조심 2019서3783 (2021.06.25)

OOO세무서장이 ＜별지2＞ 기재와 같이 OOO 및 OOO 주식회사 OOO와 OOO 주식회사에게 한 2009년 제1기∼2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2009∼2017사업연도 법인세 합계 OOO원의 각 과세처분 및 OOO지방국세청장이 OOO 주식회사 OOO에게 한 2009년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지 처분은 1. 해당 2009년 귀속 소득금액변동통지 처분을 취소하고, 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가.청구법인 주식회사 OOO(대표이사는 OOO이고 이하 “OOO”이라 한다)은 OOO부터 통신장비 제조업을 영위하고 있고, 청구법인 주식회사 OOO(대표이사는 OOO이고 이하 “OOO”이라 한다), 청구법인 OOO 주식회사(대표이사는 OOO을 거쳐 OOO이 재직 중이고 이하 “OOO”이라 한다), 청구법인 주식회사 OOO(대표이사는 OOO을 거쳐 OOO이 재직 중이고 이하 “OOO”이라 한다), 청구법인 OOO 주식회사(대표이사는 OOO이고 이하 “OOO과 합하여 “쟁점사업장”이라 한다), 청구법인 OOO주식회사(대표이사는 OOO이고 이하 “OOO”이라 한다), 청구법인 주식회사 OOO (대표이사는 OOO이고 이하 “OOO과 합하여 “쟁점1거래처”, 쟁점사업장과 합하여 “쟁점사업장등”, 쟁점사업장등과 OOO을 합하여 “청구법인들”이라 한다)는 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 컴퓨터 및 주변기기 도ㆍ소매업 등을 영위하였거나 영위하고 있다. ＜표1＞ 쟁점사업장등의 사업자등록 내역 OOO 나.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO 기간 동안 청구법인들에 대한 조세범칙조사(당초 법인통합조사에서 OOO 유형전환되었고, 그 전환 전의 조사대상이 2013∼2017사업연도이었다가 그 후에 2009∼2017 사업연도로 확대되었다)를 실시한 결과, 아래와 같은 이유로 청구법인들의 부가가치세 및 법인세를 경정하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 OOO에 대한 것) 및 OOO(쟁점사업장등에 대한 것) ＜별지2＞ 기재와 같이 청구법인들에게 2009년 제1기∼2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2009∼2017사업연도 법인세 합계 OOO원을 각각 경정ㆍ고지하였다. (1)조사청은 2010년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 OOO에 새로운 청사를 신축하는 것 및 같은 소재지의 다른 청사를 OOO로 이전하는 것) 중 통신공정 부문(OOO이 해당 군사업에 대하여 시공사인 OOO 주식회사로부터 계약기간이 2010년 3월∼2011년 2월인 것을, 시공사인 주식회사 OOO로부터 계약기간이 2010년 8월∼2012년 12월인 것을 각각 하도급받은 것이고 이하 “쟁점군사업”이라 한다)과 관련하여 아래 ＜표2＞ 및 ＜별지3＞ 기재와 같이 청구법인들 상호 간에 또는 청구법인들과 제3자 간에 재화(통신장비) 및 용역(해당 재화의 장애수리 및 유지보수 등)을 공급하거나 공급받은 것으로 하여 수수된 공급가액 합계 OOO원 상당의 세금계산서 (청구법인들이 발급받은 것은 OOO원 상당으로 이하 이를 “쟁점1매입세금계산서”라 하고, 청구법인들이 발급한 것은 OOO원으로 이하 이를 “쟁점1매출세금계산서”, 쟁점1매입 세금계산서와 합하여 “쟁점1세금계산서”라 하며, 이와 관련한 거래를 “쟁점1거래”라 한다)가 ‘공급자가 다른 세금계산서(OOO이 직접 실공급자인 위 제3자로부터 재화ㆍ용역을 공급받을 수 있었음에도 그 소속 임원인 OOO이 쟁점사업장을 설립하고 쟁점1거래처를 이용하여 불필요하게 쟁점1거래에 끼워 넣었다는 것)’에 해당한다는 이유로 관련한 부가가치세 매입세액의 공제(모든 청구법인들에 해당한다) 및 공급가액 상당의 손금산입(쟁점사업장등에 해당한다)을 부인하여야 하는 것으로 보았다. ＜표2＞ 쟁점1세금계산서 내역 OOO (2)조사청은 OOO이 2009년 제1기∼2017년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ＜별지3＞ 기재와 같이 매입처 OOO(주식회사 OOO 및 다른 매입처 4곳이고 이하 전자의 4곳을 “쟁점2거래처”라 한다)로부터 재화를 공급받은 것으로 하여 수수된 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입세금계산서(이하 이 중 쟁점2거래처와 관련한 OOO원 상당의 것을 “쟁점2매입세금계산서”, 이와 관련한 거래를 “쟁점2거래”라 한다)가 실물거래 없이 수수된 세금계산서에 해당한다는 이유로 관련한 매입세액의 공제 및 그 공급가액 상당의 손금산입을 부인하고 이들 세금계산서 중 2009년 발급분의 공급대가가 대표이사인 OOO에게 귀속된 것(상여로 소득처분)으로 보아 위 과세자료의 통보와 더불어 OOO에게 2009년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다. 다.청구법인들은 이 건 처분 중 쟁점1세금계산서 및 쟁점2매입 세금계산서에 대한 것에 불복하여 2019.9.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인들 주장 (1)쟁점1세금계산서는 실지거래로 수수된 정당한 것으로 보아야 하고, 설령 이에 대하여 과세하더라도 그 국세부과제척기간은 5년으로 보아야 한다. (가)쟁점1세금계산서 중 공급가액 합계 OOO원OOO 상당은 쟁점군사업과 관련한 실지거래로 수수되었다. 