조심 2014전3254 (2017.04.27)

OOO세무서장이 2014.2.3. 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도분 OOO원과 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원의 부과처분은

1. 청구법인의 2008∼2012사업연도에 OOO에서 발생한 소득 중

「조세특례제한법」제12조의2

에 의한 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업등에 대한 법인세 감면대상 소득계산은 ‘처분청이 대전과 서울에서 동 사업에 직접 종사한다고 확인한 인원(＜표1-6＞ 참조)의 비율’로 안분하여, 그 중 대전의 기여분으로 안분된 소득을 감면대상 소득으로 하고

청구법인이 2008.3.12. OOO조합으로부터 투자를 받을 당시 대주주가 투자자로부터 부여받은 콜옵션에 대하여 부당행위계산 부인을 하지 않는 것으로 하며

청구법인이 2012년 2월경 새로 개발한 OOO을 출시하여 시판하면서 2011년 1월경 출시하였던 OOO을 보유한 점주들에게 할인해 준 금액을 부가가치세 과세대상으로 보지 않는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.5.8. 개업하여 OOO를 개발하여 제조하고 판매하는 사업(이하 OOO이라 한다), 온라인컨텐츠 서비스사업(이하 “온라인서비스사업”이라 한다), 골프용품 제조 및 판매사업 등’을 영위하고 있는 법인으로, 2006년 11월 및 2007년 3월경 서울특별시 OOO를 설립하였고, 2007.12.27. 본사를 ‘대전광역시 OOO에서 ‘대전광역시 OOO로 이전하였으며, 2008.6.23. 지식경제부장관으로부터 첨단기술기업 지정을 받았다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.8.22.부터 2013.12.31.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시하여,

(1) 청구법인이 2008～2012사업연도에 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」(이하 “특구법”이라 한다) 및 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의2〔연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면〕의 규정에 따라 첨단기술사업 중 감면대상사업인 OOO과 온라인서비스사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세 OOO원을 감면받은 사실에 대하여, 조사청은 청구법인의 경우 감면대상 첨단기술사업을 영위하는 사업장이 대전(특구)과 서울로 분산되어 있으므로 감면대상사업장인 대전(특구)에서 발생한 소득에 대해서만 감면을 적용하여야 함에도, 청구법인이 대전과 서울의 소득 안분을 잘못하여 감면소득이 과다 계상되었다고 판단하여, 감면대상사업에서 발생한 소득을 서울과 대전의 상시근로자수 비율로 안분하여 소득을 재계산하였고,

(2) 청구법인이 2008.3.12. OOO으로부터 투자를 받을 당시 청구법인의 대주주인 OOO이 자신의 주식을 투자자에게 양도하는 대가로 투자자로부터 콜옵션(이하 “쟁점콜옵션”이라 한다)을 부여받아 2010.9.17. 이를 행사한 사실에 대하여, 조사청은 청구법인과 투자자 및 대주주간에 작성한 투자약정서상 청구법인이 각종 의무를 부담하고 신주를 발행하였으므로 청구법인이 쟁점콜옵션의 권리자가 되어야 함에도 대주주에게 쟁점콜옵션을 부여한 것은 청구법인이 부여받은 콜옵션을 대주주에게 다시 부여한 것과 다름없어 부당행위계산 부인대상 거래에 해당한다고 판단하여 쟁점콜옵션의 행사가격과 행사당시 시가(매매사례가액인 1주당 OOO원을 청구법인의 소득금액 계산상 익금산입하였으며,

(3) 청구법인이 2012년 2월경 새로 개발한 OOO을 출시하여 시판하면서, 2011년 1월 출시하였던 OOO을 이미 설치한 전국의 OOO 또는 “점주들”이라 한다)에게는 1대당 OOO원의 업그레이드 비용을 받고 OOO으로 업그레이드 해 주는 내용의 이른바 ‘보상판매’를 실시한 사실에 대하여, 조사청은 청구법인이 회수한 구제품의 구성품을 전량 폐기하지 아니하고 일부를 재활용하거나 재활용할 계획이었으므로, 위 회수한 구제품의 구성품 상당액도 현물로 받은 대가에 해당되어 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다고 보고, 업그레이드 정상가격을 OOO원으로 산정한 다음, 실제 업그레이드가격과 정상가격의 차액인 1대당 OOO원(이하 “쟁점할인액”이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 포함하였고,

(4) 청구법인은 OOO 개발과 관련하여 연구개발활동을 수행하면서, 연구전담부서 인력의 인건비에 대하여 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’를 적용받고 있는데, 조사청은 동 세액공제 대상에 포함된 금액 중 확정기여형 퇴직연금의 회사부담금(이하 “쟁점부담금”이라 한다)은 인건비가 아니라 퇴직급여에 해당하므로 세액공제 대상이 아니라 하여 세액공제를 배제하는 등의 방법으로 청구법인의 소득금액을 재계산하였다.

다. 조사청으로부터 위 내용에 관한 과세자료를 통보받아 처분청은 2014.2.3. 청구법인에게 법인세 2008사업연도분OOO과 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원을 각각 경정.고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2005.1.27. 제정(2005.7.28. 시행)된

「조특법」 제12조의2

에서 ① 연구개발특구에 입주한 기업으로서 ② 첨단기술기업 지정을 받은 기업이 ③ 해당구역 안의 사업장에서 ④ 감면대상사업을 영위하는 경우에는 ⑤ 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 5년간 일정 비율의 법인세를 감면하도록 하였는바, 청구법인은 위 ①,②,④,⑤의 요건을 모두 충족하고 있으며, 다만 특구내에서 개발된 제품을 모두 특구안에서만 판매할 수는 없으므로, 판매업무는 OOO 등 별도의 4개 판매업체에 위탁하여 수행하면서, 동 판매업체 관리활동을 수요자가 많은 서울에서 수행하였다 하여 이 부분을 ‘해당구역 안의 사업장에서 영위한 감면대상사업’으로 보지 아니한 것은 부당하므로 이 건 감면소득은 아래와 같은 방법으로 재계산하여야 한다.

(가) 감면대상사업 중 OOO를 제조하여 판매하는 사업으로, 연구개발, 디자인 설계, 생산(제조), 품질관리 및 출하까지의 주사업활동이 모두 대전 본사(특구내)에서 이루어지고 있고, 서울에서는 별도의 판매법인을 관리하는 활동 등 부수적인 활동만 일부 수행하고 있으므로, 청구법인의 소득금액 중 OOO 관련 소득금액은 전액 감면대상으로 보아야 한다.

(나) 설사, 서울사업장에서 이루어지는 판매업체 관리활동도 주사업활동의 일부라고 보아 대전과 서울에서 OOO을 수행하는 인원(상시근로자수)의 비율로 안분한다 하더라도, 조사청이 OOO 이외의 사업을 공통적으로 수행하고 있다고 본 서울의 공통부서는 법인 전체의 일반관리업무를 수행하거나, 감면대상이 아닌 기타첨단사업 및 비첨단사업 활동을 수행할 목적으로 설치된 조직들이고, 감면대상인 OOO과 관련하여서는 실질적으로 수행하는 역할이 없으며, 청구법인의 경우 사업초기에는 감면대상사업인 OOO 위주로 사업을 수행하다가 점차 감면대상이 아닌 기타첨단사업 및 비첨단사업으로 사업영역을 확장하는 과정에 있어 사업 초기에는 각 사업별 종사인원수에 비하여 먼저 제품 개발이 완료된 OOO 관련 소득의 비율이 높게 나타날 수 밖에 없는 사업구조이므로, 이들 서울의 공통부서 인력은 OOO에 종사하지 아니한 것으로 보아 제외하고, 조사청이 대전과 서울에서 OOO에 직접 종사한다고 확인한 OOO 직접종사인원(대전 44∼57명, 서울 10∼19명, ＜표1-6＞ 참조)’의 비율로 안분하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인이 투자자로부터 신규투자를 받을 당시 청구법인의 대주주는 자신이 보유하고 있던 구주 중 일부를 투자자에게 매각할 의무와 투자자의 동의 없이는 나머지 주식도 임의로 처분할 수 없는 의무, 투자자의 주식매수청구권(Put Option)에 응하여야 하는 의무와 청구법인의 의무불이행에 대한 연대책임 등을 부담하는 대신, 신규투자를 통하여 신주를 인수하는 투자자로부터 쟁점콜옵션을 부여받은 것으로 쟁점콜옵션의 정당한 권리자는 대주주이므로 해당 거래는 특수관계자간의 거래에 해당하지 아니하여 부당행위계산 부인대상 거래에 해당하지 아니한다.

조사청은 이 건 투자약정의 체결과정에서 청구법인은 각종 의무만 부담하고, 실질적으로 받은 이익이 없었으며, 투자자의 주식매수요청권(Put option)에 응할 의무를 청구법인이 부담하였으므로, 청구법인을 쟁점콜옵션의 정당한 권리자로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 위 투자약정의 체결로 인하여 신규투자자를 유치하여 기업의 이미지를 제고하는 한편, 신규투자자금을 유치하여 법인의 수익 증대에 기여하였고, 이로 인하여 코스닥시장 상장 기반을 마련하였으며, 임직원에 대한 Stock Option 부여권리도 별도로 인정받은 반면, 청구법인이 부담한 각종 의무(주요 경영사항에 대하여 투자자에게 사전통지 및 협의할 의무 등)는 투자를 유치하는 회사가 당연히 부담하여야 할 의무에 불과하므로 투자자가 청구법인에게 콜옵션을 부여할 이유가 없다. 또한 투자자의 주식매수요청권(Put option)에 대한 이행의무는 대주주 또한 별도로 부담하고 있고, 투자자의 주식매수요청권에 대한 이행의무 중 청구법인의 의무는 주로 감자에 응할 의무(자본거래)이므로 청구법인에게 큰 손해가 없는 반면, 대주주가 부담하는 의무는 주로 매수의무(손익거래)이므로 주식의 매수의무를 실질적으로 부담하는 주체가 쟁점콜옵션의 권리자라는 처분청의 논리에 따르더라도 대주주가 쟁점콜옵션의 정당한 권리자이다.

