조심 2012중1425 (2013.01.30)

OOO세무서장이 2011.12.30. 청구법인에게 한 2011.12.30. 2001년 2기 부가가치세OOO 원, 법인세 2001사업연도분 OOO원, 2002사업연도분 OOO 원의 부과처분은 2001년 제2기 과세기간 중 국방시설정보체계구축 프로제트와 관련하여 수취한 공급가액 OOO원 상당의 매입세금계산서상의 매입액을 손금으로 인정하여 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 2001년 제2기 과세기간 중 OOO 주식회사(구, OOO시스템주식회사, 이하 “OOO”라 한다)로부터 국방시설정보체계구축 프로젝트와 관련하여 전산장비 등의 재화를 실제로 공급받지 아니하고 수취한 매입세금계산서 OOO원(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 이 건 거래를 “쟁점거래”라 한다)을 사실과 다른 세금계산서로 보고 이를 ‘사기 기타 부정한 행위’로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 부가가치세 매입세액불공제 및 법인세 손금불 산입하여 2011.12.30. 청구법인에게 2001년 2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. 나. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점거래와 관련하여 OOO을 통하여 국방부에 물품을 납품한 사실에는 처분청과 다툼이 없고 각 거래단계별 거래품목이 정확히 일치하고, 쟁점거래와 관련하여 2001.12.18. OOO에 납품대금 OOO원(부가세포함)이 어음으로 분할(11매)하여 2002.1.29. OOO에서 정상적으로 지급되었고, 이 중 OOO원(5매)의 어음배서경로가 거래흐름과 일치한 것으로 이는 2001.11. 거래당시 관련인들인 OOO의 확인서에 의해 OOO가 청구법인 평택공장에 동 물품을 납품한 사실이 확인되고, 또한, 검찰은 OOO 사이의 거래가 가공거래라는 사실과 OOO와 청구법인 사이의 거래가 가공거래인지 여부는 별개의 문제이고, OOO 대표이사의 가공거래 확인서는 거래관계를 담당하지 않아 그 실체를 모르는 송시섭 이 작성한 것이며, 송OOO이 그 내용을 검찰에서 부인 하 고 있어 가공거래임을 입증하기 부족하므로 쟁점거래는 정상거래이다. (2) 쟁점거래가 OOO로부터 정상적으로 물품을 매입한 실체가 있는 거래로서 가공거래에 해당하지 않기 때문에 ‘사기 기타 부정한 행위’로써 조세를 포탈 하거나 환급·공제를 받는 경우에 해당하지 않았으므로, 국세부과제척기간은 「국세기본법」제26조 2 제1항 제3호 규정에 따라 5년을 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) OOO의 거래 전단계인 OOO 거래 및 OOO 거래가 가공거래로 확인되었으며 각 거래 단계별 품목이 정확히 일치하는 것은 가공거래를 사실거래로 위장하기 위해 서류를 거짓으로 작성한 것으로 볼 수밖에 없으며, OOO 에 지급한 대금이 다시 회수되었는지의 여부는 거래당사자인 OOO가 가공거래임을 확인한 사실만으로도 어음회수여부가 손금으로 인정해야 한다는 주장의 근거는 되지 못하고, OOO 의 송시섭은 OOO가 전산보관 중인 전군시설장비 도입 5차 사업 거래내역서에 근거해 쟁점거래가 가공거래임을 확인하여 준 것이고, 검찰조사과정에서도 쟁점거래가 실제거래라고 진술하거나 확인서의 내용을 부인하지도 아니하였고, 법원 (OOO)도 OOO 의 전 단계 