1)쟁점1세금계산서 중 ＜별지4＞ 기재의 것[OOO이 발급한 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서(이하 “쟁점1-2매출세금계산서”, 쟁점1매출세금계산서 중 이를 제외한 것을 “쟁점1-1매출세금계산서”라 한다) 및 OOO이 발급받은 공급가액 OOO원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점1-2매입세금계산서”, 쟁점1매입세금계산서 중 이를 제외한 것을 “쟁점1-1매입세금계산서”, 쟁점1-1매출ㆍ매입세금계산서를 합하여 “쟁점1-1세금계산서”, 쟁점1-2매출ㆍ매입세금계산서를 합하여 “쟁점1-2세금계산서”라 한다)]을 제외한 나머지는 쟁점군사업과 관련하여 수수되었다. (쟁점군사업의배경)OOO은 OOO부터 쟁점군사업의 기본설계에 참여하고 쟁점외시공사를 지원하는 등 쟁점군사업에 참여하기 위한 준비를 하다가 2010년 4월 그 본격적인 참여를 위해 OOO을 설립하였으나 시공사의 협력사로 등록하기 위한 조건(최근 3회계연도의 재무제표를 갖추고 관련한 거래실적이 있어야 한다는 것)을 갖추지 못하여 그 조건을 갖춘 기업과의 업무제휴가 필요하여서 그러한 기업을 물색하다가, OOO월 중 쟁점군사업과 관련한 위험을 OOO이 부담하기로 하는 내용으로 OOO과 업무제휴(OOO과 OOO의 역할, 수익의 분배 등에 관한 것)를 체결한 다음, OOO이 쟁점군사업의 원도급자 (OOO 주식회사 등 시공사)와 하도급계약을 체결하였다. (쟁점사업장의 설립 경위)쟁점군사업은 군사보안에 따라 이에 공급되는 재화의 품목ㆍ수량이 노출될 경우 심각한 보안문제가 야기되어서 국방부훈령에서 관련한 정보에 관한 보안을 유지하도록 규정하고 있는바, 쟁점군사업의 발주처(국방시설본부 담당자)가 OOO에게 쟁점군사업의 공급대상인 재화의 품목ㆍ수량에 관한 보안을 유지하도록 OOO 외에 각 거래단위 별로 별도의 공급자와 거래하도록 요청하였고 이에 따라 쟁점군사업 하도급의 실질사업자인 OOO이 실질 대표자인 쟁점사업장을 설립한 것이다. (쟁점군사업의실제사업자)이처럼 OOO이 쟁점군사업 (하도급)의 주체라는 사실은 OOO이 OOO에 입사(OOO.)하기 전인 OOO 본인 명의의 전재산을 금융기관 대출금(쟁점군사업을 위한 사업의 목적으로 받은 OOO 상당의 것)의 담보로 제공한 것(만약 OOO이 그 주체가 아니었다면 이러한 담보의 제공을 하지 않았을 것이다)을 통하여 입증된다. (OOO 입사 경위) OOO은 당초 OOO에 입사할 의사가 없었으나, OOO이 대형거래처(대기업, 금융기관 등)로부터 수주를 할 수 있도록 도와달라는 대표이사인 OOO의 요청을 받아 OOO에 입사하였고, 그 당시 단기간 동안만 근무하고자 하였으나 그 입사 후 매출이 증가한 공로를 인정받아서 현재까지 근무하고 있다. (쟁점1거래처와의거래)OOO과 OOO은 쟁점군사업과 관련한 재화 중 일부(외국법인인 OOO로부터 수입하는 서버, 보안ㆍ백업장치 등)의 경우 그 재화만을 공급하였을 뿐 그 장애처리ㆍ유지보수를 할 인력이 없었고 공급한 재화의 장애를 즉시 해소하지 않을 경우 반품 등으로 큰 손실이 예상되었는바, OOO과 더불어 쟁점군사업의 사전준비를 하였다는 기여가 있었을 뿐만 아니라 위 재화와 같은 품목에 대한 장애처리ㆍ유지보수의 경험이 많았던 쟁점1거래처와의 거래가 반드시 필요하였다(OOO는 OOO 등과, OOO은 OOO 등과 각각 거래한 경험이 있었다). (검찰의불기소처분)조사청은 검찰에 사실과 다른 세금계산서의 발급 혐의로 쟁점사업장등(각 대표이사 및 실질대표자 OOO 포함)을 고발하였으나, 검찰은 이에 대하여 불기소처분(혐의 없음)을 하였다. 2)처분청의 의견은 아래와 같이 부당하다. ①쟁점군사업이 OOO년 기간 중 진행되었으나 그 계약 등의 주요 부문은 OOO년(당초 계약기간)에, 쟁점1거래 등의 부수적인 부문은 OOO년(발주처의 사정으로 계약연장된 기간)에 각각 진행되었는바, 조사청으로서는 전자에 대한 조사로 거래당사자 및 관련 거래의 법률관계를 확인했어야 하나 당초 조사시(세무조사의 범위 확대 전) OOO년 기간을 조사대상으로 하여서 OOO의 신분변동을 알지 못하였고(조사청은 이에 따라 OOO이 OOO의 부사장으로서 OOO의 이익을 인출하기 위해 쟁점1ㆍ2거래라는 불필요한 거래를 끼워넣은 것으로 본 것이다), 쟁점군사업의 특수성(하도급을 잘못할 경우 보안상 큰 위험이 초래된다는 것)을 오인하였다(조사청은 이에 따라 쟁점군사업을 단순한 재화의 공급으로 보았다). ②처분청은 실공급자가 조사당시 조사청에게 쟁점1거래의 상대방이 OOO 등 쟁점사업장이 아니라 OOO으로 보인다는 관련인의 진술을 근거로 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 것으로 보았으나, ㉠^#56192;^#57140;해당 진술은 실공급자가 세무조사에 대한 부담 및 실제 거래내용을 잘못 기억한 것에 기인하는 점, ㉡^#56192;^#57140;실공급자의 거래상대방이 쟁점사업장임을 입증할 자료(발주서, 견적서 등)가 다수 존재하는 반면에 위 진술을 뒷받침할 만한 자료는 없는 점 등을 감안할 때, 처분청의 의견은 부당하다. ③처분청은 OOO 등 쟁점사업장의 실체가 없다는 의견이나, 이는 조사청이 쟁점사업장이 제3자와 한 거래(OOO이 OOO 주식회사와 한 것 등) 및 쟁점사업장과 소속 임직원 간의 근로관계를 조사하지 않고 쟁점사업장의 실체가 없다고 본 조사결과에 따른 것이어서 근거과세의 원칙에 반한다. ④처분청은 OOO 외의 OOO 소속 직원(OOO)도 본인 명의의 자산을 담보로 제공하였다는 이유로 OOO의 담보제공이 쟁점군사업의 주체임을 뜻하는 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 위 직원의 담보제공은 쟁점군사업 하도급의 계약 등 주요 행위가 이루어진 OOO년 이후인 OOO년에 개정된 OOO의 내부 규정(OOO년에 제정된 것으로 그 이전에는 없었다)에 따른 것이어서 OOO이 OOO에 입사하기 전인 OOO 한 담보제공과 비교할 수 없다(그럼에도 불구하고 각 담보제공을 서로 동일한 것으로 본 것은 앞서 제시하였듯이 조사청이 주요 행위의 시행 후인 OOO년 이후의 외관만으로 거래당사자 및 관련 거래의 법률관계를 오인하였기 때문이다). ⑤처분청은 OOO 소속의 OOO가 OOO이 한 행위와 동일한 방법으로 법인세를 포탈하였다는 의견이나, 이들이 한 행위는 OOO이 한 것과 거래구조가 상이한 등 무관하다. (나)쟁점1세금계산서 중 공급가액 합계 OOO원OOO 상당의 쟁점1-2세금계산서는 쟁점군사업 외의 실지거래로 수수된 정당한 것이다. 쟁점1-2세금계산서는 앞서 제시한 쟁점군사업의 경위와 같은 거래로 수수된 것으로, 쟁점군사업의 사전준비를 위한 거래(2010년 창설된 OOO에 재화를 공급한 것), 쟁점군사업의 부산물 및 용역(OOO이 보유한 전문용역)의 공급에 대한 것이고, 그 발급일 후 오랜 기간(5년∼10년)이 지나서 모든 증빙을 제시할 수는 없으나 보관 중인 증빙자료(위 관제센터 재화 공급과 관련하여 주매입처인 OOO로부터 수취한 견적서 및 관련한 계약, 위 용역제공과 관련한 인건비ㆍ퇴직금 지급내역 및 4대 보험 가입서류 등)로 해당 거래의 실제성이 입증된다. (다)(예비적으로) 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다. OOO은 OOO년(43세로 인생의 중요한 전환점이었다) 직장을 퇴사한 후 오랜 동안 준비를 하여서 쟁점군사업의 하청을 시작하였으나 그 이후의 예측하지 못한 사정(쟁점군사업의 지연, 발주처의 요청에 따른 쟁점1거래의 발생, OOO의 입사 등)이 발생하여 단지 과세관청이 보기에 통상적이지 못한 거래를 한 것일 뿐, 과세관청으로 하여금 조세의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위를 한 사실이 없으므로 설령 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아 과세하더라도 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다. (2)쟁점2매입세금계산서는 실지거래로 수수된 정당한 것으로 보아야 하고, 설령 그렇지 않아서 이에 대해 과세하더라도 그 국세부과제척기간은 5년으로 보거나 이 건 조사 중 그 대상기간을 확대한 것은 위법한 것으로 보아야 한다. (가)쟁점2매입세금계산서 일부는 실지거래로 수수된 정당한 것이다. 