조심 2024서4274 (2024.12.30)

동대문세무서장이 2024.6.12. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 동대문구 OOO 제1층 제2호, 제2층 제3호 및 3층 옥탑방의 취득가액 및 양도가액을 기준시가로 안분계산하는 방법 등으로 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.8.1. OOO원에 취득한 서울특별시 동대문구 OOO 제1층 제2호(주택면적 21.65㎡ 및 상가면적 27.50㎡, 이하 “쟁점부동산①”이라 한다)와 제2층 제3호(주택면적 49.16㎡, 이하 “쟁점부동산②”라 한다)를 2019.12.12. OOO원에 양도하고, 쟁점부동산①,②의 양도가액을 부동산매매계약서 별지에 기재된 각각의 양도가액(쟁점부동산① : OOO원, 쟁점부동산② : OOO원)을 적용하여 2020.1.2. 양도소득세 예정신고를 하면서, 쟁점부동산①은 주택과 상가를 구분하지 않고 과세표준에 기본 누진세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 OOO원으로, 쟁점부동산②는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 신고하였다.

나. 처분청은 위 양도가액이 「소득세법」 제100조 제2항에 따른 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 청구인이 신고한 양도가액(쟁점부동산① : OOO원, 쟁점부동산② : OOO원)을 부인하고, 총 양도가액(OOO원)을 쟁점부동산①,②의 감정평가가액(각각 OOO원)으로 안분한 가액을 쟁점부동산 ①,②의 양도가액(각각 OOO원)으로 보면서, 쟁점부동산①은 상가의 면적(27.50㎡)이 주택의 면적(21.65㎡)보다 큰 경우에 해당하므로 상가와 주택을 면적 비율로 안분하여 상가(양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원, 과세표준 OOO원)와 주택(양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원, 과세표준 OOO원)의 과세표준을 각각 계산한 후 주택분에 대해서는 2주택자 중과세율을, 건물분에 대해서는 기본 누진세율을 적용하여 각각 산출세액(상가분 : OOO원, 주택분 : OOO원)을 계산하고, 쟁점부동산②는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 2024.6.12. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산들은 하나의 주택으로 보아 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하여야 한다. (주위적 청구)

(가) 쟁점부동산들이 위치하고 있는 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 한다)은 아래 ＜표1＞과 같이 지하층 제1층, 쟁점부동산①, 쟁점부동산② 및 3층 무허가 미등기 옥탑방(부동산 전세계약서상 면적 31㎡, 이하 “쟁점부동산③”이라 한다)으로 구성되어 있다.

＜표1＞ 쟁점건축물 현황

(나) 청구인은 쟁점부동산들을 하나의 매매단위로 취득하여 하나의 매매단위로 양도하였고, 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 않고 하나의 매매단위로 양도한 경우에 해당하므로 그 전체를 하나의 주택으로 볼 수 있다.

(다) 상하층으로 구분 등기된 2개의 주택 등을 하나의 주택으로 보기 위해서는 상하층의 벽을 철거해서 하나의 공간으로 만들어야 하나, 좁은 주거면적에 계단을 설치함으로 주거공간이 더 좁아져 생활에 불편할 뿐만 아니라 원상회복이 쉽지 않아 경제적 부담이 가중되는 점과 각 층에 다수의 주택이 있는 것이 아니라 각 층별로 하나의 주택만 존재하는 점도 고려되어야 한다.

(라) 청구인은 쟁점부동산들을 투기 목적으로 취득한 것이 아니라, 청구인과 동거가족의 주거생활 불편함 해소를 위해 취득한 점과 OOO 주택재개발정비사업의 조합원으로 분양예정인 아파트(59㎡)에 입주하기 위하여 임차인 보증금 반환, 공사기간 동안 청구인이 거주할 주택의 임차보증금과 조합원부담금이 필요하나, 청구인은 이를 감당할 자금 여력이 없어서 급히 쟁점부동산①,②를 매도하고 전세로 쟁점부동산②에서 거주한 점도 고려되어야 한다.

(2) 쟁점부동산들의 양도가액은 감정평가가액이 아닌 기준시가로 안분하여야 하며, 안분계산 시 쟁점부동산③을 포함하여야 한다. (예비적 청구)

(가) 쟁점부동산들의 양도 시 작성된 매매계약서(2019.11.18.)에는 쟁점부동산들을 하나의 매매단위로 매매하였고, 동 계약서 별지에 총 매매금액 OOO원을 쟁점부동산①의 매매금액은 OOO원으로, 쟁점부동산②의 매매금액은 OOO원으로 구분하는 내용이 있으며, 쟁점부동산③은 임차인(조명구)에게 임대(전세보증금 OOO원)하고 있다는 내용이 있다.

