조심2011서2612 (2012.02.28)

OOO세무서장이 2011.3.9. 청구법인에게 한 부가가치세 2004년 제2기분 OO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO O,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO O,OOO,OOOO, OOOOO OOO O O,OOO,OOOO의 부과처분과 법인세 2004사업연도분 OOO의 소득금액변동통지처분은 1. 2004년 제2기 부가가치세 OOO과 2004사업연도 법인세 OOO 및 2004년 귀속 OOO의 소득금액변동통지처분은 이를 취소한다. 2. 2005년 제1기분 OO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOO O OOOO OOO,OOO,OOOO O OOOOO OOOO O,OOO,OOOO을 해당 과세기 간 매출액의 신고누락금액에서 제외하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정한다. 3. 2005사업연도분 OOO을 해당 사업연도 수입금액 신고누락금액에서 제외하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정한다. 4. 2005년 귀속분 OOO은 청구법인의 관리이사인 이OOO에 대한 상여로 소득처분하는 것으로 하여 소득금액변동통지처분을 경정한다. 5. 2005사업연도 퇴직급여액 OOO은 2005사업연도의 법인세 경정세액이 신고로 인하여 확정된 세액을 초과하는 금액의 범위 내에 서 손금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정한다. 6. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1998.2.10. 개업한 후에 2004년부터 병무청으로부터 정보처리분야 병역특례 산업기능요원 편입지정업체로 선정된 방송 및 무선통신기기 제조업을 영위하는 법인으로, 근무자를 위장 취업시켜 군복무를 면제시킨 혐의로 검찰로부터 수사를 받은 결과 혐의점 없는 것으로 종료되었으나, 수사과정에서 청구법인이 관리하던 차명 예금계좌가 발견되어 당해 예금계좌에서 관리되던 금액 중 출금액을 대표이사가 횡령한 것으로 범죄일람표①～④를 작성한 이후에 대표이사인 정OOO과 관리이사 이OOO을 기소하였는바, 이에 서울동부지방법원은 2008년 1월 청구법인이 외상매출금 중 일부를 법인 예금계좌가 아닌 별도의 차명 예금계좌를 통하여 수령하는 방법으로 비자금을 조성한 후 청구법인의 유상증자당시 대표자의 주식증자대금 등에 사용하는 등 대표자가 모두 관련된 금액을 청구법인에게 반환하여 손해를 회복시킨 사실이 있음을 고려하여서 집행유예를 선고하고, 처분청에 위의 범죄일람표①～④를 통보하였다. 나. 처분청은 검찰이 작성한 범죄일람표①～④를 근거로 부가가치세 부분조사를 실시하여 대표이사 횡령추정액OOO을 연도별·과세기간별로 구분(2004년OOO)하고 여기에 1.1로 나눈 OOO, 이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 매출신고누락한 공급가액으로 추계하여 2011.3.9. 청구법인에게 부가가치세 2004년 제2기분OOO을 각각 경정·고지한 후에, 총수입금액OOO을 각각의 과세연도별로 구분(2004년 귀속분 OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO OOO,OOO,OOO O, OOOOO OOO O,OOO,OOOO으로 이하 “쟁점②금액”이라 한다)하여 대표자 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하였다. 다. 이에 청구법인은 처분청에 2011.5.2. 이의신청을 제기한 바, 청구법인의 주장 중 연구개발비 세액공제는 직권으로 인정하여 2011.6.1. 