(3) 이 건 보상판매는 구제품OOO과 교환하는 거래가 아니라, 구제품을 신제품으로 업그레이드 하기 위하여 필요한 필수적인 구성품 중 일부만 OOO을 처음으로 설치하는 고객에 비하여 낮은 가격으로 판매한 거래로, OOO이 출시(2011.1.5.)된지 1년 1개월만인 2012.2.2. 런칭되고, OOO이 출시되기 1~2개월 전까지도 OOO이 판매되고 있었기 때문에, 청구법인은 이미 OOO을 설치한 기존 점주들의 불만을 무마하고 이들의 부담을 덜어주기 위하여 OOO을 구동하는데 필요한 필수적인 구성품만 OOO을 신규로 설치하는 점주들에 비하여 낮은 가격으로 공급한 것이고, 청구법인이 구제품의 구성품을 회수한 것은 재활용이 주목적이 아니라, 중고제품의 유통으로 인하여 점주들이 입게 될 손해를 방지하고, 이미 OOO을 보유한 기존 점주들의 부담을 덜어주기 위한 차원이었으며, 청구법인은 이 건 업그레이드를 실시함에 있어 그 가격을 사전에 공지하고, 구제품의 구성품 회수를 조건으로 명시하였으며, 희망자에 한하여 업그레이드를 실시한 것이므로, 처분청이 산정한 정상가격과 실제 업그레이드가격의 차액인 쟁점할인액은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당한다.

설사, 청구법인이 업그레이드시 회수한 구제품의 구성품을 일부 재활용하였다는 이유로 회수품을 현물로 받은 대가로 본다 하더라도, 업그레이드시 회수한 OOO는 단기 사용에도 불구하고 원칙적으로 재활용이 불가능한 품목이므로 교체한 OOO 부분품 중 OOO를 제외한 부분품의 신품 설치가격을 기준으로 업그레이드 정상가격을 다시 산정하여야 한다.

(4) 확정기여형 퇴직연금은 확정급여형 퇴직연금과는 달리 지급시점부터 자금운영을 본인이 직접 할 수 있어 실제 퇴직하기 전까지는 사실상 인건비와 다름 없으므로 쟁점부담금은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조사청이 청구법인의 직무분석을 통하여 확인한 바에 의하면, 청구법인의 감면대상 첨단소득인 OOO과 온라인서비스사업 관련 매출액은 대전 본사에서 단독으로 발생하는 것이 아니라, 대전 본사와 서울사업장이 유기적으로 결합하여 발생한 것으로 확인되므로 처분청이 감면대상 첨단사업 소득금액인 OOO과 온라인서비스사업 소득금액을 대전과 서울에서 감면대상 첨단사업에 종사하고 있는 상시근로자수에 따라 안분하여 대전사업장에 귀속되는 것으로 안분된 소득만 감면대상으로 본 것은 정당하다.

(가) 즉, 청구법인은 OOO의 생산 및 판매, 온라인서비스사업, OOO 이외의 온라인 컨텐츠 개발, 레슨 직영점 운영, 스크린골프방 직영 운영, 스크린골프 프로대회 운영 등 다양한 골프 관련 사업을 영위하고 있는데, OOO의 하드웨어를 담당하는 연구소가 있고, OOO의 외주생산관리를 총괄하는 생산관리 및 구매부서, 대전사업장 직원의 관리업무를 하는 관리부서가 있으며, 서울에 연구소 및 사무소를 개설하여 온라인 컨텐츠 개발 및 데이터베이스 구축관리에 필요한 인적자원을 확보하고, OOO판매, 온라인서비스, 온라인 컨텐츠 개발, 레슨 직영점 운영, 스크린골프방 직영 운영, 스크린골프 프로대회 운영 등을 사업을 영위하고 있다.

(나) 청구법인은 대전에서 연구개발, 생산(외주), 구매를 담당한다고 하여 OOO 관련 매출액 전체를 대전사업장에서 발생한 것으로 보아 감면소득으로 주장하고 있으나, OOO 관련 매출은 하드웨어와 소프트웨어가 결합하여 판매가 이루어지고 있으며, 하드웨어는 외주생산에 의하여 이루어지므로 대전사업장에서는 전체 생산과정 중 관리업무만 수행하는 것에 불과하고, 판매 과정을 보더라도 대전사업장에서는 소프트웨어의 탑재 및 출고만 이루어질 뿐, 계약 및 판매관리는 서울사무소에서 이루어지고, 제품의 설치 또한 지정업체를 통하여 현장에서 직접 설치가 이루어지므로 대전사무소에서 전체 매출이 이루어진다고 특정할 수 없다.

(다) 또한, 서울의 공통부서 인원의 안분과 관련하여, 청구법인은 서울의 공통부서 인원이 OOO과 직접 관련이 없는 업무를 수행하고 있으므로 이들 공통부서의 인원을 OOO 종사인원에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나, 이들 공통부서의 인원이 수행하는 역할도 온라인 컨텐츠 개발, 레슨 직영점 운영, 스크린골프방 직영 운영, 스크린골프 프로대회 운영 등으로 OOO 내지 온라인서비스사업과 전혀 무관하다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 쟁점콜옵션의 거래 당사자가 투자자와 대주주로서 특수관계가 없으므로 쟁점콜옵션 거래가 부당행위계산 부인대상 거래에 해당하지 않는다고 주장하나, 2008.3.12. 작성된 투자계약서는 청구법인과 투자자 및 대주주 등 3자가 계약당사자로, 쟁점콜옵션은 청구법인이 투자계약에 따른 각종 의무를 부담하면서 반대급부로 취득하여야 할 것을 대주주가 대신 취득한 것으로 보이는 점을 감안할 때 사실상 청구법인이 투자자로부터 부여받아 대주주에게 양도한 것과 다름이 없다고 판단되므로 특수관계자간 거래에 해당한다.

또한, 청구법인은 콜옵션의 경우 부여당시 이익 실현여부가 불분명한 권리이므로 부여당시 행사가격이 주식가격보다 높지 않다면 부당행위에 해당하지 않는다는 취지의 주장도 하였으나, 불공정계약으로 대주주가 취득한 옵션을 행사하는 것 또한 부당행위에 해당하며, 이 건의 경우에는 향후 주가가 인수가액을 초과할 것을 충분히 예상할 수 있는 상황에서 불공정거래를 한 것이고, 적정한 권리자가 아닌 대주주가 부당하게 취득한 쟁점콜옵션을 행사하는 시점에서 조세의 부당한 감소가 발생하므로 처분청이 행사 시점의 시가(매매사례가액)와 행사가격의 차액에 대하여 부당행위계산 부인한 것은 정당하다.

(3) 청구법인은 2012년 2월 출시한 OOO의 시장점유율을 높이기 위하여 이 건 보상판매를 실시하였는바, 보상판매를 실시하면서 회수한 구제품의 구성품을 전량 폐기하지 아니하고, 일부를 A/S활용, 무상 기부, 재매각 등에 사용하였으므로, 회수한 구제품의 구성품은 재화의 인도대가로 다른 재화를 받은 경우에 해당하여 대가를 현물로 받은 경우에 해당하므로 부가가치세 과세표준에 포함한 것은 정당하며, 이를 부가가치세 과세표준에서 제외하는 매출에누리로 보기는 어렵다(국세청 부가46015-1790, 1998.8.10. 및 국세청 서면인터넷방문상담3팀-555, 2008.3.13. 참조).

또한, 청구법인은 회수품을 현물로 받은 대가로 보더라도 사실상 재활용이 불가능한 OOO를 제외하고 업그레이드 정상가격을 다시 산정하여야 한다는 취지의 주장도 하였으나, OOO의 경우에도 일부 재활용한 사실이 있는 것으로 확인되므로 처분청이 회수한 구제품의 구성품 전체를 현물로 받은 대가로 보고, 그 가치를 보상판매 정상가격과 실제 보상판매가액의 차액으로 계산한 것은 정당하다.

(4) 확정기여형 퇴직연금은 인건비가 아니라 퇴직급여에 해당하므로, 퇴직급여의 회사부담분인 쟁점부담금은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 연구개발특구에 입주하고 첨단기술기업으로 지정받은 청구법인에 대한 법인세의 감면세액이 적정하게 산정되었는지 여부

② 쟁점콜옵션 거래와 관련하여 청구법인이 대주주에게 부당하게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

③ 쟁점할인액이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당하는지 여부

④ 확정기여형 퇴직연금의 회사부담금이 연구및인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 조세특례제한법(2008.3.28. 법률 제8986호로 개정된 것)

제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】①

「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제2조

제1호의 규정에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당구역 안의 사업장에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령이 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 영위하는 경우에는 제2항 및 제3항의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.

1.

「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제2조

제3호의 규정에 따라 2009년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

2.

「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제9조

제1항의 규정에 따라 2009년 12월 31일까지 승인을 얻어 설립한 연구소기업

② 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여는 해당감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 승인을 얻은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

제143조【구분경리】① 내국인은 제6, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제55조의2 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제121조의2, 제121조의4, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(나) 조세특례제한법 시행령(2009.4.21. 대통령령 제21429호로 개정된 것)

제11조의3【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】① 법 제12조의2 제1항에서 "생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

1.～2. (생략)

3.

「산업발전법」 제5조

제1항에 따라 지식경제부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업

제136조【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는

「법인세법」제113조

의 규정을 준용한다.

(다) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것)

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(라) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)

제156조【구분경리】① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(2) 쟁점② 관련

(가) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것)

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(나) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

(3) 쟁점③ 관련

(가) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

(나) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)

제14조【재화공급의 범위】① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

제52조【부당대가 및 에누리등의 범위】② 법 제13조 제2항 제1호에 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질ㆍ수량 및 인도ㆍ공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다.

(3) 쟁점④ 관련

(가) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)

제10조【연구.인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장.무도장.유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」제43조

에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다

(가) 청구법인은 OOO을 영위할 목적으로 2000년 5월 개업하여 대전광역시 OOO 관련 연구개발을 수행하다가, 2007.12.27. 대덕특구단지 내에 소재하는 대전광역시 OOO로 본사를 이전하였고, 2008년 6월 지식경제부장관으로부터 첨단기술기업 지정을 받았으며, 2006년 12월경에는 OOO를 설치하였는 바, 청구법인의 주요사업 내역은 아래 ＜표1-1＞과 같다.

1) OOO은 실제의 OOO으로 재현하여 실내에서 골프를 즐길 수 있도록 구성된 OOO을 개발하고 제품화하여 판매하는 사업으로, 관련 연구개발은 모두 대전 특구 내에서 이루어졌고, OOO의 생산(제작), 판매 및 설치 업무는 외부 전문업체에 외주를 주어 수행하고 있으며, 청구법인은 생산계획의 총괄과 외주생산 전반의 관리감독(자재구매, 원가통제, 재고관리, 생산품질 유지관리), 판매업체 및 설치업체 등의 관리업무, 조립 및 출고업무를 수행하고 있는데, 생산계획 및 외주생산 관리감독업무. 설치업체 관리업무.출고업무는 대전의 생산관리팀 등에서, 판매업체 관리업무는 서울의 판매사업부에서 수행하고 있다.