거래처인OOO가 가공매입거래를 인정하였으며, 검찰조사는 형사상 기소하기에 증거가 불충분하다는 것일 뿐으로 이 건 과세처분에 영향을 미치지 못한 것이므로 쟁점거래는 가공거래이다. (2) 청구법인과 OOO 와의 쟁점거래가 가공 거래에 해당되지 않는다는 것은 청구법인의 일방적인 주장이며, 실제 거래로 확인되지 않은 가공거래인 이상 사실과 다른 세금계산서 수취하여 매입세액을 공제를 받은 행위는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하여 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ⓛ OOO 와의 쟁점거래가 실물거래인지 여부 ② 부과제척기간 5년을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 세금계산서 흐름상 쟁점거래 가 가공거래라며 아래와 같은 의견과 관련 증빙 등을 제시하였다. 1) 국방시설 정보체계 구축 프로젝트와 관련하여 청구법인이 발행한 어음의 내역은 아래 <표1>과 같고, OOO 청구법인이 발행한 위 어음 중 ⓛ번 17871080, ②번 17871616, ③번 17871617의 OOO원의 배서내역에 의한 거래 흐름은 세금계산서 흐름과는 달리 청구법인 ⇒ OOO이고, 어음 ⑨번 1781624, ⑩번 1781625의 OOO원의 배서내역에 의한 거래 흐름은 청구법인 ⇒ OOO ⇒ OOO로서 청구법인은 발행한 어음 5매(17871080, 17871616, 17871617, 1781624, 1781625)의 배서내역에 따라 OOO와의 쟁점거래가 실제 거래라고 주장하나, 청구법인이 발행한 어음(17871080, 17871616, 17871617) 의 배서내역에 의한 거래 흐름에 따르면, OOO가 OOO로부터 공급가액 OOO원의 실제 매입이 있어야 하나, OOO와의 거래분 OOO과의 거래분 OOO원의 매입을 가공매입으로 인정한 사실이 법원(OOO, 2011.2.17.)이 확인하였고, 이는 OOO로부터 재화를 구입하지 아니하고 어음배서를 한 후 OOO에 교부한 것임을 시인한 것으로 어음배서 내용 자체가 허위임이 입증된 것으로 청구법인이 어음의 배서내역에 근거하여 실거래임을 주장하는 것은 허위인 어음배서내역으로 실거래임을 주장하는 것인바, OOO로부터와의 거래가 정상거래라는 주장은 신빙성이 없고, 결재대금을 약속어음 11매로 분할하여 지급한 이유에 대하여는 OOO의 어음보다 신용도가 높은 청구법인의 약속어음을 선호하였고 일부 장비의 독점적 공급할 수 있는 위치에 있었기 때문에 OOO의 요구에 따를 수밖에 없었다고 하나, 청구법인이 OOO에 청구법인이 발행한 어음 중 어음배서내용이 확인된 5매(17871080, 17871616, 17871617, 1781624, 1781625) OOO원이 청구법인의 특수관계법인인 엘지CNS(구. 엘지 EDS)에 귀속되었고, 청구법인의 주장대로라면 어음을 34억4,704만원과 OOO원 2매로 발행하였어야 하는 것이 청구법인의 주장에 합당한 것이고, OOO가 일부 장비의 독점적으로 공급할 수 있는 위치에 있었다고 하면, 독점적 납품권에 합당하는 이익이 OOO에 귀속되었어야 하나, 쟁점거래와 관련하여 OOO의 이익은 OOO원으로 매출액 OOO원(공급가액)의 0.5%밖에 되지 않는다는 것이어서 독점적 납품에 따른 이익을 취할 수 없었던 OOO의 입장을 증명하는 것이다. 