조심2014서2297 (2015.06.11)

OOO세무서장이 2014.1.15. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은

1. 청구법인이 2010사업연도에 OOO 1·2호기 계획예방정비공사 중 보일러최종과열기 튜브를 교체하는 공사를 수행하고 발생한 비용 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 전력자원 개발 및 전력생산을 목적으로 2001.4.2. OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 물적분할로 인해 설립된 법인으로서 전력을 생산하여 OOO를 통하여 OOO에 공급하고 있다.

청구법인은 「전원개발에 관한 특례법」에 따라 OOO 건설사업을 위한 전원개발사업실시계획을 수행하면서 공유수면매립 허가를 득하여 본부지 및 회처리장 조성을 위한 건설공사를 수행하였고, 이 중 본부지(1공구, 2공구 매립지역)는 준공완료시 토지로 인식하였으며, 회처리장 매립지역인 제3공구는 현재 회처리장 제방시설(이하 “쟁점제방”이라 한다)만 완공하여 발전시설로 사용 중에 있고, 매립예정기한은 2026년이며, 쟁점제방은 공유수면에 건설한 것으로 회처리장제방이용권이라는 무형자산으로 계상하여 상각하여 오다가, 2008년부터 구축물로 계정변경하여 감가상각하고 있다.

청구법인은 2009년 6월부터 2012년 5월까지 해안 복합 풍력단지 최적 설계 및 신뢰도 향상 연구개발 과제(이하 “쟁점과제”라 한다)에 대해 주관기관으로 선정되어 참여기관인 OOO 등 3개사와 관련 쟁점과제를 수행하였고, 쟁점과제 종료시점에 참여기업으로부터 과제 수행시 발생한 시제품(이하 “쟁점시제품”이라 한다)에 대한 소유권을 ‘지식경제 기술혁신사업 협약서’(이하 “이 건 협약서”라 한다)에 근거하여 청구법인으로 귀속시켰으며, 참여기관이 부담하여야 할 정부출연금에 대한 기술료를 대신하여 납부하였다.

청구법인은 발전소 운전정비관리규정에 의하여 기기고장을 미연에 방지하기 위하여 계획예방정비지침을 마련하고 있는데, 2010년 OOO 1·2호기 계획예방정비공사 중 보일러최종과열기 튜브를 교체하는 공사를 수행하였고, 공사비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수선유지비로 처리하였다.

청구법인은 법인세가 면제되는 소득인 국외에서 발행하는 외화표시채권에 대한 이자소득(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)에 대해서 2010～2011사업연도에 지급명세서를 제출하지 아니하였다.

나. OOO국세청장은 2013.2.25.부터 2013.6.4.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 구축물로 계상하여 감가상각하고 있는 쟁점제방을 2008년부터 토지로 대체한 것과 성격이 같아 2009～2012사업연도에 계상한 감가상각비 OOO원을 손금불산입하고, 쟁점과제를 수행하면서 발생한 쟁점시제품의 소유권은 참여기관에 있고, 청구법인이 쟁점시제품의 소유권을 양수하면서 대신 납부한 참여기관 부담분의 기술료는 적정한 자산의 취득가액으로 볼 수 없으며, 참여기관이 수령하여 지출한 정부출연금, 현금 및 현물 부담분 모두를 합산한 가액이 청구법인의 적정 자산가액인 것으로 보아 자산수증이익 누락분 OOO원을 익금산입하며, 청구법인이 자산으로 계상한 OOO원은 손금산입하고, 청구법인이 쟁점금액을 수선유지비(손금)로 처리한 것에 대해서 이를 감가상각한 것으로 보며, 청구법인이 쟁점이자소득에 대한 지급명세서를 제출하지 아니한 것과 관련한 지급명세서불성실가산세(2010사업연도와 2011사업연도 각 OOO원으로, 이하 “쟁점가산세”라 한다)를 부과하는 것으로 하여 처분청에 자료통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.1.15. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 회사의 자산분류는 자산의 취득목적에 따라 판단하여야 하는 것이지 근거법령이 「공유수면매립법」이라고 하여 모든 자산을 획일적으로 토지원가로 분류하는 것은 타당하지 아니하다. 쟁점제방은 청구법인의 발전사업을 영위하면서 발생하는 유연탄 연소재를 매립하기 위한 것으로서 1999.8.7. 「폐기물관리법」에 따라 OOO으로부터 폐기물처리시설로 승인받은 별도의 사업용자산으로 감가상각자산에 해당한다.