쟁점2거래처 중 주식회사 OOO은 OOO년 외국법인으로부터 재화를 수입(OOO회에 걸쳐 OOO원 상당의 메모리 제품 등 네트워크 장비의 수입)하여 OOO에 공급하였고 OOO이 이를 매출처(주식회사 OOO)에 공급한 후 관련한 대금이 모두 수수된 점, 검찰이 해당 사실을 인정하여 관련한 형사사건(조사청이 OOO의 대표이사인 OOO을 상대로 검찰에 고발한 것) 중 해당 부분에 대해 무혐의로 처분한 점(조사청도 해당 사실을 인정하였음) 등을 감안할 때, 쟁점2매입세금계산서 중 OOO이 주식회사 OOO으로부터 수취한 것은 정당한 세금계산서로 보아야 한다. (나)(예비적으로) 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다. 어떠한 행위가 세법상 부정행위에 해당하는지 여부는 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여 판정하여야 하고, 그 입증책임은 과세관청이 부담하는 것인바, 앞서 제시하였듯이 검찰이 관련한 형사사건에서 혐의없음을 이유로 불기소처분을 한 점, 달리 처분청에서 OOO이 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 사실을 입증하지 못한 점 등을 감안할 때, 설령 쟁점2매입세금계산서 전부를 사실과 다른 것으로 보아 과세하더라도 5년의 국세부과 제척기간을 적용하여야 한다. (다)(예비적으로) 조사 착수 후 그 대상기간의 확대는 위법하다. 「국세기본법」 제81조의9 제1항에서 원칙적으로 조사진행 중에는 세무조사의 범위를 확대할 수 없도록 규정하고 있는바, 조사청은 OOO이 당초 조사기간(OOO사업연도)을 벗어난 자료 제출에 대한 동의를 하지 않았음에도 조사기간을 임의로 확대(OOO사업연도)하여 그 조사결과에 근거하여 이 건 과체처분을 한 것이므로 이 건 과세처분 중 위법하게 확대된 조사기간(OOO사업연도)에 대한 것은 위법하다. (라)(예비적으로) 2009년 귀속 소득금액변동통지는 위법하다. 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기도 전에 이루어진 소득금액변동통지는 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효인바, 조사청이 OOO 이 건 세무조사의 결과통지를 한 후 과세전적부심사청구나 그에 대한 결정이 있기도 전인 OOO 이 건 소득금액변동통지를 한 것은 무효이다. 나. 처분청 의견 (1)쟁점1세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 하고, 이에 대한 국세부과제척기간은 10년으로 보아야 한다. (가)쟁점1세금계산서의 전부가 사실과 다른 세금계산서이다. 1)쟁점1세금계산서는 OOO이 쟁점1거래로 축적한 이익을 OOO에서 유출할 목적으로 수수된 것이다. ①건설공사하도급계약서, 실공급자(최초 공급자인 OOO 주식회사, OOO 등)에 대한 조사결과 및 OOO의 이메일ㆍ거래명세표 등을 보면 쟁점군사업의 상대방은 OOO으로 그 소속 직원(OOO 등)이 실공급자에게 쟁점군사업에 관한 발주 및 업무지시를 한 것이 나타나는 반면에, 쟁점군사업의 상대방이 OOO임을 입증할 구체적ㆍ객관적인 증빙자료(계약서, 견적서 등)가 제출되지 않은 점을 감안하면, 쟁점군사업은 OOO의 사업으로 보아야 한다. ②㉠쟁점사업장은 쟁점군사업기간 중에 위법한 방법 (대표이사의 명의 위장, 주식의 명의신탁, 직원 급여의 가공지급 등)으로 설립되었으나 사업에 필요한 인적ㆍ물적시설이 없는 서류상의 회사임이 확인된 점, ㉡쟁점사업장 명의의 세금계산서가 OOO의 사무실에서 발급된 점 등을 감안할 때, 쟁점사업장은 쟁점1거래의 당사자(OOO으로부터 쟁점군사업의 일부를 재하청받은 경제적 주체)가 아니라 도관으로 보아야 한다. ③㉠OOO의 대표이사 OOO는 조사 당시 조사청에게 OOO 소속의 OOO이 거래관계상 우월적인 지위에서 세금계산서를 발급하도록 요청하여서 그 발급이 되었을 뿐 실제로 거래를 한 사실이 없다고 진술하였고, 이러한 정황이 포함된 이메일이 확인되었으며 그 내용대로 세금계산서가 발급된 점, ㉡^#56192;^#57140;OOO의 대표이사 OOO은 OOO의 대학교 동문으로 쟁점1거래의 실지거래 방법에 대한 진술을 수차례 번복하였고 쟁점1거래가 실지거래가 아님은 OOO 소속 직원의 진술로 확인된 점, ㉢^#56192;^#57140;쟁점1거래 중 OOO과 쟁점1거래처 간의 거래가 실지거래임을 입증할 구체적ㆍ객관적인 증빙자료가 제출되지 아니한 점, ㉣^#56192;^#57111;OOO이 쟁점군사업의 유지보수용역의 입찰에서 탈락한 점(다른 사업자가 낙찰되었다) 등을 감안할 때, 쟁점1거래처는 쟁점1거래의 당사자로 참여한 사실이 없는 것으로 보아야 한다. 2)청구법인들의 주장은 아래와 같이 이유 없다. ①청구법인들은 OOO이 본인 명의의 재산을 담보로 제공하였다는 이유로 쟁점군사업이 OOO이 아니라 OOO의 사업임이 뒷받침된다고 주장하나, ㉠OOO이 OOO 기간 동안 이미 OOO으로부터 급여 및 경비를 수취하였고(OOO 명의의 예금계좌 거래내역으로 입증된다) 업무자료(대표이사 OOO이 사용하는 컴퓨터에 수록된 ‘2010년 영업팀’ 파일 내에 수록)가 있음을 감안하면 OOO이 담보제공 및 OOO 정식 입사하기 전에 이미 OOO의 직원으로 근무한 것으로 보아야 하는 점, ㉡ OOO의 다른 임원OOO도 OOO과 동일하게 자신의 재산을 담보로 제공한 점 등을 감안하면, 청구법인들의 주장은 받아들이기 어렵다. ②청구법인들은 쟁점군사업의 실제 당사자가 OOO이 아니라 OOO이라 주장하나, ㉠쟁점군사업의 당사자가 OOO 또는 쟁점사업장이라는 증빙이 제출되지 않은 점, ㉡쟁점군사업을 낙찰받기 위해서는 발주자의 평가조건(과거 사업실적, 기술자의 보유, 정보통신공사에 관한 면허ㆍ유지보수 능력, 신용등급 등)에 부합하여야 하나 쟁점사업장은 해당 조건에 전혀 부합하지 않는 반면에 OOO은 이에 부합하는 점, ㉢OOO이 네트워크 구축의 핵심인 OOO 장비를 취급할 수 있는 당사자OOO이어서 쟁점군사업의 당사자가 될 수 있었으나 쟁점사업장은 OOO의 당사자가 아닌 점 등을 감안할 때, 쟁점군사업의 