또한, 이 건과 관련하여 OOO원에 전산장비를 매입한 후 OOO에 OOO원에 매출하였고, OOO 은 OOO로부터 OOO원에 전산장비를 매입한 후 OOO에 OOO원에 매출함으로 아무런 이익도 없이 매입·매출을 하였다는 것은 처음부터 정상적인 거래가 아닌 가공거래를 의도한 것이라는 점을 입증하는 것으로 쟁점거래는 위장거래가 아닌 가공거래로서 손금으로 인정될 수 없다. 2) 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임을 과세관청이 부담하는 것이 원칙이라는 주장에 대하여는 어음의 배서내역상 기재된 업체들의 거래가 가공거래임이 확인된 사실과 OOO(대표이사 조OOO)가 가공거래임을 시인한 확인서에 의해 사실과 다른 세금계산서에 해당됨을 입증하였 으며 처분청이 청구법인의 실제 거래처까지 확인하여야 할 의무는 없 고, 청구법인은 OOO의 아래 확인서는 당시 쟁점거래 실체를 모르는 송시섭이 작성한 것으로 검찰조사과정에서 송OOO이 그 내용을 부인하고 있어서 OOO의 확인서는 효력이 없다고 주장하나, 송OOO은 OOO가 전산보관중인 전군시설장비 도입 5차 사업 거래내역서에 근거해 쟁점거 래가 가공거래임을 확인하여 준 것이고 검찰조사과정에서도 쟁점거래 가 실제거래라고 진술하거나 확인서의 내용을 부인하지 않았다. 또한, 처분청은 제3자로부터 무상으로 공급받아 납품하였다거나 청구법인이 물품대금을 회수되었다고 한 사실은 없으며 다만 무상으로 공급받아 납품하였거나 회수되었을 가능성의 여부에 대하여 언급을 한 것일 뿐 확인된 사실은 아니며, 이는 처분청의 부과처분의 근거가 아니며, 처분청은 매입사실 여부가 확인되지 않는 이상 쟁점거래는 가공 거래로서 매입원가를 인정할 수 없다는 이유로 부과처분을 한 것이라 며, 국방부 전산납품가공거래흐름도 및 거래내역, OOO부가가치세결의서, 판결문(OOO), 소명서(OOO), 거래질서관련조사종결보고서(OOO세무서장, OOO), 조세범칙조사종결복명서, 조세범칙조사심의요구사유서, 고발서(OOO검찰청), 전말서(청구법인 박OOO), 문답서(OOO 경영관리팀장 송OOO) 등을 제출하였다. 가) 확인서(2011.1. OOO 대표이사 조OOO)를 보면 OOO는 국방시설정보체계구축 프로젝트와 관련하여 2001년 제2기에 OOO주식회사로부터OOO원과 주식회사 OOO으로부터OOO원의 가공매입세금계산서를 수취하여 청구법인에게 OOO원 상당의 가공매출거래를 하였다고 기재되어 있다. 나) 쟁점 거래의 전 단계 거래 관련 법원판결문(OOO, 2011.2.17. 국패)을 보면, 쟁점거래의 전 단계 거래처인 OOO가 동종 IT업계의 거래관행에 따라 외형부풀리기 형태로 가공세금계산서를 수수한 것으로 2001년 제2기 부가가치세 과세기간 중OOO으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하여 (주)OOO에 같은 금액인 공급가액 OOO원의 세금계산서를 교부하고 부가 가치세 신고 시 다른 매출세액과 매입세액에 합산하여 신고한데 대하 여 성남세무서장이 위와 같이 가공세금계산서를 교부 및 발행하고 동일한 금액의 가공세금계산서를 수취하여 본세(부가가치 세)의 추징없이 가산세만 부과하는 경우 국세부과제척기간을 10년 으 로 적용할 수 있는지 여부에 대하여 우리 원( 조심 2010중1028, 2010.8.25.)은 이를 ‘사기 기타 부정한 행위’로 보아 “기각”결정하였으나, OOO법원은 부과제척기간 5년을 적용하여 “국패”를 선고한 것으로 나타난다. 다) 소명서(2009.10. OOO주식회사)를 보면, OOO주식회사는 국방시설정보체계 구축 프로젝트와 관련하여OOO주식회사 외 4개 업체(OOO원)로부터 2011.11.27. OOO원의 가공매입세금계산서를 수취(어음지급)하여 동 금액에 OOO원(2001사업연도 수익계상, 사내유보)을 붙여 2011.11.26. OOO원의 가공매출세금계산서를 OOO에 발행·교부(어음수령)하여 거래를 하였다고 기재되어 있다. 