법인세 2004사업연도분 OO,OOO,OOOOO OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO O OO OOOOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOOO OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO으로 경정·고지한 후, 나머지 주장은 기각결정을 하였 다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 거래처에 매출하며 세금계산서를 발행하고 장부상 외상매출금으로 계상하여 관리하다가 해당 거래처로부터 외상매출금 을 청구법인이 관리하던 차명의 예금계좌로 수령한 후, 청구법인의 예금계좌로 전액을 입금하는 등 2004년 제2기에 청구법인이 관리를 하던 이OOO명의 예금계좌로 입금된 금액은 매출누락한 금액이 아니므로 사실상 2004년의 경우에 무자료 거래로 볼 만한 거래사항이 없음에도 2004년의 거래사건을 판단하면서 2005년 이후 과세기간분의 거래형태 등과 연결시켜 사기 기타 부정한 행위로 판단한다는 것은 귀속시기를 판정하는 세법의 원칙과 맞지 아니하고, 또한「국세기본법」상 장부 의 비치·보관의무도 5년으로 규정하고 있음에도 불구하고 이를 경과한 시점에서 관련증빙의 제출을 강요하고 제출이 없다 하여 곧바로 매출누락으로 단정하여 과세하는 것은 부당하다. (2) 범죄일람표①～④의 거래형태를 보면, 처분한 내용 중 일부를 제외하고는 청구법인이 세금계산서를 발행하고 장부상에 외상매출금으로 관리하다가 거래처로부터 거래대금을 청구법인이 관리하던 차명 예금계좌로 수령한 것으로, 청구법인이 관리하던 이OOO 예금계좌로 입금된 금액은 매출누락액이 아니고 이미 매출로 신고한 외상매출금 을 회수한 것이며, 금OOO명의의 차명 예금계좌와 관련된 매 출누락액 산정내용을 보면 처분청의 조사당시 동 예금계좌의 입금액을 기준으로 한 것이 아니라 출금액을 기준으로 하여 매출누락 및 매입과다금액을 산정함에 따라 정확한 거래처 및 실제의 매출누락여부가 불분명함에도 처분청이 출금액을 기준으로 작성한 금액을 모두 매출 누락으로 본 잘못이 있으므로 2004년 제2기부터 2007년 제1기까지 매 출누락으로 추정한 OOO,OOO,OOOOOO OO OOO OOO OOO,OOO,OOOO(OOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO O,OOO,OOOO, 이하 “쟁점③금액”이라 한다)을 매출누락으로 보 아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다. (3) 처분청은 검찰이 횡령액으로 추정한 쟁점①금액 전부에 대하 여 청구법인의 매출누락으로 보아 법인세를 과세하면서 전액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으나, 일반적으로 소득처분을 하는 경우에는 그 귀속자가 분명한 금액에 대하여는 해당 귀속자에게 처분을 하여야 함에도 쟁점③금액 전액을 대표자 상여로 소득처분한 것은 잘못이므로 그 귀속자를 확인하여 실지 귀속자에게 하는 것이 타당하고, 차명계좌로 수령한 거래금액 중 추후 대표자가 청구법인 명의 예금계좌로 재입금한 것은 대표자에 대한 상여로 소득 처분을 하여 소득금액변동통지를 할 것이 아니라 가지급금 인정이자 를 산정하여 법인세를 과세하는 것이 타당하다. (4) 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 의하면, 경정 등의 청 구요건으로 “결정(경정)으로 인해 다른 과세기간의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과한 때”라고 명 시 하고 있고, 2005사업연도 법인세 신고당시 세무대리인이 손익계산서 상 실제로 지급한 퇴직급여액OOO(이하 “쟁점퇴직금”라 한다)을 신고에서 누락한 사실과 2007사업연도 법인세 신고당시 퇴직급여충당 금 설정액의 착오입력으로 OOO으로 이하 “쟁점퇴직급여충당금”이라 한다)이 과다하게 손금불산입된 사실이 있으므로 확정된 세액과 비교하여 증액된 세액의 범위 내에서 손금에 산입함이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 2004년 제2기부터 차명 예금계좌를 사용하여 매출금액을 누락하였고, 그 행위는 이후 2007년까지 4년간에 걸쳐 계속적이며 반복적으로 이루어진 바, 이는 고의적이며 적극적인 사기·기타 부정한 행위에 해당하므로 2004년 제2기 부가가치세와 2004사업연도 법인세 및 관련된 금액의 상여처분에 의한 청구법인의 원천징수납세의무에 대한 부과제척기간을 10년으로 보아 과세한 처분은 정당하다. (2) 검찰이 수사한 내용 중 청구법인의 직원(관리이사)인 이OOO의 진술에 의하면 청구법인이 관리하던 차명 예금계좌인 이OOO의 예금계좌는 무자료 거래 등을 관리하는 예금계좌라고 진술한 바 있으며, 또한 차명 예금계좌 중 금OOO의 예금계좌와 관련된 범죄일람표②, ③은 검찰이 청구법인의 대표이사인 정OOO의 횡령금액을 수사하기 위하여 출금액 기준으로 하여 작성한 일람표이나, 동 차명 의 예금계좌에 입금된 금액은 모두 거래처로부터 입금된 금액으로 볼 수 있는 점에서 범죄일람표 및 판결문상의 횡령금액을 기준으로 쟁점③금액을 매출신고누락금액으로 산정하여 과세한 처분은 정당하다. (3) 청구법인의 대표자가 횡령한 금액을 모두 청구법인에게 반환한 것은 사실이지만, 2007.5.16. 