산 매각, 대금완납증명서에 의하면, 청구법인이 쟁점부동산에 대한 매각대금으로 OOO원을 완납한 것으로 나타난다. (4) 쟁점부동산 매수자인 OOO이 2017.2.8. 작성한 부동산 매수의향서에 의하면, 수신자를 청구법인으로 하여 쟁점부동산을 OOO원에 매수할 의향이 있다고 한 것으로 나타난다. (5) 청구법인과 OOO 간에 2017.8.22. 작성한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 매매대금을 OOO원으로 하고, 부동산의 명도는 잔금지급을 받음과 동시에 하기로 한다고 기재되어 있으며, 부가가치세에 대한 언급은 나타나지 아니한다. (6) 청구법인의 OOO 계좌거래내역서(1400117*****)에 의하면 2017.10.25. 쟁점부동산 매매대금 OOO원이 입금된 것으로 나타난다(입금자는 신탁회사인 OOO 주식회사이다). (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 「법인세법」제55조의2 에 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 것은 투기재발 등 부동산시장 변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득에 대하여 추가로 과세할 수 있는 근거를 마련하기 위한 데에 있고, 2005년 법률 개정 당시 같은 조 제1항 제3호에 과세대상으로 비사업용 토지를 추가한 이유는 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위한 데에 있다. (나) 청구법인은 자신이 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 쟁점부동산을 부동산매매업의 상품인 재고자산으로 장부에 계상하여 보유하여 오다가 양도하였으므로, 쟁점주택과 쟁점토지 등을 비사업용토지 등으로 보아 법인세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 「법인세법」제55조의2 제1항 제2호에서 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물을 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다고 하면서 민간임대주택,「부동산투자회사법」에 따른 미분양주택 등을 열거하고 있는바, 쟁점주택은 ‘대통령령으로 정하는 주택’에서 제외되는 민간임대주택 등에 해당하지 아니하므로 토지 등 양도소득 과세대상인 주택에 해당한다고 보이는 점, 주택의 경우 비사업용토지와 달리 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 토지 등 양도소득 과세대상에서 제외된다는 예외규정을 두고 있지 아니하고, 청구법인이 제시하는 「법인세법 시행령」제49조 제1항 규정은 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입와 관련하여 업무와 관련이 없는 자산의 범위 등을 정한 것으로 이 건 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 규정과는 무관한 점, 「법인세법」제55조의2 제2항 제2호에서는 농지나 목장용지 등의 경우와 달리, 임야에 관하여 원칙적으로 비사업용 토지에 포함되는 것으로 보면서 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지를 그 취득주체인 법인의 성격이나 토지의 용도 등에 비추어 투기 목적이 없는 사업용임이 명백한 경우에 한정하여 비사업용토지에서 제외하는 것으로 하고 있는데, 쟁점토지가 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유를 청구법인이 구체적으로 제시하지 못하고 있고, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라고 하여 비사업용 토지의 요건을 달리 적용하는 것은 아닌 점(OOO 외 다수 같은 뜻임) 등에서 처분청이 쟁점주택과 쟁점토지에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 추가로 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (8) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 매매계약서상 부가가치세 포함 여부가 불분명하므로 초과주택의 경우 양도 관련 부가가치세 매출세액과 취득관련 매입세액을 100분의 10이 아닌 110분의 10으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다고 주장하나, 처분청이 제시한 부가가치세 경정결의서에 의하면 부가가치세 과세대상인 초과주택에 대하여 쟁점부동산 전체 양도금액을 기준시가에 따라 개별자산별로 안분계산한 가액에 대하여 110분의 100을 곱한 금액을 부가가치세 과세표준으로 산정한 것으로 나타나는 점, 취득가액에 대한 매입세액 경정 주장의 경우 부가가치세 과세기간이 다를 뿐만 아니라 쟁점부동산은 당초 경매로 취득한 것이어서 「부가가치세법 시행령」제18조 제3항 제2호 규정에 따라 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 볼 수 없고, 취득 당시에 쟁점부동산의 전 소유자가 세금계산서를 교부한 사실이 없는 점 등에서 거래가액의 110분의 10 상당금액을 매출세액과 매입세액으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 가.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)·시험림, 「산림보호법」제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것 나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것 다. 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것 ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. 1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득 3.「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득 (2) 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다. 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조 의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. 제92조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 삭제 ＜2009.6.8.＞②법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 다만, 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다. 1. 해당 법인이 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. 가. 삭제 ＜2013.2.15.＞ 나. 5년 이상 임대한 주택일 것 다. 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 「공공주택 특별법」제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가( 「소득세법」제99조 에 따른 기준시가를 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 합계액이 6억원[ 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것 1의2. 해당 법인이 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적( 「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것 나. 5년 이상 임대하는 것일 것 다. 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 「공공주택 특별법」제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하일 것 1의3. 「부동산투자회사법」제2조 제1호에 따른 부동산투자회사 또는 「간접투자자산 운용업법」제27조 제3호에 따른 부동산간접투자기구가 2008년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지 취득 및 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적( 「소득세법 시행령」제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것나. 10년 이상 임대하는 것일 것다. 수도권 밖의 지역에 소재할 것 1의4. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택[미분양주택( 「주택법」제54조 에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 호에서 같다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 법인은 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 사업연도 과세표준신고 시 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다. 가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적( 「소득세법 시행령」제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것 나. 5년 이상 임대하는 것일 것 다. 수도권 밖의 지역에 소재할 것 라. 가목부터 다목까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상일 것[제1호에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 제1호의3에 따른 매입임대주택이 5호 이상인 경우에는 제1호 또는 제1호의3에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것] 마. 2020년 7월 11일 이후 종전의「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택이 아닐 것바. 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 등록을 한 같은 법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택이 아닐 것 1의5. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「부동산투자회사법」제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사 또는「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구(이하 이 항에서 "기업구조조정부동산투자회사등"이라 한다)가 2010년 2월 11일까지 직접 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)을 하는 미분양주택( 「주택법」제54조 에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지나 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 항에서 같다)가. 취득하는 부동산이 모두 서울특별시 밖의 지역( 「소득세법」 제104조의2 에 따른 지정지역은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있는 미분양주택으로서 그 중 수도권 밖의 지역에 있는 주택수의 비율이 100분의 60 이상일 것 나. 존립기간이 5년 이내일 것 1의6. 제1호의5, 제1호의8 또는 제1호의10에 따라 기업구조조정부동산투자회사등이 미분양주택을 취득할 당시 매입약정을 체결한 자가 그 매입약정에 따라 미분양주택(제1호의8의 경우에는 수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택만 해당한다)을 취득한 경우로서 그 취득일부터 3년 이내인 주택 (이하 각 호 생략) 제92조의6【임야의 범위 등】④ 법 제55조의2 제2항 제2호 다목에서 대통령령으로 정하는 것 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 종ㆍ묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야 2.「산림문화ㆍ휴양에 관한 법률」에 따른 자연휴양림을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야 3.「수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률」에 따른 수목원을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야 4. 산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야 5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야 6. 종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다) 7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 비사업용 토지 라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간 2. 토지를 취득한 후「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간 3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간 ② 법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제92조의3의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 1.「민사집행법」에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일 2.「국세징수법」에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 공매일 3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 날 ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. 1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지 2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지 3. 법 제55조의2 제2항 제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다) 4.「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지 5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 법인세법 시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다. 2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년 ③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다. 2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우 ⑦ 영 제49조 제1항 제1호 나목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인”이란 제1항 제2호의 법인을 말한다. 이 경우 부동산매매업과 다른 사업을 겸영하는 경우에는 해당사업연도와 그 직전 2사업연도의 부동산매매업 매출액의 합계액(해당 법인이 토목건설업을 겸영하는 경우에는 토목건설업 매출액을 합한 금액을 말한다)이 이들 3사업연도의 총수입금액의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우에 한하여 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 본다. 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간 2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간 (4) 부가가치세법 제4조 【과세대상】① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. (5) 부가가치세법 시행령 제18조 【재화공급의 범위】① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다. 4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 ③ 제1항 제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 1. 「국세징수법」제61조 에 따른 공매(같은 법 제62조에 따른 수의계약에 따라 매각하는 것을 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 2.「민사집행법」에 따른 경매(같은 법에 따른 강제경매, 담보권 실행을 위한 경매와「민법」·「상법」등 그 밖의 법률에 따른 경매를 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 3.「도시 및 주거환경정비법」,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우