조심2011서5113 (2012.07.31)

OOO세무서장이 2011.8.12. 청구법인에게 한 1. 2007년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 2. 법인세 2007사업연도분 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO에 대한 감가상각비 중 손금불산입한 금액(2007사업연도 OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 같은 계열사 소속인OOO 주식회사(이하 “쟁점1법인”이라 한다), 주식회사 OOO(이하 “쟁점2법인”이라 한다), OOO주식회사(이하 “쟁점3법인”이라 한다)가 아래 <표1>과 같이 층별로 구분소유하고 있는 서울특별시OOO 소재 토지 및 건물(지하 8층, 지상 19층 건물로, 지하 3～8층 및 지상 19층은 공용면적이고, 이하 “전체부동산”이라 한다) 중 쟁점1·2법인이 소유한 부분(지상 1층～14층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2007.12.24. 쟁점1법인으로부터 OOO만원에 각각 취득하였다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOO O OOOO (OO : O) 나. 청구법인이 쟁점부동산의 매매가액을 산정한 경위는 다음과 같다. (1) 쟁점부동산의 양도자인 쟁점1·2법인은 2곳의 감정평가법인에게 쟁점부동산에 대한 감정평가를 의뢰한 결과, 아래 <표2>와 같이 (주)OOO은 원가법에 의하여 전체부동산을OOO만원으로 평가하면서 전체 토지 및 건물평가액을 구분하였으나, 각 층별로는 토지 및 건물을 일체로 하여 평가하고 층별 토지 및 건물평가액을 구분하지 아니하였으며, (주)OOO은 거래사례비교법에 의하여 전체부동산을 OOO만원으로 평가하면서 층별 평가액을 구분하지 아니하고 쟁점1·2·3법인 소유별로 토지 및 건물을 일체로 하여 평가하였다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OOOO OO (2) 청구법인은 두 곳의 감정평가액을 산술평균하여 쟁점부동산을 쟁점1법인과는OOO만원에, 쟁점2법인과는OOO만원에 매매하기로 하면서, 전체부동산에 대한 기준시가(토지는 개별공시지가, 건물은 지방세과세시가표준액)로 토지 및 건물의 매매가액을 안분계산하여 매매계 약서를 작성하고 매매대금을 지급하여 건물분 세금계산서를 교부받았다. 다. OOO지방국세청장은 2011년 3～5월 청구법인에 대한 통합조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 매매계약과 관련하여 전체 매매가액은 실지거래가액으로 인정되지만, 토지 및 건물가액을 정하면서 토지·건물의 감정평가액이 있음에도 기준시가로 안분하여 건물가액을 과대계상하여 부가가치세를 과다하게 공제받음과 동시에 건물감가상가비를 과다하게 손금산입하였다는 사유로 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2011.8.12. 청구법인에게 2007년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다. 라. 처분청이 쟁점부동산의 건물가액을 산정한 내역을 보면, 두 곳의 감정평가내역(<표2> 참조) 중 (주)OOO평가법인의 평가내역을 기준으로 전체 토지의 ㎡당 가격(전체 토지평가액 OOO 계산)에 층별 토지면적을 곱하여 층별 토지가격을 산정하고, 이를 층별 토지 및 건물을 일괄하여 평가한 금액에서 차감하여 층별 건물가액을 산정하였다. OOOOOOOOOO OOOOOO OO OO O OOOO (OO : OOO) 마. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점부동산의 매매계약서상 구분표시된 토지 및 건물가액은 당사자 간 합의에 의하여 실제 거래된 가액으로 세금계산서 등 관련증빙에 의하여 객관적으로 입증되는 실지거래가액이므로 토지·건물의 가액이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다. 