청구법인이 대표자에게 가지급금을 입금하고 대표자는 당일 청구법인에게 가지급금을 변제한 것이므로 청구 법인이 주장하고 있는 사실관계가 다르기 때문에 쟁점②금액을 대표 자 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지한 처분은 정당하다. (4) 당초 처분청의 조사는 매출누락에 대한 부가가치세 부분조사로 인하여 법인세를 경정한 것일 뿐, 별도의 법인세 조사를 통하여 쟁점 퇴직금과 쟁점퇴직급여충당금을 적출하여 법인세를 경정고지한 사실 이 없고, 쟁점퇴직급여충당금은 결산조정사항이라서 경정청구기간(3년)이 경과하여 청구법인이 「국세기본법」제45조의2 (경정 등의 청구)에 의 거하여 이의신청을 제기하였으나 이는 후발적인 사유에 해당되지 아니하므로 청구법인의 주장을 받아들일 수는 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 사기 기타 부정한 행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 2004년 제2기 부가가치세와 2004사업연도 법인세 및 이와 관 련하여 소득금액변동통지한 처분의 당부 ② 쟁점③금액을 매출누락금액으로 보고 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부 ③ 쟁점②금액에 대한 소득처분의 적정 여부 ④ 2005사업연도 쟁점퇴직금과 2007사업연도 쟁점퇴직급여충당금을 손금에 산입하여 경정할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 쟁점① (가) 국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받 는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (나) 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장 2. 허위증빙 또는 허위문서(이하 이 조에서 “허위증빙등” 이라 한다) 의 작성 3. 허위증빙 등의 수취(허위임을 알고 수취한 경우에 한한다) 4. 장부와 기록의 파기 5. 재산을 은닉하거나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기 그 밖에 부정한 행위 (2) 쟁점② (가) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모 든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. ② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기 의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또 는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하 여 교부할 수 있다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성연월일 5. 제1호부터 제4호까지 외의 대통령령이 정하는 사항 (나) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행 위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한 다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (3) 쟁점③ (가) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득 에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (나) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입 한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기 타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규 정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대 한 기타소득 2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유 보로 할 것 (4) 쟁점④ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 ② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1.