2) 또한, 온라인서비스사업은 OOO을 설치한 매장에 설치된 OOO의 중앙시스템과 온라인으로 연결하여 개인기록관리, 경기결과 분석, 스윙모션분석, 추가 골프코스 제공, 스크린 골프대회 등의 추가 서비스를 제공하는 사업으로, 상기 서비스들은 매장을 이용하는 골퍼들이 매장 이용료와는 별도로 OOO원을 지급하여야만 이용가능하며, 대전 및 서울의 연구소에서 서비스의 설계 및 프로그램의 제작이 이루어지고 있고, 제공되는 서비스의 영역이 점차 확대되고 있다.

3) 기타첨단사업은 첨단사업으로 지정받은 사업 중 서울에서만 사업활동이 이루어지고 있는 첨단사업으로, 골프연습장(직영), 스크린골프방(직영) 사업이 이에 해당하고, 주사업활동이 특구내에서 이루어지지 아니하였으므로 세액감면 대상사업이 아니나, 그 사업영역 및 관련 매출액은 점차 증가하고 있다.

4) 비첨단사업은 첨단사업과 무관한 광고, PC게임 및 유통 관련 사업으로, 서울에서만 사업활동이 수행되고, 첨단사업이 아니므로 세액감면 대상은 아니나, 그 사업영역 및 관련 매출액은 점차 증가하고 있다(현재는 OOO를 중점적으로 개발 중에 있음).

(나) 연구개발특구에 입주하는 기업 등에 대한 지원을 목적으로 제정된 「특구법」(2005.1.27. 제정, 2005.7.28. 시행)의 제정 취지 및

「조특법」제12조의2

의 신설(2006.12.30. 신설) 취지는 아래와 같다.

1)

「특구법」제1조

에 의하면, ‘이 법은 연구개발특구의 육성을 통하여 그 지역에 있는 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고, 상호협력을 활성화하며, 연구개발 성과의 사업화 및 창업을 지원함으로써 국가기술의 혁신 및 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다’고 되어 있다.

2) 또한, 기획재정부가 발행한「2006년도 개정세법 해설」책자에 의하면,

「조특법」제12조의2

의 신설 취지에 대하여 ‘대덕 특구를 세계 유수의 혁신클러스터로 육성하여 세계 각국과의 경쟁에서 우위를 확보하기 위한 세제 지원을 목적으로 하며, 연구소기업 및 첨단기술기업은 특구 지정목적 및 육성방향에 가장 적합한 기업형태’라고 되어 있다.

3)

「조특법」 제12조의2

에 의할 경우, 청구법인의 각 사업별 감면대상 여부는 아래 ＜표1-5＞와 같다.

(다) 청구법인은 위

「조특법」제12조의2

에 따라 2008～2012사업연도에 첨단기술사업 중 감면대상사업인 OOO과 온라인서비스사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세 OOO원을 감면받은 사실이 있는바, 조사청이 청구법인의 감면소득이 과다계상되었다고 본 이유 및 조사청의 감면소득 재계산 내역은 아래와 같다.

1) 청구법인의 경우 감면대상 첨단기술사업을 영위하는 사업장이 대전(특구)과 서울로 분산되어 있으므로 감면대상사업에서 발생한 소득을 합리적으로 안분하여 감면대상 사업장(대전 특구)에서 발생한 소득에 대해서만 감면을 적용하여야 함에도, 청구법인은 감면대상사업 중 OOO 관련 소득금액 전액을 감면대상으로 보았고, 온라인서비스사업 관련 소득금액도 대부분 감면대상으로 구분하여 90% 이상을 감면대상으로 보는 등 감면소득이 과다계상되었다.

2) 조사청이 산정한 각 사업별 종사인원(상시근로자) 및 사업장별 감면비율 산정내역은 아래와 같다.

가) 조사청은 청구법인에 대한 직무분석을 통하여 감면대상사업인 OOO 및 온라인서비스사업의 직접종사 인원수를 아래 ＜표1-6＞의 ①(대전) 및 ②(서울)와 같이 확정하고, 서울에서만 사업활동이 수행되는 기타첨단사업과 비첨단사업의 직접종사인원을 아래 ＜표1-6＞의 ③(서울) 및 ④(서울)와 같이 확정한 다음,

나) 서울에서 첨단사업과 기타첨단사업 및 비첨단사업을 공통적으로 수행하고 있다고 판단한 공통부서의 인원을 아래 ＜표1-6＞의 ⑤와 같이 확정하고, 이들 ⑤의 연도별 인원을 다시 각 사업별 매출액의 비율(위 ＜표1-4＞ 참조)로 아래 ＜표1-6＞의 ⓐ, ⓑ, ⓒ로 안분한 다음, 이 중 첨단사업의 종사인원으로 안분된 인원을 서울의 첨단사업의 인원수에 포함(가산)한 후, 감면대상사업장인 대전의 첨단사업 감면소득비율을 대전사업장에 종사한 인원비율에 따라 아래 ＜표1-6＞과 같이 19.9∼37.8%로 산정하였다.

(라) 이에 대하여 청구법인은 이 건 감면소득의 비율을 아래와 같은 방법으로 다시 산정하여야 한다고 주장한다.

1) OOO 관련 매출액은 전액 감면대상으로 보는 것이 타당하고, 설사 안분대상으로 본다 하더라도 조사청이 서울에서 첨단 및 기타첨단, 비첨단 공통업무를 수행하고 있다고 본 서울의 공통부서는 OOO과는 관련없는 업무를 수행하므로 제외하고, 조사청이 대전과 서울에서 OOO에 직접 종사하고 있다고 확인한 “OOO 직접종사인원”의 비율〔위 ＜표1-6＞의 ①(대전) 및 ②(서울) 비율〕로 안분하는 것이 합리적이다.

2) 청구법인이 이 건 감면소득을 위와 같이 재계산하여야 한다고 주장하는 구체적인 이유는 아래와 같다.

가) 청구법인은 당초 대전에서 OOO을 개발하여 생산 및 판매할 목적으로 2000년에 설립하였으나, OOO의 생산 및 판매만으로는 수익창출에 한계가 있다고 판단하여 2006년에 OOO 이외의 신규사업 개발을 목적으로 서울사무소를 설치하였다.

나) 그 결과, 사업 초기에는 OOO의 연구개발에 전념하여 현재 OOO 관련 특허기술을 다수 보유하고 있고, 2008～2012년에 발생한 소득도 대부분 OOO 판매소득이며, 이후 대전과 서울에서 연구활동이 수행된 온라인서비스사업과 서울에서만 연구활동이 수행된 기타첨단사업 및 비첨단사업 관련 소득도 점차 증가하고 있는 추세이다(청구법인의 매출구조 변화추이 : 위 ＜표1-4＞ 참조).

다) 즉, OOO은 관련 연구개발이 모두 대전(특구)에서 이루어졌고, 제품의 생산(제작), 판매 및 설치 업무는 모두 외부전문업체에 외주를 주어 수행하고 있으며, 청구법인에서는 이들 생산 · 설치 · 판매업체를 관리하는 업무만 수행하고 있는데, 생산 및 설치 업체 관리업무는 대전의 생산관리팀에서, 판매업체 관리업무는 서울의 판매사업부에서 수행하고 있다.(위 ＜표1-2＞ 참조)

라) 이와 같이 판매업체 관리업무를 서울에서 수행하는 이유는 생산한 OOO을 특구내에서만 판매할 수는 없으므로 전국적인 판매망을 갖추어야 하는데, 청구법인의 인력을 판매활동에 직접 종사하도록 하는 것은 비능률적이므로, 판매업무는 별도의 판매업체에 위탁하여 수행하도록 하면서 판매업체 관리 및 수요자 접근성이 용이한 서울에 판매업체 관리부서를 둔 것이다.

마) 청구법인의 OOO 판매구조를 좀 더 상세히 설명하면, ① 서울의 판매대행업체OOO에서 계약을 맺은 후 청구법인의 OOO에 그 내용을 입력하면 ② 대전의 생산관리팀에서 발주를 하고 ③ 외주생산업체(OOO등 13개 업체, 대전에 소재함)에서 OOO을 제작하면 ④ 대전의 생산관리팀의 성능테스트 및 최종 검수를 거쳐 ⑤ 대전의 생산관리팀에서 소프트웨어 탑재와 출고를 하고 ⑥ 청구법인의 책임 하에 OOO사업장으로 운송하여 ⑦ 별도의 설치사업자(2009년 7월 설립된 OOO)가 이를 설치한 후 ⑧ 사후서비스가 제공(OOO가 설립되기 전에는 대전의 생산관리팀에서 유지보수 담당)되는 구조이다. 즉 서울사무소에서는 판매업체 관리만 하고, 연구개발을 비롯하여 생산계획 및 생산법인 관리, 출고관리, 설치법인 관리, A/S 등 나머지 업무는 대부분 대전에서 담당하는 구조이다.

바)

조특법 제12조의2

의 입법취지는 특구단지내에 첨단기술기업을 유치하여 연구개발활동의 집중화와 사업화를 지원하고 대덕특구를 첨단기술관련 기업들이 모여 정보를 교류하고 새로운 기술을 창출하는 혁신클러스터로 육성한다는 것이며,

조특법 제12조의2

는 활동별 중요도에 상관없이 단순 근무인원수 비율로 감면대상소득금액을 산출하도록 규정되어 있는 제7절「지역간 균형발전을 위한 조세특례」(제58조～제71조)가 아닌, 제2절「연구인력개발에 대한 조세특례」(제9조~제19조)에 규정되어 있다.

사) 특정지역에서 사업활동의 수행을 요건으로 하는 유사 세제혜택인 농어촌지역 창업중소기업 감면에 대한 선결정례(국심2001전322, 2001.08.13)에서도 사업을 경영하기 위하여 자재구입과 용역수주 및 제품의 판매활동 등 본사의 보조적인 활동을 위하여 서울에 지점을 설치한 경우에도 전액 감면가능하다고 판단하고 있으며, 국세청 또한 단지 외의 장소에서 본사의 지시에 따라 단순히 계약수주 및 홍보활동 등 감면대상 사업의 부수적인 업무를 수행하는 경우 감면규정을 적용받을 수 있는 것으로 판단(서면2팀1175 2008.06.11)하고 있다.

아) 따라서, 판매관리활동 등 부수적인 활동이 일부 서울에서 수행되었다 하더라도 연구개발활동을 포함한 주사업활동이 대전 본사에서 이루어지고 있는 OOO 관련 매출액은 전액 감면대상으로 볼 수 있다.