(2) 청구법인은 쟁점과제와 관련한 이 건 협약서 내용과 같이 국책연구과제 수행시 발생한 쟁점시제품을 청구법인에게 귀속시키는 조건으로 참여기관이 부담하여야 할 정부출연금 기술료를 부담하였으므로 이는 명백히 반대급부가 존재하는 유상거래에 해당한다.국책연구과제 수행시 참여기관은 이 건 협약서에 따라 정부로부터 보조금을 수령하여 사용한 후 과제수행이 완료될 경우 정부에게 별도로 일정부분의 기술료를 청구법인을 통해 납부하여야 하는 것이 이 건 협약서 제11조 제1항에명백히 나타나고,동 협약서상 국책연구과제 수행시 발생한 시제품은 이 건 협약서상 참여기관이 부담하여야 할 정부출연금 기술료를 청구법인이 대신 부담하는 조건하에 청구법인에게 귀속시키는 것으로 이는 대가관계가 존재하는 거래로서 동 거래가 무상거래라는 처분청의 의견은 근거가 없다.

(3) 「법인세법 시행령」 제31조 제3항 제2호는 자산별 수선비가 자본적 지출에 해당하는 경우 동 수선비가 대상자산가액의 5%에 미달할 경우 일시적인 손금으로 인정할 수 있다는 예외규정으로 이 건에 그대로 적용될 수 없고, 쟁점금액은 보일러 튜브의 결함으로 정상적 조업이 불가하여 당사자 간 합의에 의해 불량한 튜브를 교체하고 수선비로 처리한 것인바, 이는 발전기의 내용연수 및 성능을 향상시키는 자본적 지출에 해당하지 않는다. 즉, 청구법인에서 수행하는 공사는 일반적으로 건설공사, 수명연장공사, 성능개선공사 및 계획예방정비공사가 있고, 고장을 미연에 방지하기 위하여 계획예방정비지침에 따라 2～3년 주기로 수선하는 계획예방정비공사는 성능유지 및 원상회복을 위한 지출로서 수익적 지출에 해당한다.

(4) 외화표시채권에 대한 쟁점가산세 부과는 관련 법조항에 따라 비과세ㆍ면제신청서를 제출하고자 하더라도 관련 서식의 부재로 제출할 수 없고, 관련 법조항에서 지급명세서 제출의무를 명시하지 않고 있으며, 관련 법 개정시 세법해설 자료를 발간하지 않음에따라 납세자의 의무해태로 보기 어려워 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점제방이 토지가 아닌 감가상각자산에 해당한다고 주장하나, 하역부두, 도로, 제방 등의 기부채납을 조건으로 공유수면매립의 면허를 받았으므로 「공유수면매립법」에 따른 공공용지에 대한 제방의 원가도 토지(잡종지)의 취득가액에 포함하여야 한다.

(2) 청구법인은 참여기관과 공동으로 수행하는 연구과제의 결과로 발생한 시제품에 대하여 이 건 협약서에 따라 참여기관이 부담하여야 할 금액을 대신 부담한 금액(기술료)만을 자산으로 계상하여야 한다고 주장하나, 참여기관이 수령하여 지출한 정부출연금, 현금 및 현물 부담분 모두를 합산한 가액이 쟁점시제품의 적정한 자산가액이다. 즉, 무상으로 취득한 자산은 취득일 현재의 시가로 익금산입하여야 하는바, 청구법인이 계상한 취득가액과의 차액이 자산수증이익 누락분이다.

(3)쟁점금액의 공사계획서 등을 살펴보면, 그 공사 내용은 최종 과열기의 튜브의 재질을 T23에서 T92로 격상하여 전량 교체하고 Header Tee 및 Y-Piece를 교체하는 등 OOO 1·2호기 보일러 최종 과열기의 중요 부분을 모두 교체한 것으로써, 이는 최종 과열기의 튜브를 동일한 성능의 튜브로 교체하여 원상을 회복시키기 위한 것이 아니라 재질을 격상시켜 개선된 성능을 가진 튜브로 교체하여 최종 과열기의 성능을 향상시켜 그 가치를 현실적으로 증가시키는 지출로서 내용연수 증가 및 미래 효익의 증가를 가져오는 것으로 쟁점금액은 자본적 지출에 해당한다.