본 건의 경우 전체부동산 중 층별로 매매가 이루어지므로 매매당사자는 층별 매매가격의 적정성을 확보하기 위하여 층별 시가에 대한 감정평가를 의뢰하였으나, 집합건물을 층별로 감정평가할 경우 층별로 토지 및 건물가액을 구분하지 아니하고 일체로 평가하는 것이 관행이고, 본 건의 경우도 층별로 토지 및 건물평가액이 구분표시되어 있지 아니하였는바, 두 곳의 감정평가법인으로부터 받은 감정평가서를 살펴보면, (주)OOO평가법인은 원가법에 의하여 전체부동산의 토지 및 건물의 재조달원가를 결정한 후 층별로 토지 및 건물을 구분하지 아니하고 일체로 하여 평가하였으므로 층별 토지 및 건물가액을 구분하기 어려운 상태이었으며, (주)OOO평가법인은 거래사례비교법에 의하여 쟁점1·2·3법인 소유별로 토지 및 건물가액을 일체로 평가하였으므로 토지 및 건물가액의 구분이 불가능하였다. 위와 같이 본 건은 층별로 매매가 이루어지는데 반하여 감정가액은 층별 토지 및 건물가액이 구분되어 있지 아니함에 따라, 청구법인과 쟁점1·2법인은 층별 토지 및 건물가액을 안분함에 있어 ① 처분청 의견과 같이 층별 토지가액을 일정한 것으로 보고 나머지를 건물가액으로 하는 방법, ② 층별로 건물가액을 일정한 것으로 보고 나머지를 토지가액으로 하는 방법, ③ 층별 효용도에 따라 토지 및 건물가격을 안분하는 방법 등 여러 가지 방법을 생각하였는데, 이 중 하나를 선택하는 것은 오히려 자의성이 있으므로 합리적이고 객관적인 기준으로 보이는 기준시가 비율대로 안분하였다. 따라서, 본 건은 매매당사자가 기준시가라는 합리적인 기준에 의하여 토지 및 건물가액을 안분하기로 합의하고 그에 따라 토지 및 건물가액을 매매계약서에 기재하였으므로, 이는 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다. (2) 본 건 처분은 (주)OOO평가법인의 평가서에 층별 토지 및 건물평가액이 구분되어 있지 아니함에도 처분청이 임의의 기준에 따라 안분계산한 것이므로 부당하다. 처분청은 (주)OOO평가법인의 평가내역을 근거로 층별로 토지의 효용은 동일하나 건물의 효용은 차이가 난다는 가정 하에 먼저 전체 토지의 평가금액을 기준으로 ㎡당 토지평가액(OOO 계산하고, 이를 층별 토지면적에 곱하여 층별 토지가액을 산출한 후 층별로 토지 및 건물을 일체로 하여 평가한 금액에서 차감하여 층별 건물가액을 산정하였으나, 이는 감정평가이론에도 부합하지 아니한 임의적인 기준에 불과하다. 처분청은 쟁점부동산의 토지 및 건물가액을 안분하면서 청구법인이 쟁점부동산이 아닌 전체부동산의 기준시가에 의하여 안분한 것은 잘못된 것이라는 의견이나, 이는 기준시가가 층별로 고시되지 않아서 부득이 전체부동산에 대한 기준시가를 적용할 수밖에 없었기 때문이며, 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 매입하기 약 10개월 전에 한화빌딩 사옥을 매입하면서, 수익환원법, 거래사례비교법 및 원가법을 5:3:2로 가중평균한 가액으로 매입하면서도 원가법에 의한 토지 및 건물평가액을 적용하여 매매계약서를 작성하였다는 의견이나, 이는 해당 건물의 전체를 매입하여서 본 건과 같이 층별 안분계산의 문제가 없었기 때문이다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산의 매매계약은 토지 및 건물의 매매가액을 먼저 정하여 거래한 것이 아니라, 2곳의 감정평가법인의 감정가액을 산술평균하여 매매가액으로 정한 후, 전체부동산의 기준시가에 의하여 안분한 토지 및 건물가액을 매매계약서에 기재한 것에 불과하므로 전체 매매가액은 실지거래가액으로 인정되나, 토지 및 건물의 가액은 불분명한 경우에 해당한다. 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항의 취지는 일반적으로 매매계약서상 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상 토지 및 건물가액이 구분표시되었다고 하더라도 그 가액이 당해 토지, 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되지 아니하는 경우에는 그 가액의 구분이 불분명한 경우라고 보아야 한다는 취지이며, 이는 전체 매매가액이 실지거래가액으로 확인된다 하더라도 건물가액을 거래당사자 간 합의에 의하여 임의로 조작하여 부가가치세 등을 조정할 가능성을 방지하기 위한 것이다. 