조심 2024서2114 (2024.06.25)

동작세무서장이 청구법인에게 한 2018∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원과 2018년 제1기∼2020년 제2기 및 2021년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(＜표1＞ 참조)의 각 감액경정처분 및 청구법인의 대표이사 A에게 한 2018∼2022년 귀속 소득금액변동통지 합계 OOO원(＜표2＞ 참조)에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.4.19. 개업하여 의약품, 의료용품 도매업 등을 영위하다가 2022.12.31. 폐업하였다.

나. 처분청은 2023.4.27.부터 2023.6.25.까지 청구법인의 2018∼2022 사업연도(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 대한 법인 통합조사를 실시한 결과, 쟁점과세기간 동안 청구법인이 C에 공급가액 OOO원의 매출세금계산서 62매를 발급하고, 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 20매를 수취(이하 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)한 것을 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보아 관련 매출액과 매입액을 부인하고, 대표이사 가지급금 인정이자 누락 금액의 익금산입 등을 하여,

2023.8.17. 아래 ＜표1＞과 같이 2021사업연도 법인세 OOO원, 2022사업연도 법인세 OOO원, 2021년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정ㆍ고지하고, 2023.8.20. 아래 ＜표2＞와 같이 대표이사인 A에게 합계 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

＜표1＞ 부가가치세 등 경정ㆍ고지 내역

＜표2＞ 이 건 소득금액변동통지 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.10. 이의신청을 거쳐 2024.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청에서 청구법인에게 한 2018년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 감액경정과 2018∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원 감액경정 및 대표이사 상여처분금액 OOO원은 취소되어야 한다.

(1) 청구법인의 대표이사 A은 2022년 말 즈음 ㈜B로부터 수취한 매입세금계산서가 부인되어 많은 세금을 추징당하였고, 이로 인해 20여년간 운영해 오던 청구법인을 폐업하게 되었다.

(2) A은 추징된 세금으로 인한 정신적 어려움으로 세무대리인이 보관 중인 청구법인의 자료를 USB에 따로 담아 보관한 뒤 핸드폰 번호를 바꾸고 외부와의 연락을 단절하였고, 처분청의 세무조사 기간 중 연락을 받지 못한 채 세무조사가 종결되었다.

＜A이 제출한 정신과 진단서와 처방전＞

(3) 처분청은 A이 세무조사에 불응하였고, C이 A의 장남 D이 운영하는 회사라는 이유로 쟁점거래를 가공거래로 보았는데, 이는 정당한 근거 없이 세무조사에 불응한 처사에 대해 괘씸죄를 적용한 것으로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 대표이사 A은 고의로 회사의 장부를 파기하고 조사를 기피하였다.

(가) 처분청은 이 건 세무조사 착수일인 2023.4.5. A에게 수차례 통화를 시도하였으나 전화를 받지 않았고, 문자로 세무조사 착수 사실을 알렸으나 회신이 없었으며, 자녀 E와 D(C 대표자)에게도 수차례 전화와 문자를 통해 A과의 통화연결을 요청하였으나 회신하지 않았다.

(나) 처분청은 2023.4.5.과 2023.4.11. A의 주소지(인천광역시 중구 영종도)에 두 차례 방문하였으나 만나지 못해, 2023.4.12. 세무조사 착수사실을 공시송달한 후 2023.4.27.부터 2023.6.23.까지 조사를 실시하였다.

(다) 처분청은 청구법인의 세무대리인에게 청구법인의 장부 등을 제출할 것을 요구하였으나, 세무대리인은 아래와 같이 A이 청구법인과 관련된 모든 장부를 파기할 것을 요청하여 제출할 수 없다고 회신하였다.

＜청구법인의 세무대리인이 회신한 문서＞

(라) 처분청이 2023.4.27.부터 2023.6.23.까지 청구법인의 대표이사 A과 C의 D, F 등에게 연락을 시도한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인 등에 대한 연락 내역 등

(마) 한편, A이 2023.10.10. 이의신청서를 접수하기 위해 조사팀을 찾아왔을 당시, A은 세무조사 사실을 인지하고 있었으나 대응하지 못하였다고 진술하였고, D 역시 아버지인 A이 세무조사를 기피하였기에 본인도 기피할 수밖에 없었다고 진술하였다.

(2) 이 건 세무조사는 구체적인 탈루자료를 바탕으로 비정기 통합조사 대상으로 선정되었는데, 처분청은 청구법인의 대표이사 A이 조사를 회피함에 따라 아래와 같이 과세하였다.