～3. 생략 4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과 한 때 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청이 2004년 제2기 부가가치세 및 법인세의 과세자료로 삼은 범죄일람표①은 2004.7.15. 이OOO(대표자 처남댁) 명의로 개설된 차명 예금계좌OOO를 기초로 하여 작성된 자료로, 처분청의 2004년 제2기분 부가가치세와 2004사업연도 법인세 및 이와 관련된 2004년 귀속분 소득금액변동통지처분을 보면, 처분청은 검찰이 작성하여 통보한 범죄일람표①(이OOO명의의 차명 예금계좌)을 조사하여 청구법인이 OOO 등에게 공급가 액OOO의 부과처분과 매출신고누락금액 (공급가액)과 부가가치세를 합한 OOO에 대하여 대표자에 대 한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 후, 연구개발비세액공제를 직권으로 인정하여 2004사업연도 법인세 OOO을 환급으로 경정한 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 제시하는 심리자료(범죄일람표①, 이OOO 명의의 차명 예금계좌 입·출금 자료, 거래처 원장, 부가가치세 신고서) 등을 보면, 2004.12.20. 청구법인의 유상증자당시 신주인수대금을 납입하기 위한 목적으로 처분청이 적출한 총 공급대가 OOO중 대부분을 당초 외상매출 당시에 매출세금계산서를 거래처에 교부 및 신고하고 동 금액을 외상매출장부에 계상하였다가, 이후 차명 예금계좌인 이OOO의 예금계좌로 외상매출금을 회수하면서 당초 계상한 외상매출금을 감액하지 아니하는 방법으로 자금을 조성 한 것으로 나타나고 있으며, 처분청이 누락한 금액으로 적출한 위 금액 중 부가가치세 및 법인세를 신고한 것으로 보이는 금액은 공급가액 OOO은 매출로 신고한 사실이 확인되지 아니한다. ① OOO으로부터 입금된OOO의 내역을 보면, 청구법인은 OOO 으로부터 2004년 제2기 과세기간에 OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOOOOO OO,OOO,OOO O, OOOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOOO OO,OOO,OOOO)을 OOOO OO O지점에 개설된 이OOO 예금계좌로 입금받은 사실이 있고, 범죄일람표 ①에 의하면, 동 입금원은 거래처OOO미수금을 회수 한 후 대표자가 2004.12.20. 주금납입에 사용한 혐의가 있는 것으로 기재되어 있으며, 청구법인의 관리이사 이OOO의 검찰수사과정에서의 위 금액은 무자료거래라고 진술한 적이 있으나 2012.1.31. 이OOO이 작성하여 인감증명서를 첨부하여 제시하는 확인서에 의하면, 위의 진술은 2004년 거래분으로 진술일로부터 장시간이 경과하여 기억이 없는 상 태에서 검찰의 강압수사에 의한 진술로 동 진술과정 뿐만 아니라 그 후에도 동 진술을 부인하고자 수회에 걸쳐 이의제기를 하였으나 주요한 수사대상이 대표자의 횡령문제이기 때문에 지엽적인 것은 수정·요구하지 아니할 것을 강요함에 따라 본 결과에 이르게 된 것이고, 실제 2004.12.20. 청구법인의 유상증자당시에 납입할 자금의 확보를 위하여 거래처에 대한 외상매출금의 회수를 차명OOO예금계좌로 회수한 것이라고 확인하고 있고, 처분청도 조사과정에서 위의 거래에 대하여 무자료거래라고 볼 수 있는 직접적인 증빙을 확보한 사실은 없는 것으로 나타나고 있으며, 청구법인이 제출한 거래처 원장(외상매출금)에 의하면, 2004.10.30. 