(4) 청구법인은 2010.2.18. 개정된 세법의 규정을 알지 못하고 종전의 규정에 따라 「조세특례제한법」 제21조 제1항에 따라 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득을 지급하는 것으로 보아 지급명세서를 제출한 사실이 없다. 또한, 지급명세서를 제출하지 않기 위해서는 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호에 따라 비과세·면제신청서를 제출하여야 하나, 청구법인은 비과세·면제신청서를 제출한 사실이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점제방이 감가상각자산에 해당하는지 여부

② 쟁점시제품의 취득가액이 기술료 대납액이라는 청구주장의 당부

③ 쟁점금액(보일러최종과열기 튜브교체공사비)이 수익적 지출에 해당하는지 여부

④ 지급명세서불성실가산세 적용 대상인지 여부

나. 관련 법령 등

<쟁점① 관련>

(1) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 일부개정되기 전의 것) 제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 유형고정자산

가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 “건축물”이라 한다)

바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

사. 사용수익기부자산가액 : 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 법 제24조 제2항 제4호부터 제7호까지의 규정에 따른 법인 또는 이 영 제36조 제1항 제1호에 따른 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액

③ 감가상각자산은 다음 각 호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것

(2) 지방세법 제104조【정의】재산세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "토지"란 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.

(3) 공유수면관리 및 매립에 관한 법률 제46조【매립지의 소유권 취득 등】① 매립면허취득자가 제45조 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지 : 국가 또는 지방자치단체

2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함된 바닷가의 면적은 제외한다)의 매립지 : 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 매립면허취득자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지 : 매립면허취득자

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 "잔여매립지"라 한다) : 국가

(4) 전원개발에 관한 특례법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

3. "전원개발사업실시계획"이라 함은 정부의 장기전력수급계획에 따른 전원개발사업의 실시에 관한 세부계획을 말한다.

(5) 측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률 제1조【목적】이 법은 측량 및 수로조사의 기준 및 절차와 지적공부(地籍公簿)·부동산종합공부(不動産綜合公簿)의 작성 및 관리 등에 관한 사항을 규정함으로써 국토의 효율적 관리와 해상교통의 안전 및 국민의 소유권 보호에 기여함을 목적으로 한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

24. "지목"이란 토지의 주된 용도에 따라 토지의 종류를 구분하여 지적공부에 등록한 것을 말한다.

제67조【지목의 종류】① 지목은 전·답·과수원·목장용지·임야·광천지·염전·대(垈)·공장용지·학교용지·주차장·주유소용지·창고용지·도로·철도용지·제방(堤防)·하천·구거(溝渠)·유지(溜池)·양어장·수도용지·공원·체육용지·유원지·종교용지·사적지·묘지·잡종지로 구분하여 정한다.

<쟁점② 관련>

(1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 일부개정되기 전의 것)

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

(2) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 일부개정되기 전의 것) 제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

바. 개발비 : 상업적인 생산 또는 사용전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다.

제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

<쟁점③ 관련>

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구

5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

③ 법인이 각 사업연도에 지출한 수선비가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 그 수선비를 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 이를 자본적 지출에 포함되지 아니하는 것으로 한다.

1. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 300만원 미만인 경우

2. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우

3. 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을 위하여 지출하는 경우

(2) 법인세법 시행규칙 제17조【수익적 지출의 범위】다음 각 호의 지출은 영 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것으로 한다.

1. 건물 또는 벽의 도장

2. 파손된 유리나 기와의 대체

3. 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체

4. 자동차 타이어의 대체

5. 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구ㆍ도장 및 유리의 삽입

6. 기타 조업가능한 상태의 유지 등 제1호 내지 제5호와 유사한 것

<쟁점④ 관련>

(1) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제76조【가산세】⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조·제120조의2 또는 「소득세법」 제164조·제164조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 같은 법 제164조 제1항·제164조의2 제1항에 따른 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

제120조의2【외국법인의 국내원천소득 등에 대한 지급명세서 제출의무의 특례】① 제93조의 규정에 의한 국내원천소득을 외국법인에게 지급하는 자는 지급명세서를 납세지 관할세무서장에게 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 제출하여야 한다.(단서 생략)

