조심2010중2339 (2011.05.02)

1. 이 건 심판청구 중

청구법인의 2007년 사업연도 법인세에 관한 부분은

각하한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 내국법인으로 2004.2.14.부터 경기도 OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 15필지에서 국민주택 규모 아파트 8동 441세대에 대한 건설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 착수하여 2006.4.5. 준공승인 및 매각으로 사업을 종료하였고, 쟁점공사의 사업승인 조건으로 되어 있는 경기도 OOO OOO OOO OOO OOO 인근 소재 초등학교(이하 “쟁점초등학교”라 한다)의 신축공사를 완료하여 2007년 11월경 경기도에 양도하였고, 2004～2006사업연도 법인세 신고시 쟁점공사 사업장부지 및 쟁점

초등학교 건설부지의 취득가액을 작업진행률에 따라 손금에 산입하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시하여 쟁점공사가 종료된 이후에도 청구법인이 소유하고 있는 경기도 OOO OOO OOO OOO OOOOOO 답 274㎡, 399-14 답 77㎡(합하여 이하 “쟁점주택부지”라 한다)는 업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 아니하고, 쟁점초등학교 건설부지의 취득가액 관련 비용의 손금산입시기는 학교용지의 보상시기인 2007사업연도라고 보아, 쟁점주택부지의 취득가액인 219,523,468원(2004사업연도 : 21,489,811원, 2005사업연도 : 126,536,839원, 2006사업연도 : 71,496,818원; 이하 “쟁점금액”이라 한다), 쟁점초등학교 건설부지의 취득가액 4,257,953,103원(2005사업연도 : 1,317,646,737원, 2006사업연도 : 2,940,306,366원)을 각각 손금불산입하여, 2010.2.3. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 557,392,490원, 2006사업연도 법인세 711,356,570원(이의신청한 결과 75,185,380원은 직권감액경정이 되었음)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.3. 이의신청을 거쳐 2010.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주택부지 관련

「법인세법 시행령」제69조

제2항은 “건설 등의 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.”라고 규정하였으며,

「법인세법 시행규칙」제34조

제2항은 작업진행률의 계산시 기업회계기준이 정하는 바에 의하도록 규정하고 있는데, 쟁점주택부지는 매각이 불가능한 자투리 부지로서 사업용 토지에 해당한다 할 것이므로, 그 취득가액인 쟁점금액은 2005, 2006사업연도 손금으로 추인되어야 한다.

(2) 쟁점학교부지 관련

처분청은 쟁점초등학교 신축부지의 취득가액인 4,257,953,103원을 2005, 2006사업연도 법인세 손금에서 부인하면서 경기도에 매각되지 아니한 토지를 제외한 나머지인 3,858,106,410원만을 2007사업연도 법인세 손금으로 인정하였으나, 매도하지 아니하여 투자부동산으로 계상하였던 부지 중 매각이 불가능한 자투리 토지인 경기도 OOO OOO OOO OOO OOO 전 28㎡, 같은 리 212-4 전 26㎡(이하 “쟁점학교부지”라 한다)의 취득가액을 쟁점초등학교의 매각시기인 2007사업연도 법인세의 손금으로 추인하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주택부지 관련

쟁점주택부지는 처음부터 쟁점공사에 투입되지 아니하여 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였고, 이에 대한 개별공시지가가 형성되어 있는 등 청구법인이 보유하고 있는 재고자산에 불과하며, 이에 따라 2005·2006사업연도 법인세 신고당시 작업진행률에 따라 손금에 산입한 쟁점금액은 사실상 재고자산에 대한 임의평가차손에 해당하는바, 쟁점금액을 쟁점주택부지의 실제 매각시점이 아닌 2005·2006사업연도 법인세의 손금으로 보아서는 아니된다.

(2) 쟁점학교부지 관련

청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 쟁점초등학교부지에서 제외된 토지를 투자부동산으로 계상한 다음 이 중 839㎡를 2008년에, 498㎡를 2009년에 매각하였는데, 이 건 처분당시에 처분청이 위 매각한 부동산의 취득가액을 2008, 2009사업연도 법인세의 손금으로 산입한 부분에 대하여는 별다른 이의를 제기하지 아니하면서, 현재까지 매각되지 아니한 쟁점학교부지(54㎡)의 취득가액만을 쟁점초등학교의 보상시기인 2007사업연도 법인세의 손금에 산입하여야 한다는 주장은 일관성이 없는바, 쟁점학교부지의 취득가액은 실제 매각되는 시기의 법인세 손금으로 산입하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 실제 공사에 투입하지 아니한 자투리 부지인

쟁점주택부지의 취득가액인 쟁점금액을 쟁점공사의 작업진행률에 의하여 2005 및 2006사업연도 법인세 손금으로 산입할 수 있는지 여부

②

쟁점학교부지의 취득가액을 쟁점초등학교를 매각한 시기인 2007사업연도 법인세 손금으로 산입하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련 법령

(1)

법인세법 제40조

【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각

사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정

된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서

건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함

하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)

의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일

(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

이 속하는 사업연도

로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서

건설 등의 계약기간

(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

이 1년 이상인 건설 등의 경우

그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “

작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입

한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

(3)

국세기본법 제55조

【불복】①

이 법 또는 세법에 따른 처분으

로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로

인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 본안심리에 앞서 2007사업연도 법인세 불복청구의 적법성에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 쟁점공사의 승인조건에 따라 쟁점초등학교를 신축함에 있어, 2005·2006사업연도의 법인세 신고시 학교부지의 취득가액인 4,257,953,103원(2005사업연도 : 1,317,646,737원, 2006사업연도

: 2,940,306,366원)을 손금에 산입하였고, 2007년 11월경 사업시행자

인 경기도교육감에게 쟁점초등학교를 5,659,157,330원에 매각하였으나,

학교부지 중

8필지

1,391㎡는 그러하지

아니하였다.