라) 거래질서관련조사종결보고서(2011.1. OOO)를 보면, OOO세무서장은 쟁점거래의 전 단계 거래인 OOO원)와 OOO원)이 OOO와의 거래에 대하여 조사를 실시하여 이를 가공거래로 확정하고 관련 자료를 처분청에 통보한 것으로 나타난다. 마) 문답서(2011.12.7. OOO 경영관리팀장 송OOO, 처분청 공무원 이OOO)의 주요내용은 아래와 같다. OOO (나) 청구법인은 아래와 같은 이유로 쟁점거래가 정상거래라고 주장한다. 1) 쟁점거래인 국방부 납품 흐름은 상용소프트웨어와 PC 등(플로터·프린터·스캐너)의 품목, 규격, 상품명, 수량이 모두 동일하게 ‘OOO ⇒ - - - ⇒ OOO ⇒ 청구법인 ⇒ OOO’ 순으로 납품된 사실이 확인되며 그 거래의 금액도 확인되나, OOO의 전 단계 거래는 청구법인이 알 수 없는 사항으로서 확인이 불가능하다. 2) 물품대금 지급확인은 2001.12.18. OOO에 납품대금 OOO원(부가가치세 포함)을 어음으로 분할(11매) 하여 지급하였고, 이 중OOO원(5매)의 어음배서경로가 상기 거래흐름과 일치하고 있으며, 동 물품대금은 2002.1.29. OOO은행(서수원지점)에서 정상적으로 지급되었다. 3) 2001.11. 거래당시 OOO 공공사업분야 영업부장 김OOO, 청구법인 OOO웅 차장, OOO팀장은 OOO가 OOO에 동 물품을 납품한 사실을 확인하였다. 4) 검찰은 OOO 등과 OOO 사이의 거래가 가공거 래라는 사실과 OOO와 청구법인 사이의 거래가 가공거래 인지 여부는 별개의 문제이고, OOO 대표이사의 가공거래 확인서는 거래관계를 담당하지 않아 그 실체를 모르는 송시섭이 작성한 것이고, 위 송OOO이 그 내용을 부인하고 있어 본건 거래가 가공거래임을 입증하기 부족하며, 이 건의 경우 청구법인이 OOO로부터 발급받은 세금계산서에 의한 매입세액 공제와 국방부에 납품한 매출실적에 의한 납부세액을 모두 신고하였고, OOO 또한 쟁점세금계산서에 의한 납부세액을 신고·납부한 사실이 인정되어 피의자들의 조세포탈의 고의를 인정하기 어렵다 하였고, 위와 같이, OOO에게 납품한 물품들과 OOO가 청구법인에게 공급한 물품들의 품목, 규 격, 상품명, 수량이 모두 일치하고 어음배서 경로도 이와 동일하므 로, OOO가 OOO로부터 본건 거래 물품을 공급받는 과정에서의 구체적 경로에 대하여는 알 수 없으나, 청구법인이 이 물품들을 OOO로부터 공급받아 OOO을 통하여 국방부에 납품한 것이라며, 거래단계별 납품상세내역, 확인서(김OOO), 녹취록, OOO검찰청 불기소내역서 등을 제출하였다. 가) 거래단계별 납품상세내역은 아래 <표2>와 같다. OOO 나) 불기소결정서(2012.2.28. 2011형제51619호, OOO검찰청)의 주요내용을 보면, 고발인 OOO세무서 조사관 이OOO은 청구법인의 국방부 전산장비 납품과 관련하여 물품대금지급을 위한 세금계산서는OOO⇒OOO⇒청구법인 순으로 발행되었으며, 그에 따른 대금은 청구법인⇒OOO⇒OOO 순으로 지급되었는데, 그중 OOO가 청구법인에 발행한 OOO원 OOO원 상당의 세금계산서 가운데 OOO원이 허위의 세금계산서라는 취지로 주장하며, 그 근거로 OOO 대표이사 조OOO의 확인서, OOO작성 소명서, OOO세무서의 거래질서관련조사종결보고서, OOO 소송판결문(OOO)을 제시하였고, 청구법인의 피의자들(박OOO)은 쟁점거래가 진성거래이나 세무서와 