3) 청구법인이 이 건 감면소득을 안분할 경우에도 서울의 공통부서 인원은 제외하여야 하고, 공통부서 인원의 안분기준으로 각 사업별 매출액의 비율을 사용하는 것이 부당하다고 주장하는 구체적인 이유는 아래와 같다.

가) 우선, 서울의 공통부서는 OOO과는 전혀 관련이 없는 사업을 추진하고 있다. 조사청은 모두 첨단기술로 지정받은 사업이라는 이유로 별개의 사업인 OOO과 온라인서비스사업(청구법인은 각 사업별 매출을 별도로 구분기장하고 있음)을 ‘첨단사업’이라는 하나의 항목으로 통합한 후, 공통부서인원을 각 사업(첨단사업, 기타첨단사업, 비첨단사업)의 매출액 비율로 안분하였고, 그 결과 감면대상 연도 기준 매출액 중 가장 큰 비율을 차지하고 있던 OOO이 포함된 ‘첨단사업’에 공통부서인원 대부분이 배분되었으나, 서울의 공통부서가 수행하고 있는 사업은 아래 ＜표1-8＞ 및 ＜표1-9＞, ＜표1-10＞에서 확인할 수 있는 바와 같이 회사 전체의 일반관리업무를 수행하거나 OOO과는 별개의 온라인서비스사업, 기타첨단사업 및 비첨단사업의 영역을 계속 확장하기 위한 업무이므로, 처분청의 안분결과는 합리적이지 못하다.

나) 설사 서울의 공통부서가 OOO 관련 업무를 일부 수행한 것으로 본다 하더라도, 공통부서 인원의 안분기준으로 각 사업별 매출액의 비율을 사용하는 것이 부당한 이유는 아래와 같다.

① 청구법인의 매출 구조를 보면, 사업 초기에는 OOO 관련 매출액이 대부분을 차지하다가, 사업 후기로 갈수록 온라인서비스사업과 서울에서만 수행하는 기타첨단사업 및 비첨단사업의 매출액 비중이 높아지고 있음을 알 수 있는데, 연구개발이 선행되어야 하는 사업은 초기에는 비용이 많이 발생하다가 연구개발이 완료되어 제품이 판매되어야 비로소 수익이 창출된다(위 ＜표1-4＞ 참조).

② OOO의 경우에도 최초 3∼4년간은 연구개발비만 투입되다가 제품의 개발이 완료되어 판매되는 시점에 수익이 창출되었다.

③ 이와 같은 이유로 서울의 공통부서가 수행하는 사업(기타첨단사업 및 비첨단사업등 다양한 사업을 추진) 관련 매출액도 매년 늘어나고는 있으나, 그 당시 종사인원에 비례하여 매출액 및 소득금액이 곧바로 늘어나는 것은 아님을 알 수 있는데, 이는 서울사업장의 인원이 늘어날수록 감면대상사업 종사인원의 비율 및 감면대상 매출액의 비율이 낮아질 수 밖에 없음에도 청구법인이 OOO과는 별개의 신규사업 영역을 계속 확장해 나가기 위하여 서울사무소의 인원을 계속 확대하고 있으나, 사업 성과는 종사인원에 비례하여 곧바로 발생하는 것이 아니기 때문이다. 예컨대, 그동안 서울의 공통부서 인원들이 주축이 되어 비밀리에 추진해온 사업 중의 하나가 “스크린 야구 개발사업”인데, 그동안 연구개발비만 투입되다가 2016년부터 매출이 발생하게 되었다.

④ 처분청은 공통부서 인원의 안분기준으로 매출액의 비율을 사용하는 것이 일반적이고, 이 건에서도 종사인원과 매출액간에 양의 상관관계가 존재한다(상관계수 0.95)는 취지의 의견도 제출하였으나, 위 다)에서 설명한 바와 같은 이유로 이 건에서는 공통부서 인원과 OOO의 증가간에는 직접적인 상관관계가 존재하지 아니한다. 그 내용은 위 ＜표1-4＞ 및 ＜표1-6＞에서도 확인할 수 있는데, 이는 공통부서 인원은 매년 크게 증가하고 있음에도, OOO이 이에 비례하여 늘어나지는 아니하고 있는 점에서도 확인할 수 있다. 즉, 처분청은 매출액과 종사인원수간에 직접 상관관계가 존재할 것이라는 전제하에 매출액으로 안분한 종사인원과 그 안분된 매출액 사이에 상관계수를 산출한 것으로 보이나, 상관계수는 매출액으로 안분하기 전 종사인원의 역할과 매출액과의 연관성 정도를 분석하는 방법으로 산출하여야 한다.

(마) 처분청이 이 건 심판 심리과정에서 추가로 제출한 자료의 주요 내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 서울사무소에서는 판매업체 관리만 하고, 연구개발을 비롯하여 생산업체 관리, 출고관리, 설치업체 관리, A/S 등 나머지 업무(이하 ‘연구개발 업무 등)는 대부분 대전에서 담당하였으므로 OOO 부문 매출은 전액 감면대상으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, ① 본 사건 감면의 근거가 된

「조특법」제12조의2

에서는 첨단기술기업 세액감면을 받기 위한 요건을 「해당 구역의 사업장에서 생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하는 경우」로 규정하고 있는데, 위 규정의 ‘사업을 하는 경우’를 오로지 ‘연구개발 업무 등이 사업장에서 이루어지는 경우’로 해석하기는 어려운 점 ② 청구법인이 영위하는 제품제조업은 제품 판매, 홍보 등이 매출에 직접적인 영향을 주는 핵심적인 요소에 해당하므로 단순히 연구개발 업무 등만을 ‘사업’으로 볼 수 없는 점 ③ 청구법인 역시 서울 사업장 일부 인원이 직접 OOO 부문에 종사하였다는 점을 자인한 바 있는 점 ④ 2012년 공통 임직원 총 수 263명 중 OOO 사업 관련 임직원 71명, 웹서비스 관련 임직원 50명(총 121명, 전체 공통 임직원의 46%) 등은 각 OOO 사업 및 온라인사업과 관련된 인력으로 첨단기술사업 관련 업무를 수행한 것으로 추정되는 점 ⑤ 그 이외에도 2012년 기준 경영관리본부 59명, 임원 5명 등 64명(총 128명, 전체 공통 임직원의 49%) 역시 다액의 매출액이 발생하는 OOO 사업 및 온라인사업 부문 업무를 상당량 수행했을 것으로 예측되는 점 ⑥ OOO 사례에서와 같이 본사 위장 이전을 통한 부당한 법인세 감면 사례가 속출하고 있는 것을 정책적 차원에서 막을 필요성이 존재하는 점 ⑦

「특구법」제1조

는 「이 법은 연구개발특구의 육성을 통하여 그 지역에 있는 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고, 상호협력을 활성화하며, 연구개발 성과의 사업화 및 창업을 지원함으로써 국가기술의 혁신 및 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다」고 규정하고 있는바, 동법에 따른 첨단기술기업의 지정과

동법 제14조

에 따라 첨단기술기업에 대한 세액감면을 규정하고 있는

「조특법」제12조의2

의 궁극적인 목표는 ㉮ 특구 소재 기업의 연구개발의 촉진과, ㉯ 사업화 및 창업 촉진, ㉰ 국가 기술의 혁신 및 국민경제의 발전을 도모하는 것으로 설명할 수 있는데, 만약 청구법인의 주장과 같이 연구개발 업무 등만을 대전 사업장에서 영위하는 경우, 생산 업무를 아웃소싱하고, 판매, 관리, 운영 조직 등을 모두 서울에 두어도 100% 첨단기술 기업 세액감면을 받을 수 있게 되는바, 이는 사업화 및 창업 촉진, 국가 기술의 혁신 및 국민경제의 발전을 도모를 목적으로 하는 관련 법령의 입법취지에 정면으로 배치되는 점 등을 종합적으로 고려하면 청구법인의 주장은 설득력이 없다.

2) 청구법인은 사업장 단위로 임직원 수를 안분하여 감면비율을 산정하더라도 공통 임직원들은 매출액이 아니라 대전과 서울의 OOO 직접 종사인원의 비율로 안분하여야 한다는 취지의 주장도 하였으나, ① 청구법인의 매출액과 공통 임직원 수 사이에 높은 상관관계가 존재하며(상관계수 0.95), ② 기획재정부에서도 감면대상 사업을 사업장별로 안분하는 기준으로 매출액 등의 기준에 의하여 안분하되 이를 적용할 수 없는 경우에 한해 근무인원의 기준에 의해서 감면 대상소득을 안분 계산하도록 한 점(기획재정부 조세특례제도과-661, 2013. 7. 31.), ③ 공통부서 임직원 수(197명)가 직접 종사인원(97명)의 2배가 넘는데도 오히려 직접 종사인원만을 기준으로 안분하는 것은 비합리적인 점 등을 고려한다면 청구법인의 주장은 설득력이 없다.

3) 또한, 청구법인은 온라인사업 부문 매출의 경우 OOO과 별개의 사업으로 보아야 한다고 주장하나, ① 온라인사업은 OOO과 처음부터 하나의 사업으로 기획되었기에 청구법인에게 2008년 이전에는 온라인사업 매출 자체가 별도로 구분되지 않았던 점 ② 하드웨어는 소프트웨어와 밀접한 연관관계가 있기에 개발 시점부터 상호협업을 해야 하므로 인력의 사후 배분은 타당하지 않은 점 ③ 언론에서도 청구법인 OOO 급성장의 첫 번째 이유로 온라인서비스를 드는 등 온라인사업이 OOO 부문 매출에 직접적인 영향을 미친 점 ④ 청구법인 OOO을 이용하는 소비자들의 입장에서는 이용 시간에 따른 요금만 납부하면 될 뿐 온라인사업 부문 관련 비용을 별도로 지불한다는 인식을 가지고 있지 않고, 나아가 온라인 서비스 사용 유무에 따라 이용 요금에 변화가 있는 것도 아닌 점 등을 종합적으로 고려한다면 온라인사업은 OOO과 구분할 수 없는 하나의 사업으로 보아야 할 것이다.

(바) 청구법인은 이 건 심리과정에서 온라인서비스사업은 사업초기에는 대전에서 연구개발이 수행되었으나, 2008년 이후에는 서울에서도 연구개발 업무 등이 상당부분 수행되었고, 대전과 서울의 역할을 명확하게 구분하여 설명하기가 어려운 점을 감안하여 온라인서비스사업 관련 법인세는 감면 적용을 포기하겠다는 취지의 의견을 제출한바 있고, 이에 대하여 처분청은 OOO과 온라인서비스사업은 하나의 사업이므로 온라인서비스사업을 포기하는 경우에는 OOO 관련 법인세도 감면받을 수 없다는 취지의 의견을 제출한바 있는데 이에 대하여 청구법인은 아래와 같은 의견을 추가로 제출하였다.

