조심 2020지0730 (2021.07.05)

1. OOO군수가 2019.12.20. 청구법인에게 한 경정청구 거부통지 중 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과분에 대한 심판청구는 이를 각하한다.

2. OOO군수가 2019.12.17. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 OOO일대 OOO일반산업단지 중 제1공구 887,572.8㎡에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제1항을 적용하여 그 세액을 경정하고, 동 산업단지 중 제2공구 258,167.5㎡에 대해서는 청구법인이 2014.12.31. 이전에 지목변경 공사를 시작하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제1항을 적용하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. OOO시장은 2009.3.5. OOO산업개발 주식회사(이하 “종전 시행자”라 한다)를 사업시행자로 하여 OOO일대 1,218,570㎡에 산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다)를 조성·분양하는 내용의 일반산업단지계획을 승인·고시하였고, 2009년 8월경 종전 시행자는 청구법인을 수급인으로 하여 이 건 산업단지 조성에 대한 공사도급 계약을 체결하였으며, 2014.2.20. 종전 사업자는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따라 이 건 산업단지의 사업시행자를 청구법인으로 변경하였다.

나. 청구법인은 2015.12.3. 이 건 산업단지 제1공구를, 2017.4.6. 제2공구를 각각 준공(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)하면서 2016.1.26. 취득세 등 OOO원을, 2017.4.6. 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였고, 처분청은 2017.5.29. 및 2018.1.9. 두 차례에 걸쳐 청구법인의 경정청구(취득가격 과다 산정)에 따라 취득세 등 OOO원을 환급하였으나, 2018.1.17. 조경공사비를 취득가격에서 누락한 것으로 보아 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지(이하 “이 건 증액처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 2019.10.29. 이 건 지목변경에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)이 개정되기 전에 이 건 지목변경을 위한 공사를 시작하였으므로 이 건 지목변경에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.12.20. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

산업단지 조성을 위한 취득세 면제규정은 약 20년간 유지되어 왔고, 취득세는 다른 세목에 비하여 신뢰의 강도가 강한 세목으로 취득세가 예상보다 증가하는 경우 산업단지 사업시행자는 재무적 어려움을 겪을 가능성이 매우 높아 사업시행자의 기득권 내지 신뢰를 두텁게 보호할 필요가 있다 할 것인바, 청구법인은 종전 규정 시행 당시 이 건 산업단지 분양 및 조성계획승인을 받고 종전 규정에 의한 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위인 분양공고와 착공을 하였으므로 종전 규정 및 일반적 경과조치에 따라 이 건 지목변경에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인의 주장처럼, 종전 규정을 신뢰하여 산업단지 조성공사에 착공한 자의 신뢰를 입법 정책적으로 보호할 필요가 있었다면 부칙에서 이에 대하여 구체적으로 정하여야 할 것이나 이에 대해서 법령이나 부칙에서 개별적·구체적으로 정함이 없고, 착공은 장기간의 조성공사 과정을 위한 준비과정에 지나지 않으며, 착공 당시의 감면규정이 공사 완료시까지 유효할 것이라는 것은 납세자의 단순한 기대에 불과하므로 보호할 만한 신뢰가 있다고 보기 어렵고, 착공행위를 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위로 판단하여 납세자에게 유리한 종전 규정을 적용하라는 판례 내지 법령은 존재치 않으므로 기 납부한 취득세 등을 면제해 달라는 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 심판청구 중 일부가 본안심리대상인지 여부

② 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) OOO시장은 2009.3.5. 종전 시행자를 사업시행자로 하여 이 건 산업단지를 조성·분양하는 내용의 일반산업단지계획을 승인·고시하였고, 2009년 8월경 종전 시행자는 청구법인을 수급인으로, 공사기간을 착공일로부터 24개월로, 계약금액을 OOO원으로 하여 이 건 산업단지 조성에 대한 공사도급 계약을 체결하였다.

(나) 청구법인은 2009.11.2.을 착공일로 하고, 준공 예정일을 2011.11.1.로 하여 종전 시행자에게 착공신고서를 제출하였다.

(다) 종전 시행자는 2010.8.2. 분양가격을 제곱미터당 OOO원으로 하고, 수분양자의 건축착공 가능 시기를 2010년 10월경으로 하여 이 건 산업단지에 대한 분양 공고를 하였다.

(라) OOO시장은 2014.2.18. 이 건 산업단지의 사업시행자를 종전 시행자에서 청구법인으로 변경하는 내용의 산업단지계획을 승인하고, 2014.2.20. 그 내용을 공고한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 2014.6.20. 종전 시행자와 이 건 산업단지 조성사업 관련 합의서를 체결하였는데, 청구법인은 이 건 산업단지 조성과 관련한 사업부지, 물적 설비. 분양 계약상의 일체의 권리·권한·지위 및 인허가상 일체의 채권·권리·지위 등을 OOO원을 지급함으로써 종전 시행자로부터 양수하는 것으로 되어 있다.

(바) ㈜OOO이 2014년 5월경 작성하여 청구법인에게 제출한 이 건 산업단지의 최종 감리보고서에는 공사기간이 2009.11.2.부터 2014.4.30.까지로 기재되어 있고, 2010년부터 2013년까지 7차례에 걸쳐 기성금 총액 OOO원을 지급한 것으로 되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 기 납부세액 전액에 대하여 경정청구를 제기하였으나, 이 건 증액처분 부분의 경우 그 경정청구 기간이 경과된 것이라서 해당 부분에 대한 거부처분은 단순한 민원회신에 불과하므로 이 건 증액처분에 대한 심판청구는 그 불복의 대상이 되는 처분이 없는 부적법한 청구로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 종전 규정에 따라 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 이 건 산업단지의 사업시행자로 변경지정된 후 지목변경 공사를 계속 이행하였으며, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점토지의 지목변경공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 일반적 경과조치는 종전 규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전 규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 이 건 산업단지의 지목변경과 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어 종전 규정은 일반적 경과조치의 적용 대상에 해당된다 할 것이므로 종전 규정의 시행기간 내에 지목변경 공사에 착공한 이 건 산업단지의 제1공구에 대하여 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 이 건 산업단지 중 제2공구의 경우에는 종전 규정의 시행기간 내에 청구법인이 지목변경 공사를 시작하였는지 여부가 명확하지 아니하므로 청구법인의 지목변경 공사 이행여부를 재조사하여 그 결과에 따라 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 심판청구에 해당하거나 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」 제96조

제6항과

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세기본법

제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때 본다.