당사자는 OOO이고, OOO은 OOO 소속의 담당자(OOO 입사 전 재직하였던 주식회사 OOO에서도 쟁점군사업과 유사한 군사업을 담당하였다)로 보아야 한다. ③청구법인들은 쟁점군사업에 공급되는 재화의 품목ㆍ수량이 군사보안에 해당하여서 발주처의 요청으로 해당 재화를 쟁점사업장으로 분산하였다고 주장하나, ㉠발주처인 OOO이 OOO에게 재화의 분할 공급을 위한 법인의 설립을 요청하였다는 청구주장을 입증할 증빙자료가 제출되지 않은 점, ㉡해당 재화의 제원, 구성 등이 OOO의 공사 공고 및 해당 공사참여자들에게 교부된 시방서를 통해 광범위하게 공유되었음을 감안하면 해당 재화의 품목ㆍ수량이 군사보안에 해당되는 것으로 보기 어려운 점, ㉢설령 쟁점군사업에 공급된 재화를 쟁점사업장을 통해 분산하였다 하더라도 결국 OOO에 해당 재화가 공급된 점, ㉣OOO이 OOO년 이후 계속하여 군사보안이 필요한 사업의 업무를 담당하여 왔으나(OOO 입사 전에는 주식회사 OOO 소속이었다) 쟁점사업장 외에는 군사보안 사유로 재화의 분할 공급을 위한 법인의 설립이 없었던 점 등을 종합하여 보면, 청구법인들의 주장을 받아들이기 어렵다. 3)쟁점1-2세금계산서가 실제거래로 수수된 것으로 볼 수 없다. ①OOO은 사업장 및 직원이 없는 페이퍼컴퍼니로 조사되었고, OOO년(설립연도) 과세관청에 소속 임직원으로 신고된 사람은 OOO의 배우자인 OOO 뿐이었음을 감안하면 사업상 독립하여 OOO에 용역(전산장비의 유지보수 및 전산공사 등)을 공급하는 등의 거래를 한 것으로 보기 어려운 점, ②청구법인들은 조사기간 중 조사청에게 쟁점1-2세금계산서가 실지거래로 수수되었다는 내용의 소명 및 증빙자료(OOO의 관련 매입 내역, 금융증빙 등)를 제출하지 않은 점[특히 쟁점1-2세금계산서 중 OOO이 OOO에게 발급한 것(OOO원 상당)의 세금계산서 수수흐름(OOO 주식회사 ⇒ OOO ⇒ OOO ⇒ 주식회사 OOO 및 주식회사 OOO)상 OOO의 매입내역 및 대금지급 내역이 확인되지 않음] 등을 감안할 때, 쟁점1-2세금계산서도 실제 거래당사자가 아닌 도관이 개입된 거래로 수수된 것으로 보아야 한다. (나)10년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다. 청구법인들은 과세관청이 쟁점1거래와 관련한 사실과 다른 세금계산서의 수수 및 이에 따른 법인세 포탈 등을 포착하지 못하도록 부정한 방법으로 쟁점사업장을 설립하고 쟁점1거래처와 공모하여서 위 법인세 포탈 등을 하였고, 이는 부정행위에 해당하므로 쟁점1세금계산서에 대한 국세부과제척기간은 10년으로 보아야 한다. (2)쟁점2매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 하고, 이에 대한 국세부과제척기간은 10년이며, 이 건 조사 중에 그 대상기간을 확대한 것 및 이 건 소득금액변동통지는 적법하다. (가)쟁점2매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이다. ①OOO이 OOO과 자료상을 거쳐 OOO과 OOO 간의 거래대금을 회수한 사실이 금융거래내역 및 거래처(주식회사 OOO 대표이사 OOO)의 진술을 통하여 확인되는 점, ②실제거래사실은 OOO이 입증하여야 하나 그렇지 못한 점 등을 감안할 때, 쟁점2거래는 가공거래로 보아야 한다. 한편 청구법인들은 이 건과 관련한 형사사건에서 검찰이 무혐의 처분한 사실을 근거로 이 건 처분도 취소되어야 한다고 주장하나, 형사법과 세법은 서로 법리, 입증책임 등이 다르므로 검찰의 불기소처분이 있었다 하여 이는 세법에 따른 과세처분을 판단함에 있어 별개인 점, 검찰의 이 건과 관련한 형사사건에 대한 불기소처분은 형사소추를 위한 증거부족 및 공소시효의 완성에 따른 것이지 쟁점2거래를 정상거래로 인정한 것은 아닌 점(앞서 제시하였듯이 조사청은 조사 당시 OOO과 OOO 간에 실제로 거래가 있었음을 확인하지 못하였다) 등을 감안할 때, 청구주장을 받아들이기는 어렵다. (나)10년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다. 청구법인들은 과세관청이 쟁점2거래와 관련한 사실과 다른 세금계산서의 수수 및 이에 따른 법인세 등의 국세 포탈을 포착하지 못하도록 치밀하고 적극적인 방법으로 차명계좌를 사용(매출처로부터 배우자ㆍ장인 명의의 예금계좌로 거래대금을 받아 매입처에 송금하면 해당 매입처 소속 직원이 소액의 현금으로 출금하여 OOO 명의의 예금계좌 등에 입금한 것)하였고 종전 세무조사(OOO년 OOO세무서장이 한 것) 당시 사문서를 위조하여 증빙자료로 제출하였으며 이는 세법상 부정행위에 해당하므로 쟁점2매입세금 계산서에 대한 국세부과제척기간은 10년으로 보아야 한다. (다)이 건 조사 착수 후 그 대상기간의 확대는 적법하다. 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의10 제2호에서 명백한 세금탈루 혐의가 있는 조사대상 과세기간의 특정항목이 다른 과세기간에도 있어 동일ㆍ유사한 혐의가 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 있도록 규정하고 있는바, 조사청은 그 착수 당시 OOO의 OOO사업연도에 대해서만 조사하고자 하였으나 조사과정에서 다른 사업연도 (OOO사업연도)에 대해서도 동일한 세금탈루혐의(OOO의 허위 세금계산서 수수)가 있을 것으로 의심되어 그 과세기간에 대한 조사가 필요하여서 적법한 절차(조세범칙심의위원회의 심의 등)를 거쳐 조세범위를 확대한 것이므로 그 위법성에 관한 청구법인들의 주장은 이유 없다. (라)2009년 귀속 소득금액변동통지는 적법하다. 조사청은 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제2호 및 「소득세법 시행령」 제192조 에 따라 청구법인에게 과세예고통지를 생략하고 OOO년 귀속 소득금액변동통지(OOO의 대표이사인 OOO과 임원인 OOO에 대한 상여처분 관련)를 하였으나, 관련한 판례(법인세 부과처분과 소득금액에 따른 소득금액 변동통지가 별개의 처분이므로 설령 법인세 포탈에 관한 형사고발을 하였더라도 이는 소득금액변동통지와 무관하여서 해당 소득금액변동 통지에 대해서는 과세전적부심사 청구의 기회를 부여하여야 한다는 대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결)에 따라 절차적인 하자를 치유하기 위하여 2021.1.25. 