(나) 쟁점부동산③의 존재여부는 임차인과 체결한 부동산 전세계약서, 임차인이 작성한 “3층 옥탑방 전부 임차거주 사실 확인원”을 통해 확인할 수 있고, 임차인의 주민등록초본에 임차인이 쟁점부동산③에서 2017.8.25.부터 2021.3.11.까지 거주한 사실로 볼 때 쟁점부동산③은 양도소득세 과세대상이며, 양도가액 안분계산 대상이다.

처분청은 쟁점부동산③이 대지권이 없는 무허가주택이고, 취득시기를 특정할 수 없으며, 전세계약서의 건축물 구조 및 면적을 신뢰할 수 없고, 청구주장을 받아들일 경우 세부담이 적어지는 상황 등을 고려하여 쟁점부동산③을 안분계산 대상에서 제외하여야 한다는 의견이나, 청구인이 적법한 절차를 거치지 않고 무허가 옥탑방을 신축ㆍ임대한 사실 때문에 양도 당시에 실제로 존재하는 옥탑방을 안분계산 대상에서 제외하여야 한다는 법적 근거는 없다.

(다) 처분청은 쟁점부동산①,②의 양도가액과 취득가액을 2009.4.2. 감정평가한 쟁점부동산①,②의 감정평가가액으로 안분하였으나, 이는 사실관계를 오인한 처분으로 쟁점부동산①∼③의 기준시가로 안분하는 것이 타당하다.

「소득세법」 제100조 제2항은 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」 제166조 제6항은 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분계산하도록 규정하고 있으며, 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항은 공급계약일 현재의 기준시가로 안분계산하되, 감정평가가액(공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 가액)이 있는 경우에는 감정평가가액으로 안분 계산하도록 규정하고 있다.

쟁점부동산①,②의 취득시기는 2016.8.1.이므로 취득가액을 감정평가가액으로 안분하기 위해서는 감정평가시점이 2016.1.1.∼2016.12.31. 기간 중에 있어야 하고, 쟁점부동산들의 양도시기는 2019.12.12.이므로 양도가액을 감정평가가액으로 안분하기 위해서는 감정평가시점이 2019.1.1.∼2019.12.31. 기간 중에 있어야 함에도 불구하고, 처분청은 감정평가시점이 2009.4.2.(감정평가일은 2010.3.31.)인 감정평가가액을 적용하여 취득가액과 양도가액을 안분하였으므로, 이는 부당한 처분이다.

따라서, 쟁점부동산①∼③의 양도가액은 쟁점부동산③을 포함하여 쟁점부동산①∼③의 기준시가로 안분계산하여야 하며, 쟁점부동산①∼③의 취득가액은 쟁점부동산①,②는 기준시가로 안분계산하고, 쟁점부동산③은 환산취득가액으로 산정한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점건축물은 건축물대장 및 등기부등본상 각각 구분 등재되어 있고, 지하층과 별도로 매매거래가 이루어졌으며, 독립적으로 생활이 가능한 다세대주택에 해당하는바, 쟁점부동산①에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(가) 쟁점부동산①,②의 취득 시 매매계약서 특약사항에 보면 ‘현 시설 상태의 매매계약이며, 등기사항증명서를 확인하고 계약을 체결함’이라고 기재되어 있는바, 청구인은 해당 건물이 구분등기 되어 있는 두 개의 주택인 사실을 확인하고 쟁점부동산①,②를 취득하였고, 취득세도 각각 납부하였다.

(나) 쟁점부동산①,②는 지하층, 1층, 2층으로 구분 등기되어 있는 건물 중 각각 1층과 2층에 해당하며, 구분 등기되어 있는 지하층은 쟁점부동산①,②와 소유자가 다르며 별도로 거래가 이루어졌고, 각층 모두 독립적으로 생활이 가능하다.

(다) 재산세 부과내역도 구분 등기되어 있는 각 층별로 부과되었으며, 재산세 부과내역서상에도 쟁점부동산①,②는 다세대주택으로 표기되어 있다.

(2) 일괄 양도된 쟁점부동산①,②를 감정평가가액에 따라 안분계산하여 양도가액을 산정한 처분청의 처분은 타당하다.