1) 처분청은 온라인서비스사업을 통하여 개발된 S/W가 OOO이라는 H/W를 운용하는데 필수불가결한 S/W이므로 온라인서비스가 제공되지 아니한 OOO은 단순한 H/W(기계장치)에 불과하다고 오인한 것으로 보이나, OOO을 운용하는 S/W는 OOO내에 이미 내장되어 판매되고, 온라인서비스사업을 통하여 개발된 S/W는 OOO을 운용하는 S/W와는 별개로 OOO에서 추가적인 서비스를 이용할 수 있도록 고안된 S/W이므로 OOO과 온라인서비스사업은 분리 가능하다. 실제 OOO 시장에는 OOO 제품만을 생산하고 온라인서비스 사업부분은 외주를 통해 공급하는 사업자 및 온라인서비스 사업만을 영위하는 사업자도 존재하며, 청구법인과 특수관계가 없는 법인에서 청구법인의 OOO에서 완벽하게 구현되는 온라인서비스(T-up)를 개발하는 사업을 추진한 사실도 있다. 이는 OOO등을 장착하면, 전화통화 서비스 등 다양한 서비스를 추가로 받을 수 있는 것과 마찬가지이다.

2) 또한 청구법인은 2000년 설립 후 OOO의 판매 및 임대를 주 수익원으로 하다가, 2006년 경 골프 시뮬레이터 시장이 포화 상태에 이르렀다는 판단 하에 신규 수익원 창출에 기업 역량을 집중하여, 각종 모바일·PC 게임 런칭, 골프용품 쇼핑몰·골프 포털 운영 등의 신규 분야로 사업을 확장하였는데, ‘기 판매한 개별 OOO 제품을 하나의 서버로 연결, 온라인을 통하여 각종 추가적인 서비스를 제공’하는 이른바 온라인서비스 사업도 위 신규 사업들 중의 하나로, 청구법인이 온라인서비스사업과 OOO을 처음부터 하나의 사업으로 기획한 것이 아니다.

3) 또한, 청구법인은 OOO에서 발생한 소득과 온라인서비스사업에서 발생한 소득을 구분하여 기장하고 있으며, 두 사업에서 발생하는 소득을 얻는 구조도 다르다. 즉 OOO 관련 소득은 OOO을 판매할 경우에 발생하며, 온라인서비스 관련 소득은 OOO이 설치된 매장에서 고객이 OOO을 이용할 때 추가로 발생되는 소득이다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

1)

「조특법」 제12조의2

에 의하면, ① 연구개발특구에 입주한 기업으로서 ② 첨단기술기업 지정을 받은 기업이 ③ 해당구역 안의 사업장에서 ④ 감면대상사업을 영위하는 경우에는 ⑤ 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 5년간 일정 비율의 법인세를 감면하도록 하였는바, 청구법인의 OOO이 위

「조특법」제12조의2

에 규정된 요건 중 ①, ②, ④, ⑤의 요건을 충족한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고, 다만 위 ③의 요건을 갖추었는지 여부에 대하여 다툼이 있으므로 이 건 OOO이 위 ③의 요건을 갖추었는지 여부, 즉 OOO이 특구내에서 수행되었는지 여부를 중심으로 살펴본다.

2) 우선, 처분청은 OOO과 온라인서비스사업이 분리 불가능한 사업이므로 청구법인이 온라인서비스사업 관련 매출액에 대하여 감면을 포기할 경우 OOO도 감면 대상이 아니라는 의견인바 이에 대하여 살펴보면, 온라인서비스사업이 OOO과 관련된 사업이기는 하나, 청구법인이 OOO과 온라인서비스사업의 소득을 구분 기장한 점, OOO에는 동 제품을 가동시키는데 필요한 S/W가 별도로 내장되어 있어 온라인서비스가 제공되지 않는다 하여 OOO을 전혀 사용할 수 없는 것은 아니라고 보이는 점, OOO과 온라인서비스사업이 밀접한 관련이 있다고는 하나 사업내용, 원천기술, 소득발생구조, 대가부담주체 등이 상이한 점 등을 감안할 때 두 사업은 서로 분리 불가능한 하나의 사업이 아니며, OOO소득 및 온라인서비스 소득은 각 사업의 특성에 따라 별도의 감면비율을 적용하여야 한다는 청구법인의 의견이 타당해 보이므로, 청구법인이 온라인서비스사업 관련 매출액에 대하여 감면을 포기한다는 의견을 제출하였다 하여 OOO과 관련된 법인세까지 감면받을 수 없는 것은 아니라고 판단된다.

3) 또한, OOO은 대전의 특구단지 내에서 개발한 OOO을 제품화하여 판매하는 사업으로, 청구법인은 당초 OOO을 주목적으로 하여 대전에서 설립하였고, 정부시책에 부응하여 대전의 특구단지 내에서 OOO의 연구개발 업무에 전념하면서 감면요건인 첨단기술기업 지정을 받았으며, OOO 관련 연구개발, 생산관리, A/S 등 주사업활동의 대부분이 대전의 특구단지 내에서 이루어진 점 등으로 보아 OOO 관련 소득은 원칙적으로 감면대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4) 다만, 청구법인은 서울에 판매업체 관리부서를 둔 이유에 대하여, 개발한 OOO의 수요처가 전국 각지에 분포하고 있고, 연구개발 업무를 주로 하는 청구법인의 인원을 판매활동에 투입할 수는 없으므로, 판매업무는 서울 등지의 별도 판매업체에 위탁하여 수행하면서 동 판매업체를 관리하기 위한 것이라고 소명하면서 동 관리부서의 활동을 보조적 활동으로 보아야지 주사업활동으로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있고, 처분청은 청구법인이 서울에 OOO 관련 판매업체 관리부서를 두었으므로 동 부서 인원(서울의 OOO 직접종사인원)의 기여에 따른 소득은 감면대상에서 제외하여야 한다는 의견인바,

청구법인은 판매업체 관리업무를 대전 특구내에서 수행하지 아니하고 전부 서울에서 수행하였으며, 서울의 판매업체 관리부서는 OOO과 관련된 판매업체 관리활동만 수행하고 OOO 이외의 다른 사업 관련 업무는 수행하고 있지 아니하고 있는 것으로 보이므로 처분청이 동 판매업체 관리활동도 OOO의 주사업활동 중 일부라고 보아 서울에서 근무하는 판매업체 관리부서 인원의 기여에 따른 소득을 감면대상에서 제외한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5) 한편, 처분청은 서울의 공통부서도 OOO 관련 업무를 전혀 수행하지 아니하였다고 보기 어려우므로 각 사업연도말 현재 매출액에 비례하여 안분한 인원의 기여에 따른 소득은 감면대상에서 제외하여야 한다는 의견이고, 청구법인은 서울의 공통부서는 OOO과는 별개의 사업 관련 업무를 수행하고 있으며, 연구개발이 선행되어야 하는 업무는 연구개발단계에서는 수익이 발생하기 어려운데도 처분청이 각사업연도말 현재 매출액에 비례하여 공통부서 인원의 각 사업별 기여 비율을 산정한 것도 부당하다고 주장하는바,

처분청이 OOO도 일부 수행하였다고 본 서울의 공통부서가 수행하는 업무들은 법인의 일반관리업무이거나, OOO과는 별개로 골프와 관련된 신규사업영역을 계속 확장하는데 주목적이 있는 업무로 OOO과는 구별되는 별개의 사업 관련 업무로 보이고, 연구개발이 선행되어야 하는 업무는 연구개발단계에서는 수익이 발생하기 어려운데, 청구법인의 경우에도 연구개발한 상품을 제품화하기까지는 평균 3~4년의 연구개발기간이 소요되고 있는 점, 청구법인의 2008사업연도 이후 매출액 추이를 보면 OOO을 제외한 온라인 서비스사업 및 기타첨단, 비첨단 사업부문별의 전년도 대비 매출신장율이 급성장하고 있으며 직영으로 연습장 등을 운영하고 유통 및 광고.제휴관련 사업이 확대되는 것으로 보아 서울의 공통부서인원은 OOO을 제외한 나머지 사업부분을 지원하기 위하여 인원이 증원된 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 과세기간에 서울의 공통부서 인원도 OOO 관련 업무를 일부 수행하였다고 추정하고, 특정 시점에 발생한 매출액에 비례하여 공통부서의 인원의 각 사업별 기여 비율을 안분한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

따라서, OOO 관련 소득은 원칙적으로 감면대상으로 보되, 처분청이 확인한 서울의 OOO 판매업체 관리부서 인원)의 기여 비율에 따른 소득만 감면대상에서 제외하여 이 건 감면대상 소득을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2008.3.12. OOO의 계열사로, OOO 또는 “투자자”라 한다)로부터 투자를 받았고, 이 과정에서 대주주인 OOO(이하 “대주주”라 한다)은 투자자에게 자신의 주식을 양도하는 대가로 투자자가 인수한 신주(상환전환우선주) 중 40%를 ‘신주 인수가액에 연복리 10%를 가산한 금액’에 매입할 수 있는 쟁점콜옵션을 부여받은 후, 2010.9.17. 이를 행사하여 투자자로부터 청구법인이 발행한 우선주 234,740주를 1주당 OOO원에 매입한 사실이 있는바, 청구법인이 OOO(투자자)와 투자약정을 체결한 경위 및 그 과정에서 청구법인의 대주주가 쟁점콜옵션을 부여받아 행사한 내역은 아래 ＜표2-1＞과 같다.

(나) 청구법인과 투자자 및 대주주가 2008.3.12. 체결한 「투자약정서」 및 「주주간 합의서」의 주요 내용은 아래와 같다.

2) 주식매매 및 주주간합의서(2008.3.12.)의 주요내용〔당사자 ⇒ 매수인 또는 투자자 : OOO, 회사 : 청구법인〕

(다) 처분청이 이 건 쟁점콜옵션 관련 거래를 부당행위계산 부인대상 거래로 본 주요 이유는 아래와 같다.

1) 이 건 투자계약서상 쟁점콜옵션의 당사자는 대주주와 투자자로 되어 있으나, 이 건 투자계약의 당사자는 청구법인, 투자자 및 대주주 3자이고, 청구법인이 투자계약에 따른 각종 의무를 이행하면서 반대급부로 취득하여야 할 권리를 대주주가 대신 취득한 것이므로 쟁점콜옵션 거래는 사실상 청구법인과 대주주간의 거래로 특수관계자간 거래에 해당한다.