부과제척기간이 지난 2009년 귀속분을 제외한 나머지를 취소(감액통지)하고 과세예고통지를 하였으나, 2009년 귀속분(OOO에 대한 것)은 10년의 국세부과제척기간이 도과하였을 뿐만 아니라 국세부과제척기간 특례의 적용대상도 아니어서 나머지 귀속연도분과 같은 절차(취소 후 과세예고통지 등)를 거치지 못하므로 처분청이 청구법인에게 해당 2009년 귀속 소득금액변동통지를 한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ①쟁점1세금계산서가 쟁점군사업과 관련하여 수수된 정당한 세금계산서이고, 설령 이에 대하여 과세하더라도 일반적인 국세부과제척기간(5년)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 ②쟁점2매입세금계산서(OOO원)중 일부(OOO원)가 실제거래로 수수된 정당한 것이고, 설령 이에 대하여 과세하더라도 일반적인 국세부과제척기간(5년)을 적용하거나 이 건 과세처분 중 위법하게 확대된 세무조사대상인 것을 취소하여야 하며, 이 건 소득금액변동통지가 위법하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : ＜별지5＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 처분청이 제출한 조사종결보고서 및 조사범위확대ㆍ유형전환 통지서를 보면, 조사청은 OOO을 조사대상자로, 나머지 청구법인들을 관련인으로, 조사대상기간을 OOO사업연도로 하여 법인통합조사에 착수하였다가, OOO 앞선 조사대상기간의 가공거래 혐의가 연결되어 있다는 이유로 조세범칙조사로 전환하면서 그 조사대상기간을 OOO사업연도로 확대한 것으로 나타나고, 하단에 OOO의 대리인(OOO)이 위 통지서를 수령하였다는 내용이 수기로 기재되어 있다. (나) 쟁점1거래(쟁점1세금계산서) 관련 1)조사청은 다음과 같은 관련인의 진술 및 증빙자료를 근거로 쟁점군사업의 당사자를 OOO으로 보았다. - 다 음 - ①OOO 체결된 건설공사하도급계약서를 보면, 쟁점군사업 중 일부(OOO)의 당사자가 OOO인 것(OOO이 원사업자인 OOO 주식회사로부터 해당 사업을 하도급받았다)으로 나타난다(OOO 각 체결된 채권양도계약증서ㆍ계약 변경합의서에도 같은 취지로 기재되어 있다). ②실공급자의 진술 및 OOO의 내부문서 ㆍ(OOO 주식회사 대표이사 OOO에 대한 참고인 진술조서) 진술인이 쟁점사업장(OOO)에 쟁점군사업 중 OOO과 관련한 장비(OOO)를 공급하면서 OOO과 거래하였으나 OOO의 부사장인 OOO의 요청으로 매출세금계산서를 OOO이 아니라 쟁점사업장의 명의로 발급한 것으로 진술하였다. ㆍ(OOO 대표자 OOO가 작성한 확인서) 진술인이 쟁점사업장(OOO)에 쟁점군사업 중 OOO과 관련한 용역(폐기물처리, 청소용역 등)을 제공하면서 OOO 소속인 OOO를 통하여 거래하였으나 OOO의 요청으로 매출세금 계산서를 OOO이 아니라 쟁점사업장의 명의로 발급한 것으로 진술하였다. ㆍ(OOO 주식회사 소속 직원 OOO에 대한 참고인 진술조서) OOO에게 재화(OOO)를 공급한 해당 법인 소속 OOO이 매출세금계산서를 발급하였던 쟁점사업장(OOO)과 거래한 사실이 없었던 것으로 진술하였다. ㆍ(OOO 소속 직원인 OOO가 내부보고한 이메일) OOO가 ‘OOO이 OOO 주식회사로부터 재화를 매입할 예정’임을 보고한 것으로 나타난다. 2)조사청은 다음과 같은 관련인 진술 및 사실관계 등을 근거로 쟁점사업장을 인적ㆍ물적 자원이 없는 페이퍼컴퍼니로 보았다. - 다 음 - ①관련인의 진술 ㆍ(OOO에 대한 2차 심문조서) OOO은 사무실 (공유사무실에 사업자등록을 하였다) 및 설비(집기, 비품, 시설장치 등)가 없고, 소속 임직원들(대표이사 OOO, 직원인 OOO)이 실제로 수행한 업무가 없었던 것으로 진술하였다. ㆍ(OOO에 대한 5차 심문조서) OOO의 실제대표자인 OOO은 OOO의 사업장이 없고 명의상 대표이사이자 처형인 OOO이 간혹 은행업무를 하였을 뿐 직원들이 출근한 사실이 없는 것으로 진술하였다. ㆍ(OOO에 대한 6차 심문조서) OOO은 OOO 및 OOO의 사업장이 없고 모친인 OOO을 직원으로 등재하였을 뿐 실제로 출근한 직원은 없으며, 실제로 근무하지 아니한 친족들(배우자인 OOO, 처형인 OOO, 처남인 OOO, 이외의 친족인 OOO)을 OOO의 직원으로 등재하여 급여를 지급한 것으로 진술하였다. ②조사청은 쟁점사업장의 사업자등록 상의 사업장이 공유사무실 또는 OOO의 주소지 등이고 물적 자원(컴퓨터 등 비품, 기계장치, 차량운반구, 재화의 보관을 위한 창고 등)이 없어서 쟁점사업장을 독립된 사업자로 볼 수 없는 것으로 보았고, 처분청은 쟁점사업장이 쟁점1거래 기간(OOO년) 중 많은 매출이 발생하다가 OOO년 이후 급격히 감소하여 현재 휴면 또는 사실상 폐업상태라는 의견이다. ③‘세금계산서 발행 요청’이라는 제목의 이메일을 보면, OOO의 명의상 대표이사인 OOO이 발급일, 품목, 수량, 금액(공급가액)을 정하여 매출세금계산서의 발급을 요청한 것으로 나타나나, OOO 조사청이 OOO을 상대로 작성된 심문조서를 보면 OOO은 매형인 OOO의 부탁으로 대표이사로 등재되었을 뿐 OOO에 근무한 사실이 없는 것으로 진술하였으며, 법인세 신고 내역에 의하면 OOO이 OOO년말 현재 재고가 없고 OOO월 기간 중 매입이 없었던 것으로 나타남에도 같은 기간 동안 매출세금계산서를 발급하였다. ④조사청은 쟁점1세금계산서 중 쟁점사업장이 발급한 전자세금계산서와 OOO이 발급한 것의 각 발급장소(컴퓨터 주소인 OOO 동일), 랜카드 고유번호, CPUㆍ 저장매체 고유번호가 서로 동일한 것으로 보았다. 3)조사청은 다음과 같은 관련인 진술 및 증빙자료를 근거로 쟁점1거래처가 쟁점1거래에 참여하지 아니한 것으로 보았다. - 다 음 - ①(OOO의 대표이사 OOO에 대한 심문조서) ㉠ OOO가 재화의 매출ㆍ매입없이 OOO 및 쟁점사업장(OOO)과 쟁점1세금계산서 중 자신이 당사자인 것을 수수하였고, ㉡ OOO이 전산장비 유지보수의 하청을 받았다면 자신이 해당 용역을 수행하였을 것이나 그러지 아니하였던 것으로 진술하였다. ②‘세금계산서 발급 요청’이라는 제목의 이메일을 보면, OOO이 OOO에게 발급일, 항목, 수량, 금액(공급 가액)을 정하여 매출세금계산서의 발급을 요청한 것으로 나타나고, 관련한 전자세금 계산서를 보면 위 요청대로 그 발급이 된 것으로 나타난다. ③(OOO 기간 중 4차례에 걸쳐 실시된 OOO의 대표이사 OOO에 대한 심문조서) OOO 1차 심문시 쟁점군사업 중 OOO은 직원 등(직원 OOO 및 대학생 3명)을 임시로 고용하여 OOO 청사 (OOO 소재)에서 컴퓨터를 검수한 것으로, OOO은 직원들(OOO)으로 하여금 다른 장소(OOO 소재의 창고 및 공사현장)에 전산장비를 운송ㆍ설치한 것으로 진술하였다가, OOO 2차 심문시 OOO은 자기 혼자서 컴퓨터를 검수한 것으로 진술을 번복하였고, OOO 3차 심문시 OOO의 운송ㆍ설치 주체가 소속 직원들이 아니라 납품업체인 것으로 진술을 번복하였으며, OOO 4차 심문시 OOO의 운송ㆍ설치 주체가 납품업체가 아니라 자기 자신인 것으로 다시 진술을 번복하였다. ④ (OOO 소속 직원들에 대한 참고인 진술) OOO은 OOO을 알거나 수행한 사실이 없고 OOO 청사에 출입한 사실도 없다고 진술하였고, OOO은 OOO을 알거나 수행한 사실이 없으며 창고ㆍ공사현장에 출입한 사실이 없다고 진술하였다. 