(가) 「소득세법」 제100조 제2항은 ‘토지와 건물 등의 가액구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 하면서, 같은 조 제3항은 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등의 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있는바, 처분청은 이에 따라 일괄 양도된 쟁점부동산①,②의 양도소득세 신고서상 구분된 양도가액(쟁점부동산① OOO원, 쟁점부동산② OOO원)이 감정평가가액(관리처분계획에 따라 정하여진 가격, 쟁점부동산①,② 각각 OOO원)에 따라 안분계산한 가액(쟁점부동산①,② 각각 OOO원)과 100분의 30 이상 차이가 있으므로, 토지와 건물 등 가액의 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아 감정평가가액으로 안분계산하여 양도가액을 재계산하였다.

(나) 청구인은 처분청이 양도가액 안분계산 시 적용한 감정평가가액의 평가시점(2009.4.2.)이 2019.1.1.∼2019.12.31. 기간 중에 있지 않으므로 부당한 처분이라고 주장하나, 쟁점부동산①,②는 OOO 주택재개발정비사업 대상 주택으로, 사업시행인가고시일(2009.4.2.) 기준으로 감정 평가된 가액으로 권리가액 및 분담금 등을 결정하게 되며, 사업시행인가일(2009.4.2.) 이후 청구인이 제출한 분양대상자별 분양예정내역서(분양신청일 2018.9.16.)와 양수인이 쟁점부동산을 취득(2019.12.12.)한 후 작성된 분양설계상에도 쟁점부동산에 대한 평가액은 변동이 없다.

(다) 청구인은 쟁점부동산③까지 포함하여 취득가액 및 양도가액을 안분계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산③은 불법 건축물로서 재산세를 부과한 사실이 없고, 취득시기 및 취득가액 등을 특정할 수 없으며, OOO 재개발조합에서 정비구역 지정 이후 증축된 불법 건축물에 대하여 평가하지 않았다는 점 등을 고려할 때 쟁점부동산③을 별도의 주택으로 보아 안분계산하는 것은 적정하지 않다.

(라) 설령 청구인의 주장대로 쟁점부동산③을 포함하여 쟁점부동산①∼③을 기준시가로 안분한다 하더라도, 청구인이 주장하는 안분계산 방식은 전체 양도가액(OOO원)은 쟁점부동산①∼③에 안분한 반면, 전체 취득가액(OOO원)은 쟁점부동산①∼②에 안분한 후, 쟁점부동산③은 환산취득가액(OOO원)을 적용하여 실제취득가액보다 더 큰 금액(OOO원 = OOO원 + OOO원)을 쟁점부동산①∼③에 안분하여 취득가액이 과다계상 되었으며, 쟁점부동산③에는 토지가액이 배분되지 않아 쟁점부동산①,②에는 토지가액이 포함된 반면, 쟁점부동산③에는 토지가액이 포함되지 않아 수치의 왜곡을 초래하므로, 청구인의 안분계산은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산들은 하나의 매매단위로 양도되었으므로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 (주위적 청구)

② 쟁점부동산①의 양도가액을 쟁점부동산①과 쟁점부동산②의 감정평가가액으로 안분한 처분의 당부 (예비적 청구)

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

다. 오피스텔 및 상업용 건물

건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시하는 가액

라. 주택

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조 제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용 할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형 재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(3) 건축법 시행령

[별표 1] 용도별 건축물의 종류

1. 단독주택

가. 단독주택

나. 다중주택

다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

2. 공동주택

가. 아파트

나. 연립주택

다. 다세대주택 : 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)

(4) 부가가치세법 시행령

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구인은 2019.11.18. 양도가액 OOO원으로 하여 쟁점부동산①,②의 매매계약서를 체결하였고, 동 매매계약서 별지에 1층과 2층의 양도가액은 각각 OOO원과 OOO원으로 기재되어 있으며, 3층 옥탑방은 전세 OOO원으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(나) 쟁점건축물의 부동산 등기사항전부명세서 및 집합건축물대장에 따르면, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점부동산①,② 및 지하층 제1호는 각각 구분 등재되어 있고, 지하층 제1호는 쟁점부동산①,②와 소유자가 다른 것으로 나타난다.