2) 투자계약서에 나타난 각종 권리의무 관계를 보면, 청구법인은 투자자의 주식매수요청권(Put Option)에 응할 의무, 2010년말까지 기업공개 및 적격 기업공개를 할 의무, 각종 보고의무 등 주요 의무는 회사가 지고 있음에도(구체적 예시 : 제13조, 제15조, 제21조, 제22조 등 참조), 투자계약의 유리한 조건인 쟁점콜옵션 권리만 대주주가 취득하는 것은 합리성이 현저히 결여된 불공정한 계약이다.

3) 회사의 경영진 및 임직원의 노력에 의하여 달성될 수 있는 목표에 대하여 대주주만 혜택을 누리는 것은 부당하고, 경제적 합리성이 결여된 불공정하고 부당한 행위를 통하여 취득한 옵션을 대주주가 2010년에 행사하여 주식을 저가로 취득한 행위도

「법인세법」제52조

및 같은 법 시행령 제88조 제9항에 해당하는 부당행위계산 부인대상 거래에 해당한다.

4) 따라서, 쟁점콜옵션의 행사가격과 행사당시 시가(매매사례가액인 1주당 OOO원은 청구법인의 소득금액 계산상 익금산입하는 것이 타당하다.

(라) 이에 대하여 청구법인은 아래와 같은 이유로 쟁점콜옵션의 정당한 권리자는 대주주로 보아야 하고, 투자약정 당시 쟁점콜옵션의 부여자인 투자자와 부여받은 자인 대주주가 특수관계자가 아니므로 부당행위계산 부인대상 거래에 해당하지 않는다고 주장한다.

1) 조사청은 위 2008.3.12.자 투자약정서와 주주간합의서를 각각 별개의 약정으로 보고, 쟁점콜옵션이 부여된 투자약정서상 청구법인이 투자자의 주식매수요청권(Put option)에 대한 이행의무자이므로, 쟁점콜옵션의 권리도 당연히 청구법인이 부여받았어야 한다는 의견이나, 위 2개의 약정은 2008.1.5.자 양해각서의 이행을 위한 일련의 약정으로 서로 연관된 약정이고, 대주주는 투자유치를 위하여 자신의 지분 중 일부를 투자자에게 매각함에 따라 지분율 감소 및 상장시 기회손실을 감수하고(주주간합의서 제1조), 나머지 다른 주식의 자유로운 처분 권리를 제한받으면서(투자합의서 및 주주간합의서 제19조), 투자자의 Put option에 응하여야 하는 의무(주주간합의서 제22조)와 청구법인의 각종 의무불이행에 대한 연대보증 등을 부담하는 조건(투자약정서 및 주주간합의서 제32조)으로 쟁점콜옵션을 부여받은 것인 점

2) 투자자의 Put option에 대한 이행의무는 청구법인뿐만 아니라, 대주주 또한 별도로 부담하고 있는데(투자약정서 제22조 및 주주간합의서 제22조), 청구법인의 의무가 주로 유상감자에 응할 의무(자본거래)인 반면, 대주주의 의무는 주로 매수 의무(손익거래)이므로, 어느 방법을 취하더라도 궁극적으로는 주식발행법인인 청구법인에게는 피해가 없는 반면, 대주주 등 기존주주가 손실을 감수하여야 하는 점 등을 감안하면, 의무를 부담하는 자가 권리자라는 처분청의 논리에 따르더라도 대주주를 쟁점콜옵션의 정당한 권리자로 볼 수 있는 점

3) 투자자가 투자에 따른 위험부담을 축소시키기 위해 주주 등에게 주식처분제한, 연대보증 또는 손해배상의무 등을 부담하게 하고 이에 대한 대응조건으로 옵션을 부여하는 것은 투자계약 시 보편적으로 포함되는 조건인 점

4) 조사청은 청구법인이 약정 체결과정에서 얻은 이익이 없고 의무만 부담하였다는 의견이나, 위 투자약정의 체결로 인하여 청구법인은 ① 신규투자자를 유치하여 기업의 이미지를 제고하는 한편, ② 적어도 OOO원 이상의 신규투자자금을 유치하여 법인의 수익 증대OOO에 기여하였으며, ③ 이로 인하여 코스닥시장 상장 기반을 마련하였고, ④ 임직원에 대한 주식매수선택권(Stock Option) 부여 권리도 별도로 인정받은 사실이 있는 반면(투자합의서 및 주주간합의서 제14조), 청구법인이 부담한 각종 의무(주요 경영사항에 대하여 투자자에게 사전통지 및 협의할 의무, 기술의 이전 · 양도 · 겸업 및 신회사 설립시 투자자의 동의를 받을 의무 등)는 투자를 유치하는 회사로서 당연히 부담하여야 할 의무인 점

5) 대주주는 회사의 의무를 연대하여 보증할 의무가 있으나, 대주주가 부담하는 의무에 대하여 회사가 연대보증한 사실은 없으며(투자합의서 및 주주간합의서 제32조), 대주주가 자신이 매각한 16,500주 중에서 쟁점콜옵션 권리를 취득하였다면 문제가 없었을 것임에도 불구하고, 회사가 발행한 신주 5,500주 중에서 쟁점콜옵션 권리를 취득한 이유는 투자심사단계에서부터 콜옵션 대상주식을 신주로 약정하였기 때문이며, 신주가 상환전환우선주이기는 하나, 콜옵션 행사(2010.9.27) 전인 2009.12.24. 1:1의 비율로 보통주로 전환하여 대주주가 신주를 콜옵션으로 부여받음으로써 얻는 추가적인 이익은 존재하지 않는 점

6) 조사청은 쟁점콜옵션의 행사 결과에만 입각하여 대주주가 OOO원의 시세차익을 얻었다는 의견이나, ① 콜옵션은 부여당시 행사요건 충족 여부가 불확실한 권리이고, ② 이 건 콜옵션의 경우에도 대주주의 노력의 결과로 투자가 유치됨에 따라 청구법인의 수익이 증대되었고, 이로 인하여 비로소 행사요건이 충족된 것으로 보아야 하는 점 ③ 이 건 투자 유치는 청구법인에게 손해를 주지 않는 신주 발행방법(신주 발행으로 인한 손실도 결국 회사가 아닌 주주들에게 귀속됨)과 대주주의 보유주식 매각의 방법이 주로 사용되어 청구법인이 부담하는 위험은 비교적 적은 반면, 대주주가 부담하는 위험이 더욱 큰 점 ④ 만약 처분청의 의견과 같이 투자 유치와 관계없이 행사요건 충족이 충분히 예견되는 상황이었다고 가정할 경우 대주주는 보유주식을 매각한 후 일부 주식만을 콜옵션으로 재취득하는 것보다 보유주식을 매각하지 아니하고 보유함이 더욱 유리하였을 것이고, 대주주가 투자자에게 보유주식을 매각하지 않고 보유하고 있었다면 오히려 OOO원의 시세차익을 얻을 수 있었을 것임에도, 보유주식을 매각하고 쟁점콜옵션을 취득 및 행사함으로써 OOO원의 이익만 얻는 우를 범하지는 아니하였을 것인 점

7) (구)

상법 제341조

등에서 예외로 명시한 경우 이외에는 자기 주식 취득이 허용되지 않으며, 그에 반한 자기주식 취득은 효력이 없다는 것이 대법원의 확립된 입장이며(대법원 2006.10.12 선고 2005다75729 판결 등), 회사가 출자손실을 보전해주는 것을 내용으로 하는 풋옵션 약정은 자본충실의 원칙 및 주주평등의 원칙에 반하여 무효이고, 이러한 무효인 약정에 기하여 회사가 손해배상책임을 지기로 하는 약정도 무효(서울고등법원 2011.6.23 선고 2010나124153 판결)인바, 청구법인은 주식매수요청권의 상대방이 될 수 없으며, 투자계약서상 주식매수의무 및 그 미이행에 대한 손해배상책임을 부담하는 상대방은 대주주이므로, 콜옵션의 정당한 권리자는 대주주인 점

8) 설사, 조사청 주장대로 콜옵션이 당초 청구법인에 귀속될 것이었다고 하더라도, 이는 2008사업연도의 익금에 산입되어야 할 것이지 2010사업연도의 익금에 산입될 것이 아니며, 그 금액 역시 부여 당시의 콜옵션의 가치가 되어야지 행사시점의 시가와 행사가액의 차액이 될 것이 아닌 점 등

(마) 처분청은 이 건 심리과정에서 아래와 같은 의견을 추가로 제시하였다.

1) 청구법인은 투자약정서와 주주간합의서를 사실상 하나의 약정이라는 것을 전제로 주장하고 있으나, 실제 계약의 당사자가 전혀 다름OOO에도 이를 하나의 약정이라고 볼 수는 없으며, 대주주에게 투자합의서 및 주주간합의서에서 각종 이익과 손해가 병존한다는 주장은, 구주 거래에서 이익을 본 OOO에 대한 대가로 투자자가 대주주에게 콜옵션을 부여하였다는 것으로서 법인격을 무시한 해석에 해당하며, OOO와 별개의 법인격을 가지는 투자자로부터 별개의 거래 대상인 신주에 관하여 콜옵션을 부여 받았다는 설명은 납득하기 어려운 점

2) 대주주에 대한 콜옵션 부여 및 대주주의 콜옵션 행사 행위는 청구법인의 투자자에 대한 콜옵션 행사로 인한 주식 취득과 청구법인의 대주주에 대한 저가 주식 양도 행위로 해석되므로 이는 특수관계인간의 거래에 해당하고, 특수관계인간 거래로 인해 조세부담이 부당하게 감경이 되었다면 그 행위를 경제적 실질에 따라 법인세를 새로이 계산할 수 있는바, 본 거래의 실질은 아래와 같이 청구법인이 투자자에게 콜옵션을 행사해 자기주식을 취득한 후, 그 자기주식을 청구법인이 대주주에게 저가로 매매하는 2단계 구조로 보아야 하는 점

3) 이에 더해 신주는 상환우선주이며 구주는 보통주로 다른 종류 주식에 해당하므로 구주 매각과 신주 발행은 다른 거래에 해당하는 것이 명백한 점 등을 고려해보면, 대주주의 콜옵션 부여 및 행사 행위는 실질적으로 청구법인의 투자자에 대한 콜옵션 행사로 인한 주식 취득과 청구법인의 대주주에 대한 저가 주식 양도 행위를 의미하므로 이를 전제로 한 이 건 처분은 적법함