4)조사청은 다음과 같은 사실 및 증빙자료를 근거로 OOO을 독립된 사업자가 아니라 OOO의 소속 임원(부사장이자 OOO본부장)으로 보았다. - 다 음 - ①OOO 기간 중 OOO 명의의 금융거래 내역에 의하면 OOO이 OOO으로부터 급여, 경비 등 명목의 송금을 받은 것으로 나타나고, 처분청은 이를 근거로 OOO이 OOO에 실제로 근무한 시기는 금융기관 대출을 위한 담보제공 시점(OOO)의 전이므로 해당 담보제공을 이유로 OOO이 OOO과 독립하여 쟁점군사업을 한 것으로 볼 수 없다는 의견이다. ②조사청은 OOO의 임원인 OOO이 OOO에게 자신의 거주주택(OOO 소재의 공동주택)을 담보로 제공한 것으로 보았고, 처분청은 이를 근거로 OOO의 담보 제공 사실이 OOO의 사규에 따른 것이었을 뿐이지 OOO과 독립하여 사업을 영위한 것으로 볼 수 없다는 의견이다. 5)조사청은 OOO이 OOO년 이후 계속하여 군사보안이 필요한 사업의 업무를 담당하여 왔으나(OOO 입사 전에는 OOO년 사실상 폐업한 주식회사 OOO 소속이었다) 쟁점사업장 외에는 군사보안 사유로 재화의 분할 공급을 위한 법인의 설립이 없었다는 등의 이유로 쟁점군사업에 공급될 재화의 품목ㆍ수량의 군사보안 유지 목적으로 쟁점사업장을 설립하였다는 청구주장을 신뢰할 수 없는 것으로 보았다. 6)조사청은 ㉠OOO이 페이퍼컴퍼니인 점, ㉡관련한 거래사실에 관한 소명 및 입증이 제시되지 않은 점, ㉢특히 OOO이 OOO에게 공급한 거래(OOO 주식회사 ⇒ OOO ⇒ OOO ⇒ 주식회사 OOO 및 주식회사 OOO)의 매입 및 대금수수 내역이 확인되지 아니한 점 등을 이유로 쟁점1-2세금계산서를 사실과 다른 것으로 보았다. (다) 쟁점2거래(쟁점2매입세금계산서) 관련 1) 조사청은 OOO이 쟁점2거래처 중 주식회사 OOO의 실제 대표자이고, 금융거래내역을 확인하여 OOO이 OOO, 주식회사 OOO으로 하여금 자료상[나머지 쟁점2거래처 (주식회사 OOO) 및 주식회사 OOO 등]으로부터 허위의 매입세금계산서를 수취하도록 한 다음, 그 매입대금 상당액을 본인 명의의 예금계좌 또는 차명계좌(배우자 및 장인 명의의 것)로 회수한 것으로 보았다. 2)거래처인 주식회사 OOO의 대표이사 OOO에 대한 OOO 1차ㆍ OOO 2차 심문조서를 보면, OOO은 쟁점2거래 중 자신이 당사자인 것에 대하여 실물거래 없이 세금계산서를 수수하고 OOO 명의의 예금계좌 등에 거래대금을 되돌려주었던 것으로 진술하였고, 각 심문조서를 보면 관련한 금융거래내역이 첨부되어 있다. (라)조사청은 OOO에게 OOO년 귀속 합계 OOO원(쟁점1세금계산서 및 쟁점2매입세금계산서와 관련한 OOO의 OOO년 귀속 상여 합계 OOO원 및 쟁점1세금계산서와 관련한 OOO의 OOO년 귀속 상여 합계 OOO원)의 소득금액변동통지를 하였다가, OOO 이중 이 건 소득금액변동통지(쟁점2매입세금계산서와 관련한 OOO의 OOO년 귀속 상여 OOO원에 대한 것)를 제외한 나머지를 취소하였다. (2) 청구법인들이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 쟁점1거래 관련 1)청구법인들은 쟁점군사업의 발주처(OOO)의 예산부족으로 인한 공사중단으로 실제공사기간이 당초 계약기간보다 연장되었다고 주장하면서 원도급자인 시공사(주식회사 OOO 등)의 공문 등을 제출하였고, 이를 보면 쟁점군사업 중 일부(OOO)의 공사기간 종료일이 당초 OOO이었으나, 설계변경에 따른 공사계약변경 (OOO과 OOO 주식회사 간에 체결된 것)으로 OOO로 연장되었다가, OOO 현재 발주처의 예산부족으로 공사가 중단된 상태인 것으로 나타난다. 2)청구법인들은 OOO이 쟁점군사업에 참여하기 위하여 그 기본설계에 참여하였다고 주장하면서 관련한 검찰불기소 처분 내역의 해당 부분 및 관련한 설계업체의 공문 등을 제출하였다. 3)청구법인들은 OOO이 시공사의 협력사 등록조건을 갖추지 못하여서 부득이 하게 해당 조건을 갖춘 OOO과 업무제휴를 하였다고 주장하면서 협력업체 일반등록 안내서(시공사인 OOO 주식회사가 작성한 것이고 시행일은 미기재), 이메일(OOO주식회사가 견적의뢰에 관하여 보낸 것으로 보이는 것) 및 청구법인들의 소명서를 제출하였다. 4)청구법인들은 OOO이 독립된 사업자로서 쟁점군사업을 영위하고 관련한 책임을 부담하였다고 주장하면서 OOO 금융기관, OOO 및 OOO 간에 작성된 근저당설정계약서 및 관련한 등기부등본를 제출하였고, OOO 소속 다른 임원인 OOO의 담보제공(OOO)과 OOO의 금융담보제공은 서로 구별되며 이는 OOO의 관련한 사규(OOO 내부규정)에서 OOO 제정된 당시에는 관련 규정이 없다가 OOO년 개정 후 임원(사업본부장이고 OOO과 OOO은 각 담보제공 당시 모두 이에 해당하였다)의 연대보증규정이 신설되었다고 주장하면서, 위 사규가 제정된 당시의 표지(OOO이 기재되어 있다) 및 OOO년 개정시 추가되었다는 부분(제13조이고 신규거래처와의 거래시 사업본부장의 연대보증을 하는 등의 담보가 필요하다는 내용이다)을 제시하였다. 5)청구법인들은 쟁점군사업이 군사보안규정상 공급되는 재화의 품목ㆍ수량이 노출되어서는 안 된다는 발주처의 요청으로 쟁점사업장을 설립하였다고 주장하면서, 쟁점군사업의 개요, OOO의 관련 부분, 처벌에 관한 법률규정(요약) 및 언론기사(전산관련 기밀누설에 관한 것)를 제출하였다. 6)청구법인들은 쟁점사업장이 쟁점군사업의 당사자로서 실제 쟁점1거래를 하였다고 주장하면서 쟁점사업장과 거래상대방 간에 수수한 발주서 등 4건을 제출하였다. 7)청구법인들은 OOO이 쟁점군사업 외에도 제3자와 한 거래가 있고 쟁점1-2세금계산서와 관련한 거래가 쟁점군사업의 사전준비 및 그 부수거래(부산물 및 용역의 공급)에 관한 것이라고 주장하면서, OOO이 거래처로부터 수취하였다는 견적서 1부 및 관련한 계약, 위 용역제공과 관련한 퇴직금 지급내역 및 4대 보험 가입서류를 제출하였다. (나)청구법인들은 쟁점2거래 중 OOO과 주식회사 OOO 간의 거래가 실지거래라 주장하면서 수입실적증명서 (OOO년 주식회사 OOO의 수입 내역에 대한 것으로 보이는 것) 등을 제출하였다. (3) 청구법인들은 OOO의 쟁점군사업에 관한 배경(학력, 경험 등), 쟁점2거래와 관련한 증빙(주식회사 OOO이 수수한 거래처 원장, 거래명세서 등) 및 매입ㆍ매출 내역(OOO원 상당의 재화를 수입하여 OOO에 재화대금 OOO원 및 기술지원 등 용역대금 OOO원 합계 OOO원 상당에 공급하였다는 것) 등을 추가로 제출하였고, 처분청은 청구법인들의 주장이 조사 당시와 달라서 신빙성이 