쟁점부동산은 그 규모가 크고 거래가액도 거액으로서 매매사례가 빈번하지 아니하여 제3자 간 적정한 거래사례를 찾기 어렵고, 양도인과 양수인이 특수관계자임을 감안하면 세법을 비롯한 장래의 모든 법적인 분쟁에 대비하기 위하여 감정평가가 필수적이라 할 것이며, 이 경우 보다 합리적인 근거가 없다면 감정평가에 의한 가격결정 방법이 가장 타당하다 할 것이므로, (주)OOO평가법인의 감정평가서에 의하여 층별 토지 및 건물가액의 구분이 가능하다면 다른 기준으로 토지 및 건물가액을 구분하는 것은 타당성이 없다. (2) (주)OOO평가법인의 감정평가서에 의하여 층별 토지 및 건물의 감정가액을 구분할 수 있으므로 쟁점부동산의 토지 및 건물의 매매가액은 동 감정가액에 의하여 안분하여야 한다. 청구법인이 토지·건물가액의 구분을 위하여 적용한 기준시가는 전체부동산에 대한 것으로, 본 건 매매대상이 쟁점부동산이므로 기준시가도 쟁점부동산에 대한 것이어야 함에도 거래대상이 되지 아니한 쟁점3법인이 소유한 부분까지 포함된 전체부동산에 대한 기준시가를 적용한 것은 불합리하다. 본 건의 경우 2곳의 감정평가기관의 감정평가액의 평균액을 그대로 매매가액으로 결정하였으나, 그 중 원가법으로 평가한 (주)OOO평가법인의 평가액은 층별로 토지 및 건물의 평가액은 구분되어 있지 아니하지만, 전체 토지 및 건물의 평가액은 구분되어 있어 이를 근거로 층별 토지 및 건물의 평가액을 산정할 수 있으며, 거래사례비교법으로 평가한 (주)OOO평가법인의 감정평가액은 층별 평가액이 구분되어 있지 아니하나, 두 곳의 전체부동산에 대한 감정평가액의 차이는 1% 수준으로 미미한 것이므로 원가법으로 감정평가한 금액에 따라 안분계산하는 것이 가장 합리적이다. 또한, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 약 10개월 전인 2007.2.15. OOO 사옥을 특수관계자인 주식회사 OOO기업구조조정 부동산투자회사로부터 OOO원에 취득할 때에는 수익환원법, 거래사례비교법 및 원가법을 OOO 가중평균한 가액으로 매입하면서도 원가법에 의한 토지 및 건물의 감정가액 비율에 의해 토지 및 건물가액을 안분하여 매매가액으로 정하여 계약서를 작성하고 세금계산서를 수취한 사실이 있다. 위와 같이 청구법인이 쟁점부동산 중 토지 및 건물가액을 정함에 있어 전체부동산의 기준시가에 의하여 구분한 것은 불합리하다 할 것이므로, (주)대한감정평가법인의 감정평가액에 따라 안분계산하는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산의 매매계약에 대하여 전체 매매가액은 실지거래가액으로 인정되나, 토지 및 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 감정평가액을 기준으로 건물가액을 안분계산하여 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 부가가치세법 시행령 제48의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 쟁점부동산의 매매가액을 결정한 내역을 보면 다음과 같다. (가) 총매매가액은 감정평가기관 2곳의 감정평가액을 산술평균함 O OOOOO OOO : (OO,OOO,OOO,OOOO OO,OOO,OOO,OOO)OO O OO,OOO,OOO,OOOO O OOOOO OOO : (OO,OOO,OOO,OOOO OO,OOO,OOO,OOO)OO O OO,OOO,OOO,OOOO (나) 토지·건물가액 안분내역 OOO O OO OOOOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OOO,OOO,OOO,OOOO (OOOO) - OO(OOOOOO) OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO (OOOOOO) : OO OO OOO OOOO(O,OOOOOO) O OO,OOO,OOOO -OO(OOOOOOOOOO) OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO (OOOOOO) : OO OO OOO OOOO(OO,OOOOOOO)O OOOOOOOOOO OOO (다) 매매계약서상 토지가액 및 건물가액의 구분 기재 - OOOOO OOO OO : (OO,OOO,OOO,OOOO O OO,OOO,OOO,OOOOOOO,OOO,OOO,OOO) O OO,OOO,OOO,OOOO OO : (OO,OOO,OOO,OOOO O OO,OOO,OOO,OOOOOOO,OOO,OOO,OOO) O OO,OOO,OOO,OOOO - OOOOO OOO OO : (OO,OOO,OOO,OOOO O OO,OOO,OOO,OOOOOOO,OOO,OOO,OOO) O OO,OOO,OOO,OOOO OO : (OO,OOO,OOO,OOOO O OO,OOO,OOO,OOOOOOO,OOO,OOO,OOO) O OO,OOO,OOO,OOOO (2) (주)OOO평가법인 감정평가서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 평가방법 원가법에 의한 평가가격과 수익환원법에 의한 평가가격을 추계하여 토지 및 건물의 기초가격을 결정한 후, 이를 각 층별로 배분하여 토지와 건물을 구분하지 않고 일체로 한 비준가격으로 감정평가하였음 (나) 층별 가격 결정 토지 및 건물의 기초가격을 층별로 합리적으로 배분하여 가격을 결정함 (다) 원가법에 의한 토지 및 건물의 기초가격 결정 · 집합건물 1동 전체 토지·건물의 기초가격 OOO · 토지평가가격 : 4,030㎡ OOO원 OOO · 건물평가가격(아래 표) OO,OOO,OOO,OOOO ㆍ 수익환원법에 의한 평가OOO ㆍ 시산가격의 결정 : 전체부동산의 토지 및 건물의 기초가격을 190,958,000,000 원으로 결정함 (O) OO OOOO (3) 청구법인이 제출한 부동산가액 구분표시에 대한 감정평가법인의 의견조회서는 다음과 같다. (가) 청구법인의 질의내용 집합건물인 쟁점부동산에 대하여 층별로 토지 및 건물가액을 구분하지 아니한 것이 감정평가규정에 따른 것인지 또는 관행인지 여부 (나) (주)OOO평가법인의 회신 국토해양부령으로 고시된 「감정평가에 관한 규칙」(국토해양부령 제215호, 2010.1.19.)에 일괄평가하도록 규정하고 있으며, 실무에서도 통상적으로 구분하지 않는 것이 관행임 (다) (주)대한감정평가법인의 회신 쟁점부동산에 대하여 원가법을 적용하여 평가한 것은 거래사례비교법에 의한 평가가 곤란하다고 판단되어(층별로 거래된 유사한 집합건물 사례를 찾지 못함) 집합건물을 토지·건물을 일괄하여 전체 평가액을 산정한 후 층별 효용비 등을 적용하여 각 층별로 배분한 것으로서, 본 평가는 집합건물의 토지 및 건물가액 배분가액을 정하기 위한 평가와는 그 방법을 달리하며, 단지 거래를 위한 시가 참고용의 일반거래목적의 평가로서 토지·건물가액 배분에 대한 사항은 고려하지 아니함 위와 같이 본 건에 대한 평가는 층별로 토지·건물을 일체로 하여 평가한 것인바, 층별로 토지·건물을 안분하는 것은 층별 임대료 및 가치차이로 인하여 층별 배분비율을 적용하기는 현실적으로 부합하지 않는 측면이 있음 따라서, 각 층별로 토지·건물 안분비율의 산정은 실무적으로 어려움이 있으며 오피스인 집합건물이 각 층별로 거래된 사례를 포착하 기가 곤란하고 토지 및 건물 안분 기준에 대하여 명확하게 제시된 이론도 없는 상황으로 안분비율은 단기간에 산출할 수 있는 사항이 아님 (4) 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 단서에 규정된 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”란 실지거래가액이 확인되지 아니하거나, 일괄양도한 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분기재되어 있지 아니한 경우 및 구분기재가 되어 있는 경우라 하더라도 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우 등을 말하는 것(조심 2010구3276, 2011.3.23. 외 다수)인바, 본 건은 전체부동산(지하 8층～지상 19층) 중 쟁점부동산(1～14층)에 대하여만 거래가 이루어진 경우로서, 2곳의 감정평가법인의 평가내역을 보면 모두 층별 토지 및 건물평가액을 구분하지 아니한 점, (주)OOO평가법인의 감정평가서에 층별 토지 및 건물평가액은 구분되어 있지 아니함에도, 처분청이 전체부동산에 대한 토지 및 건물평가액을 기준으로 층별 건물평가액을 산정한 것은 임의적인 방법에 불과한 점, 매매당사자가 쟁점부동산에 대한 매매가액을 정한 후 감정평가서상 층별 토지 및 건물의 평가액이 구분되지 아니하여 기준시가에 의하여 그 가액을 안분하기로 합의하고 이에 따라 매매계약서에 구분 기재한 토지 및 건물가액은 사회통념상 합당한 가액으로 보이는 점 등을 감안할 때, 쟁점부동산의 토지 및 건물가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.