4) 청구법인은 청구법인이 약정 체결 과정에서 얻은 의무는 통상적으로 당연히 부담하여야 하는 것이며, 청구법인이 투자약정의 체결로 많은 이익을 분여 받았다고 주장하나, 신규 투자자금 유입과 법인 수익 증대의 상관관계를 입증하기 어렵고, 임직원에 대한 주식매수선택권 부여 권리를 별도로 부여받았다는 점은 청구법인의 이익과 아무런 관련이 없는 점

5) 대주주가 회사의 의무를 연대하여 보증하는 것은 통상적인 관례이나, 회사가 주주가 부담하는 의무에 대해서 그에 상응하는 담보를 제공받는 등 특별한 사정없이 연대보증하는 경우 형사상 업무상 배임죄가 성립하므로 청구법인이 대주주로부터 연대보증을 받았음에도 대주주에게 연대보증을 해주지 않았다는 점만으로 청구법인이 이익을 보았다고 볼 수 없는 점

6) 대주주에게 자신이 매각한 보통주인 구주에 대하여 콜옵션이 부여되었다면 부당행위계산이 애초부터 문제될 여지가 없었으나, 청구법인이 OOO에 발행한 상환우선주인 신주에 대하여 신주인수권을 부여한 것은 단순한 실수가 아니라 자신의 목적달성을 위한 의도적인 계산아래 이루어진 것이 명백한 점

7) 청구법인은 대주주가 투자자의 Put option에 응하여야 하는 의무가 있다고 주장하나 이는 자신이 처분한 구주에 관한 의무에 해당하므로 당연히 자신이 부담해야 하는 것에 불과할 뿐 청구법인과 아무런 관련이 없으며, 신주는 전환권, 상환권 및 의결권이 보장된 주식이기에 구주에 비해 명백히 높은 가치가 있음에도 불구하고 구주의 거래가격인 OOO원과 동일했던 점을 고려해 본다면 구주를 주당 91만 원에 매각하고 신주에 대한 콜옵션을 부여받은 대주주가 큰 이익을 본 사실은 명확한 점

8) 실제로 조사 당시 조사청이 내부적으로 수행한 구주의 상증세법상 보충적 평가액은 구주 거래 가격인 OOO원에 비해 현저히 낮은 것으로 평가된 점에 비추어 구주 매각으로 인해 대주주가 손해를 봤다는 주장은 전혀 설득력이 없는 점 및 대주주 지분 매각 시 소수주주 지분을 동일한 조건에 양도할 수 있도록 하는 주주 간 약정(소위 ‘Tag-along’ 조항)은 M＆A 관행상 통상적인 약정에 해당하는 점 등을 고려해볼 때 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

9) 또한, 청구법인은 대주주가 시세차익을 얻는 것을 예상하기 어려웠다는 의견이나, ① 콜옵션은 행사가격보다 주식의 시가가 높다고 판단되면 보유자가 행사 여부를 결정할 수 있는 권리로 권리만 있을 뿐 그에 수반하는 아무런 의무가 따르지 않기 때문에 경제적 가치를 가질 수밖에 없는 점, ② 이 건 콜옵션은 청구법인이 취득해야 했음에도 이를 대주주가 취득한 바 이와 같은 행위는 결국 청구법인이 시가보다 저가에 주식을 취득하여 이를 처분해 과세대상인 자기주식 처분이익을 누릴 수 있었음에도 이를 포기하고 대주주에게 부여되도록 함으로써 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하는 점, ③ 콜옵션의 행사 시점은 전적으로 콜옵션 보유자의 의지에 달려 있으며, 콜옵션 행사가격은 정해져 있으나 청구법인의 주식 가격을 예측하는 것은 불가능하기에 계약 시 콜옵션의 사실상 가격은 산정이 불가능하므로 청구법인의 주장대로라면 원천적으로 콜옵션 부여에 대하여 과세할 수 없는 모순점이 발생하는 점 ④ 대주주가 투자자에게 보유주식을 매각한 것과 OOO로부터 콜옵션을 부여받은 것은 전혀 다른 당사자간 별개 계약에 따라 다른 종류의 주식에 관하여 이루어진 별개의 사건에 해당하는 점 ⑤ 콜옵션은 행사하지 않을 수 있는 권리로서, 만에 하나 주식의 가격이 하락하였다고 하더라도 대주주에게는 손실이 발생하지 않기 때문에 대주주에게 위험에 대한 이익이 발생한 것은 명확한 점 ⑥ 근원적으로 본 사안의 과세처분을 인정하지 않는 경우에는, 본 계약과 동일한 방식으로 부의 무상이전을 하는 경우가 발생할 것으로 예상되는 점 등으로 보아 청구주장은 타당하지 않다.

(마)

「법인세법」 제52조

및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에 의하면, 법인이 특수관계인에게 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

1) 우선, 처분청은 이 건 2008.3.12.자 「투자약정서」와 「주식매매 및 주주간 합의서」를 당사자가 다르다는 이유로 각각 별개의 약정으로 보아 이 건에 대한 사실판단을 하였고, 청구법인은 동 「투자약정서」와 「주식매매 및 주주간 합의서」가 별개의 약정이 아니라 서로 연관된 약정에 해당한다고 주장하고 있는바, 형식상 「투자약정서(2008.3.12.)」상의 당사자는 투자자OOO 및 회사(청구법인)로 되어 있고,「주식매매 및 주주간 합의서(2008.3.12.)」상의 당사자는 매수인 또는 투자자OOO 및 회사(청구법인)로 되어 있으나, OOO는 국내 투자를 위하여 설립된 국내법인이고, OOO의 지분 99%를 보유한 OOO 법인인 점 등을 감안할 때, 이 건「투자약정서」와「주식매매 및 주주간 합의서」는 전혀 별개의 약정이 아니라, 2008.1.25.자「양해각서」의 이행을 위한 일련의 약정으로 서로 연관된 약정에 해당한다고 판단된다.

2) 또한, 처분청은 청구법인이 계약 체결과정에서 의무만 부담하고 쟁점콜옵션은 대주주가 부여받았으므로, 쟁점콜옵션의 정당한 권리자를 청구법인으로 보아야 한다는 의견인바, 청구법인은 약정 체결과정에서 의무만 부담한 것이 아니라, 적어도 OOO원 이상의 신규 투자자금을 유치하여 법인의 수익 증대에 기여하였고, 이로 인하여 코스닥시장 상장 기반을 마련하였으며, 임직원에 대한 주식매수선택권(Stock Option) 부여 권리도 별도로 인정받은 사실이 있는 반면, 청구법인이 부담한 각종 의무는 투자를 유치하는 회사가 당연히 부담하여야 할 의무로 보이는 점이 있다.

3) 한편, 대주주는 자신의 지분 중 일부를 투자자에게 양도하고, 나머지 소유주식의 자유로운 처분 권리를 제한받으면서, 투자자의 주식매수요청권(Put Option)에 응할 의무와 청구법인이 투자자에 대하여 부담하는 의무를 이행하지 못할 경우 연대보증을 부담하는 조건(투자자의 의무불이행에 대하여 청구법인이 연대보증을 부담하지는 아니함)으로 투자자로부터 쟁점콜옵션을 부여받은 것으로 보이고, 사업 실패시 투자자의 Put Option에 응할 의무 중 청구법인은 주로 감자 등 자본거래 관련 의무이고, 대주주의 의무는 주로 매수 등 손익거래 관련 의무이므로, 어느 경우이든 그 손실은 대주주에게 귀속되고, 청구법인에게는 손실이 발생하지 아니하는 점 등을 감안하면, 쟁점콜옵션의 정당한 권리자는 청구법인이 아니라 「투자약정서」의 내용에 따라 대주주로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점콜옵션의 정당한 권리자를 청구법인으로 보고, 청구법인이 투자자로부터 부여받은 쟁점콜옵션을 대주주에게 다시 부여하였다고 보아 이 건 거래에 대하여 부당행위계산 부인을 적용한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2012년 2월경 OOO 신제품을 출시하면서 2011년 1월에 출시하였던 OOO을 설치하는 고객들에 비하여 할인된 금액으로 OOO으로 업그레이드해 주는 내용의 이른바 ‘보상판매’를 실시하였는바, 그 내역은 아래 ＜표3-1＞과 같다.

(나) 조사청은 청구법인이 회수한 구제품OOO을 전량 폐기하지 아니하고, 일부를 재활용 등에 활용할 목적으로 보관하고 있었으므로, 회수한 구제품의 구성품에 해당하는 할인액은 그 대가를 현물로 받은 경우에 해당한다 하여 그 구체적인 가액을 아래와 같은 방법으로 산정하였다.

1) 조사청은 OOO을 신품 교체부분과 기존제품 사용부분의 직접재료비 비율로 나누어 신품 교체부분의 정상가격(업그레이드 정상가격)이 1대당 OOO원이 되어야 한다고 보고, 동 업그레이드 정상가격에서 청구법인이 실제로 받은 업그레이드 비용OOO을 차감한 금액을 청구법인이 업그레이드 대가로 추가로 받았어야 할 금액, 즉 구제품OOO 구성품의 회수대가로 할인한 쟁점할인액으로 보았는바, OOO 제품형별 할인액의 산정내역은 아래 ＜표3-2＞와 같다.

2) 조사청의 조사자료에 의하면, ‘보상판매되는 OOO의 구성품은 기존제품 중 활용 가능한 품목을 제외한 품목으로 되어 있으며, OOO와 일부 협력업체의 창고로 보내어 해당 업체에서 보관 및 폐기 처리를 원칙으로 하고 있다’고 기재되어 있고, 그럼에도 불구하고 확인결과 ‘청구법인은 회수 품목을 전량 폐기하지 아니하고, 회수품목 중 본체(PC), 센서, OOO 등 일부 품목을 중고품으로 매각하거나 또는 무상 증여 등 재활용에 사용한 사실을 확인하였다’고 기재되어 있다.

(다) 이에 대하여 청구법인은 아래와 같은 이유로 쟁점할인액은 전액 부가가치세법상 매출에누리로 보아야 한다고 주장한다.

1) 청구법인은 OOO을 출시한지 1년 1개월이라는 짧은 기간에 다시 OOO을 설치한 기존 점주들의 불만을 사게 되었고, 이에 따라 OOO을 보유한 기존 점주들에게 정식으로 보상판매 안내문을 발송하고, 구제품OOO으로 업그레이드 하는데 소요되는 최소의 비용만 받고 업그레이드를 해 준 것이며, 업그레이드 여부는 OOO을 보유한 점주들의 판단에 따라 선택적으로 진행하였다.