(2) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 것) 제162조의2【외국법인의 국내원천소득 등에 대한 지급명세서 제출의무 특례】① 법 제93조의 규정에 의한 국내원천소득을 외국법인에게 지급하는 자는 법 제120조의2 제1항의 규정에 따라 납세지 관할세무서장에게 기획재정부령이 정하는 지급명세서(이하 이 조에서 "지급명세서"라 한다)를 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 법 및 「조세특례제한법」에 의하여 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득(법 또는 「조세특례제한법」에 따라 비과세·면제신청서를 제출하지 아니하는 경우는 제외한다)

부칙(대통령령 제22035호, 2010.2.18.)

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의2 제3항 및 제8항의 개정규정은 2010년 4월 1일부터 시행하고, 제162조의2 제1항 제1호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.

제23조(외국법인의 국내원천소득 등에 대한 지급명세서 제출의무 특례에 관한 적용례) 제162조의2 제1항 제1호의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제162조의2 제1항 제1호의 개정규정의 시행 후 최초로 지급하는 국내원천소득부터 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제21조【국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 법인세 등의 면제】① 다음 각 호의 어느 하나의 소득을 받는 자(거주자와 내국법인은 제외한다)에 대해서는 소득세 또는 법인세를 면제한다.

1. 국가·지방자치단체 또는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자 및 수수료

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) OOO 공유수면매립사업의 연혁은 아래 <표1>과 같다.

OOO

(나) 청구법인은 2008년 본부지에 대한 공유수면매립을 완료하여 토지를 취득할 때, 본부지 매립지역(1공구)의 해안시설물(물양장, 석회석 하역부두, 호안, 해안도로) 건설에 투입한 사업비에 대하여 기존 무형자산(도로이용권, 양육하역시설이용권)의 장부가액(미상각 잔액임)을 토지로 대체하였고, 본부지와는 별도로 전원시설인 회처리장도 최초 자산인식시(2004년)에 위 본부지의 기부채납대상 시설물처럼 잠재적 공공시설로서 그 소유권이 국가 등에 귀속되는 것이므로 무형자산으로 계상하여 감가상각하였으나, 2008년 본부지 준공인가 신청시 회처리장은 타 공작물과는 달리 국가에 그 소유권을 이전하지 않아(3공구 회처리장과 같이 준공), 본부지 준공인가시 제출하는 총사업비와도 관련이 없어 아래 <표2>와 같이 무형자산에서 구축물로 대체하였고, 쟁점제방을 구축물로 대체한 이후에 2008년 이후 매년 감가상각해오고 있는 것으로 나타난다.

OOO

(다) 처분청은 청구법인이 구축물로 계상하여 감가상각하고 있는 쟁점제방에 대하여 2008년에 해당 시설물 등의 토지 대체와 그 성격이 같아 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것으로 보아 2009～2012사업연도에 계상한 감가상각비에 대하여 아래 <표3>과 같이 손금불산입하여 법인세를 경정한 것으로 나타난다.

OOO

(라) 청구법인은 아래와 같은 논거 등을 제시하면서 쟁점제방이 감가상각대상이라고 주장한다.

1) 자산의 분류는 회사의 취득목적에 따라 판단하는 것으로, 동일한 자산이라고 하더라도 취득목적이 상이하면 그 분류도 달리하여야 하는바, 청구법인의 회처리장은 유연탄을 원재료로 하는 화력발전소를 운영하는데 필수불가결하게 필요한 발전시설로서 사업용자산에 해당함이 명백하고, 회처리장 조성을 위한 제방은 토지취득 목적이 아닌 발전사업을 목적으로 하는 것이므로 쟁점제방 건설비를 토지의 취득원가로 보아야 한다는 처분청의 의견은 근거 없다.

2) 쟁점제방은 회처리장 자체를 건설하기 위한 것으로 이에 해당되는 공사비를 본부지 매립과 같이 토지를 취득하기 위한 공사로 볼 수는 없고, 결과적으로 회처리장 제방은 사업에 사용하는 자산으로 감가상각자산에 해당한다. 청구법인이 전원개발실시계획에 따라 진행한 매립사업은 본부지에 해당되는 1공구와 2공구, 회처리장에 해당되는 3공구로 구분되는데, 1공구는 2008년 8월 공유수면 매립이 완료되어 준공되었고, 2공구도 매립되어 2009년 3월에 준공되면서 토지 취득이 완료되었다.