없다(조사 당시 조사청에게 쟁점2매입세금계산서 중 주식회사 OOO이 OOO에게 발급한 OOO원 중 OOO원만을 정당한 것이라 소명하였고 주식회사 OOO의 매입액에 진성거래분과 가공거래분이 혼재되어 있어서 그 비율대로 매출액 OOO원 중 OOO원 상당을 정당한 것으로 인정하였으나 이 건 심판청구시에는 그 전부를 정당한 것으로 주장한 것) 등의 의견을 추가로 제시하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점1세금 계산서가 쟁점군사업과 관련하여 수수된 정당한 세금계산서이고, 설령 이에 대하여 과세하더라도 일반적인 국세부과제척기간(5년)을 적용하여야 한다고 주장하나, 아래와 같은 이유로 청구법인들의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 1)청구법인들은 OOO과 독립한 사업자인 OOO이 쟁점군사업을 수행할 목적으로 쟁점사업장OOO을 설립하고 쟁점군사업에 공급된 재화의 유지보수 등에 관한 전문성이 있는 쟁점1거래처(2개 법인)와 쟁점1거래를 하면서 쟁점1세금계산서를 수수하였고 검찰이 관련한 조사청의 고발사건에 대하여 불기소처분을 한 것으로 이러한 사실이 뒷받침된다고 주장하나, 조사청에서 쟁점사업장이 물적ㆍ인적 설비가 없는 사실상 페이퍼컴퍼니이고 OOO 외에 제3의 사업자가 재화의 유지보수용역을 낙찰받아서 쟁점1거래처가 쟁점1거래에서 할 역할이 없었던 것으로 조사한 반면에, 쟁점사업장의 설립 필요성(군사보안을 이유로 하는 발주자의 요청으로 재화의 품목ㆍ 수량 등이 노출되지 아니하도록 하는 것)이 있었고 쟁점1거래처가 특정 재화(외국법인인 OOO로부터 수입한 서버 등)의 유지보수 등을 담당하였다는 청구주장이 구체적ㆍ 객관적으로 입증되지 아니한 점(특히 쟁점군사업의 발주처가 OOO에게 재화의 분할 공급을 위한 법인의 설립을 요청하였다는 청구주장을 입증할 증빙이 제출되지 아니하였다), 검찰의 수사는 형사범죄의 요건 성립 여부를 가리는 절차이므로 검찰의 불기소 처분된 사실이 있다 하여 이를 곧바로 세법에 근거한 과세요건 성립에 대한 반증으로 삼기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점1거래는 OOO이 실공급자들로부터 직접 쟁점군사업과 관련한 재화 등을 공급받은 것으로 봄이 합리적이라 할 것이므로 쟁점사업장등을 쟁점1거래의 당사자로 하여 수수된 쟁점1-1세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하다 하겠다(쟁점군사업의 사전준비 및 부수거래로 수수하였다는 쟁점1-2세금계산서는 앞서 쟁점군사업의 주된 거래인 쟁점1거래 및 쟁점1-1세금계산서가 사실에 부합한지 여부에 대한 입증이 되지 아니한 것으로 본 이상 정당하게 수수된 것으로 보기 어렵다). 2) 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호, 제1호의2 및 제3호에서 국세는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 끝난 후에는 부과할 수 없으나 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년간 국세를 부과할 수 있고(제1호), 특히 납세자가 해당 부정행위로 「부가가치세법」 제60조 제3항 및 제4항에 따른 가산세 등의 부과대상이 되는 경우에도 10년간 해당 가산세를 부과할 수 있도록(제1호의2) 규정하고 있고, 위 규정의 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것인바, 앞서 쟁점사업장등이 쟁점1거래에 개입한 합리적인 사유가 없었던 것으로 본 이상, OOO이 소속 임원인 OOO으로 하여금 쟁점1거래에 쟁점사업장을 설립하고 쟁점1거래처를 끼워넣었다는 처분청의 의견이 타당한 것으로 보이고, 이를 통해 OOO이 쟁점1매입세금계산서와 관련한 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받는 등 국가의 조세수입이 감소하였으므로 이 건 과세처분에 대한 국세부과제척기간은 10년을 적용하는 것이 타당하다. (나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점2매입 세금계산서(OOO원) 중 일부(OOO원)가 실제거래로 수수된 정당한 것이고, 설령 이에 대하여 과세하더라도 일반적인 국세부과제척기간(5년)을 적용하거나 이 건 과세처분 중 위법하게 확대된 세무조사대상인 것을 취소하여야 하며, 이 건 소득금액변동통지가 위법하다고 주장하나, 아래와 같은 이유로 소득금액변동통지의 위법ㆍ무효 주장 외의 나머지 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 1)청구법인들은 쟁점2매입세금계산서 중 OOO이 주식회사 OOO으로부터 발급받은 것이 수입실적증명서, 거래명세서 등의 증빙으로 실제거래에 따라 수수된 사실이 입증되므로 그 공급가액의 전부(공급가액 OOO원 중 조사청이 조사 당시 실제거래분으로 인정한 OOO원 외의 나머지인 OOO원 상당)를 실제거래분으로 인정하여야 한다고 주장하나, 주식회사 OOO이 수입(매입)하여 OOO에 공급(매출)하였다는 재화의 공급가액이 OOO배(OOO원 상당의 재화를 수입하여 OOO에 재화대금 OOO원 및 기술지원 등 용역대금 OOO원 합계 OOO원에 공급하였다는 것) 이상에 이르는 것은 설령 그 기술지원 등의 용역이 포함되어 있다 하더라도 지나치게 높아서 합리적인 경제인 간의 거래로 인정하기 어렵고 달리 해당 거래의 정당성을 입증할 증빙(비교대상 거래가 포함된 가격산정내역서 등)이 제시되지 아니한 점, 조사청이 주식회사 OOO의 매입액 중 진성거래분 및 실물거래 없는 가공거래분이 혼재되어 있어서 이중 진성거래분의 비율(OOO)대로 매출액 OOO원 중 OOO원 상당을 정당한 것으로 인정한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점2매입세금계산서 중 OOO이 주식회사 OOO으로부터 발급받은 공급가액 OOO원 상당의 것은 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하다. 2)조사청에서 쟁점2거래처가 쟁점2거래대금을 차명계좌 등(OOO의 대표이사인 OOO 명의의 예금계좌 및 OOO의 배우자ㆍ장인 명의의 예금계좌)에 송금하는 방법으로 OOO에게 돌려주었고, OOO이 종전 세무조사(OOO년 OOO세무서장이 한 것)에서 위조된 증빙자료를 제출한 것으로 조사하였고 이는 적극적인 부정행위로 보이는 점, OOO이 쟁점2매입세금계산서와 관련한 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받는 등 국가의 조세수입이 감소한 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 