조심2013서3072 (2013.10.14)

OOO세무서장이 2013.5.15. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO OOO-OO OOOO OO OOO호의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 「조세특 례 제한법」 제99조의3 제1항에 따라 양도소득금액에서 차감하는 방식으 로 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1987.8.6. 취득한 OOO 단 독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 멸실한 후 지하 1층, 지상 4층, 5세대의 다세대주택을 신축하여 2003.3.7. 사용승인을 받고, 2003.4.8. 소유권보존등기를 한 후 소유하고 있다가 2008.3.21. 그 중 301호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 「조세특례제한법」 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액 을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원 을 납부하였다. 나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 2013.5.15. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 다 . 청구인은 이에 불복하여 2013.6.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점신축주택을 양도하고 국세청 해석사례(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면대상 소득금액으로 보아 양도소득세 신고를 하였으나, 처분청에서는 새로운 해석사례(재산세과-227, 2009.1.20.)를 들어 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면을 적용할 수 없다 하여 감면배제하고 이 건 양도소득세를 과세하였는바, 이는 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로서 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에서 제외하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분인지 여부 ② [직권심리] 쟁점신축주택의 양도에 대하여 세액감면방식에 따른 양도소득세 과세특례를 적용한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급 등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략) (3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. { 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점신축주택에 대한 등기부등본 및 집합건축물대장에 의하면, 청구인은 1987.8.6. 종전주택을 취득하였고, 2003.3.7. 쟁점신축주택의 사용승인을 받아 2003.4.8. 소유권보존등기를 한 후 취득일로부터 5년 이후인 2008.3.21. 쟁점신축주택을 양도한 것으로 나타난다(자기 가 건설한 주택은 사용승인일을 취득일로 봄). (2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다. (3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하 여 감면대상 소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다. (4) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 「조세특례제한 법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택 의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득 금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금 액 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득 일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 보도록 명확히 답변하고 있지 않으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 이 건 과세처분 이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2013서1018, 2013.6.7. 등 참조). 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도 하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자 에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」 제99조의3 의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에서 규정 한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부 터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에 서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이므로(대법원 2010두3725, 2012.6.28., 조심 2013서1018, 2013.6.7. 등 다수 참조) 이 건 양도소득 세 과세처분은 쟁점신축주택의 양도소득금액 중 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세 과세특례대상 소득금액을 양도소득금액에서 차감하 여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.