한편, 3공구인 회처리장은 2004년도에 제방만 완공 후 현재까지 회처리장(폐기물처리장)으로 사업에 정상적으로 사용되고 있다. 다만, 3공구는 회폐기물의 매립을 통하여 준공이 되는바, 준공예정일은 계속 연장하여 현재 추정하는 준공예정일은 2026년으로 보고 있다. 회처리장은 유연탄을 연료로 사용하여 전력을 생산한 후에 폐기물로 석탄회(연탄재와 같음)가 발생하게 되는데, 동 폐기물을 가장 효율적으로 처리하는 방안은 공유수면에 매립하여 부수적으로 토지를 얻는 것인바, 청구법인이 회처리장을 전원개발실시계획에 따라 건설하는 것은 매립 후 부수적인 토지를 취득하고자 하는 것이 아니라 폐기물처리장을 건설하고자 하는 것이다.

3) 회처리장은 화력발전시 필수불가결하게 발생되는 석탄회를 처리하기 위해 항상 존속되어야 하는 시설로서 회처리장내 석탄회의 용량이 기준치보다 초과되면 일부 석탄회를 적출시키면서 사용되고 있다. 즉, 준공예정일이 현재 정해져 있더라도 향후 그 기간을 연장할 것이고, 청구법인이 화력발전사업을 폐지하지 않는 한 회처리장을 완전 매립하여 토지로서 매립준공인가 받는 일은 거의 없다. 이와 같이 회처리장은 토지 취득을 목적으로 하는 본부지 매립과 무관하게 화력발전의 특성상 필수적인 전원설비로서 매립의 형식으로 폐기물을 처리하고 있는 별도의 시설이므로 회처리장 시설공사비를 이미 매립 완료되어 취득된 토지의 취득원가로 보거나, 매립준공이 아직 안된 상황이므로 건설중인 자산으로 보아야 하는 것은 타당하지 아니하다.

4)청구법인의 쟁점제방은 단순히 흙을 쌓아 올린 제방이 아니라, 옹벽을 세우고 그 주변에는 오탁방지막, 외측과 내측에는 피복석과 차수매트를 설치하여 부유물질 확산 및 해양오염을 방지하도록 설계된 「폐기물관리법」 제26조에 따라 환경부장관과 시·도지사의 허가를 받은 폐기물처리시설에 해당한다. 또한, 회처리장 및 쟁점제방은 현재까지 청구법인이 소유한 사업용자산으로 청구법인의 발전사업에 사용되어 경제적 효익을 창출하는 자산에 해당함이 명백하다.

5)과세관청도 2012년 8월 동종업종(OOO)의 과세사실판단자문 결과 회처리장 및 관련 제방시설은 매립토지의 취득을 목적으로 하는 것이 아닌 발전사업 폐기물처리장 용도로 건설된 사업용자산으로 이는 감가상각에 해당하는 것으로 판단하였고, 쟁점제방은 제3공구(9,128㎡)로서 처분청에서 확인한 바와 같이 매립공정율이 5.5%에 불과하여 매립완료 전까지는 매립준공허가를 받을 수 없는 것이 명백하며, 청구법인의 내부문건은 기업회계기준상 회계처리를 검토하는 과정에서 토지로 보는 견해와 구축물로 보는 견해를 동일하게 검토한 후 각각의 경우에 대해 발생할 수 있는 회계 및 세무상의 문제를 대안으로 검토한 것 뿐이다.

(마) 처분청은 아래와 같은 논거 등과 함께 쟁점제방이 감가상각대상이 아니라는 의견을 제시하고 있다.

1) 청구법인은 「공유수면매립법」에 따른 공공용지인 도로, 하역부두, 제방을 무형자산(도로이용권, 양육하역시설이용권, 회처리제방이용권)으로 회계처리하고 2005년 2월부터 2008년 8월까지 무형자산상각비로 손금산입하였으며, 준공검사 승인일(2008.8.28.)에 무형자산이 아닌 토지의 원가임을 인식하고 계정을 재분류(구축물)하였다.

2) 제방은 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」 제67조(지목의 종류)에 따른 토지의 28가지 지목 중 하나로서, 감가상각되는 구축물로는 분류될 수 없다.