(가) 청구법인의 대표이사 A은 아래 ＜표4＞와 같이 2017년 제2기부터 2018년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 ㈜B로부터 가공세금계산서를 수취한 이력이 있다.

＜표4＞ 과거 ㈜B로부터 수취한 가공세금계산서 내역

＜㈜B의 실행위자 문답내용 발췌＞

(나) 처분청은 청구법인과 C과의 쟁점거래를 건전한 사회통념, 통상적인 상거래 관행, 구체적인 정황, A의 과거 가공세금계산서 수취이력 등을 고려하여 가공거래로 확정하였다.

1) 청구법인은 C과의 거래명세서와 입금내역이 있으므로 실제 거래가 있었으며, 청구법인이 일시적으로 사업장과 창고를 C과 같이 사용하였다는 점과 세무조사에 불응했다는 사실로 쟁점거래를 가공거래로 볼 수 없다고 주장하나,

처분청은 청구법인이 세무조사에 불응하자 2023.6.13. C의 대표자 D(A의 아들)에게 공문으로 쟁점거래와 관련한 거래명세서 등 실제 재화를 공급하였음을 입증할 수 있는 서류를 요청하였으나, D 역시 이를 제출하지 않다가 조사종결 이후 4개월이 지난 현재 거래명세서와 금융거래내역 등을 제시하며 실제 거래가 있었음을 주장하고 있는바, 청구법인이 제출한 자료는 실제 거래가 있었음을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 입증자료로 보기 어렵다.

2) 특히 A은 ㈜B와의 거래에서도 세금계산서와 거래명세서의 내용을 조작한 사실이 있으며, 청구법인이 제출한 거래명세서 OOO원도 추후 OOO원(96건)을 매출할인하여 이를 실제 거래금액으로 신뢰할 수 없다.

＜처분청이 제출한 청구법인 매출거래 명세서(일부 발췌)＞

(다) 처분청은, C이 개업 이후 계속해서 청구법인의 사업장과 창고를 함께 사용하고 청구법인들의 직원들이 C의 업무를 함께 수행한 사실이 확인됨에 따라 해당 경비 등을 부인하였다.

1) 처분청은 C의 사업자등록지인 경기도 안산시 단원구 고잔동과 의약품 허가증에 기재된 경기도 안산시 단원구 초지동에 소재한 창고에 대해 현지확인조사를 실시하였지만 C의 영업장을 확인할 수 없었다.

2) 처분청은 참고인과 거래처 직원의 진술, 내부 메일 등을 확보하여, C이 청구법인의 사업장과 창고를 이용하며 청구법인의 직원들이 C의 업무를 함께 수행하였다는 사실을 확인하였고, C의 대표자 D은 2012년부터 청구법인의 상무로 근무하였으며, A은 거의 출근을 하지 않았다는 사실을 확인하였다.

3) C의 설립 이후 청구법인의 거래처가 C으로 이전된 정황에 비추어 볼 때 청구법인은 의약품 입찰과 경영권 승계 등을 위해 C을 설립한 것으로 추정된다.

4) 청구법인은 C의 직원들의 출퇴근 등을 위해 일시적으로 청구법인의 사업장과 창고를 함께 사용하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 2018년부터 2022년까지의 거래명세서에 C의 연락처(02-849-0***)가 동일한 것으로 확인되어 청구법인의 주장을 신뢰할 수 없다.

(라) 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 ① 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, ② 이익의 귀속 주체, ③ 현실적인 재화의 이동과정, ④ 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단해야 하는바(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결 등 참조),

① 참고인 문답서와 청구법인의 차입내역, 대표이사 A의 급여내역 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 C과의 가공거래로 법인의 자금을 유출하거나 매출을 부풀려 시장지배력을 강화하고 경영권을 승계하고자 한 것으로 보이고 ② 쟁점거래로 A과 D이 이익을 얻었으며 ③ C의 사업장 소재지에 사업장이 없어 실제 재화의 이동이 있었다고 보기 어렵고 ④ C이 타 거래처로부터 매출대금을 입금받고 당일이나 익일에 청구법인에게 대금을 지급하거나, 청구법인의 매입 대금이 C에 입금되면 당일이나 익일에 청구법인에 다시 매출대금 형태로 지급되는 등 매출·매입 대금지급 관계가 정상적이지 않은 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점거래는 실제 재화의 인도가 없는 가공거래로 보인다.

