조심2012서4660 (2013.03.26)

OOO세무서장이 2012.4.25. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO의 양도소득 중 「조세특례제한법」제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 기납부한 농어촌특별세액을 기납부세액으로 하여 납부불성실가산세를 감액·경정하며, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1990.4.18. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 재건축으로 인하여 서울특별시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양(사용승인일 : 1998.9.18.)받아 1998.11.16. 소유권보존등기하여 보유하다가 2006.1.9. 양도하고, 2006.3.15.「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조에 의해 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 나. 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득이므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 완공일 전일까지의 양도소득에 대해서는 감면 배제하여, 2012.4.25. 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.18. 이의신청을 거쳐 2012.10.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 조특법상 감면소득의 계산식에 적용할 양도소득금액은 전체 양도소득금액 중에서 종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액을 차감한 쟁점주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액으로 적용하여야 한다. 또한, 청산금을 납부하고 취득한 재건축주택의 경우에는 쟁점주택 취득일 이후 청산금 납부분에서 발생한 소득과 종전주택 취득일 이후 양도할 때까지 종전주택에서 발생한 소득으로 구분 계산한 다음 청산금 납부분의 양도소득은 그 취득시기가 쟁점주택의 취득일이므로 취득 당시의 기준시가를 분자와 분모에 다같이 쟁점주택의 취득당시의 기준시가를 적용하고 종전주택분의 양도소득은 그 취득시기가 종전주택의 취득일이므로 취득당시의 기준시가를 분모에는 종전주택의 취득당시 기준시가, 분자에는 쟁점주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 이를 각각 구분 계산하여 이를 합계한 금액으로 계산함이 타당하며 적어도, 대법원 판례와 같이 전체의 양도소득에서 감면소득을 차감하여 양도소득세를 계산하여야 한다(주위적 청구). (2) 청구인은 신축주택 취득자의 양도소득세 감면 규정이 제정된 이후 10년간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 행정관행을 신뢰하여 이 건 양도소득세를 신고 납부하였고, 처분청 또한 동 신고납부행위의 적격여부를 검토하여 적격인 것으로 보는 등 납세의무를 해태한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 부당하다(주위적 청구). (3) 조세법에 감면소득의 내용과 범위를 일의적으로 해석되도록 명확하게 규정하지 아니하고, 감면소득의 계산식과 감면신청서의 서식을 미비하게 규정하고 자의적으로 납세자에게 불리하게 예규를 변경하여 과세한 처분은 조세법률주의에 반하므로 취소되어야 하며, 과세관청의 세법해석과 세무행정의 관행을 신뢰하고 세액을 계산하여 신고·납부한 것을 신고일 후에 납세자에게 불리하게 변경한 예규에 의하여 과세한 것은 세법해석의 기준 및 소급과세의 금지 원칙과 신의성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다(예비적 청구). 나. 처분청 의견 (1) 신축주택 취득자에 대한 감면은 그 취지가 신축주택에 대한 것이므로 재개발 이전 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 될 수 없고, 신축주택의 양도소득금액에 대하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 감면소득금액을 계산하도록 규정되어 있으므로 산식에서 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 것을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다 청산금은 「소득세법 시행령」제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제될 수 있을 뿐, 양도소득금액 감면산식에 반영하도록 관련법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이 부분 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다. 또한, 청구인은 쟁점주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에서 쟁점주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 빼야 한다고 주장하고 있으나, 「소득세법」 제90조 에서 양도소득에 대하여「소득세법」또는 다른 법률에 의한 감면소득금액이 있을 때에는 감면소득금액을 직접 차감하는 것이 아니라, 감면소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다(주위적 청구). (2) 당초 납부하여야할 세액보다 과소하게 납부한 부분에 대하여 이자성격의 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다 (주위적 청구) . (3) 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세의 금지 원칙과 신의성실의 원칙에 위배되지 않으며, “신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액만을 감면”한다는 법령에 따라 적정하게 신고 납부한 납세자도 다수 있어,이들과의 과세형평에 비추어 당초 처분은 정당하다(예비적 청구). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 신축주택 취득 전 양도소득에 대하여 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부(주위적 청구) ② 납부불성실가산세 부과처분의 당부(주위적 청구) ③ 소급과세의 금지 원칙과 신의성실의 원칙 등에 반하는 처분인지 여부(예비적 청구) 나. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대해 본다. (가) 청구인이 2006.1.9. 쟁점주택을 양도하고, 2006.3.15. 산출세액 전부를 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 한데 대하여, 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항에 의한 산식 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득(OOO원)을 산출하였고, 전체 양도소득금액(OOO원)에 따른 산출세액(OOO원)에 감면소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액(OOO원)을 계산하는 방식으로 양도소득세액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세하였다. (나) 살피건대, 조특법 제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용상 위 조특법 제99조 의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전 연립주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임). (다) 다만, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조 는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조 의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조 에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것인바(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임), 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻임). (2) 쟁점②에 대해 본다. (가) 과세자료에 의하면, 처분청은 이 건 양도소득세를 과세하면서 납부불성실가산세 OOO원을 가산하였다. (나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 이 건 과세와 관련하여 종전 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하였으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없고, 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수도 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012서2510, 2012.7.17. 외 다수 같은 뜻임). (다) 다만, 「농어촌특별세법」제5조 제1항 및 제7조 제1항에서 조특법에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고·납부하는 때에 함께 신고·납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인이 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액·경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심2011전565, 2011.5.11. 외 다수 같은 뜻임). (3) 쟁점③에 대해 본다. 청구인은 이 건 과세처분이 소급과세의 금지 원칙과 신의성실의 원칙 등에도 반하는 처분이라고 주장하고 있으나, 조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 「국세기본법」제18조 제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없고(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참고), 과세관청이 새로운 해석에 따라 과세한 이 건은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙 등을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(조심 2012서4372, 2012.12.28. 외 다수 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.