3) 「공유수면매립법」에 근거한 공유수면매립사업은 사업자가 국가소유인 공유수면에 토지매립공사용역을 제공하고 준공인가를 받은 날에 그 대가로 매립지 중 일부 토지의 소유권을 취득하는 것으로서, 동법에 따른 공유수면매립실시계획인가에 의해 시행된 청구법인의 호안 및 제방공사는 공유수면매립사업과정의 일부이므로 용역의 제공으로 인식하여야 하고, 그 관련 비용을 감가상각자산의 취득으로 인식할 수 없으며, 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소된다고 볼 수 없다.

4) 청구법인의 내부문건(2008.9.25.)인 「OOO 공유수면매립에 대한 세무 및 자산 취득방안 검토」에서 회처리제방이용권의 취득가액 OOO원(2007.12.31. 이전 사업연도 감가상각비OOO원 포함)은 매립중인 2공구 제방공사와 회처리장 제방공사비로 되어 있고, 준공일에 토지로 대체하는 경우 전기 이전에 무형자산상각비로 계상된 OOO원을 전기오류수정이익으로 처리하여야 함을 검토했으나, 수정신고 없이 자산으로 대체하기로 하였다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「공유수면관리 및 매립에 관한 법률」제46조 제1항 제3호에서 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등의 비용을 합산한 금액)에 상당하는 매립지는 매립면허취득자가소유권을 취득하도록 규정되어 있는바, 이 건의 경우청구법인은 회처리장의 폐기물이 공유수면에 매립된 후 쟁점제방의 건설비에 상당하는 토지를 얻게 되는데, 청구법인이 쟁점제방을 통해서 궁극적으로 청구법인이 투입한 총공사비용에 상당하는 매립지(토지)를 취득하게 되고, 공유수면 매립을 흙으로 할 것인지 회(연탄재)로 하다가 나중에 복토를 할 것인지 여부는 공유수면매립사업과정의 일부에 불과한 것으로 쟁점제방도 매립지 투입원가의 하나에 불과하다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점제방의 건설비를 토지취득비용으로 간주하여 감가상각대상이 아닌 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 이 건 협약서의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.

OOO

(나) 처분청은 쟁점과제를 수행하면서 발생한 쟁점시제품의 소유권이 참여기관에 있고, 청구법인이 쟁점시제품의 소유권을 양수하면서대신 납부한 참여기관 부담분의 기술료는 적정한 자산의 취득가액으로볼 수 없으며, 참여기관이 수령하여 지출한 정부출연금(OOO원)및 현물 부담분(OOO원) 모두를 합산한 가액(OOO원)이 청구법인의 적정 자산가액이므로 자산수증이익을 누락한 것에 해당한다고 보아 OOO원(2010사업연도)을 익금산입하고, 청구법인이 자산으로 계상한 OOO원(2012사업연도)을 손금산입하는 것으로 조정하여 법인세를 경정하였다.

(다) 청구법인은 아래와 같은 논거 등을 제시하면서 쟁점시제품의 취득가액이 기술료 대납액이라고 주장한다.

1) 쟁점과제는 청구법인의 목적사업과 관련한 이익만을 위해 수행한 것이 아니라 참여기관이 생산할 풍력발전기의 신뢰도 및 성능 향상에 대한 기술개발을 주된 목적으로 수행된 것으로 참여기관은 무형의 결과물을 취득하게 되어 단순히 참여기관의 역할을 청구법인에게 쟁점시제품을 납품하는 것으로 판단하는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다. 즉, 처분청은 참여기관의 역할을 시제품을 제작하여 청구법인에게 납품하는 단순 위탁업체의 성격으로 오인한 것으로서 쟁점과제의 수행 목적 및 참여기관의 역할을 간과한 것이다.

2) 청구법인이 계상한 쟁점시제품의 가액은 무상으로 수증한 것이 아닌 정상적인 제3자와의 거래로부터 발생한 가액으로, 쟁점과제와 관련한 이 건 협약서 제12조 제1항 단서 및 부속 협약서에 근거하여 쟁점과제 수행시 발생한 시제품을 청구법인에 귀속시키는 조건으로 참여기관이 부담하여야 하는 정부출연금 기술료를 청구법인이 부담하였다. 설령, 거래가액이 현저하게 균형을 잃고 있다 하더라도 그것은 무상에 의한 증여가 아니고 매매이며, 자산 저가양도의 경우에는 취득원가로 자산가액을 계상하였다가 그 자산을 양도하는 시점에서 그 양도차익을 익금으로 보아 과세하는 것으로 정상가액과 유상에 의한 대가와의 차이는 수익항목에 해당하지 않는다.