＜표2＞ 등기사항전부명세서상 건축물 현황

(다) 쟁점부동산①,② 및 지하층 제1호의 2017년∼2019년 재산세 과세내역서상 주택 용도는 다세대주택으로 기재되어 있으며, 재산세 부과내역은 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 재산세 부과내역

(라) 청구인이 제시한 조명구(임차인)의 주민등록초본에 따르면, 조명구는 쟁점부동산③에 2017.8.25. 전입, 2021.3.12. 전출한 것으로 확인되며, 조명구가 작성한 “3층 옥탑방 전부 임차거주 사실 확인원”은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 3층 옥탑방 전부 임차거주 사실 확인원

(마) 쟁점건축물의 소재지는 OOO 주택재개발정비구역으로, 처분청이 제시한 OOO의 주택재개발정비사업 추진경과는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ OOO 주택재개발정비구역 추진경과

(바) 청구인이 쟁점부동산들을 취득(2016.8.1.)하기 이전에 해당 소재지는 OOO 주택재개발정비구역으로 지정(2007.9.6.)되었고, 사업시행인가일(2009.4.2.) 기준으로 재개발정비구역의 감정평가가 시행되었으며, 감정평가가액은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 감정평가가액

(사) 처분청이 경정ㆍ고지한 쟁점부동산①∼③의 양도가액과 취득가액 및 쟁점②에서 청구인이 주장하는 쟁점부동산①∼③의 양도가액과 취득가액은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 양도가액 및 취득가액 비교

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산①∼③이 공부상 다세대주택이나 실제 다가구주택으로 일괄 양도되었으므로 그 전체를 하나의 주택으로 보아 1세대 1주택 특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점건축물은 주택으로 사용되는 1개 동의 바닥면적 합계가 150.09㎡이고, 층수가 2개층(3층 무허가 옥탑 포함시 3개층)으로 3세대(3층 무허가 옥탑 포함시 4세대)가 거주할 수 있으므로 「건축법 시행령」별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택 및 제2호 다목에 따른 다세대주택에 모두 해당될 수 있고, 위와 같이 다가구주택과 다세대주택에 모두 해당될 가능성이 있는 주택으로 어느 쪽에 해당하는지를 결정할 뚜렷한 외관상 특징이 없어 보이며, 이러한 경우 소유자가 주택에 어떤 법적 지위를 부여할 의사를 가지고 있었는지를 고려하는 것이 합리적으로 보이는바(대법원 2014.7.24. 선고 2014두36419 판결, 같은 뜻임), 쟁점부동산①∼③은 집합건축물대장상 다세대주택 또는 다가구주택으로 명시되어 있지는 않으나, 집합건축물대장 및 등기부등본상 호별로 각각 구분 등재되어 있고, 재산세 과세내역서상 주택 용도는 다세대주택으로 기재되어 있으며, 쟁점건축물은 각 호별로 등기되어 있을 뿐만 아니라 실제로 각 호는 독립적으로 거주 및 매매할 수 있는 구조로 건축된 것으로 보이고, 실제로 지하층 제1호는 쟁점주택①,②와 별도로 매매되어 소유자가 다른 점 등 그 사용의 실질도 다세대주택으로 보이므로 청구인은 쟁점부동산들에 다세대주택의 법적 지위를 부여한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 감정평가가액을 적용하여 쟁점부동산들의 양도가액을 안분계산하고, 쟁점부동산③은 불법건축물로서 이를 별도의 주택으로 보아 안분계산하는 것은 적정하지 않다는 의견이나, 「소득세법」제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하여 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고,「부가가치세법 시행령」제64조 제1호는 토지와 건물 등에 대한 기준시가가 모두 있는 경우에는 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 감정가액(공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 감정가액)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하도록 규정하고 있는바, 처분청이 적용한 감정평가가액(감정평가 기준일 2009.4.2., 감정평가서 작성일 2010.3.31.)은 쟁점부동산들의 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일(2019.1.1.)부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일(2019.12.31.)까지 평가한 감정가액에 해당하지 아니하여 기준시가로 안분계산함이 타당한 것으로 보이므로 기준시가를 적용하여 재조사할 필요가 있어 보이고, 쟁점부동산③(무허가 옥탑방)은 공부상 확인되지 않는 허가 건축시설이나, 처분청도 쟁점옥탑방의 존재 자체는 인정하고 있고, 청구인은 쟁점부동산③의 용도와 관련하여 옥탑방의 실제 사용자인 임차인과 체결한 주택임대차계약서와 임차인이 작성한 임차거주 사실 확인원을 제출하였으며, 임차인의 주민등록초본에 임차인이 쟁점부동산③에 2017.8.25. 전입하여 2021.3.12. 전출한 것으로 확인되고, 처분청이 제시한 현장자료에도 무허가 옥탑방이 존재하는 것이 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산③은 주택으로 봄이 타당하므로, 쟁점부동산③을 포함하여 쟁점부동산①∼③을 안분계산할 필요가 있으므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정할 필요가 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.