공급가액 OO,OOO,OOOO(OOOO OO,OOO,OOOO), OOOOO OOOOOO OOOO OO,OOO,OOOO(OOOO OO,OOO,OOOO)의 외상매출이 발 생되어 당해 연도말에 OOO의 외상매출금이 존재하고 있었던 것으로 기장되어 있고, 2004년 제2기 부가가치세 신고서상 매출처별세금계산서합계표(을)에 OOO에게 공급가액 OOO을 매출한 것으로 기재되어 있다. ② 주식회사OOO으로부터 OOO이 입금된 내역을 보면, 청구 법인은 OOO으로부터 2004.7.22. OO,OOO,OOOOO OOOOOOOOOO O,OOO,OOO O을 이OOO 명의 예금계좌로 입금 받은 것으로 확인되고, 청구법인 의 거래처인OOO에 대한 외상매출금원장에 의하면, 청구법인은 2003. 1.21.부터 2003.9.16.까지OOO에게 총OOO에 상당한 제품 을 영세율로 공급한 사실이 있으며, 2003.10.16. 공급대가 OOO의 외상매출이 있어 2003년말 현재 외상매출금 잔액이 OOO으로 계상된 후 2004년으로 이월되어 존속하고 있는 것으로 인정되고, 2003년 제2기(2003.10.1.～2003.12.31.) 부가가치세 신고서의 매출처별세금계산서합계표에 의하면 공급대가가 OO,OOO,OOOO(OOOO OO,OOO,OOOO)에 상당한 세금계산서 2매를 교부 한 것으로 기재하여 신고한 사실이 나타나며, 범죄일람표①상의 적출사항에는 2004년에 회수한 동 금액이 “거래처 미수금”으로 표기되어 있 고 청구법인이 위 입금액 외에 달리 현금 등을 OOO으로부터 회수한 사실이 없음은 법인의 현금 및 예금수불부에 의하여 알 수 있다. ③ 주식회사 OOOOO(OOO-OO-OOOOO, OOOOO OOO, OO OOOOOOOO OO)로부터OOO이 입금된 내역을 보면, OO OOO가 2004.7.27. 이OOO의 예금계좌에OOO을 입금한 것으로 나타나고, 거래처OOO에 대한 외상매출금원장에 의하면, 2003년에 합계 OOO이 이루어진 후 2004년으로 OOO이 이월되었고, 2004.1.13.부터 2004.3.3.까지의 공급대가 O,OOO,OOOO(OOOOO OOOOO O,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO O,OOO,OOOO, OOOOOOOOO O,OOO,OOOO, OOOOOOO OO O,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOOO)의 외상매출이 발생되어서 2004.7.27. O,OOO,OOOO이 OOO로부터 입금되기 직전일 현재 외상매출금으 로 OO,OOO,OOOO이 계상된 것으로 나타나며, 청구법인의 2003년 제2기 확 정 부가가치세 신고서상 매출처별세금계산서합계표(을)에 의하면, 디지털패스에게 공급가액OOO에 상당하는 세금계산서 5매를 교부한 것으로 기재하여 신고한 사실과 2004년 제1기 예정 신고서상 매출처 별 세금계산서합계표(을)에 의하면 공급가액OOO에 상당하는 세 금계산서 5매를 교부한 것으로 기재하여 신고한 사실이 확인된다. ④ 2004.12.20. 이OOO의 OOO의 입금내역을 보면, 이OOO은 2004.9.1. 청구법인에 입사하여 경영관리부에 근무하며 경리업무를 수행하다가 2006.9.25. 퇴사한 직원(근로소득원천징수영수증상 총급여액은 OOO)으로 나타나고 있고, 이OOO은 청구법인의 유상증자 당시인 2004.12.20.OOO지점의 이OOO 명의 예금계좌에서 OOO을 출금하였다가 당일 같은 지점의 동일한 이OOO 예금계좌로 OOO을 재입금한 사실이 확인된다. (다) 「국세기본법」제26조의2 제1항에 국세는 ① 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간, ② 납세자가 법정신고기 한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간, ③ 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하 는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없는 것으로 규정하고 있다. (라) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 2004년 제2기분의 경우 사기 기타 부정한 방법에 의한 매출신고누락금액으로 보아 적출액 OOO(공급가액)의 부과제척기간을 10년으로 보고 과세한 것으로 나타나고 있으나, 「국세기본법」제26조의2 에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떠한 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 경우에는 여기에 해당하지 아니한다 할 것으로(국심 2005서4461, 2007.1.4., 대법원 2003. 2. 14. 