3) 참여기관이 쟁점과제를 수행하면서 회계적으로 비용(또는 자산)처리된 부분에 대해서 중복으로 청구법인의 자산으로 계상되어야 한다는 과세논리는 한번의 지출로 자산이 양사에 이중으로 계상되는 결과가 초래되므로 이는 기업회계기준 등에 비추어 타당하지 아니하다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제1항 제6호에서 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 하도록 규정되어 있는바, 이 건의 경우 이 건 협약서의 부속서류에 명기된 일반조건(OOO 국산풍력상용화단지 평가기준)에 ‘1단계 사업에 참여한 풍력발전기는 건설이 완료된 이후 주관기업(청구법인)에게 무상으로 양도하여야 한다.’고 기재되어 있어, 이는 청구법인이 쟁점시제품을 사실상 수증받은 것과 동일하므로 참여기관이 수령하여 지출한 정부출연금 및 현물 부담분 모두를 합산한 가액이 쟁점시제품의 적정 자산가액이라고 할 것이어서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 2010년 OOO 1·2호기 계획예방정비공사 중 보일러 최종과열기 튜브를 교체하는 공사를 수행하고 발생한 쟁점금액을 수선유지비(손금)로 처리한 것에 대해서 즉시상각의제로 보아 아래 <표5>와 같이 손금불산입하여 법인세를 경정하였다.

OOO

(나) 처분청은 쟁점금액이 2010.1.1. 현재의 최종과열기 장부가액 대비 1호기 49%OOO, 2호기 42%OOO를 각 차지하는바, 최종 과열기의 튜브를 교체한 것이 단순히 일부 부품을 교체하여 성능을 유지하기 위한 것으로 보기에는 지출한 금액이 과다하고, 이는 장부가액의 5% 이상으로 「법인세법 시행령」 제31조 제3항 제2호에 의하여 수익적 지출로 보는 범위에도 해당되지 않는다는 의견을 제시하고 있다.

(다) 이에 대해 청구법인은 쟁점금액이 2010.1.1. 현재의 최종과열기 취득가액 대비 1호기 18%OOO), 2호기 16%OOO를 차지하여 지출한 금액이 과다하지 아니하고, 쟁점금액은최초 보일러 건설시 사용된 보일러 튜브의 재질 결함으로 인한 손상으로 판단하여 시공사인 OOO에 하자보증을 요청한 결과, 건설시 사용된 보일러 튜브 전량을 교체하는 것으로 결정되어 청구법인이 관련 튜브의 설치비용을 부담하는 조건으로 양사간의 합의를 통해 공사를 수행함에 따라 계획예방정비공사의 일환으로 기계 정비과정에서 발생한 것이라고주장한다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」 제31조 제2항에서 “자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비"로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제17조 제3호에서 ‘기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체’를 자본적 지출에 해당하지 않는 경우로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인이 수행한 보일러 튜브 교체공사는 과열기가 수행하는 증기의 압력 및 온도를 기존보다 높이는 성능향상 또는 과열기 자체의 내용연수를 증가시키는 목적이 아닌 결함에 따라 정상적인 가동이 불가한 시설의 원상을 회복하고 과열기 본연의 성능을 손상 없이 유지하기 위한 수익적 지출의 비용으로 봄이 타당하다고 할 것이어서 처분청이 쟁점금액을 자본적 지출로 보아 즉시상각의제를 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살피건대, 「법인세법 시행령」(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 것) 제162조의2 제1항에서 국내원천소득을 외국법인에게 지급하는 자는 납세지 관할세무서장에게 지급명세서를 제출하도록 규정하고 있고, 단서에서 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득은 제출을 하지 아니할 수 있도록 규정하고 있지만, 비과세ㆍ면제신청서를 제출하지 아니하는 경우는 제외하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인이 2010～2011사업연도에 대한 지급명세서 뿐만 아니라 비과세ㆍ면제신청서도 제출한 사실이 확인되지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2014서968, 2014.7.25. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.