협상하여 매입, 매출 모두를 가공으로 인정받았다고 하는 OOO 경영관리팀장 송OOO과의 녹취록을 제출하고, OOO로 행정소송을 청구하여 국가가 패소판결을 받은 사실에 근거하여 OOO 간의 거래가 가공매입인 사실이 확인되어 OOO와 청구법인과의 거래도 가공거래라는 고발인 측 주장에 대하여, 위 판결은 OOO으로부터의 매입거래가 실제로 존재하였는지 여부에 대하여는 판단을 한 바 없고, 오히려 위 거래가 가공거래라는 세무서의 주장을 그대로 받아들이더라도 매출거래와의 공급가액이 동일한 이상 부가가치세의 포탈이나 부정환급·공제가 없었으므로 국세기본법상 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당하지 않게 되어 제척기간이 5년이 도과되었다고 판단한 것에 불과하다고 주장하고, 참고인 송OOO은 본 건 거래를 담당하지 않았던 본인으로서는(송OOO은 2001.1.1.부터 2005.6.경까지 OOO의 OOO사업본부에서 근무하였고 그 후 경영관리업무를 담당하고 있어 본 건 거래의 실체관계에 대하여 알지 못하는 위치에 있었음) 세무서 조사관이 매입, 매출 모두 가공으로 과세를 하겠다고 하면서 가공임을 확인하는 확인서를 작성해 달라고 하여 본 건 거래가 가공거래였다는 확인서를 작성해 준 것인데, 청구법인 입장에서는 국방부에 실제 물건을 납품한 것이고 그 물건은 OOO를 경유해서 간 것이기 때문에 세금계산서가 발행되었던 것이고 세금계산서대로 대금이 결재된 것이라고 진술하고, 참고인 조OOO은 1988.~2010.경까지 OOO에서 근무하였고, 1999년부터 2002년경까지 국방시설통합정보시스템 개발프로젝트의 기반체계팀장을 맡아 기술분야 리더 역할을 수행하였는데, 2001 국방부 물품조달사업에서 OOO가 개발한 응용프로그램과 구축자료를 청구법인이 국방부와 계약해서 납품할 주전산기 등에 설치하고 테스트해서 전국 군부대에 납품할 수 있도록 하였으며, 당시 청구법인 OOO공장에서 약 1주일동안 청구법인 및 OOO 엔지니어들과 공동으로 작업을 수행하였고, 다른 소속회사 엔지니어는 없었던 것으로 기억한다고 진술하고, 참고인 이OOO은 OOO의 영업부장으로 10년 전 상황을 정확하게 기억하기는 어렵지만OOO가 어음배서되어 있다는 것은 당시 거래관행으로 보아OOO의 매출실적을 부풀리기 위한 것일 수도 있다는 취지로 진술한 바, OOO 등과 OOO 사이의 거래가 가공거래라는 사실과 OOO와 청구법인 사이의 거래가 가공거래인지 여부는 별개의 문제이고, OOO 대표이사 확인서는 거래관계를 담당하지 않아 그 실체를 모르는 송OOO이 작성한 것이고, 송시섭이 그 내용을 부인하고 있어 본 건 거래가 가공거래임을 입증하기에 부족하다고 기재되어 있다. (다) 살피건대, 쟁점거래는 세금계산서상의 거래흐름과 어음유통경로상의 거래흐름이 일치하지 아니하나, OOO세무서장은 쟁점거래의 당사자인 OOO에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점거래의 선행단계의 거래인 OOO원)와 OOO원)이 OOO와의 거래에 대하여 가공거래로 판단하여 확정·통보하였고, 이에 대하여 위 당사자인 OOO와 OOO가 당해 거래가 가공거래임을 공식적으로 인정한 점, 쟁점거래의 선행거래 중 하나인 OOO의 거래분 OOO원과 OOO과의 거래분 OOO원의 거래를 가공매입으로 인정된 사실이 법원판결(OOO, 2011.2.17.)