선고 2001도3797 판결 참조), 범죄일람표① 및 매출분 신고내역 거래처원장 및 이OOO 명의 확인서 등을 종합하여 볼 때 2004년 제2 기 부가가치세 매출신고누락으로 적출한 금액 중 실제 매출누락액 또는 선수금으로 보이는 금액은 OOO정도로서 2005년 이후 계속하여 거래처인 OOO과 거래한 사실이 있는 점에서OOO을 선수금으로 받은 것이라는 청구법인 주장이 신빙성이 있고, 나머지 OOO 은 기존의 외상매출금을 회수한 것으로 나타나고 있어 사실상 차명 예금 계좌를 통하여 청구법인이 신고에서 누락한 2004년 제2기분 부가가치 세 및 2004사업연도 법인의 수입금액은 없는 것으로 보이며, 이와 같이 부가가치세 및 법인세의 신고누락 없이 단순하게 차명의 예금계좌를 통하여 외상매출금을 회수한 행위 자체만을 가지고 부정한 방법으로 조세를 회피한 것으로 보기는 어려운 점에서 2004년 제2기 부가가치 세 및 2004사업연도 법인세의 부과제척기간을 5년으로 적용함이 타당함에도 처분청이 2004년 제2기 부가가치세 및 법인세의 부과제척기간을 10년으로 보고 과세한 처분은 잘못이 있고, 또한「법인세법」에 따라 처분되는 상여는 「소득세법」제135조 제4항 및 동법 시행령 제192조 제1항 및 제2항에 의하여 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 법인의 원천징수의무가 성립하나 그 소득금액의 귀속사업연도에 대한 국세부과의 제척기간이 만료되는 경우에는 원천징수의무도 소멸되는 것이라는 점(국세기본법 기본통칙 26의2-0...2 참조)에서 처분청이 한 2004년 귀속 175,718,358원의 소득금액변동통지처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 처분한 내용 중 일부를 제외하고는 청구법인이 세금계산서를 발행하고 장부상 외상매출금으로 관리하다가 거래처로 부터 거래대금을 청구법인이 관리하던 차명계좌로 수령한 것으로, 범 죄일람표①～④의 기재내용 및 거래내용을 보면, 청구법인이 관리하던 이OOO 명의 차명 예금계좌로 입금된 금액은 매출누락금액이 아니고 이미 매출로 신고한 외상매출금을 회수한 것이며, 금OOO의 예금계좌와 관련된 매출누락액 산정은 처분청의 조사당시에 동 예금계좌의 입금액이 아니라 출금액을 기준으로 하여서 매출누락 및 매입과다금액을 산정함에 따라서 정확한 거래처가 불분명함에도 처분청이 출금액을 기준으로 작성한 금액을 모두 매출누락으로 본 잘못이 있는 것이므로 2004년 제2기부터 2007년 제1기까지 매출누락으로 추정한 OOO에서 이미 매출로 신고한 쟁점③금액OOO을 매출누락금액으로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 청구법인이 제시하는 심리자료(범죄일람표①～④, 이OO, OOO, OOO 명의 차명 예금계좌 입·출금자료, 부가가치세 신고 서, 거래처 원장) 등을 보면,〈표2-1〉과 같이 처분청이 적출한 차명 예 금계좌로 수취한 금액인 공급가액 합계OOO(총 공급대가는 OOO으로, 총 적출한 공급가액 OOO을 제외한 금액) 중 당초 매출당시 외상매출로서 계상하면서 세금계산서를 교부하고 부가가치세 및 법인세를 신고한 금액은 OOO이며, 매출신고 누락한 금액과 매입을 과다하게 계상한 금액은 공급가액OOO으로 나타나고 있다. 〈표2-1〉범죄일람표①,②,③,④상 처분청의 연도별 매출누락 추계액 및 심리자료 검토결과 내역 (OO : O) (다) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 검찰이 작성한 범죄일람표는 쟁점③금액을 청구법인이 실제 매출을 누락하고 상품을 제공한 뒤 지급받은 대가인지 아니면 외상매출금으로 계상한 금액을 단순히 회수한 것인지 여부를 검토하지 아니한 상태에서 단순히 청구법인의 대표자가 횡령한 금액을 적출하기 위한 목적으로 예금계좌에서 출금 된 금액을 기준으로 그 사용처를 수사한 후 작성한 것으로 직접적 매출자료로 보기 어려운 점, 처분청은 동 범죄일람표를 수보한 후에 범죄일람표상의 거래상대방과 청구법인간의 거래형태 및 대금지급의 관계 등에 대하여 구체적이고 직접적인 증빙의 확보 없이 단순하게 횡령한 것으로 인정한 금액 전부를 매출누락으로 추계함으로써 쟁점③금액의 거래가 전부 무자료거래라 볼 만한 증빙제시가 없는 것으로 나타나고 있는 점, 청구법인이 제시한 심리자료(범죄일람표①～④, 이OO, OO O, OOO 명의 차명 예금계좌 입·출금자료, 부가가치세 신고서, 