과세처분에 대한 국세부과제척 기간은 10년을 적용하는 것이 타당하다. 3) 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의10 제2호에서 명백한 세금탈루 혐의가 있는 조사대상 과세기간의 특정항목이 다른 과세기간에도 있어 동일ㆍ유사한 혐의가 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 있도록 규정하고 있는바, 조사청의 조사대상기간 연장(당초 OOO사업연도 ⇒ OOO사업연도)은 동일한 세금탈루 혐의(OOO의 사실과 다른 세금계산서 수수)에 기인한 것이므로 조세대상기간의 위법성을 다투는 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 4) 「국세기본법」 제81조의15 제1항 본문 및 제1호에서 제81조의12에 따른 세무조사결과 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있도록 규정하면서, 같은 조 제2항 제2호에서 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니하도록 하는 예외를 규정하고 있고, 과세관청이 과세전적부심사의 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것이므로 그 절차상 하자가 중대ㆍ 명백하여서 무효라고 할 것(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결)인바, 조사청은 이 건 세무조사결과통지일(OOO)부터 30일이 되는 OOO까지의 기간이 지나기 전인 OOO에 OOO의 과세전적부심사청구 또는 그에 대한 결정이 없었음에도 이 건 소득금액변동통지의 처분을 하였으므로 해당 처분은 위 조항에 따른 절차의 위법이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 심판청구 내역 OOO ＜별지2＞ 이 건 과세처분(단위 : 원) OOO ＜별지3＞ 쟁점1ㆍ2(매입)세금계산서 등 내역(단위 : 원) OOO ＜별지4＞ 쟁점1-2세금계산서(OOO이 쟁점군사업 외의 거래로 수수한 것, 단위 : 원) OOO ＜별지5＞ 관련 법령 등 (1)국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 일부개정되기 전의 것) 제14조(실질과세) ③제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략) 1.납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[역외거래 {「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다}에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(역외거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항 3.제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다. ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다. 2.세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 ②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사" (課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. (단서 생략) 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 2.「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우 (2)국세기본법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30400호로 일부개정되기 전의 것) 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다. 제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우 2.명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 (3)조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 3. 장부와 기록의 파기 4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 5.고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작 7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 (4)소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정되기 전의 것) 제192조(소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지) ①^#56192;^#57140;「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제25조 제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. (단서 생략) (5)부가가치세법(2019.12.31. 법률 제15223호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3."사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 제32조(세금계산서 등) ①사업자가 재화 또는 용역을 공급 (부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 ※부가가치세법 기본통칙 3-0-1(납세의무자) ①부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적, 반복적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 사업자로 본다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. (단서 생략) (6)법인세법 제19조(손금의 범위) ②손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (7)법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정되기 전의 것) 제19조(손비의 범위) 법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 1.판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용