자료에 의해 간접 확인되는 점에서 OOO 사이에는 실물거래가 없었던 것으로 보이는 점, OOO이 직원 송OOO은 최초 진술시 OOO에 물품을 보관할 장소자체가 없기에 물품을 보관했다 납품하는 것을 불가능하고, 국방정보시스템 구축프로젝트에서 OOO의 역할은 보안 및 파일복구 파일을 구입하여 납품한 것이라고 구체적으로 진술한 점, 검찰조사에서 참고인 OOO의 조기현은 OOO가 개발한 응용프로그램과 구축자료를 청구법인이 국방부와 계약해서 납품할 주전산기 등에 설치하였으며, 당시 청구법인의 OOO공장에서 약 1주일 동안 청구법인 및 OOO 엔지니어들과 공동으로 작업을 수행하였을 뿐, OOO 등 다른 소속회사 엔지니어는 없었다고 진술한 점 등에서 OOO와의 쟁점거래는 정상적인 거래가 아닌 것으로 보이는 점에서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서 보아 관련 부가가치세를 경정한 처분은 잘못이 없어 보인다. 다만, 쟁점거래와 관련하여 국방부에 물품을 납품한 사실에 대하여는 처분청과 이견이 없고, 각 거래단계별 거래 품목이 서로 일치하고, 쟁점거래 관련 납품대금 OOO원 중OOO원의 어음배서경로가 거래흐름과 일치하는 점, 검찰조사에서 참고인 OOO은 OOO가 개발한 응용프로그램과 구축자료를 청구법인이 국방부와 계약해서 납품할 주전산기 등에 설치하였으며, 당시 청구법인의 OOO공장에서 약 1주일동안 청구법인 및 OOO엔지니어들과 공동으로 작업을 수행하였다고 구체적으로 진술한 점, 검찰은 쟁점거래와 관련하여 청구법인의 박OOO에 대하여 혐의 없음으로 처분한 점 등에 비추어 보아 쟁점거래의 실물거래처가 OOO는 아닐지라도 OOO 등 제3의 거래처에서 실물이 매입되었을 것으로 보이는 점에서 2001년 제2기 과세기간 중 국방시설정보체계구축 프로제트와 관련하여 수취한 쟁점세금계산서상의 매입액은 청구법인의 손금으로 인정하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점거래가 OOO 로부터 정상적으로 매입한 실체가 있는 거래로서 가공거래에 해당하지 않기 때문에 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈 하거나 환급·공제를 받는 경우에 해당하지 않았으므로 국세부과제척기간은 「국세기본법」제26조 2 제1항 제3호 규정에 따라 5년을 적용하여야 한다고 주장하고, 처분청은 청구법인과 OOO 와의 거래가 정상적으로 매입한 실체가 있는 거래로서 가공 거래에 해당되지 않는다는 것은 청구법인의 일방적인 주장이며, 실제 거래로 확인되지 않은 가공거래인 이상 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 받은 행위는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하여 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다는 의견이다. (나) 살피건대, 쟁점ⓛ에서 살펴본바와 같이 쟁점거래가 OOO와의 실물거래라고 인정하기는 어려운 점이 있으나, 엘지CNS 등 제3의 거래처에서 실물이 매입되었을 것이어서 이는 위장거래로서 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에 규정하는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당된다고 할 것이므로 처분청이 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(국심 2001서3204, 2002.6.15. 같은 뜻임). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.