거래처 원장) 등을 보면 처분청이 신고누락금액으로 적출한 차명 예금계좌로 수취한 금액인 공급가액 OOO(총 공급대가는 OOO으 로 2005년 제1기～2007년 제1기분에 해당하는 금액임) 중OOO(공급가액)은 당초 매출당시 외상매출로 계상하며 세금계산서를 교부하면서 부가가치세 및 법인세를 신고한 금액으로 나타나는 점 등 으로 볼 때 공급가액 OOO,OOO,OOOO(OOOOO OOOO OO,OOO,OOOO, OOOO O OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO O,OOO,OOOO)을 부가가치세 신고누락금액에서, 공급대가 OOO,OOO,OOOO (OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 법인 세 신고누락금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다. (3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 처분청은 검찰로부터 수보한 범죄일람표①～④를 기초로 하 여 청구법인에 대한 조사결과, 매출누락금액(공급가액 OOO)을 적출한 후, 동 금액에 부가가치세를 포함한 OOO을 청구법인 의 대표자 정OOO의 유상증자 주금납입 및 이OOO의 개인주택 구입 등에 사용한 것으로 보아 전액을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처 분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 검찰이 횡령액으로 추정한 금액 전부에 대하여 청 구법인의 매출누락으로 보아 법인세를 과세하며 전액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으나, 일반적으로 소득 처분할 때 귀속자가 분명한 금액에 대하여는 해당 귀속자에게 하여야 함이 타당함에도 대표자에게 전액을 상여로 소득처분한 것은 잘못이 있으므로 그 귀속자가 확인되는 금액은 그 귀속자에게 소득처분하고, 차명 예금계좌로 수취한 거래금액 중 추후 대표자가 청구법인의 예금계좌에 재입금한 것은 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 할 것이 아니라 가지급금 인정이자로 하여 법인세를 과세하여야 한다고 주장하고 있다. (다) 처분청은 범죄일람표①～④를 근거로 청구법인을 조사하여 수입금액 신고누락으로 적출한 금액인 총 OOO,OOO,OOOO(OOOOO OO O OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO O,OOO,OOOOOO, OOOOO OOOO OOO OO) O OOO,OOO,OOOO을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하였으나, 쟁점①, ②에서 거래건별로 살펴본 바〈표3-1〉과 같이 2005년 귀속분 OOO 중 2005.8.5. 이OOO이 개인적인 주택의 구입비용으로 OOO 사용한 사실 과 2005.12.12. 조OOO 예금계좌를 해지하면서 잔액인 OOO 명의 예금계좌 입금당시 이미 매출누락으로 본 금액)을 출금한 후 동 금액을 이OOO 명의의 예금계좌로 단순히 재입금한 것으로 나타나고 있으며, 2006년 귀속분 OOO이 이미 매출누락금액에 포함된 금액이 2006.1.13. 다시 이OOO예금계좌로 단순입금된 사실과 대표자 정OOO이 최OOO에게 개인적으로 대여한 후 2006.6.28. OOO을 변제받아 차명의 예금계좌에 입금된 사실이 확인되고 있다. OOO-OOOOOO OO OO OO OO (OO : O) (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청이 적출한 청구법인의 매출신고누락한 금액과 관련하여 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분한 후 소득금액변동통지한 2005년 귀속분부터 2007년 귀속분까지의 해당액 OOO중 2005년 귀속분OOO과 2006년 귀속분 OOO은 매출신고누락한 금액에 중복하여 산입된 금액이거나 타인에게 귀속(2005.8.5.자 OOO은 이OOO에게 귀속)된 사실이 명백하게 나타나고 있으므로 동 금액은 대표자에 대한 상여처분대상에서 제외하고, 2005.8.5. 