(나) 청구법인은

2007사업연도 법인세 신고시 매각되지 아니한

토

지 8

필지

1,391㎡를 투자부동산으로 계상하였고,

2008년에 1필지 839㎡를 478,317,218원에, 2009년에 5필지 498㎡를 250,503,478원에 매각하여 현재는 쟁점학교부지인 2필지 54㎡만을 보유하고 있다.

(다)

처분청은 쟁점초등학교 건축사업과 관련된 손익의 귀속시기

를 2007사업연도로 보아 4,257,953,103원을 2005·2006사업연도 법인세의 손금에서 부인하여 과세하면서, 토지의 취득가액 중 학교용지에서 제외된 부분 및 학교용지 진입도로 부분을 제외하여 38억5,810만원을 2007사업연도의 법인세 손금으로 산입하여, 2010.2.8. 2007사업

연도 법인세 △736,945,670원을 감액경정하였고, 이의신청결정에 따

라 2010.12.15. 같은 법인세 △102,059,200원을 감액경정하였다.

(라) 감액경정이 있는 경우 감액 후 세액에 대한 구체적인 조세채무가 확정되는 것이 아니라 당초 확정된 납세의무의 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과한바, 이는 결국 납세의무자에게 이익이

되는 행정행위이기 때문에 감액경정은 독립하여「국세기본법」제55

조 제1항 소정의 불복청구 대상이 되는 “국세기본법 또는 세법에 의한 처분”에는 해당하지 아니한다 할 것이다(조심 2008서1782, 2009.6.30. 외 다수 같은 뜻임).

(마) 살피건대, 청구법인은 쟁점학교부지의 취득가액을 2007사업연도 법인세의 손금으로 산입하여 달라는 내용의 청구를 하였으나, 위에서 본 바와 같이 청구법인의 2007사업연도 법인세에 대하여 처분청은 2010.2.8., 2010.12.15. 2회에 걸쳐 감액경정을 하였을 뿐인바, 2007사업연도 법인세와 관련하여서는 청구법인에게 불이익이 되는 “국세기본법 또는 세법에 의한 처분”이 존재하지 아니한다고 보이므로, 청구법인의 이 건 심판청구 가운데 2007사업연도 법인세에 대한 부분은 적법하지 아니하다 하겠다.

(바) 위와 같이 이 건 심판청구 중 2007사업연도 법인세에 대한 부분이 적법하지 아니하다고 보는 이상, 쟁점②에 대하여는 별도로 심리하지 아니하기로 한다.

(2) 다음으로, 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2004.2.14. OO시장으로부터 대지면적 25,419㎡(제2종 일반주거지역)에 국민주택규모 아파트 8동 441세대를 건축하는 내용의 쟁점공사에 대한 사업승인을 받았는데, 이에 의하면 사업기간은 2004년 2월부터 2006년 4월까지로 나타난다.

(나) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 취득한 토지의 취득가액을 공사의 작업진행률(2004년 : 9.7893%, 2005년 : 67.4309%, 2006

년

: 100%)에 따라 2004～2006사업연도 법인세의 손금에 산입하였다.

(다)

쟁점공사의 준공당시

쟁점주택부지(경기도 OOO OOO

OOO OOO OOOOOO 답 274㎡

, 같은 리 399-14 답 77㎡) 2필지 351㎡는 아파트

부지에서 제외되었다.

(라)

쟁점주택부지는

쟁점공사로 신축된 아파트와 연접하여 있는 좁고 긴 형태의 토지이고

, 현재까지 특별한 용도로 사용하고 있다고 보이지는 아니한다.

(마) 쟁점주택부지 2필지의 개별공시지가는 모두 2005년 458,000원(/㎡), 2006년 120,000원(/㎡), 2007년 144,000원(/㎡)이다.

(바)

「법인세법」제40조

제1항, 제2항, 같은 법 시행령(2010.12.30.

대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제69조에 의하면 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금은 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도”로 함이 원칙이고,

“

건설 등의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도로 하며,

계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우에는 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 작업진행률을 기준으로 계산한 수익과

비용을 각각 해당 사업연도 익금과 손금에 산입한다.”고 규정하였

다.

(사) 살피건대, 쟁점공사의 준공당시 쟁점주택부지가 쟁점공사의 대상토지에서 제외되어 결국 수익이 실현되지 아니하였던바, 쟁점주택부지의 취득가액을 쟁점공사의 제공으로 인한 손금으로 보기는 어려운 측면이 있는 점, 쟁점공사가 모두 종료된 이후인 현재까지도 청구법인은 쟁점주택부지를 소유하고 있는데, 준공일이 속한 2006년 이후에도 개별공시지가가 ㎡당 120,000원, 144,000원에 달하는 등 재산적 가치가 있다고 보이는바, 이는 사실상 청구법인의 재고자산에 해당한다고 할 수 있는 점, 수익·비용 대응 원칙상 쟁점주택부지의 익금이 실현되는 시점에 쟁점주택부지의 취득가액을 손금으로 산입하여야 하는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점공사에 공여되지 아니

한

쟁점주택부지의 취득가액을 동 공사의 작업진행률에 의하여 2005～2006사업연도 법인세의 손금에 산입할 수는 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구 중 2007사업연도 법인세에 대한 부분은 “국세기본법 또는 세법에 의한 처분”에 포함되지 아니하는 것에 대한 불복으로 부적법한 청구에 해당하고, 나머지 부분은 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기

본법」제81조

및 제65조 제1항 제1호, 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.