2) 조사청은 청구법인이 회수한 구제품의 구성품을 전량 폐기하지 아니하고 일부를 재활용한 사실이 있으므로, 회수한 구제품의 구성품 상당액은 전액 대가를 현물로 받은 경우에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 구제품의 구성품을 회수한 이유는 ① 재활용이 주목적이 아니라(청구법인은 2012년에 OOO의 생산을 중단하였으며, OOO는 단기간 사용하여도 재활용이 불가능함), ② 중고제품의 유통으로 인하여 점주들이 입게 될 손해를 방지하고, ③ 이미 OOO을 보유한 기존 점주들의 부담을 덜어주기 위한 차원이었다.

3) 위와 같이 이미 OOO을 보유한 점주로서 재구매를 희망하는 고객에게 통상의 공급가격OOO을 신규로 설치하는 고객에게 공급하는 가격)보다 할인된 가격에 업그레이드를 실시한 것은 ‘재화 또는 용역의 공급에 있어 그 품질.수량 및 인도.공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 통상의 공급가액에서 일정액을 할인한 경우’에 해당하고, 합리적인 이유도 있으므로 부가가치세법(구

「부가가치세법 시행령」제52조

제2항)상 매출에누리의 정의에 부합한다.

4) 청구법인은 회수한 중고품의 재활용 및 폐기 내역을 아래 ＜표3-3＞ 및 ＜표3-4＞와 같이 제출하면서, 재활용에 사용한 구제품의 구성품은 PC 본체를 제외하고는 전체 회수물량의 약 4～6%에 불과하고, 나머지는 폐기하였으며, 실제 재활용에 사용한 구성품의 가치는 약 OOO원 대비 약 0.95%에 불과하다고 소명하였다.

(라) 청구법인은 예비적 청구로서 OOO에 상응하는 금액을 과세표준에서 차감하여야 하는 이유를 아래와 같이 소명하고 있다.

1) 이 건 업그레이드 대상 구성품은 크게 OOO는 단기간 사용에도 불구하고 원칙적으로 재사용이 불가능한 구성품이다.

2) 따라서, 청구법인은 이 건 업그레이드 계획 수립당시부터 OOO는 폐기하는 것으로 계획하였고(이는 처분청이 과세근거로 제시한 문서에서도 확인됨), 실제 매월 1～3회에 걸쳐 폐기하였다.

(마) 조사청의 의견과 청구법인의 주장의 차이를 도표로 요약하면, 아래와 같다(금액은 OOO 신품 중 최상품 가격 기준임).

1) 처분청의 의견

가) 처분청은 청구법인이 회수한 구제품의 구성품을 폐기하지 아니하고 재사용하거나 재사용할 예정으로 보관하고 있었다는 이유로, 신제품과 구제품의 교환거래와 유사하게 보고, 업그레이드시 교체한 구성품에 해당하는 신품 설치가격(원재료비 비율로 계산)을 업그레이드 정상가격으로 본 다음, 처분청이 산정한 업그레이드 정상가격과 실제 업그레이드가격의 차액인 쟁점할인액을 현물로 받은 대가 즉, 회수한 구제품 구성품의 시가로 보아 부가가치세 과세표준에 추가로 포함하여야 한다고 보았다.

나) 위 처분청의 관점에 의하면, 청구법인은 점주들에게 OOO원의 매출세금계산서를 발행하였어야 하고, 점주들은 청구법인에게 구제품의 구성품 회수대가에 해당하는 OOO원의 매출세금계산서를 발행하였어야 한다.

2) 청구법인의 주장①(주위적 청구)

가) 청구법인이 이 건 업그레이드시 OOO을 신규로 설치하는 점주들보다 할인된 가격을 받은 것은 OOO을 출시하게 됨에 따라 이미 OOO을 보유한 점주들의 불만을 무마하고 부담을 경감하기 위한 차원이었고, 이 과정에서 구제품의 구성품을 회수한 것 또한 재활용이 주목적이 아니라, 중고품의 유통으로 인하여 점주들이 입게 될 손해를 방지하지 하기 위한 차원이었으며, 청구법인은 이 건 업그레이드시 청구법인과 특수관계가 없는 점주들을 대상으로 업그레이드 가격(할인된 보상가격)을 미리 공지하고, 희망자에 한하여 업그레이드를 실시하였으므로 실제 업그레이드가격 자체가 정상가격에 해당하는 점이 있으며, 처분청이 산정한 업그레이드 정상가격과 실제 업그레이드가격의 차액인 쟁점할인액은 부가가치세법상 매출에누리로 보아야 한다.

나) 위 주장에 의하면, 청구법인은 점주들에게 OOO원의 세금계산서만 발행하면 되고, 점주들은 청구법인에게 별도로 세금계산서를 발행할 필요가 없게 된다.

3) 청구법인의 주장②(예비적 청구)

가) 청구법인이 이 건 업그레이드시 회수한 구제품의 구성품을 재활용하였다는 이유로 회수한 구제품의 구성품을 현물로 받은 대가로 본다 하더라도, OOO는 단기간 사용에도 불구하고 원칙적으로 재활용이 불가능한 품목이므로 현물로 받은 대가에서 제외하여 업그레이드 정상가격을 다시 산정하고, OOO에 상응하는 신품 설치비는 매출에누리로 보아야 한다.

나) 위 주장에 의하면, 청구법인은 점주들에게 OOO 신품 설치비 상당의 세금계산서를 발행하였어야 하고, 점주들은 청구법인에게 OOO 신품 설치비에서 현금 지급분 OOO원을 차감한 금액에 해당하는 세금계산서를 발행하였어야 한다.

(바)

「부가가치세법」제13조

제2항 제1호에서 에누리액은 과세표준에 포함하지 아니하도록 하였고, 같은 법 시행령 제52조 제2항에서 ‘법 제13조 제2항 제1호에서 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질ㆍ수량 및 인도ㆍ공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다’고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제14조 제1항 제3호에서 ‘재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것은 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급으로 본다’고 규정하고 있다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점할인액이 위

「부가가치세법」제13조

제2항 제1호에 규정된 ‘에누리액’에 해당한다고 주장하고 있고, 처분청은 이 건 거래가 위

「부가가치세법 시행령」 제14조

제1항 제3호에 규정된 ‘교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것’에 해당하므로 쟁점할인액은 현물로 받은 대가에 해당한다는 의견인바,

1) 우선, 청구법인이 OOO을 출시하면서 약 1년 전에 출시한 구제품OOO을 보유한 점주들을 대상으로 공지한 업그레이드 가격이 1대당 OOO원인데 비하여, 처분청이 산정한 업그레이드 정상가격은 1대당 OOO원으로 불과 1년 전에 OOO을 설치한 기존 점주들의 입장을 감안하면 너무 과도한 가격으로 보이는 점

2) 또한, 이 건 업그레이드가 리콜과 유사하게 모든 점주들을 대상으로 실시된 것이 아니라, 업그레이드 참여 여부가 기존 점주들의 선택사항이었고, 청구법인과 기존 점주들간에는 세법상 특수관계가 없었던 점

3) 처분청은 청구법인이 회수한 구제품의 구성품을 전량 폐기하지 아니하고 일부 재활용하거나 재활용할 계획이었으므로, 이 건 거래가 구제품과 신제품의 교환거래에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 회수한 구제품의 구성품을 재활용한 비율이 PC를 제외하면 구성품별로 0～7%에 불과하고, 재활용 비율이 비교적 높은 PC의 경우에도 처분가격이 1대당 OOO원 미만으로 극히 저가일 뿐만 아니라, 전체 금액기준으로 볼 때도 재활용품의 처분가격이 쟁점할인액의 0.95%에 불과한 점이 있고, 청구법인은 구제품의 구성품을 회수한 이유에 대하여 재활용이 주목적이 아니라 구제품의 유통으로 인한 기존점주들의 권리 침해를 방지하기 위한 것이었다고 소명하고 있으며, 실제로 청구법인이 OOO의 생산을 중단한 점을 감안할 때, 구제품의 구성품을 회수한 주된 이유가 재활용 목적이 아니라 구제품의 유통 방지를 위한 것이었다는 청구주장이 타당해 보이고, 이 건 거래를 구제품과 신제품의 교환거래로 보기는 어렵다고 보이는 점

4) 업그레이드시 회수한 구성품의 재활용 여부에 따라 세금계산서 발행방법을 달리한다면, 재활용 여부가 불분명할 경우 법적 안정성을 확보하기가 어렵고, 처분청과 청구법인이 주장하는 3가지 방법 중 어느 방법으로 신고하여도 실제로 납부할 부가가치세의 차이가 없으며, 만약 처분청이 산정한 업그레이드 정상가격을 청구법인이 이 건 업그레이드 가격으로 공지하였더라면, 이에 응하였을 점주들은 거의 없었을 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 쟁점할인액은 세법상 특수관계가 없는 자간에 합의된 정상적인 할인액으로

「부가가치세법」제13조

제2항 제1호에 규정된 ‘에누리액’에 해당한다고 판단된다.

따라서, 쟁점할인액은 전액 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다

(가) 청구법인은 OOO 개발과 관련하여 연구개발활동을 수행하면서, 연구전담부서 인력의 인건비에 대하여 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’를 적용받고 있는데, 조사청은 동 세액공제 대상에 포함된 금액 중 확정기여형 퇴직연금의 회사부담금은 인건비가 아니라 퇴직급여에 해당하므로 세액공제 대상이 아니라 하여 세액공제를 배제하는 등의 방법으로 청구법인의 소득금액을 재계산하였다.

(나) 이에 대하여 청구법인은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 범위를 규정한 구「조특법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전) 〔별표6〕에서 퇴직급여를 제외하도록 한 규정을 별도로 두지 아니한 점과 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대해서도 과세특례가 적용된다는 대법원 판결(2011두6844, 2011.6.24.)이 있는 점에 비추어 쟁점부담금은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다는 취지의 주장이고, 처분청은 2012.2.2. 「조특법 시행령」〔별표6〕이 개정되기 이전에도 「조특법 기본통칙」 9-8…1에서 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하는 인건비의 범위에서 퇴직급여가 제외됨을 분명히 하고 있었고, 조세심판원에서도 퇴직급여는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보고 있으므로(조심 2011부1401, 2012.2.16. 등 참조), 쟁점부담금에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제 적용을 배제한 것은 정당하다는 의견이다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 확정기여형 퇴직연금의 회사부담금도 퇴직급여에 해당된다고 판단되고, 퇴직급여는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 판단되므로 이 부분에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다(조심 2011부1401, 2012.2.16. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.