(3) 청구법인은 고의적으로 장부를 파기하고 연락을 받지 않는 등 세무조사를 회피하고도 세무조사 당시 제출하지 않았던 증빙을 사후적으로 제출하여 ‘불이익변경 금지의 원칙’을 악용하고 있는바, 이 건 심판청구가 조사기피자에게 유리한 선례가 되어 ‘조사기피’를 양산시키는 결정례가 되지 않기 위해 기각되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 법인의 폐업으로 대표이사 개인에게 소득금액변동통지를 한 경우 본안심리 대상인지 여부

② 감액경정처분 관련 심판청구가 적법한지 여부

③ 쟁점거래는 실제 거래이고 청구법인은 세무조사를 받지 못했으므로 이 건 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)국세기본법

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.

제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2)국세기본법 시행령

제52조의2【각하 결정 사유】법 제65조 제1항 제1호 마목에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우

(3) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4)법인세법 시행령

제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(5)소득세법 시행령

제192조【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제49조에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령으로 정하는 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 한다. 다만, 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지해야 한다.

② 삭제

③ 삭제

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.

(6) 부가가치세법

제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 C의 기본정보는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인 등 기본정보

(나) 처분청은 세무조사 결과 2018년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2018∼20222사업연도 법인세 합계 OOO원을 감액경정하고 청구법인에게 세무조사 결과통지를 하였다.

＜처분청이 청구법인에게 한 세무조사 결과통지 내역＞

(다) 처분청은 청구법인의 폐업으로 대표이사 A에게 소득금액변동통지를 하였다.

＜대표이사 A에 대한 소득금액변동통지 내역＞

(라) 처분청이 청구법인의 직원과 작성한 문답서의 주요 내용은 아래와 같다.

(마) 처분청이 청구법인의 거래처 중 하나인 ㈜G의 대표자에게 받은 사실확인서의 주요 내용은 아래와 같다.

(바) 청구법인은 쟁점거래처와의 거래가 가공거래가 아니라고 주장하며 거래명세서와 세금계산서 및 매출ㆍ매입 원장을 제출하였다.

＜청구법인이 제출한 거래명세서, 세금계산서 중 일부＞

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①과 관련하여 소득금액변동통지에 관한 심판청구가 적법한지 살펴보건대, 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 외형적으로는 통지의 형식을 빌었으나 그 실질은 법인에게 원천징수하는 소득세의 납세의무를 법률의 규정에 의하여 직접 확정시키는 것이므로 그 법적 성격은 부과처분과 유사한 것으로 볼 수 있어 법인에 대한 소득금액변동통지는 불복대상인 처분으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 이 건 소득금액변동통지와 같이 소득처분을 받은 거주자에 대한 소득금액변동통지는 이로 인하여 구체적인 납세의무를 확정시키는 별도의 관련 규정 등이 없으므로 통지 그 자체에 대해 부과처분의 성격을 가지는 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 단지 소득세 등의 부과처분에 앞서 당해 거주자의 소득금액이 변동되었음을 사전에 통보하는 통지행위에 불과하다 할 것인바, 이 건의 경우 청구법인의 폐업으로 인해 대표이사에게 송달한 소득금액변동통지를 터잡아 제기된 심판청구로 청구법인이 불이익한 처분을 받은 사실이 없고, 또한 심판청구의 대상이 되는 처분도 존재하지 아니한다 할 것이므로 부적법한 청구에 해당되는 것으로 판단(조심 2013서1141, 2013.4.16. 외 다수, 같은 뜻임)된다.

(나) 다음으로 쟁점②와 관련하여 감액경정처분에 대한 심판청구가 적법한지 살펴보건대, 증액경정처분과 달리 감액경정처분이 이루어진 경우, 이는 납세의무자에게 불이익한 것이 아닌 이익이 되는 처분에 해당된다 할 것이므로, 이에 대한 심판청구는 부적법한 청구에 해당되는 것으로 판단(조심 2022중7645, 2023.6.13. 외 다수, 같은 뜻임)된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래는 실제 거래이고 청구법인은 세무조사를 받지 못했으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,

처분청이 제출한 자료에 의하면 청구법인은 이 건 조사기간 중 충분한 소명의 기회가 있었음에도 쟁점거래가 실제 거래임을 입증할 수 있는 자료를 제출하지 않다가 이 건 심판청구를 제기하면서 거래명세서와 세금계산서를 제출한 점, C은 청구법인의 대표이사인 A의 아들이 운영하는 업체로 청구법인과 사무실, 창고, 인력을 같이 사용하고 있었던 것으로 보여, 청구법인이 제출한 거래명세서와 매출ㆍ매입 원장만으로는 쟁점거래가 실제 거래임이 입증되지 않는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

「법인세법」 19조