이OOO에게 귀속 된 OOO은 청구법인의 관리이사 이OOO에 대한 상여로 소득처 분하는 것으로 소득금액변동통지처분을 경정함이 타당하다고 판단된다. (4) 쟁점④에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2005사업연도 법인세 신고시 세무대리인이 손익계산서상 실지 지급한 쟁점퇴직금 OOO을 누락한 사실이 있으므로 2005사업연도 법인세의 증액된 경정고지세액의 범위내에서 손금산입함이 타당하고, 청구법인의 2007사업연도 법인세 신고서의 소득금액조정합계표상에는 퇴직급여충당부채OOO이 손금불산입(유보)되어 있는데, 손익계산서상의 퇴직급여(퇴직급여충당금전입액을 포함)가 OOO으로 계상되어 있어서 실제 지급된 퇴직급여인OOO을 차감한 OOO이 회사의 퇴직급여충당금계상액인데, 이를 퇴직급여추계액인 OOO으로 착오로 입력한 결과 한도액OOO이 손금불산입되었으므로 퇴직급여충당금계상액을 OOO으로 산정한다면 한도초과액은OOO이므로 이에 대한 차액인 OOO은 손금산입하여야 한다고 주장하고 있다. OOO-OOOOOOOOO OO OO O OOOO OO OO OO (OO : O) O OOOOOOO OOO OO,OOO,OOOO : OOOO OOOOO OO OO OO OOOO OO OOO(O,OOO,OOO,OOOO)OOOOOO (나) 처분청은 검찰로부터 통보된 범죄일람표①～④와 동 횡령혐의에 대한 고발사건에 대한 판결문을 근거로 청구법인에 대한 조사를 실시하여 2005사업연도 법인세 OOO(추후 연구인력개발비를 직권으로 인정하여OOO을 환급경정함)과 2007사업연도 법인세 OOO(추후 연구인력개발비를 직권으로 인정하여 법인세를 경정하며OOO을 추가로 경정고지함)을 경정고지를 하였는바, 그 내역을 보면OOO을 익금으로 산입하는 한편 이에 대응하는 비용인OOO(가공매입의 대응원가OOO)을 손금에 산입하는 등 하여 청구법인에게 법인세 2005사업연도분 OOO을 각각 경정·고지하였다. (다) 청구법인이 제시하는 2005사업연도 법인세 신고서상의 손익계산서의 퇴직급여는 “0”로 기재되어 있으나 2005년 12월 귀속 원천 징수이행상황신고서에는 퇴직소득이 총 OOO으로 기재되어 신 고되어 있고, 2005사업연도에 청구법인은 당해 금액을 퇴직자들의 금융 기관 예금계좌로OOO을 송금한 사실이 확인되고 있으며, 2007 사업연도의 경우 정상적인 퇴직급여충당금한도초과액을 계산하여 보 면, 2007년 원천징수이행상황신고서에 퇴직급여로OOO으로 신고되어 있고, 청구법인의 2007사업연도 법인세 신고서의 소득금액조정합계표에는 퇴직급여충당부채가 OOO으로 손금불산입되어 있으며, 2007사업연도 손익계산서상 퇴직급여로 계상한 금액(퇴직급여 충당금 전입액 포함)은OOO로 나타나고 있으나 대차대조표 에 의하면 2007사업연도말 퇴직급여충당금 설정액을 OOO으로 계상한 것으로 나타나며, 법인세 신고를 위한 소득금액을 계산하면서 퇴직급여충당금조정명세서 작성당시 입력착오로 기말 현재 임원 또는 사용인 전원의 퇴직시 퇴직급여추계액인 OOO을 회사계상액 으로 하여 퇴직급여충당금조정명세서상 ⑫란(회사계상액)에 바로 입 력함에 따라 퇴직급여한도초과액이 과다하게 손금불산입되었다는 청구법인의 주장은 사실과 다른 것을 알 수 있다. (라) 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 규정을 보면, 경정 등의 청구요건으로 “결정(경정)으로 인해 다른 과세기간의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과한 때”라고 명시하고 있다. (마) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살표보건대, 비록, 처분청의 조사과정에서 적출되어 증액처분된 사안은 아니지만 당초 확정된 세액의 범위를 초과하는 증액된 세액의 범위 이내에서는 당초 신고오류사항도 불복대상이 될 수 있다 할 것(국심 2003중556, 2003. 10.18. 합동)으로, 세무조사결과 경정처분으로 확정된 세액을 초과하는 증액된 세액의 범위 이내에서는 쟁점퇴직금과 쟁점퇴직급여충당금도 이를 다툴 수 있다고 보이는 점에서 본안심리를 하는 것이 타당하다 고 보이므로, 위 쟁점①, ② 결정내용을 반영하여 2005사업연도 법인세를 경정한 결과 당초 확정된 세액보다 경정으로 인하여 증액되는 세액이 있는 경 우 증액된 세액의 범위 내에서 위 쟁점퇴직금을 손금산입하여 경정함이 타당하고, 나머지인 쟁점퇴직급여충당금 설정오류의 주장은 사실과 다르므로 청구법인 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.